Planeación del Docente en línea

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Asignatura: Biología Molecular II

Unidad 1. Biología molecular de proteínas

Ingeniería en Biotecnología
Bloque 1 Semestre 2022-2

Universidad Abierta y a Distancia de México | DCSBA 3

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Nombre del docente: Alicia Ruiz López

Correo del docente: are1421000459@nube.unadmexico.mx

Matrícula: DL19RULA00150

Asignatura: Biología Molecular II

Unidad 2. Biología molecular de proteínas

Competencia general de asignatura: Asociar los proceso genéticos con la

ingeniería genética a través del estudio de sus técnicas para inferir sus aplicaciones
en el campo de la biotecnología.

Competencia específica de la unidad: Relacionar las características y funciones de

las proteínas con los procesos genéticos mediante su análisis por técnicas de
biología molecular para reconocer sus aplicaciones en el campo de la biotecnología

Secuencia de trabajo:

1. Leer el contenido de la Unidad 2.

2. Revisar las actividades sugeridas en la Planeación Docente en Línea Unidad
1.
3. Revisar con detenimiento, el material y recursos de apoyo (Propuestos por el
Docente en Línea).

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4. Participar en la actividad 1. “Foro de construcción del conocimiento” Unidad

1.
5. Elaborar y enviar correctamente la Actividad 2 entregable de la Unidad 2.
6. Elaborar y enviar correctamente la Evidencia de Aprendizaje de la Unidad 2.
7. Elaborar y enviar las Autorreflexiones de la Unidad 2.

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Actividad 1. Foro: Proteómica, extracción y purificación de proteínas.

Fecha Límite de entrega: Miércoles Miércoles 03 de agosto.

Instrucciones:

1. Revisa el contenido de la unidad 2 y los materiales de apoyo sugeridos para

la actividad.

2. Investiga los siguientes temas para reforzar tu conocimiento, en la

elaboración de la actividad: Proteómica, fundamentos, tecnologías
moleculares que se utilizan para extraer y purificar las proteínas.

3. Publica tu participación en el “Foro de construcción del conocimiento” de

manera directa, utilizando el editor de la plataforma (no subas archivos de
Word, PDF, links o enlaces con tu trabajo, ya que no serán considerados
para tu evaluación) Tu actividad en el foro debe ser completa y clara para
poder ser visualizada por todos los integrantes. Recuerda que debes
comentar de forma respetuosa y siguiendo las reglas de convivencia.

Tu participación deberá contener lo siguiente:

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a) Explica ¿qué son las proteínas? Y realiza un esquema de la síntesis de

proteínas.

b) Define ¿Qué es la Proteómica y en que se diferencia con el estudio

clásico de las proteínas? (explica brevemente en propias palabras).

c) Describe brevemente una metodología para extraer proteínas, donde

se incluya cada uno de los pasos y el nombre de esta.

d) Dirígete al siguiente enlace:

https://www.labxchange.org/library/items/lb:LabXchange:b0bd8b13:lx_simulation:1

Y realiza la práctica “Purificación de proteínas mediante

cromatografía en columna”
Una vez finalizada la práctica en la sección de reflexiones, contesta el
cuestionario y realiza una captura de pantalla de tus respuestas antes
de dar paso a la siguiente sección, sube estas a la plataforma para
evidenciar que realizaste la práctica.

4. Argumenta tu participación en el foro y susténtala con fuentes bibliográficas

confiables.

5. Cuida, ortografía y redacción al argumentar.

6. Publicada tu participación en el foro, retroalimenta mínimo a dos de tus

compañeros. Recuerda que el intercambio de información y puntos de vista
sustentados en fuentes bibliográficas, nos permite entender más
claramente el tema, por ello, evita evaluar la participación de tus
compañeros o solo concordar con lo presentado por ellos, debes agregar
información nueva o ampliar la presentada para complementar la respuesta.
Considera que este aspecto equivale al 10% de la evaluación total de la
participación en foro, por lo que no debe omitirse.

7. Cita tus referencias, tanto en tu aportación al foro como en tu

retroalimentación en formato APA.

NOTA: Tu publicación debe ser redactada en propias palabras, puedes citar

fragmentos breves de otros autores (no más de dos renglones), siguiendo el
entrecomillado y el formato APA. Cualquier actividad en donde se detecte plagio
será anulada para evaluación.

Criterios de evaluación:

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CONCEPTO PUNTAJE
a) Define correctamente las proteínas y realiza el 20%
esquema de la síntesis proteica.

b) Describe de manera acertada la Proteómica y en 10%

propias palabras marca la diferencia entre el estudio
clásico de las proteínas.

c) Describe correctamente la metodología para la 30%

extracción de proteínas y menciona el nombre.

d) Realiza acertadamente la práctica de purificación 20%

de proteínas y sube evidencia de su realización.

d) Retroalimenta de manera enriquecedora el tema, 10%

de al menos dos de sus compañeros.

e) Redacción y ortografía correctas. 5%

f) Citas bibliográficas confiables y en formato APA. 5%

TOTAL 100%

Materiales de apoyo:
Castellanos L, González LJ y Padrón G. (s. f.) PROTEÓMICA (capítulo 20). [Archivo de
video] Recuperado 15 de julio 2022 de
https://elfosscientiae.cigb.edu.cu/PDFs/Muestras/chapter20.pdf

LabXchange (2022) Purificación de proteinas mediante cromatografía de columna.

En www. labXchange. gob. Consultado 15 de julio 2022 de
https://www.labxchange.org/library/items/lb:LabXchange:b0bd8b13:lx_simulation:1

Maldonado K, Martell R, Alvarado B, Valero J, Martínez A, Díaz AG. y González R (2018)

Comparación de métodos de extracción de proteínas de cerebro y linfocitos de rata.
Tecnociencia Chihuahua. Vol. XI(3). [Archivo PDF]Recuperado 14 de julio 2022 de
http://cathi.uacj.mx/bitstream/handle/20.500.11961/4701/Art%C3%ADculo%20Raquel%202018.pdf?sequence=1&isAllowed=y

Ramírez S, Miranda B, Rodríguez C. (2021) Purificación de proteínas. [Archivo PDF]

Recuperado 15 de julio 2022 de
http://bq.facmed.unam.mx/tab/wp-content/uploads/2021/06/7-Rodriguez-
Purificacion.pdf

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Torrades S. (2004) Proteómica El diseño molecular de la vida. OFFARM. Vol. 23(4).

[Archivo PDF] Recuperado 15 de julio 2022 de
https://www.elsevier.es/es-revista-offarm-4-pdf-13060308
Software de apoyo
LABXCHANGE.COM

Actividad 2. Separación y cuantificación de Proteínas

Fecha límite de entrega puntual: Martes 09 de agosto.

Fecha límite de entrega tardía: Lunes 15 de agosto.

Instrucciones:

1. Revisa el contenido de la Unidad 2.

2. Investiga los siguientes temas para reforzar tu conocimiento en la

elaboración de tu actividad: Métodos de análisis de proteínas, electroforesis
bidimensional, espectrofotometría de masas, chips de proteínas.

3. Elabora un documento con letra Arial 11 (con un máximo de 6 cuartillas,

portada incluida), que integre:

a) Portada con los siguientes elementos, Nombre de la Universidad, carrera,

nombre de la asignatura, grupo, unidad, nombre del alumno, matrícula y
fecha de entrega.

Una vez que se ha realizado la extracción de las proteínas y se han purificado, se

debe realizar un análisis para saber que proteínas se obtuvieron, su peso
molecular y la pureza de estas, para ello se deben realizar diversas técnicas.

b) Define brevemente ¿Qué es la electroforesis?

Uno de los métodos que se utilizan para separar las proteínas es la electroforesis
en gel de Poliacrilamida con SDS.

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Menciona ¿cuál es el fundamento bioquímico de esta técnica, dentro de

la matriz de gel?. Es decir, que pasa con las proteínas en el entramado de
los geles de poliacrilamida. (Breve explicación en propias palabras).

c) Revisa el siguiente material:

“Electroforesis en proteínas (tutorial)” en el siguiente enlace
https://www.youtube.com/watch?v=_8xftsCIwYo&t=655s

“Electroforesis en gel de Poliacrilamida para proteínas” en el siguiente

enlace
https://www.youtube.com/watch?v=xzZ692bvpyg

Dirigete al siguiente enlace y realiza la simulación de “Electroforesis de

proteínas en gel de poliacrilamida con SDS”
https://biomodel.uah.es/lab/SDS-PAGE/inicio.htm

Lee la presentación y las instrucciones, realiza una captura de pantalla con

las especificaciones que elegiste de 4 proteínas o más de tu preferencia,
antes de comenzar la práctica en el simulador. Otra captura de pantalla del
corrimiento de tu gel donde se vean las proteínas que separaste, al señalar
con el puntero cada una de las proteínas aparece en la parte superior sus
datos, elabora una tabla con estos y calcula el peso molecular aproximado:

Proteína Masa Molecular Log Mr Peso molecular

aproximado de la
proteina (calcular)

El peso molecular de la proteína se calcula con la potencia base 10 y el

exponente es el LogMr, siendo la unidad del resultado en kDalton.

d) Describe brevemente en que consiste el método de Bradford y el de

Lowry para cuantificar proteínas.

Dirigete al siguiente enlace:

https://biomodel.uah.es/lab/abs/espectro.htm

Lee las instrucciones y da clic en la segunda pestaña (A y conc.) entra en

la actividad 2ª y Realiza la práctica de un ensayo de cuantificación de
proteínas, obtén una captura de pantalla de tus resultados y la gráfica de
tus cubetas y contesta las preguntas en el análisis cualitativo de los

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resultados, además elabora la tabla y gráfica del análisis cuantitativo de

los resultados contestando la pregunta.

4. Cuida, ortografía y redacción.

5. Cita tus fuentes de consulta en formato APA (recuerda que debes apoyarte
en fuentes confiables, libros, archivos PDF, páginas de Instituciones
confiables, universidades, bibliotecas de Instituciones educativas, etc., NO
Wikipedia, NO buenas tareas, ni hipertextos, tampoco páginas de conceptos
y definiciones).

6. Guarda tu actividad en formato Word o PDF con la nomenclatura

BBM2_U2_A2_XXYZ (Sustituir las “XX” por las primeras letras de tu nombre, la
“Y” por la inicial de tu primer apellido y la “Z” por la inicial de tu segundo
apellido).

7. Sube tus actividades al apartado correspondiente en la plataforma (NO dejes

en borrador, porque puede evitar que tu actividad sea evaluada).

Criterios de evaluación:

CONCEPTO PUNTAJE
a)Define correctamente ¿qué es la electroforesis? Y 10%
explica brevemente de manera acertada el
fundamento bioquímico de la electroforesis de gel
de poliacrilamida.

b) Realiza correctamente la práctica de simulación 40%

de la electroforesis en gel de poliacrilamida SDS y
elabora acertadamente la tabla de datos. Presenta
evidencias.

c)Describe efectivamente los métodos de Bradfor y 40%

Lowry para la cuantificación de proteínas y realiza la
simulación de la cuantificación de proteínas,
presenta evidencias y responde preguntas.

d) Redacta de manera breve, en propias palabras, 5%

con buena ortografía.

e) Fundamenta su actividad con por lo menos 5 5%

fuentes bibliográficas confiables y en formato APA.

TOTAL 100%

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Materiales de apoyo:
Aguilera B. (2021) Extracción y Cuantificación de proteínas. Universidad Nacional de
Quilmes. [Archivo PDF]. Recuperado 15 de julio 2022 de
http://cronos.unq.edu.ar/ibcm/guiastp/2008/manana/tp2_tm.pdf

Canal Divulgación /03 de noviembre 2013) Electroforesís de proteínas (tutorial).

Divulgación científica. [Archivo de Video] Recuperado 15 de julio 2022 de
https://www.youtube.com/watch?v=_8xftsCIwYo&t=655s

Castellanos L, González LJ y Padrón G. (s. f.) PROTEÓMICA (capítulo 20). [Archivo de

video] Recuperado 15 de julio 2022 de
https://elfosscientiae.cigb.edu.cu/PDFs/Muestras/chapter20.pdf

Fernández E. y Galván A (2015) Métodos de Cuantificación de Proteínas. [Archivo

PDF] Recuperado 17 de julio 2022 de
https://www.uco.es/organiza/departamentos/bioquimica-biol-
mol/pdfs/27%20METODOS%20PARA%20LA%20CUANTIFICACION%20DE%20PROTEINAS.pdf

Manos a la Ciencia (14 de octubre 2020) Electroforesis en gel de Poliacrilamida para

Proteínas. [Archivo de video]Recuperado 14 de julio 2022 de

https://www.youtube.com/watch?v=xzZ692bvpyg

Montalvo CA. y Lugo F. (2016) Electroforesis: Fundamentos, Avnaces y Aplicaciones.

[Archivo PDF] Recuperdado de ELECTROFORESIS-EPISTEMUS artículo para
descargar.

Software de apoyo:
Biomodel.uah.es

Evidencia de aprendizaje: Secuenciación de Proteínas.

Fecha límite de entrega puntual: Lunes 15 de agosto.

Fecha límite de entrega tardía: Domingo 21 de agosto.

Instrucciones:

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1. Revisa el contenido de la unidad 2.

2. Investiga los siguientes temas para reforzar tu conocimiento en la

elaboración de tu actividad: Secuenciación de Proteínas, método de Edman,
Sanger, espectrometría de masas. Técnica de Western blot.

3. Elabora un documento en Arial 11 (con un máximo de 6 cuartillas incluyendo

portada) que integre:

a) Portada con los siguientes elementos, Nombre de la Universidad, carrera,

nombre de la asignatura, grupo, unidad, nombre del alumno, matrícula y
fecha de entrega.

b) Describe ¿en qué consiste el método de degradación de Edman para

la secuenciación de proteínas?

Explica el procedimiento de este método para secuenciar proteínas,

puedes ilustrarlo.

c) Menciona el fundamento teórico de la espectrofotometría de masas y

los componentes que integran el proceso en la secuenciación de
proteínas.

Una de las técnicas para el análisis de proteínas más específicas es el Wester blot,
ya que no solo detecta las proteínas en un corrimiento ya elaborado en
electroforesis en gen, sino que desenmascara las proteínas de bajo peso molecular
que no pueden ser tan visibles en el gel de agarosa.

d) Elabora un diagrama con los procesos que integran el método de

Western blot y agrega una breve explicación de cada uno, puedes
ilustrarlos.

¿Qué ventajas y desventajas presenta esta técnica?

e) Elabora una conclusión de las técnicas de secuenciación de proteínas

revisadas y menciona si se han establecido en la actualidad nuevas
técnicas o se han modificado las mencionadas.

4. Cuida, ortografía y redacción.

5. Cita tus fuentes de consulta en formato APA (recuerda que debes apoyarte
en fuentes confiables: libros, archivos PDF, páginas de Instituciones

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confiables-universidades, bibliotecas, etc.), No Wikipedia, no buenas tareas,

no hipertextos, no la página de conceptos y definiciones.

NOTA: Recuerda que debes redactar con propias palabras, si tomas

fragmentos del trabajo original debes citarlo correctamente en formato APA,
cualquier actividad donde se detecte plagio será sancionada.
Tu documento no deberá pesar más de 5 MB.

6. Guarda tu actividad en formato Word o PDF con la nomenclatura

BBM2_U2_EA_XXYZ. (Sustituir las “XX” por las dos primeras letras de tu
primer nombre, la “Y” por la inicial de tu primer apellido y la “Z” por la inicial
de tu segundo apellido).

Criterios de evaluación:

CONCEPTO PUNTAJE
a) Describe correctamente en que consiste el 30%
método de degradación de Edman, además explica
el procedimiento y lo ilustra.
b) Menciona acertadamente el fundamento teórico 20%
de la espectrofotometría de masas y los
componentes que integran este proceso.
c) Elabora un diagrama completo de las etapas que 30%
integran el Western blot, señalando las ventajas y
desventajas de este.
d) Elabora una conclusión correcta de las técnicas de 10%
secuenciación revisadas

d) Redacción, en propias palabras y ortografía 5%

correcta.
e) Sustenta su actividad con fuentes bibliográficas 5%
confiables y en formato APA.
TOTAL 100%

Materiales de apoyo:
Abián J, Carrascal M. y Gay M (2008) Introducción a la espectrometría de masas para
la caracterización de péptidos y proteínas en proteómica. [Archivo PDF]
Recuperado 16 de julio de 2022 de
https://core.ac.uk/download/pdf/60886376.pdf

Aguilera B. (2021) Western blot. Universidad Nacional de Quilmes. [Archivo PDF].

Recuperado 15 de julio 2022 de

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http://cronos.unq.edu.ar/ibcm/guiastp/2008/manana/tp6_tm.pdf

De la Fuente A, Rodríguez J y Fonseca E. Analisis de proteínas mediante

electroforesis e inmunotransferencia (Western blot). [Archivo PDF] recuperado 15
de julio 2022 de
https://www.researchgate.net/publication/250774819_Analisis_de_proteinas_mediante_electroforesis_e_inmunotransferencia_Western_blot

S.A. (s.f.) Espectrofotometría de masas. [Archivo PDF] Recuperado 16 de julio 2022

de
https://www.mncn.csic.es/docs/repositorio/es_ES/investigacion/cromatografia/espectrometria_de_masas.pdf

Vega NA y Reyes EA (2020) Introducción al Análisis estructural de proteínas y

glicoproteínas. Facultad de ciencias Universidad de Colombia.

Software de apoyo

Autorreflexión Unidad 2

Fecha de entrega: Lunes 15 de agosto

Instrucciones:

1. Elabora un documento, en letra Arial 11 (de máximo 2 cuartillas con la

portada incluida), que comprenda:

a) Portada con los siguientes elementos: Nombre de la universidad, carrera,

nombre de la asignatura, grupo, nombre de la unidad, nombre de la
actividad, nombre del alumno, matrícula y fecha en que se entrega la
actividad.

b) Da respuesta a las siguientes preguntas:

I. ¿Consideras que la Proteómica ha especificado más el

conocimiento de las proteínas innovando, también en las técnicas
moleculares de análisis de estas? ¿Por qué?

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II. ¿Piensas que los métodos clásicos de análisis de las proteínas

siguen siendo la base de las nuevas técnicas moleculares e
investigaciones biotecnológicas en este rubro? ¿Por qué?

III. ¿Consideras que las actividades y prácticas simuladas te han

servido para complementar los conocimientos adquiridos de los
temas de esta unidad 2? ¿Por qué?

2. Cuida ortografía, redacción y citar las fuentes en formato APA.

3.- Guarda la actividad en formato PDF con la nomenclatura

BBM2_U2_ATR_XXYZ. (Sustituir las “XX” por las dos primeras letras de tu
primer nombre, la “Y” por la inicial de tu primer apellido y la “Z” por la inicial
de tu segundo apellido).

4.- Sube la actividad al apartado correspondiente.

NOTA: Apóyate de fuentes confiables de información, pero debes redactar
todo con tus propias palabras.

Criterios de evaluación:
CONCEPTO PUNTAJE
a) Responde acertadamente a la pregunta: 30%
¿Consideras que la Proteomica ha especificado más en
el conocimiento de las proteínas, innovando también
en las técnicas moleculares de análisis de estas? ¿Por
qué?

b) Analiza y contesta de manera correcta a la 30%

pregunta:
¿Piensas que los métodos clásicos de análisis de las
proteínas siguen siendo la base de las nuevas técnicas
moleculares e investigaciones biotecnológicas en este
rubro? ¿Por qué?

c) Reflexiona sobre la cuestión: 30%

¿Consideras que las actividades y las prácticas
simuladas te han servido para complementar los
conocimientos adquiridos de los temas de esta unidad
2? ¿Por qué?

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d) Redacta correctamente en propias palabras y con 5%

buena ortografía.
e) Argumenta con propias palabras y Cita de ser 5%
necesario fuentes bibliograficas en APA
TOTAL 100

Verifica Los lineamientos de entrega semanal en la siguiente liga:

https://unadmex.sharepoint.com/sites/reglamentogral

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