04/07/22

OVA SP – 06

Análisis de la secuencia del genoma de cada virus tratado en clase.

Genes marcadores para el diagnóstico de laboratorio y el seguimiento epidemiológico

I. Dengue (DENV)

(1) Confirmar que el oligonucleótido de consenso F-DENV-1-2-3-4, utilizado en una

reacción “DENV multiplex rRT-PCR”, permite amplificar a los 4 serotipos (DENV-1,
DENV-2, DENV-3, DENV-4)
>F-DENV-1-2-3-4
TCAATATGCTGAAACGCGCGAGAAACCG

Dengue virus 1
NCBI Reference Sequence: NC_001477.1
Dengue virus 2
NCBI Reference Sequence: NC_001474.2
Dengue virus 3
NCBI Reference Sequence: NC_001475.2
Dengue virus 4
NCBI Reference Sequence: NC_002640.1

Utilizar: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

Debido al alto porcentaje de identidad con el oligonucleótido con cada genoma, si permite la
amplificación.
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(2) Determinar la posición de:

- secuencias conservadas 5’ y 3’ CS
- RNA subgenómicos en 3’ UTR

Profesor(a) DENV
Dengue virus 3
Raúl Castro
NCBI Reference Sequence: NC_001475.2

Dengue virus 3
NCBI Reference Sequence: NC_001475.2

5´CS
132..142
/regulatory_class="other"
/note="5' conserved sequence (CS); also called cyclization
sequence"
3´CS
10602..10612
/regulatory_class="other"
/note="3' conserved sequence (CS); also called cyclization
sequence"

RNA subgenómicos en 3’ UTR

10290..10707
/ncRNA_class="lncRNA"
/product="sfRNA1"
/note="subgenomic flavivirus RNA"
10366..10707
/ncRNA_class="lncRNA"
/product="sfRNA2"
/note="subgenomic flavivirus RNA"
10436..10707
/ncRNA_class="lncRNA"
/product="sfRNA3"
/note="subgenomic flavivirus RNA"
10524..10707
/ncRNA_class="lncRNA"
/product="sfRNA4"
/note="subgenomic flavivirus RNA"
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(3) Ejecutar el alineamiento del oligonucleótido F-DENV-1-2-3-4 y el “Reverse”

específico de serotipo R-DENV-2
Utilizar: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

>F-DENV-1-2-3-4
TCAATATGCTGAAACGCGCGAGAAACCG
>R-DENV-2
ACGCATTGTCATTGAAGGAG

Dengue virus 2
NCBI Reference Sequence: NC_001474.2

II. Virus Zika (ZIKV)

Zika virus isolate ZIKV/H. sapiens/Brazil/Natal/2015, complete genome
NCBI Reference Sequence: NC_035889.1
>F-Zika
TGCAAAGGGAAGGCTGTCCTC
>R-Zika
GGTCAGAGTTTGCATGTCCAC

- Ejecutar el alineamiento de los oligonucleótidos F-Zika y R-Zika con la secuencia del genoma.
Ingresar al NCBI y buscar el genoma de interés
NCBI Reference Sequence: NC_035889.1
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Una vez obtenido el Genoma, llevarlo a formato Fasta.text y copiarlo

Utilizar el siguiente enlace, el cual nos permite realizar los alineamientos:

https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

Pegar el Genoma de interés y los oligonucleótidos, ejecutar BLAST y obtenemos los resultados:

- Determinar la posición de la región del “amplicón”

Se determinó que las zonas del F y R-Zika son los inicios de la región del amplicón; por lo tanto la
posición de la región es: 1814…2036

- Verificar el péptido (región equivalente a DNA) que contiene al “amplicón”

El amplicón esta en una región del gen Poly que codifica para proteínas estructurales y no
estructurales.

III. Hepatitis C (HCV)

Predicción de resistencia a antivirales de acción directa DAAs (RASs: sustitución de aminoácidos
asociados a resistencia).
Geno2- Pheno algorithm
Ejecutar el siguiente programa:
http://hcv.geno2pheno.org/index.php

>ON009333
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AGCGGCGATTGGCTGCGTACCATCTGGGACTGGGTTTGCGCGATGTTGTCCGACTTCAAGACATGGCTCTCTGCTAAGATCATGCCA
GCGCTCCCCGGACTGCCCTTTATCTCCTGTCAAAAGGGGTACAAGGGCGTGTGGCGGGGGGACGGCGTGATGTCAACACGCTGTCCT
TGCGGGGCATCGATAACTGGCCATGTGAAGAATGGGTCCATGCGGCTTGCAGGGCCGCGTACATGTGCTAACATGTGGCACGGTACT
TTCCCCATCAATGAGCATACCACCGGACCCGGCACACCTTGCCCATCACACAATTACACTCGCGCACTATGGCGTGTGTCTGCCAGC
AGCTACGTCGAGGTGCGTCGGGTGGGAGACTTCCATTACATCACGGGGGCCACAGAAGATGAGCTCAAGTGTCCGTGCCAAGTGCCG
GCTCCTGAGTTCTTCACTGAAGTGGATGGGGTGAGACTCCACCGTTACGCCCCTCCGTGTAAGCCCCTGTTGAGAGATGAGATCACT
TTCATGGTAGGGTTACATTCCTACCCGATAGGATCTCAACTCCCCTGTGAGCCCGAACCAGATGTTTCTGTGCTGACCTCGATGTTG
AGAGACCCTTCCCATATCACCGCCGAGACG

Copiar el Fasta.text y ejecutar en el link anterior, para obtener los resultados

IV. Hepatitis E (HEV)

Orthohepevirus A genomic RNA, complete genome, genotype 4, strain: E087-SAP04C
GenBank: AB369688.1
>F-HEV
GGTGGTTTCTGGGGTGAC
>R-HEV
AGGGGTTGGTTGGATGAA

- Ejecutar el alineamiento de los oligonucleótidos F-HEV y R-HEV con la secuencia del genoma.
Ingresar al genoma: GenBank: AB369688.1

Utilizar el siguiente enlace, el cual nos permite realizar los alineamientos:

https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

Pegar el Genoma de interés y los oligonucleótidos, ejecutar BLAST y obtenemos los resultados:
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- Determinar la posición de la región del “amplicón”

Se determinó que las zonas del F y R-HEV son los inicios de la región del amplicón; por lo tanto la
posición de la región es: 5279 ….5348

- Verificar el ORF que contiene al “amplicón”

Contiene el ORF 2 y el ORF 3

- Determinar la posición de la región no codificadora que presenta la poli adenilación

7218..7227
/note="polyA region"
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Tarea para estudiante

I. Dengue (DENV)

Ejecutar el alineamiento del oligonucleótido F-DENV-1-2-3-4 y el “Reverse” específico

de serotipo R-DENV-4
NC_002640.1
>F-DENV-1-2-3-4
TCAATATGCTGAAACGCGCGAGAAACCG
>R-DENV-4
GGAAAGGACTCGCAAAAAC

II. Virus Zika (ZIKV)

- Ejecutar el alineamiento de los oligonucleótidos F-Zika y R-Zika con la secuencia del genoma.
- Determinar la posición de la región del “amplicón”
- Verificar el péptido (región equivalente a DNA) que contiene al “amplicón”
>F-Zika
TGCAAAGGGAAGGCTGTCCTC
>R-Zika
GGTCAGAGTTTGCATGTCCAC

ON586853.1
LOCUS ON586853 10794 bp RNA linear VRL 21-JUN-2022
DEFINITION Zika virus isolate H.468, complete genome.
ACCESSION ON586853
VERSION ON586853.1