ANALISIS DE SECUENCIAS DE ADN USANDO LOS PROGRAMAS BIOEDIT,

RDPII Y MEGA 11

INFORME DE LABORATORIO
BIOTECNOLOGIA

Presentado por:
OJEDA PAREDES JUAN JOSE
HERNANDEZ CHAMORRO UBEIMAR ALEJANDRO
VASQUEZ MERA NEFFER AUGUSTO

Presentado a:
IVAN DARIO OTERO RAMIREZ

UNIVERSIDAD DEL CAUCA

FACULTAD DE CIENCIAS AGRARIAS

2023
Cada grupo recibirá 4 secuencias en formato Bioedit
Actividades
1. Editar las secuencias de acuerdo a la observación realizada en el programa Bioedit,
elimine las regiones de la secuencia que presenten ruido.
2. Guardar la secuencia editada en formato fasta.
3. Hacer la comparación de su secuencia problema con la base de datos del National
Center for Biotechnology Information (NCBI) opción blast, para esta opción utilice la
secuencia editada
4. Cargar los archivos de las secuencias editadas y en formato fasta al classroom
5. Completar la siguiente tabla con la identificación correspondiente a cada secuencia de
acuerdo a lo obtenido en NCBI
Secuencia Descripción Nombre científico % de identidad Número de acceso
problema
001_27F Leuconostoc Leuconostoc 100% HG798395
mesenteroides mesenteroides
partial 16S rRNA partial
gene, isolate BS0-
30.

002_1041R Leuconostoc Leuconostoc 100% OQ701447

mesenteroides mesenteroides
strain strain
HBUAS66052 16S HBUAS66052
ribosomal RNA
gene,
partial
sequence.

018_A_Forward_U Limosilactobacillus Limosilactobacillus 100% MT538870

niversal fermentum strain fermentum strain
8933 16S 8933
ribosomal RNA
gene,
partial
sequence.

037_A_Forward_U Acetobacter Acetobacter 100% CP039846

niversal pasteurianus strain pasteurianus strain
CICC 22518 CICC 22518
chromosome,
complete

6. Utilizar la base de datos NCBI para descargar 6 secuencias del gen 16 S ARN ribosomal
(para bacterias) 28S ARN ribosomal (para hongos o levaduras) relacionadas con los
microorganismos identificados. Guardar las secuencias en formato fasta. Anexar las
secuencias en formato fasta a este documento. Complete la siguiente tabla:
Secuencia de referencia Descripción Nombre científico Número de
acceso
001_27F KR 1020220071167- NOVEL STRAIN OF OF408332
A/1: NOVEL Leuconostoc
STRAIN OF mesenteroides AND
Leuconostoc USE THEREOF
mesenteroides AND
USE
THEREOF.

002_1041R Leuconostoc Leuconostoc OK513089

mesenteroides strain mesenteroides strain
C2 16S ribosomal C2
RNA gene, partial
sequence.

018_A_Forward_Unive Limosilactobacillus Limosilactobacillus NR_104927

rsal fermentum strain CIP fermentum strain CIP
102980 16S ribosomal 102980
RNA,
partial
sequence.

037_A_Forward_Unive Acetobacter Acetobacter NR_026107

rsal pasteurianus strain pasteurianus strain
LMD 22.1 16S LMD 22.1
ribosomal RNA,
partial
sequence

001_27F Leuconostoc Leuconostoc AJ271107

mesenteroides partial mesenteroides partial
dsr S gene for dsr S
dextransucrase

002_1041R Leuconostoc Leuconostoc NR_157602

mesenteroides subsp. mesenteroides subsp.
jonggajibkimchii jonggajibkimchii
strain DRC1506 strain DRC1506
16S ribosomal
RNA, complete
sequence.
 018_A_Forward_Unive Limosilactobacillus Limosilacto bacillus NR_113335
rsal fermentum strain fermentum strain
NBRC 15885 16S NBRC 15885
ribosomal RNA,
partial
sequence

7. Utilizar la guía del laboratorio para hacer la identificación de las secuencias problema y
las secuencias descargadas utilizando los programas bioinformáticos Bioedit
(https://bioedit.software.informer.com/Descargar-gratis) y la base de datos Robosomal
Databases Project (RDP) –Classifier – seqmatch
(http://rdp.cme.msu.edu/classifier/classifier.jsp;jsessionid=44A928FAEC72EF11BC31
89DCA9A7F2F3.10.0.0.9). En esta identificación tenga en cuenta si sus secuencias son
de bacterias, hongos o levaduras.
8.
A continuación, se presenta los resultados del archivo subido a la página rdp con todas
las secuencias que se ha venido trabajando, tanto las brindadas por el profesor como las
descargadas en la página National Library of Medicine
A continuación, se descargó el archivo txt para pasarlo en formato Excel

Luego se procedió a subir la secuencia guardad en bioedidt en el apartado de la misma

pagina seqmatch eligiendo solo 2 para obtener la similaridad con las secuencias obtenidas
obteniendo el siguiente resultado de la imagen, donde En naranja aparece el índice de
identidad para luego guardarlo en formato excel.
Resultados en excel acontinuacion en la siguiente imagen:
Luego se realizo la descarga del RDP para abrirlo en el programa bioedit y poder
guardarlo en formato genbank
9. Completar la siguiente tabla con la identificación correspondiente a cada secuencia de
acuerdo a lo obtenido en RDP.

Secuencia Identificación % de identidad Número de acceso

problema
037_A_Forward_U Acetobacter 100 S000006932
niversal pasteurianus
002_1041R Leuconostoc 100 S000002607
mesenteroides
018_A_Forward_ Lactobacillus S000941653
Universal fermentum
001_27F Leuconostoc 100 S000022154
mesenteroide

10. Utilizando las secuencias problema entregadas y las 4 secuencias descargadas en el

NCBI, continuar con la aplicación de la guía y construir el árbol filogenético. Para esto
utilizar los programas Bioedit y Mega (https://www.megasoftware.net/). Tenga en cuenta
si sus secuencias son de bacterias, hongos o levaduras. Realice un análisis del árbol
filogenético obtenido.

En la utilización del programa mega11 al cargar las secuencias en formato fasta se obtuvo
la siguiente imagen con las secuencias
Análisis
Después de varios intentos no se pudo realizar el árbol filogenético debido a que el
programa mega 11 se cerraba segundos después de iniciado el proceso de la ultima
imagen en este documento.
 Al desarrollar los procedimientos de la guía y al pasar por los programas mega11, bioedit
y las páginas en internet National Library of Medicine y rdp se obtienen las bases
suficientes que permitan en un futuro la identificación de secuencia realizando
comparaciones con bases de datos las cual aporta porcentajes de certeza hasta del 100%
y al ser estos gratis podría reducir los costos a futuro en una investigación biotecnológica
aplicada.

11. Realice un análisis de los resultados obtenidos donde explique un proceso agroindustrial
donde se utilice cada uno de los microorganismos identificados con las secuencias
problema entregadas.

La Leuconostoc mesenteroides es una bacteria ácido láctica que se encuentra comúnmente

en ambientes naturales, incluyendo el suelo y las plantas. En la agroindustria, esta bacteria
se ha utilizado en diversos procesos, como por ejemplo:
Producción de silos de maíz: La Leuconostoc mesenteroides se utiliza como cultivo
iniciador para la fermentación de silos de maíz. La bacteria produce ácido láctico y otros
ácidos orgánicos durante la fermentación, lo que ayuda a preservar el maíz y a prevenir la
formación de hongos y otros microorganismos.
Elaboración de alimentos fermentados: La Leuconostoc mesenteroides se utiliza en la
elaboración de alimentos fermentados, como el chucrut, el kimchi y la salchicha
fermentada. La bacteria ayuda a producir ácido láctico y otros compuestos que mejoran el
sabor, la textura y la conservación de estos alimentos.
Producción de bioplásticos: La Leuconostoc mesenteroides puede producir polímeros
biodegradables a partir de residuos de la agroindustria, como el almidón de maíz y la paja
de trigo. Estos polímeros pueden utilizarse como alternativas sostenibles a los plásticos
convencionales.
Tratamiento de aguas residuales: La Leuconostoc mesenteroides también se ha utilizado en
la depuración de aguas residuales en la agroindustria. La bacteria puede descomponer los
contaminantes orgánicos y reducir la carga contaminante de las aguas residuales antes de su
descarga al medio ambiente.
En resumen, la Leuconostoc mesenteroides tiene una amplia variedad de aplicaciones en la
agroindustria, desde la producción de alimentos fermentados hasta la elaboración de
bioplásticos y el tratamiento de aguas residuales.(Elisha & Courvalin, 1995; Revol-Junelles
et al., 1996)

La Leuconostoc mesenteroides es una especie de bacteria ácido láctica que se encuentra en

diversos ambientes naturales, incluyendo la agroindustria. Existen varias cepas o "strains"
de esta bacteria, cada una con características únicas que pueden ser útiles para distintas
aplicaciones en la agroindustria.
Algunas de las aplicaciones específicas de ciertas cepas de Leuconostoc mesenteroides en
la agroindustria incluyen:
Producción de alimentos fermentados: Ciertas cepas de Leuconostoc mesenteroides pueden
ser utilizadas en la producción de alimentos fermentados, como el chucrut, el kimchi y la
salchicha fermentada. Estas cepas son capaces de producir ácido láctico y otros compuestos
que mejoran el sabor, la textura y la conservación de estos alimentos.
Producción de bioplásticos: Algunas cepas de Leuconostoc mesenteroides pueden ser
utilizadas en la producción de bioplásticos a partir de residuos de la agroindustria, como el
almidón de maíz y la paja de trigo. Estas cepas son capaces de producir polímeros
biodegradables que pueden utilizarse como alternativas sostenibles a los plásticos
convencionales.
Tratamiento de aguas residuales: Ciertas cepas de Leuconostoc mesenteroides pueden ser
utilizadas en el tratamiento de aguas residuales en la agroindustria. Estas cepas son capaces
de descomponer los contaminantes orgánicos y reducir la carga contaminante de las aguas
residuales antes de su descarga al medio ambiente.
Mejora de la calidad del suelo: Algunas cepas de Leuconostoc mesenteroides pueden
utilizarse como biofertilizantes para mejorar la calidad del suelo en la agroindustria. Estas
cepas son capaces de fijar el nitrógeno y otros nutrientes en el suelo, lo que puede mejorar
la producción de cultivos y reducir la necesidad de fertilizantes químicos.

Limosilactobacillus fermentum (anteriormente conocida como Lactobacillus fermentum) es

una bacteria ácido láctica que se encuentra en diversos ambientes naturales, incluyendo la
agroindustria. Algunas de las aplicaciones de esta bacteria en la agroindustria son:
Producción de alimentos fermentados: Limosilactobacillus fermentum puede ser utilizada
como cultivo iniciador en la producción de alimentos fermentados, como yogur, queso y
chucrut. La bacteria produce ácido láctico y otros compuestos que mejoran el sabor, la
textura y la conservación de estos alimentos.(Paulino do Nascimento et al., 2022)
Conservación de forrajes: Limosilactobacillus fermentum puede ser utilizada en la
conservación de forrajes mediante el proceso de ensilaje. La bacteria produce ácido láctico
durante la fermentación, lo que reduce el pH del forraje y ayuda a prevenir la proliferación
de microorganismos dañinos.
Producción de bioplásticos: Limosilactobacillus fermentum puede ser utilizada en la
producción de bioplásticos a partir de residuos de la agroindustria, como el almidón de
maíz y la paja de trigo. La bacteria es capaz de producir polímeros biodegradables que
pueden utilizarse como alternativas sostenibles a los plásticos convencionales.
Mejora de la calidad del suelo: Limosilactobacillus fermentum puede ser utilizada como
biofertilizante en la agroindustria para mejorar la calidad del suelo y la producción de
cultivos. La bacteria es capaz de fijar el nitrógeno y otros nutrientes en el suelo, lo que
puede reducir la necesidad de fertilizantes químicos.

Acetobacter pasteurianus es una bacteria que se encuentra comúnmente en ambientes

naturales, incluyendo la agroindustria. Esta bacteria tiene diversas aplicaciones en la
agroindustria, algunas de las cuales son:
Producción de vinagre: Acetobacter pasteurianus es una de las bacterias utilizadas en la
producción de vinagre. La bacteria convierte el alcohol en ácido acético mediante un
proceso de fermentación aeróbica, lo que da como resultado la producción de
vinagre.(Andrés-Barrao et al., 2012)
Conservación de alimentos: Acetobacter pasteurianus se puede utilizar en la conservación
de alimentos mediante el proceso de acidificación. La bacteria produce ácido acético
durante la fermentación, lo que reduce el pH del alimento y previene el crecimiento de
microorganismos dañinos.
Mejora de la calidad del suelo: Acetobacter pasteurianus se puede utilizar como
biofertilizante en la agroindustria para mejorar la calidad del suelo. La bacteria es capaz de
fijar el nitrógeno en el suelo, lo que puede reducir la necesidad de fertilizantes químicos y
mejorar la producción de cultivos.
Producción de bioplásticos: Acetobacter pasteurianus se puede utilizar en la producción de
bioplásticos a partir de residuos de la agroindustria, como el almidón de maíz y la paja de
trigo. La bacteria es capaz de producir polímeros biodegradables que pueden utilizarse
como alternativas sostenibles a los plásticos convencionales.
BIBLOGRAFIA

Andrés-Barrao, C., Saad, M. M., Chappuis, M.-L., Boffa, M., Perret, X., Ortega Pérez, R.,

& Barja, F. (2012). Proteome analysis of Acetobacter pasteurianus during acetic

acid fermentation. Journal of Proteomics, 75(6), 1701-1717.

https://doi.org/10.1016/j.jprot.2011.11.027

Elisha, B. G., & Courvalin, P. (1995). Analysis of genes encoding d-alanine: D-alanine

ligase-related enzymes in Leuconostoc mesenteroides and Lactobacillus spp. Gene,

152(1), 79-83. https://doi.org/10.1016/0378-1119(94)00692-L

Paulino do Nascimento, L. C., Lacerda, D. C., Ferreira, D. J. S., de Souza, E. L., & de Brito

Alves, J. L. (2022). Limosilactobacillus fermentum, Current Evidence on the

 Antioxidant Properties and Opportunities to be Exploited as a Probiotic

Microorganism. Probiotics and Antimicrobial Proteins, 14(5), 960-979.

https://doi.org/10.1007/s12602-022-09943-3

Revol-Junelles, A.-M., Mathis, R., Krier, F., Fleury, Y., Delfour, A., & Leebvre, G. (1996).

Leuconostoc mesenteroides subsp. Mesenteroides FR52 synthesizes two distinct

bacteriocins. Letters in Applied Microbiology, 23(2), 120-124.

https://doi.org/10.1111/j.1472-765X.1996.tb00045.x