Instituto Superior de Formación

Docente y Técnica N°213

Ensenada

Trabajo Práctico N°I.

“Uso de la base de datos GenBank”
Alumna: Gisela Correa

Ejercicio N° 1
Buscar la siguiente secuencia X01714:
a) ¿A qué tipo de molécula corresponde?
Es una molécula lineal de tipo ADN.
b) ¿Cuántos nucleótidos contiene?
Tiene una longitud de 1609 pb.
c) ¿En qué fecha se modificó el registro por última vez?
La ultima fecha de modificación data de 23/10/2008
d) En la línea DEFINITION, ¿qué quiere decir EC 3.6.1.23?
Es el nombre del organismo del cual proviene
e) ¿Cómo se denomina el gen?
Gen estructural de la dUTPasa
f) ¿Y la proteína que codifica?
La proteína que codifica es dUTPase (desoxiuridina 5'-trifosfato
nucleotidohidrolasa)
g) ¿De qué organismo procede?
Procede de una bacteria Escherichia coli.
h) ¿Qué palabras clave me podrían ayudar a encontrar esta proteína utilizando
el buscador de GenBank?
Palabras claves: dUTPase; Escherichia coli; Número de acceso.
i) ¿Cuáles son los autores que publicaron esta secuencia en la revista EMBO J?
Los autores son Lundberg,L.G., Thoresson,H.O., Karlstrom,O.H. and Nyman,P. y
el titulo es “Nucleotide sequence of the structural gene for dUTPase of
Escherichia coli K-12”.
j) ¿Qué características regulatorias existen en la secuencia? ¿Qué posición
ocupan en la secuencia? Explica su papel en la expresión del gen.
Esta molécula posee diversas características regulatorias en diferentes sitios
dentro de la secuencia para sinterizar la proteína sin nombre especifico dUTP-ase:

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Regulador I: entre las bases 310…316, clase promotor. Ubicado en la región -

10 de la secuencia.
Regulador II: entre las bases 286…291. Clase promotor. Ubicado en la región
-35 de la secuencia.
Regulador III: entre las bases 330…333. Clase reguladora. Ubicado en el sitio
de unión con el ARNr de la secuencia.

En otras palabras, la secuencia cuenta con dos sitios promotores y un sitio regulador
para la síntesis proteica.

Ejercicio N°2
Buscar la siguiente secuencia U90223.1 y conteste a las siguientes preguntas:
a) ¿Cuántos nucleótidos contiene?
Es la segunda revisión de una proteína mitocondrial de la especie humana y
abarca unos 960 pb
b) ¿En qué fecha se modificó el registro por última vez?
Se modificó por última vez el 3/01/1998
c) ¿Cuál es la dirección del laboratorio que ha enviado la secuencia a
GenBank?
Los autores son Ladner,RD y Caradonna,Sr. Se trata de una presentación directa,
enviada el 19/02/1997. Dpto. de Biología Molecular, Univ. de Med. y Dent. de
NJ-Escuela de Medicina Osteopática, Centro Médico 2. Drive, Stratford, Nueva
Jersey 08084, EE. UU.
d) ¿En qué compartimento celular se encuentra el gen que codifica esta
proteína?
El gen se encuentra dentro del núcleo celular.
e) ¿En qué compartimento celular desempeña su función esta proteína?
En las mitocondrias.
f) Descargue la secuencia CDS en formato FASTA.
>U90223.1 Human deoxyuridine triphosphate nucleotidohydrolase
precursor mRNA, nuclear gene encoding mitochondrial protein, complete
cds

GGTGGAAGCCTGGCGCACGTCCGGAGGTGCCGAGGACCCAACCAGCCCAAACTCTGGGGGAAATGACTCC
CCTCTGCCCTCGCCCCGCGCTCTGCTACCATTTCCTTACGTCTCTGCTTCGCTCAGCGATGCAAAACGCG
CGAGGCACGGCAGAGGGCCGAAGCCGCGGTACTCTCCGGGCCAGGCCCGCCCCTCGGCCGCCGGCGGCGC
AGCACGGGATTCCCCGGCCGCTGTCCAGCGCTGGCCGCCTGAGCCAAGGCTGCCGCGGAGCCAGTACAGT

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CGGGGCCGCTGGCTGGAAGGGCGAGCTTCCTAAGGCGGGGGGAAGCCCGGCGCCGGGGCCGGAGACACCC
GCCATTTCACCCAGTAAGCGGGCCCGGCCTGCGGAGGTGGGCGGCATGCAGCTCCGCTTTGCCCGGCTCT
CCGAGCACGCCACGGCCCCCACCCGGGGCTCCGCGCGCGCCGCGGGCTACGACCTGTACAGTGCCTATGA
TTACACAATACCACCTATGGAGAAAGCTGTTGTGAAAACGGACATTCAGATAGCGCTCCCTTCTGGGTGT
TATGGAAGAGTGGCTCCACGGTCAGGCTTGGCTGCAAAACACTTTATTGATGTAGGAGCTGGTGTCATAG
ATGAAGATTATAGAGGAAATGTTGGTGTTGTACTGTTTAATTTTGGCAAAGAAAAGTTTGAAGTCAAAAA
AGGTGATCGAATTGCACAGCTCATTTGCGAACGGATTTTTTATCCAGAAATAGAAGAAGTTCAAGCCTTG
GATGACACCGAAAGGGGTTCAGGAGGTTTTGGTTCCACTGGAAAGAATTAAAATTTATGCCAAGAACAGA
AAACAAGAAGTCATACCTTTTTCTTAAAAAAAAAAAAAGTTTTTGCTTCAAGTGTTTTGGTGTTTTGCAC
TTCTGTAAACTTACTAGCTTTACCTTCTAAAAGTACTGCATTTTTTACTT

g) ¿Existen una secuencia señal? ¿Qué nucleótidos abarca? ¿Cuál es la

secuencia de aminoácidos en formato FASTA?¿Qué longitud tiene? (en
nucleótidos y en aminoácidos)
>AAB94642.1:1-69 deoxyuridine triphosphate nucleotidohydrolase
precursor [Homo sapiens]

MTPLCPRPALCYHFLTSLLRSAMQNARGTAEGRSRGTLRARPAPRPPAAQHGIPRPLSSAGRLSQGCRG

 La longitud en nucleótidos es: 1. .207.

 La longitud en aminoácidos es: 1. .69.

Ejercicio N°3
Buscar la siguiente secuencia NM_001025248 y conteste a las siguientes preguntas:
a) ¿Cuántos exones tiene?
La secuencia contiene 7 (siete) exones.
b) ¿Cuál es el más largo? ¿Cuál es su posición? ¿Y su longitud?
El exón más largo es el que ocupa la posición 790..2141 cuyo nombre es
gen="DUT" y su longitud es de 1351 pb. El último exón en el séptimo lugar.
c) ¿Y el más corto? ¿Cuál es su posición? ¿Y su longitud?
El exón más corto es el que ocupa la posición 599…643 y cuyo nombre es
gen="DUT" con una longitud de 44 pb. Sería el cuarto exón.
d) ¿Qué regiones están implicadas en la unión al sustrato?
Las regiones implicadas en la unión al sustrato son 3 (tres), están denominadas
como “Region: dUTP binding” y se encuentran en las posiciones siguientes:

 604. .612
 646. .666
 823. .828

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e) Escribe la secuencia de la proteína (font = courier) y subraya los

aminoácidos implicados en la unión al sustrato ¿Hay algún lugar de
fosforilación? ¿En qué posiciones?
MTPLCPRPALCYHFLTSLLRSAMQNARGARQRAEAAVLSGPGPPLGRAAQHGIPRPLSSAGRLSQGC
RGASTVGAAGWKGELPKAGGSPAPGPETPAISPSKRARPAEVGGMQLRFARLSEHATAPTRGSARAA
GYDLYSAYDYTIPPMEKAVVKTDIQIALPSGCYGRVAPRSGLAAKHFIDVGAGVIDEDYRGNVGVVL
FNFGKEKFEVKKGDRIAQLICERIFYPEIEEVQALDDTERGSGGFGSTGKN
Los lugares de fosforilación son 3 (tres) y las posiciones son:
 118. .120
 349. .351
 382. .384

Ejercicio N°4
Buscar el siguiente trabajo científico: “Cloning, functional characterization, and
co-expressionstudiesof a novel aquaporin (FaPIP2;1) of strawberry fruit”
doi:10.1093/jxb/erq210 y conteste a las siguientes preguntas:

a) ¿Cuántos nucleótidos contiene?

Contiene 858 bp
b) ¿En qué fecha se modificó el registro por última vez?
El registro se modificó el 20/08/2010
c) ¿Cómo se denomina el gen?
El gen se denomina PIP2;1 o FaPIP2;1 para denotar la especie de la que
proviene (Fragaria x ananassa)
d) ¿Y la proteína que codifica?
La proteína se llama acuaporina
e) ¿Cuál es el código para buscar el Pubmed?
El código para buscar en PubMed es 20663858

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