Grupo B: 25/07/22

OVA - SP-9
Análisis de la secuencia del genoma de cada virus tratado en clase.
Genes marcadores para el diagnóstico de laboratorio y el seguimiento epidemiológico.

I. HHV-1
Human herpesvirus 1 strain 17, complete genome
NCBI Reference Sequence: NC_001806.2

(a) Determinar la posición y organización del gen que codifica la glicoproteína de fusión
23205..24626
/gene="UL10"
/locus_tag="HHV1gp00p66"
/note="type 3 membrane protein; 8 transmembrane domains;
complexed with envelope glycoprotein N; involved in virion
morphogenesis; involved in membrane fusion"
/codon_start=1
/product="envelope glycoprotein M"
/protein_id="YP_009137084.1"

(b) Determinar la posición de la región del OriL y la secuencia palindrómica característica

https://www.bioinformatics.nl/cgi-bin/emboss/palindrome
stem_loop 62404..62547
/note="oriL palindrome"

>NC_001806.2:62404-62547 Human herpesvirus 1 strain 17, complete genome

AGCCGGTGGGCGTGGCCGCTATTATAAAAAAAGTGAGAACGCGAAGCGTTCGCACTTTGTCCTAATAATA
TATATATTATTAGGACAAAGTGCGAACGCTTCGCGTTCTCACTTTTTTTATAATAGCGGCCACGCCCACC
GGCT
 Grupo B: 25/07/22

(c) Determinar el número y la posición de la región del OriS

stem_loop 131980..132024
/note="oriS palindrome"

stem_loop 146173..146217
/note="oriS palindrome"

(d) Ejecuta el alineamiento de los oligonucleótidos utilizados en una reacción Multiplex PCR
>F-HVS-1
ATCGGCGAGTACTGCATACA
>R-HSV-1
GAGCTCCAGATGGGGCAA
Utilizar la herramienta https://blast.ncbi.nlm.nih.gov

Pegar el fasta.text y los oligonucleótidos para ver el alineamiento.

(e) Identificar el gen que se amplifica en esta reacción

Se amplifica el gen UL30

II. HHV-2

Human alphaherpesvirus 2 strain G, complete genome

GenBank: OM370995.1
 Grupo B: 25/07/22

(a) Determinar la posición y organización del gen que codifica la glicoproteína de fusión
CDS 23292..24695
/gene="UL10"
/note="type 3 membrane protein; 8 transmembrane domains;
complexed with envelope glycoprotein N; involved in virion
morphogenesis; involved in membrane fusion"
/codon_start=1
/product="envelope glycoprotein M"

(b) Determinar la posición de la región del OriL y la secuencia palindrómica característica

https://www.bioinformatics.nl/cgi-bin/emboss/palindrome
stem_loop 62910..63045
/note="oriL palindrome"

>OM370995.1:62910-63045 Human alphaherpesvirus 2 strain G, complete genome

AGGGGGCGTGGCCGCCCTTCTAAAAAAAGTGAGAACGCGAAGCGTTCGCACTTTGTCCTAATAATATATA
TACTATTAGGACAAAGTGCGAACGCTTCGCGTTCTCACTTTTTTTAGAAGGGCGGCCACGCCCCCT

(c) Determinar el número y la posición de la región del OriS

stem_loop 133031..133076
/note="oriS palindrome"
stem_loop 133171..133216
/note="oriS palindrome"
stem_loop 149395..149440
/note="oriS palindrome"
stem_loop 149535..149580
/note="oriS palindrome"

(d) Ejecuta el alineamiento de los oligonucleótidos utilizados en una reacción Multiplex PCR

>F-HSV-2
ACGCTCTCGTAAATGCTTCC
>R-HSV-2
CCACCTCTACCCACAACAGA
 Grupo B: 25/07/22

Utilizar la herramienta https://blast.ncbi.nlm.nih.gov

Pegar el fasta.text y los oligonucleótidos para ver el alineamiento.

(e) Identificar el gen que se amplifica en esta reacción

Se amplifica el gen US3 y US4
III. HHV-3

Human herpesvirus 3, complete genome

NCBI Reference Sequence: NC_001348.1

(a) Determinar la posición y organización del gen que codifica la glicoproteína de fusión
CDS complement(86575..87882)
/gene="ORF50"
/locus_tag="HHV3_gp51"
/function="virion morphogenesis"
/function="membrane fusion"
/note="type 3 membrane protein; 8 transmembrane domains;
complexed with envelope glycoprotein N"
/codon_start=1
/product="envelope glycoprotein M"
 Grupo B: 25/07/22

(b) Determinar el número y la posición de la región del OriS

stem_loop 119662..119707
/note="oriS palindrome"

stem_loop 110190..110235
/note="oriS palindrome"

(c) Ejecuta el alineamiento de los oligonucleótidos utilizados en una reacción Multiplex PCR

>F-VZV
CGAGAACGGTTTGGGTTT
>R-VZV
CGCCGGTCGTCTCAACAG
Utilizar la herramienta https://blast.ncbi.nlm.nih.gov

Pegar el fasta.text y los oligonucleótidos para ver el alineamiento.

 Grupo B: 25/07/22

(d) Identificar el gen que se amplifica en esta reacción

El gen que amplifica es el ORF29

(e) Determinar la especificidad de los oligonucleótidos de la reacción Multiplex PCR HSV 1+2/VZV

>F-HVS-1
ATCGGCGAGTACTGCATACA
>R-HSV-1
GAGCTCCAGATGGGGCAA

>F-HSV-2
ACGCTCTCGTAAATGCTTCC
>R-HSV-2
CCACCTCTACCCACAACAGA

No existe porcentaje de similitud, podremos decir que no hay especificidad.