BIOQUÍMICA

o Semestre-2022

Departamento Académico de Cursos Básicos

Estructuras y plegamiento de
las proteínas

Semana 03
Sesión 05
Contenido
1. Clasificación de las proteínas
2. Importancia de las proteínas
3. Importancia de la secuencia de aminoácidos en la
estructura terciaria.
4. Plegamiento y desnaturalización de las proteínas
5. Integremos lo aprendido: Conclusiones
 Resultado de aprendizaje de la sesión
Resultado de aprendizaje de la sesión

Al finalizar la sesión de aprendizaje, el estudiante

podrá Relaciona las estructuras y los proceso de
plegamiento de las proteínas con su función
siguiendo procedimientos y ejercicios prácticos.

https://acortar.link/u7BXS0 04
 Reflexión desde la experiencia
Reflexión desde la experiencia
Participemos en las siguientes preguntas

https://acortar.link/G7L7g9
05

05
Clasificación de las proteínas
 Clasificación de las proteínas

-Primario
Según su -Secundario
Nivel -Terciaria
Estructural
-Cuaternaria

Según su -Globulares
Conformación
-Fibrosas

Según su -Simples
Composición -Conjugadas
Química
07
 Fuerzas no covalentes que determinan la
estructura de las Proteínas

Van der Waals: 0.4 - 4 kJ/mol

Puentes de hidrógeno: 12-30 kJ/mol

Puentes iónicos: 20 kJ/mol

Coordinación con Metales: < 20 kJ/mol

Interacciones hidrofóbicas: < 40 kJ/mol

08

https://acortar.link/gds2os
 Estructura primaria de la proteínas

o Conformadas por SECUENCIA RESIDUOS DE AMINOÁCIDOS unidos por enlaces peptídicos y puentes
disulfuro en la cadena proteica .
o Estructura más básica

09

https://n9.cl/06f71
 Estructura secundaria de las proteínas

“Se refiere al ordenamiento espacial de residuos de aminoácidos adyacentes en un

segmento de un polipéptido”

10
Linus Pauling y Robert Corey, 1951
http://www.herrerobooks.com/pdf/REVE/9788429176025.pdf
 Estructura secundaria de las proteínas
ALFA HÉLICE:
• Confirmada por Difracción de rayos X

• Es la estructura secundaria más frecuente.

• Es de forma cilíndrica

• Presentan un tamaño de 45 A (características de proteínas que atraviesan

NH-CO
las membranas biológicas).

• Los enlaces peptídicos se disponen hélice dextrógiro (sentido de agujas

del reloj)

• Hay 3.6 amino ácidos en cada vuelta de la hélice.

• Las cadena laterales se proyectan hacia fuera y los grupo C-O y N-H
quedan arriba o abajo paralelo al eje de la hélice. Permitiendo formar
enlaces de hidrógenos cada 4 aminoácidos 11

https://n9.cl/urslq
 Estructura secundaria de las proteínas
ALFA HÉLICE:

https://n9.cl/ahs5p

12
Diagrama de Ramachandran para las alfa hélices
https://acortar.link/yJgnK1
 Estructura secundaria de las proteínas
ALFA HÉLICE:

o 75% de residuos esta en alfa hélice.

o Fijar y almacenar el hierro de una forma biológicamente
disponible para procesos celulares vitales
o Protege a las proteínas, lípidos y al ADN de la toxicidad de
este elemento metálico
o Un papel importante en otras condiciones como la
inflamatoria, neurodegenerativa y en enfermedades
malignas

Rev Asoc Mex Med Crit y Ter Int 2015;29(3):157-166

FERRITINA 13
 Estructura secundaria de las proteínas

AMINOÁCIDOS QUE DESESTABILIZAN LAS ALFA HÉLICE:

14
 Estructura secundaria de las proteínas
o La estructura beta u hoja plegada

o Los enlaces peptídicos sucesivos se disponen en zigzag

o La estructura se estabiliza por enlaces hidrógenos

o Pueden ser paralelas (a) o antiparalelas (b)

https://n9.cl/urslq

o Las cadenas laterales (grupos R) se localizan

alternadamente por encima y por debajo del plano de
la hoja beta
o La distancia entre aminoácidos adyacente es 3,5A
o De 2- a 15 cadenas beta/hoja beta plegada
o Cada cadena hecha de ~ 6 aminoácidos como mínimo 15

https://n9.cl/7z3ar
 Estructura secundaria de las proteínas
Vueltas y Giros Vueltas
Este es el nivel secundario de la organización proteica que permite el cambio de dirección de la
cadena peptídica, necesario para que la proteína adopte una estructura más compacta.

• Usualmente contienen residuos hidrofílicos.

• Se encuentran en la superficie de las proteínas.
• Conectan alfa hélices con hojas beta Giros
• Vueltas con < 5 aa son llamados giros (cambios bruscos de
dirección)
• Son prevalentes las Gly y Pro

Diferentes aminoácidos favorecen diferentes clases de estructuras secundarias:

• La alanina, el glutamato, y la leucina tienen una propensión a aparecer en alfa-hélice.
• La valina y la isoleucina aparentemente favorecen a las estructuras beta.
16
• La glicina, la asparagina y la prolina tienden a estar presentes en los giros beta.
http://www.herrerobooks.com/pdf/REVE/9788429176025.pdf
 Estructura secundaria de las proteínas

https://acortar.link/RLAx8S

17
Diagrama de Ramachandran para hojas beta
Estructura secundaria de las proteínas

18
Apliquemos lo aprendido
 Apliquemos lo aprendido
¿En las figuras que se muestra a continuación indique el tipo de estructura de proteína y su constitución?

1.

https://n9.cl/e6r7r (B)
2.
Estructura primaria, residuos de aminoácidos (A)

(C)

Estructura secundaria, hojas beta (A), alfa hélice 20

(B) y giros beta (C) https://n9.cl/9pf7f

Estructura terciaria de las
proteínas
 Estructura terciaria de las
proteínas
o Es la disposición tridimensional global de todos los átomos de una
proteína.
o Es la responsable directa de las propiedades biológicas de las proteínas
o Las cadenas laterales con carácter apolar se orientan hacia el interior
de la molécula y las cadenas laterales de los aminoácidos polares se
localizan en la superficie de la molécula.
o Dominio: es una sección de la estructura proteínica suficiente para llevar
a cabo una tarea química o física particular como la de enlazar un
sustrato u otro ligando.

Estructura terciaria de la
Revelaron la estructura tridimensional de las proteínas mioglobina
https://n9.cl/l6je1
Cristalografías de rayos X y Resonancia magnética nuclear
22
 Estructura terciaria de las
proteínas
o Se distinguen dos tipos de estructura terciaria: FIBROSO Y GLOBULAR

TIPO FIBROSO: TIPO GLOBULAR:

o Los elementos de estructura • Son las más frecuentes, en las que no
secundaria (hélices alfa u existe una dimensión que predomine
hojas beta) pueden mantener su sobre las demás, y su forma es
ordenamiento sin recurrir a aproximadamente esférica.
grandes modificaciones, tan sólo
introduciendo ligeras torsiones Ej. Mioglobina, hemoglobina e
longitudinales, como en las Inmunoglobulinas
hebras de una cuerda.
o Tienen funciones estructurales

23
Ej. Colágeno y queratina del cabello
o la fibroina de la seda
 Las fuerzas que estabilizan la
estructura terciaria

• Los enlaces covalente:

formación de un puente disúlfuro (entre dos cadenas laterales
de Cys. ) y enlace amida, entre las cadenas laterales de la Lys y
un AA dicarboxílico (Glu o Asp).
• Los enlaces no covalentes:
(1) fuerzas electrostáticas, entre cadenas laterales
ionizadas, con cargas de signo opuesto
(2) puentes de hidrógeno, entre las cadenas laterales
de AA polares
(3) interacciones hidrofóbicas, entre cadenas laterales
apolares
(4) fuerzas de polaridad, debidas a interacciones
dipolo-dipolo.
https://n9.cl/0u4i0

24
Apliquemos lo aprendido
 Apliquemos lo aprendido

https://n9.cl/7pwgi 26
 Clasificación de proteínas
-Primario
Según su -Secundario
Nivel -Terciaria
Estructural
-Cuaternaria

Según su -Globulares
Conformación -Fibrosas

Según su -Simples
Composición
Química -Conjugadas
27
 Clasificación de proteínas

28

https://n9.cl/81bl4
 Clasificación de proteínas
-Primario
Según su -Secundario
Nivel -Terciaria
Estructural
-Cuaternaria

Según su -Globulares
Conformación -Fibrosas

Según su -Simples
Composición
Química -Conjugadas
29
 Clasificación de proteínas

Son aquellas que Son aquellas que están

están compuestas compuestas por aminoácidos
exclusivamente por y poseen otros componentes
aminoácidos. orgánicos o inorgánicos
Ej. Albúmina, Tripsina (grupo prostético)

30
Integramos lo aprendido
 Integramos lo aprendido
1. Identificar la estructuras de
las proteínas

Las proteínas presentan estructura

primarias, secundarias, terciarias y
cuaternarias

2. Relacionar las estructuras con

la función que cumplen

Las proteínas presentan funciones a

nivel celular en estructura terciarias y
cuaternarias

Las proteínas puedes clasificarse de acuerdo a su conformación (fibrosas y globulares) y su 32

composición química (simples y conjugadas).
Plegamiento de la cadena
polipeptídica
 Plegamiento de la cadena polipeptídica

Plegamiento de la cadena polipeptídica

Determina su estructura tridimensional

Importante para su actividad biológica

34
 Plegamiento de la cadena polipeptídica
o Es un proceso complejo, organizado y regulado (no se da al azar).
o Determinado por la secuencia de aminoácidos.
o Objetivo: estructura tridimensional de las proteínas (esto es, la estructura o configuración
nativa).
o Permite tener una proteína biológicamente activa.
o Se da mayoritariamente en el retículo endoplásmico.
o Varios modelos propuestos.

35

https://acortar.link/FZhCRp
 Fuerzas que mantienen el plegamiento

36
https://acortar.link/Px2ElQ
 Modelo jerarquizado
La formación se da en etapas sucesivas:

1. Formación de estructuras secundarias locales.

2. Formación de estructuras supersecundarias por

interacción entre dos estructuras secundarias.

3. Formación de los dominios.

4. Plegamiento del péptido completo

5. Ajuste de la conformación de los dominios.

https://acortar.link/rdMwYw 37
6. Proteína plegada final.
 Modelo alternativo

o La formación se da en etapas sucesivas:

o Formación espontánea de un estado compacto (glóbulo fundido) por
interacciones hidrofóbicas de ciertos aminoácidos no polares. Esto se
conoce como colapso de la cadena peptídica.
o Ajuste de las interacciones.
o Proteína plegada final.

38
 El plegamiento de las proteínas es
termodinámicamente favorable

o Entropía conformacional alta al principio,

disminuye con el plegamiento

o La energía libre disminuye con el

39
plegamiento
https://acortar.link/NexHkt
 Plegamiento asistido
Algunas proteínas no se pliegan espontáneamente, sino requieren de proteínas chaperonas.

https://acortar.link/yubme4

o Una gran familia de proteínas. Se clasifican en dos grupos o familias: Hsp70 y las
chaperoninas.
o Ayudan al plegamiento correcto de péptidos parcialmente plegados o péptidos que se han
plegado de manera incorrecta.
o Aportan micro-entornos que proporcionan las condiciones adecuadas/óptimas para el
correcto plegamiento del péptido. 40

o Presentes en organismos desde las bacterias hasta los seres humanos.

 Las chaperoninas

o Son macromoleculares de proteínas de un peso

molecular cercano a 60 kDa.
o Las chaperoninas en su mayoría son oligoméricas y
comparten una estructura similar: un cilindro
compuesto por uno o dos anillos dispuestos
espalda contra espalda.
o Cada anillo encierra una cavidad, que es el lugar
donde se produce el plegamiento de las proteínas.
o Las chaperoninas sólo difieren entre sí en el
número de subunidades, iguales o diferentes, de
las que se compone cada anillo.
https://acortar.link/yubme4

41
 Las chaperoninas

Figura 1. Papel de las chaperoninas en la célula. El papel de las chaperoninas en el plegamiento de proteínas es múltiple.
Chaperonas de diversos tipos se unen a los polipéptidos recién sintetizados en los ribosomas (arriba a la izquierda), a
proteínas que atraviesan las membranas de diversos orgánulos (arriba en el centro) o a proteínas que se han
desnaturalizado debido a cualquier tipo de estrés (arriba a la derecha). Esta unión tiene en un número elevado de casos
un papel de protección para evitar que las proteínas alcancen un estado de agregación irreversible. Las chaperonas en
general pueden tener un papel activo en el ple
https://acortar.link/OUL9eP
 Chaperonina GroES/GroEL de E. Coli

43

https://acortar.link/VlaMU1
 Las proteínas de shock térmico/Heat
Shock Proteins (Hsp70)

o Son abundantes en condiciones de estrés debido a altas temperaturas (Masa

molecular 70kDa).

o Protegen a cadenas peptídicas nacientes (en proceso de síntesis) y a proteínas que

de han desnaturalizado.

o Se unen regiones ricas en residuos hidrofóbicos.

o Funciones: evitar el plegamiento incorrecto, ayudar a la formación de la estructura

cuaternaria,
44

https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmolb.2019.00081/full
 The mode of action of the heat shock 70 kDa protein (HSP70) core
machinery, based on in vitro refolding studies of denatured proteins

1. J proteins bind to client proteins through their

peptide-binding domain and interact with HSP70–
ATP through their J domain
2. The client rapidly, but transiently interacts with
the ‘open’ peptide-binding site of HSP70. ATP
hydrolysis is stimulated by both the J domain and
client, causing a conformational change in HSP70
that closes the helical lid over the cleft and
stabilizes the client interaction, and the J protein
then leaves the complex
3. A nucleotide exchange factor (NEF), which has a
higher affinity for HSP70–ADP than HSP70–ATP,
binds HSP70 (4)
4. The ADP then dissociates through distortion of the
ATP-binding domain
45

Kampinga, H. H., & Craig, E. A. (2010). The HSP70 chaperone machinery: J proteins as drivers of functional specificity. Nature
reviews. Molecular cell biology, 11(8), 579–592. https://doi.org/10.1038/nrm2941
 The mode of action of the heat shock 70 kDa protein (HSP70) core
machinery, based on in vitro refolding studies of denatured proteins

5. (5) after which ATP binds to HSP70

6. (6) The client is released because of its low affinity
for HSP70–ATP
7. (7) ATP binding to HSP70 is favored as cellular ATP
concentrations are typically much higher than
those of ADP. If the native state of the client is not
attained on release, the J protein rebinds to its
exposed hydrophobic regions and the cycle begins
again.

46

Kampinga, H. H., & Craig, E. A. (2010). The HSP70 chaperone machinery: J proteins as drivers of functional specificity. Nature
reviews. Molecular cell biology, 11(8), 579–592. https://doi.org/10.1038/nrm2941
Factores que afectan el
plegamiento
 Factores que afectan el plegamiento

Internos:
o Secuencia de aminoácidos
Externos:
o Temperatura
o pH
o Sustancias químicas

48
 ¿Como determinar la estructura de las
proteínas?
o Cristalografía y difracción de rayos X
o Modelamiento y predicción por tecnologías
informáticas
o Resonancia magnética nuclear (NMR)

49

https://acortar.link/B3JYdz
 Aplicación de conocer estructura de las
proteínas

o Conocer la estructura de las proteínas, y como esta se relaciona con su

actividad, es importante para la identificación de nuevos blancos para
el desarrollo de fármacos.

o Ejemplo: inhibidores de enzimas específicos.

50
 Enfermedades relacionadas con el mal
plegamiento de las proteínas

o Alzheimer (proteínas Tau)

o Fibrosis cística: proteína del regulador de la
conductancia de la transmembrana (CFTR) de la
fibrosis quística
o Amiloidosis sistémica primaria
o Amiloidosis sistémica secundaria

51
Apliquemos lo aprendido
 Apliquemos lo aprendido
Participamos en las siguientes preguntas

¿Cuáles son los modelos que explican el plegamiento?

¿Qué son las chaperonas y para qué sirven?

¿Qué factores afectan el plegamiento?

¿Por qué es importante el correcto plegamiento de las

proteínas?
https://acortar.link/QEkS8M

53
Integremos lo aprendido
 Integremos lo aprendido
Participamos en las siguientes conclusiones
¿Qué aprendiste hoy?

1. El plegamiento de las proteínas determina su estructura, que es

tridimensional
_________________importante para su actividad biológica.

Plegamiento asistido
modelo jerárquico ______________________,
2. Los modelos plegamiento son:___________________,
modelo alternativo
__________________

secuencia de aminoácidos, temperatura, pH,

3. El plegamiento de las proteínas depende de la _______________________________________
entre otros.

4. El plegamiento incorrecto de las proteínas conlleva a enfermedades.

55
Actividad asincrónica
 Actividad asincrónica

Cuestionario 3
Video
• Proteínas https://youtu.be/MaOyF9v2Y0M
Lectura
• Perspectivas actuales del uso de las proteínas y su importancia
en la investigación científica e industrial
• https://www.researchgate.net/publication/289824214_PERSPEC
TIVAS_ACTUALES_DEL_USO_DE_PROTEINAS_RECOMBINANTES_
Y_SU_IMPORTANCIA_EN_LA_INVESTIGACION_CIENTIFICA_E_IN
DUSTRIAL
• 2.Plegamiento de proteínas usando simuladores
• https://fold.it/portal/node/2003714

https://acortar.link/Syimjd
57
 Referencias Bibliográficas

DE CONSULTA

Cuadros Trillos, G. (2019). Mapas conceptuales en bioquímica (1.a ed.). El Manual Moderno
http://elibro.net.cientifica.remotexs.co/en/lc/ucsur/titulos/128368

Melo, V. y Cuamatzi, O. (2019). Bioquímica de los procesos metabólicos. Reverté, S.A. https://elibro.net/es/ereader/ucsur/127790

Müller-Esterl, W. (2020). Bioquímica: fundamentos para medicina y ciencias de la vida. Reverté, S.A.
http://elibro.net.cientifica.remotexs.co/en/lc/ucsur/titulos/129564

Piña Garza, E., Martínez Montes, F., Riveros Rosas, H., Laguna, J. y Pardo Vázquez, J.P. (2018). Bioquímica de Laguna y Piña (7.a
ed.). El Manual Moderno.

Pulido Villamil, X. C. (2019). Prácticas de bioquímica y estudios de casos en ciencias de la salud. Universidad de Tolima.
http://elibro.net.cientifica.remotexs.co/en/lc/ucsur/titulos/142510

Simes, L. E. (2020). Introducción a la bioquímica: interpretación de análisis clínicos. Universitas. 58

http://elibro.net.cientifica.remotexs.co/en/lc/ucsur/titulos/172171
 Referencias Bibliográficas

OBLIGATORIAS

Bittencourt, J. (2018). The Power of Carbohydrates, Proteins, and Lipids (4.a ed.). CreateSpace, An Amazon.com Company.
https://www.researchgate.net/publication/322473648

Macías Alvia, A., Hurtado Astudillo, J. R., Cedeño Holguín, D. M., Cedeño Holguín, F. A., Scott ÁLava, M., Vallejo Valdivieso, P. A.,
Macías Alvia, M. J., Santana Sornoza, J. W., Espinoza Macías, M. J., Ubillús Saltos, S. P., Arteaga Espinoza, S. X., Torres
Macías, O. E., Pigüave Reyes, J. M., Pigüave Reyes, Chavarría Cedeño, D. I., & Intriago Sánchez, K. J. (2018). Introducción al
estudio de la bioquímica (1.a ed.). Área de Innovación y Desarrollo, S.L https://doi.org/10.17993/CcyLl.2018.28

Nelson, D. L., y Cox, M. M. (2017). Lehninger Pinciples of Biochemistry (7.a ed.). W.H Freeman Macmillan Learning.

Navarro, M., Salazar, J., Salazar, Y. Zarkovic, G. (2022). Manual de prácticas de laboratorio. Bioquímica. Universidad Científica del
Sur.

59