ESTRUCTURA

DE LAS

PROTEÍNAS
ESTRUCTURA DE LAS PROTEINAS
Estructura primaria

¿Es importante conocer

la estructura primaria de
las proteínas?

¿Cómo se determina?
 ESTRUCTURA DE LAS PROTEINAS
Estructura primaria

La secuencia puede determinarse

experimentalmente

Edman MS/MS

En forma indirecta traduciendo el ARNm

 ESTRUCTURA DE LAS PROTEINAS
Estructura primaria

¿Cómo se establece qué amino ácidos

forman cada proteína?

¿Cómo se establece el orden?

¿Cómo se define el número?

 ESTRUCTURA DE LAS PROTEINAS
Estructura secundaria

estructuras estructuras
regulares no regulares

bucles
hélice α regiones
hoja plegada β desordenadas
 ESTRUCTURA DE LAS PROTEINAS
Estructura secundaria:
Pauling y Corey 1951

Bucles
Hélice α

Hoja plegada β •
Regiones
desordenadas
 ESTRUCTURA DE LAS PROTEINAS
Estructura secundaria

¿Cómo se estabilizan?

ENLACE DE HIDRÓGENO
 ESTRUCTURA DE LAS PROTEINAS
Estabilización de la alfa hélice

O
N C
Ct
H n+4

O
N C Nt

H n
 ESTRUCTURA DE LAS PROTEINAS
Características de la alfa hélice

Hélice dextrógira

Estabilizada por puentes de hidrógeno dentro de la

región helicolidal

Puentes de hidrógeno paralelos al eje mayor

Grupos R orientados perpendicularmente

al eje mayor
 Estructura secundaria

Características de la alfa hélice

3.6 aa por vuelta, paso de rosca de 5.4 Å

Longitud promedio de 12 aa (4 vueltas)

8 puentes de hidrógeno promedio/hélice

Primeros y últimos 4 residuos no forman enlace de Hidrógeno

intra-hélice

Suelen ser anfipáticas

 Estructura secundaria

Fuerzas que afectan la estabilidad de la alfa hélice

Puentes de hidrógeno

Atracción (repulsión electrostática entre residuos

cargados

Tamaño de grupos R adyacentes

Interacciones entre residuos separados por 3

aminoácidos

Ocurrencia de Prolinas
 Estructura secundaria
Hoja plegada β

Las hojas plegadas β se forman entre

regiones paralelas de una misma cadena
polipeptídica estabilizadas por puentes de
hidrógeno, también entre grupos
peptídicos.
 Estructura secundaria

Características de las hojas beta

Estabilizadas por puentes de hidrógeno entre regiones de

una misma cadena polipeptídica, próximas o distantes.

Grupos R perpendiculares al plano de la hoja

Todos los grupos peptídicos participan en la estabilización

Orientaciones paralelas y antiparalelas

Cada región formadora de una hoja suele tener entre 5 y

15 residuos

Dos o más regiones de una misma cadena asociadas

forman una hoja
 Estructura secundaria

Características de las hojas beta

Residuos separados por 7 Å

Una hoja de 6 cadenas tiene ~ 25Å

Residuos separados por 7 Å

Una cadenas de 15 residuos tiene ~ 21Å

 Estructura secundaria

Las alfa hélices y la hojas pueden

coexistir en una proteína
PROTEINA RESIDUOS % RESIDUOS EN
TOTALES HELICE α LAMINA β

MIOGLOBINA 153 78 0
CITOCROMO C 104 39 0
LISOZIMA 129 40 12
RIBONUCLEASA 124 26 35
QUIMIOTRIPSINA 24 14 45
CARBOXILASA 307 38 17
 ESTRUCTURA DE LAS PROTEINAS

Algunos aminoácidos favorecen la formación de

estructuras secundarias
OCURRENCIA DE AMINOACIDOS EN LA
ESTRUCTURA SECUNDARIA
AMINOACIDO HELICE α HOJA β GIRO β
GLU 1.44 0.75 1.0
MET 1.47 0.97 0.39
LEU 1.30 1.02 0.59
VAL 0.91 1.49 0.47
ILE 0.97 1.45 0.51
PHE 1.07 1.32 0.58
PRO 0.52 0.64 1.91
GLY 0.56 0.92 1.64
ASP 1.04 0.72 1.41
 Estructura terciaria

α/α combinaciones de estructura en α hélice.

β/β combinaciones de estructura en hoja β.

α/β estuctura en α y β mezcladas a lo largo de la

secuencia.
 ESTRUCTURA TERCIARIA
Características de la estructura terciaria

Minimización de contactos de áreas hidrofóbicas

con el medio
Centros hidrofóbicos alejados del solvente

Grupos polares en la superficie

Cualquier grupo cargado o capaz de formar

puentes de H, tanto en la superficie como en el
interior está apareado, excepto por razones
funcionales.

Densidad de compactación similar a la de los

cristales
 Estructura terciaria

Fuerzas que estabilizan la estructura terciaria

Interacciones hidrofóbicas entre grupos R

Interacciones iónicas entre grupos R

Puentes disulfuro

Enlaces de hidrógeno

Fuerzas de van der Waals

 ESTRUCTURA DE LAS PROTEINAS
Tamaño y número de cadenas

PROTEINA TAMAÑO Nº RESIDUOS Nº CADENA

INSULINA 5.73 51 2
HEMOGLOBINA 64.500 574 4
HEXOQUINASA 96.000 800 4
GLUTAMATO 1X106 830 40
DESHIDROGENASA
 ESTRUCTURA DE LAS PROTEINAS

Estructura cuaternaria

Las fuerzas que estabilizan la interacción entre

las unidades son principalmente interacciones
hidrofóbicas.

Pueden también cualquiera de las interacciones

débiles ya mencionadas.

En algunos casos hay S-S (únicos enlaces

covalentes posibles)
 ESTRUCTURA DE LAS PROTEINAS
BIOINFORMATICA ESTRUCTURAL

Bases de datos:

ESTRUCTURAS : PROTEIN DATA BANK (pdb)

http://www.rcsb.org/PDB

MODELOS MOLECULARES : MMDB

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure/index.shml

SECUENCIAS: PROSITE
http://www.expasy.ch/prosite/

FAMILIAS: PFAM
http://pfam.xfam.org/
ESTRUCTURA DE LAS PROTEINAS
Protein data bank
 ESTRUCTURA DE LAS PROTEINAS
Archivos pdb
REMARK  99                                                                      
REMARK  99 MOE v2009.1 (Chemical Computing Group Inc.) Sun Jun  1 12:48:01 2014
HELIX    1   1 ASP ASP    2  PHE ASP    4  5              Generated by MOE     3
HELIX    2   2 PHE PHE   16  GLU PHE   22  1              Generated by MOE     7
HELIX    3   3 PHE PHE   27  MET PHE   35  1              Generated by MOE     9
SHEET    1   1 GLY GLY    6  LEU GLY   10                 Generated by MOE     5
SHEET    2   2 SER SER   12  GLU SER   14                 Generated by MOE     3
SHEET    3   3 ASN ASN   39  VAL ASN   44                 Generated by MOE     6
SHEET    4   4 VAL VAL   50  GLU VAL   55                 Generated by MOE     6
SHEET    5   5 THR THR   61  PHE THR   65                 Generated by MOE     5
SHEET    6   6 PHE PHE   71  ILE PHE   74                 Generated by MOE     4
SHEET    7   7 LYS LYS   80  ASP LYS   88                 Generated by MOE     9
SHEET    8   8 ALA ALA   91  TRP ALA   98                 Generated by MOE     8
SHEET    9   9 LYS LYS  101  ASP LYS  110                 Generated by MOE    10
SHEET   10  10 LYS LYS  113  MET LYS  120                 Generated by MOE     8
SHEET   11  11 VAL VAL  123  ARG VAL  131                 Generated by MOE     9
ATOM      1  N   CYS     1      ­2.767   8.661   6.543  0.00  0.00           N1
ATOM      2  CA  CYS     1      ­1.888   9.532   5.721  0.00  0.00           C  
ATOM      3  C   CYS     1      ­2.169  11.022   5.952  0.00  0.00           C  
ATOM      4  O   CYS     1      ­1.237  11.818   6.009  0.00  0.00           O  
ATOM      5  CB  CYS     1      ­1.954   9.153   4.239  0.00  0.00           C  
ATOM      6  SG  CYS     1      ­1.232   7.500   4.054  0.00  0.00           S  
ATOM      7  H1  CYS     1      ­2.615   8.838   7.525  0.00  0.00           H  
ATOM      8  H2  CYS     1      ­2.557   7.693   6.347  0.00  0.00           H  
ATOM      9  H3  CYS     1      ­3.755   8.838   6.358  0.00  0.00           H  
ATOM     10  HA  CYS     1      ­0.861   9.362   6.044  0.00  0.00           H  
ATOM     11  HB2 CYS     1      ­1.377   9.864   3.644  0.00  0.00           H  
ATOM     12  HB3 CYS     1      ­2.988   9.142   3.896  0.00  0.00           H  
ATOM     13  HG  CYS     1      ­1.521   7.338   2.754  0.00  0.00           H  
ATOM     14  N   ASP     2      ­3.444  11.355   6.162  0.00  0.00           N  
ATOM     15  CA  ASP     2      ­4.087  12.509   6.815  0.00  0.00           C  
ATOM     16  C   ASP     2      ­3.175  13.498   7.568  0.00  0.00           C  
ATOM     17  O   ASP     2      ­3.224  14.696   7.301  0.00  0.00           O  
     
 ESTRUCTURA DE LAS PROTEINAS
Bioinformática estructural

En el “Protein Data Bank” hay depositadas 49620 estructuras proteicas

•
1056plegamientos distintos (SCOP)
•
1592 superfamilias (SCOP)
•
3464 familias

Numerosos análisis pueden ser realizados a partir de una

secuencia en los distintos sitios de la red.

http:// www.expasy.com
 ESTRUCTURA DE LAS PROTEINAS
Bioinformática estructural

PROGRAMAS DE VISUALIZACIÓN DE MOLÉCULAS:

Rasmol
Spdviewer
Pymol
Rasmol
Chime
Cn3D

PAQUETES DE PROGRAMAS DE ANALISIS:

http://www.expasy.com
The ExPASy (Expert Protein Analysis System)
http://www.expasy
 Bioinformática Estructural

Swiss prot y TrEMBL

PROSITE
Bases de datos ENZYME
SWISS-3D IMAGE
SWISS-MODEL Repository
GerOnLine
ExPASy

Herramientas y
paquetes de software Análisis de secuencia y
proteómica
Análisis de Imágenes 2D
Educación y servicios Imágenes de Espectrometría

Links
 ESTRUCTURA DE LAS PROTEINAS
Bioinformática estructural

ALGORITMOS DE CLASIFICACIÓN

SCOP: http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/

CATH: http://www.cathdb.info/latest/index.html