BIOQUÍMICA

Estructuras y plegamiento
de las proteínas

Cursos de Ciencias Básicas SEMANA 06

Bioquímica – Dra. María del Pilar Navarro
mnavarron@cientifica.edu.pe SESIÓN 11
CONTENIDOS

1. Clasificación de las proteínas

2. Importancia de las proteínas
3. Importancia de la secuencia de aminoácidos en la
estructura terciaria.
4. Plegamiento y desnaturalización de las proteínas
5. Integremos lo aprendido: Conclusiones
RESULTADO DE APRENDIZAJE DE LA SESIÓN

Al finalizar la sesión de aprendizaje, el estudiante podrá

Relaciona las estructuras y los proceso de plegamiento
de las proteínas con su función siguiendo procedimientos
y ejercicios prácticos.
REFLEXIÓN DESDE LA EXPERIENCIA

Participamos respondiendo a las preguntas

CLASIFICACIÓN DE LAS PROTEÍNAS

-Primario
Según su -Secundario
Nivel -Terciaria
Estructural
-Cuaternaria

Según su -Globulares
Conformación
-Fibrosas

Según su -Simples
Composición -Conjugadas
Química

7
 Fuerzas no covalentes que determinan la
estructura de las Proteínas

Van der Waals: 0.4 - 4 kJ/mol

Puentes de hidrógeno: 12-30 kJ/mol

Puentes iónicos: 20 kJ/mol

Coordinación con Metales: < 20 kJ/mol

Interacciones hidrofóbicas: < 40 kJ/mol

8
https://acortar.link/gds2os
Estructura primaria de la proteínas

• Conformadas por SECUENCIA RESIDUOS DE AMINOÁCIDOS unidos por enlaces

peptídicos y puentes disulfuro en la cadena proteica .
• Estructura más básica

https://n9.cl/06f71
9
Estructura secundaria de las proteínas

“Se refiere al ordenamiento espacial de residuos de aminoácidos

adyacentes en un segmento de un polipéptido”

https://n9.cl/urslq

Linus Pauling y Robert Corey, 1951

10
http://www.herrerobooks.com/pdf/REVE/9788429176025.pdf
 Estructura secundaria de las proteínas
ALFA HÉLICE:
• Confirmada por Difracción de rayos X

• Es la estructura secundaria más frecuente.

• Es de forma cilíndrica

• Presentan un tamaño de 45 A (características de proteínas que

NH-CO
atraviesan las membranas biológicas).

• Los enlaces peptídicos se disponen hélice dextrógiro (sentido de

agujas del reloj)

• Hay 3.6 amino ácidos en cada vuelta de la hélice.

• Las cadena laterales se proyectan hacia fuera y los grupo C-O y N-

H quedan arriba o abajo paralelo al eje de la hélice. Permitiendo
formar enlaces de hidrógenos cada 4 aminoácidos
https://n9.cl/urslq

11
Estructura secundaria de las proteínas
ALFA HÉLICE:

https://n9.cl/ahs5p

Diagrama de Ramachandran para las alfa hélices

12
https://acortar.link/yJgnK1
Estructura secundaria de las proteínas
ALFA HÉLICE:

• 75% de residuos esta en alfa hélice.

• Fijar y almacenar el hierro de una forma
biológicamente disponible para procesos celulares
vitales
• Protege a las proteínas, lípidos y al ADN de la
toxicidad de este elemento metálico
• Un papel importante en otras condiciones como la
inflamatoria, neurodegenerativa y en
enfermedades malignas
Rev Asoc Mex Med Crit y Ter Int 2015;29(3):157-166

FERRITINA
13
Estructura secundaria de las proteínas
AMINOÁCIDOS QUE DESESTABILIZAN LAS ALFA HÉLICE:

14
Estructura secundaria de las proteínas

• La estructura beta u hoja plegada

• Los enlaces peptídicos sucesivos se disponen en

zigzag

• La estructura se estabiliza por enlaces hidrógenos

• Pueden ser paralelas (a) o antiparalelas (b)

https://n9.cl/urslq

• Las cadenas laterales (grupos R) se localizan

alternadamente por encima y por debajo del
plano de la hoja beta
• La distancia entre aminoácidos adyacente es
3,5A
• De 2- a 15 cadenas beta/hoja beta plegada
• Cada cadena hecha de ~ 6 aminoácidos como
mínimo 15
https://n9.cl/7z3ar
 Estructura secundaria de las proteínas
Vueltas y Giros Vueltas
Este es el nivel secundario de la organización proteica que permite el cambio de
dirección de la cadena peptídica, necesario para que la proteína adopte una
estructura más compacta.

• Usualmente contienen residuos hidrofílicos.

• Se encuentran en la superficie de las proteínas.
• Conectan alfa hélices con hojas beta Giros
• Vueltas con < 5 aa son llamados giros (cambios
bruscos de dirección)
• Son prevalentes las Gly y Pro

Diferentes aminoácidos favorecen diferentes clases de estructuras secundarias:

• La alanina, el glutamato, y la leucina tienen una propensión a aparecer en alfa-hélice.
• La valina y la isoleucina aparentemente favorecen a las estructuras beta.
• La glicina, la asparagina y la prolina tienden a estar presentes en los giros beta.
16
http://www.herrerobooks.com/pdf/REVE/9788429176025.pdf
 https://n9.cl/ahs5p

Diagrama de Ramachandran para hojas beta

17
https://acortar.link/RLAx8S
18
 APLIQUEMOS LO APRENDIDO
¿En las figuras que se muestra a continuación indique el tipo de estructura de proteína y su constitución?

1.

https://n9.cl/e6r7r 2. (B)
Estructura primaria, residuos de
aminoácidos (A)

(C)
Estructura secundaria, hojas beta https://n9.cl/9pf7f

(A), alfa hélice (B) y giros beta (C)

 Estructura terciaria de las proteínas

• Es la disposición tridimensional global de todos los átomos de una

proteína.
• Es la responsable directa de las propiedades biológicas de las
proteínas
• Las cadenas laterales con carácter apolar se orientan hacia el interior
de la molécula y las cadenas laterales de los aminoácidos polares se
localizan en la superficie de la molécula.
• Dominio: es una sección de la estructura proteínica suficiente para llevar
a cabo una tarea química o física particular como la de enlazar un
sustrato u otro ligando.
Estructura terciaria
de la mioglobina
https://n9.cl/l6je1
Revelaron la estructura tridimensional de las proteínas
Cristalografías de rayos X y Resonancia magnética nuclear
Estructura terciaria de las proteínas
• Se distinguen dos tipos de estructura terciaria: FIBROSO Y GLOBULAR

TIPO FIBROSO: TIPO GLOBULAR:

• Los elementos de estructura secundaria • Son las más frecuentes, en las que no
(hélices alfa u hojas beta) pueden existe una dimensión que predomine
mantener su ordenamiento sin recurrir sobre las demás, y su forma es
a grandes modificaciones, tan sólo aproximadamente esférica.
introduciendo ligeras torsiones
longitudinales, como en las hebras de
una cuerda.
• Tienen funciones estructurales

Ej. Mioglobina, hemoglobina e

Ej. Colágeno y queratina del cabello o la
Inmunoglobulinas
fibroina de la seda
Las fuerzas que estabilizan la estructura terciaria:

• Los enlaces covalente:

formación de un puente disúlfuro (entre dos cadenas
laterales de Cys. ) y enlace amida, entre las cadenas
laterales de la Lys y un AA dicarboxílico (Glu o Asp).
• Los enlaces no covalentes:
(1) fuerzas electrostáticas, entre cadenas
laterales ionizadas, con cargas de signo opuesto
(2) puentes de hidrógeno, entre las cadenas
laterales de AA polares
(3) interacciones hidrofóbicas, entre cadenas
laterales apolares
(4) fuerzas de polaridad, debidas a
interacciones dipolo-dipolo.
https://n9.cl/0u4i0

22
APLIQUEMOS LO APRENDIDO

23
https://n9.cl/7pwgi
Clasificación de las proteínas
-Primario
Según su
-Secundario
Nivel
Estructural -Terciaria
-Cuaternaria

Según su -Globulares
Conformación -Fibrosas

Según su -Simples
Composición
Química -Conjugadas

24
Clasificación de las proteínas

https://n9.cl/81bl4 25
Clasificación de las proteínas

-Primario
Según su
-Secundario
Nivel
Estructural -Terciaria
-Cuaternaria

Según su -Globulares
Conformación
-Fibrosas

Según su -Simples
Composición -Conjugadas
Química

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 Clasificación de las proteínas

Son aquellas que Son aquellas que están

están compuestas compuestas por aminoácidos
exclusivamente por y poseen otros componentes
aminoácidos. orgánicos o inorgánicos
Ej. Albúmina, Tripsina (grupo prostético)

27
INTEGRAMOS LO APRENDIDO

1. Identificar la estructuras de
las proteínas

Las proteínas presentan estructura

primarias, secundarias, terciarias y
cuaternarias

2. Relacionar las estructuras con

la función que cumplen

Las proteínas presentan

funciones a nivel celular en
estructura terciarias y
cuaternarias

Las proteínas puedes clasificarse de acuerdo a su conformación (fibrosas y globulares) y su composición

química (simples y conjugadas).
28
https://n9.cl/0cpvb
Plegamiento de la cadena polipeptídica

Determina su estructura tridimensional

Importante para su actividad biológica

29
 Plegamiento de la cadena polipeptídica
• Es un proceso complejo, organizado y regulado (no se da al azar).
• Determinado por la secuencia de aminoácidos.
• Objetivo: estructura tridimensional de las proteínas (esto es, la estructura o
configuración nativa).
• Permite tener una proteína biológicamente activa.
• Se da mayoritariamente en el retículo endoplásmico.
• Varios modelos propuestos.

https://acortar.link/FZhCRp
Fuerzas que mantienen el plegamiento

https://acortar.link/Px2ElQ
31
Modelo jerarquizado
La formación se da en etapas sucesivas:

1. Formación de estructuras secundarias locales.

2. Formación de estructuras supersecundarias por

interacción entre dos estructuras secundarias.

3. Formación de los dominios.

4. Plegamiento del péptido completo

5. Ajuste de la conformación de los dominios.

https://acortar.link/rdMwYw
6. Proteína plegada final.
32
Modelo alternativo

La formación se da en etapas sucesivas:

1. Formación espontánea de un estado compacto (glóbulo fundido) por

interacciones hidrofóbicas de ciertos aminoácidos no polares. Esto se
conoce como colapso de la cadena peptídica.

2. Ajuste de las interacciones.

3. Proteína plegada final.

33
El plegamiento de las proteínas es
termodinámicamente favorable

• Entropía conformacional alta al

principio, disminuye con el plegamiento

• La energía libre disminuye con el

plegamiento
https://acortar.link/NexHkt 34
Plegamiento asistido
Algunas proteínas no se pliegan espontáneamente, sino requieren de proteínas chaperonas.

https://acortar.link/yubme4

 Una gran familia de proteínas. Se clasifican en dos grupos o familias: Hsp70 y las
chaperoninas.
 Ayudan al plegamiento correcto de péptidos parcialmente plegados o péptidos que se
han plegado de manera incorrecta.
 Aportan micro-entornos que proporcionan las condiciones adecuadas/óptimas para el
correcto plegamiento del péptido.
 Presentes en organismos desde las bacterias hasta los seres humanos.
35
 Las chaperoninas

• Son macromoleculares de proteínas de un

peso molecular cercano a 60 kDa.
• Las chaperoninas en su mayoría son
oligoméricas y comparten una estructura
similar: un cilindro compuesto por uno o dos
anillos dispuestos espalda contra espalda.
• Cada anillo encierra una cavidad, que es el
lugar donde se produce el plegamiento de las
proteínas.
• Las chaperoninas sólo difieren entre sí en el
número de subunidades, iguales o diferentes,
https://acortar.link/yubme4
de las que se compone cada anillo.

36
Figura 1. Papel de las chaperoninas en la célula. El papel de las chaperoninas en el plegamiento de
proteínas es múltiple. Chaperonas de diversos tipos se unen a los polipéptidos recién sintetizados en los
ribosomas (arriba a la izquierda), a proteínas que atraviesan las membranas de diversos orgánulos (arriba en el
centro) o a proteínas que se han desnaturalizado debido a cualquier tipo de estrés (arriba a la derecha). Esta
unión tiene en un número elevado de casos un papel de protección para evitar que las proteínas alcancen un
estado de agregación irreversible. Las chaperonas en general pueden tener un papel activo en el ple 37
https://acortar.link/OUL9eP
Chaperonina GroES/GroEL de E. Coli

38
https://acortar.link/VlaMU1
Las proteínas de shock térmico/Heat Shock Proteins (Hsp70)
• Son abundantes en condiciones de estrés debido a altas temperaturas (Masa
molecular 70kDa).

• Protegen a cadenas peptídicas nacientes (en proceso de síntesis) y a proteínas

que de han desnaturalizado.

• Se unen regiones ricas en residuos hidrofóbicos.

• Funciones: evitar el plegamiento incorrecto, ayudar a la formación de la

estructura cuaternaria,

https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmolb.2019.00081/full

39
The mode of action of the heat shock 70 kDa protein (HSP70) core
machinery, based on in vitro refolding studies of denatured proteins

1. J proteins bind to client proteins through their

peptide-binding domain and interact with
HSP70–ATP through their J domain
2. The client rapidly, but transiently interacts
with the ‘open’ peptide-binding site of
HSP70. ATP hydrolysis is stimulated by both
the J domain and client, causing a
conformational change in HSP70 that closes
the helical lid over the cleft and stabilizes the
client interaction, and the J protein then
leaves the complex
3. A nucleotide exchange factor (NEF), which
has a higher affinity for HSP70–ADP than
HSP70–ATP, binds HSP70 (4)
4. The ADP then dissociates through distortion
of the ATP-binding domain

Kampinga, H. H., & Craig, E. A. (2010). The HSP70 chaperone machinery: J proteins as drivers of functional
specificity. Nature reviews. Molecular cell biology, 11(8), 579–592. https://doi.org/10.1038/nrm2941 40
The mode of action of the heat shock 70 kDa protein (HSP70) core
machinery, based on in vitro refolding studies of denatured proteins

(5) after which ATP binds to HSP70

(6) The client is released because of its low
affinity for HSP70–ATP
(7) ATP binding to HSP70 is favored as cellular
ATP concentrations are typically much higher
than those of ADP. If the native state of the client
is not attained on release, the J protein rebinds to
its exposed hydrophobic regions and the cycle
begins again.

Kampinga, H. H., & Craig, E. A. (2010). The HSP70 chaperone machinery: J proteins as drivers of functional
specificity. Nature reviews. Molecular cell biology, 11(8), 579–592. https://doi.org/10.1038/nrm2941 41
Factores que afectan el plegamiento

Internos:

• Secuencia de aminoácidos

Externos:

• Temperatura

• pH

• Sustancias químicas
42
¿Como determinar la estructura de las proteínas?

• Cristalografía y difracción de rayos X

• Modelamiento y predicción por tecnologías informáticas
• Resonancia magnética nuclear (NMR)

43
Aplicación de conocer estructura de las proteínas:
• Conocer la estructura de las proteínas, y como esta se relaciona con
su actividad, es importante para la identificación de nuevos blancos
para el desarrollo de fármacos.

• Ejemplo: inhibidores de enzimas específicos.

44
Enfermedades relacionadas con el mal plegamiento de las proteínas
• Alzheimer  proteínas Tau

• Fibrosis cística  proteína del regulador de la conductancia de la transmembrana (CFTR) de la fibrosis

quística

• Amiloidosis sistémica primaria  enfermedad producida por el depósito extracelular de proteínas

insolubles con una estructura fibrilar compuesta de subunidades de bajo peso molecular, la mayoría de las
cuales se encuentra entre 5 y 25 Kd, siendo condicionado por alteraciones en el plegamiento de estas
proteínas. El depósito proteico deriva de fragmentos de cadenas ligeras de inmunoglobulinas (la porción
variable),

• Amiloidosis sistémica secundaria  incremento agudo en la secreción del polipéptido llamado proteína
amiloide A sérica (SAA) como complicación de ciertas inflamatorias crónicas (tales como artritis
reumatoide), tuberculosis, fibrosis quística y algunos tipos de cáncer. Este polipéptido tiende a agregarse .
SAA, o sus fragmentos, se deposita en el tejido conjuntivo del bazo, riñón, hígado y alrededor del corazón.
Los síntomas son según sean los órganos afectados inicialmente. El resultado suele ser fatal en el
término de unos pocos años.

45
APLIQUEMOS LO APRENDIDO
Participamos en las siguientes preguntas

¿Cuáles son los modelos que explican el

plegamiento?

¿Qué son las chaperonas y para qué sirven?

¿Qué factores afectan el plegamiento?

¿Por qué es importante el correcto plegamiento

de las proteínas?
 INTEGRAMOS LO APRENDIDO
Participamos en las siguientes conclusiones
1. El plegamiento de las proteínas determina su estructura, que es
tridimensional
_________________importante para su actividad biológica.

Plegamiento asistido
modelo jerárquico ______________________,
2. Los modelos plegamiento son:___________________,
modelo alternativo
__________________

 El modelo jerárquico sostiene que el plegamiento de las proteínas se da de manera gradual.

 El modelo alternativo sostiene que el plegamiento comienza con el colapso de la cadena
peptídica.
 Las chaperonas son proteínas o complejos proteicos que ayudan al correcto plegamiento de
las proteínas y evitan su desnaturalización.

secuencia de aminoácidos, temperatura, pH,

3. El plegamiento de las proteínas depende de la _______________________________________
entre otros.

4. El plegamiento incorrecto de las proteínas conlleva a enfermedades.

ACTIVIDADES DE TRABAJO AUTÓNOMO COMPLEMENTARIA

Actividad de Aula Virtual

• Cuestionario 3
• Video
Proteínas https://youtu.be/MaOyF9v2Y0M
• Lectura
1. Perspectivas actuales del uso de las proteínas y su
importancia en la investigación científica e industrial
https://www.researchgate.net/publication/289824214_PERSPEC
TIVAS_ACTUALES_DEL_USO_DE_PROTEINAS_RECOMBINA
NTES_Y_SU_IMPORTANCIA_EN_LA_INVESTIGACION_CIENT
IFICA_E_INDUSTRIAL
2.Plegamiento de proteínas usando simuladores
https://fold.it/portal/node/2003714

48
Referencias
OBLIGATORIAS

Bittencourt, J. (2018). The Power of Carbohydrates, Proteins, and Lipids. Disponible en: https://www.researchgate.net/publication/322473648

Macías Alvia, A., Hurtado Astudillo, J. R., Cedeño Holguín, D. M., Cedeño Holguín, F. A., Scott ÁLava, M., Vallejo Valdivieso, P. A., Macías Alvia, M. J., Santana Sornoza, J. W.,
Espinoza Macías, M. J., Ubillús Saltos, S. P., Arteaga Espinoza, S. X., Torres Macías, O. E., Pigüave Reyes, J. M., Pigüave Reyes, Chavarría Cedeño, D. I., & Intriago Sánchez,
K. J. (2018). Introducción al estudio de la bioquímica. https://doi.org/10.17993/CcyLl.2018.28

Nelson, D. L., y Cox, M. M. (2017). Lehninger Pinciples of Biochemistry (7.a Edición). W.H Freeman Macmillan Learning.

Salazar, J., Salazar, Y. y Sotelo, J. (2021). Guía de prácticas de laboratorio. Bioquímica. Universidad Científica del Sur.

DE CONSULTA

Cuadros Trillos, G. (2019). Mapas conceptuales en bioquímica. http://elibro.net.cientifica.remotexs.co/en/lc/ucsur/titulos/128368

Melo, V. y Cuamatzi, O. (2019). Bioquímica de los procesos metabólicos. https://elibro.net/es/ereader/ucsur/127790

Müller-Esterl, W. (2020). Bioquímica: fundamentos para medicina y ciencias de la vida. http://elibro.net.cientifica.remotexs.co/en/lc/ucsur/titulos/129564

Piña Garza, E., Martínez Montes, F., Riveros Rosas, H., Laguna, J. y Pardo Vázquez, J.P. (2018). Bioquímica de Laguna y Piña (7.a ed.). Editorial El Manual Moderno.

Pulido Villamil, X. C. (2019). Prácticas de bioquímica y estudios de casos en ciencias de la salud. http://elibro.net.cientifica.remotexs.co/en/lc/ucsur/titulos/142510

Simes, L. E. (2020). Introducción a la bioquímica: interpretación de análisis clínicos. http://elibro.net.cientifica.remotexs.co/en/lc/ucsur/titulos/172171 49

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