Aminoácidos,

péptidos y
proteínas
Prof. Adrián Pinto Tomás, Ph.D
Departamento de Bioquímica, Facultad de Medicina
Universidad de Costa Rica
Abril 2022
Aminoácidos y proteínas
 ¿Qué son proteínas?
• Son heteropolímeros lineales de α-L-aminoácidos.
• Son los instrumentos moleculares a través de los
cuales se expresa la información genética.
• Enorme versatilidad en localización, estructura y
función.
Jerarquía estructural en las células

www.dnalc.org: dogma central biología

 Funciones de las proteínas
• Estructural
• Transporte y almacenamiento
• Proteínas de membrana: receptores y
transportadores
• Comunicación intercelular
• Adhesión
• Defensa y patogenicidad
• Catálisis de reacciones químicas
• Motilidad
• Control de la expresión génica
Forma de las proteínas
Los aminoácidos de las proteínas

Estructura general
(zwiterión)
Los 20 aminoácidos codificables
Clasificación de los a.a. codificables

Estabilizan la estructura proteica

mediante interacciones hidrofóbicas.
 Clasificación de los a.a. codificables

Establecen interacciones hidrofóbicas, proveen grupos

funcionales, absorben luz ultravioleta.
 Clasificación de los a.a. codificables

Serine Threonine

Forman puentes de hidrógeno entre

sí y con otras moléculas como agua.
Clasificación de los a.a. codificables

Esenciales en metabolismo (Met)

y estructura proteica (Cys)
 Clasificación de los a.a. codificables

Altamente hidrofílicos. Esenciales en el mecanismo

catalítico de muchas enzimas. Forman enlaces
iónicos, puentes salinos y de hidrógeno.
 Aminoácidos no codificables
• Producidos por modificación post-traduccional de
a.a. estándar.
Modificaciones posteriores a la traducción
Modificaciones posteriores a la traducción
 Propiedades
ácido-base
de los
aminoácidos
• Disueltos en agua, los
a.a. forman
zwiteriones que
pueden actuar como
ácidos o como bases,
según el pH.
 Propiedades
ácido-base
de los
aminoácidos
• Cada a.a tiene una
curva de titulación
característica:
concepto de punto
isoeléctrico (pI).
Propiedades ácido-base de los aminoácidos

El microambiente químico dentro de la estructura

proteica modifica la constante de ionización (pKa)
 La curva de
titulación es
distinta para los
a.a. con cadenas
laterales (R)
ionizables.
 La curva de
titulación es
distinta para los
a.a. con cadenas
laterales (R)
ionizables.
Aminoácidos con cadenas laterales (R) ionizables
 Péptidos
• Cadenas de residuos de a.a.
unidos por enlaces peptídicos.
• Oligopéptidos (< 50 a.a.) o
polipéptidos (50-2000 a.a.)
• Extremo N-terminal y C-terminal.
• Cadenas principal y
laterales.
• Peso en Daltons
1 Da = 1g/mol
Hemoglobina: 64kDa
Propiedades del enlace peptídico
• Enlace planar

• Principalmente configuración trans

 Flexibilidad del enlance
• Enlaces X-Pro pueden ser cis

• Rotación y ángulos de torsión

Propiedades ácido-base de los péptidos
• Comportamiento ácido-
base depende de:
* Extremo N-terminal
* Extremo C-terminal
* Cadenas laterales (R)
ionizables.
• Cada péptido tiene una
curva de titulación y un
punto isoeléctrico (pI)
característico.
Proteínas Conjugadas
A
P
O
P
R
O
T
E
I
N
A
Niveles estructurales en proteínas
 Estructura proteica primaria
• Dada por la secuencia de a.a.
• Determina conformación y actividad biológica.
• Alteraciones pueden causar graves consecuencias
• Proteínas polimórficas: variación en regiones no críticas
para la actividad, sustituciones conservadoras o ventajosas.
• Regiones invariables e hipervariables.
• Puede ser dilucidada mediante métodos de laboratorio.
 Evolución de proteínas
• Conceptos: proteínas homólogas, ortólogas,
parálogas

Evolución por duplicación y divergencia

Evolución por recombinación de dominios

De Grassi et al. 2008. Genome duplication and gene-family evolution: The
case of three OXPHOS gene families. Gene 421, 1–6.
Familias y superfamilias proteicas

•Conceptos: proteínas homólogas

ortólogas
parálogas
 Molecular phylogeny of hemoglobin domains (Hb) and myoglobins (Mb) from mollusks.

Lieb B et al. PNAS 2006;103:12011-12016

©2006 by National Academy of Sciences

 Isoformas proteicas

Receptores de hormonas: isoformas

especificas de c/tejido
 Estructura tridimensional de las
proteínas
• Funcionalidad
• Especificidad
• Flexibilidad
• Solubilidad o lipofilidad
• Estabilidad
• Degradabilidad
 Estructura tridimensional de las
proteínas: conceptos básicos
• Dinámica: puede cambiar como parte de la
función biológica.
• Es estabilizada principalmente por interacciones
débiles no covalentes.

Diferentes representaciones de la estructura tridimensional de la miogoblina

 Estructura tridimensional de las
proteínas: conceptos básicos
• Conformación: arreglo en el espacio de los
átomos de una proteína.
• Cambios conformacionales pueden ocurrir por
rotación de enlaces.
• En cada momento, las proteínas tendrán la
conformación termodinámicamente más estable.
• Proteínas plegadas en su conformación funcional
se denominan nativas.
Estructura proteica secundaria
• Conformación local de una región
determinada dentro de un polipéptido.
• Implica patrones de plegamiento comunes al
esqueleto polipéptídico.
• Estructuras secundarias regulares: a-hélices,
láminas b y giros b.
• Estructuras secundarias irregulares:
conformación al “azar” (no ordenada),
bucles Ω.
Estructura de a-hélice

Puentes de hidrógeno internos

estabilizan las a-hélices
Conformación
b: láminas b,
Hojas b

Puentes de hidrógeno
entre segmentos
adyacentes estabilizan
las hojas b
 Giros b

Glicina y prolina son los a.a. más comunes en giros b

 Bucles Ω
Estructuras definidas
de gran importancia

NO poseen estructuras
periódicas/regulares
 Las estructuras
secundarias
regulares tienen
contenidos
característicos
de a.a.

Es posible predecir la estructura secundaria

de acuerdo a la secuencia de a.a.
 Estructura supersecundaria

Motivos (motifs), unidades de plegamiento

 Estructura proteica terciaria
• Disposición tridimensional de todos los
átomos que componen una proteína.
• Importancia: cubre todos los aspectos de la
función proteica, incluso localización celular
• Estabilizada principalmente por enlaces
débiles no covalentes y en menor grado por
puentes disulfuro.
• Dominio: unidad estructural independiente.
 Proteínas fibrosas
• Unidad estructural: elementos repetitivos con una
misma estructura secundaria.
• Función estructural

Queratina
Propiedades estructurales proteínas fibrosas

Estructura de la fibroina (prot. de la seda)

 El colágeno

Secuencia a.a: Gly-Pro-X

Triple hélice de colágeno

 El
colágeno
 Proteínas globulares
• Diferentes segmentos de una o varias cadenas
polipeptídicas se pliegan unos sobre otros.
• Plegamiento provee diversidad estructural para
realizar diferentes actividades biológicas.
• Variedad de estructuras secundarias en una misma
proteína.

Mioglobina
 Proteínas globulares: estructura
* A.a. hidrofóbicos en interior, a.a. hidrofílicos en
superficie.
* Alta compactación refuerza interacciones débiles.
* Curvaturas dadas por Pro, Thr, Ser, Asn y Gly.
* Proteínas pequeñas dependen en mayor grado de
enlaces covalentes para su estabilidad.
 Proteínas globulares
• Presentan patrones comunes de plegamiento.
• Estructura supersecundaria: (motivo [motif],
dominio, unidad de plegamiento): arreglos estables
interconectados de estructuras secundarias.
• Dominio: unidad estructural
y funcional de proteínas
globulares, formado por
varios motivos.
Patrones de plegamiento (folds)

Actina-G y el
plegamiento
de actina.
Presente
también en
hexoquinasa,
chaperonas,
etc.
Proteínas transmembrana

Receptor β2 adrenérgico
 Estructura proteica cuaternaria
• Asociación de subunidades individuales con
geometría y estequiometría específicas
• Subunidades pueden ejecutar funciones iguales
o diferentes
• Términos: multímeros, oligómeros, protómeros
 Estructura proteica cuaternaria

• Importancia:
Permite unión cooperativa de ligandos
Incrementa sitios de unión
Mayor afinidad
Mayor estabilidad
Caetano-Anollés et al. 2009. The origin, evolution and structure of the
protein world. Biochem. J. (2009) 417, 621–637
 Clasificación estructural de
proteínas globulares
• Las proteínas globulares pueden clasificarse de
acuerdo a sus unidades de plegamiento.
• Familias: proteínas similares en cuanto a su
secuencia de a.a., estructura y/o función.
• Superfamilias: dos o más familias que
comparten motivos estructurales y características
funcionales. Poca similitud en secuencia de a.a.
 Plegamiento/Desnaturalización
• Adquisición/pérdida de conformación nativa.
• Desnaturalización: proceso abrupto y cooperativo,
causado por agentes desnaturalizantes.
• Renaturalización: recuperación de conformación
nativa en condiciones óptimas.
 El plegamiento
y la
desnaturalización
son procesos
cooperativos
Proteínas adquieren
conformación
termodinámicamente
más estable
 Plegamiento asistido de proteínas
• Chaperonas moleculares: dirigen plegamiento o
proveen microambiente óptimo para ello.
* Protegen proteínas de desnaturalización (HSP).
* Evitan agregación de proteínas desnaturalizadas.
* Previenen plegamiento prematuro en transporte.
• Reconocen patrones de a.a. hidrofóbicos
expuestos en la superficie de las proteínas.
Plegamiento asistido
de proteínas
1. Chaperonas
(familia Hsp70)
2. Chaperoninas
(familia Hsp 60).
3. Enzimas de plegamiento:
* Proteín disulfuro isomerasas
(PDI).
* Peptidil prolil cis-trans
isomerasas.
Relación estructura-función en las
proteínas
• La estructura tridimensional determina la
actividad biológica de una proteína.
unión con otras moléculas mediante enlaces no
covalentes
• Potencial de superficie. Ejemplo: interacción
histonas-ADN.
• Conceptos básicos:
* Ligando y sitio de unión.
* Cambio conformacional y ajuste inducido.
 Regulación dinámica de la
conformación proteica
• Regulación alostérica.
• Regulación por modificación covalente.
* Fosforilación: Proteín quinasas / proteín
fosfatasas.
* Acetilación: Acetilasas / desacetilasas.
* Glucosilación: Glucosiltransferasas /
glucosidasas
• Regulación por proteólisis parcial. Es
irreversible.
 Estructura determina función

Figure 3-36 Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)

 Estructura maximiza
interacciones débiles

Figure 3-37b Molecular Biology of the Cell (© Garland Science 2008)

Ciclo de vida de las proteínas
Defectos en el plegamiento de proteínas pueden
causar graves patologías

Proteínas PrP y
enfermedades priónicas
Formación
de fibras
amiloideas