LOS AMINOÁCIDOS

Fuente: Principios de Bioquímica de

Lehninger
CLASIFICACIÓN DE LOS AMINOÁCIDOS

Fuente: Principios de Bioquímica de

Lehninger
PROTEÍNAS
Niveles estructurales:

Estructura primaria, determinada por la secuencia de

aminoácidos en la cadena proteica.

Estructura secundaria y terciaria, analiza en

términos de conformación espacial.

Estructura cuaternaria, originada por la asociación

de varias cadenas polipeptídicas.

Estructura quinaria, referida a la asociación de proteínas

con otros tipos de biomoléculas para formar estructuras supramoleculares con
carácter permanente.
I.- ESTRUCTURA PRIMARIA DE LAS PROTEÍNAS
Constituye la secuencia lineal de
aminoácidos que componen una proteína.
Incluye: el orden y el número de
aminoácidos presentes que están enlazados.
El ordenamiento de los aminoácidos no es
arbitrario, obedece a una secuencia
predeterminada por el ADN y su alteración
conlleva a diversas enfermedades.
Las posibilidades de estructuración a nivel
primario son prácticamente ilimitadas.
El orden y número de aminoácidos,
determina la forma que adopta el
polipéptido; consecuentemente, determina
la función de la proteína.
PROTEÍNA: ESTRUCTURA PRIMARIA
a) Grupo peptídico planar
b) Enlaces que separan al C alfa, de un aminoácido
c) Rotación alrededor del C alfa y enlace peptídico de dos a más aminoácidos consecutivos

Fuente: Principios de Bioquímica de

Lehninger
PROTEÍNAS: ESTRUCTURA PRIMARIA
d) Rotación de los ángulos phi y si

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Lehninger
 APLICACIONES DE LA ESTRUCTURA PRIMARIA DE LAS
PROYEÍNAS

Anemia falciforme

 Tipo de anemia hemolítica hereditaria.

 Frecuente en individuos de origen africano.
 Eritrocitos en forma de hoz.
 Hemoglobina S.
 Se origina debido la sustitución del aminoácido
ácido glutámico por la valina en la cadena
beta, posición 6 de la hemoglobina A.
 Las células falciformes se hemolizan fácilmente.
 Tienen un tiempo de vida más o menos la mitad
que las células normales.
 Conduce a cuadros de anemia severa.
 APLICACIONES DE LA ESTRUCTURA PRIMARIA DE LAS
PROYEÍNAS
Estudios filogenéticos
 La comparación de la estructura primaria de
una misma proteína en especies diversas tiene
un enorme interés desde los puntos de vista
funcional y filogenético.
 Cuanto más alejadas estén las especies
analizadas en el árbol filogenético, más
diferencias se podrán observar en la estructura
primaria de proteínas análogas.
 Sin embargo, a menudo se encuentra que el
mismo aminoácido aparece en idéntica
posición en todas las especies estudiadas. Estos
aminoácidos reciben el nombre de
aminoácidos invariantes o aminoácidos
conservados y suelen ser indispensables para la
función y estructura correcta de la proteína.
Cualquier mutación en estas posiciones puede
ser letal para el organismo.
 II.- ESTRUCTURA SECUNDARIA
DE LAS PROTEÍNAS
 Es la disposición espacial que adopta la cadena peptídica a medida
que se sintetiza en los ribosomas.
 Debida a los giros y plegamientos que sufre como consecuencia de la
capacidad de rotación del carbono α y de la formación de enlaces
no covalentes débiles que se forman entre los diferentes aminoácidos
de la cadena polipeptídica.
 De esta forma, la cadena polipeptídica es capaz de adoptar
conformaciones de menor energía libre y, por tanto, más estables.
 ENLACES NO COVALENTES
DE LA ESTRUCTURA SECUNDARIA
DE LAS PROTEÍNAS
 PUENTES DISULFURO: Son los enlaces más fuertes de los no
covalentes, se forma por las átomos de azufre (S) del grupo R de los
aminoácidos cisteína y metionina presentes en la cadena
polipeptídica.
 PUENTES DE HIDRÓGENO: Enlaces débiles no covalentes y el más
frecuente, se establecen entre los grupos -CO- y -NH- del enlace
peptídico (el primero como aceptor de H, y el segundo como
donador de H).
 INTERACCIONES IÓNICAS: Se lleva a cabo a razón de la afinidad
electromagnética de los átomos que contiene una molécula con
respecto a otra molécula. De esta forma, la cadena polipeptídica
es capaz de adoptar conformaciones de menor energía libre y, por
tanto, más estables.
 INTERACCIONES HIDROFÓBICAS: Se mantiene entre aminoácidos
que tienen repelencia al agua.
 FUERZAS DE VAN DER WALLS: Son fuerzas intermoleculares, son de
tres tipos (dipolo-dipolo, dipolo-dipolo inducido y fuerzas de
dispersión)
ESTRUCTURA SECUNDARIA

 Se pueden distinguir varios

tipos de conformaciones que
determinan la estructura
secundaria de una proteína:
1. Conformación al azar
2. Hélice 
3. Hoja 
4. Giros 
5. Triple hélice
6. Estructuras supersecundarias
1.- Conformación al azar

En algunas regiones de la cadena

polipeptídica, no existen interacciones
de suficiente consideración, como
para que se pueda distinguir un nivel
de organización superior a la
estructura primaria.
2.- Hélice alfa

 Se forma al enrollarse helicoidalmente la estructura

primaria sobre sí misma.
 Cada oxígeno carbonílico (-C=O), forma un puente de
hidrógeno, con el hidrógeno amídico (-NH-) del cuarto
residuo (a.a.) hacia el carbono terminal de la cadena
polipeptídica.
 La cadena polipeptídica se pliega en forma de helicoide
dextrógiro (a la derecha, en sentido contrario a las agujas
del reloj).
 Cada espiral está conformada por 3.6 restos de
aminoácidos con una distancia de 5.4 A°.
 Los grupos R se proyectan lateralmente hacia fuera de la
cadena, evitando interferencias estéricas.
 Se estabilizan por puentes de hidrógeno intracatenarios.
 MODELOS DE ALFA HÉLICE
a) Enlaces peptídicos son paralelos al eje longitudinal. b) Enlaces de Hidrógeno
intracatenarios. c) Vista desde un extremo a lo largo del eje longitudinal
(grupos R). d) Modelos de esferas de Van der Waals

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 AMINOÁCIDOS QUE INTERRUNPEN LA
CONFORMACIÓN ALFA HÉLICE

 La Prolina (Pro), cuyo C alfa no tiene

libertad de giro por estar integrado en un
heterociclo.
 Los a.a. polares Lisina (Lys) y Ácido
glutámico(Glu) muy frecuentes en la
secuencia, desestabilizan la hélice porque
los enlaces de hidrógeno pierden
importancia frente a las interacciones
electrostáticas de atracción o repulsión.
 Por este motivo, la estructura en hélice es la
que predomina a valores de pH en que los
grupos ionizables no están cargados. En
caso contrario, adoptan la conformación al
azar.
Hélice 310

 Llamada así, porque contiene 3 residuos por vuelta

de hélice y 10 átomos encerrados en el anillo.
 Torcida a la derecha con un paso de vuelta de 6
Ao.
 Es más delgada y de mayor pendiente que la alfa
hélice.
 Se observa ocasionalmente en las proteínas y en
cortos segmentos de hélice.
HÉLICES: Dextrógira y Levógira

Fuente: Principios de Bioquímica de

Lehninger
3.- Hoja o Estructura beta
Llamada también de la Hoja Plegada.
Difiere de la hélice alfa porque sus cadenas
polipeptídicas están relativamente
extendidas en forma de zig-zag.
Los puentes de hidrógeno se forman entre
dos o más cadenas polipeptídicas.
Las cadenas laterales se disponen hacia
arriba y abajo en forma alterna unidos por
puentes de hidrógeno intercatenarios.
Las cadenas peptídicas son de disposición:
✓ Paralela, se alinean en la misma dirección
✓ Antiparalela, se alinean en dirección opuesta
 Representación de la estructura hoja b paralela
(color rojo)

• Conformación es típica en
las proteínas fibrosas como
la fibroína de la seda,
donde numerosas
estructuras  antiparalelas
dan lugar a varias hojas .
• También aparece en
ciertos segmentos de
proteínas globulares como
las inmunoglobulinas.
CONFORMACIÓN BETA EN CADENAS POLIPEPTÍDICAS

Fuente: Principios de Bioquímica de

Lehninger
4.- Giros Beta
▪ Secuencias de la cadena polipeptídica con
estructuras alfa o beta conectadas por los
giros beta.
▪ Son secuencias cortas que imponen un giro
brusco de 180° a la cadena principal
▪ Aminoácidos como Asn, Gly y Pro aparecen
con frecuencia en esta estructura.
▪ Esta conformación se estabiliza
generalmente por medio de un puente de
hidrogeno.
ESTRUCTURA DE UN GIRO O CODO BETA

Fuente: Principios de Bioquímica de

Lehninger
REPRESENTACION DE UN GIRO BETA
5.- Triple Helice

▪ Es una estructura aparentemente exclusiva del

colágeno, también se observan en proteínas
de la defensa inmunitaria
▪ El colágeno presenta una secuencia típica de
repetición de tres aminoácidos: gly, Pro,
Hidroxiprolina ( 98 % ).
▪ La Prolina condiciona el enrrollamiento peculiar
en forma de hélice levógira y la glicina permite
la aproximación entre las hélices, de manera
que tres hélices se asocian para formar un
helicoide dextrógiro
ESTRUCTURA DEL COLÁGENO

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 6.- Estructuras Supersecundarias

Se reconoce como otro nivel de

estructuración proteica denominada
tambien Motivos Estructurales.
Estan formadas por alfa helices, otros por
estructuras beta o una combinación de
ambas.

a-hélice:Hélice-giro-hélicecoiled-coilMano
EF4 hélices
Estructura b: Horquilla bMeandro bBarril
bHélice ba-bb-a-bRossmann
a). Hélice-giro-Hélice

Formada por dos -

hélices cortas
conectadas entre sí
mediante un tramo
sin estructura
secundaria (o a
veces un giro b)
Es característico de
Proteínas que
interaccionan con el
DNA.
 b). Doble espiral de alfa - hélices
(Coiled-coil -helix)
Es un motivo estructural formado por dos -
hélices yuxtapuestas.
A menudo, estas dos hélices interaccionan
entre sí mediante cadenas laterales de
leucina, originando una estructura llamada
"cremallera de leucina“.
Aparece frecuentemente en proteínas que
interaccionan con el DNA.
Es una estructura energéticamente muy
favorable porque permite un buen
entramado de las cadenas laterales de los
aminoácidos en contacto entre las dos
hélices.
c). Mano E-F
 Formada por dos -hélices conectadas entre sí
por un giro.
 Está presente en proteínas que se unen a
calcio como la calmodulina o la troponina-C.
 La unión al Ca++ se lleva a cabo gracias a las
tres cadenas laterales de Asp localizadas en la
secuencia que conecta las dos hélices.

Fuente: Principios de Bioquímica de

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d). 4 hélices empaquetadas

Cuatro -hélices se asocian a lo largo de su

eje longitudinal.
Los residuos hidrofóbicos se apiñan en el
interior de una forma tan compacta que el
agua queda totalmente excluída.
En el centro activo de proteínas como el
citocromo b562 o la miohemeritrina está
localizado uno de los extremos de la zona
hidrofóbica de esta estructura
supersecundaria.
Los residuos hidrofílicos se localizan en la
superficie.
 e). Horquilla b
 Es un motivo estructural muy sencillo en el cual dos estructuras b
adyacentes se orientan de forma antiparalela, conectadas por medio
de un segmento con estructura al azar.
 Se encuentra con mucha frecuencia en las proteínas y no se le
relaciona con ninguna función concreta.
f). Meandro b
Consiste en longitudes secuenciales de láminas b antiparalelas unidos
por giros b relativamente apretados, conectadas por segmentos con
conformación al azar.
g). Barril b
 Numerosas estructuras b orientadas de forma antiparalela se entrecruzan
entre sí.
 Originan una especie de canasta o barril, donde los residuos hidrofóbicos
se acumulan en el interior.
 Esta estructura aparece en la proteína que une retinol, donde 8 estructuras
b adoptan esta configuración y la molécula de retinol se acomoda en el
interior, dejando fuera únicamente su grupo OH.
h). Hélice b
 Estructura poco frecuente.
 Aparece en la proteína UDP N-Acetilglucosamina O-Aciltransferasa
de E. coli.
 Se puede apreciar una hélice levógira formada por el enrollamiento
de varias estructuras b orientadas de forma paralela.
 En el interior de la b-hélice se acumulan las cadenas laterales
hidrofóbicas, otorgándole estabilidad a la estructura.

CADENAS BETA: CONFORMACION LIGERAMENTE TORCIDA

ES MAS ESTABLE QUE LA LINEAL
i). b-a-b
 Superestructura mediante el cual dos estructuras b se orientan de
forma paralela, mediante un segmento que contiene una hélice
alfa y dos segmentos con estructura al azar.

j). Estructura de Rossmann

Se le considera un dominio estructural independiente, consiste en dos

unidades bab adyacentes (babab).
Se encuentra en muchas enzimas con funciones y estructuras terciarias
muy dispares.
Este plegamiento consta de aproximadamente 70 aminoácidos y
constituye el centro de unión del NAD+, el FMN y el AMP en distintas
proteínas
Fuente: Principios de Bioquímica de
Lehninger
 Dominios estructurales y funcionales

▪ Dominio: Son subregiones de la cadena polipeptídica que poseen

todas las características de una proteína globular.
▪ Por proteólisis limitada se obtienen subregiones o dominios de una
proteína sin la pérdida de sus características funcionales.
▪ Los dominios son de utilidad, ya que muchas proteínas no similares
tienen dominios similares; lo que induce a pensar que las proteínas se
sintetizan sobre la base de un sistema que utiliza dominios como
módulos o unidades básicas.
Se conocen dos tipos o clases de Dominios:
 Los dominios estructurales son entidades geométricas
diferenciadas dentro del mapa de densidades
electrónicas de una proteína globular que por
sí mismos o en asociación con otros originan un
dominio funcional.
 Constituyen aquellos segmentos que se pliegan
de forma independiente de otros segmentos.
 Constituyen la unidad básica de plegamiento
de la cadena polipeptídica.
 Por regla general, un dominio estructural
contiene 100-150 aminoácidos, lo que
corresponde a un glóbulo de 25 A° de
diámetro
▪ Un dominio funcional es una región de la cadena polipeptídica
autónoma desde el punto de vista funcional.
▪ Un dominio funcional esta formado por mas de un dominio estructural.
▪ Existen aproximadamente mas de 100 dominios, y se agrupan en
cuatro categorías:
▪ Tipo I, formados por -hélices antiparalelas.
▪ Tipo II, formados por -hélices y láminas paralelas.
▪ Tipo III, formados por láminas antiparalelas.
▪ Tipo IV, dominios pequeños con abundantes puentes disulfuro y
metales.
MOTIVOS ESTRUCTURALES COMUNES EN PROTEÍNAS

Fuente: Principios de Bioquímica de

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