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TEMAS-2-8.
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Kikovadillo
Bioquímica
1º Grado en Química
Facultad de Ciencias
Universidad de Extremadura
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TEMA 2.- COMPOSICIÓN Y
ESTRUCTURA DE PROTEÍNAS.
1 ESTRUCTURA DE AMINOÁCIDOS
Los aminoácidos son las unidades estructurales básicas de las proteínas. Un aminoácido
consta de un grupo amino, un grupo carboxílico, un átomo de H y un grupo distintivo R,
todos enlazados al carbono .
El agrupamiento tetraédrico de cuatro grupos diferentes alrededor del C- confiere

actividad óptica a los aminoácidos. Las formas especulares se llaman el isómero D y el L,
aunque solamente el isómero L forma parte de las proteínas.
Existen 20 tipos de cadenas laterales de aminoácidos que varían en tamaño, forma, carga,
capacidad de enlace de hidrógeno y reactividad química.
Es destacable la importancia del grupo sulfhidrilo de la cisteína, ya que permite la

formación de enlaces disulfuro que son especialmente importantes en la estabilización de
algunas proteínas.
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1.1 CARACTERÍSTICAS ÁCIDO-BASE DE AMINOÁCIDOS
Los aminoácidos en disolución, a pH neutro, son predominantemente iones dipolares
(zwitteriones), de esta forma, el grupo amino está protonado (NH3+) y el grupo carboxilo
está disociado (COO-). El estado de ionización varía con el pH.
Por ejemplo, para la glicina, a un pH muy ácido ambos grupos funcionales están
protonados, -COOH y –NH3+. Al aumentar el pH se va produciendo la disociación de más
grupos carboxilo, cuando pH = pKa la concentración de las formas NH3+-CH-COOH y
NH3+-CH-COO- son iguales, para la glicina este valor es 2,34. Si se sigue aumentando el
pH se empiezan a perder los protones del grupo amino, cuando pH = pKa del grupo
amino, entonces las concentraciones de las formas con amino protonado y sin protonar
son iguales, que para glicina es 9,60. Entre ambos valores de pH, debe haber un valor para
el cual la forma dominante sea el ion dipolar, sin carga, este punto se conoce como punto
isoeléctrico. El valor del punto isoeléctrico coincide con la media aritmética de los valores
de pKa.

Los aminoácidos con cadenas laterales con grupos ionizables tienen curvas de titulación
más complejas con tres valores de pKa. El punto isoeléctrico de aminoácidos con un grupo
ácido en la cadena lateral se calcula como la media aritmética de los dos pKa de los grupos
ácidos. De igual forma, en caso de que la cadena lateral contenga un grupo básico, el punto
isoeléctrico es la media de los pKa de los dos grupos básicos.
1.2 INTERACCIONES ENTRE AMINOÁCIDOS

1. Hidrofobicidad. Muchos aminoácidos presentan cadenas laterales apolares.
Teniendo en cuenta que las proteínas suelen encontrarse en entornos acuosos, estas
cadenas laterales tienden a agruparse por un fenómeno de repulsión llamado efecto
hidrofóbico plegándose de forma que se forma un núcleo hidrofóbico.
2. Fuerzas de van der Waals. En las cadenas laterales apolares se pueden crear
dipolos instantáneos que pueden crear fuerzas de atracción instantáneas débiles
pero que, en conjunto, pueden tener un efecto importante.
3. Interacciones de hidrógeno. Algunas cadenas laterales pueden establecer este
tipo de interacciones actuando como donadores o aceptores de hidrógeno.
4. Interacciones electrostáticas. Debido a que algunos aminoácidos presentan
cadenas laterales con carácter ácido o básico que pueden estar ionizados a ciertos
pH, se pueden crear interacciones no covalentes entre grupos de signo contrario. A
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menudo se conocen como puentes salinos debido a su similitud con las
interacciones iónicas.
5. Formación de puentes disulfuro. Dos residuos de cisteína pueden unirse
covalentemente mediante la formación de un enlace disulfuro mediante un proceso
de oxidación. Se puede dar entre dos Cys de la misma proteína (intracatenario) o
entre dos Cys de proteínas diferentes (intercatenarios). Estos enlaces estabilizan la
estructura tridimensional de la proteína.
6. Fosforilación. Las cadenas laterales de Ser, Thr y Tyr pueden sufrir fosforilación
por la unión a un grupo hidroxilo de una molécula de fosfato inorgánico. Este tipo
de enlaces es catalizado por un tipo de enzimas llamado quinasas. El proceso es
reversible, y la desfosforilación se produce por la acción de las enzimas fosfatasas.
La fosforilación produce cambios conformacionales, que afectan a la actividad de la
proteína.
Las interacciones 1-4 son no covalentes, mientras que las dos últimas son de tipo covalente.
2 ENLACE PEPTÍDICO
En las proteínas, el grupo alfa-carboxilo de un aminoácido se une al grupo alfa-amínico de
otro aminoácido por medio de un enlace peptídico. Se pierde una molécula de agua en la

formación de un dipéptido, el equilibrio está desplazado hacia la hidrólisis en vez de hacia
la síntesis, por lo que se requiere una energía para la formación del enlace peptídico.
Se considera como inicio de una cadena polipeptídica el extremo amino, por convención.
La secuencia de aminoácidos en una cadena se escribe comenzando por el residuo amino-
terminal.
Una cadena polipeptídica consiste en una parte regularmente repetida llamada la cadena
principal, y una parte variable constituida por las cadenas laterales muy distintiva.
3 ESTRUCTURA DE PROTEÍNAS
3.1 ESTRUCTURA PRIMARIA

La estructura primaria de una proteína se refiere a la secuencia de aminoácidos y
localización de los puentes disulfuro, si los hubiere. Así pues, la estructura primaria
comprende las uniones covalentes de la proteína.

Como consecuencia del enlace peptídico, sólo los grupo amino y carboxilo terminales
tienen capacidad de ionización, aparte de los grupos ionizables de las cadenas laterales. Por
tanto, la carga neta depende solamente del estado de ionización de las agrupaciones amino
terminal, carboxilo terminal y las pertenecientes a las cadenas laterales.
Una característica llamativa de las proteínas es que tienen una estructura tridimensional
bien definida. Una cadena polipeptídica extendida u ordenada al azar carece de actividad
biológica. La función deriva de la conformación, es decir, de la organización de los átomos
en una estructura tridimensional. La secuencia de los aminoácidos es importante porque
determina dicha conformación.
Un estudio de Pauling y Corey demostró que la unidad peptídica es rígida y plana. El
hidrógeno del grupo amino sustituido está casi siempre en posición trans con respecto al
oxígeno del grupo carboxílico. No existe libertad de rotación alrededor del enlace entre el
carbono carbonílico y el nitrógeno ya que este enlace posee cierto carácter de doble enlace,
por tanto, la distancia de enlace es menor a la correspondiente a un enlace sencillo.
3.2 ESTRUCTURA SECUNDARIA

Está relacionada con el ordenamiento espacial de los residuos de aminoácidos próximos
entre sí, en la secuencia lineal. Algunas de estas relaciones estéricas son de naturaleza
regular, originando una estructura periódica. Se incluyen en la estructura secundaria la -
hélice, la lámina plegada  y la hélice del colágeno.

 Hélice 
Es una estructura similar a un cilindro. La cadena principal estrechamente enroscada forma
la parte interior del cilindro, y las cadenas laterales se extienden hacia afuera en una
disposición helicoidal. La -hélice queda estabilizada por enlaces de hidrógeno entre los
grupos CO y NH de la cadena principal, el grupo CO de cada aminoácido está enlazado
por hidrógeno al grupo NH del aminoácido situado cuatro residuos más adelante en la
secuencia lineal.

Cada residuo queda relacionado con el siguiente por una traslación de 1,5 A a lo largo del
eje de la hélice y una rotación de 100º, lo que da 3,6 residuos de aminoácido por vuelta de
hélice. Por esto, aminoácidos separados tres o cuatro lugares en la secuencia lineal quedan
espacialmente muy próximos en la hélice. Las hélices pueden ser dextrógiras o levógiras,
aunque las que se encuentran en las proteínas son siempre dextrógiras.
3.2.2 Hoja plegada 

Se trata de una hoja en lugar de un cilindro, la cadena está casi completamente extendida.
La distancia axial entre aminoácidos adyacentes es de 3,5 A en lugar de 1,5 A para la hélice
. Otra diferencia es que la hoja  queda estabilizada por enlaces de hidrógeno entre los
grupos NH y CO de filamentos polipeptídicos diferentes.
Las cadenas adyacentes en una hoja plegada  pueden orientarse en la misma dirección
(hoja paralela) o en direcciones opuestas (hoja  antiparalela).
3.2.3 Giros 
Son elementos de conexión entre hélices  y/o hebras . Determinan un cambio abrupto
de dirección en la cadena polipeptídica. Se forma un puente de hidrógeno entre un residuo
(i) y el situado tres aminoácidos después (i+3). La prolina y la glicina abundan en los giros
.
3.2.4 Proteína fibrosa: el colágeno

Es la proteína con función estructural más abundante en los vertebrados. La unidad
estructural del colágeno es una molécula con estructura de triple hélice dextrógira formada
por tres cadenas individuales llamadas cadenas . Cada cadena  presenta una estructura
secundaria de hélice levógira, que se forma gracias a su particular secuencia de aminoácidos
sin que existan puentes de hidrógeno intracatenarios.
Su estructura primaria se caracteriza por su elevado contenido en glicina (1/3 residuos), la
presencia de prolina y aminoácidos poco comunes como hidroxiprolina e hidroxilisina. Por
tanto, la estructura está formada por la secuencia repetitiva de (Gly-X-Y)n donde X e Y
suelen ser prolina e hidroxiprolina.
3.3 ESTRUCTURA TERCIARIA
Se trata del enrollamiento tridimensional de la cadena polipeptídica debido a las
interacciones existentes entre los residuos laterales de aminoácidos que se encuentran
próximos en el espacio pero alejados en la estructura primaria.
El plegamiento de las proteínas no solo supone una ventaja energética, sino que además
permite que se aproximen cadenas laterales de residuos distantes y que se puedan crear
estructuras tridimensionales adecuadas para la interacción con otras moléculas. Esta
situación tiene especial importancia en las enzimas, ya que los centros activos presentan la
forma y naturaleza necesaria para que se una el sustrato.
3.3.1 Desnaturalización proteica

Como la estructura tridimensional se mantiene mediante interacciones débiles, al alterar las
condiciones que mantienen estas fuerzas se produce la desnaturalización de la proteína, es
decir, se produce una modificación estructural que conduce a la pérdida de su función.
1. El calor afecta principalmente a los enlaces de hidrógeno y produce una
desnaturalización de las proteínas que suele ocurrir de forma brusca al alcanzar una
determinada temperatura.
2. El estado de ionización de las cadenas laterales depende del pH. Por eso, un
cambio de pH puede alterar las interacciones electrostáticas que participan en el

mantenimiento de la estructura.
3. Uno de los agentes desnaturalizantes que más se utiliza es la urea, puesto que
compite en la formación de interacciones de hidrógeno.
4. Las interacciones hidrofóbicas se verán alteradas por sustancias que puedan
establecer interacciones de la misma naturaleza, como son disolventes apolares o
detergentes.
3.3.2 Organización tridimensional. Experimento de Anfinsen.

Anfinsen estudió la relación entre la secuencia de aminoácidos y su conformación en la
ribonucleasa.
La ribonucleasa contiene 124 aminoácidos, con cuatro puentes disulfuro que pueden
escindirse reversiblemente reduciéndolos con -mercaptoetanol. Sin embargo, se encontró
que a 37ºC y pH 7 se necesita también un agente desnaturalizante como urea para ser
reducida. Cuando se trató la ribonucleasa con -mercaptoetanol en urea 8M, el resultado

fue una cadena polipeptídica completamente reducida, arrollada al azar y sin ninguna
actividad enzimática.
Entonces, al eliminar por diálisis la urea y el -mercaptoetanol, se observó que la
ribonucleasa recuperaba lentamente la actividad enzimática. Si los grupos sulfhidrilos se
oxidaban en condiciones adecuadas (oxígeno del aire), se recuperaba toda la actividad
enzimática. Este resultado demostró que la información necesaria para especificar la
estructura tridimensional de la ribonucleasa está contenida en su secuencia de aminoácidos:
la secuencia especifica la conformación.
3.4 ESTRUCTURA CUATERNARIA

Existe la posibilidad de que varias cadenas o subunidades proteicas se asocien en complejos
tridimensionales que componen la estructura tridimensional de las proteínas. Estas

asociaciones son fundamentales para la función de la proteína. La asociación de
subunidades está estabilizada por uniones no covalentes, y puede incluir puentes disulfuro
entre distintas cadenas.
Las cadenas individuales pueden ser iguales (homomultímeros) o diferentes
(heteromultímeros). Cuando las cadenas son diferentes, el grupo de subunidades que se
repite se llama protómero. Por ejemplo, en una asociación de dos unidades y dosel
protómero sería el conjunto formado por una subunidad y una .
4 MIOGLOBINA Y HEMOGLOBINA
La capacidad de la mioglobina y hemoglobina de enlazar oxígeno depende de la presencia
de una unidad no polipeptídica, el grupo hemo. El grupo hemo es un grupo prostético.
El grupo hemo consiste en una parte orgánica y un átomo de hierro. La parte orgánica, la
protoporfirina, está compuesta por cuatro anillos pirrólicos que se unen entre sí. El átomo
de hierro está ligado a los cuatro nitrógenos de los anillos. El hierro aún puede formar dos
enlaces, uno a cada lado del plano del hemo. El átomo de hierro puede estar en estado de
oxidación +2 (ferrohemoglobina, ferromioglobina) o +3 (ferrihemoglobina,
ferrimioglobina), aunque sólo el estado +2 puede captar oxígeno.
4.1 ESTRUCTURA
Algunas características importantes de la mioglobina son:
1. Es extremadamente compacta, existe poco espacio vacío en el interior.
2. Alrededor del 75% de la cadena principal está plegado en hélice alfa, todas ellas
dextrógiras.

3. El interior y el exterior están bien definidos. En el interior no hay residuos polares,
aquellos residuos con parte polar y parte apolar (treonina, tirosina, triptófano)
orientan sus porciones apolares hacia el interior. Los únicos residuos polares en el
interior son dos histidinas, que tienen una función crítica.
La mioglobina es un ejemplo de una estructura terciaria formada por una cadena Por el
contrario, la hemoglobina posee cuatro cadenas polipeptídicas, cada cadena con un grupo
hemo, por lo que puede enlazar hasta cuatro moléculas de O2 a la vez.
El grupo hemo queda en el interior de la molécula de mioglobina donde está rodeado de
residuos apolares, excepto las histidinas. El hierro se une a una de las histidinas (histidina
proximal), en la quinta posición de coordinación del hierro. El centro de enlace al oxígeno
está en el otro lado del plano, en la sexta posición de coordinación. La otra histidina (distal)
no se une directamente al hemo.
El lugar de enlace de oxígeno es una pequeña porción de la molécula de mioglobina. Si el
oxígeno se uniera a un grupo hemo aislado, en agua se produciría la oxidación del hierro
que ya no puede unir el oxígeno. En esta reacción se forma un intermedio donde el
oxígeno queda entre dos grupos hemo. El grupo hemo de la mioglobina es menos
susceptible a la oxidación porque no se pueden unir dos moléculas de mioglobina para
formar ese intermedio hemo-O2-hemo.

4.2 SIMILITUD ENTRE MIOGLOBINA Y HEMOGLOBINA
Las cadenas alfa y beta de ambas moléculas presentan cierta similitud:
1. El conjunto de hélices alfa se alinean de la misma manera.
2. La secuencia de aminoácidos de las cadenas alfa y beta de hemoglobina se alinean
fácilmente con la secuencia de mioglobina.
3. Se conservan residuos clave, como los residuos de histidina proximal y distal.
4.3 UNIÓN DE OXÍGENO

Se define la función de saturación Y como la fracción
de centros de unión ocupados por el oxígeno, este
valor puede oscilar entre cero y uno. La representación
gráfica de Y frente a la presión parcial de oxígeno pO2
se denomina curva de disociación del oxígeno. Las
curvas para mioglobina y hemoglobina difieren en dos
aspectos.
Para un valor de pO2 dado, Y es mayor para la
mioglobina que para hemoglobina, es decir, la afinidad
de la mioglobina por el oxígeno es mayor. Se define P50
como la presión de oxígeno a la cual se ocupan el 50% de centros, siendo P50 para
mioglobina de 1 torr, mientras que para hemoglobina es de 26 torr.
La otra diferencia es que la curva de la mioglobina tiene forma hiperbólica, mientras que la
de hemoglobina es sigmoidea. Esto es porque la unión del oxígeno a la hemoglobina es
cooperativa. La unión de O2 a un centro, facilita la unión de más O2. Inversamente, la
liberación de O2 facilita la liberación de más O2.

La unión del oxígeno a la hemoglobina provoca un cambio conformacional en los
aminoácidos cercanos al hemo, que se transmite a las cuatro cadenas polipeptídicas.
4.3.1 Modelo alostérico

La hemoglobina es una molécula más compleja que la mioglobina, ya que transporta H+ y
CO2, además de oxígeno. Las propiedades de la hemoglobina en su unión al oxígeno están
reguladas mediante interacciones entre centros separados, es una proteína alostérica, no
como la mioglobina. Estas interacciones permiten la unión cooperativa.
Según el modelo concertado, cuando no hay oxígeno unido, predomina la forma T (tensa),
que es la desoxihemoglobina. A medida que se unen más moléculas de oxígeno, aumenta la
forma R (relajada), que es la oxihemoglobina. Se da un equilibrio entre ambas formas.

Según el modelo secuencial, se va desestabilizando forma T, y favoreciendo la forma R.
4.3.2 Efecto del 2,3-bisfosfoglicerato

Se ha demostrado que el BPG se une a la hemoglobina y tiene gran efecto sobre su afinidad
por el oxígeno. El BPG reduce la afinidad por el oxígeno, lo cual es esencial para favorecer
la liberación del oxígeno en los capilares de los tejidos.
El BPG estabiliza la estructura cuaternaria de la desoxihemoglobina por medio de enlaces
cruzados en las cadenas .
4.3.3 Efecto del pH y CO2

La mioglobina no presenta cambio en su capacidad de unión al oxígeno en un amplio
rango de pH y de concentración de CO2. En la hemoglobina, sin embargo, la acidez
estimula la liberación de oxígeno. Una disminución de pH cambia la curva de disociación
hacia la derecha, es decir, disminuye la afinidad. Al aumentar la concentración de CO2
también disminuye la afinidad.
La mayor parte del CO2 se transporta como bicarbonato:
𝐶𝑂2 + 𝐻2 𝑂 → 𝐻𝐶𝑂3− + 𝐻 +
Esto aumenta la concentración de H+, disminuyendo la afinidad por el oxígeno. Pero
además, parte del CO2 es transportado en forma de carbamato, que estabiliza la forma T
(tensa, menos afín al oxígeno).
TEMA 3.- ADN, ESTRUCTURA Y
REPLICACIÓN.
1 INTRODUCCIÓN
Los nucleótidos participan en multitud de funciones celulares, y además son los
constituyentes de los ácidos nucleicos: DNA y RNA, que son las principales moléculas en
el almacenamiento y descodificación de la información genética. Los nucleótidos y ácidos
nucleicos también desempeñan papeles estructurales y catalíticos en la célula.
Las funciones del DNA son el almacenamiento y la transmisión de la información
biológica. En el DNA se encuentran especificadas las secuencias de aminoácidos de todas
las proteínas y las secuencias de nucleótidos de todas las moléculas de RNA. Un segmento
de ADN que contiene la información necesaria para la síntesis de un producto biológico
funcional (ARN o proteína) se denomina gen.
2 NUCLEÓSIDOS Y NUCLEÓTIDOS

El DNA es un polímero de desoxirribonucleótidos. Un nucleótido está formado por una
base nitrogenada, un azúcar y uno o más grupos fosfato. La desoxirribosa es el azúcar de
los desoxirribonucleótidos. La base nitrogenada deriva de la purina o de la pirimidina,
existen cuatro bases nitrogenadas diferentes: adenina y guanina, derivadas de la purina;
timina y citosina, derivadas de la pirimidina. La timina sólo aparece en el DNA, mientras
que en el RNA aparece otra base derivada de la pirimidina, el uracilo.
Un nucleósido está formado por una base enlazada a un azúcar, los cuatro nucleósidos del
DNA se llaman desoxiadenosina, desoxiguanosina, desoxitimidina y desoxicitidina. El éster
fosfórico de un nucleósido es lo que se denomina nucleótido. La posición más frecuente
de esterificación en los nucleótidos naturales es el grupo hidroxilo del carbono C-5 del
azúcar, este compuesto se denomina nucleósido-5-fosfato o 5’-nucleótido. Los números
con prima indican que el átomo pertenece al azúcar, mientras que los que no llevan prima
pertenecen a la base.

El esqueleto de DNA, que es constante a lo largo de la molécula,
está formado por desoxirribosas ligadas a puentes fosfodiéster.
El hidroxilo 3’ del azúcar de un desoxirribonucleótido está unido
al hidroxilo 5’ del azúcar siguiente por un enlace fosfodiéster. La
parte variable del DNA es la secuencia de las cuatro bases (A, G,
C, T). Los nucleótidos correspondientes se llaman
desoxiadenilato, desoxiguanilato, desoxicitidilato,
desoxitimidilato.
Las cadenas de DNA tienen polaridad, uno de los extremos de la
cadena tiene un grupo 5’-OH, y el otro extremo un grupo 3’-OH,
que no están unidos a otro nucleótido. Por convención, el
símbolo ACG indica que el grupo 5’-OH de la desoxiadenosina
está libre, y también lo está el 3’-OH de la desoxiguanosina. De
esta forma, la secuencia de bases está escrita en el sentido 5’ →
3’.
3 ESTRUCTURA DEL DNA

En 1953, Watson y Crick dedujeron la estructura tridimensional del DNA e
inmediatamente interpretaron su mecanismo de replicación. Las características más
sobresalientes de su modelo de DNA son:
1. Hay dos cadenas helicoidales de polinucleótidos enrolladas a lo
largo de un eje común. Las cadenas corren en direcciones
opuestas.
2. Las bases de purina y pirimidina están en el interior de la hélice,
mientras que las unidades de fosfato y desoxirribosa están en el
exterior. Los planos que contienen las bases son perpendiculares
al eje de la hélice.
3. Las dos cadenas permanecen unidas por puentes de hidrógeno
entre los pares de bases. La adenina se empareja con timina, y la
guanina con citosina.
4. La secuencia de bases a lo largo de la cadena del polinucleótido
no está restringida en modo alguno. La secuencia precisa de
bases transporta la información genética.
El aspecto más importante de la doble hélice del DNA es la especificidad del
emparejamiento de las bases. Watson y Crick dedujeron que la adenina debía unirse a la
timina, y la guanina con la citosina, debido a factores estéricos y otros relacionados con la
formación de puentes de hidrógeno.
La restricción estérica es debida a que los enlaces glicosídicos que unen a la cadena un par
de bases enfrentadas están siempre separados por 10,85 A. Un par de bases purina-
pirimidina se ajustan perfectamente a este espacio. Además, el emparejamiento adenina-
timina se estabiliza al formar dos puentes de hidrógeno, y guanina-citosina forma tres.

4 REPLICACIÓN DEL DNA
4.1 REPLICACIÓN SEMICONSERVATIVA

El modelo de la estructura de doble hélice permitió proporcionar una explicación al
mecanismo de replicación del DNA. La estructura de doble hélice dejaba claro que una de
las cadenas de DNA servía de molde para la síntesis de la nueva cadena. La especificidad
del emparejamiento de bases implica que cada molde sólo puede determinar una secuencia
de bases (A con T, C con G), y así, dos moléculas construidas sobre el molde serán
idénticas al DNA original. Este mecanismo se llama replicación semiconservativa,
porque una de las cadenas de nucleótidos originales o parentales permanece intacta a pesar
de que ya no está combinada en la misma molécula.
4.2 ORIGEN DE REPLICACIÓN

Toda molécula de DNA que va a ser replicada tiene un origen de replicación desde donde
se inicia el proceso en ambas direcciones hasta que se copia toda la molécula de DNA. Los
cromosomas lineales de células eucariotas tienen varios orígenes que inician la replicación
de forma simultánea. En este origen se inicia la apertura de la doble hélice, observándose
las burbujas de replicación, que se van haciendo más grandes, aproximándose entre sí hasta
fusionarse y completando la replicación. Cada burbuja tendrá dos horquillas que irán

desenrollando la doble en direcciones opuestas mientras las dos cadenas se van replicando.
4.3 DIRECCIÓN DE SÍNTESIS

Al fijarnos en una burbuja de replicación, se observa que una cadena parental tendrá la
polaridad 5’ → 3’, mientras que la otra cadena será 3’ → 5’. Por tanto, las nuevas cadenas
de DNA, al ser antiparalelas, tendrán las orientaciones opuestas a las parentales.
La síntesis de la nueva cadena tendrá siempre el mismo procedimiento: unir el nuevo
nucleótido a la posición 3’-OH de la desoxirribosa. El nuevo nucleótido trifosfato que
entrará en la cadena se unirá mediante un enlace éster fosfórico, quedando ahora libre la
posición 3’-OH de este nuevo nucleótido. Las enzimas que posibilitan este enlace en la
síntesis de DNA continúan incorporando nuevos nucleótidos siempre en la dirección 5’ →
3’ de la nueva cadena.
Al observar ahora una horquilla de replicación, la cadena 3’ → 5’ servirá como molde para
la síntesis de la nueva cadena en dirección 5’ → 3’; sin embargo, en la otra hebra parental,
la nueva cadena debería seguir la dirección 3’ → 5’. Okazaki demostró que la cadena que
debía crecer en dirección 3’ → 5’, lo hacía también en la dirección 5’ → 3’, sin embargo, lo
hacía en pequeños fragmentos, llamados fragmentos de Okazaki, rellenando los espacios
de la horquilla “marcha atrás”.

La cadena o hebra que crece sin interrupción en dirección 5’→ 3’ se llama hebra continua
o cadena líder, mientras que la que crece mediante fragmentos de Okazaki se denomina
cadena retrasada o hebra discontinua. En cada burbuja de replicación habrá dos
horquillas, cada una con una banda continua y otra discontinua.
4.4 ETAPAS DE REPLICACIÓN

 Origen de replicación: Se une una proteína iniciadora.
 Apertura de la hélice: Una vez fijada la proteína iniciadora, se unirán otras proteínas
capaces de desenrollar la doble hélice. La enzima DNA helicasa se encarga de
romper los puentes de hidrógeno entre cadenas. La helicasa se une a la banda
discontinua de cada horquilla de replicación siguiendo el sentido 5’ → 3’. Las
bandas separadas volverían a unirse si no fuera porque las proteínas de unión a
cadena sencilla, SSB, se unen rápidamente a las bandas sencillas impidiendo su

reanillamiento. Otra enzima necesaria es DNA girasa, que relaja la tensión que se
va acumulando por la apertura de la horquilla.
 Inicio de la síntesis del DNA: Cada vez que la DNA polimerasa comienza la
replicación de un fragmento de DNA requiere un cebador o primer de RNA que
aporte el 3’-OH de un nucleótido sobre el que seguirán uniéndose los demás. Este
fragmento de RNA o primer de 10 a 12 ribonucleótidos va a ser sintetizado por la
enzima primasa, un tipo de RNA polimerasa que, a diferencia de la DNA
polimerasa, no necesita un 3’-OH para unir el primer nucleótido. La cadena
continua solo necesita una vez la acción de la primasa, mientras que la cadena
discontinua necesita que la primasa añada un primer para cada fragmento de
Okazaki.
 Síntesis de DNA: Una vez que las enzimas abren la horquilla, y que la primasa ha
colocado los primers, la DNA polimerasa podrá comenzar a sintetizar las nuevas
hebras de DNA de las dos bandas. Las DNA polimerasas están compuestas por
cinco enzimas: las DNA polimerasas I y III se encargan de la polimerización de
nuevas hebras, mientras que las otras tres se encargan de reparar los daños. Aunque
con diferencias, todas las DNA polimerasas son capaces de:
1. Sintetizar una secuencia a partir de un molde.
2. Sintetizar la nueva hebra en dirección 5’ → 3’.
3. Requerir un primer de RNA para añadir el primer desoxirribonucleótido a
la cadena.
4. Realizar el enlace fosfodiéster entre un extremo 3’-OH del último
nucleótido de la cadena recién sintetizada y el 5’-P del nuevo nucleótido
trifosfato a incorporar.
5. Asociarse a otras proteínas para realizar su función.
La DNA polimerasa III es un complejo multiproteico que lleva a cabo la mayor parte del
trabajo de replicación de DNA. Tiene asociadas dos funciones principalmente:
o Actividad polimerasa 5’ → 3’ que permite la síntesis de la nueva hebra.
o Actividad exonucleasa 3’ → 5’ que realiza la función de corrección durante la
lectura. La DNA polimerasa revisa el nucleótido que acaba de incorporar y, en caso
de haberse equivocado al introducirlo, éste quedará sin unirse a su complementario,
con lo que la propia DNA polimerasa lo retirará. Por este motivo necesita un
primer, como hemos visto antes, pues necesita revisar el nucleótido anterior al que
se va a incorporar, mientras las RNA polimerasas (en este caso primasa) no necesita
primer.
La DNA polimerasa I presenta estas dos mismas funciones, pero además, presenta la
actividad exonucleasa 5’ → 3’. Esto permite que la propia enzima retire el primer de RNA
que la primasa ha añadido, y rellene ese hueco con desoxirribonucleótidos recién
sintetizados. Por tanto, la principal función de DNA polimerasa I es la de retirar los
primers y rellenar los huecos.
Cuando la DNA polimerasa I termina de colocar el último desoxirribonucleótido, dejará un
extremo 3’-OH que no podrá unir al extremo 5’-P del primer desoxirribonucleótido
añadido por DNA polimerasa III.
 Unión de los fragmentos: será la enzima DNA ligasa la encargada de unir esos
dos nucleótidos mediante un enlace fosfodiéster sin la necesidad de añadir un
nuevo nucleótido. Solo se encarga de unir el último nucleótido añadido por la DNA
polimerasa I con el primero añadido por la DNA polimerasa III.
5 MUTAGÉNESIS Y REPARACIÓN
La replicación de las moléculas de DNA es un proceso complejo y muy regulado. La DNA
polimerasa sólo se equivoca en una de cada 107 bases añadidas, gracias a su capacidad
correctora. Además, existe una gran maquinaria celular encargada de revisar el material
genético y reparar los daños que vaya detectando. Solo en algunos casos estos sistemas
fallan, y entonces los errores permanentes se fijan como mutaciones.

Las mutaciones son la fuente de variabilidad y diversidad de los organismos vivos, de la
evolución. Sin ellas, los organismos no podrían adaptarse a los cambios en el medio
ambiente y estarían en peligro de extinción. Sin embargo, para un individuo concreto, estas
mutaciones pueden ser fatales, no solo para la vida de una célula sino para el organismo
completo.
5.1 TIPOS DE DAÑOS

 Sustituciones de bases: Es el tipo más común. Se produce la alteración de un solo
nucleótido del DNA. Cuando se altera la base de un nucleótido, se altera también la
base del nucleótido de la cadena opuesta. Por ello, una sustitución de una base, en
realidad implica la sustitución de un par de bases.
 Desaminación: Se pierde el grupo amino de una base, puede producirse de forma
espontánea o ser inducida por sustancias químicas mutagénicas. La desaminación
puede alterar las propiedades de apareamiento de una base, por ejemplo, la
desaminación de la citosina produce uracilo, que se aparea con adenina durante la
replicación, provocando mutaciones.
 Reacciones oxidativas: las formas reactivas del oxígeno se forman tanto en el
curso natural del metabolismo aerobio, como por la radiación, el ozono, los
peróxidos y ciertas drogas. Estas formas reactivas del oxígeno dañan el DNA e
inducen mutaciones. Por ejemplo, la oxidación convierte la guanina en 8-oxi-7,8-

dihidrodesoxiguanina, que suele aparearse de forma incorrecta con adenina en lugar
de citosina.
 Radiación ultravioleta: Las bases púricas y pirimidínicas absorben con rapidez la
luz UV, dando como resultado uniones químicas entre moléculas pirimidínicas
adyacentes en la misma cadena de DNA, formándose estructuras denominadas
dímeros de pirimidina. Estos dímeros distorsionan la configuración del DNA y, a
menudo, bloquean la replicación, lo que inhibe la división celular y provoca la
muerte celular.
5.2 EFECTOS DE LAS MUTACIONES

Las mutaciones tienen diversos efectos fenotípicos. La sustitución de una base que altera
un codón en el mRNA y produce la incorporación de un aminoácido diferente en la
proteína se conoce como mutación de cambio de sentido. Cuando se cambia un codón
con sentido (aquel que codifica un aminoácido), por otro sin sentido (uno que termina la
traducción) se denomina mutación sin sentido. Una mutación silenciosa altera el codón
pero, gracias a la redundancia del código genético, el codón sigue codificando el mismo
aminoácido. Una mutación neutral es una mutación de aminoácido que altera la secuencia
de aminoácidos de una proteína, pero no altera su función.

5.3 REPARACIÓN DE ERRORES
5.3.1 Reparación de errores de inserción en la replicación
La mayoría de los errores que aparecen inicialmente se corrigen, y no se transforman en
mutaciones permanentes. Algunas de estas correcciones se realizan durante la replicación
por la actividad de corrección exonucleasa 3’ → 5’. Sin embargo, muchos nucleótidos mal
emparejados escapan de la detección durante la lectura. La presencia de nucleótidos
emparejados de forma incorrecta tras la replicación deforma la estructura tridimensional del
DNA. Las enzimas encargadas de eliminar estos nucleótidos detectan esas deformidades, y

usan la cadena original como molde para reemplazar el nucleótido erróneo.
5.3.2 Reparación por escisión de hebra

Cuando se forman dímeros de pirimidina se bloquea la replicación hasta que se suprime la
lesión. Para la reparación, un complejo enzimático detecta la distorsión que produce el
dímero, y corta la hebra de DNA dañada a ambos lados del error. La DNA polimerasa I
entra en el hueco para realizar la síntesis reparadora. El extremo 3’ de la hebra cortada
actúa como cebador (primer), y la hebra complementaria intacta como molde. Finalmente,
el extremo 3’ de la hebra recién sintetizada se une a la porción de hebra original por la
DNA ligasa.

5.3.3 Reparación por escisión de base
En este tipo de reparación, primero se escinde la base modificada por acción de una
enzima, DNA glucosidasa, que reconoce un tipo específico de base y corta el enlace entre
la base y la desoxirribosa. Otra enzima, endonucleasa AP, corta el enlace fosfodiéster y
otras enzimas eliminan la desoxirribosa. Luego, la DNA polimerasa agrega nucleótidos
nuevos al grupo 3’-OH, y la ligasa sella el enlace fosfodiéster, restaurando la secuencia
original.
TEMA 4.- ARN. ESTRUCTURA Y
TRANSCRIPCIÓN.
1 ESTRUCTURA Y FUNCIÓN
El vínculo entre el DNA y las enzimas (que son, mayormente, proteínas) es el RNA. El
DNA de un gen se transcribe para producir una molécula de RNA que es complementaria
del DNA. La secuencia del RNA es entonces traducida a la secuencia correspondiente de
aminoácidos para formar una proteína. Esta transferencia de información biólogica se
resume en el llamado dogma central de la biología molecular. El DNA se transcribe a
RNA, y la secuencia de RNA se traduce a la secuencia de aminoácidos correspondiente.
Existen diversos tipos de RNA:
1. RNA ribosómico (rRNA) es el componente principal de los ribosomas, hasta un
65% de su peso. Desempeña un papel tanto catalítico como estructural en la
síntesis de proteínas.
2. RNA de transferencia (tRNA) transporta los aminoácidos en forma activada al

ribosoma para la formación de enlaces peptídicos a partir de la secuencia codificada
por mRNA molde. Existe al menos un tipo de tRNA para cada uno de los 20
aminoácidos. La molécula puede dibujarse como una estructura de trébol. Todos
los tRNA presentan la secuencia CCA (3’) en el extremo 3’, y el residuo pG en el 5’.
3. RNA mensajero (mRNA) es el menos abundante. Es el molde para la síntesis de

proteínas o traducción. La secuencia de nucleótidos de un mRNA es
complementaria al mensaje genético contenido en un segmento de DNA.
2 SÍNTESIS DE RNA
El concepto de mRNA motivó la búsqueda de una enzima que sintetizase el RNA según
las instrucciones dadas por un DNA molde. Esta enzima se descubrió y se llamó RNA

polimerasa. La RNA polimerasa cataliza la iniciación y elongación paso a paso de las
cadenas de RNA, la reacción catalizada por esta enzima es:
(𝑅𝑁𝐴)𝑛 𝑟𝑒𝑠𝑖𝑑𝑢𝑜𝑠 + 𝑟𝑖𝑏𝑜𝑛𝑢𝑐𝑙𝑒ó𝑠𝑖𝑑𝑜 𝑡𝑟𝑖𝑓𝑜𝑠𝑓𝑎𝑡𝑜 ↔ (𝑅𝑁𝐴)𝑛+1 𝑟𝑒𝑠𝑖𝑑𝑢𝑜𝑠 + 𝑃𝑃𝑖
La síntesis de RNA se asemeja a la de DNA en varios aspectos: la dirección de síntesis es 5’
→ 3’; el mecanismo de elongación es similar; la síntesis viene favorecida por la hidrólisis
del pirofosfato.
Aunque difiere en otros aspectos: la RNA polimerasa no necesita un iniciador; el DNA
molde se conserva íntegramente en la síntesis del RNA, mientras que en la de DNA sólo se
conserva la mitad; la RNA polimerasa carece de la capacidad nucleásica del DNA
polimerasa para cortar nucleótidos mal emparejados.
Los tres tipos de RNA se sintetizan en E. coli por la misma RNA polimerasa según las
instrucciones dadas por un DNA molde. En eucariotas, sin embargo, hay varios tipos de
RNA polimerasa en función del RNA que se transcribe.

En la mayoría de los casos, en un fragmento de DNA, solo se transcribe una de las dos
bandas, aunque la maquinaria de transcripción siempre avanza en el sentido 5’ → 3’. Para
esto, las enzimas encargadas de transcribir los genes deben reconocer algún tipo de señal en
el cromosoma que indique dónde comienza y dónde termina el mensaje. La unidad de
transcripción de un gen consta de tres regiones: un promotor, una secuencia codificada y
una señal de terminación.
Existen secuencias de DNA que sirven de señal de comienzo para que la RNA polimerasa
se fije a una de las dos hebras de DNA: son los promotores. Estas secuencias están
presentes en una posición inmediatamente anterior a la región codificante. De la misma
forma, la enzima debe recibir una señal que le indique dónde termina el mensaje. La señal
de terminación se transcribe, y tras ser copiada, la maquinaria de transcripción deja de
transcribir el mensaje.
El proceso de síntesis de RNA consta de las siguientes etapas:

 Iniciación. La enzima RNA polimerasa se asocia al DNA, separa las dos cadenas de
DNA cerca del sitio de transcripción, y se forma la burbuja de transcripción. El
extremo 5’ de la nueva cadena de RNA es altamente distintivo: comienzan siempre
con pppG o pppA.
 Elongación. Comienza después de la formación del primer enlace fosfodiéster. La
RNA polimerasa permanece ligada a su molde, la región que contiene la polimerasa,
el DNA y el RNA naciente se llama burbuja de transcripción. El RNA sintetizado
forma una hélice híbrida con la hebra de DNA molde. El hidroxilo 3’ del RNA de
esta hélice se coloca de tal forma que puede atacar al átomo de fósforo de un
ribonucleósido trifosfato entrante. Es importante que la RNA polimerasa carece de
actividad nucleásica, no corrige la cadena naciente, por tanto, la fidelidad de la
transcripción es menor que para la replicación. Debido a que los errores en el RNA
no se transmiten a la progenie, se puede tolerar la menor fidelidad de síntesis de
RNA. La polimerasa avanza en dirección 3’ → 5’ a lo largo de la cadena molde,
sintetizando en dirección 5’ → 3’.

 Terminación. En el sitio de parada, la RNA polimerasa libera el RNA sintetizado.
3 PROCESAMIENTO DE RNA
En los procariotas, las moléculas de mRNA experimentan una pequeña o ninguna
modificación a continuación de la síntesis llevada a cabo por RNA polimerasa. En efecto,
muchas de ellas se traducen mientras están siendo transcritas. Por el contrario, las
moléculas de RNA de transferencia y de RNA ribosómico se originan por escisión y
modificación química de determinadas moléculas de RNA naciente. Por ejemplo, en E.
coli, por escisiones de un solo RNA transcrito primariamente, se obtienen tres clases de
RNA ribosómico y un RNA de transferencia.
Un segundo tipo de proceso consiste en la adición de nucleótidos al extremo terminal de

algunas cadenas de RNA. Por ejemplo, se añade CCA al extremo 3’ de las moléculas de
tRNA que no poseen todavía esta secuencia terminal.

Un tercer tipo de proceso consiste en modificaciones de bases de unidades de ribosa de los
RNA ribosómicos. En procariotas, se metilan algunas bases, mientras que en eucariotas se
metila el grupo hidroxilo 2’.
En los eucariotas, los precursores de los tRNA se transforman en tRNA maduros mediante
una serie de modificaciones: escisión de una secuencia guía 5’, empalme para eliminar un
intrón, sustitución del extremo terminal 3’ UU por CCA, y modificación de varias bases.
Estos tRNA son los que más modificaciones sufren.
Los intrones son secuencias que no codifican y se eliminan en procesos que se llaman
splicing.

4 TRANSCRIPCIÓN EN EUCARIOTAS
Los eucariotas, por definición, contienen un núcleo rodeado de una membrana, en donde
se lleva a cabo la transcripción, mientras que la traducción se realiza fuera del núcleo. La
separación espacial y temporal de la transcripción y la traducción permite a los eucariotas
regular la expresión génica de formas mucho más complejas.
(A) En los procariotas el transcrito primario sirve como mRNA y se usa
inmediatamente como molde para síntesis de proteínas, no hay separación entre los
procesos.
(B) En eucariotas, los precursores de mRNA se maduran y empalman en el núcleo
antes de ser transportados al citosol.
Una segunda diferencia importante entre procariotas y eucariotas es que en los eucariotas el
RNA naciente se modifica muy a fondo para formar el mRNA. Para formar los RNA
maduros con mensaje continuo, los intrones se cortan y suprimen con precisión de los
transcritos primarios (splicing).
Otra diferencia importante es que en procariotas, un RNA procariota puede codificar
distintas proteínas, mientras que en eucariotas un RNA codifica una proteína.
En los procariotas el RNA se sintetiza por una sola clase de polimerasa. En los eucariotas
hay tres tipos de RNA polimerasas que difieren en la especificidad del molde, localización y
susceptibilidad frente a inhibidores.
RNA polimerasa I → sintetiza precursor de rRNA grandes
RNA polimerasa II → sintetiza precursor de mRNA
RNA polimerasa III → sintetiza precursor de tRNA y rRNA 5S

Las RNA polimerasas necesitan factores que promuevan la iniciación de la transcripción.
Los factores de transcripción son necesarios para iniciar el proceso. El control de la
iniciación está mucho más regulado en eucariotas.
Los factores de transcripción se unen al promotor del gen, que contiene una secuencia
TATA (rico en T y A). Los factores son necesarios para que la RNA polimerasa se fije al
promotor. Posteriormente, se produce la fosforilación de una porción RNA polimerasa por
otros factores, de esta forma, la unión de polimerasa al promotor no es tan fuerte y se inicia
la elongación.

TEMA 5.- BIOSÍNTESIS DE
PROTEÍNAS.
1 INTRODUCCIÓN
El proceso de síntesis de proteínas se conoce como traducción, el alfabeto de cuatro letras
de los ácidos nucleicos se traduce a otro alfabeto, el de las proteínas. La traducción es un
proceso más complejo que la replicación o la transcripción. En la traducción, además de los
ribosomas, se necesita la interacción de moléculas de RNA de transferencia, mRNA y
muchas proteínas distintas.
Las proteínas se sintetizan desde el grupo amino hacia el carboxilo por la adición secuencial
de aminoácidos al extremo carboxílico de la cadena creciente. Los precursores activados
son los aminoacil-tRNAs, en los que el grupo carboxilo del aminoácido está unido al
extremo 3’-OH del tRNA. La unión de un aminoácido a su correspondiente tRNA está
catalizada por una aminoacil-tRNA sintetasa. Esta reacción de activación requiere ATP.
Para cada aminoácido existe al menos un tRNA y una enzima de activación.

Hay tres etapas en la síntesis:
 Iniciación: comienza con la unión del tRNA iniciador a la señal de partida del
mRNA. Este tRNA iniciador ocupa el lugar P (peptidilo) en el ribosoma.
 Elongación: comienza con el acoplamiento de un aminoacil-tRNA al otro lugar de
unión del tRNA en el ribosoma, al que se le llama lugar A (aminoacilo). Se forma
un enlace peptídico entre el grupo amino del aminoacil-tRNA recién incorporado y
el grupo carboxilo de la formilmetionina transportada por el tRNA iniciador. El
dipeptidil-tRNA resultante se transloca del lugar A al P, mientras que la otra
molécula de tRNA abandona el ribosoma. Este movimiento requiere la hidrólisis de
GTP. Un aminoacil-tRNA se une entonces al lugar A vacío para iniciar un nuevo
paso.
 Terminación: tiene lugar cuando una señal de parada es leída en el mRNA por un
factor proteico de liberación, lo que conduce a la liberación del ribosoma de la
cadena polipeptídica completa.

2 CODIFICACIÓN DE AMINOÁCIDOS
Crick propuso un mecanismo para el reconocimiento del molde de mRNA según el cual
los aminoácidos son transportados hacia el molde por una molécula adaptadora, y que el
adaptador es la parte que se ajusta realmente con el RNA. Este adaptador en la síntesis
de proteínas es el tRNA. El tRNA contiene un centro de unión del aminoácido y un
centro de reconocimiento del molde. Cada molécula de tRNA transporta un aminoácido
específico en forma activada al lugar de síntesis de la proteína. La unión de un aminoácido
al tRNA para formar un aminoacil-tRNA está catalizada por un enzima específico llamado
aminoacil-tRNA sintetasa, y esta reacción está dirigida por el ATP. El lugar de
reconocimiento del molde por parte del tRNA es una secuencia de tres bases, el anticodón.
Este anticodón reconoce una secuencia de tres bases en el mRNA, llamada codón.
El código genético es la relación entre la secuencia de bases en el DNA y la secuencia de
aminoácidos en las proteínas. El código genético presenta las siguientes características:
1. ¿Cuál es la relación de codificación? Una sola base podría especificar solamente
cuatro tipos de aminoácidos, puesto que solo hay cuatro tipos de bases en el DNA.
Dos bases podrían especificar 16 (4x4), y tres bases especifican 64 (4x4x4). Puesto
que en las proteínas existen 20 aminoácidos, es evidente que se necesitan al menos
tres bases para especificar un aminoácido. De hecho, un grupo de tres bases

especifica un aminoácido. Este grupo de bases es el codón.
2. El código genético no presenta solapamiento, esto es, cada grupo de tres bases en
una secuencia ABCDEF… especifica un solo aminoácido (ABC especifica el
primero, DEF el segundo, etc). Si existiera solapamiento, ABC especifica el
primero, BCD el segundo, CDE el tercero, etc. Esto implicaría que una mutación
en la base C provocaría alteración de los aminoácidos 1, 2 y 3, lo cual no sucede.
3. La secuencia de bases se lee secuencialmente a partir de un punto fijo de partida. Si
por una mutación de pierde la base E, el primer aminoácido queda intacto, pero el
resto de la secuencia se leerá incorrectamente. Lo mismo ocurre si se añade una
base, el patrón de lectura puede ser modificado por deleción o inserción.
4. De los 64 posibles tripletes, se ha demostrado que 61 codifican un aminoácido
particular. Para la mayoría de aminoácidos, hay más de un vocablo codificante. El
código genético está degenerado.
5. Hay tres codones que no especifican aminoácidos, UAG, UAA y UGA. Estas tres
secuencias son clave para la terminación de la cadena.
Como hemos dicho, el código genético está degenerado, sin embargo, no es ambiguo: un
codón especifica un único aminoácido. Los codones que especifican al mismo aminoácido
se llaman sinónimos. La mayoría de los sinónimos difieren únicamente en la última base del
triplete. La degeneración del código genético permite modificaciones en las bases del DNA
sin que se afecte la secuencia de aminoácidos de las proteínas codificadas.
Los tripletes UAG, UAA, UGA designan la terminación de la cadena, estos codones no
son leídos por moléculas de tRNA pero sí por proteínas específicas llamadas factores de
liberación. Por otro lado, la señal de iniciación es más compleja, las cadenas polipeptídicas
en bacterias comienzan con un aminoácido modificado: la formilmetionina. Hay un tRNA
específico que transporta la fMet, y reconoce al codón AUG. AUG sin embargo, también
es el codón de una metionina interna, por tanto, la señal de iniciación debe ser más

compleja. En las bacterias, AUG viene precedido por una secuencia rica en purinas. En
eucariotas, el AUG más próximo al extremo 5’ del mRNA (llamado casquete, que contiene
bases modificadas) es normalmente la señal de iniciación.
3 TRADUCCIÓN EN RIBOSOMAS
Los ribosomas son complejos formados por RNA y proteínas. Cada ribosoma consta de
dos subunidades, una grande y otra pequeña. Las dos subunidades se forman en el núcleo
y, posteriormente, se transportan al citoplasma donde se asociará la unidad pequeña a un
mRNA.
El ribosoma tiene tres sitios que pueden ser ocupados por tRNA: el sitio A, donde sólo
podrá unirse un aminoacil-tRNA; el sitio P, donde entrará el peptidil-tRNA, molécula de
tRNA con el péptido naciente unido; y el sitio E (exit), donde encajará el factor de

liberación o terminación.
La síntesis de proteínas se realiza siempre a partir del extremo amino terminal. Además, la
secuencia de aminoácidos de una proteína se traduce a partir de la secuencia nucleotídica
del mRNA, siendo la dirección de traducción 5’ → 3’, de esta forma el mRNA se puede
traducir al mismo tiempo que se sintetiza, al menos en procariotas.
El comienzo de la traducción de un mensajero se produce cuando la subunidad pequeña
del ribosoma empieza a leer el mensaje. Para que sea capaz de detectar el inicio de un
mensaje, el ribosoma debe emparejarse fuertemente con una región no codificante del
extremo 5’ del mRNA: en bacterias se denomina región Shine-Dalgarno, que es una
secuencia complementaria al rRNA 16S de la subunidad 30S del ribosoma; en eucariotas se
requiere la ayuda de factores de iniciación para reconocer el cap del mRNA.
Posteriormente a esta región no codificante se encuentra el codón de iniciación (AUG) que
permitirá el acoplamiento del tRNA correspondiente a este codón, y que porta siempre el
aminoácido metionina (formil-metionina en procariotas).
3.1 INICIACIÓN
Tras la unión del aminoácido al tRNA sucede la iniciación de la traducción, que consta de
los siguientes pasos:
1. Los factores de iniciación IF-1 y IF-3 se une a la
subunidad pequeña del ribosoma, impidiendo que
pueda unirse a la subunidad grande. La subunidad
pequeña se une a la región Shine-Dalgarno del
mRNA.
2. El tRNA-fMet se une al codón de iniciación
(AUG) con la ayuda de IF-2 que forma un
complejo con GTP. Este complejo, llamado
complejo de iniciación 30S consta de: la subunidad
pequeña del ribosoma, el mRNA, el tRNA-fMet,
una molécula de GTP, varios factores de
iniciación.
3. Se produce la hidrólisis del GTP, que permite la
liberación de los factores de iniciación ocasionando
cambios conformacionales, que permiten la
interacción de la subunidad 50S con la 30S. En este
momento puede comenzar la traducción.
3.2 ELONGACIÓN
En este paso, mediante la formación de enlaces peptídicos se van incorporando

sucesivamente los aminoácidos codificados en el código genético:
1. Un tRNA cargado con un aminoácido se incorpora al sitio A del ribosoma. La
unión tiene lugar cuando el factor de elongación EF-Tu se une a GTP y juntos (aa-
tRNA-EF-Tu-GTP) entran al sitio A. La hidrólisis de GTP a GDP libera el EF-Tu
dejando el aminoacil-tRNA en el sitio A.
2. Se forma el enlace peptídico, se une el aminoácido entrante al peptidil-tRNA que
estaba en el sitio P. La formación de este enlace la lleva a cabo una rRNA ribozima,
de la subunidad grande del ribosoma.
3. Translocación. El movimiento del ribosoma en dirección 5’-3’ coloca al peptidil-
tRNA de nuevo en el sitio P, y deja libre el sitio A para la entrada del nuevo tRNA
con el anticodón correspondiente. Este paso requiere la acción del factor de
elongación EF-G y la hidrólisis de una nueva molécula de GTP. El tRNA que
llevaba unido el péptido, ahora queda libre y se mueve al sitio E, donde se libera. El
único aminoacil-tRNA que no entrará en el sitio A es el tRNA iniciador, que
entrará directamente en el sitio P.
Estos pasos se repiten hasta que el mensaje con el codón de terminación proporcione la
señal para finalizar la síntesis de proteínas.
3.3 TERMINACIÓN
Ocurre cuando un codón de parada se sitúa en la posición A. En este caso no hay ningún
tRNA con este anticodón que lleve cargado un aminoácido. En lugar de esto, los factores
de terminación entran al sitio A y liberan del ribosoma la cadena de proteínas recién
sintetizada.
Uno de estos factores, RF-1 reconoce a UAA o UAG, mientras que el otro factor, RF-2,
reconoce UAA o UGA. La unión de un factor de liberación a un codón de terminación el

sitio A, activa la peptidiltransferasa para que hidrolice el enlace entre el polipéptido y el
tRNA en el lugar P. Entonces la cadena peptídica abandona el ribosoma, seguida por el
tRNA y el mRNA. Por último, el ribosoma se disocia en las subunidades 30S y 50S como
preludio para la síntesis de otra molécula proteica.
4 RNA DE TRANSFERENCIA
Las células contienen diferentes tipos de tRNA para que
todos los codones puedan ser reconocidos. Se pueden
establecer una serie de características que cumplen todas
las moléculas de tRNA:
 Son cadenas sencillas que contienen entre 73 y 93

ribonucleótidos cada una.
 Contienen muchas bases poco comunes. Muchas
de estas son derivados metilados o dimetilados de
A, U, C y G.
 El extremo 5’ de los tRNA está fosforilado,
generalmente el residuo terminal es pG.
 La secuencia de bases del extremo 3’ es CCA. El

aminoácido activado se une al hidroxilo 3’ de la
adenosina terminal.
 Alrededor de la mitad de los nucleótidos en el tRNA tienen bases apareadas para
formar dobles hélices. Cinco grupos de bases no están emparejadas: la región
terminal 3’ CCA; el lazo TC; el brazo adicional, con un número variable de
residuos; el lazo DHU; y el anticodón.
 Su estructura tridimensional se encuentra plegada en forma de L.
5 REACCIÓN FORMACIÓN DE TRNA AMINOACILADOS

La formación de un enlace peptídico es termodinámicamente desfavorable. Esta barrera se
supera por la activación del grupo carboxilo de los aminoácidos precursores. Los
intermediarios activados en la síntesis de proteínas son ésteres de aminoácido, donde el
grupo carboxilo está unido al extremo 3’-OH del tRNA. Este intermediario es el aminoacil-
tRNA.
La activación y unión de los aminoácidos a tRNA está catalizada por aminoacil-tRNA
sintetasas específicas, también llamadas enzimas de activación. La primera etapa es la
formación de un aminoacil-adenilato (o aminoacil-AMP) a partir de un aminoácido y ATP.

La siguiente etapa es la transferencia del grupo aminoacilo desde el aminoacil-AMP a la
molécula de tRNA para formar el aminoacil-tRNA.
El valor de Gº’ de la suma de estas dos reacciones prácticamente cero. Sin embargo, la
reacción está desplazada por la hidrólisis del pirofosfato. La suma de las tres reacciones es
altamente exergónica.
Las etapas de activación y transferencia para un aminoácido particular están catalizadas por
la misma aminoacil-tRNA sintetasa. Hay al menos una aminoacil-tRNA sintetasa para cada
aminoácido.

6 AMINOACIL-TRNA SINTETASAS
Las aminoacil-tRNA sintetasas son muy selectivas en el reconocimiento del aminoácido
que debe ser activado y del tRNA aceptor que le corresponde.
Estas sintetasas presentan dos tipos de centros activos, un centro sintético y un centro
hidrolítico. El centro sintético rechaza los aminoácidos mayores que el correcto porque no
hay suficiente espacio para ellos, mientras que el centro hidrolítico destruye los
intermediarios activados que son menores que el correcto. De esta forma, el centro
hidrolítico funciona como un centro de corrección de errores en caso de que un
aminoácido haya ocupado el lugar de otro por error.
Algunas sintetasas reconocen su tRNA correspondiente principalmente por las bases de sus
anticodones, a pesar de que pueden reconocer otros aspectos de la estructura del tRNA.

TEMA 6.- CATÁLISIS
ENZIMÁTICA.
1 INTRODUCCIÓN
Las enzimas son moléculas sintetizadas en las células que aceleran de forma selectiva y
eficiente la velocidad de las reacciones que se dan en las células. La mayor parte de ellas
son proteínas. En ausencia de enzimas la mayoría de reacciones se producirían a
velocidades incompatibles con la vida, de hecho numerosas patologías tienen que ver con la
alteración de la actividad enzimática.

2 LAS ENZIMAS COMO CATALIZADORES
2.1 CLASIFICACIÓN DE LAS ENZIMAS

Existe un sistema para la nomenclatura y clasificación de las enzimas para evitar
imprecisiones y ambigüedades. Según el tipo de reacciones que catalicen, existen seis tipos
de enzimas, cada una con distintas subclases.
2.2 COFACTORES, COENZIMAS

Numerosos análisis han demostrado que las enzimas tienen un componente no proteico,
denominado cofactor (iones metálicos) o coenzima (moléculas orgánicas), que es
necesario para su funcionamiento.
En este tipo de enzimas que requieren un componente extra, la parte proteica se denomina
apoenzima y la molécula completa holoenzima (apoenzima + cofactor/coenzima).
Numerosas enzimas utilizan iones metálicos como cofactores. Estos cationes tienen
diferentes funciones dependiendo de la enzima concreta, por ejemplo, las quinasas no son
activas en ausencia de Mg2+. Los iones metálicos se unen a las enzimas por enlaces
covalentes. Los iones más frecuentes: Fe, Co, Zn, Cu, Mn, Ni, V, Mo, Se.
Las coenzimas son necesarias para transportar de forma transitoria grupos funcionales
durante la reacción catalizada por la enzima. Muchas son productos derivados de vitaminas
y su unión puede ser covalente o no covalente. Muchas de las reacciones redox que se dan
en la célula son catalizadas por deshidrogenasas que utilizan dos coenzimas derivados de
niacina: NAD+ y NADP+. La alternancia de estos dos entre sus formas oxidada y reducida
permite que actúen como aceptores o dadores de electrones según la reacción.
3 MECANISMO DE ACCIÓN
Las enzimas consiguen catalizar reacciones gracias a que poseen una estructura
tridimensional característica, el centro activo, con un entorno químico adecuado que
permite la interacción entre la enzima y el sustrato mediante la formación de un
intermediario denominado complejo enzima-sustrato. El centro activo es una hendidura
tridimensional formada por grupos que provienen de diferentes partes de la secuencia de
aminoácidos. Además, supone una porción pequeña del volumen total de la enzima.

Una reacción enzimática general se puede expresar como:
La transformación de un sustrato en producto ocurre a través de un estado de transición

inestable. Las enzimas catalizan las reacciones formando un complejo enzima-sustrato que
estabiliza dicho estado de transición.
En reacciones espontáneas, cuando G < 0, la energía basal del sustrato es mayor que la
del producto. La presencia de una enzima no cambia esta situación, ya que la energía libre
sólo depende de los reactivos y de los productos, y como vemos la enzima aparece a ambos
lados de la ecuación. Las enzimas no alteran el equilibrio de una reacción, pero sí consiguen
que se alcance más rápido este equilibrio.
Como se ha indicado, para que se pase de sustrato a productos, hay que pasar por un
estado de transición intermedio. Este estado de transición tiene una energía mayor que la
energía del sustrato, lo que implica que se tiene que superar una energía de activación
G‡, aunque la reacción sea espontánea. Las enzimas consiguen rebajar esta energía de
activación mediante el complejo enzima-sustrato.
Por tanto, las enzimas aceleran las reacciones químicas creando vías alternativas de menor
energía de activación. Hay que tener en cuenta que la velocidad de una reacción viene
determinada por la concentración de sustrato y la constante de velocidad (k). Además, esta
constante de velocidad viene determinada por la energía de activación.

3.1 INTERACCIONES ENZIMA-SUSTRATO
Existe el modelo de la llave y
cerradura de Emil Fischer. Las enzimas
se consideran estructuras rígidas
complementarias a los sustratos a los

que se acoplan igual que una llave a una
cerradura. Este modelo explica la
especificidad entre enzima y sustrato,
pero tiene algunos fallos. Según este
modelo, el complejo ES sería muy
estable, tanto que cualquier
transformación posterior resultaría en
un producto menos estable, al perderse
interacciones.
Si el sitio activo es complementario al complejo estado de transición, en una primera etapa
se puede formar un complejo ES, con unas interacciones débiles, que pasaría de forma
espontánea a otra etapa más estable de interacción entre la enzima y el complejo ES. La
transformación del estado de transición en el producto hace que la enzima pierda su
afinidad por esta nueva molécula, que se libera. Por tanto, el verdadero encaje llave-
cerradura se da entre la enzima y el estado de transición.
El modelo de encaje inducido
finalmente permitió explicar este
aumento de interacciones entre
enzima y sustrato. La interacción
entre ambas moléculas hace que la
proteína sufra un cambio
conformacional, que permite la
formación de interacciones
adicionales entre la enzima y el
estado de transición.

4 CINÉTICA ENZIMÁTICA
Para muchas enzimas, la velocidad de catálisis V, varía con la concentración de sustrato.
Cuando la concentración de sustrato es baja, V es proporcional a [S]; cuando [S] es elevada,
entonces la velocidad se hace independiente del sustrato. Se propuso el modelo de
Michaelis-Menten para explicar este comportamiento.
Una enzima E se combina con S para formar un complejo ES con una constante de
velocidad k1. Este complejo tiene dos caminos: disociarse hasta E y S, cuya constante es k-1;
o formar un producto P con constante k2.
En esta situación, [ES] depende de la velocidad de formación de ES (k1), y de su
desaparición (k-1 y k2). Se supone la situación de estado estacionario, donde la velocidad de
formación es igual a la de desaparición. Por tanto:
[𝐸][𝑆]
[𝐸𝑆] =
(𝑘−1 + 𝑘2 )⁄𝑘1
De esta ecuación se define una nueva constante, que se conoce como constante de
Michaelis-Menten KM.
𝑘−1 + 𝑘2
𝐾𝑀 =
𝑘1
Finalmente, se llega a la ecuación de la imagen más arriba para V0 en función de Vmax.
4.1 SIGNIFICADO DE KM
El valor de KM equivale a la concentración de sustrato para la cual la velocidad de reacción
es la mitad de Vmax. Aunque no es una verdadera constante de disociación del complejo ES,
su valor se aproxima bastante cuando k2 << k-1, ya que la constante de disociación real es:
𝑘−1
𝑘𝑑𝑖𝑠 =
𝑘1

Por este motivo, se puede considerar KM como una medida de la afinidad de la enzima por
el sustrato. Un valor de KM bajo indica gran afinidad de la enzima por el sustrato, es decir,
gran estabilidad del complejo ES.
El valor de KM varía considerablemente de unas enzimas a otras, y para una misma enzima
difiere según el sustrato, además de depender de las condiciones como pH, temperatura.
4.2 SIGNIFICADO DE KCAT

Se conoce también como el número de recambio, y representa el número de moléculas
de sustrato que son transformadas en producto por unidad de tiempo en una sola molécula
de enzima cuando la concentración de sustrato es elevada. Define, por tanto, la Vmax a la
que una reacción enzimática puede suceder a una concentración de enzima determinada y a
concentración de sustrato elevada.
𝑉𝑚𝑎𝑥

𝑘𝑐𝑎𝑡 =
[𝐸]
4.3 EFICIENCIA CATALÍTICA

La proporción entre las constantes cinéticas Kcat y KM se suele utilizar para comparar la
eficiencia catalítica de diferentes enzimas, o de una misma enzima sobre distintos sustratos.
Un valor elevado de esta proporción, supone elevada capacidad de transformación de
sustrato en producto (elevada kcat) y elevada afinidad de enzima por el sustrato (bajo KM).
En esta tabla se ve que el hecho de que una enzima sea más eficaz a la hora de transformar
sustrato en producto (mayor kcat), no implica que sea más eficiente. La eficiencia se mide
por la relación kcat/KM.
5 DETERMINACIÓN DE VMAX Y KM
Se puede hacer de manera directa, mediante la ecuación:
𝑉𝑚𝑎𝑥 [𝑆]
𝑉0 =
𝐾𝑀 + [𝑆]
Cuando [S] << KM, entonces: V0 = (Vmax/KM)*[S], siendo una cinética de primer orden.
Cuando [S] >> KM, entonces: V0 = Vmax, la velocidad es independiente del sustrato.
Aunque lo más útil es transformar la ecuación de Michaelis-Menten en una expresión que
se pueda linealizar. De esta forma se obtiene la ecuación de Lineweaver-Burk:
Una vez se tienen todos los datos experimentales se puede obtener el valor de Vmax, que
sólo se podía obtener de manera aproximada en la representación hiperbólica tradicional.
Esta representación es muy útil para observar el efecto producido por los inhibidores
reversibles.
6 FACTORES QUE ALTERAN LA ACTIVIDAD Reservados todos los derechos.
6.1 CONCENTRACIÓN DE ENZIMA

Las enzimas se separan de las fuentes biológicas mediante procesos de separación y
aislamiento de proteínas, pero la pureza del preparado no es absoluta. Por lo que se definen
dos conceptos:
 Unidad de actividad enzimática (U): es la cantidad de enzima capaz de

transformar 1 mol de sustrato en producto por minuto a 25 ºC en condiciones
óptimas.
 Actividad específica: es el número de unidades enzimáticas por mg de proteína
purificada. Es una medida de la pureza del preparado.

6.2 TEMPERATURA Y PH
El aumento de temperatura conduce a un aumento de la velocidad, hasta que se supera la
temperatura de desnaturalización de la enzima, perdiendo su actividad.
Además, cambios en el pH pueden cambiar el estado de ionización de las cadenas laterales
de los aminoácidos ácidos y básicos. Estos cambios pueden afectar la afinidad de la enzima
por el sustrato, si se ven alteradas las cargas de los aminoácidos que participan en los
enlaces no covalentes entre la enzima y el sustrato para formar el complejo ES. También se
puede modificar la etapa de transformación del sustrato en producto.
7 INHIBICIÓN ENZIMÁTICA
Existen cierto tipo de moléculas, denominadas inhibidores, que ralentizan o detienen las
reacciones enzimáticas. Resultan útiles para conocer los mecanismos de reacción
enzimática pero, sobre todo, en la búsqueda y elaboración de fármacos.
7.1 INHIBICIÓN REVERSIBLE

Hay moléculas que se unen a la enzima mediante interacciones no covalentes, de forma
reversible. Para estudiar sus efectos se realizan ensayos en presencia y ausencia del
inhibidor, para comparar los parámetros cinéticos (Vmax y KM) en ambos casos.

El inhibidor se puede unir en el centro activo formando un complejo EI que no da
producto, o en un lugar específico para el inhibidor, en cuyo caso se puede unir antes o
después de la unión del sustrato y se forma un complejo ternario ESI.
Se pueden dar tres casos:
7.1.1 Inhibición competitiva

El inhibidor se une al mismo sitio que el sustrato, impidiendo la formación del complejo
ES y la formación de producto. Suele ser una molécula semejante al sustrato, de forma que
ambos compiten por el centro activo.
Como la unión es reversible, cuando la concentración de sustrato es elevada es muy poco
probable que el inhibidor se una a la enzima, por lo que la reacción muestra un Vmax
normal. Sin embargo, se necesita más sustrato para alcanzar la mitad de Vmax, por lo que KM
es mayor. El incremento en KM se relaciona con [I].

7.1.2 Inhibición no competitiva
El inhibidor muestra afinidad tanto por la enzima libre como por el complejo ES, y la
unión se da en un sitio distinto al centro activo. Por tanto, su efecto no se puede evitar
aumentando la concentración de sustrato y produce un descenso en Vmax ya que el
complejo ESI no forma producto. Al no unirse en el centro activo, el valor de KM no
cambia.
7.1.3 Inhibición acompetitiva

Los inhibidores se unen exclusivamente a los complejos ES en un lugar distinto al centro
activo. El efecto sobre los parámetros es la disminución de Vmax, y también de KM.
7.2 INHIBICIÓN IRREVERSIBLE

Son moléculas que se suelen unir a las enzimas mediante enlaces covalentes, impidiendo su
función. Estos inhibidores no tienen comportamiento cinético de Michaelis-Menten.
8 REGULACIÓN ENZIMÁTICA
En las células existe la necesidad de coordinar la acción de muchas enzimas que actúan de
manera secuencial. Existen enzimas que tienen mayor efecto sobre la velocidad del
proceso, son las enzimas reguladoras. Suelen ser las que catalizan la primera reacción de la
secuencia, ya que de otra forma se produciría un gasto innecesario.
El control de la actividad de las enzimas puede darse por modificación covalente o por
regulaciones alostéricas.
8.1 ENZIMAS ALOSTÉRICAS

La actividad de algunas enzimas se modula mediante la unión de uno o más ligandos
llamados reguladores, que se unen a un lugar distinto del centro activo. Estos ligandos
producen un cambio conformacional que puede aumentar (modulador positivo) o
disminuir (negativo) la afinidad de la enzima por el sustrato. Si el sustrato es el que presenta
ese efecto regulador son interacciones homotrópicas (normalmente positivas), cuando el
ligando es una sustancia diferente, son interacciones heterotrópicas (positivas o negativas).
El comportamiento cinético de estas enzimas difiere del descrito por Michaelis-Menten,
aunque saturan cuando la concentración de sustrato es elevada.

8.2 MODIFICACIÓN COVALENTE
La modificación puede ser reversible o irreversible. La fosforilación es la modificación
reversible más frecuente. Estas reacciones se producen por unas enzimas específicas que,
en el caso de la fosforilación, son las quinasas. La modificación es reversible porque existe

otro tipo de enzima, las fosfatasas, que eliminan los grupos fosfato.
TEMA 7.- INVESTIGACIÓN EN
PROTEÍNAS.
1 CENTRIFUGACIÓN
Es un método poderoso y eficaz para separar y analizar células, orgánulos y
macromoléculas biológicas. Una partícula que se desplaza en un círculo a una velocidad
angular, está sometida a un campo centrífugo. La fuerza centrífuga es proporcional a su
masa.
La velocidad de sedimentación es proporcional a la fuerza del campo centrífugo. Se puede
definir una medida de la sedimentación que dependa de las propiedades de las partículas. El
coeficiente de sedimentación (s) es proporcional a la masa.
2 CROMATOGRAFÍA EN COLUMNA
2.1 CROMATOGRAFÍA DE FILTRACIÓN POR GEL

Mediante esta técnica pueden conseguirse unas separaciones selectivas. La muestra se aplica
en lo alto de una columna rellena de bolitas porosas. Las moléculas menores pueden entrar
en estas esferas, pero las mayores no. El resultado es que las moléculas pequeñas se
distribuyen tanto dentro de las esferas como fuera de ellas, mientras que las mayores sólo
ocupan la parte externa a las esferas.
Las moléculas grandes fluyen con más rapidez a través de la columna y salen antes pues
disponen de un volumen accesible menor.
La cromatografía por gel permite obtener mucha mayor cantidad de proteína que la
electroforesis, pero a cambio de un menor poder resolutivo.

2.2 INTERCAMBIO IÓNICO
Se pueden separar proteínas en función de su carga eléctrica. Si una proteína tiene carga
positiva a pH 7, se unirá a una columna rellena de bolitas conteniendo grupos carboxilato,
mientras que una proteína cargada negativamente no lo hará. La proteína con carga positiva
puede ser liberada de la columna aumentando la concentración de cloruro de sodio u otra
sal, cuyo catión compita con la proteína por los grupos carboxilato. Las proteínas con baja
densidad de carga positiva se eluirán primero, y finalmente las de mayor densidad de carga
positiva.
Para separar proteínas con carga negativa se utilizan columnas con relleno cargado
positivamente. Las proteínas positivas se separan con columnas negativas.

2.3 CROMATOGRAFÍA DE AFINIDAD
Utiliza la elevada afinidad de muchas proteínas para grupos químicos específicos. En
general, la cromatografía de afinidad puede ser útil para aislar una proteína capaz de
reconocer un grupo X mediante los siguientes pasos: 1) unión covalente de X o derivado
suyo a la columna; 2) adición de una mezcla de proteínas a la columna, lavando a
continuación con tampón para separar las proteínas no enlazadas; 3) elución de la proteína
deseada por adición de una concentración elevada de una forma soluble de X.

3 ELECTROFORESIS
Una molécula con carga neta se desplazará en un campo eléctrico. Este fenómeno, llamado
electroforesis, ofrece un método poderoso para separar proteínas y otras macromoléculas,
como el DNA y RNA. La velocidad de migración de una proteína en un campo eléctrico
depende de la fuerza del campo (E), de la carga neta de la proteína (z) y del coeficiente de
fricción (f).
La fuerza eléctrica E*z que conduce la molécula cargada hacia el electrodo con signo
opuesto sufre la resistencia v*f, debida a la fricción.
Las separaciones electroforéticas se realizan casi siempre sobre geles, ya que éstos producen
separaciones más eficaces. Los geles sirven de tamices moleculares que potencian la
separación, las moléculas más pequeñas que los poros del gel se desplazan fácilmente a
través de él, mientras que las moléculas mucho mayores que los poros permanecen casi
inmóviles. Los geles de poliacrilamida se usan ya que son químicamente inertes, y se
forman con facilidad.
Las proteínas pueden separarse muy bien, según sus masas moleculares, usando
electroforesis sobre gel de poliacrilamida, en condiciones desnaturalizantes. La mezcla de
proteínas se disuelve primero en un medio con dodecilsulfato de sodio (SDS), un
detergente aniónico capaz de romper todas las interacciones no covalentes en las proteínas

nativas.
Los aniones de SDS se unen a la cadena principal, un SDS por cada dos aminoácidos
aproximadamente, lo que da al complejo SDS-proteína desnaturalizada una carga
proporcional a su masa. La carga negativa, adquirida por el SDS, es mucho mayor que la
carga de la proteína nativa, por lo que se considera despreciable. Los complejos se someten
entonces a electroforesis en gel de poliacrilamida. La dirección de la electroforesis es
vertical descendente. Las proteínas pueden visualizarse tiñéndolas con plata.
Las proteínas pequeñas se desplazan más rápidamente a través del gel, mientras que las
grandes permanecen arriba. El orden es inverso al observado en cromatografía de filtración
en gel. Además, la electroforesis se lleva a cabo en condiciones desnaturalizantes.
También pueden separarse electroforéticamente según su punto isoeléctrico. El pI de una
proteína es el valor de pH al cual su carga neta es cero. A este pH, su movilidad
electroforética, por tanto, es nula. Supongamos que una mezcla de proteínas se somete a
electroforesis, en gradiente de pH, en un gel carente de SDS. Cada proteína se moverá en el
gel hasta alcanzar una posición en la que el pH sea igual a su pI. Este método se denomina
isoelectroenfoque.

TEMA 8.- ESTRUCTURA Y
FUNCIÓN DE CARBOHIDRATOS.
1 INTRODUCCIÓN
Los hidratos de carbono son moléculas simples en cuanto a su composición química,
aunque desempeñan funciones vitales fundamentales. Se llaman hidratos de carbono ya que
la mayoría responde a la fórmula molecular (CH2O)n aunque algunos pueden tener
modificaciones.
Las unidades monoméricas se llaman monosacáridos, la unión de dos de ellos forma un
disacárido. Cuando se unen pocas unidades son oligosacáridos y polisacáridos cuando

se unen muchas unidades.
Mediante la fotosíntesis, las plantas captan el CO2 de la atmósfera y producen los hidratos
de carbono por efecto de la luz. Estos compuestos serán luego utilizados por organismos
heterotróficos para producir energía mediante la respiración, devolviendo el CO2 a la
atmósfera. También cumplen misiones estructurales de importancia, por ejemplo, son
componentes fundamentales en la estructura de los ácidos nucleicos y otras estructuras
como glicoproteínas o glicolípidos.
2 MONOSACÁRIDOS
Los monosacáridos son polihidroxialcoholes lineales de cadena corta, con al menos tres
átomos de carbono. Se clasifican atendiendo a la naturaleza del grupo carbonilo y el
número de átomos de carbono que posee. Si el carbonilo es aldehído, se trata de una
aldosa; si el carbonilo es una cetona, es una cetosa. Se denominan triosas, tetrosas,
pentosas, hexosas, a las moléculas son tres, cuatro, cinco y seis átomos de carbono,
respectivamente.
Si atendemos a la fórmula (CH2O)3, es válida para cetotriosas y aldotriosas. Sin embargo, la
posición del grupo carbonilo cambia de C1 en aldotriosa, a C2 en cetotriosa, estos
compuestos son isómeros estructurales.
Otro tipo de isomería que presentan los monosacáridos es la estereoisomería, debido a la
presencia de carbonos asimétricos, quirales. Por ejemplo, el C2 en gliceraldehído es
asimétrico, por tanto, existen dos enantiómeros de este compuesto.
Desde el punto de vista biológico, la importancia está en que sólo uno de los enantiómeros
puede interaccionar con otra molécula que también sea quiral.
A medida que aumenta el número de carbonos de un monosacárido, hay más carbonos
asimétricos. Como cada centro quiral tiene dos posibles configuraciones, una molécula con
n centros quirales tendrá 2n posibles estereoisómeros. En las aldohexosas, por ejemplo, hay
cuatro centros quirales, por tanto, 24 = 16 estereoisómeros, sin embargo, sólo se
encuentran las ocho configuraciones D, ya que sólo es activo uno de los dos posibles
enantiómeros.
Se observa que los D-azúcares tienen la misma configuración en el centro asimétrico más
alejado del carbonilo, todos tienen el –OH a la derecha. La glucosa es la única aldosa que se
encuentra como monosacárido en la naturaleza, aunque también forma polisacáridos.
Por la posición del carbonilo las cetosas poseen un centro quiral menos que las
correspondientes aldosas. Lo más frecuente es que el carbonilo se encuentre en C2.
Destacan la dihidroxiacetona, D-fructosa, D-ribulosa y D-xilulosa.

Los monosacáridos en solución acuosa pueden adoptar una forma ciclada cuando uno de
los grupos hidroxilo reacciona con el carbonilo de su misma molécula, produciendo un
hemiacetal o hemicetal. De esta forma, el carbono carbonílico se convierte en asimétrico
(C1 en aldosas, C2 en cetosas), y se llama carbono anomérico. Si el OH del carbono
anomérico está en el mismo lado que la agrupación –CH2OH (C5 en hexosas) respecto al
plano del anillo se denomina anómero , si están en lados opuestos es anómero . En
solución ambos anómeros se interconvierten libremente (mutarrotación), llegando a un
equilibrio.
3 DISACÁRIDOS
Dos azúcares que se unen covalentemente mediante un enlace o-glucosídico forman un
disacárido. La reacción entre un grupo OH cualquiera de un azúcar con el grupo OH del
carbono anomérico de otro azúcar produce la unión de ambos monosacáridos. Las enzimas
que catalizan estas reacciones reconocen no solo el tipo de azúcar, también el tipo de
anómero.
Por ejemplo, en la unión de -D-glucosa a un hidroxilo de otro azúcar, podría ser el OH

del C4, la posición del carbono anomérico quedará fijada, y el enlace se denomina ( 1→4).
Una unión de este tipo, permite que la cadena siga alargándose, ya que sigue libre el OH de
un carbono anomérico. Sin embargo, si dos azúcares se unen mediante el OH de sus
carbonos anoméricos, el disacárido no puede seguir creciendo, y pierde su poder reductor.
En este caso se dice que el enlace es dicarbonílico, en el caso anterior era monocarbonílico.
Los disacáridos más comunes son los que contienen al menos una molécula de D-glucosa.
Dependiendo de si es el anómero ose formará un disacárido diferente. La unión de
dos moléculas de D-glucosa mediante enlaces 1→4 produce maltosa, mientras que si el
enlace es 1→4, se forma celobiosa. La maltosa es producto de la degradación de
almidón, mientras que celobiosa lo es de la celulosa. Los humanos digerimos con facilidad
la maltosa, pero no la celobiosa.
Además, la lactosa se forma por uniones 1→4 entre galactosa y glucosa, aportando el
carbono anomérico la galactosa y quedando libre el de la glucosa. Es, por tanto, un azúcar
reductor, igual que maltosa y celobiosa, pues son enlaces monocarbonílicos. Otro
disacárido es la sacarosa (azúcar de mesa), formada por enlace →entre glucosa y
fructosa. Es un enlace por tanto dicarbonílico, siendo el disacárido no reductor.

4 POLISACÁRIDOS
La principal manera que tienen los organismos para almacenar glucosa cuando no la
necesitan es formando polímeros. Las plantas la acumulan en forma de almidón, y los
animales en forma de glucógeno.
El almidón es la principal reserva energética para las plantas y un nutriente importante
para animales. Está compuesto por dos polímeros: uno lineal (amilosa) constituido por
varios miles de residuos de glucosa con enlaces 1→4; y otro más ramificado
(amilopectina), también con enlaces 1→4, pero cada 30 unidades presenta ramificaciones
1→6. La digestión se produce por etapas: las -amilasas hidrolizan enlaces 1→4;
mientras que las ramificaciones 1→6 son hidrolizadas por -glucosidasas y enzimas
desramificadoras.
El glucógeno es polisacárido de reserva de carbohidratos de animales, y se encuentra
localizado en el hígado y el músculo. Su estructura es similar al almidón, pero se producen
más ramificaciones (cada 10 residuos, aproximadamente), por lo que es más compacto.
Permite la rápida movilización de glucosa en casos de necesidad metabólica.
La celulosa es un polímero estructural que está presente en la pared celular de plantas, así
como en árboles para soportar la estructura del vegetal. Supone el 50% del carbono

presente en la biosfera. Es un polímero lineal de residuos de glucosa unidos por enlaces
1→4, por lo que forman cadenas que pueden formar numerosas interacciones de
hidrógeno, dando lugar a una estructura muy cohesiva, al contrario que almidón y
glucógeno. Las fuerzas de interacción entre las fibras son tan elevadas que las hace
insolubles en agua. Los vertebrados no poseen enzimas capaces de hidrolizar los enlaces
1→4, sin embargo, los herbívoros poseen una celulasa capaz de liberar moléculas de
glucosa de la celulosa. No obstante, el proceso de degradación es lento, debido a las fuertes
interacciones entre las cadenas poliméricas de la celulosa.
5 GLUCOSAMINOGLICANOS
Son polisacáridos no ramificados constituidos por residuos alternantes de derivados de
galactosamina o glucosamina y un ácido urónico. Proporcionan a los tejidos resistencia a la
compresión y rellenan los espacios intercelulares. Uno de los más importantes es el ácido
hialurónico, compuesta por largas cadenas de disacáridos unidos por enlaces 1→4. Cada
disacárido está compuesto por molécula de ácido D-glucorónico unida por enlace 1→3
con N-acetil-D-glucosamina. Al poseer numerosos grupos aniónicos que se repelen,
facilitan su hidratación.
El condroitin-6-sulfato y condroitin-4-sulfato difieren del ácido hialurónico en la presencia
de N-acetil-D-galactosamina en lugar de N-acetil-D-glucosamina, y con un grupo sulfato en
C6 del anillo de galactosamina.
El queratán sulfato contiene residuos alternantes de D-galactosa y N-acetil glucosamina-6-
sulfato unidas por enlace 1→4. Aunque su composición es muy heterogénea, ya que el
contenido en sulfato es variable y pueden aparecer otros azúcares.

A diferencia de las demás, la heparina no es un componente del tejido conectivo, aparece
únicamente en las paredes arteriales. Su papel fisiológico es actuar como anticoagulante.
El dermatan sulfato se encuentra en la piel, de ahí su nombre, difiere del condroitin-4-
sulfato en la configuración del C5 del residuo de glucuronato.
6 PROTEOGLICANOS
Se forman por la unión, en unos casos covalente y en otros no covalente, de proteínas y
glucosaminoglicanos. Forman parte de la matriz extracelular que rodea las células
epiteliales. Presentan un centro proteico al que se une una cadena de glucosaminoglicano,
que suele ser queratan sulfato, condroitin sulfato o ambos.
Entre sus funciones está la participación en la morfología tisular por sus interacciones con
el colágeno, reguladores del tráfico molecular y participan en la señalización celular.

Forman complejos de gran tamaño con estructura similar a una escobilla cuyas cerdas son
unidades de proteoglicano, que se unen de forma no covalente a un esqueleto de ácido
hialurónico.
7 GLUCOPROTEÍNAS
Un azúcar se puede unir de forma covalente a una proteína para formar una glicoproteína,
donde los carbohidratos se encuentran en menor proporción que en los proteoglicanos.
En las uniones tipo N, una molécula de N-acetil glucosamina se une mediante enlace  con
el nitrógeno amídico de una asparagina, que se encuentra en una secuencia Asp-X-Ser o
Asp-X-Thr, donde X puede ser cualquier aminoácido excepto prolina.
La unión O glicosídica está mediada por la N-acetil galactosamina unida al grupo OH de
una Ser o Thr. Existe una gran variedad en los oligosacáridos unidos a proteínas mediantes
enlaces O glicosídicos.
Las células tienden a sintetizar un gran repertorio de una determinada glicoproteína con
unión N, en el que cada variante difiere en las secuencias, localizaciones y número de
oligosacáridos unidos covalentemente, dando lugar a diferentes glucoformas. Estas
glucoformas son específicas de distintas especies o tejidos, aportando diferentes
propiedades biológicas.

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TEMAS-2-8.

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El agrupamiento tetraédrico de cuatro grupos diferentes alrededor del C- confiere

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Es destacable la importancia del grupo sulfhidrilo de la cisteína, ya que permite la

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1.2 INTERACCIONES ENTRE AMINOÁCIDOS

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3.1 ESTRUCTURA PRIMARIA

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3.2 ESTRUCTURA SECUNDARIA

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3.2.2 Hoja plegada 

3.2.4 Proteína fibrosa: el colágeno

3.3.1 Desnaturalización proteica

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3.3.2 Organización tridimensional. Experimento de Anfinsen.

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3.4 ESTRUCTURA CUATERNARIA

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4.3 UNIÓN DE OXÍGENO

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4.3.1 Modelo alostérico

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4.3.2 Efecto del 2,3-bisfosfoglicerato

4.3.3 Efecto del pH y CO2

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3 ESTRUCTURA DEL DNA

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4.1 REPLICACIÓN SEMICONSERVATIVA

4.2 ORIGEN DE REPLICACIÓN

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4.3 DIRECCIÓN DE SÍNTESIS

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4.4 ETAPAS DE REPLICACIÓN

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5.1 TIPOS DE DAÑOS

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5.2 EFECTOS DE LAS MUTACIONES

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5.3.2 Reparación por escisión de hebra

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3. RNA mensajero (mRNA) es el menos abundante. Es el molde para la síntesis de

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El proceso de síntesis de RNA consta de las siguientes etapas:

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Un segundo tipo de proceso consiste en la adición de nucleótidos al extremo terminal de

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