Estructura y función de aminoácidos y proteínas

Aminoácidos

Grupo ácido

COOHZNT C H

carbono α
En todos los aminoácidos excepto en la glicina (que la cadena R es un H), el carbono es
un carbono quiral. Por lo que le otorga la capacidad de formar isómeros ópticos.
R
grupo amino

Dependiendo el grupo R, los aminoácidos se pueden clasificar en:

De cadena alifática
No polares

aminoácidos De núcleo aromático

Polares Sin carga

Con carga Negativa: ácidos o monoamino dicarboxílicos (tienen dos grupos ácidos
por eso di)
Positiva: Básicas o diamino monocarboxílicos (tienen grupo amino en la
cadena R)

metilo
Tienen dobles enlaces alternados a los que se los
denomina enlaces conjungados. Esta estructura le
da la capacidad a estos aminoácidos de absorber
la luz UV.
 Isomería óptica

El carbono quiral de los aminoácidos le otorga isomería óptica, es decir que tiene la capacidad de desviar la luz
polarizada a la izquierda o a la derecha.
Si la desvia a la derecha se los denomina D-aminoácidos y a la izquierda L-aminoácidos.
Los isómeros son imágenes especulares (enantiomeros).

Por localización de los H se determina si es L o D.

Los que forman parte de las proteínas son los L-aminoácidos

Propiedades ácido-base

Al presentar un grupo ácido y un grupo amino son capaces de ceder o captar protones.
Un aminoácido en su forma zwiterionica es capaz de ceder protones de su grupo amino o captar protones para
protonar el grupo carboxilo.
En ph ácido los aminoácidos se encuentran totalmente protonados y a ph básico se encuentran desprotonados
el grupo ácido y básico.

Capacidad buffer de los aminoácidos

Son capaces de mantener el ph de una solución.
La capacidad buffer es en torno a los pk.
En el punto isoelecritco no es capaz de mantener la capacidad buffer
Punto isoeléctrico

Agregado de hidróxido de
sódio

totalmente desprotonado con dos de base (desprotonó el carboxilo y el amino)

Se agrega base (OH), el ácido (COO-)

la mitad de cada especie, se es el encargado de ceder el protón
encuentra en un pH=pK

Cuando se agrega una base, se cede un protón.

Punto isoeléctrico: valor del pH al cual el aminoácido presenta carga neta 0.

Ph < Pi: carga neta positiva

Ph > Pi: carga neta negativa

Calcular punto isoeléctrico en aminoácidos neutros:

Pi: (pka1 + pka2)/2

 Punto isoeléctrico en aminoácidos ácidos
Tienen un protón más en la cadena R, por el COO-

Curva de titulación:
A ph ácido está totalmente protonado y tiene una carga de +1. Agrego base
Equilibrio químico pH=pK1 cuando agrego medio equivalente
A un equivalente titule un protón, tiene una carga neta 0
Agrego medio equivalente, otro equilibrio pH=pKr, porque empiezo a tituar el protón del grupo ácido del grupo R.
En 2 equivalentes de base se encuentra la especie del grupo R totalmente desprotonada con una carga de -1
A 2,5 equivalentes empiezo a titular el protón del grupo amino, equilibrio pH=pK2
A 3 equivalentes se tituló todo el protón y la carga neta es de -2

Calculo del punto isoeléctrico:

Buscar la especie de carga neta 0 y ver donde está compromentida, acá es en el equilibrio del ácido pKr y pK1.

PI= (pK1 + pKr)/2

El PI va a ser ácido

Punto isoeléctrico de aminoácidos básicos

Tienen un grupo amino en el grupo R

A un pH ácido está totalmente protonado con una carga de +2.

Agregamos OH y a un equivalente de 1 está totalmente desprotonado el grupo ácido
En medio equivalente pH=pK1
En 1,5 equivalente Pkr=pH, se comienza a titular el protón del grupo R del grupo amino
En 2 equivalentes tiene carga neta 0
En 2,5 equivalentes pH=pK2 donde se titula el protón del grupo amino
En 3 equivalentes se tiene la forma totalmente desprotonada de carga neta -1

Cálculo:

PI: (pKr + pK2)/2

 Estructura proteica

Enlace peptídico: unión entre los aminoácidos. Es un enlace covalente que se forma por condensación del oxhidrilo
del grupo ácido de un aminoácido con el hidrógeno del grupo amino del otro aminoácido.
Se pierde una molécula de agua y se forma el enlace peptídico que es un enlace amida (unión de un grupo ácido y
un grupo amino).

El que determina que aminoácido se tiene que unir con cual aminoácido es el ARNm.

Enlace amida, covalente y plano.

Plano porque en el enlace amida, el N tiene un par de electrones libres

capaz de cederlos al enlace entre el C y el N cuando el O al ser muy
electronegativo capta hacia sí los electrones.
Formandose un doble enlace C-N y un simple enlace C-O.
Se forma un dipolo con una carga positiva sobre el N y una carga
negativa sobre el oxígeno.

Los electrones migran entre el N, C y O y en realidad es un enlace

híbrido, va pasando el doble enlace. Esto es lo que hace que el enlace
no pueda rotar.

Presenta resonancia: carácter doble parcial.

Esta característica hace que no pueda girar entonces se limita el número de conformaciones posibles que
puede adoptar una proteína.

Estructura de las proteínas

Estructura primaria

Unión covalente por condensación de los distintos aminoácidos para formar la cadena polipeptídica. Por encima y
por abajo se ubican los distintos Rs.

Estructura secundaria

Plegamiento local de la cadena polipeptídica, de aquellos residuos que se encuentran cerca.

α hélice: estructura de hélice que se enrosca sobre su eje longitudinal hacia la izquierda, se encuentra
estabilizada por puentes de hidrógeno entre hidrógenos y oxígenos del enlace peptídico ubicados a 4
aminoácidos de distancia.
Cada vuelta está constituida por 3,6 residuos.
Se generan pequeños dipolos haciendo que la hélice tenga un extremo negativo y otro positivo.
Depende de los aminoácidos que la formen, las R no deben ser muy chicas para poder formar la hélice.
Hoja β- plegada: La cadena polipeptídica está mas extendida y en forma de zig zag formado por los distintos
planos del enlace.
Se estabiliza por puentes de hidrógeno entre los N y O de los enláces peptídicos.
Hay paralelas cuando todas las cadenas están en la misma dirección y anti-paralela cuando están dirección
contraria.

Giros β: Son giros dentro de la cadena constituidos por 4 residuos, estabilizado por puentes de hidrógeno. Se
ubican principalmente en los lugares de interacción entre las distintas hojas plegadas β.

Una misma proteína puede tener varias estructuras secundarias

hojas β plegadas

L giros beta

En los enláces peptídicos el enlace entre el N y el carbono α y el carbono α unido al carbono α del siguiente
aminoácido, si giran, estos se llaman ángulos Fi y Psi. En teoría se podrían mover 180º pero por impedimentos de
los grupos R no es posible.

Estructura terciaria

Plegamiento tridimensional de la proteína, distintas regiones de la proteína interaccionan entre sí para formar el
plegamiento funcional.

Interacciones que estabilizan:

Hidrofóbicas entre los grupos R.
Puentes de hidrógeno
Interacciones electroestáticas
Apilamiento de los grupos aromáticos
Puentes disulfuro
 Estructura cuaternaria

Están constituidas por más de un monómero.

Interacción entre los monómeros
Estabilizada por los mismos enlaces que la estructura terciara
Solo algunas proteínas

Perdida de estructura: desnaturalización e hidrólisis

Desnaturalización: pérdida de estructura cuaternaria, terciaria y secundaria.

Se puede dar por agentes físicos: ultrasonido, microondas, radiaciones ionizantes, temperaturas extremas. Alteran
los estados vibracionales entre los enlaces llevando a la desestabilización de los mismos.

Agentes químicos: Sales concentradas y agentes caotrópicos (ej. urea y etanol que reacciona con el agua),
detergentes (forma micelas con la parte hidrofóbica de la proteína desestabilizando la interacción), solventes
orgánicos, cambios de pH (cambia el estado de ionización de los aminoácidos) , sustancias reductoras, alquilantes,
oxidantes.

Hidrólisis: Tiene que ser con ácidos o bases en presencia de calor. Hay pérdida de la estructura primaria. Ruptura
del enlace peptídico.

Hay procesos de desnaturalización reversibles e irreversibles. En el caso de los reversibles, cuando el agente
desnaturalizante se saca, la proteína vuelve a plegarse a su estado nativo ya que la información para plegarse
está en la secuencia de aminoácidos.

Proceso de desnaturalización de la ribonucleasa (experimento)

La ribonucleasa es una proteína globular estabilizada por puentes disulfuro.
Por el agregado de Urea y β-mercaptoetanol el cual rompe los puentes disulfuro.
Se produce la desnaturalización de la enzima perdiendo su capacidad catalítica.

Curva de desnaturalización: porcentaje de la proteína desnaturalizada por cantidad de desnaturalizante. Tienen

forma sigmoidea, donde a baja concentraciones de desnaturalizante la proteína está mayormente en su forma
plegada y en mayor cantidad de desnaturalizante está desplegada. En el medio se encuentran mitad plegadas y
mitad desplegadas.
Las curvas sirven para estudiar cuan estables son las proteínas.

En el experimento se quiso ver si la proteína era capaz de recuperar su función catalítica cuando se retiraban los
desnaturalizantes.
Se encontró que la proteína se volvió a plegar en su estado nativo, formandose los puente disulfuro que debían
formarse y recuperando su capacidad catalítica.
Se demostró que la información de plegamiento se encuentra en la estructura primaria.

Clasificación de proteínas

Simples: Compuestas solamente por aminoácidos. Ej. colágeno, actina, insulina

Conjugadas: compuestas por aminoácidos y otra sustancia no proteica que recibe el nombre de grupo prostético. Ej.
lipoproteínas, glicoproteínas, nucleoproteínas, fosfoproteínas, hemoproteínas, flavoproteínas, metaloproteínas,
fitocromos, citocromos.

También se las puede clasificar en globulares y fibrosas

Globulares: forma de ovillo. Cadena polipeptídica plegada. Solubles. Función metabólica, unen moléculas, dinámica.
Ej. mioglobina, hemoglobina

Fibrosas: longitudinales y alargadas. Cadena polipeptídica estirada. Insolubles. Función estructural, estática. Ej.
Colágeno, queratina

Técnicas de cuantificación, separación y purificación de proteínas

La purificación se hace para poder estudiar la función que cumple.

Técnicas de cuantificación: espectrofotometría. Se basa en la medida de color de las proteínas.

Técinas de separación y purificación:

Por carga: electroforésis y cromatografía de intercambio iónico

Por tamaño: diálisis y cromatografía de exclusión molecular

Por afinidad: Cromatografía de afinidad

Espectrofotometría

Es el proceso mediante el cual se puede medir la luz que absorbe una sustancia.
Hay sustancias que pueden absorber la luz a una cierta longitud de onda, son las que tienen doble enlace
conjugados como los aminoácidos aromáticos (absorben luz UV).
La capacidad de absorber la luz UV nos permite cuantificarla.
Se utilizan espectrofotómetros que son equipos que tienen una lámpara que emiten las distintas longitudes de
onda, un monocromador que nos deja elegir la longitud de onda en la que queremos medir, la luz incide en una
cubeta donde está la proteína la cual va a absorber parte de la luz y va a emitir lo que no absorbe.
El detector tira un valor que se llama absorbancia.

Ley de Lambert-Beer: Absorbancia= concentración de la solución que estamos midiendo.

A mayor absorbancia mayor concentración.

A=εLC
A: absorbancia de la sustancia a una longitud de onda determinada
ε: absortividad molar (coeficiente de extinción molar), absorbancia de una solución 1M del compuesto.
L: longitud del camino óptico en la cubeta
C: Concentración de la sustancia en la solución

Cuando medimos la concentración de proteínas podemos elegir 280nm de longitud de onda que es la que absorben
los aminoácidos aromáticos.
Para poder cuantificarla se puede agregar un colorante que reacciona con los aminoácidos hidrofóbicos. Cuanto más
proteína tenga la solución más color va a tener, en ese caso se mide a 595nm.

Electroforesis

Técnica de separación. Se puede realizar en condiciones nativas o desnaturalizante (se agrega un agente).
Se puede realizar sobre soporte de papel o en gel.

Consiste en sembrar una proteína en un soporte, al cual se le aplica un campo eléctrico. Al ser las proteínas
moléculas que se cargan, va a hacer que migren al polo positivo o al polo negativo.
Habitualmente se trabaja a un pH de 8,6 donde todas las proteínas están cargadas positivamente y van a migrar al
polo positivo.
Las proteínas se van a ir separando según su relación carga-masa.
Aquellas más chicas y cargadas corren más rápido y las más pesadas quedan más retenidas.
Luego el gel se tiñe y aparecen las bandas de las distintas proteínas con los distintos pesos.
También permite aislar proteínas en una mezcla de proteínas.

En condiciones desnaturalizantes, el detergente le otorga a todas las proteínas una carga negativa entonces las
proteínas se separan solamente por su masa no por su carga.

Electroforesis en diagnóstico de patologías

Se hace de las proteínas séricas (del suero).

Se extrae la sangre en ausencia de AC, se deja coagular la sangre quedando separado el suero (no contiene
proteínas de coagulación).

Se usa el suero porque el fibrinógeno es muy abundante

Se siembra la muestra en un pH de 8,6 para que todas las proteínas se cargen negativamente y migren hacia el polo
positivo, se realiza en papel.

Se aplica el campo electrico y empiezan a migrar las proteínas.

Proteinograma: electroforesis de las proteínas humanas.

Proteinograma normal

Para cuantificar las bandas se meten en un aparato que

Mucha cuantifica el color. Cuanto mas proteína tenga, más
obsorvancia y
agudo porque es
absorbancia, mas se colorió.
solo una proteína

Están constituidas por más de una proteína por eso son anchas
 Es muy ancha porque comprende
todos los Ac contra todos los Ag

Banda β y γ muy unidas frecuenta en

infecciones hepáticas

Patologías

Ausencia de α1

Incremento de α1 y
Aumento de Ig
α2. Descenso de la β Aumento de Ig
pero más puntual
(puede ser
(aumenta solo un
infección)
tipo de Ig como un
Disminución cancer de glóbulos
de Ig bláncos)
(inmunodeficiecia)
Electroforesis de hemoglobina

Se realiza ya que hay muchos tipos de globina y se utiliza para el diagnóstico de algunos tipos de anémias.

Se toma la muestra con o sin Anitcoagulante. Se centrifuga la sangre y se trabaja con el paquete de glóbulos rojos.
Se lisan los glóbulos rojos para que liberen la hemoglobina. A pH 8,6.

Hemoglobina fetal aumenta en anemia falciforme

para sustituir a la Hemoglobina S.
Hemoglobina defectuosa. Un ácido glutámico
(carga negativa) es sustituido por valina (sin carga)
en la posición 6 de la cadena de globina β.