Aminoácidos, péptidos y

proteínas
Unidad 2 – Bioquímica
Prof. M.Sc. Oscar Javier Yepez
Introducción a la proteínas
 Las proteínas son las macromoléculas biológicas
más abundantes, presentes en todas las células y
en todas las partes de la célula.
 Son macromoléculas sumamente diversas: desde
péptidos relativamente pequeños a enormes
polímeros con pesos moleculares muy elevados.
 Estructuralmente todas las proteínas se componen
de un conjunto de 20 aminoácidos unidos de
forma covalente en secuencias características.
 Su diversidad funcional también es enorme: son
los instrumentos moleculares a través de los
cuales se expresa la información genética y
pueden fabricar productos tales como enzimas,
hormonas, anticuerpos, transportadores, fibras
musculares, plumas, telarañas, cuernos, pelos,
venenos, etc. 3
Aminoácidos
 Son 20 los aminoácidos que comúnmente hacen parte de las
proteínas codificadas por el genoma de la mayoría de los seres vivos.
 El primero en ser descubierto fue la asparagina en 1806 y el último
de los 20, treonina, fue descubierto en 1938.
 Tienen nombres triviales o comunes, la mayoría derivados de la
fuente de la que fueron aislados por primera vez:
 Asparagina ⟶ Espárragos
 Glutamato ⟶ Gluten del trigo
 Tirosina ⟶ Queso (del griego tyros)
 Glicina ⟶ Sabor dulce (del griego glykos)

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Aminoácidos – estructura
 Todos son α-aminoácidos. Tienen un grupo
carboxilo y un grupo amino unidos al mismo
átomo de carbono. El carbono alfa o carbono 2.
 Se diferencian entre sí en sus cadenas laterales
(R), que varían en estructura, tamaño, carga
eléctrica, e influyen en su solubilidad.
COO COO
 A pH fisiológico de 7,4, el grupo amino lleva una
carga positiva y el grupo carboxilo una negativa. H 3N C H H C NH3
R R
 El carbono α es quiral en todos los aminoácidos a L-aminoácido D-aminoácido
excepción de la glicina. Por tanto tienen dos
posibles enantiómeros (imágenes especulares no
superponibles) ópticamente activos L y D.
 Casi todas las proteínas que se producen
naturalmente contienen aminoácidos L.
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Aminoácidos – estructura
 El pKa de todos los grupos carboxílicos es aproximadamente de 2 (1,8-2,4).
 𝑆𝑆𝑆𝑆 𝑝𝑝𝑝𝑝 << 𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝 ⇒ 𝐿𝐿𝐿𝐿𝐿𝐿 𝑔𝑔𝑔𝑔𝑔𝑔𝑔𝑔𝑔𝑔𝑔𝑔 á𝑐𝑐𝑐𝑐𝑐𝑐𝑐𝑐 𝑒𝑒𝑒𝑒𝑒𝑒𝑒𝑒𝑒 𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝 𝐶𝐶𝐶𝐶𝐶𝐶𝐶𝐶
 𝑆𝑆𝑆𝑆 𝑝𝑝𝑝𝑝 = 𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝 ⇒ 50% 𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝 𝐶𝐶𝐶𝐶𝐶𝐶𝐶𝐶 50% carboxilatos (𝐶𝐶𝐶𝐶𝐶𝐶− )
 𝑆𝑆𝑆𝑆 𝑝𝑝𝑝𝑝 >> 𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝 ⇒ 𝐿𝐿𝐿𝐿𝐿𝐿 𝑔𝑔𝑔𝑔𝑔𝑔𝑔𝑔𝑔𝑔𝑔𝑔 á𝑐𝑐𝑐𝑐𝑐𝑐𝑐𝑐 𝑒𝑒𝑒𝑒𝑒𝑒𝑒𝑒𝑒 𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑 𝐶𝐶𝐶𝐶𝐶𝐶−
 El pKa de todos los grupos α-amino es aproximadamente de 9,5 (8,8-11,0).
 𝑆𝑆𝑆𝑆 𝑝𝑝𝑝𝑝 << 𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝 ⇒ 𝐿𝐿𝐿𝐿𝐿𝐿 𝑔𝑔𝑔𝑔𝑔𝑔𝑔𝑔𝑔𝑔𝑔𝑔 𝑎𝑎𝑎𝑎𝑎𝑎𝑎𝑎𝑎𝑎 𝑒𝑒𝑒𝑒𝑒𝑒𝑒𝑒𝑒 𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝 𝑁𝑁𝑁𝑁4+
 𝑆𝑆𝑆𝑆 𝑝𝑝𝑝𝑝 = 𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝 ⇒ 50% 𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝 𝑁𝑁𝑁𝑁4+ 50% disociados (𝑁𝑁𝑁𝑁3 )
 𝑆𝑆𝑆𝑆 𝑝𝑝𝑝𝑝 >> 𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝𝑝 ⇒ 𝐿𝐿𝐿𝐿𝐿𝐿 𝑔𝑔𝑔𝑔𝑔𝑔𝑔𝑔𝑔𝑔𝑔𝑔 𝑎𝑎𝑎𝑎𝑎𝑎𝑎𝑎𝑎𝑎 𝑒𝑒𝑒𝑒𝑒𝑒𝑒𝑒𝑒 𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑𝑑 𝑁𝑁𝑁𝑁3
 A pH fisiológico (7,4) tanto el grupo α-amino como el grupo carboxilo están
cargados.

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Aminoácidos – anfoterismo
 El zwitterion puede actuar
como un ácido donador de
protones:

 También puede actuar como

una base aceptora de
protones:

 Así un α-aminoácido simple es un ácido diprótico cuando está

completamente protonado.

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Aminoácidos – curva de titulación
 A un pH muy bajo la forma
predominante es la totalmente
protonada (ácido diprótico).
 En el punto intermedio de la
primera etapa el pH=pK1.
 Continuando con la titulación se
alcanza otro punto importante
denominado punto isoeléctrico. En
este punto la eliminación del
primer protón esta completa e
inicia la eliminación del segundo
protón.
 En el punto intermedio de la
segunda etapa pH=pK2.
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Aminoácidos – Punto isoeléctrico
El punto isoeléctrico se define como el pH característico para un
aminoácido en el que la carga eléctrica neta es cero.
 Para aminoácidos que no tienen un grupo ionizable en la cadena
lateral, el PI es el promedio de los dos valores de pKa.
𝑝𝑝𝑝𝑝𝑎𝑎𝑎 + 𝑝𝑝𝑝𝑝𝑎𝑎𝑎
𝑝𝑝𝑝𝑝 =
2
 Los aminoácidos que poseen un grupo ionizable adicional en la
cadena lateral presentan una curva de titulación con tres etapas,
cada una con su pKa correspondiente
 En estos casos el pI es el promedio de lo valores de pKa mas
cercanos al zwitterion.

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Aminoácidos – Punto isoeléctrico

pI = 3,22 pI = 7,59

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Péptidos – enlace peptídico
Un enlace peptídico (enlace amida sustituida) se forma por la unión
covalente de dos aminoácidos entre el grupo α-carboxílico de uno y el
grupo α-amino del otro.
Es un ejemplo de reacción de condensación en la que se produce la
eliminación de una molécula de agua (deshidratación).

La formación de un enlace peptídico

entre dos aminoácidos conduce a la
formación de un dipéptido.
Varios aminoácidos pueden unirse
formando oligopéptidos.
La unión de muchas unidades se
conoce como polipéptido. Las
proteínas pueden tener miles de
aminoácidos siendo polipéptidos.
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 Péptidos – enlace peptídico
Pentapéptido serilgliciltirosilalanilleucina
Pentapéptido Ser-Gly-Tyr-Ala-Leu

Una unidad de aminoácidos en un péptido normalmente se denomina

residuo (la parte que queda luego de perder un H+ y un OH- para la
deshidratación).
A cada extremo del péptido se encuentra el residuo amino-terminal y el
residuo carboxilo-terminal.
Los enlaces peptídicos se hidrolizan en una reacción favorable
energéticamente pero que transcurre lentamente debido a una alta Ea. 14
 Péptidos – comportamiento ácido
Los grupos α-amino y α-carboxilo libres en un
péptido se ionizan al igual que en los aminoácidos,
aunque las constantes son diferentes.
Los grupos α-amino y α-carboxilo no terminales
no se ionizan y no contribuyen al comportamiento
ácido-base.
Algunos grupos R pueden ionizarse y contribuir a
las propiedades ácido-base del péptido.
Los péptidos poseen curvas de titulación
características y un pI característico en el que no se
mueven con la presencia de un campo eléctrico.

Calcule el pI de este péptido. Los valores de pKa pueden modificarse en un

péptido pero pueden servir de guía.
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Péptidos – tamaños biológicos
No es posible hacer generalizaciones sobre el peso molecular de los
péptidos y las proteínas biológicamente activas en relación a sus
funciones. Incluso los péptidos más pequeños pueden tener efectos
biológicos importantes.

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Péptidos – tamaños biológicos
Algunas proteínas consisten en una sola cadena polipeptídica. Otras,
llamadas multisubunitarias, tienen dos o más polipéptidos asociados
de forma no covalente.

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Proteínas – clasificación
Muchas de las proteínas naturales contienen únicamente residuos de
aminoácidos y ningún otro constituyente químico. Estas se consideran
proteínas simples.
Otras proteínas contienen
asociados componentes químicos
de tipo no aminoácido. Este
componente químico se denomina
grupo prostético, y en función de
dicho grupo se establece una
clasificación de las llamadas
proteínas conjugadas.
Pueden contener más de un grupo
prostético y dicho grupo juega un
papel fundamental en su función
biológica.

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Proteínas – clasificación
Una clasificación estructural genérica con relaciones funcionales es la
siguiente:
Proteínas globulares: generalmente solubles en medio acuoso, semejantes
a esferas irregulares, asociadas a funciones de transporte, defensa y
catálisis.
Proteínas fibrosas: geométricamente lineales dispuestas a lo largo de un
único eje, de unidad estructural repetitiva, insolubles en agua y asociadas a
funciones de protección o estructural.
Proteínas transmembrana: que poseen una o más regiones que
atraviesan las membranas lipídicas, con funciones principalmente de
regulación, señalización y transporte.

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Proteínas – Función
Colágeno
Estructural

Hormonas
Regulación y
Movimiento
señalización
Función Miosina
y actina

Transporte Catalizadora Enzimas

Hemoglobina y
clorofila
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Proteínas – niveles de estructura
La descripción y comprensión de la estructura de las proteínas,
macromoléculas muy complejas, se aborda en varios niveles
estructurales jerárquicos:

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Proteínas – estructura primaria
 Es la secuencia lineal de los residuos de aminoácidos unidos por
enlaces peptídicos formando una cadena polipeptídica.
 Un péptido puede adoptar diferentes conformaciones dependiendo
de las cadena laterales.
 Sin embargo en condiciones
fisiológicas cada proteína
tiene una única estructura
tridimensional más estable.
 El enlace peptídico es rígido y plano.

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Proteínas – estructura secundaria
Se refiere a la estructura que adopta espacialmente una parte del
polipéptido, como consecuencia de la formación de puentes de hidrógeno.
La hélice α es una conformación rígida y estable que
maximiza la formación de puentes de hidrógeno entre
cada átomo de oxígeno carbonílico y el hidrógeno
amida de un residuo de aminoácido ubicado cuatro
residuos atrás en la cadena.
El centro de la hélice α se encuentra muy
empaquetado, maximizando las energías de asociación
entre los átomos.
Las cadenas laterales se proyectan
hacia atrás y hacia afuera de la
hélice evitando impedimentos
estéricos.

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Proteínas – estructura secundaria
Se refiere a la estructura que adopta espacialmente una parte del
polipéptido, como consecuencia de la formación de puentes de hidrógeno.

Las láminas β son otro tipo de

estructura que maximiza la formación
de puentes de hidrogeno entre el
esqueleto peptídico.
El puente de hidrógeno tiene lugar
entre regiones próximas de segmentos
separados y alineados paralelamente
uno frente a otro.
La formación de puentes de hidrógeno es óptima cuando la lámina está
doblada formando hojas β plegadas.
La lámina β será paralela si los segmentos se encuentran dispuestos en
la misma dirección, o será antiparalela si se disponen en sentidos
opuestos. 24
Proteínas – estructura terciaria
Es el patrón de plegamiento de los elementos estructurales secundarios,
que dan lugar a una disposición tridimensional.
 Esta estructura es específica para
cada proteína y determina su función,
creando lugares específicos y flexibles
de unión de ligandos.
 La regiones de la proteína con una
estructura secundaria definida se
llaman dominios. La estructura
terciaria define las interacciones entre
dominios.
 El plegamiento en la estructura
terciaria está facilitado por
interacciones hidrofóbicas, fuerzas de
Van de Waals y puentes disulfuro
entre cisteínas.
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Proteínas – estructura cuaternaria
Se refiere a las uniones entre las distintas cadenas polipeptídicas que
forman una proteína multisubunitaria.

Solo está presente en proteínas que

constan de más de una cadena de
aminoácidos.
Cada una de las cadenas se denominan
protómeros y existen entonces dímeros,
tetrámeros u oligómeros.
Las subunidades se unen entre sí mediante
interacciones no covalentes tales como
puentes de hidrógeno, interacciones
hidrofóbicas, puentes salinos, entre otros.

Los dímeros (constituidos por dos monómeros) pueden ser

homodímeros si son iguales o heterodímeros si no lo son.
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