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• Rama de Biologíaà estudia interacción entre moléculas esenciales para vida de organismo
• Estructura, función, procesamiento, regulación y evolución de las moléculas
• Busca comprender la interacción entre ciencia básica + medicina + salud pública
• Usos: Vacunas mRNA, Pruebas de parentesco, PCR, Edición del genoma, Dx. enfermedades
DNA
• Niveles de Organización: Átomo à Molécula à Célula à Tejido à Órgano à Aparato / Sistema
• Descubrimiento: Watson + Crick à Descubren estructura à Premio Nobel
o Realidad: Rosalind Franklin, le quitan crédito
® Ácido desoxirribonucleico
® Molécula de vida à en núcleo
® 10.5 pares de bases por vuelta en estructura helicoidal à 2m de DNA por celula
Estructura
• Doble cadena helicoidal, antiparalela, complementaria
• Cadena: Desoxirribosa + Grupo Fosfato + Base Nitrogenada
• Cadena Principal / Sentido: 5´ a 3´
• Cadena Complementaria / Antisentido: 3´ a 5´
• Uniones en Cadena:
o Entre Nucleótidos: enlace fosfodiester
o Entre Cadenas: puentes de hidrógenoà A-T [2 puentes], G-C [3 puentes]
Bases Nitrogenadas
• Purinas: 2 Anillos à Adenina y Citosina
• Pirimidinas: 1 Anillo à Tiamina, Citosina, Uracilo
• Se unen purina + pirimidina complementariamente
• Constante Biológica Universal / Relación de Simetría de Chargaf:
o Concetración de A=T, y G=C à 50% Purinas / 50% Pirimidinas = 1
Otras Estructuras
• Nucleótidoà Base Nitrogenada + Desoxirribosa + Fosfato
• Histonaà Compactan y Contienen DNA en núcleo
o Regulan expresión génica: metilación, acetilación y glucosilación
o H2A, H2B, H3, H4 à 2 de cada una à Histonas Medulares + H1 [Ligadora] à Octamero
o Con carga positiva por Arg + Lys, y DNA carga negativa
Organización
• DNA à Nucleosoma [2 vueltas a octámero de histona = 147pb] à Solenoide à Cromosoma
• Cromosoma es +grado de compactación [46]
• Genes: en cromosoma, espacio entre ellos = intergen, 1,000 en 1 cromosoma
Cromatina
Eucromatina Heterocromatina
Laxo: permite transcripción à transcripción activa Condensadoà transcripción inactivo
Expresado NO Expresado
-Metilación de DNA y +Acetilación de Histonas +Metilación de DNA y -Acetilación de Histonas
+Cerca de membrana nuclear: cerca de poros para +Lejos de Membrana: está en centro, apagado.
que mRNA salga
• Acetilación: baja carga positiva, suelta el DNA = se laxa el DNA à Activa
• Metilación: "topes" que no permiten que se peguen las proteínas para la transcripción à Mute
• Cuando cromatina se ve distinto en células, tienen distinta función
DOGMA CENTRAL DE BIOLOGÍA MOLECULAR
Ciclo Celular
1. G1: crecimiento celular, 11 horas
2. S: síntesis de DNA [replican cromosomas 23=46] y el DNA mitocondrial (37 genes, circular, viene de madre) 8 h
3. G2: revisa que ambiente sea favorable y DNA sea correcto, 4 horas
4. M: mitosis, 1 hora
• Ciclo = 24 horas
• La duración celular varía entre los tipos celula: mucosa [2-6 dias] o piel [7 dias]
REPLICACIÓN
• Generar una copia identica de DNA para hacer una celula desde otra
• Grupos metilos dicen donde no replicar à cuando se replica, la hebra hija no tiene metilación à luego se metila
• Manera semiconservativa: poner lo complementario
§ Se conserva lado parental por helicasa y la hebra hija se reconoce pq no está metilada = se deben copiar
los sitios de metilación para estar madura
§ Si no se metila = no es madura = se transcriben cosas que no se desean= normalmente cancer
• Completa en S.H à 8 horas
INICIACIÓN
1. ORCà Complejo de reconocimiento de origen: 6 proteínas à identifica región AT [caja TATA] para iniciar
2. Replicones: se activan en fase S à dan varios orígenes de replicación
• Cromosoma se divide en muchos replicones
• Patrones de activación regional = replicones vecinos se activan al mismo tiempo
• Velocidad: 2,000 pares de base por minuto
• Cada replicón tiene caja TATA, helicasa, promotores, etc.
3. Helicasa forma Horquilla de replicación: divide cadena en 2 , = burbujas de replicación.
• Hidrólisis de ATP para romper los puentes de H entre los nucleótidos
• *Síndrome de Bloom: predisposición a cáncer, ocasionando por mutaciones en el gen helicasa [BLM]*
4. Se forma cadena líder y cadena rezagada
• Lider: replicación continua por OH libre, solo usa 1 primer
• Rezagada: replicación discontinua, usa fragmentos de okazaki
5. SSBP [proteínas de 1 sola hebra] impiden que se junten las cadenas que ya fueron seprados
• Cadena es complementaria = tiende a uniese
6. Topoisomerasa: desenrolla la héliceà cataliza rupturas reversibles del DNA à hebras roten para evitar nudos.
• Hacen cortes chiquitos para evitar superenrollamientos
• Agentes quimioterapéuticos inhiben topoisomerasa 1 à se acumulan superenrollamientos à apoptosis
Elongación
1. Primasa / DNA Polimerasa Alfaà Crea un Primer de RNA de 8-10pb polimerasa delta: cadena lider
• Necesario para sintesis de hebras hijas polimerasa alfa:hace cadena rezagada
• Complementario a secuencia molde Polimerasa III: procariotas
2. ADN Polimerasa III à se une al primer / iniciador / cebador à incorpora bases de DNA
• Crea Cadena Líder: forma continua poniendo fragmentos de DNA de 5´ a 3´
• Se agregan bases en extremo 3´ OH en hebra hija
• Crea Cadena rezagada: forma discontinua à replica fragmentos = Okazaki y los agrega
3. Polimerasa Con Actividad Exonucleasa de 3-5`
• Corrección de Errores à quita los fragmentos sobrantes de cadena rezagada
• Quita el error en replicación para que no se quede ahí à "Proofreading"
Terminación
1. Se unen proteínas de terminación a las secuencias de terminación
2. Topoisomerasa: hace corte para desenrrollar el ultimo pedazo de Dna
3. Se eliminan los primers de RNA
• Cadena rezagadaà +corta por la eliminacion del primer RNA
4. Se llenan con desoxinucleótidos complementarios
• Procariotas: DNA polimerasa 1 agrega y los corrige
• Eucariotas: DNA polimerasa Delta, rellena espacios donde estaban primers
4. DNA ligasa à une los extremos libres de las hebras hijas
5. Girasa: enrollamiento de cadena
Telómeros
• Secuencias no codificantes de DNA en los extremos 3´ à cubierta de cada extremo del cromosoma
• Secuencia repetidas de 6 pares de base no codificantes à TTAGGG
• Forman capa que protege cromosomas de ataque de nucleasas en replicación
• Previene que extremos de cromosoma se peguen entre si
• Limitan el #veces que celula se puede dividir à envejecimiento reviene la perdida de genes estructurales
• Se desgastan un poco en cada ronda de replicación del ADN.
• Enfermedades asociadas a disfunción telomérica
§ Pérdida de Telómeros [pq no funciona telomerasa] à +riesgo de à Carcinoma en lengua, Leucemia
mieloide, Síndrome mieloide
§ Intermedia perdida de telómeros à Anemia, IBS, Esofago de Barret, Cuci, Crohn
Telomerasa
• Retrotranscripciónà alarga telómeros: +6 nucleótidos à ahora se pueda poner primer à Polimerasa A rellena
• Para que se mantenga longitud en telómeros y no traiga envejecimiento
• Presente en células de: división rápida (mucosas), embrionarias y cancerígenas
§ Células Cancerosas resuelven el problema de no tener extremo 3´. Medientemediante la telomerasa
• Presente en todas las células en división activa y apagada en celulas diferenciadas que ya no se van a dividir
• Si se muta en celulas con division activa, telomeros se acortan gradualmente con cada división
SECUENCIACIÓN
Función
1. Detección de mutacionesà 1+ pb, deleción y diagnóstico de errores
2. Secuenciación de DNA fósiles
3. Secuenciación para obtener información de Virusà para sacar tratamiento, pruebas y vacunas
4. Diagnóstico prenatalà de enfermedades hereditarias o determinar sexo antes de implantación [in vitro]
5. Identificación de especies y control de cruces entre animalesà animal en lab. Para investigar enfermedad
6. Proyecto de Genoma Humano
7. Estudios de relaciones evolutivasà saber riesgo de enfermedad en población según su evolución
® Boom de Era Genómica: en los 2,000 à se empieza a conocer la secuencia del DNA
Antes de Secuenciar
11. Obtener muestra y extraer DNA a partir de cualquier célula nucleada [En sangre = linfocitos]
12. Amplificación: aumenta el #copias del DNA por muchas replicaciones à ahora es visible
o También puede ser introduciendo un plásmido a una bacteria, bacteria replica las copias de DNA
13. Recaudar Información Necesaria: se hacen cortes en la cadena de DNA para leer 500-800 nucleótidos por corte
14. Secuenciación de DNA
NanoPore
7. secuencias mas pares más rápido, pero NO muy preciso
8. Aún más novedoso
9. La cadena de DNA pasa por un nano poro para ir leyendo la secuencia.
o El poro siente el cambio eléctrico de cada base
o Poro que lee a tiempo real la cadena de DNA
10. Mide cambios electromagnéticos de el paso de las bases
11. Es el que menos precisión tiene pero el que más DNA puede leer por minuto
12. Del tamaño de un USB
13. La secuenciación puede hacerse en el instante (por la portabilidad)
14. No necesita ddNTPs
15. Puede leer hasta 1000 pares de bases (el doble que Sanger)
16. Gracias a este NanoPore se terminó para el proyecto de genoma humano y el de telomero a telomero
POLIMORFISMOS
• Variantes genéticas en UN SOLO NUCLEÓTIDO, que se presentan en menos del 1% de la población.
o Polimorfismo no se asocia directo con enfermedad, mutación si
• El 99.9% de la secuenciación de ADN es idéntica entre los humanos y solo varia 1%
• Aproximadamente, cada 1,200 Pares de base ocurre una variación
• Existen alrededor de 10,000,000 variaciones genéticas entre los individuos
• ***CADA polimorfismo tiene su CODIGO DE IDENTIFICACIÓN para saber con que está asociado***
® Risk Modelingà Screening p/saber cuándo es +conveniente hacer pruebas de tamizaje para detectar +enfermos
• Se puede usar para riesgos de enfermedades, biología del cáncer, tratamientos
CÓDIGO GENÉTICO
Características del Código Genético
1. Universal: lo usan casi todos los organismos vivos
2. Degenerado: varios codones / tripletes codifican para un mismo aminoácido
• Ejemplo: GGU, ATG, CAA: codifican para lo mismo para no generar daños en la proteína
3. No ambiguo: Cada triplete tiene su significado
• AGT --> algo específico y nada mas
4. No se sobrelapa: Los tripletes no comparten bases nitrogenadas
5. Unidireccional: Se leen en sentido 5' a 3'
TIPOS
1. Sustitución
• Sustitución un solo nucleótido, no cambia el marco de lectura
• Transición: Purina a Purina [A a G] o Pirimidina a Pirimidina [C a T]
• Transversión: Purina a Pirimidina [A a T] o Pirimidina a Purina [C a G
3. Por Nombre
Silenciosa
• Mutación à Proteína funciona igual à no se ve consecuencia / no cambia
• Codifica para el mismo AA: normalmente involucra la 3º posición del codón
• Para saber si es mutación si proteina sigue igual --> Secuenciar DNA
• Velocidad de síntesis es menor
Sentido Equiuvocado
• Cambia el AA en 2º o 3º posición
• Conservativa si el AA tiene estructura similar: si cambia 1º base del codón, codifica para el AA con = características
• Un AA provoca mal plegamiento
Sin Sentido
• Resulta en un codón de paro prematuro [UGA, UAA, UAG]
o Como son mutaciones= se ven en DNA = se ve con T en lugar de U
o U Get Away, U Are Away, U Are Gone
• Genera proteína no funcional
4. En Sitio de Splicing
• Splicingà cuando se quitan intrones, corte y empalme
• Se mantiene el intrón en el mRNA
• Proteína defectuosa o con función alterada
• Se puede cortar antes o después del intrón y da proteínas alteradas
5. Mutación Anticipada
• Expansión de Nucleótidos à se repiten los nucleótidos
SEVERIDAD DE DAÑO
1. Silenciosa: la proteína está bien, funciona igual
2. Sentido Equivocado: cambia el AA, plegamiento y función alterada
3. Sin Sentido: se para antes de tiempo = proteína trunca
4. Cambio en marco de lectura: inserción y deleción, proteína completamente diferente
IMPLICACIONES CLÍNICAS
Por Cambios en Marco de Lectura
• Distrofia Muscular de Duchenne à Distrofina
• Tay-Sacks
o Autosómica Recesiva: Hexosaminidasa-A
o Neurodegenerativa, Debilidad muscular, cambios cognitivos, hipersensibilidad a los estímulos
Tipos
Daño en 1 Cadena
o Puede usar la otra cadena como molde para reparar la dañada
o Por: ruptura en 1 cadena, mal apareamiento de bases, incorporación de U al DNA, oxidación de DNA
Daño en 2 Cadenas
o Causa: daño cromosómico, arresto de mitosis, muerte celular o mutación
Respuesta
® Proteínas sensibles al DNA Activan
o P53 [apoptosis]
o Check Points del Ciclo
o Moléculas de relacion de DNA
o Transcripción de genes para que afirmen que esta en peligro
® Antioxidantes: Protegen al cuerpo de la oxidación constante que causa daño en la cadena
2. Exición de Nucleótidos
o Fase G1 à luz UV, Rayos X, Agentes Anti-Tumorales
o Defectuoso en Xeroderma Pigmentosos= propenso a cancer de piel
o Aquí se hace la reparación de daño de luz ultraviolesta, donde hay dimeros de timina
o Endonucleasa libra oligonucleótidos dañados [7 en extremo 5´ y 3´en el 3´ al daño]
o DNA Polimerasa y Ligasa llenan vacio
3. Reparación de Discordancia
o Fase S
o Se quitan nucleótidos no metilados de la cadena nueva y se llena y sella el vacío
o Defectuoso en Sindrome de Lynch: cancer de colon no asociado a poliposis
En 2 Cadenas
1. Recombinación Homologa [HR]
o Requiere 2 cadenas homologas de DNA
o La cadena dañada es reparada usando la cadena intacta como plantilla
o No hay perdida de nucleótidos
o Defecto en mutación BRCA1: cáncer de mama
2. Finalización No Homóloga [NHEJ]
o Une 2 fragmentos de DNA para reparar rupturas de la doble cadena
o +Peligrosa porque puede haber perdida de información importante / DNA
o No requiere homóloga
o Hace propenso a cáncer y envejecimiento temprano
o Defectuoso en Ataxia-Talangiectasia
Estrés Oxidante
• Un biomarcador del daño oxidativo del DNA es la concentración sérica de 8-Hidroxi-20-Deoxiguanosina
• Se ha encontrado elevado en diabetes y obesidad
• 8-oxoguanina es uno de los daños más frecuentes del estrés oxidativo y resulta un apareamiento con adenina
• El estrés oxidativo acorta los telómeros
• +Concentración sérica de 8-Hidroxi-20-Deoxiguanosinase à +fibrilacion auricular = Sangre se Coagula
Características
• DNA debe estar laxo eucromático y desmetilado à histonas acetiladas para que DNA se pueda unir
• Solo se transcribe gen
Cadenas en Transcripción
• Cadena Molde / Antisentido / Cadena 3´-5´: se copia para formar RNA
• Cadena Codificante / Sentido / 5´-3´: la que se forma complementaria
Genes
• Regulan sintesis de proteinas
• Controlan funcion celular
• Genes hacen proteinas especificas para cada region y hacen una expulsion especializada
Región Anclaje de factores de transcripción para saber dónde va a iniciar la expresión del gen
Promotora Tiene caja TATA / CAAT: secuencias ricas en AT
Para que factor de transcripción lo reconozca
Región 5´ UTR Untranslated Región
Región Transcrita pero NO Traducida à Región que se va a copiar
No codifica para aminoácidos
Es todo lo que está antes de metionina (AUG) y después del promotor.
Empieza con ATG
Región Secuencia entre codón de inicio y codón de paro
Codificante Codón de Inicio: ATG [en RNA es AUG]
Codon de Paro: TAA. TAG y TGA. [UAA, UAG, UGA en RNA]
Señal de Cola Poli-A: marca que ya llego fin del gen
Poliadenilación En región 3´ UTR: se da Poliadenilación [AATAAA]
En mRNA: +largo = +estable
Intrones Regiones codificinates
Inicia con GT y termina en AG: líneas punteadas “donde cortar” para dejar exones
Exones Tiene Eucromatina y se Expresa
A partir de el se hacen proteínas
Tipos de RNA
• Mensajero: dirige sintesis de proteínas
• Ribosomal: construye ribosomas y es el +abundante
• Transferencia
o Se une a un AA para que se incorpore a la proteina en formacion
o Llevan un AA a un anticodon especiífico para su traducción
RNA POLIMIERASAS
• RNA POIMERASA 1: para RNA ribosomal, en nucleolo
• RNA POLIMERASA 2: para ,Rna y RNA nuclear pequeño (snRNA), en nucleoplasma
• Enzima encargada de formación de mRNA
• 1º paso de expresión del genoma
• Usa DNA como plantilla para hacer cadenas de RNA complementario
• RNA POLIMERASA 3: para tRNA y rRNA, en nucleoplasma
• Hongo Amanitina puede inhibir las RNA Polimerasas
FASES DE TRANSCRIPCIÓN
1. Iniciación
• Se reconoce región TATA, y se unen proteínas de unión
• Se empiezan a resultar diferentes Factores de Transcripción para formar Complejo Pretranscripcional PIC
• Se une RNA Polimerasa 2 al PIC para hacer la transcripción
2. Elongación
• RNA Polimerasa 2 separa las 2 cadenas, para usar plantilla para sintetizar la cadena de RNA
o Se copia la cadena de 3 prima a 5 prima porque la RNA polimerasa corre de 3 prima a 5 prima
o **Si RNA polimerasa corriera en camino de vida, debería de ir en fragmentos**
o Hebra 3-5´ à molde
• La cadena que se forma va de 5-3 prima
3. Terminación
• Hay factores de terminacion cuando llega a cola de timinas (en region 3´ UTR) que estan señaladas
• El RNA y DNA se liberan
• La polimerasa se puede reciclar y reiniciar la transcripción
MADURACIÓN DE RNA
1. La 1º cadena de RNA que se forma es: RNA Heterologo Nuclear (hnRNA) es el primer transcrito
o Es un Pre-RNA, recién transcrito
2. Splicing / Corte y Empalme
o Se quitan intrones entre espacios GT-AT
o Dado por proteínas Espliceosoma: se juntan los exones, queda intrón como vesícula y después se corta
• Cortes de intrones son simultaneos
o Quedan exones à regiones codificantes
o Pre-mRNA se convierte en mRNA maduro
o
3. Se forma une casquete 5 prima y una cola de poli A larga (aprox. 200 A) à mRNA es maduro
4. Ya maduro sale por poros nucleares a citoplasma para ser traducido
SPLICING ANORMAL
• Splicing Anormalà Informacion para produccion de proteinas inadecuadaà proteinas aberrantes e isoformas
Causa
1. Alteraciones en ciclo celular: Señalización proliferativa mantenida
o Evitar: suspensores de crecimiento o muerte celular
o Replicacion no regulada
o Inmortalidad
o Induccion de angiogenesis
o Invasion,Metástasis o Melanoma
2. Síndrome de Marfan
3. Beta-talasemia
SPLICING ALTERNATIVO
• A partir del exon se puede hacer proteinas diferentes pero del mismo tipo
• Splicing alternativo esta regulado desde antes
TRADUCCIÓN
Ribosomas
• Ribonucleoproteínas compuestas por RNA y prote´ínas
• Dentro está contenido el rRNA
• Antibiotico sabe llegar a ribosoma de bacteria porque diferencia subidad grande de la bacteria
• Partes:
o Sitio A: aceptor, llega tRNA y ve si embona con el mRNA = avanza a sito p
o Sitio P: pepidil
o Sitio E: sale rna de transferencia
Procariotas Eucariotas
Subunidad Grande 50s Coeficiente de sedimentación Pares
Subunidad Chica: 30s S. Grande 60s: túnel de entrada/ salida del tRNA, donde
sale el péptido que se forma
Total= 70s S. Chica: 40s: túnel del paso del mRNA
Nones Monocitrónicos: RNA tiene 1 marco de lectura= 1 proteína
Polisincrónicos puede leer +1 rna = +1 marco de lectura Total: 80s
POLIMERASAS
• RNA POIMERASA 1: para RNA ribosomal, en nucleolo
• RNA POLIMERASA 2: para ,Rna y RNA nuclear pequeño (snRNA), en nucleoplasma
• RNA POLIMERASA 3: para tRNA y rRNA, en nucleoplasma
Ribosomapatias
• Todo el ambiente celular se daña si estan lesionados o dañados los ribosomas
o Daña DNA, síntesis de proteínas, exceso de activación de proteasomas [se acumula daño celular]
• Alteraciones en algunas de las subunidades ribosomales = errores en traducción
o Diamond Blackfan Anemia, Treacher Collins {wonder}, Disceratosis Congénita
• +Riesgo de cancer: porque hay:
o Activación de P53
o Menos Ribosomas funcionales = -capacidad de traducción = proteínas disminuidas o erróneas = cáncer
o Ribosomas disfuncionales: alteraciones en traducción y transcripción de ciertos genes
Rna de transferencia
• RNA polimerasa 3 los produce
o RNA mensajero se lee de 3 en 3 y hay región en la ARNt llamado anticodon, que debe ser
complementario al mRNA
• El anticodón está en el extremo opuesto al extremo 3’ AA
o Todos los tRNA tienen un CCA en el extremo 3’
o El aminoácido se une de forma covalente al extremo 3’
• Brazo T: tiene la secuencia para la unión del tRNA con el ribosomasà entrada del ribosoma
• Brazo D: contiene los residuos para el reconocimiento por la aminoácido tRNA sintetasa
• Aminoacil tRNA sintetasa:
o Cataliza el acoplamiento de tRNA-anticodón-AA usando 2ATP= pegar el AA correspondiente al tRNA
o Sintetiza una enzima unica para cada AA
o Une el aminoacido al tRNA y verifica que no haya errores --> si hay error el AA se hidroliza
o Comete 1 error en cada 40,000 asociaciones
• Se van a tener 61 tRNA funcionales y 64 en total contando codones de paro e inicio
¿Cómo se sintetiza el RNA de transferencia?
• No se sintetiza con el AA correspondiente = se hace como una proteína normal y luego se le agrega el AA para
que sea maduro
• El nombre de la tRNA sintetasa cambia según el AA: Metionina tRNA sintetasa, etc.
1. Entra en AA en la TRNA Sintetiza y ATP
2. Entra tRNA a la enzima
3. Toma 2 fosfatos del ATP pega el tRNA con el AA = queda maduro y sale AMP
PROCESO DE TRADUCCIÓN
• Todo pasa +/- a 22 AA por segundo
Iniciación
• Identificación del codon de inicio: [es cercano al casquete 5 prima]
1. Factores de iniciación (eIFs): identifican el 5´cap o la secuencia interna de entrada a los ribosomas (IRES) en la
región 5´ UTR = AUG de inicio
2. Los eIFs ayudan a ensamblar la subunidad chica ribosomal con el tRNA inicidaor
3. Termina cuando se ensambla la cadena. Grande
4. Usa ATP
Elongación
• Se añaden los AA
1. Decodificación: el tRNA aminoacil se une al sitio A [excepto metionina] y usa GTP
2. Formación del Polipéptido: rRNA (el ribosoma) cataliza la formacion de la union peptidica y transifiere los
polipeptidos en formacion al AA en el Sitio A
a. Es por prueba y error: trae varios codones y ve cual embona
3. Translocacion: el ribosoma avanza 3 nucleotidos hacia extremo 3 prima del mRNA, moviendo el peptidil tRNA al
sitio p
• *AA que están cerca en la tablita, tienen una función similar = no cambia conformación de la proteína*
Terminación
• Liberación de la cadena peptídica
1. El factor liberador reconoce el codon de paro: UAG, UAA, UGA
2. Se libera el polipéptido del ribosoma
a. Se desensamblan las subunidades ribosomasles
b. Sale tRNA por E
3. Usa GTP
Plegación de la proteína
• Cuando se libera la cadena peptídica, debe ser doblada en APARATO DE GOLGI
• Si una proteína no esta doblada, no es funcional
• Si proteína no está bien doblada, se activa la via de las proteínas desdobladas = se va al proteasoma y se degrada
o Estrés del RE: cuando se acumulan proteinas desdobladas y trae enfermedades
o Demasiado estrés = deja de hacer proteínas = cancer = muerte
REGULACIÓN GÉNICA
• Siempre ocurre transcripción y traducción en muchos genes
• Proteínas Externas: se sintetizan en RER hasta llegar a AG donde se empaquetan para sacarlo de la celula
• Proteínas Internas: se sintetizan solo en RER y se quedan en citoplasma
Regulación
• Capacidad de prender y apagar los genes según lo que necesita la celula
• Los patrones de expresión de genes son muy complejos
• Hay variación entre:
• Genes transcripcionalmente encendidos / activos
• Genes transcripcionalmente apagados / inactivos
• Algunos genes se transcriben durante el inicio del desarrollo y algunos solo en presencia de enfermedades
• La mayoría de los genes se encuentran apagados.
• Genes "housekeeping": regulan citoesqueleto y mantienen integridad de celula
• Hay células que simplemente por su forma, nunca van a expresarse de cierta forma
• Si se ven distintas = hacen proteínas distintas = se expresan diferente
• Si HAY una celula físicamente distinta es porque está expresando otros genes
• Hepatocitos y neuronas se ven distintas porque expresan distintos genes
• La expresión comienza desde la fecundación con la diferenciación celular:
Silenciación de Genes
• Grupos Metilo
• SAM: principal donador de grupos metilo à S-Adenosinmetionina
o SAM es producido por Vitamina B9 = Acido Fólico
o Acido folico se convierte activo gracias a MTHFR: metil tetra hidro folato reductasa à enzima para pasar
de acido folico a la forma activa del folato que es el 5-Metil-THF
• 70% de la poblacion mexicana tiene polimorfismo que hace que el gen funcione menos à no hay
acido folico
• Mujeres con este polimorfismo se recomienda tomar 4mg
o Se recomienda consumo de acido folico en embarazo de 400microgramos / 0.4 miligramos
• Si el 70% de mujeres tienen el polimerfismo, le dan directo 4mg de acido folico o Metil Folato [la
enzima activa, 0.4mg en vez de 4mg]
o Acido folico se reserva en higado y dura aprox 3 meses à por eso se debe de tomar 3 meses antes
o Homosisteina causa vasoconstricción con la vitamina b12 y acido folico, se va esta sustancia a
degradación para prevenir la vasoconstricción que traira hipertensión.
o En embriologia es muy importante porque se están prendiendo y apagando genes = es importante tener
acido folico = sam = metilar
o Falta de acido folico = defectos tubo neural
• MTHFR --> ACIDO FOLICO --> SAM --> METILACIÓN
Regulación pretranscripcional
• Va a decidir si un gen se transcribe o no
• Se desenrolla DNA à se separa de histonas à se hace transcripción
• PRIMER PASO DE EXPRESIÓN GENICA: Cambios conformacionales en la cromatina
• Histona H3: promueve la compactación de la cromatina e inhibe la transcripción
• La acetilación provoca que las histonas:
o Pierdan su carga positiva: histonas se acetilan en las a colas de Lys {H3 es la que tiene estas colas}
o Liberan al DNA del nucleosoma
o Evita que las fibras de cromatina se plieguen
o Dejan expuestos segmentos de DNA para que sean reconocidos por los factores de transcripción
• DNA debe estar desmetilado
Trastornos Intersexuales
• XX = Mujer à X activo + 1 cuerpo de Barr
• XY = Varón à X activo + Y
• XXY = Varón con Klinefelter à X activo + Y + Cuerpo de barr
• XXX = Mujer con Triploidia X à X activo + 2 cuerpos de Barr
Relevancia Clínica
• Problemas en regulación epigenética puede terminar en cancer, alzheimer, progeria.
Regulación Transcripcional
Elementos
• Elementos Cis
o Parte del gen a la que regulan la transcripción y expresión de ese mismo gen
o A estos elementos se les unen los elementos Trnas-
® Promotor: ricos en AT, se le une ARN Polimerasa para iniciar transcripción
® Enhancer: secuencia reguladora de la transcripción que puede estar lejos del promotor (rio arriba)
• Da apoyo para que el promotor pueda favorecer la expresión del gen
® Silenciador: reprime expresión de genes yRiono forma parte del
arriba delGenenhancer, más lejos
• Elementos Trans
o Factores de transcripción unidos al DNA en su secuencia blanco à no es parte de DNA y se ancla
o Estos son los que regulan a los elementos Cis: se unen a ellos para activarlos o inhibirlos
o Factores de Transcripción, Proteína de Unión a Caja TATA (TBP)
o Factores de Transcripción Generales
• Sirven para cambiar la expresión de muchos genes
• Se unen al promotor junto con la RNA polimerasa
o Factores de Transcripción Específicos
• Se unen a los sitios reguladores en genes específicos para lograr su transcripción
• Específicos para el gen que quiero transcribir
Afectada por
Afectada por Interviene en
CANCER
• Se acompaña de cambios a la metilación (en citosinas) del DNA
• Un DNA que de forma global esté hipometilado va a dar riesgo a cáncer
Biopsias Líquidas
• Para la detección de manera temprana de cáncer es con muestras de sangre, heces u orina con biopsias líquidas
• La metilación del DNA puede servir como biomarcador temprano de detección de cáncer y de monitoreo del tx.
o Hay DNA libre en la sangre: se puede saber que tan metiliado o desmetilado está para saber si hay cancer
o Se miden elementos en la sangre para determinar si px tiene probabilidad de padecer cancer.
o Biopsias liquidas permiten saber marcadores para determinar cancer
• La hipometilación de DNA:
o Favorece inestabilidad del genoma
o Es muy cansado para la célula
o Segregación alterada de los cromosomas durante la división celular
o Activación errónea del genoma
o Es muy malo tener muchos genes activos
• Hipermetilación de DNA
o Hay genes apagados que se necesitan para combatir células cancerígenas
o Puede llevar al silenciamiento de supresores de tumores clave o regiones reguladoras del genoma
llevando a desrregulación de la división celular o respuesta alterada al tratamiento
Regulación Post transcripcional / Pre traduccional
• ¿Qué puede ocurrir para que el ARN mensajero no se convierta en proteína?
• Hay muchos tipos de RNA, se clasifica si son codificantes o no codificantes:
® Codificante: codifica a una proteína à mRNA
o mRNA tiene cola poli A y cap 5´
o 2% del RNA que tenemos
® No Codificante: no codifica a proteína, solo regulan
o 98% del RNA que tenemos
o Se subclasifica en: RNA Ribosomal, RNA de Transferencia, Micro RNA (RNA pequeño no codificante),
LncRNA (RNA largo no codificante), RNA silenciadores
MicroRNA
• RNA pequeños de interferencia, producto de genes no codificantes en intrones o UTR
• Sintetizados por RNA Polimerasa 2 y son secretados en vesiculas extracelulares y exomas
o Se producen en todos los fluidos y viajan en todos los fluidos: saliva, bilis, LC, sangre, etc.
o Localización: Regiones Exónicas (8%), Regiones Intergénicas (52%), Regiones Intrónicas (40%)
• Tiene 22 nucleótidos de largo
• Disminuyen expresión de mRNA: Reprimen la expresión de ciertos genes
® Se unen al mRNA en auge de inicio à mRNA se puede ir a represión transcripcional (puede ser reversible)
O el mRNA se va a degradación à impide que se codifique a proteína à inhibe expresión de un gen
o Necesitan región semilla: secuencias complementarias con mRNA para bajar su expresión (6-8 pb)
o Si hay 22 pares, y solo 6 son 100% complementario no es tan específico
o MiRNa aumentado = menor síntesis de una proteína
Regulación
• La estructura y las secuencias regulatorias en el mRNA son las que determinan el destino de la traducción
• Principalmente ocurre en iniciación y permite responder rápido al estrés
• Pasos
1. Promueven iniciación de la traducción: reconoce estructura 5´ cap y Cola de Poli A
• La traducción comienza cuando las subunidades pequeña del ribosoma reconoce el codon de
inicio (AUG) en mRNA
2. Median el inicio de la traducción independiente a 5´ cap
• Secuencias internas de entrada al ribosoma (IRES = sitios de entrada al ribosoma)
• IRES ayudan a que se ensamblen los ribosomas: para que se acoplan primero reconocieron 5´ cap
• IRES:
§ Su secuencia nucleotídica está en el extremo 5´ UTR
§ Van a formarse especialmente en células en estrés para acoplar rapido a ribosomas
3. Disminuyen traducción del ORF principal: uORFs: upstream open reading frame
4. Bloquean la iniciación
• El mRNA se pliega en forma de horquillas (no debería) por lo que va a ser imposible que se le
peguen ribosomas
• Los nucleótidos vecinos participan en el reconocimiento (en bacterias se conoce como secuencia Shine Dalgarnon
mRNA procariotas y secuencia Kodak en eucariotas)
o Secuencias para reconocer el codon de inicio:
o Shine Dalgarno(procariotas-bacterias): AGGAGG- delimita dónde se encuentra AUG. Se encuentran antes
del codón de inicio
o Secuencia Kozak(eucariotas): ACCAUGG. Entre el codón de inicio
Reconocimiento Deficiente
• Si el reconocimiento es deficiente, la subunidad ribosómica ignora el 1º codón AUG y salta hasta el segundo o el
tercero (búsqueda de escape)
• Búsqueda de escape: estrategia para producir 2+ proteínas diferentes a partir de un mismo mRNA
• Mecanismos de rescate se usan si:
o Errores en la síntesis de proteína
• Falta de aminoácidos
o Terminación prematura de proteínas
o Daño a mRNA
o RNAsas
o Modificación de marco de lectura
o No se lee el codón de término
o Paro de traducción
Regulación Postraduccional
• Proteína después de traducirse se encuentra lineal, se debe plegar
Modificaciones Postraduccionales
• La expresion de un gen termina hata la generacion de una proteina maduyra y activa
• Para que una cadena polipeptidica sea una proteina activa debe sufirir cambios
3. Modificaciones Químicas: algunas proteínas necesitan que se les una un elemento quimico por uniones
covalentes para poder funcionar
o Adición de diferentes grupos quimicos a cualquiera de los AA que conforman una proteina
o Sin la adición de estos compuestos la proteína no sería madura ni funcional
A. Alteraciones Covalentes:
Fosforilación Señalización de activación o inhibición
Casi siempre reversible: cinasas fosforilan con ATP y fosfatasas desfosforilan
Se fosforilan los AA: SERINA, TREONINA y TIROSINA
Ocurren como mecanismos de regulación metabólica “Switch”
Clave en regulación del: ciclo celular, crecimiento, apoptosis, rutas metabólicas
Acetilación Regulan expresión génica
Principalmente en colas de lisiina de histonas para regular grado de compactación de cromatina
Se hace también la metionina de inicio
Acetiltransferasas hacen los cambios
Metilación Regulan expresión génica
Ocurre en nitrógenos y oxígenos à +comun es en Islas CGP en Citosinas
Aumenta capacidad hidrofóbica de proteínas
Mediado por Metil-Trasferasas
Principal donador de grupos metilo: SAM à de ácido fólico
Acilación Agrega grupo acilo à ácido graso
Para localización y señalización celular de las membranas
Aumenta hidrofobicidad de proteínas y les da punto de anclaje
Localiza proteínas de membranas de organelos, vesículas y membrana
Afecta cadenas laterales (serina / treonina) / extremos de proteina
Glucosilación Agrega glucosa para ver donde se debe ir una proteína y como debe ser secretada / no
Tiene efectos en plegamiento de las proteínas, conformacion, distribucion, estabilidad y
actividad
Depende de la cantidad de glucosa disponible
No en procariotas
Frecuente en proteinas de membranas y secrecion
hbA1c: hemoglobina glucosilada; hbA1: no glucosilada à se mide %hemoglobina glucosilada en
3 meses (vida media de eritrocitos) à normal -5.7%, diabetes +6.5
Hidroxilación Incorporar grupos -OH a proteínas en aminoácidos (prolina y lisina)
Depende de Vitamina C como cofactor
Importante para síntesis de colágeno
Mala Hidroxilación à Escorbuto: -Vitamina C = no se hidroxila colágeno = no madura
Ubiquitinación Señal de degradación de proteína por adición de polipéptido de 76 A.A
Proteínas mal plegadas à ubiquitinizadas à reconocidas por proteasoma à las degrada
Funcionamiento Anormal: en parkinson, alzheimer (acumula prot. B-amieloide) y cancer
No sirve proteasoma: se acumulan proteínas neurotóxica à celula o sirve à estrés oxidtivo
Diabetes: se acumulan proteinas amieloides (prot, cadena 2º) = entorpece que se libere insulina
Sulfatación Modula Interacciones
Anclas GPI Fija enzimas y receptores a membranas
BLOTS .
® BLOTS: Southern (DNA), Nortern (RNA), Western (Proteínas)
• Todas usan electroforesis com técnica de separación
1. Electroforesis
• Todas las técnicas de Bloting necesitan electroforesis para poder separar por peso y tamaño
o Bandas: abajo (+chico y -peso) y arriba (+grande y +peso)
o Bandas: gruesas (hay mucho de ese tamaño), delgadas (hay poco de ese tamaño)
• Gel en Electroforesis: siempre corre de negativo a positivo por la carga del DNA / RNA
o Southern y Northern: Gel de Azarosa
o Western: Gel de Poliacrilamida
a) Separación por tamaño y carga
b) Analizar DNA / RNA (horizontal) o Proteinas (vertical)
c) Técnica: poner muestra en gel à gel se pone con buffer à poner corriente eléctrica à corriente separa moléculas
• Dejas correr gel: poco tiempo à moléculas pegadas, mucho tiempo àse separa
2. Transferencia
• Todos requieren esta transferencia à se pasa lo que está en el gel a una hoja porque el gel rompe fácil
• Northern y Southern: transferencia por capilaridad
• Western: transferencia electrophoretica: se le debe poner electricidad para que se de la transferencia
4. Métodos de Detección
• Para relevar las proteínas
• Southern y Northern: Rayos X, Colorimetría, Quimioluminiscencia à se ilumina banda que quiero analizar
• Western: Colorimetría y Quimioluminiscencia à identifica proteínas que no son propias
SOUTHERN BLOT
• Detecta secuencias de DNA específicas en sangre o tejido
1. Usa una enzima de restricción para cortar la muestra de DNA en fragmentos y se separan por electroforesis
2. Fragmentos se transfieren por capilaridad a una membrana que se expone a un marcador radioactivo o químico
3. Se incuba con una sonda que hibridismos con el DNA blanco
4. Se revela = iluminación de las bandas de interes
Aplicaciones
® Para detectar cambios en la metilación de genes o detectar mutaciones del DNA (deleción, duplicación, rearreglo)
® Forenses
® Identificar mutaciones relacionadas con enfermedades y diagnóstico de enfermedades genéticas
® Identificación de biomarcadores genéticos específicos
® Cromosoma Philadelphia: traslocación balanceada entre cromosoma 9 y 22à se fusionen genes BCR del 22 con el
gen ABL del cromosoma 9. Se relaciona a: Leucemia: Mieloide Crónica, Linfoide Aguda, Mieloide Aguda
NORTHERN BLOT
• Detecta secuencias de RNA específicas en sangre o tejido
• Como Southern, pero usa RNA en lugar de DNA à en lugar de usar Timinas, usas Uracilo
• Pasos
1. Separar muestras de RNA por electroforesis
2. Transferir fragmentos de RNA a una membrana
3. Se expone una sonda complementaria
4. Se ilumina para ver las bandas
• Usos
o Para ver que tanto se expresa o se transcribe un gen
o Se usa para evaluar la cantidad de RNA (RNA mensajero)
• Usos
o Identificar anticuerpos
o Diagnóstico de Enfermedades Infecciosas:
• VIH, Lyme o Ricketsia
• Para lyme, 1º hace ELISA, luego se confirma con westernblot porque es más específico
o Identificar proteinas anormales y anticuerpos
• Enfermedad por priones, Distrofia muscular, Autoanticuepros
ELISA .
• Imnunoensayo ligado a proteinas
• Detecta y evalúa anticuerpos en sangre
• Para diagnosticar: VIH, Lyme, Rotavirus, Sifilis, Carcinoma, Toxoplasmosis, Zika, Varicela
• Mucho más rapida que blot
• +Sensible que Específico à detecta +cantidad de enfermos posibles
MICROARREGLOS .
• Sirven para ver muchas secuencias de DNA al mismo tiempo
• Chips: placas, con hoyos donde tienen oligonucleótidos complementarios al DNA
o Si está presente el gen, se une de forma complementaria
o El gen que se une es el que se tiñe
• No es Cuantitativo
• Para evaluar la expresion diferencial entre 2 muestras, o evaluar muchos genes en poco tiempo y poco dinero
• Se puede hacer con DNA o RNA: si es extracción de RNA se debe pasar a DNA à siempre se trabaja con DNA
Componentes Necesarios
1. Plantilla de DNA
2. Primers/oligos: los oligos son diseñados para tener como blanco una secuencia específica
3. Nucleótidos libres à dNTPs: Nucleótidos Sintéticos
4. DNA polimerasa à TAQ DNA Polimerasa
o DNA Polimerasa debe ser termoestable, por lo que viene de bacteria de Heiser
5. Un Termociclador para el procedimiento
Procedimiento
• Para amplificar el DNA o Rna se requieren ciclos repetidos: 30-40
1. Desnaturalización de plantilla de DNA: cadenas de DNA se separan con temperatura à 2 cadenas independientes.
o A con T (2 puentes) y G con C (3 puentes), como G y C tienen + puentes, es +difícil separarlos = +energía
2. Reconocimiento del primer (señala dónde inicia para que Polimerasa lo reconozca) específico a 1 cadena de DNA
o 50-65°C los primers se unen en el extremo 3’ de la cadena plantilla del DNA
o Si se hace con RNA hay que hacer retrotranscripción
• Grado de Autocomplementariadad de Primer: cuanto se pega el primer a si mismo = no sirve pq no se pegaría al DNA
• Productos de primers "unnintended": si el primer se une a otra parte del DNA que no querías
Usos
• Pruebas de Paternidad, Ge notificación, Secuenciación, Forense, Identificar Mutaciones
• Reconoce oncogenes alterados para dar un tratamiento dirigido
• Tipificación de un tejido antes de un trasplante de órganos para saber si son compatibles
• Diagnóstico de enfermedades infecciosas: VIH, SARS-CoV-2, Influenza, Mycrobacterium, Lyme
• Detectar genes que codifiquen para resistencia a antibióticos
Ventajas
• Rápido + Barato+ Facil
• MUY Específico (si tiene primer bien hecho) y Sensible (requiere poca muestra)
• DNA se replica exponencialmente à puede hacer millones de copias
• No necesita bacterias sin extracción de DNA
Desventajas
• Extremadamente sensible pasa a predisposición a errores por contaminación con RNA o DNA
o Por ser tan sensible, puede amplificar DNA o RNA que no querías
• Los primers/oligos requieren información de la secuencia (sólo genes identificados)
• Los primers/oligosse pueden unir a otras secuencias similares y amplificar otro gen
• Formación de dímeros de los primers/oligos
Curvas en PCR
• Se ven curvas en las gráficas de PCR: mientras antes comienzas a amplificar, entonces tendrás +copias
• Mientras menos amplifica = MAS carga viral: empezó con más copias por lo que amplifico rapido en pocos ciclos
TECNOLOGÍA DE DNA RECOMBINANTE Y TERAPIA GÉNICA
DNA Recombinante (rDNA)
• Tecnología que usa enzimas para cortar y pegar DNA en secuencias de interés
o Enzimas de Restricción: cortan DNA en secuencias palindrómicas = se leen igual a la derecha / izquierda
o Cada enzima de R. reconoce una secuencia palindrómica específica
o Tipos de Cortes: cohesivos / pegajosos (el que quieres) o romos (completo a la mitad)
• Generan moléculas de DNA uniendo material genetico de diferentes fuentes
• Se puede manipular genoma por introducción de 1+ nuevos genes para disiminuir o bloquear su expresión
• Piezas de DNA pueden usar bacterias o levaduras para hacer copias del mismo
o Es util para sintetizar hormonas de uso humano: insulina, hormona de crecimiento, eritropoyetina, etc.
• El DNA insertado se replica como propio = Clonación
Pasos
1. Enzimas de Restricción / Endonucleasas: cortan el DNA en regiones palindromicas, por cortes cohesivos
o Los cortes deben ser por la misma enzima del rDNA para que sea complementario
2. Los fragmentos del DNA se unen al vector por una ligasa
o Plásmidos: vector +comun à DNA circular movil, que es distinto al del nucleo
3. Se introduce el vector al organismo que me interesa
4. El organismo produce muchas copias ya incluyendo ese DNA insertado
5. Se seleccionan las clonas (colonias de bacterias) con el fragmento de DNA para cosecharse
o Se le debe además poner un gen de resistencia: para identificarlo
o Se usa LD, LD+A (Gen de resistencia a Ampicilina) = solo quedan las resistentes a la ampicilina; las que no
se recombinan siguen siendo sensibles a la ampicilina (se van a morir porque no son resistentes)
CRISPR / CAS-9
• Instrumento (barato y rápido) para edición del genoma humano que permite un splicing selectivo del DNA
• Se origina a partir del Sistema inmune de las Bacterias
• Componentes
o Secuencias Repetitivas de ADN
o CAS: Crispr Asociated Proteins: cortan el DNA
• Debes conocer la secuencia del gen: si no lo conecoes, no podrás modificarlo
• Pasos
1. Utilizar un RNA guía
2. CAS-9: Corta una región específica del RNA
3. Reparación homologa dirigida, diseñando e insertando el fragmento de DNA que quiero como molde
• Celula reconoze el fragmento que introduciste como el homólogo para hacer una copia y reparar
el DNA dañado
• *Si solo quiero quitar un fragmento de un gen, no introduzco otro fragmento de DNA y solo se
repara por reparación no homóloga*
• USOS: Inmunoterapia contra cancer (2016: alteran globulos blancos para reconocer células cancer), Mosquitos
Transgénicos (2018: combatir anófeles = altera sistema = no fue beneficioso)
VECTORES
• Vehículo (virus/ plásmido) que lleva 1 secuencia de DNA a 1 hospedero para procedimiento de clonación
• Vector puede asistir: Multiplicando, Aislando o Expresando DNA foráneo
• Permiten que se propague el DNA de interés y hace copias de RNA
• Funcionan gracias a que tienen 2 genes que los hacen resistentes a ciertos antibioticos
Tipos
a) Plásmidos
o DNA movil de bacterias para que bacterias se comuniquen entre si y se pasen la resistencia a antibióticos
o Se pueden manipular en el laboratorio
b) Bacteriófagos
o Virus que infectan de manera normal a las bacterias à como LAMDA
o Portan información genética que puede darle a la bacteria nuevas propiedades
o Se usan cuando quiero fragmentos + grandes de DNA (hasta 25,000 pb)
o Se modifican genéticamente: añaden sitios de restricción específicos y borran genes no necesarios p/ replicación
c) Cósmidos
o Vectores hibridos donde se combina el DNA de un plásmido con el bacteriófagos
• De plásmido se toma el gen de resistencia a antibioticos
• De bacteriofago: permite empaquetar el DNA de forma circular de forma eficiente
o No se replicanà Se replica independientemente del genoma bacteriano y no forma partícula virales
o Usado para analizar fragmentos grandes de DNA à hasta 45,000 PB
d) YAC
o Cromosomas Artificiales de Levaduras para almacenar + informacion.
• De Expresión
o Producen un transcrito (RNA) o la proteína producto de ese transcrito
o Plásmidos o bacteriófagos
o Tienen la maquinaria necesaria para llevar a cabo la expresión (transcripción y traducción)
o Promotor Inducible: región en donde se va a unir la polimerasa
• Operones: genes que puedo activar/ desactivar según del sustrato en que están presentes
o Secuencias para señalar que ahí está auge de inicio à Shine-Dalgarno (procariotas) o Kozak (eucariotas)
Clonación Molecular
1. Es el proceso de generar moléculas idénticas de un organismo, célula o secuencia de DNA
2. La clonación molecular se utiliza para amplificar secuencias deseadas de DNA
Pasos de Clonación
1. Se aísla la secuencia: se hace un corte cohesivo / pegajoso
2. Se inserta en un vector: usar bacteria como maquina fotocopiadora del DNA que quiero
3. Se introduce en un hospedero adecuado
3. Se introduce con un choque de calor a las bacterias
4. Cada vez que se replica el hospedero, replica la secuencia de DNA como propia
4. Se crecen las bacterias en el medio que se necesitan
5. Lo que crecen las bacterias se libera al medio y se recolecta el medio para luego purificarlo
5. Si es insulina: se ponen a bacterias en placa en medio de hiperglucemia para que produzcan insulina = se
secreta insulina al medio = se recolecta = se purifica = bacterias quedan pegadas a la bacteria
Usos de Clonación
• Biofarmacéuticos: hacer proteínas humanas p/qn no lo sintetizan à insulina, GH, activador tisular de plasminógeno r
• Terapia génica: si px no tienen función de un gen específico, para dar 1 copia normal del gen
• Análisis de genes: hacer versiones recombinantes de genes à entender cómo funciona en un organismo
TERAPIA GÉNICA .
• La tecnología del DNA recombinante es una herramienta de la terapia génica
• Se puede utilizar para prevenir, investigar y curar enfermedades à cáncer, gaucher, hemofilia, fibrosis renal
• Usan virus como principales vectores: virus porque no tenemos plásmidos como bacterias
o Adenovirus
• Llevan DNA a celulas que no se dividen à In Vivo
• Adenovirus dan cuadro clinico como gripa = si ya tuviste contacto con A.V. = atacas a la terapia
o AAVS
• Adeno. Associated Viral
• Para in vivo (se inyecta la terapia al cuerpo)
• El DNA no entra directo al nucleo ni se replica = van a celulas que no se dividen
• Problema: si estuviste expuesto a un AAVS, tendrás una inmunidad contra el= no servirá terapia
o Lentiviral y Retroviral
• Llevar paquetes mas grandes de RNA que se tranforma en DNA en el organismo
• Para Ex Vivo y en células que si se dividen
• Ex Vivo: se extraen celulas del cuerpo, se modifican, y se vuelven a introducir
Tipos
IN VIVO EX VIVO
AAV y Adenovirus Lentovirus y Retrovirus
No se integran al DNA Se integran al DNA
Celulas diferenciadas especializadas = no se dividen Celulas troncales con mitosis
Gaucher
• Mutación del gen GBA à codifica para enzima beta-glucocerebrosidasa à evita la acumulación de glucolípidos
• Terapia génica con vector viral ex vivo o in vivo
• Problema InVivo: solo usar 1 vez pq si virus es vector, en 2º vez el px tendrá una respuesta de Anticuerpo = ataca al vector
Hemofilia
• Es una enfermedad que rara vez afecta a mujeres à Deficiencia del factor VIII (problema cascada coagulación)
• Terapia génica que lleva la información correcta del gen à intenta eliminar gen mutado
• No hay terapias génicas aprobadas aún para tratar la hemofilia à se usan transfusiones recombinantes
• El tratamiento es rFVIII pero 1/3 de los px generan autoanticuerposà combaten los AC generados por tx
Huntington
• Mutación en el gen HTT que genera la sobreproducción de proteína lo que provoca la muerte de las neuronas
• La meta es limitar la producción de la proteína microRNA se administran con vectores una vez
Distrofia muscular
• Duchenne (Ligada al X) à forma + común de distrofia que afecta la producción de la distrofina (sin cura)
• Terapia génica introduce 1 copia sana del gen moficiado
• Se puede modificar el mRNA hacer un skipping del exón que contiene la mutación de paro
Hibridoma
• Es un metodo para producir un gran numero de anticuerpos identicos
• Al ser celulas muy especializadas = NO SE PUEDEN REPRODUCIR = se hace un hibrido con células del mieloma
• Pasos:
1. Se inyecta a un mamífero (raton) con un antígeno
• Se le inyecta la sustancia contra la que quiero que haga anticuerpos
• Si solo me quedo con los AC que hace el raton = policlonales
• Si selecciono yno y lo cultivo e hibridizo = monoclonales
2. Provoca una respuesta inmune con células b
• Lo produce en el bazo = se le debe quitar el bazo para cultivar
• A veces se le hace aspiración solo de los linfocitos (casi nunca)
3. Se cultivan: se ponen en un medio de cultivo
4. Se fusionan celulas de mieloma inmortales para producir una linea híbrida
• De las celulas B salen los anticuerpos y del mieloma la capacidad de reproducirse
• Se crean:
a) Celulas Hibridas: mitad L-B y mitad celulas mieloma à medio de cultivo favorece que se fusionen
b) Celulas de mieloma que se fusionaron entre ellas
c) Celulas que no se fusionaron: se pone en medio de cultivo HATà mata las que no son híbridas
5. Ya que tengo solo las células híbridas:
• Se crece el tipo celular específico: cada zona produce un anti-epítope de un antígeno
• Para saber cual de todos es el + efectivo para reconocer al AG: ELISA o Western Blot
• También se debe poner a prueba que no detecte otra cosa por medio de ELISA (rapido) o WB
• Otra manera de seleccionar AC: IN VIVO: inyectan los AC al ratón para ver si ratón mejora à Para TX
• Los anticuerpos que se usan para tratamientos son los NEUTRALIZANTES
6. Una vez seleccionado los AC que funcionan mejor: expansion de los AC para que crezcan de forma masiva
7. Se cultivan los AC: los AC salen al medio de cultivo y se colecciona dicho medio
8. Se purifica el medio de cultiva = solo quedan los AC
• Una vez que ya se sintetizó el AC se puede hacer infinitas veces ya que las células híbridas son
inmortales
Aplicaciones
• No se usan solo para tratamiento de enfermedades
• Identificar tipo de sangre y tejido (transfusiones y transplantes)
• Determinar la via patológica afectada: cáncer, enfermedades autinmunes, alteraciones neurologicas
• Diagnóstico: pruebas embarazo / ovulación, identificar infarto, tipo de leucemia, prueba herpes
• Tratamiento específico: cáncer, enfermedades autinmunes, covid.
• Si se unan con una droga anticancer: atacar células cancerosas o identificarlas
• Para Herramientas Diagnósticas: Elisa, WB, Inmunohistoquímicas
Aplicaciones inmunohistopatología
• Identificar cancer à principalmente de mama
• Según receptores que expresa el cancer à hacer tx específicos p/ bajar riesgo de recaidas y efectos secundarios
• Anticuerpos monoclonales para el Cancer:
o Reconocer Cancer: Entrenar sistema inmune para destruir celulas cancerígenas
o Atacar cancer: llevar drogas que se unen a celulas cancerígenas para destruirlas
• Según como se produce el AC será el riesgo de antigenicidad: que tanta respuesta puede producir en el SH
o Mientra - proteinas humanas tiene = +riesgo de rechazo humano
o El anticuerpo monoclonal humano es 100% proteina humana = riesgo MUY bajo de rechazo
Fenotipo
• Rasgos observables de un individuo que esta relacionado con el genotipo
• No hay una correlacion uno a uno entre el genotipo y fenotipo
• El ambiente puede influir en la expresión del fenotipo = epigenética
Genotipo Variable
• Fibrosis quista es causada por mutaciones en el gen de CFTR que regula los canales de cloro
• Varios alelos de CFTR contribuyen a las variaciones clínicas
• Existe pobre correlacion entre el genotipo y la clínica de los px
Epistasis
• Interacciones entre genes (cruzas dihibridas): +1 gen codifica para un mismo rasgo e interactuan entre ello
• 2+ loci interactuan para crear nuevos genotipos
• Cada locus tiene un efecto independiente del fenotipo
• Un alelo que puede enmascarar los efectos de otros alelos
Origen
• Nace a partir del proyecto del genoma humano para mejorar salud en individuos
• En 2011 se le acuñó el término
o 2017: boom en todos los estudios genómicos que tienen que ver con medicina de precisión
• Empezaron a pedir estudios genéticos para recomendaciones personalizadas de estilo de vida
• Toma en cuenta genómica del px, exposición ambiental y epigenómica: da una guia individual para cada paciente
o Genomica + Epigenómica + Exposición Ambiental = guia individual de diagnóstico y tratamiento
Usos
• Uso de genómica de un px como parte del cuidado de la salud (diagnóstico y decisiones de tratamiento)
• Oncología, farmacología, diagnóstico de enfermedades raras y enfermedades infecciosas
• Busca ser una medicina especializada y personalizada
o Evita errores de poblaciones poco representativas de medicamentos: en estudios de medicamentos usan
solo hombres de 40 años = las mujeres pueden presentar otros sintomas que no analizaron
o Da un diagnostico y tratamiento individual
Formas de Hacerlo
1. Secuenciación: avalar todos los genes de las personas = analiza todo el DNA
2. Genotipificación: la usan la mayoria de los estudios genomicos, más barato à analiza solo los SNP (polimorfismo)
• Diferencia entre Secuenciación y Genotipificación
o Secuenciación: cuando tienes la sospecha
• Analiza cada base en el DNA =resultados detallados, genoma enteroà es complicado y caro
o Genotipificación: cuando ya es más específico
• Se busca un SNP específico, busca genes de sospecha de la enfermedad (matching)
• Da resultados muy precisos
• Solo ves las variantes del DNA según: correlación con la enfermedad, espacios a lo largo del
genoma, secuencias unicas de letras
• Lo ve en SSDNA
Riesgo de rechazo
• Para disminuir riesgo de rechazo
o Buscar que tengan compatibilidad de antígeno leucocitarios humanos (HLA) con ELISA o Blot
o Perfusión de los órganos: ciertos trasplantes necesitan compatibilidad grupo sanguíneo y grupo RH
Xenoinjertos
• Principales Donadores: puercos, primates y puercos con celulas embrionarias humanas
o Fisiologia de puerco es muy similar a la del humano [+que primate]
o Reproducir puercos es +facil que primates: tienen muchos bebés y primates solo 1 à mejor puerco
• Knock-Down de Genes: quitar todo gen que haga proteínas antigénicas (hace respuesta inmune) à CRISPR-Cas9
• Knock-Inn de Genes: meter un gen nuevo (que hacen cosas humanas)
Ingeniería Genetica
® Tecnología de células troncales: busca reparar en vez de remplazar
o Células troncales se reconocen con factores de transcripción y de crecimiento
o Células vienen de quien recibe órgano para evitar rechazo: células propias ≠ riesgo rechazo
o C. Troncal [NO C. Madre]: Celula que puede dar origen a 2 células y diferenciar en cualquier tipo celular
o Obtención de células troncales:
1. Aislar de embriones
2. Sacar de medula osea
3. Reprogramación de las células: obtienes celulas somaticas y las reprogramas en pluripotenciales y ya
de ahí se diferencían en multiples tipos celulares (hacen "combo")
® Reconstrucción De Órganos Con Injertos
o Proceso de Descelularización: si quito todas las células, solo queda matriz extracelular = molde del organo
* Crezco células à las cultivo en molde de matriz extracelular à celulas migran y crecen en el molde à se
agregan celulas troncales con factores de crecimiento à activan diferentes factores transripción à deja
distintos tipos celulares en el à = se establece vasculatura, tx-c y inervación del órgano à se pone en el
ambiente fisiologico que necesita à dejas organo nuevo
® Impresoras 3D y CRISPR: generan nuevos organos
Bioformacion de organos / organos artificiales
• Dispositivo diseñado para ser implantado e integrado en el cuerpo con una interface de tejido vivo para remplazar
un organo, duplicar o aumentar su función
• Materiales
o Mecánicos: polímeros inanimados (plásticos o metales)
o Biomecánicos: combinacion con células vivas con plasticos o metales
o Biológicos: celulas visas y polímeros biodegradables o metales
Xenotransplante
• Procedimiento que involucra transplante, implante o infusión a un humano de:
o Celulas vias, tejidos y organos de un animal no humano
o Fluidos corporales, celulas, tx y organos que tuvieron contacto ex vivo con celulas no humanas
• Transplante de corazón de Puerco
o Knocked Out 4 genes del puerco à genes +antigénicos (los que montaban respuesta imnune)
o Knocked Inn 6 genes del humano à para disminuir riesgo de rechazo
LEGISLACIÓN
• En la LEY GENERAL DE SALUD se regula el transplante de órganos, y dice:
1. Toda persona disponente de su cuerpo puede donarlo total o parcialmente à todo el mundo es donador
potencial del organos a menos de que se diga lo contrario
2. Sin fines de lucro: está prohibido el comercio de órganos, tejidos y células
3. Consiste en el consentimiento tácito (se intuye que si quiere) o expreso (px dice que si quiere) para que
usen sus órganos para trasplantes
4. Se requiere consentimiento expreso para donación de sangre, componentes sanguineas y celulas
hematopoyéticas
5. Se intuye que alguien es donador si no hay manifestación negativa, y si se obtiene consentimiento de
algún familiar
6. El Centro de Transplantes hará el documento afirmando que es viable el transplante
VACUNAS
Objetivos
• Prevención
• Generar anticuerpo ante la exposición a un antígeno
Eficacia
• Vacuna Eficaz: anticuerpo debe mostrar +70% de protección
• Segunda dosis de vacuna: busca que haya +90% de protección
• Si proteína (AG) muta mucho entonces se va perdiendo protección
Mecanismos de acción
• Hay distintos para que se exprese un antígeno (proteína) de la enfermedad que me interesa para que de forma
controlada, se creen anticuerpos de memoria (si te expones al AG otra vez, la respuesta será menor)
o Particulas Similares a los Virus: se mete un vector similar al virus que tiene proteinas similares para
producir AC similares
o De Acidos Nucleicos
• DNA: se pone la secuencia de la proteina que necesito que se sintentize en mRNA y luego en
proteína (transcripción + traducción)
• RNA: se pone el mNRa para que se traduzca en proteínas = Anticuerpos (traducción)
§ Moderna (secuencia completa de la proteina) y Pfizer (fracción de la proteína)
§ Conocer secuenciación del virus àse toma cual es el mensajero del antígeno (proteína
spike) àse sintetiza el laboratorio mRNA àse mete a la célula àcelula hace proteínas
(anticuerpo) àda inmunidad
§ Requieren ULTRACONGELACIÓN (-80º): porque se degrada muy facil
o Vectores Virales que no se Replican: meten un virus sin las proteinas para que se replice
• Astra, Johnson y Cansino (eficacia 40%): Insertan en el genoma del virus la porcion de la proteina
à virus hace proteínas (AC) à da inmunidad
o Vivo pero Atenuado: el virus está modificado genéticamente --> el virus puede llegar a contagiar -->
inmunosuprimidos están en riesgo de contagiarse --> px con enfermedades autoimunes, cancer, sin bazo,
etc.
• Viruela, Varicela, Rubeola
LEGISLACIÓN
Ley General de Salud: Artículo 103: Genoma
• Genoma humano: material genético que caracteriza a especie humana y tiene toda la informacion genetica del
individuo à unidad biologica fundamental
• El genoma humano y su conocimiento son PATRIMONIO DE LA HUMANIDAD à le pertenece a CADA PERSONA
• Nadie puede ser objeto de discriminación por sus caracteres genéticos
• Todo estudio sobre el genoma debe contar con la aceptación expresa de la persona
BIOÉTICA
• Conjunto de valores morales que guían la decisión de los profesionales de la salud
• Subdivisión de ética à combinación de principios y virtudes éticas, juramentos profesionales y valores personales
Antecedentes
• Hipócrates de Cos: juramento hipocrático à NO hacer daño y siempre buscar bienestar de los px
• Declaración de Ginebra: juramento hipocrático modernoà declara públicamente apegarse a principios éticos de
su profesión
• Bioética: se acuña en 1960 el término
Principios Básicos
• Beneficencia:
o Principio +importante de medicina: actuar SOLO con intención de hacer bien y en beneficio del px
o Buscar autonomía del paciente: aunque se comprometa la autonomía del px el médico lo respetar
• Autonomía
o Respetar el derecho del px de elegir sobre si mismo
o Capacidad de tomar decisiones y de dar consentimiento
o Si hay emergencia, el médico debe actuar con beneficiencia aunque el px no pueda dar consentimiento
• No Maleficencia
o No actuar con la intencion de hacer daño à Primum Noon Nocere {primero no hacer daño}
• Justicia
o Reconocer derecho de todos a ser tratados por igual
o Igualdad de beneficiencia entre los px