CAPÍTULO 5 - Replicación

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CES
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Biología Molecular. Fundamentos y aplicaciones en las ciencias de la salud, 2e
CAPÍTULO 5: Replicación
Jorge Fernando Floresvillar Mosqueda; José Guadalupe Macías Barragán
Introducción
Una de las características más notables del ácido desoxirribonucleico (DNA, deoxyribonucleic acid) es su capacidad de replicarse; dicho de otra
manera, tiene la capacidad de formar copias de sí mismo. La replicación se lleva a cabo en la fase de síntesis (S) del ciclo celular. Esta etapa es un
paso obligado para realizar la división celular. Por ello, se determina que la información genética se transfiere de una célula a otra mediante el
proceso de replicación del DNA.
El objetivo de la replicación es la conservación de la información genética. La representación estructural del DNA en doble hélice permite
comprender cómo dicha molécula puede dar lugar a otras idénticas, sin perder su conformación. En principio, las dos hebras deberán separarse y
después, mediante la acción de una enzima, se añaden desoxirribonucleótidos y, según la complementariedad de bases, se generan dos moléculas
nuevas de DNA a partir de las dos hebras molde iniciales.
Replicación
Características generales
La síntesis de las cadenas de DNA durante la replicación se lleva a cabo en dirección 5′ → 3′ tanto en eucariotas como en procariotas. Solamente el
carbono de la posición 3′ de la pentosa posee un radical hidroxilo (OH) libre, con el que puede formar un nuevo enlace fosfodiéster con otro
desoxirribonucleótido (dNTP) y constituir así la hebra creciente de DNA; por esta razón, la cadena de DNA sólo puede crecer en dirección 3′. A este
proceso se le llama polimerización, que consiste en la unión de un dNTP (desoxirribonucleótido) complementario a la hebra molde según la ley de
Chargaff (véase el capítulo 1). La replicación del DNA cuenta con tres características que la definen y permiten entender el proceso:
semiconservadora, bidireccional y se lleva a cabo de manera continua y discontinua.
Semiconservadora
Cada replicación de una molécula de DNA recién sintetizada conserva una de las cadenas originales; la otra se sintetiza de novo.
Antes existían tres teorías que trataban de explicar el proceso de la replicación; se decía que podía ser: semiconservadora, conservadora y dispersora
o dispersante.
Semiconservadora (modelo correcto). En cada una de las moléculas hijas se conserva una de las cadenas originales.
Conservadora. Se sintetiza una molécula totalmente nueva, copia de la original, por lo que tras la duplicación quedan, por un lado, las dos
hebras antiguas juntas y, por otro, las dos hebras nuevas.
Dispersora o dispersante. Las cadenas hijas constan de fragmentos de la cadena antigua y de la nueva.
El experimento definitivo para dilucidar cuál de estas tres hipótesis era la correcta lo realizaron Meselson y Stahl en 1957; confirmaron la hipótesis
sobre la replicación semiconservadora. Este experimento se basaba en dos premisas fundamentales: por una parte, el nitrógeno es uno de los
principales elementos del DNA, ya que forma parte de las bases nitrogenadas, y por la otra, existen dos isótopos de este átomo, 14N y 15N, que pueden
distinguirse mediante técnicas de laboratorio. Aunque el 14N es el isótopo más abundante en la naturaleza, el 15N también es viable y es más pesado,
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característica que permite diferenciarlos. Este experimento se realizó utilizando bacterias cuyo medio de cultivo contenía 15N, por lo que todo
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también lo contenía. Después se les cambió el medio de cultivo por uno que contenía N. Se permitió que las bacterias se replicaran sólo una vez y se
extrajo el DNA, analizado por centrifugación en gradiente de cloruro de cesio, el cual permite separar las moléculas por tamaño y peso. El resultado
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Dispersora o dispersante. Las cadenas hijas constan de fragmentos de la cadena antigua y de la nueva.
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El experimento definitivo para dilucidar cuál de estas tres hipótesis era la correcta lo realizaron Meselson y Stahl en 1957; confirmaron la hipótesis
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sobre la replicación semiconservadora. Este experimento se basaba en dos premisas fundamentales: por una parte, el nitrógeno es uno de los
principales elementos del DNA, ya que forma parte de las bases nitrogenadas, y por la otra, existen dos isótopos de este átomo, 14N y 15N, que pueden
distinguirse mediante técnicas de laboratorio. Aunque el 14N es el isótopo más abundante en la naturaleza, el 15N también es viable y es más pesado,
característica que permite diferenciarlos. Este experimento se realizó utilizando bacterias cuyo medio de cultivo contenía 15N, por lo que todo su DNA
también lo contenía. Después se les cambió el medio de cultivo por uno que contenía 14N. Se permitió que las bacterias se replicaran sólo una vez y se
extrajo el DNA, analizado por centrifugación en gradiente de cloruro de cesio, el cual permite separar las moléculas por tamaño y peso. El resultado
mostró una sola banda con un peso intermedio entre 14N y 15N, lo que sugirió que la molécula resultante estaba compuesta tanto de 14N como de 15N.
En la segunda replicación en medio con 14N se observaron dos bandas, una correspondiente a 14N (del DNA replicado en esta segunda división celular)
y otra intermedia entre 14N y 15N de la mezcla DNA original unido al DNA recién sintetizado. De esta forma, Meselson y Stahl demostraron el mecanismo
correcto de la replicación del DNA (figura 5-1A y B).
Figura 5-1
Teorías del proceso de replicación del DNA. A), conservadora, semiconservadora y dispersante. B), experimento de Meselson y Stahl. Se
concluyó en que la replicación del DNA era un proceso semiconservador.
Bidireccional
La replicación del DNA en eucariotas es bidireccional, ya que a partir del sitio de origen de la replicación (ORI) se sintetizan las dos cadenas en ambos
sentidos, con dos puntos de crecimiento que forman lo que se conoce como horquillas de replicación (figura 5-2). Los sitios ORI también se llaman
secuencia de replicación autónoma (ARS, autonomously replicating sequences).
Figura 5-2
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Replicación del DNA. Esta replicación es bidireccional.
Bidireccional
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La replicación del DNA en eucariotas es bidireccional, ya que a partir del sitio de origen de la replicación (ORI) se sintetizan las dos cadenas en ambos
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sentidos, con dos puntos de crecimiento que forman lo que se conoce como horquillas de replicación (figura 5-2). Los sitios ORI también se llaman
secuencia de replicación autónoma (ARS, autonomously replicating sequences).
Figura 5-2
Replicación del DNA. Esta replicación es bidireccional.
En organismos eucariotas, debido al gran tamaño del DNA, existen múltiples sitios ORI, por lo que la replicación se considera multifocal (figura 5-3).
Los sitios ORI son secuencias específicas ricas en A y T que controlan la replicación de una unidad de DNA llamada replicón. La presencia de bases A-T
facilita la separación de las hebras y la formación de la burbuja de replicación ya que A-T están unidas por dos puentes de hidrógeno a diferencia del
par G-C que está unido por tres puentes de hidrógeno, por lo que resulta más sencillo romper dos puentes que tres. En los cromosomas de bacterias y
virus existe un único origen de replicación por molécula de DNA por lo que se afirma que la replicación es monofocal (figura 5-4); este sitio ORI permite
la replicación de todo el DNA circular. El DNA mitocondrial en muchos organismos tiene dos secuencias ORI. En los seres humanos se les llama ORI-H y
ORI-L para la cadena pesada y ligera del DNA de forma respectiva, los cuales inician la replicación de su cadena de manera independiente y en
diferente tiempo.
Figura 5-3
Replicación multifocal. La replicación en eucariotas contiene múltiples sitios ORI, que se replican de forma simultánea, lo que permite acortar el
tiempo en el que se replica todo el DNA.
Figura 5-4
Replicación monofocal. En procariotes, el único cromosoma existente contiene sólo un sitio de replicación ORI. A este tipo de replicación se le
llama monofocal.
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Figura 5-4
Replicación monofocal. En procariotes, el único cromosoma existente contiene sólo un sitio de replicación ORI. A este tipo de replicación se le
llama monofocal.
Discontinua
La replicación siempre se produce en sentido 5′ → 3′ y el extremo 3′-OH libre es el punto a partir del cual la cadena de DNA se elonga. En ese sentido,
existía la disyuntiva de que a pesar de que las cadenas son antiparalelas, es decir, el extremo 5′ de una cadena se encuentra frente al extremo 3′ de la
otra cadena, las dos cadenas crecen de manera simultánea, por tanto una de las cadenas debería sintetizarse en dirección 3′ → 5′. Esta incógnita la
resolvieron los científicos japoneses Reiji Okazaki y Tsuneko Okazaki en 1960, al descubrir que una de las nuevas cadenas del DNA se sintetizaba en
sentido contrario en forma de fragmentos cortos que luego eran unidos. En reconocimiento a tan importante descubrimiento, a estos fragmentos se
les denominaron fragmentos de Okazaki. La cadena que se sintetiza en el sentido que avanza la horquilla de replicación se denomina hebra
adelantada, líder o conductora (leading strand), y se sintetiza de forma continua por la DNA polimerasa, mientras que la que se sintetiza en sentido
contrario al avance de la horquilla y en fragmentos se denomina hebra discontinua, rezagada o retrasada (lagging strand), ya que su síntesis se realiza
de forma discontinua, y para disponer de una cierta longitud de DNA molde para continuar hay que esperar a que la horquilla de replicación avance
(cuadro 5-1).
CUADRO 5-1
Diferencias en la replicación entre procariotas y eucariotas.
Lugar Procariotas Eucariotas
Citoplasma Núcleo y mitocondria
Número de orígenes de replicación 1 Núcleo 103 a 104 Mitocondria 2
Tiempo de replicación del genoma (h) ~0.67 8
Proteínas implicadas ~30 Cientos
DNA polimerasas 3 5
Inicio Origen único Origen múltiple
Otros materiales Cebador, dNTP Cebador, dNTP
Formato Semiconservadora Semiconservadora
Tasa de replicación 1 000 nucleótidos/s 100 nucleótidos/s
Proteínas que participan en la replicación

La maquinaria encargada de la replicación del DNA es muy compleja y está formada por un grupo de proteínas que actúan en conjunto con una
secuencia de DNA específica ya establecida. A continuación se describen las enzimas que intervienen en el proceso de replicación y en seguida se
desarrollará el proceso mencionando cada una de las enzimas involucradas.
Formato Semiconservadora Semiconservadora
Universidad CES
Tasa de replicación 1 000 nucleótidos/s 100 nucleótidos/s
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Proteínas que participan en la replicación
La maquinaria encargada de la replicación del DNA es muy compleja y está formada por un grupo de proteínas que actúan en conjunto con una
secuencia de DNA específica ya establecida. A continuación se describen las enzimas que intervienen en el proceso de replicación y en seguida se
desarrollará el proceso mencionando cada una de las enzimas involucradas.
Helicasa. Enzima encargada de separar las dos hebras del DNA mediante la rotura de los puentes de hidrógeno que se establecen entre las bases
nitrogenadas de las dos cadenas del DNA. Ocasiona superenrrollamientos positivos a los lados de la burbuja de replicación.
Proteínas de unión a cadena sencilla. Llamadas S S B (single strand DNA binding proteins) en procariotas, o RPA (replication protein A) en
eucariotas, evitan la formación de los puentes de hidrógeno entre ambas cadenas al mantenerlas separadas de forma transitoria para permitir que se
copien.
Primasa. Es una enzima que sintetiza pequeños fragmentos de ácido ribonucleico (RNA, ribonucleic acid) de entre ocho y 10 nucleótidos de longitud,
conocidos como cebadores o primers, complementarios a un fragmento del DNA. La unión de los cebadores al DNA proporciona un extremo 3′
necesario para que la DNA polimerasa (enzima que sintetiza DNA y que no puede añadir nucleótidos si no existe un extremo 3′ libre) lleve a cabo su
acción. Los cebadores, al estar conformado de RNA, se degradan después por las nucleasas RNasa H1/FEN1/RTH1 y se sustituyen por DNA debido a la
acción de otra DNA polimerasa.
Topoisomerasas. Son enzimas isomerasas que actúan sobre la topología del DNA; pueden cortar y formar enlaces fosfodiéster ya sea en una de las
hebras (topoisomerasa I) o en las dos (topoisomerasa II) del DNA. Esta escisión selectiva permite al DNA liberar la tensión contorsional, con lo que se
deshace el superenrollamiento, el cual en caso de persistir detendría la replicación. De esta manera, se permite el acceso a la cadena de DNA de todas
las enzimas involucradas en la replicación.
RNasa H1. Esta enzima se encarga de retirar los cebadores de RNA durante la síntesis de los fragmentos de Okazaki y en los procesos de reparación
del DNA.
FEN1/RTH1 + RNasa H1. También llamada endonucleasa flap 1 (flap endonuclease 1), se encarga de remover el cebador de RNA del fragmento de
Okazaki, el espacio remanente se rellenará por una DNA polimerasa. El Nick (falta de enlace fosfodiéster entre dos nucleótidos adyacentes) resultante
es sellado por la DNA ligasa.
Ligasa. Enzima que cataliza la formación del enlace fosfodiéster entre nucleótidos contiguos.
Telomerasa. Es una ribonucleoproteína con actividad de DNA polimerasa dirigida por RNA (transcriptasa inversa) capaz de sintetizar una secuencia
determinada de DNA y participar en la síntesis de los telómeros (extremos de los cromosomas eucariontes).
Antígeno nuclear de proliferación celular (PCNA, proliferating cell nuclear antigen, también conocido como aro proteína). Es un homotrímero
que forma una estructura toroide, la cual es abierta de forma transitoria por acción del factor de replicación C (RFC, replication factor C), lo que
permite su recircularización alrededor de la doble hélice del DNA a la altura del extremo del cebador en la cadena líder. La estructura toroide del PCNA
alrededor de la cadena de DNA facilita su libre desplazamiento por la misma. PCNA interactúa con la DNA polimerasa, sirviendo como una pinza que
sostiene a la polimerasa sobre la cadena de DNA y la mantiene en el extremo del cebador, lo que le permite sintetizar la cadena de DNA.
DNA polimerasa. Son las principales enzimas en la síntesis de DNA. Son capaces de sintetizar nuevas cadenas de DNA a partir de una hebra patrón o
molde utilizando dNTP complementarios. Una característica importante de esta enzima es que añade los nucleótidos en la dirección 5′ → 3′ siempre y
cuando haya un extremo 3′ disponible. Como resultado, la dirección en la cual leerá la cadena molde de DNA será de 3′ → 5′.
En eucariotas se han descrito por lo menos cinco DNA polimerasas involucradas en la replicación del DNA, cada una con una actividad específica: α, β,
γ, δ y ε. La polimerasa α (DNA pol α), también llamada primasa, inicia la síntesis del DNA mediante la formación de un cebador RNA. Las polimerasas δ y
ε (DNA pol δ y DNA pol ε) son responsables de la mayor parte de la elongación de ambas hebras del DNA. La polimerasa β (DNA pol β) no interviene en
la replicación y está involucrada en la reparación de errores o daños en el DNA. Es importante mencionar que las polimerasas α, β, δ y ε están
involucradas en la replicación del DNA nuclear. La polimerasa γ (DNA pol γ) lleva a cabo la replicación del DNA mitocondrial. Existen otras polimerasas,
como las polimerasas ζ (theta), η (eta) y ι (iota), cuya función no es muy conocida, pero se cree que están involucradas sobre todo en mecanismos de
reparación y recombinación.
De las cinco polimerasas, sólo tres tienen la actividad de exonucleasa-3′ (pol δ, γ y ε), esto es, son capaces de corregir los errores al incorporar los
nucleótidos a la hebra que es sintetizada, eliminar el nucleótido equivocado y añadir el correcto. Ninguna DNA polimerasa en eucariotas presenta
actividad de exonucleasa-5′. En procariotas, la DNA pol I presenta este tipo de actividad.
A diferencia de lo observado en eucariotas, en la maquinaria para la replicación de las procariotas, sólo tres enzimas participan en la síntesis del DNA.
ε (DNA pol δ y DNA pol ε) son responsables de la mayor parte de la elongación de ambas hebras del DNA. La polimerasa β (DNA pol β) no interviene en
la replicación y está involucrada en la reparación de errores o daños en el DNA. Es importante mencionar que las polimerasas α, β, δ yUniversidad CES
ε están
involucradas en la replicación del DNA nuclear. La polimerasa γ (DNA pol γ) lleva a cabo la replicación del DNA mitocondrial. Existen otras polimerasas,
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como las polimerasas ζ (theta), η (eta) y ι (iota), cuya función no es muy conocida, pero se cree que están involucradas sobre todo en mecanismos de
reparación y recombinación.
De las cinco polimerasas, sólo tres tienen la actividad de exonucleasa-3′ (pol δ, γ y ε), esto es, son capaces de corregir los errores al incorporar los
nucleótidos a la hebra que es sintetizada, eliminar el nucleótido equivocado y añadir el correcto. Ninguna DNA polimerasa en eucariotas presenta
actividad de exonucleasa-5′. En procariotas, la DNA pol I presenta este tipo de actividad.
A diferencia de lo observado en eucariotas, en la maquinaria para la replicación de las procariotas, sólo tres enzimas participan en la síntesis del DNA.
La DNA polimerasa I es la única que tiene actividad de exonucleasa de 5′ → 3′. La DNA polimerasa II posee funciones de reparación en el DNA
(actividades polimerasa 5′ → 3′ y exonucleasa 3′ → 5′), la DNA pol III es la principal encargada de la elongación del DNA (actividad polimerasa 5′ → 3′)
durante la cual también puede realizar tareas de corrección (actividad exonucleasa 3′ → 5′).
En el cuadro 5-2 se resumen las propiedades de la DNA polimerasa en eucariotas y en el cuadro 5-3, las de procariotas.
CUADRO 5-2
Propiedades de la DNA polimerasa de eucariotas.
α β γ δ ε
Compartimiento celular Núcleo Núcleo Mitocondria Núcleo Núcleo
Primasa asociada Sí No No No No
Función biológica Síntesis del primer o Reparación Replicación del DNA Replicación hebra conductora Replicación
cebador del DNA mitocondrial y retardada adicional
Núm. de subunidades 4 1 3 2a3 4
Peso molecular Subunidad 160 a 185 40 125 125 210 a 230

catalítica (kd)
CUADRO 5-3
Características de la polimerasa de procariotas.
DNA pol I DNA pol II DNA pol III
Constitución Monómero Monómero Multímero asimétrico
Polimerasas/célula 400 Desconocido 10 a 20
Actividad/función
Polimerasa 5′ a 3′/elongación Sí Sí Sí
Exonucleasa 3′ a 5′/correctora Sí Sí Sí
Exonucleasa 5′ a 3′/reparación Sí No No
Peso molecular (kDa) 103 90 ∼900
Fases de la replicación
Para su estudio y mejor comprensión, como la mayoría de los procesos celulares, la replicación se ha dividido en tres fases: inicio, elongación y
terminación.
Exonucleasa 5′ a 3′/reparación Sí No No
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Peso molecular (kDa) 103 90 ∼900
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Fases de la replicación
Para su estudio y mejor comprensión, como la mayoría de los procesos celulares, la replicación se ha dividido en tres fases: inicio, elongación y
terminación.
Inicio
Las zonas en el DNA en las que se producen las burbujas de replicación no son aleatorias. Se sabe que existen secuencias cercanas a 300 pb que
indican los lugares precisos en los que ha de comenzar la replicación. Estos sitios son ricos en A y T y son reconocidos por una serie de proteínas
llamadas proteínas de reconocimiento del sitio de origen. En eucariotas, los orígenes de replicación se llaman secuencias de replicación autónoma.
Cada burbuja de replicación posee dos horquillas de replicación, una de las cuales se desplaza hacia la derecha y otra hacia la izquierda. El proceso de
replicación necesita, en primera instancia, que las dos cadenas del DNA se separen. Para esto, la helicasa se unirá a la cadena de DNA e hidrolizará los
puentes de hidrógeno. La apertura de la doble hélice hace que las cadenas simples adquieran inestabilidad, lo cual se compensa por la unión de
proteínas estabilizadoras RPA en eucariotas y S S B en procariotas. La DNA polimerasa no puede iniciar la síntesis si no existe un extremo 3′ libre; por
lo tanto, necesita que la primasa sintetice un cebador, a partir del cual la DNA polimerasa incorporará los nucleótidos en forma complementaria a
las bases de la cadena molde (figura 5-5).
Figura 5-5
Inicio de la replicación del DNA. Se observan las cadenas continua y discontinua; ambas se replican en dirección de 5′ a 3′.
En procariotas, el primosoma es un complejo de proteínas responsable de la creación de cebadores de RNA; consta de siete proteínas: primasa DnaG,
helicasa DnaB, helicasa DnaC, DnaT, PriA, PriB y PriC. En cada horquilla de replicación, el primosoma actúa una vez en la cadena líder y en repetidas
ocasiones en la cadena retrasada, lo que inicia cada fragmento de Okazaki. El primosoma participa en la polimerización de uno a 10 nucleótidos de
RNA permitiendo la creación de un híbrido DNA-RNA. Esta secuencia de RNA se utiliza como cebador para iniciar la actividad de la DNA polimerasa.
En eucariotas se presentan etapas similares en el inicio de la replicación, en las cuales participan proteínas homólogas, lo que indica que el
mecanismo básico de iniciación se conserva entre las eucariotas.
Elongación
Es el proceso por el cual la DNA polimerasa añade uno por uno nucleótidos complementarios a la cadena molde, a medida que avanza la horquilla,
ayudada por el PCNA. La función del PCNA es mantener la DNA polimerasa en contacto con la cadena molde, para que la lea y sintetice la cadena
complementaria.
El proceso de elongación es similar tanto en eucariotas como en procariotas (figura 5-6). Una vez presente la maquinaria de inicio de la replicación, la
horquilla avanza, aumentando la tensión por delante de la cadena. Para evitar que esta tensión impida el avance de la horquilla, las topoisomerasas (I
y II) cortarán los enlaces fosfodiéster de la doble hélice y volverán a unirla, lo que permitirá que se desenrolle una vuelta si actúa la topoisomerasa I y
dos si lo hace la topoisomerasa II.
Figura 5-6
Elongación de la replicación del DNA. La cadena continua va en sentido de la horquilla, y la discontinua, en sentido contrario; siempre la
ayudada por el PCNA. La función del PCNA es mantener la DNA polimerasa en contacto con la cadena molde, para que la lea y sintetice la cadena
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complementaria.
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El proceso de elongación es similar tanto en eucariotas como en procariotas (figura 5-6). Una vez presente la maquinaria de inicio de la replicación, la
horquilla avanza, aumentando la tensión por delante de la cadena. Para evitar que esta tensión impida el avance de la horquilla, las topoisomerasas (I
y II) cortarán los enlaces fosfodiéster de la doble hélice y volverán a unirla, lo que permitirá que se desenrolle una vuelta si actúa la topoisomerasa I y
dos si lo hace la topoisomerasa II.
Figura 5-6
Elongación de la replicación del DNA. La cadena continua va en sentido de la horquilla, y la discontinua, en sentido contrario; siempre la
dirección de la síntesis siempre es de 5′ a 3′.
Como se mencionó, la síntesis es diferente en cada una de las hebras de la horquilla de replicación; en la cadena líder, la síntesis se realizará en forma
continua hasta llegar al extremo de la cadena; por el contrario, en la cadena retrasada, la síntesis se realizará en forma discontinua debido a la
necesidad de polimerizar siempre en sentido 5′ → 3′.
Una de las consecuencias de la síntesis discontinua es que para la síntesis de cada fragmento de Okazaki se requiere de un cebador intercalado entre
estos fragmentos, mientras que en el caso de la cadena continua es necesaria la presencia de un solo cebador. La complejidad asociada con la síntesis
de los fragmentos de Okazaki es cercana al doble de la necesaria para sintetizar la cadena líder. Su longitud suele variar entre 1 000 y 2 000 nucleótidos
en procariotas y entre 100 y 400 nucleótidos en eucariotas. Los fragmentos se ligan después para formar una sola hebra. Durante este proceso, los
cebadores formados por RNA se eliminan por las enzimas FEN1/RTH1 + RNasa H, y se rellenan por la DNA polimerasa III, lo que permite que los
fragmentos de Okazaki se unan por la ligasa para formar la cadena discontinua. Este proceso parece simple y repetitivo; sin embargo, defectos en la
maduración de los fragmentos de Okazaki pueden causar la ruptura de la cadena de DNA e inducir alteraciones cromosómicas.
Se denomina replisoma o complejo de replicación al conjunto de proteínas que se asocian a la horquilla de replicación, como las helicasas, la primasa
y otras proteínas que forman el primosoma, la DNA pol y las proteínas SSB. Existen otras proteínas que intervienen en la replicación, pero no forman
parte del replisoma, como las proteínas de unión a los sitios ORI, así como las proteínas que se asocian a la DNA pol y a la DNA ligasa.
En células eucariotas al ser el DNA mucho más grande que el de células procariotas, la DNA polimerasa incorpora nucleótidos a tasas más lentas; sin
embargo, al replicar su genoma en replicones distribuidos a lo largo de toda la cadena, permite que este proceso se realice en menos tiempo que en
procariotas. Las regiones de DNA más altamente compactas, llamadas heterocromatina, serán las últimas en replicarse.
Terminación
El final de la replicación se produce cuando la DNA polimerasa δ llega al extremo del fragmento de DNA. Se induce entonces el desacoplamiento de
todo el replisoma y la finalización de la replicación. Uno de los pasos cruciales en el proceso de terminación es completar la síntesis de la cadena
retardada y unir los fragmentos de Okazaki. A este proceso se le denomina maduración y requiere la eliminación de los cebadores, la elongación del
fragmento de DNA adyacente para rellenar el espacio que quedó por la eliminación del cebador y la unión de los extremos resultantes para formar una
cadena continua.
En eucariotas, para que se lleve a cabo la maduración de las nuevas cadenas de DNA, existe un sistema de nucleasas (FEN1/RTH1 + RNasa H1)
encargado de eliminar el cebador de RNA. En consecuencia, la DNA pol δ o DNA pol ε, elonga el extremo 3′ del fragmento adyacente y rellena el lugar
que antes ocupaba el cebador hasta alcanzar el extremo 5′ del fragmento contiguo. Por último, la DNA ligasa I sella la mella resultante al unir el 3′-P del
primer fragmento con el 5′-P del segundo. Una vez sintetizado el DNA, éste se unirá con las proteínas histonas y no histonas necesarias para
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compactación de las cadenas de DNA. La DNA ligasa de E. coli, así como en la mayoría de las procariotas, utiliza nicotinamida adenina dinucleótido
(NAD) para crear los enlaces fosfodiéster.
fragmento de DNA adyacente para rellenar el espacio que quedó por la eliminación del cebador y la unión de los extremos resultantes para formar una
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cadena continua.
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En eucariotas, para que se lleve a cabo la maduración de las nuevas cadenas de DNA, existe un sistema de nucleasas (FEN1/RTH1 + RNasa H1)
encargado de eliminar el cebador de RNA. En consecuencia, la DNA pol δ o DNA pol ε, elonga el extremo 3′ del fragmento adyacente y rellena el lugar
que antes ocupaba el cebador hasta alcanzar el extremo 5′ del fragmento contiguo. Por último, la DNA ligasa I sella la mella resultante al unir el 3′-P del
primer fragmento con el 5′-P del segundo. Una vez sintetizado el DNA, éste se unirá con las proteínas histonas y no histonas necesarias para la
compactación de las cadenas de DNA. La DNA ligasa de E. coli, así como en la mayoría de las procariotas, utiliza nicotinamida adenina dinucleótido
(NAD) para crear los enlaces fosfodiéster.
Replicación de los telómeros. La fase final de la terminación de la replicación del DNA consiste en la replicación de los extremos de las cadenas de
DNA llamados telómeros, los cuales son secuencias repetidas de uno a cinco unidades de T y G en una de las cadenas, y por lo tanto, de C y A en la
complementaria, los telómeros se encuentran situados en los extremos de los cromosomas eucariotas (las procariotas no poseen telómeros porque
su DNA es circular). La dinámica de replicación que requiere de un cebador para polimerizar no permite completar la copia de los extremos de la hebra
de síntesis retrasada de DNA, al no poderse situar un cebador más allá del final de la secuencia. De esta manera, al retirar todos los cebadores de las
cadenas de DNA de síntesis retrasada, el extremo queda más corto. La telomerasa es una transcriptasa inversa formada por RNA (nueve a 28
nucleótidos) y proteínas; un fragmento de la secuencia de su RNA es complementario a la secuencia de los telómeros. Por lo tanto, en la replicación de
los telómeros, la telomerasa se une por complementariedad de bases a los telómeros y sintetizan los extremos de los cromosomas más allá de su
tamaño, tomando como molde el RNA de la transcriptasa inversa.
La telomerasa sólo está presente en células somáticas poco diferenciadas, tejidos fetales y en ciertas células madre, mientras que en células somáticas
maduras su actividad es reprimida después del nacimiento. Si la célula llegara a dividirse se produciría un acortamiento del telómero. Debido a que
éstas son repeticiones no codificantes, su acortamiento en un inicio no produce daños en la secuencia codificante, pero llegará un punto en que se
acaben las repeticiones teloméricas y se pierdan regiones codificantes. Por lo tanto, la ausencia de actividad de telomerasa está implicada en que una
célula diferenciada tenga un número limitado de divisiones celulares antes de que se produzca su muerte por senescencia.
El mecanismo de acción de la telomerasa es el siguiente:
1. La telomerasa se une a una secuencia complementaria en el telómero y alarga el extremo saliente 3′; posteriormente se produce un apareamiento
de bases entre el DNA telomérico y el RNA de la telomerasa.
2. Con este apareamiento empieza la primera elongación. La telomerasa cataliza de nuevo la elongación del extremo 3′ alargado, al añadir dNTP y
emplear como molde la hebra de RNA de la propia telomerasa.
3. Posterior a la primera elongación, la telomerasa se desliza sobre el extremo 3′ previamente elongado, conservando la complementariedad gracias
a la repetición de secuencias, lo que se conoce como translocación.
4. La telomerasa elonga nuevamente el extremo 3′ saliente y se repiten los pasos de translocación y elongación.
5. En la segunda fase, se sintetiza un cebador en la hebra 5′ complementaria al telómero; la DNA polimerasa δ rellena la hebra y la ligasa sella la mella
que queda en el segmento elongado del telómero bicatenario. Finalmente se elimina el último cebador, pero sin consecuencias, ya que se ha
conseguido mantener e incluso aumentar la longitud del telómero (figura 5-7).
Figura 5-7
Función de la telomerasa en sus tres fases: elongación, translocación y elongación.
conseguido mantener e incluso aumentar la longitud del telómero (figura 5-7).
Universidad CES
Figura 5-7
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Función de la telomerasa en sus tres fases: elongación, translocación y elongación.
Replicación mitocondrial
La replicación del DNA mitocondrial en mamíferos se ajusta al modelo del lazo de desplazamiento o lazo D. Las dos hebras del DNA mitocondrial se
pueden diferenciar según su densidad, ya que existe una hebra ligera (L) y otra pesada (H). En primer lugar, se inicia la replicación o síntesis de la
nueva hebra L, sin que se comience la replicación de la nueva hebra H. El origen de replicación de la hebra L es diferente al de la hebra H, de forma que
existen dos orígenes de replicación diferentes, uno para cada cadena. Además, una vez iniciada la replicación de la nueva hebra L, la síntesis es
unidireccional y avanza desplazando a la otra hebra. Cuando se han sintetizado alrededor de dos tercios de la nueva hebra L, comienza la síntesis de la
nueva hebra H, en una sola dirección, opuesta a la de síntesis de la hebra ligera L. Por consiguiente, la síntesis de la nueva hebra L termina antes que la
de la nueva hebra H (figura 5-8).
Figura 5-8
Replicación del DNA mitocondrial. (L) hebra ligera; (H) hebra pesada; (OH) origen de hebra pesada; (OL) origen de hebra ligera.
Preguntas de repaso
1. ¿En qué se distingue la síntesis de DNA entre eucariotas y procariotas?
a. Las procariotas no requieren primasas.
b. Las eucariotas poseen múltiples orígenes de replicación.

Universidad CES
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Preguntas de repaso
1. ¿En qué se distingue la síntesis de DNA entre eucariotas y procariotas?
a. Las procariotas no requieren primasas.
b. Las eucariotas poseen múltiples orígenes de replicación.
c. Las procariotas poseen extremos teloméricos.
d. Las DNA polimerasas eucariotas sintetizan DNA de 3′ → 5′.
2. Las DNA polimerasas I y III de E. coli se distinguen entre sí gracias a:
a. Su distinta actividad de exonucleasa 3′ → 5′.
b. Su procesividad y la actividad de exonucleasa 5′ → 3′.
c. Que una posee actividad de exonucleasa y la otra no.
d. Que una posee actividad de primasa y la otra no.
3. La secuencia en la que las diferentes enzimas actúan durante la replicación del DNA en procariotas en la hebra retrasada es:
a. DNA ligasa, primasa, DNA polimerasa III, DNA polimerasa I, helicasa.
b. Helicasa, primasa, DNA polimerasa I, DNA polimerasa III, DNA ligasa.
c. Helicasa, primasa, DNA polimerasa III, DNA polimerasa I, DNA ligasa.
d. Helicasa, DNA polimerasa I, primasa, DNA polimerasa III, DNA.
4. La telomerasa es un complejo formado por:
a. RNA y proteína.
b. DNA y proteína.
c. Doble cadena de DNA y proteína.
d. Doble cadena de RNA y proteína.
5. Este tipo de DNA polimerasa está involucrada en la replicación de la mitocondria:
a. α
b. β
c. ζ
d. γ
e. η

CAPÍTULO 5 - Replicación

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Universidad

Biología Molecular. Fundamentos y aplicaciones en las ciencias de la salud, 2e

Jorge Fernando Floresvillar Mosqueda; José Guadalupe Macías Barragán

Replicación del DNA. Esta replicación es bidireccional.

Diferencias en la replicación entre procariotas y eucariotas.

Lugar Procariotas Eucariotas

Citoplasma Núcleo y mitocondria

Número de orígenes de replicación 1 Núcleo 103 a 104 Mitocondria 2

Tiempo de replicación del genoma (h) ~0.67 8

Proteínas implicadas ~30 Cientos

Inicio Origen único Origen múltiple

Otros materiales Cebador, dNTP Cebador, dNTP

Formato Semiconservadora Semiconservadora

Tasa de replicación 1 000 nucleótidos/s 100 nucleótidos/s

Proteínas que participan en la replicación

Proteínas que participan en la replicación

Propiedades de la DNA polimerasa de eucariotas.

Compartimiento celular Núcleo Núcleo Mitocondria Núcleo Núcleo

Núm. de subunidades 4 1 3 2a3 4

Peso molecular Subunidad 160 a 185 40 125 125 210 a 230

Características de la polimerasa de procariotas.

DNA pol I DNA pol II DNA pol III

Constitución Monómero Monómero Multímero asimétrico

Polimerasas/célula 400 Desconocido 10 a 20

Peso molecular (kDa) 103 90 ∼900

El mecanismo de acción de la telomerasa es el siguiente:

Función de la telomerasa en sus tres fases: elongación, translocación y elongación.

Función de la telomerasa en sus tres fases: elongación, translocación y elongación.

b. Las eucariotas poseen múltiples orígenes de replicación.

a. Las procariotas no requieren primasas.

b. Las eucariotas poseen múltiples orígenes de replicación.

c. Las procariotas poseen extremos teloméricos.

d. Las DNA polimerasas eucariotas sintetizan DNA de 3′ → 5′.

2. Las DNA polimerasas I y III de E. coli se distinguen entre sí gracias a:

a. Su distinta actividad de exonucleasa 3′ → 5′.

b. Su procesividad y la actividad de exonucleasa 5′ → 3′.

c. Que una posee actividad de exonucleasa y la otra no.

d. Que una posee actividad de primasa y la otra no.

a. DNA ligasa, primasa, DNA polimerasa III, DNA polimerasa I, helicasa.

b. Helicasa, primasa, DNA polimerasa I, DNA polimerasa III, DNA ligasa.

c. Helicasa, primasa, DNA polimerasa III, DNA polimerasa I, DNA ligasa.

d. Helicasa, DNA polimerasa I, primasa, DNA polimerasa III, DNA.

4. La telomerasa es un complejo formado por:

c. Doble cadena de DNA y proteína.

d. Doble cadena de RNA y proteína.

5. Este tipo de DNA polimerasa está involucrada en la replicación de la mitocondria:

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