BIOSINTESIS EN ADN Y REPARACIÓN

DOGMA CENTRAL DE LA BIOLOGÍA

Establece que la información fluye desde el ADN al ARN y de este a las proteínas.

Fases:

1. Replicación (Biosíntesis de ADN)

2. Transcripción (Biosíntesis de ARN)
3. Traducción (Biosíntesis de Proteínas)
4. Transcripción inversa (Biosíntesis de ADN con molde de ARN)

* 2 + 3 = Expresión de la Información Genética *

REPLICACIÓN DE ADN EN CÉLULAS PROCARIOTAS

La replicación es un proceso que permite conservar inalterada la información genética y

transmitirla integra a la siguiente generación. No debe afectar a la integridad de la
información genética, por lo que se realiza asegurando la fidelidad de la copia. Se realiza a
partir de un molde preexistente. Ocurre solo una vez en la vida de la célula, justo entes de
la división celular. Sus características son:

• SEMICONSERVADOR: Cada una de las hebras del ADN parental se asocia con
una de las hebras de nueva síntesis, dando dos moléculas de ADN idénticas
a la original cada una de ellas está compuesta de una hebra del ADN original
y de una complementaria nueva (cada cadena de la doble hélice sirve para la
síntesis de una nueva complementaria).
• Tiene un ORIGEN DE REPLICACIÓN (se inicia en un punto): las moléculas de
ADN inician su ciclo de replicación en una secuencia de bases única llamada
origen de replicación. Es único de organismos procariotas y casi todos los
virus. Por ejemplo, en el E. Coli hay una secuencia de 245pb (ori C) que
contiene varios sitios de unión para la proteína dnaA que inicia la replicación
y un agrupamiento en tándem de una secuencia rica en A y T en el que
comienza a abrirse la horquilla por separación de las dos cadenas de la
doble hélice.

• Es BIDIRECCIONAL y tiene lugar en horquillas de replicación. También podría

ser unidireccional (en ADN mitocondrial y algunos virus) en la que la
 horquilla parte de un origen y avanzaría a lo largo del ADN en un solo
sentido. El ser bidireccional implica que de un mismo punto de origina se
forman dos horquillas que avanzan en sentidos opuestos.

• La síntesis es siempre en EL SENTIFO 5´a 3´. Ya que las enzimas sólo pueden
catalizar la adición de nuevos nucleótidos a un grupo hidroxilo libre situado
en el extremo 3´de la cadena.

• Hay una HEBRA GUIA que se replica como cadena continua y una HEBRA
REZAGADA que se sintetiza mediante fragmentos cortos de unos 1000 –
2000 nucleótidos que después se unen entre sí. (Fragmentos de Okazaki)

• Este proceso esta catalizado por las ADN polimerasas. Todas las enzimas
necesitan disponer de:
o Cadena molde de ADN.
o Extremo 3´hidroxilo libre (3´-OH) que actúa como cebador.
o Mg2+ y los desoxirribonucleótidos trifosfatos (dATP, dGTP, dTTP, dCTP).
o Dirección 5´- 3´.
o Tener actividad exonucleasa para corregir algún posible error en la
incorporación de nucleótidos. Esto lo hacen en sentido 3´- 5´.

ADN POLIMERASA I: Cataliza la polimerización de dNTP en ADN. Tiene que tener un

molde y un cebador (pequeños oligonucleótidos que es complementario al molde y que
tiene un grupo OH en la posición 3´al cual se le pueden añadir nuevos nucleótidos). No
pueden empezar la síntesis de una hebra a partir de 0, a diferencia de las ARN polimerasa.
Por esa razón los cebadores son siempre moléculas de ARN cortos.

REACCIÓN GLOBAL: (DNA)n + dNTP ↔ (DNA)n+1 + PPi

REACCIÓN DE POLIMERIZACIÓN: Ataque nucleofílico del grupo OH 3´de la hebra

creciente sobre el fosfato en posición 5´del dNTP que se va a incorporar. Esta reacción
libera pirofosfato. Esta reacción esta favorecida por los 19 kJ/mol liberados de la hidrolisis
del pirofosfato.

PPi + H2O → 2Pi + 2H+

Otras propiedades del ADN polimerasa I:

• Actividad exonucleasa: Función correctora y reparadora que les confiere la

capacidad de degradar el ADN partiendo del extremo. Corriendo los errores en
la copia del ADN después de un ciclo catalítico en el sentido 3´- 5´. Esta
propiedad también hace que puedan eliminar cebadores en el sentido 5´- 3´.
Asegura la fidelidad de la copia. Esta actividad está en su entorno activo. Hay
mecanismos adicionales de reparación que reducen las tasas de error.

En la bacteria E. Coli hay varias polimerasas:

• POLIMERASA I: Abundante. “Limpia” durante la replicación, reparación y

recombinación.
• POLIMERASA II: Responsable de la reparación del ADN.
• POLIMERASA III: Responsable de la
replicación del ADN.
Las subunidades δ´, δ, τ, Ƴ forman
parte del complejo de carga de la
abrazadera.
La abrazadera necesaria para atrapar
la hebra de ADN, está formado por un
dímero de la subunidad β.

Hay una serie de requerimiento para el proceso de requerimiento:

• MOLDE de ADN preexistente (cadena o fragmento de cadena simple).

• CEBADOR: Pequeño fragmento de ARN (alrededor de 5 nucleótidos) con el
grupo 3´-OH libre, unido al ADN molde (sintetizado por la primasa, que forma un
cebador de ARN y ADN).
• PRECURSORES activados (dNTP)
• ADN polimerasa: Catalizan la formación de enlaces fosfodiéster dirigida por un
molde de ADN (actividad polimerasa 5´→ 3´) y la corrección de errores
(exonucleasa 3´→ 5´). Necesitan Mg2+.
 o Polimerasa I: Elimina el cebador por exonucleasas (5´- 3´) y rellena el
hueco.
o Polimerasa III: Sintetiza una nueva cadena de ADN.

• Intervienen otras enzimas, como:

o HELICASA: Es una proteína motora que separa las 2 hebras del ADN
dúplex. Requiere ADN.
o PRIMASA: ARN polimerasa que se sintetiza al cebador. Forma parte del
complejo primosoma (contiene helicasas, primasas y otros polipéptidos
que catalizan el proceso de la replicación).
o DNA GIRASA (topoisomerasas II): Genera superenrollamiento negativo,
es decir, lo desenreda para facilitar la replicación. Requiere ATP.
o DNA LIGASAS: une fragmentos recién sintetizados.
o SSBP (Proteínas estabilizadoras): Proteínas de unión a cadena sencilla,
estabilización de la apertura del ADN de cadena sencilla. Evitan el
autoapareamiento entre bases complementarias, protegiéndola de la
acción de las nucleasas y de asociación intracatenarias. Sus análogas en
eucariotas son RPA.

PROCESO DE REPLICACIÓN
INICIACIÓN

1. Se inicia en lugares específicos. La unión de la dnaA inicia el proceso. Se forma un ojo y

una horquilla de replicación.
2. Las helicasas, dnaA separan las dos hebras. Requiere ayuda de AnaC que es una
proteína que actúa como cargador de la helicasa.
3. Las cadenas simples se estabilizan por la SSBP.
4. La primasa sintetiza cebadores de ARN sobre las hebras simples de la horquilla.

ELONGACIÓN

5. La DNA polimerasa III sintetiza un nuevo ADN a

partir el cebador siempre en dirección 5´→ 3´:
• La hebra guía se sintetiza de manera
continua.
• La hebra retardada forma un bucle
donde la síntesis de ADN ocurre de
manera discontinua en fragmentos de
Okazaki.
 6. La DNA Polimerasa I elimina los ARN cebadores y reemplaza sintetizando ADN en su
lugar.
• Tienen actividad exonucleasa 5´→ 3´ y polimerasa 5´→ 3´.

7. Los fragmentos de la hebra retardada son ligandos por la DNA ligasa.

8. Durante todo el proceso la helicasa va desenrollado el ADN y generando tensión

topológica que es contrarrestada por la DNA girasa.

TERMINACIÓN

9. La replicación finaliza en una región

cromosómica rica en secuencias Ter (20pb) con
la participación de la proteína Tus. Después, la
DNA topoisomerasa IV separa los dos
cromosomas encadenados.
REPLICACIÓN DE ADN EN CELULAS EUCARIOTAS

EUCARIOTAS VS PROCARIOTAS

Homologías:

• Semiconservativa
• Bidireccional
• Semidiscontinua
• Mecanismo general

Diferencias:

• Regulada con el ciclo celular

• Mas compleja (Histonas)
• Velocidad más lenta
• Múltiples orígenes de replicación
• DNA polimerasas eucariotas
• Telómeros = transcripción inversa

MÚLTIPLES ORIGENES DE REPLICACIÓN

En eucariotas, las secuencias de replicación se llaman secuencias de replicación

autónoma (SRA). En levaduras se han identificado unas 400 SRA, lo que quiere decir que
cada cromosoma (16 en levadura) contiene mas de una. También se han encontrado
proteínas que se unen específicamente a estas SRA.

DNA POLIMERASAS EUCARIÓTICAS

En eucariotas también hay varios tipos de DNA-polimerasas. La replicación de los

cromosomas nucleares la realizan la DNA.-polimerasa “α” y la DNA-polimerasa “δ”.

La primera presenta actividad primasa = síntesis de cebadores. La DNA-polimerasa “δ”

presenta actividad exonucleasa 3´→ 5´ (función correctora) y se piensa que es la principal
responsable de la copia.

Una tercera polimerasa, la DNA-polimerasa “ε” parece cumplir la función de relleno y

reparación del DNA equivalente a la DNA Pol I bacteriana.
PROBLEMA DE LOS EXTREMOS DEL CROMOSOMA

TELOMERASA (RIBONICLEOPROTEINAS)

La telomerasa usa su propio ARN como molde

para elongar el extremo 3´

Las DNA Polimerasas completan la tarea

ERRORES EN LA REPLICACIÓN: MUTACIONES

Lesiones espontaneas en el ADN modifican de modo transitorio la información genética

La replicación convierte las lesiones en el ADN en cambios permanentes = mutantes

La tautomería de bases también causa mutaciones

 La radiación UV también provoca lesiones en el ADN que dañan la información genética

MECANISMOS DE REPARACIÓN DEL ADN

• Reparación de bases discordantes (errores de replicación)

o Mejora de fidelidad de la replicación un factor de 10 2-103: Se basa en la
discriminación de hebra y requiere la participación de una docena de
proteínas.

• Reparación por escisión de base (BER)

o Las bases dañadas se retiran y se reemplazan

• Reparación por escisión de nucleótidos (NER)

o Se elimina y se reemplaza un fragmento en torno a la lesión: La escinucleasa
uvrABC escinde 12 nucleótidos en la zona dañada. Regeneración a cargo de la
DNA Polimerasa y la DNA ligasa.

• Reparación directa
o La región dañada se corrige “in situ”: la DNA fotoliasa utiliza energía de la luz
para eliminar los dímeros de pirimidina formados por radiación UV.

Reparación de bases discordantes (errores de la replicación)

Reparación por escisión de base

Este proceso comienza con la escisión de la base

modificada por la hidrolisis del enlace N-Glucosídico.

Implica la acción de una DNA-N-Glucosidasa para

eliminar la base modificada y una endonucleasa AP par
eliminar la desoxi-ribosa sin base.

DNA Polimerasa I y DNA ligasa rellena el hueco y

restauran la continuidad de la hebra.

Reparación por escisión de nucleótidos (NER)

La NER es un proceso general que se usa para corregir distintos tipos de lesiones entre
los que se incluye la reparación de los dímeros timina inducidos por radiación ultravioleta.

En el proceso NER participan las proteínas uvrA, avrB, avrC, uvrD, ADN Polimerasa I y
ADN Ligasa.

El proceso comienza cuando un trímero uvrA2B

rastrea el ADN dúplex en busca de una lesión que
distorsiona la estructura helicoidal. Cuando encuentra
una zona dañada (como un dinero de timina), el
complejo se para y la proteína uvrB queda unida a la
lesión mientras que uvrA abandona el complejo.

Entonces, la escinucleasa uvrC se une a uvrB en la

zona lesionada y rompe un par de enlaces fosfodiéster
a ambos lados de la lesión dejando varios nucleótidos
de separación con el eslabón dañado.

En esta situación la helicasa uvrD se une en 5´al

fragmento dañado y desplazándose hacia 3´separa el
fragmento lesionado del resto de la molécula. Así se
genera una brecha, que es rellenada por el ADN
Polimerasa I, tomando las instrucciones originales de la
hebra parental, y la ADN Ligasa empalma los dos
fragmentos mediante un puente fosfodiéster que
restablece la continuidad de la hebra reparada
Reparación directa

Las radiaciones ionizantes y ultravioleta causan lesiones en el ADN provocando la

formación de dímeros de timina que distorsionan la doble hélice. La DNA fotoliasa, una
enzima reparadora activada por la luz, repara esta lesión eliminando los dímeros de timina.

La DNA fotoliasa se une al dímero de timina y tras captar un fotón transfiere un electrón
al dímero de timina, generando un radial libre que libera la ruptura de los enlaces entre las
dos timinas adyacentes. Después de que el dímero ha sido eliminado, la enzima recupera el
electrón que había cedido.

Distintos agentes químicos

provocan la alquilación o metilación
del átomo de oxigeno que ocupa la
posición 6 del anillo de guanina. Estos
cambios covalentes pueden dar lugar a
mutaciones. La enzima metilguanina-
DNA metil transferasa se une
directamente a las guaninas alquiladas
y elimina estos sustituyentes,
restituyendo la estructura nativa de la
base, evitando la aparición de
mutaciones.