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Materiales:
o Reactivos:
DNA polimerasa Taq: amplifica según un proceso de replicación,
su gracia es que lo hace a temperaturas muy altas por su origen
bacterias Thermophilus Aquaticus.
o Termoreciclador: permite que los ciclos se realicen a la temperatura
adecuada (50-95°)
o Buffer:
-Mg2+: neutralizar las cargas negativas y así, la enzima interactúe
con las bases
o Partidores: determinan la region a amplificar
o Gel de electroforesis
Etapa 2
c. Llegan los sintetizadores de los primers (ADN polimerasa alfa)
d. rep.inv: hibridación de los primers (55-65°: varía dependiendo del
primer)
Etapa 3
e. Adición de la polimerasa Taq (72°): comienza a sintetizar desde los
primers
5. Electroforesis en gel de agarosa: separación de acuerdo al tamaño. Como se
tiene una idea inicial, esto sirve para verificar que se amplificó lo que se debía
amplificar. Si el segmento era de 370 pares e bases, entonces deberia haber un
peso de app. 370 pb.
Las copias resultante pueden ser de largo variable, porque el primer todavia no
está instalado, son las menos numerosas.
Desde el tercer ciclo comienzan a aparacer los fragmentos de interés y estarán
delimitados por los primers. Estas sí tienen el largo de interés y son detectadas
en el gel de electroforesis.
Control negativo: no tiene que haber nada, si hay es que alguno de los reactivo
está contaminado y está amplificando cualquier cosa.
Control interno: busca ver que las muestras están en buen estado, aquí se debe
ver una amplificación de otro gen de la muestra, hecha con otros partidores
distintos.
Diseño de partidores
Tipos de partidores
o Arbitrarios:
no hay secuencia perfectamente complementario al fragmento
de interés
Pueden hibridar en varias regiones de un genoma
Generan un bandeo, muchos fragmentos de distinto tamaño
Screening (análisis rápido) para categorizar la bacteria o estudiar
polimorfismos
Se usan cuando no se tiene mucha info sobre el fragmento que
se quiere estudiar
o Específicos
Se diseñan según una secuencia específica, es decir son
complementarios a los extremos del fragmento de interés
Se secuencian in vitro
Los dos partidores de cada extremo no deben ser
complementarios entre sí para que no formen un dímero.
En internet dice la posibilidad de que los primers se dimericen,
hay que elegir el que tiene menos posibilidad.
La temperatura es importante
Se comprueba experimentalmente pero con este cálculo se tiene
una idea.
La que de menos fragmentos experimentalmente es la correcta,
porque es la específica. Pero debe tener al menos uno, sino es
que la temperatura era demasiado alta.
o Degenerados
Mezcla de partidores
Cuando no se conoce la secuencia nucleotídica del gen que se
desea amplificar, o a partir de un gen homólogo de otra especie
Tipos de PCR
3. RT PCR
o RT: retrotranscripción
o Transciptasa reversa
o ARN se convierte en ADNc
o Uso: Cuantificar ARN, detección de virus
4. Metilación específica
o Estudiar el nivel de expresión de algunos genes
o Metilación de la citosina, para silenciar el gen
o Bisulfito: confirmar que el gen está metilado, convierte las citosinas no
metiladas en uracilo
o Si hay uracilo no hay silenciamiento, entonces hay hibrdación y hay
amplificación.
Si hay citosina unida a guanina,hay hibridación y hay amplificación
B. Cuantificación relativa
o Se compara con un gen de expresión constitutiva (actina), se
utiliza un gen que se sabe que está presente
Polimorfismos
Definición: variación en una secuencia de un lugar determinado del ADN (locu
definido)
Está presente entre los individuos de una población
Frecuencia mayor al 1-2%
Tipos de polimorfismos
Tipos de SNP:
o En secuencias codificantes:
nsSNP (no sinónimos): hay un cambio en un aminoácido, pero no
lleva necesariamente a un cambio en la proteína sintetizada.
sSNP (sinónimo): hay un cambio en el codón, pero al aa no
cambia.
o En secuencias no codificantes:
rSNP (zonas reguladoras): un nucleotido varia entre las personas
iSNP (intrónicos), pero sin mayores consecuencias
gSNP (intergenómicos): entre dos genes distintos
o (STR): Microsatélites:
o Unidad: 2-6 pb
o 50 repeticiones, pero polimorficos, varias repeticiones en una misma
célula.
o Estudiados a través de PCR: al amplificarlos se conoce la variabilidad
en el tamaño del amplificado
o Más largo, más repeticiones en el individuo
o CoDis (combined DNA index system):
o banco de genomas y estudio de la huella genética de
personas estadounidenses
o Indentificar marcadores genéticos en 13 STR distintos
o Locus amelogenina (codifica para proteína de esamlte
dental):
o polimorfismo entre X e Y --> Determinar el sexo de la
persona
o AMELY: deleción de 200 pb
o Para comprobar paternalismo:
- Numero de repeticiones heredables
- No se ve solo el XX en caso de madre.
- tiene que haber coincidencias en cada gen
Este gen si es polimórfico, tiene cortes que varian, algunos en la población tienen
cortes de 3 kb o de 5 kb o de 8 kb
Se relaciona banda con presencia del gen
Southern blot: sonda que hibrida en la región donde se ve el polimorfismo
con respecto al sitio de corte
Si hay mutación puede haber un sitio de corte donde no debería, banda
suplementaria
2. PCR-RFLP
Más económico
PCR-RFLP-electroforesis
2 sitios=3 cortes
Homocigoto con 3 sitios de corte = 4 bandas
Heterocigoto= 5 bandas
Existen cromosomas que tienen mutaciones de una enfermedad en el mismo
cromosoma donde esta el polimorfismo
Polimorfismo HLA
Proteínas HLA:
alto polimorfismo en la población,
Sirve para diagnóstico de enfermedades difíciles, porque la mutación puede
estar cercana a HLA
Farmacogenética
El polimorfismo hace que cada persona reaccione de forma diferente a un fármaco.
Además de mutaciones y factores ambientales.
TMD-1: cáncer de mama
o Depende de la cantidad de expresión del receptor HER2
o Mas expresión más efecto
SIMVASTATINA
o Estatinas transportadas por proteínas del gen SLCO1B1
o Menos trabsportadores genera acumulación en ciertas oersonas lo que
lleva a problemas musculares.
AMITRITILINA
o Descomposicón depende de los genes CYP2D6 y CYP2C19
o Descomposición más rápida = mayor dosis…
o AMPLICHIP CYP450
Chip que evalua esos genes porque son de la familia CYP450
Otros farmacos metabolizados por estas familias:
CICLO CELULAR Y BASES MOLECULARES DEL
CÁNCER
MECANISMOS EPIGINÉTICOS
Si se inactiva un gen y ocurre cáncer gen corrresponde a un supresor de
tumor
o Inactivación
Silenciamiento de genes:
Modificación de la cromatina
Heredables
Metilaciones del promotor
MicroARN y cáncer
o Protooncogenes: frenan la proliferación
Metilación del microARN
Bloqueo de la transcripción
o Oncogenes: estimulan progresión del cáncer
Gen blanco: gen supresor de tumor (disminuyen expresión)
Virus y cáncer
o 20% de los cánceres
o ARN: Hepatitis C
o ADN: Hepatitis B, Papiloma humano, Epstein-Barr (linfoma), Herpes
(sarcoma de Kaposi)
Mecanismos virales que conllevan cáncer
1. Vias de señalización
o Proteínas que imitan ligandos humanos Factores de crecimiento
o Imitan adaptadores intracelulares Mantención continua de la vía de
crecimiento activada
o Activación receptores de superficie Inducir dimerización y activar
factores de recimiento
2. Ciclo celular
o Bloqueo de Rb (no se inhibe la progresión celular): factor de poliferación
activo
o Versión viral de ciclinas Inducción a la fase S
3. Evitar apoptosis
o Inactivación p53
o Versión viral de Bcl-2
4. Inmortalizar células
o Aumentar transcripción subunidad de la teomerasa
5. Mutagénesis
o Integrarse en el genoma
6. Inflamación crónica
o Hígado Hepatocarcinoma
Virus Acción
HPV E5 Activación receptores de
superficie
HPV E7 Se une a Rb
KSHV Codifica v-cyclin
HPV E6 Inactivación p53
VBcl-2 Blouo apoptosis proteína
Bcl-2
HPV16 E6 Transcrip. Subunidad
telomerasa
Retrovirus Integra genoma
HBV y HCV Inflamación crónica
higado
Bacterias y cáncer
Helicobacter Pylori
o Cáncer gástrico
o Inflamación
o Se adquiere del ambiente
Inflamación y cancer
Obesidad y Diabates Inflamación crónica Riesgo mayor de desarrolllar
cáncer
Célula tumoral aprovecha factores de crecimiento, angiogénicos y señales de
EMT (transición eptielio-mesénquima) para invadir otros tejidos.
Resultado: inflamación crónica, inmunosupresión y tumerogénesis
PET SCAN
Fluorodesoxiglucosa → marcar glucosa con fluor
o Si vejiga, riñon, cerebro bien, si en otras partes malo
o Manchas oscuras → proliferción en exceso → mal pronostico
Transición epitelio-mesénquima
Células pierden proteínas de membrana, se despegan entre ellas y empiezan a
ocupar espacio que no es del epitelio
E-cadherina bajo → signo de la transición
Terapias
Radiación: cortes en el ADNmuerte de la célula cancerígena y todas las células del
tejido
o Piel e intestinos más afectados porque constante proliferación
Quimioterapia: inhibición síntesis ADN Afecta células tumorales y sanas
o Antibióticos citotóxicos:
Antraciclinas:
- inhib. a través de Hierro de la Topoisomerasa II en Síntesis
ADN y ARN ADN no se desenrrolla
- Desalojo de histonas
Selectivas
o Inhibir PARP (reparador): tejido muera más rápido
Se usa en pérdida de fución de gen BCRA2
Fármacos
o Nib: inhiben
Tirosina kinasa
Beta-Raf
Raf
Mek
o Mab: Ac monoclonales (evitar que disminuya la respuesta inmune)
Terapia génica:
o Administrar gen p53 en célula con p53 mutado Apoptosis
o Administrar gen suicida: gen de la timidina kinasa + ganciclovir = molécula
tóxica Apoptosis
Inmunoterapia
o MHC: codifican proteínas de membrana para reconocer las células
Si proteínas alteradas Ataca células que sí son del organismo
o Antígenos tumorales
Específicos de tumores: no presentes en células normales
Asociados a tumores: presentes en ambas células , pero en células
tumorales son diferentes
o Aumentar genes que favorezcan la expresión de antígenos
Aumentar MHC
Factores atrayentes de la acción de células inmunes
Sistema inmune reconoce mejor y mata células tumorales
o Ac contra proteína tumoral
o Ac bloqueador de angiogénesis
o Receptores de memb. CTLA4 y PD1: inhibición respuesta inmune
Evitar formación de una respuesta inmune
Mejora la potencia antitumoral de NK
Cromosoma Philadelphia
Translocación de pedazo de cromosoma 22 y cromosoma 9 Activación: leucemia
paciente triple negativo: no responde a quimioterapia por ausencia de factores de crecimiento
GENOMA HUMANO
Campo de biología molecular
Mapeo de genoma
Objetivo: caracterización colectiva y cuantificación de los genes
Marcadores génicos:
Segmento de ADN de ubicación conocida
Tipos de mapas
o Genéticos:
se construyen de manera indirecta mediante la frecuencia de
recombinación
Indica distancia entre genes
Asociar un marcador polimórfico con un gen responsable de la
enfermedad
o Físicos:
se localiza directamente la posición del marcador en el
cromosoma
Determinar si los genes están cerca o lejos
hibridación in situ con sondas en cromosoma metafásico
No preciso porque cromoma metafásico muy condensado
Hibridación in situ con sondas en cromosoma interfásicos
No tan preciso, se ven más cerca
Hibridación in situ con trozo de cromatina purificado
Muy preciso, separación por kb
Enzimas de restricción
Cóntigos:
o Digestión parcial: con enzima de restricción se generan
distintos fragmentos, se usa poca cantidad para que no
se generen tantos fragmentos
Fragmentos se pueden solapar en este paso (por
falta de enzima)
Es necesario saber:
1 corte = 2 fragmentos
2 cortes = 3 fragmentos
3 cortes = 4 fragmentos
MEIOSIS
Fenómenos aue contribuyen a la variabilidad genética
1. Ordenamiento aleatorio de los cromosomas
o Metafase 1
2. Crossing over
o Profase 1
Transposones: genes saltarines, secuencias de ADN que pueden moverse a diferentes
zonas del genoma a través de la transposicón
Reordenamiento genético
Riesgo de mutación: por silenciamiento de un gen si se pega la transposasa en un
gen
MUTACIONES GENÉTICAS
Formas tautoméricas
Las bases están en su tautómero
Timina enólica - guanina error
Citosina imino – adenina error
Sistema no es capaz de percibir las formas tautoméricas
Resultado: una célula hija normal y una célula hija mutada
Desaminación
Citosina uracilo
Uracilo que es del ARN va a unirse con A y mutación
Corregido si ADN no replicado aún
5-metilcitosina timina
Se cambia C por T
Difícil de corregir porque T es parte del ADN y puede pasar desapercibido
Naranja de acridina
Tinción
Verde: células en fase de división activa (mucho ADN)
Naranjo: células en reposo multiplicativo
Se usa para evaluar calidad del ADN es espermios
REPARACIÓN Y CONSECUENCIAS DE
MUTACIONES Y ENFERMEDADES
5. HR (recombinación homóloga)
Repara cortes en las dos hebras
o Exonucleasa
o ADN polimerasa
En replicación: se puede usar cromátida hermana para reparación
porqueestá cerca
No hay mutaciones
CODIGO GENETICO
Redundante
Codón stop: UAA, UAG, UGA
NOMENCATURA MUTACIONES
+1: inicio transcrip
g: genoma
c: ARN o ADNc
p: proteína
p.Gly30Val o p.G30V Se cambia glicina por valina en posición 30
Transición: cuando se cambia una pirimidina por pirimida o purina por purina
Sinonima: AGA y AGG Codifican el mismo aa
Con cambio de sentido: AGA y AAA Condifican ≠ aa
AGA: arginina
AAA: lisina
Mutaciones nulas:
Promotor: no afecta secuencia, pero puede no haber proteína del todo
Sitio catalítico: proteína sin funcionalidad si en aa de sitio activo
Sitio de splicing: consecuencias graves
o Introducción del intron completo: mutación en unión exón 1 y 2, 2 no es
reconocido
Proteína completamente distinta
o Sitios crípticos de ayuste: unión de exón 1 con otro exón 2 incorrecto
Proteína completamente distinta
Mutación leaky
Porción terminal del sitio catalítico: proteína funciona pero no de forma
eficiente
Mutación neutral
Fuera del sitio catalítico
Mutación y efecto en proteína
Ganancia de función
o Fosforilación que apaga proteína: perdida sitio de inactivación
Sobreexposición
Más estabilidad
Pérdida de función
o Haploinsuficiencia: defecto en heterocigoyo, no suficiente proteína
o Dominancia negativa
Una prote mutada afecta al complejo entero
Ejemplo: receptor dímero, si uno mutado de dos no funciona
INGENIERÍA GENÉTICA
Proceso de utilización de tecnología de ADN recombinante ADNr para modificar
composición genética directamente
Unión de dos moléculas de origen diferente, amplificarlas y modificarlas
Clonación: aislar fragmento y amplificarlo
ADN recombiante: molécula resultante de la fusión
Enzimas de restricción:
o endonucleasas
o EcoRI: reconoce sustancias GAATTC
o Hpal: GTTAAC
o Extremos cohesivos: extremos libres alfinal de la secuencia (G AATT C)
o Extremos romos: corte de 2 hebras en el mismo lugar
o HindIII: AAGCTT Extremos cohesivos
o Pstl: CTGCAG CTG CAG
Ligasas:
o Después de los cortes la enzima ligada une los trozos por
complementariedad
o Tubo eppendorf
Secuencias palindrómicas: tienen la misma seucencia pero en sentidos
contrarios
ADN recombinante:
o Se abre el vector y para que no se cierre se mete otra molécula distinta
en el tubo que tiene que ser cortada por la misma enzima de restricción
o La ligasa las une y se forma el ADNr
Amplificar un gen
PCR
Clonamiento
o Bacterias:
Enzima de restricción Ligasas: pegar segmento en vector
Vector en bacteria Bacteria se divide (cada 20 mns)
Duplicación
Plásmidos
Contenido:
Marcadores de selección: gen metabolismo que permite convertir una cosa en
otra
Caja de clonamiento: istio de corte, luagr donde se puede meter el gen
Inactivación por inserción
Permiten síntesis de proteína de interés Gen de interés debajo del promotor
Vectpres deben ser del kb de lo que se quiere clonar
Proteína Gen
A partir de: aa Partidores PCR gen Vector Células Proteína
Aumentar eficiencia: evitar que bacteria se coma el adn y hacer que ADN entre en
bacteria
o Microinyección
o Lipofección
o Electroporación
o Transfección: ADN en virus Adn y viru en bacteria Cultivo de bacteria
bacteriofago (capaz de contagiar)
Gen lacZ:
codifica enzima (azul)
Inserción gen de interés Blanco Funcionó
SARS-COV
Genes:
Gen S: proteína spike, reconcoida por epitelio humano
Vacunas:
No recombinantes:
● Pfizer → no es recombinante, sino que es ARN del virus de la proteína spike
envuelto en liposomas.
● Sinovac → es el virus inactivado.
Recombinantes:
● Astrazeneca → adenovirus inactivado, que contiene el gen de la espícula (S)
del SARS-Cov 2.
● Sputnik V
● Cansino → adenovirus, el genoma de este se recombina con el del SARS-Cov 2
TERAPIA GÉNICA
Sustituir o añadir copia normal de la región defectuosa del ADN para solucionar y
restablecer función alterada
Alteración células germinales: no ético
Terapia somática celular: cáncer, enf. Sanguíneas, heáticas o pulmonares
o In vivo
Vector viral es insertado en las células
Neuronas (Atrofia muscular espinal
→ virus adeno asociado
No cap. Replicación, dep. De otras proteínas
Infectan todas células, tej. Específicos
No resp. Inmune
PERO, como en naturaleza → ntiuerpo anti-AVV
Hasta 5kb
CRISPR/CAS9
Sistema inmunologico de las bacterias
Síntesis de ARN guías → guían a CAS9 donde cortar (≠ a enz. de restricción porque
CAS9 no viene con info de donde cortar)
GRAN hibrida → CAS9 identifica → CAS9 corta