TEMA 9: ENZIMAS.

ESTRUCTURA Y FUNCIÓN

Son catalizadores específicos (aumentan las velocidades de reacción sin modificarse ni consumirse) de
las reacciones biológicas, actuando sobre las termodinámicamente favorables pero lentas. Además, en el
complejo celular hay innumerables reacciones posibles y se aprovecha la necesidad de la catálisis para
encauzar las moléculas hacia las rutas metabólicas de interés, modulando la producción de las distintas
sustancias según la necesidad de la célula. La mayoría son proteínas globulares y son muy específicas
tanto para los sustratos (estereoespecíficas) y reacciones determinadas. Son muy eficientes (no suelen
producir subproductos) y sensibles a la desnaturalización en condiciones alejadas de las fisiológicas
(extremos de Tª, pH…). Tanto las ribozimas como las enzimas proteicas pueden regular su activación al
interactuar con ciertas moléculas y aumentan las velocidades de reacción pero no alteran el equilibrio ni
van en contra de las leyes de la termodinámica (tampoco varía la ΔG’0).
La descomposición del agua oxigenada para dar agua y oxígeno es muy favorecida termodinámicamente
(ΔG’0= -185’57 kJ/mol) pero muy lenta si se da sola. En presencia de una pequeña cantidad de un
catalizador inorgánico como el FeCl3 la velocidad aumenta en torno a 103 veces pero si se trata de un
catalizador orgánico como la hemoglobina (con Fe2+) aumenta unas 106 veces. Si aparece la catalasa
(elimina H2O2 de las células) se incrementa en torno a 109 de veces.

CLASIFICACIÓN INTERNACIONAL
Se solían nombrar con el sufijo -asa , indicando sobre el sustrato sobre el que actuaban (ureasa,
glucosidasa) o el tipo de reacción en la que participaban (triosafosfatoisomerasa). Se estableció una
clasificación en 6 grandes clases de enzimas y después se subdividieron para ordenarlas en función del
tipo de reacción o sustrato sobre el que actúan. La enzima recibe un nombre explicativo y un número
identificativo, aunque de modo rutinario se les sigue llamando por los nombres convencionales. Las 6
clases son:
1. Oxidorreductasas: llevan a cabo reacciones redox y comprenden deshidrogenasas, hidrogenasas,
oxidasas, reductasas, peroxidasas, etc.
2. Transferasas: catalizan transferencias de grupos funcionales de unas moléculas a otras. Comprende
moléculas como las quinasas, que participan en procesos como la formación de glucosa-6-fosfato a partir
de glucosa y ATP.
3. Hidrolasas: catalizan reacciones en las que se rompen enlaces por adición de agua. Un ejemplo es la
hidrólisis de polipéptidos para dar aminoácidos.
4. Liasas: reacciones en las que se eliminan grupos para formar dobles enlaces o se añaden grupos (H2O,
CO2 y NH3) para romperlos.
5. Isomerasas: llevan a cabo reordenamientos intramoleculares de grupos químicos. Dentro de ellas
tenemos las epimerasas, que convierten un epímero de un hidrato de carbono a otro por rotura y
formación de nuevos enlaces.
6. Ligasas: catalizan la formación de enlaces entre dos moléculas de sustrato usando la energía del ATP.

Esta clasificación deja fuera las enzimas no proteicas, las ribozimas. Son moléculas de ARN con
estructuras terciarias complejas que son capaces de llevar a cabo catálisis. Por ejemplo, la ribonucleasa
P madura los ARNt para que puedan participar en la traducción. Algunas ribozimas se modifican a si
mismas, por lo que no serían verdaderos catalizadores pero si que tienen capacidad catalítica. Estas
moléculas son una huella del mundo de ARN.

COFACTORES

Las enzimas proteicas son globulares y adoptan estructuras complejas. Además de la gran diversidad de
grupos de las cadenas R, forman los centros activos, donde ocurre el proceso de catálisis. Sin embargo,
algunas enzimas no tienen la capacidad física ni química necesaria para llevar a cabo su función, por lo
que requieren la interacción con moléculas no proteicas llamadas cofactores.

IONES INORGÁNICOS
Pueden encontrarse unidos a ese centro activo de modo permanente mediante enlaces de coordinación o
por grupos prostéticos más complicados (como el hierro unido al grupo hemo de las hemoproteínas). En
algunos casos, como con el Mg+2, son libres y no intervienen directamente en la reacción, pero actúan
como estabilizantes. Estos iones tienen una densidad de carga elevada, lo que facilita la polarización
electrónica de los sustratos (y así la reacción catalítica). Son electrófilos muy fuertes (pueden compartir
pares electrónicos) por lo que ayudan a orientar correctamente los sustratos en el centro catalítico. Si
presentan dos o más estados de oxidación estables les permite mediar en reacciones redox.
COENZIMAS

Son moléculas orgánicas de estructura compleja y que no pueden ser sintetizadas por todos los
organismos, por lo que deben adquirirse a través de la dieta en forma de vitaminas. Hay dos grandes
grupos de vitaminas: las hidrosolubles y las liposolubles. Dentro de las liposolubles (A, D, K y E) ni la
vitamina A ni la D dan lugar a formas coenzimáticas, mientras que la vitamina E y la K son fundamentales
en procesos antioxidativos o ciclos redox de la formación de la protrombina (necesaria en coagulación
sanguínea).
La vitamina C hidrosoluble es un antioxidante que también funciona como coenzima en procesos de
hidroxilación de ciertos aminoácidos de Lys para la síntesis del colágeno. El resto de las hidrosolubles
son las que dan lugar al mayor número de enzimas distintas (algunas son la B12, la riboflavina y el ácido
nicotínico). En algunos casos tenemos moléculas que se sintetizan en muy pequeñas concentraciones en
el organismo, y que también tienen función de coenzimas (en muchos casos también se necesita
complementarlo con la dieta. Un ejemplo es el ácido pantoténico, necesario para sintetizar la coenzima
A (CoA).
Muchas coenzimas tienen parte vitamínica (ácido pantoténico en CoA) y parte sintetizada en el cuerpo
(mercaptoetilamina y 3’-P-ADP en CoA).
El NAD+ o NADP+ (formada del ácido nicotínico, vitamina B3) y el FAD o FMN (formada de la
riboflavina, vitamina B2) son coenzimas muy importantes derivadas de adenina que participan en redox.
Las dos primeras habitualmente funcionan como coenzimas libres que se mueven de unas a otras, y son
modificadas en cada reacción. El FAD o FMN están fuertemente unidas a los grupos activos de las
enzimas.

CATÁLISIS

Para que las reacciones químicas tengan lugar, los sustratos (reactantes) debe sobrepasar una barrera de
ΔG durante un estado de transición (‡). Es una fase que deben pasar las moléculas que reaccionan con
cierta distribución electrónica precisa y que con su alta energía puede caer de nuevo a la forma normal
de reactante o a la de producto. A la energía de activación se le llama ΔG‡. Gracias a estas barreras
energéticas las reacciones no ocurren constantemente en ambas direcciones hasta alcanzar el equilibrio,
por lo que se pueden mantener las estructuras complejas. Las enzimas son capaces de selectivamente
disminuír las ΔG‡ de ciertos sustratos para llevarlos a la formación de productos de un modo ordenados.
En los sistemas inorgánicos para superar la barrera de transición se aumenta la temperatura, la presión
(procesos que aumentan el contenido energético de las moléculas), etc. Pero no son procesos que se
puedan llevar a cabo en ambientes orgánicos.
Las enzimas reducen las barreras energéticas a ‡ alternativos, de menor energía. Gracias a esto en los
procesos catalíticos la ΔG‡ es mucho menor a la que carece de catalizador. Se produce gracias a que las
enzimas pueden establecer complejos enzima-sustrato (también con el producto) creando zonas con más
estabilidad que permiten el paso a un ‡ diferente a una reacción sin catalizar.

DISMINUCIÓN DE ΔG‡ POR LAS ENZIMAS

En las reacciones no catalizadas la principal barrera para llegar al ‡ es la pérdida de entropía del sistema,
puesto que para que lleguen a reaccionar dos reactantes libres, ambos deben pasar a un ‡ y deben
encontrarse en la posición adecuada para poder reaccionar (entrópicamente desfavorable). En una
reacción unimolecular las moléculas han de pasar a un ‡ rígido acercando determinados grupos
funcionales según la distribución electrónica (entrópicamente desfavorable).
Los centros activos de las enzimas son un ambiente muy preciso donde ocurre la catálisis en una
hendidura bastante interna de la enzima. La disposición de las cadenas R de los aa en esa hendidura, la
estructura 3D y a veces la presencia de grupos prostéticos dan el ambiente adecuado para que entre el
sustrato e interaccione con las cadenas R (formando enlaces no covalentes), liberando energía al medio
(energía de unión, ΔGB) y compensando así la pérdida de entropía del sistema. También induce la
colocación adecuada de los dos sustratos para que los grupos reaccionantes interaccionen entre ellos, se
producen tensiones para llevarlo al estado intermediario parecido al ‡ y todo ello es un impulso energético
que disminuye la ΔG‡. La colocación adecuada del sustrato en el centro activo (a su vez la ΔGB) también
implica la especificidad de las enzimas por sus sustratos y por el tipo de reacción que llevan a cabo.

HIPÓTESIS DEL AJUSTE INDUCIDO

Indica que la interacción del sustrato provoca un cambio conformacional de la enzima, lo que causaba
un cambio en el propio sustrato que lo inducía a llegar al ‡. Este mayor ajuste de los enlaces da un aporte
extra para compensar la energía de activación, disminuyendo la barrera energética. Además, los centros
activos solo permiten la entrada de sustratos en ausencia de agua. Para ello tienen que desolvatarse, un
proceso energéticamente desfavorable que se ve compensado por la optimización de los enlaces en el
centro activo.
Los ‡ son formas bastante inestables temporales y en algunas enzimas se puede postular cómo debería
ser y cual sería la energía rebajada para poder alcanzarlo y que lleve o bien al producto o bien revierte al
sustrato. La enzima no modifica la dirección de la reacción, y el ‡ llevará a los productos si es
termodinámicamente favorable y está favorecido por acción de masas.

DIFERENCIA ENTRE EL MODELO LLAVE-CERRADURA CON EL DE AJUSTE INDUCIDO

En un proceso de rotura de cierta molécula hay que pasar por un ‡, para lo que se necesita una energía
de activación elevada. En ausencia de un catalizador ocurriría muy lentamente.
En un supuesto imaginario de una enzima complementaria al sustrato (modelo llave-cerradura), estabiliza
la molécula por interacciones débiles (ΔGB), creando un complejo muy estable. Haría un efecto
contraproducente porque la barrera energética es aún superior (el estado energético del complejo es
menor que el del sustrato libre). Ahora la energía de activación necesaria sería la inicial más la ΔGB.
Si la enzima es específica por el estado de transición (modelo del ajuste inducido), el complejo enzima-
sustrato lleva la molécula al ‡, provocando una disminución de la energía de activación (la inicial menos
ΔGB). Así, aumenta la velocidad de rotura y se hace el proceso mucho más favorable.

MECANISMOS CATALÍTICOS

Una vez posicionado correctamente el sustrato en el centro activo intervienen una serie de grupos
catalíticos de aa y cofactores que puedan haber. A veces implican la formación de enlaces covalentes (la
energía de fijación se refiere a enlaces no covalentes) de la enzima y el sustrato o su estado de transición.
Algunos de estos mecanismos estarían englobados en la formación de la energía de fijación:
- Efecto de proximidad y tensión: para que la reacción tenga lugar el sustrato tiene que colocarse en una
orientación concreta en el centro activo. Cuando son dos reactivos deben aproximar los grupos
reaccionantes de ambos.
- Efectos electrostáticos: las enzimas solo permiten la entrada de los sustratos desolvatados, haciendo
que las interacciones entre los sustratos y las cadenas R de los aa condicionen su estructura, llevándolos
a tensiones y reorganizaciones elerctrónicas de sus enlaces. Son muy importantes los iones que funcionan
como cofactores.
Diferentes enzimas siguen una serie de mecanismos catalíticos comunes según la reacción que lleven a
cabo.

CATÁLISIS ÁCIDO BASE

Transferencia, captación o ambas de H+ desde grupos R de aa del centro activo a los reactivos (catálisis
ácido base general) y viceversa o H+ del agua al sustrato (catálisis ácido base específica) y viceversa. Los
grupos químicos que pueden captar o liberar H+ de la enzima suelen ser cadenas R de aa ionizables (Glu,
Asp, Lys, Arg, His). Aa como la Cys, Ser y Tyr no suelen ser cargados, pero en las condiciones del centro
activo (poca agua y distribución de carga) pueden donar su H+. Esta transferencia hace que reacciones
que tienden ir hacia los sustratos se dirija hacia los productos.

CATÁLISIS COVALENTE
Formación de enlaces covalentes transitorios entre ciertos grupos químicos de la enzima con el sustrato.
Un ejemplo es la llevada a cabo por las serina proteasas, que usan grupos químicos de un aa Ser del
centro activo para, por ejemplo, romper una cadena polipeptídica (en este caso funciona como nucleófilo).
Además del grupo OH de la Ser, también intervienen los SH de las Cys, los COOH de Asp y Glu.

CATÁLISIS POR IONES METÁLICOS

Son importantes en las interacciones electrostáticas y en algunos casos actúan indirectamente sobre el
sustrato. Por ejemplo, la anhidrasa carbónica convierte el CO2 en bicarbonato (H2CO3) gracias a que el
Zn2+ polariza un g.OH para que sea transferido al CO2 y que se protone para dar el H2CO3.