Escuela Superior de Actopan

BACHILLERATO

Bloque 2: Lípidos, proteínas y

enzimas
Enzimas
DRA. BERENICE A. ORDÓÑEZ
Objetivo del bloque 2:
El alumno reconocerá la importancia de lípidos, aminoácidos y
proteínas, así como, sus estructuras químicas y grupos funcionales para
comprender los procesos diversos fisiológicos en los organismos vivos.

Competencias
Competencia Atributo
Genérica Pensamiento crítico: 6.1. Elige las fuentes de
información más relevantes para un propósito
específico y discrimina entre ellas de acuerdo a su
relevancia y confiabilidad
6.4. Estructura ideas y argumentos de manera clara,
coherente y sintética.
Disciplinares Ciencias experimentales 4
Enzimas
Su nombre proviene del griego énsymo (dentro de la levadura). Las
enzimas son catalizadores (aumentan la rapidez) muy potentes y
eficaces, químicamente son proteínas. Al igual que los catalizadores
metálicos, sólo se requiere una masa pequeña para funcionar, la que se
recupera indefinidamente. No llevan a cabo reacciones que sean
energéticamente desfavorables, no modifican el sentido de los
equilibrios químicos, sino que aceleran su consecución.
Las enzimas son esenciales para todos los procesos biológicos ya que
son las responsables de las reacciones que mantienen la vida.
Cualquier mutación o disfunción en un gen responsable de la
codificación de una enzima puede causar un enfermedad severa y
hasta la muerte.
En su estructura globular, se entrelazan y se pliegan mediante una o
más cadenas polipeptídicas, que así aportan un pequeño grupo de
aminoácidos para formar el sitio activo, o lugar donde se reconoce el
sustrato, y donde se realiza la reacción. Una enzima y un sustrato no
llegan a interaccionar si sus formas no encajan con exactitud.
El modelo llave-cerradura de la acción enzimática, expuesto por Emil
Fischer en 1890, explica en parte la especificidad enzimática. Cada
enzima se une a un único tipo de sustrato debido a que el sitio activo y
el sustrato poseen estructuras complementarias.
Propiedades
Las enzimas poseen varias propiedades notables.
En primer lugar, las velocidades de las reacciones que catalizan las
enzimas suelen ser extraordinariamente elevadas. (Son frecuentes los
aumentos de la velocidad de 106 veces o mayores.)
En segundo lugar, con un marcado contraste con los catalizadores
inorgánicos, las enzimas son muy específicas para las reacciones que
catalizan. Es poco habitual que se formen productos secundarios.
Finalmente, debido a sus estructuras complejas, las enzimas pueden
regularse. Esto es especialmente importante en los seres vivos, que
deben conservar la energía y las materias primas.
Cada clase de molécula enzimática contiene una superficie de unión de
forma enrevesada y única denominada sitio activo Los sustratos se
unen al sitio activo de las enzimas, que habitualmente es una pequeña
hendidura o grieta en una molécula proteica grande. Sin embargo, el
sitio activo no es sólo el lugar de unión. Varias de las cadenas laterales
de los aminoácidos que se encuentran en el sitio activo participan
activamente en el proceso catalítico.
Clasificación
El Comité de Enzimas (EC) de la Unión Internacional de Bioquímica y
Biología Molecular clasifica a las enzimas en 6 clases, de acuerdo con del
tipo de reacción que catalizan. Se conocen al presente más de 5000
enzimas, algunas trabajan solas y otras necesitan un cofactor.
Para medir la velocidad de reacción de una enzima lo que se hace es
determinar la velocidad de formación del producto y la cantidad que se
obtiene, la actividad se expresa como la cantidad de enzima que produce
un mol de producto por minuto de reacción.
Los nombres de uso frecuente para casi todas las enzimas describen el tipo
de reacción catalizada, seguido por el sufijo –asa. Los modificadores pueden
preceder o seguir al nombre para indicar el sustrato (xantina oxidasa), la
fuente de la enzima (ribonucleasa pancreática), su regulación (lipasa
sensible a hormona) o una característica de su mecanismo de acción
(cisteína proteasa). Cuando es necesario, se añaden designaciones
alfanuméricas para identificar múltiples formas de una enzima (p. ej., RNA
polimerasa III; proteína cinasa Cβ).
Número Clasificación Acción
1 Oxidoreductasas catalizan oxidaciones y reducciones
Actúan sobre muchos grupos químicos para agregar o
remover átomos de hidrógeno
2 Tranferasas Transfieren grupos funcionales entre moléculas
donantes y aceptoras. Las quinasas son transferasas
especializadas que regulan el metabolismo transfiriendo
fosfatos desde el ATP a otras moléculas
3 Hidrolasas catalizan la división hidrolítica de C—C, C—O, C—N y
otros enlaces covalentes
Agregan agua a una ligadura hidrolizándola
4 Liasas Agregan agua, amoníaco o dióxido de carbono actuando
sobre las dobles ligaduras o los remueven para producir
enlaces dobles.
5 Isomerasas catalizan cambios geométricos o estructurales dentro de
una molécula. Transforman ciertas sustancias en sus
isómera
6 Ligasas catalizan la unión de dos moléculas en reacciones
acopladas a la hidrólisis de ATP que provee la energía
necesaria para que la reacción tenga lugar.
Estructura
Muchas enzimas contienen pequeñas moléculas no proteínicas y iones
metálicos que participan de manera directa en la unión de sustrato o en la
catálisis. Denominados grupos prostéticos, cofactores y coenzimas, éstos
extienden el repertorio de capacidades catalíticas más allá de las
proporcionadas por el número limitado de grupos funcionales presentes en
las cadenas laterales de los aminoácidos.
Grupo prostético
Un grupo prostético es el fragmento de una proteína que no posee
naturaleza aminoacídica. En estos casos, la proteína se denomina
“heteroproteína” o proteína conjugada, en donde la porción proteica se
denomina apoproteína.
Los grupos prostéticos se distinguen por su incorporación estrecha y estable
hacia la estructura de una proteína mediante fuerzas covalentes.
Cofactores
Los cofactores desempeñan funciones similares a las de grupos prostéticos,
pero se unen de una manera transitoria y disociable a la enzima o a un
sustrato como ATP. Por ende, al contrario de los grupos prostéticos
asociados de manera estable, para que ocurra catálisis debe haber
cofactores en el medio que rodea a la enzima. Los cofactores más comunes
también son iones metálicos.
Coenzimas
Las coenzimas son pequeñas moléculas orgánicas no proteicas que
transportan grupos químicos entre las diferentes enzimas del organismo
con el fin de favorecer la función de las mismas. También se les conoce
como cosustratos.
Como bien indica este segundo nombre, las coenzimas no forman parte de
las enzimas, sino que son sustratos que se unen a ellas. La mayoría de las
coenzimas derivan de las vitaminas.
Sustrato
Un reactivo en una reacción química se llama sustrato cuando actúa
sobre él una enzima.
Las enzimas se unen a reactivos químicos llamados sustratos. Puede
haber uno o más sustratos para cada tipo de enzima, dependiendo de la
reacción química particular. En algunas reacciones, un solo sustrato se
descompone en múltiples productos. En otros, dos sustratos pueden
unirse para crear una molécula más grande. Dos reactivos también
pueden entrar en una reacción, ambos se modifican y dejan la reacción
como dos productos.
El sitio activo de la enzima se une al sustrato. Dado que las enzimas son
proteínas, este sitio está compuesto por una combinación única de
residuos de aminoácidos (cadenas laterales o grupos R). Cada residuo
de aminoácido puede ser grande o pequeño; débilmente ácido o básico;
hidrofílico o hidrofóbico; y con carga positiva, carga negativa o neutra.
Las posiciones, secuencias, estructuras y propiedades de estos residuos
crean un entorno químico muy específico dentro del sitio activo. Un
sustrato químico específico coincide con este sitio como una pieza de
rompecabezas y hace que la enzima sea específica para su sustrato.
Mecanismo
Una enzima, por sí misma, no puede llevar a cabo una reacción, su
función es modificar la velocidad de la reacción, entendiéndose como
tal la cantidad de producto formado por unidad de tiempo. Tal variación
se debe a la disminución de la energía de activación Ea; en una reacción
química, la Ea es la energía necesaria para convertir los reactivos en
formas moleculares inestables denominadas especies en estado de
transición, que poseen mayor energía libre que los reactivos y los
productos.
Orienta a los sustratos: parte de la energía de activación se utiliza para
que los sustratos roten y se enfrenten con los átomos correctos para
formar los enlaces.
Agregan cargas a los sustratos: las cadenas laterales (R) de los
aminoácidos de las enzimas pueden participar directamente haciendo a
los sustratos químicamente más reactivos.
Inducen la deformación en el sustrato: cuando una sustancia se une al
sitio activo, la enzima puede causar que los enlaces se estiren,
poniéndolo en un estado de transición inestable.
Cambio de forma de la enzima al unirse al sustrato: el modelo de llave-
cerradura de Fisher fue actualizado cuando se descubrió que las
enzimas son flexibles y sus sitios activos pueden cambiar (expandirse)
para acomodarse a sus sustratos. Este cambio de forma causado por la
unión al sustrato se denomina ajuste inducido.
Cinética enzimática
La cinética enzimática estudia la velocidad de las reacciones
catalizadas por enzimas. Los estudios cinéticos miden también la
afinidad de las enzimas por los sustratos y los inhibidores, y
proporcionan conocimientos sobre los mecanismos de reacción. La
cinética enzimática tiene varias aplicaciones prácticas, que incluyen una
mejor comprensión de las fuerzas que regulan las rutas metabólicas y el
diseño de tratamientos más adecuados.
La medida se realiza siempre en las condiciones óptimas de pH,
temperatura, presencia de cofactores, etc. y se utilizan concentraciones
saturadas de sustrato. En estas condiciones, la velocidad de reacción
observada es la velocidad máxima (Vmax). La velocidad puede
determinarse bien midiendo la aparición de los productos o la
desaparición de los reactivos.
Cinética de Michaelis-Menten
Uno de los modelos más útiles en la investigación sistemática de las
velocidades enzimáticas fue propuesto por Leonor Michaelis y Maud
Menten en 1913. El concepto del complejo enzima-sustrato, enunciado
por vez primera por Victor Henri en 1903, es central para la cinética de
Michaelis-Menten. Cuando se une el sustrato S en el lugar activo de una
enzima E, se forma un complejo intermediario (ES). Durante el estado
de transición, el sustrato se convierte en producto. Tras un breve
espacio de tiempo, el producto se disocia de la enzima.
La representación gráfica de la
ecuación de Michaelis-Menten
(v0 frente a [S]0) es una hipérbola
(Figura de la izquierda). La
Vmax corresponde al valor máximo al
que tiende la curva experimental, y
la KM corresponde a la
concentración de sustrato a la cual
la velocidad de la reacción es la
mitad de la Vmax.
Regulación
Las células deben poder regular las rutas metabólicas y lo hacen a través de
reguladores enzimáticos. Los inhibidores naturales regulan el metabolismo
mientras que los artificiales son utilizados como fármacos, antibióticos,
conservantes alimentarios y venenos.
Inhibición reversible: pueden ser inhibidores competitivos, los que se unen
a la enzima ingresando en el sitio activo, impidiendo así su enlace con el
sustrato. Las sustancias que se comportan como inhibidores competitivos,
es decir, que reducen la afinidad aparente de una enzima por el sustrato,
suelen tener una estructura semejante a la del sustrato. Entre estas
moléculas hay productos de reacción o análogos que no se metabolizan. o
derivados del sustrato.
En la inhibición acompetitiva, el inhibidor sólo se une al complejo
enzima-sustrato, y no a la enzima libre.
La adición de más sustrato a la reacción da lugar a un aumento de la
velocidad de reacción, pero no hasta el grado que se observa en las
reacciones sin inhibir. La inhibición acompetitiva suele observarse en las
reacciones en las que las enzimas unen más de un sustrato.
Los inhibidores no competitivos se unen a la enzima en un lugar
diferente al sitio activo cambiando la forma de la proteína y por lo tanto
la forma del sitio activo. Sus efectos son reversibles. Normalmente, los
inhibidores no competitivos no afectan a la unión del sustrato y se
parecen poco o nada a éste.
Inhibición irreversible: hay inhibidores que se unen covalentemente al
sitio activo de una enzima, esta unión es permanente e inactiva a la
enzima destruyendo su capacidad de unirse al sustrato. Por ejemplo, las
enzimas que contienen grupos sulfhidrilo libres pueden reaccionar con
agentes alquilantes como el yodoacetato.
Ej: el DIPF reacciona con el aminoácido serina del sitio activo de la
enzima acetilcolinesterasa, inhibiéndola irreversiblemente. Esta enzima
participa en el mecanismo de propagación de los impulsos nerviosos. El
DIPF es conocido como gas nervioso, algunos ej. son la SARINA (usado
en el ataque terrorista en un subterraneo en Tokio en 1995)y el
MALATION (insecticida).
Efectos fisiológicos del gas sarín: protocolo médico tras un ataque
químico
https://www.youtube.com/watch?v=jFzDYyJgtRg