GF = grupos funcionales

ESI = enzima-sustrato-inhibidor

ENZIMAS
La mayoría de las enzimas son intracelulares.

Las reacciones químicas se realizan en los seres vivientes a gran velocidad, en condiciones
muy moderadas de temperatura, pH, presión, etc. gracias a la existencia de catalizadores.

Un catalizador es un agente capaz de acelerar una reacción química, sin formar parte de los
productos finales ni desgastarse en el proceso. En este sentido, las enzimas son más
efectivas que la mayoría de los catalizadores inorgánicos.

Los catalizadores inorgánicos suelen actuar acelerando reacciones químicas muy diversas,
mientras que las enzimas solo catalizan una reacción química determinada.

Como catalizadores:
 Aceleran la velocidad de las reacciones (cambian, se producen o se reducen
productos)
 Son eficaces en pequeñas cantidades y reciclables constantemente ya que existen
coenzimas y cofactores que lo permiten.
 Su estado inicial es igual a su estado final (no interviene en la reacción)
 No alteran el equilibrio de las reacciones que catalizan, es decir, no modifica la masa
(estequiometria de reacción)
 No afectan a la variación de energía libre

Como proteínas:
 Son termolábiles, la mayoría
 Son más eficientes que los catalizadores químicos
 Son muy específicos y por lo tanto, muy eficientes
 Su regulación es muy compleja
 La especificidad reside en unos aminoácidos específicos, que conforman 2 centros
diferentes.
 El centro catalítico y el centro de unión al sustrato, que conjuntamente conforman
el centro activo

CLASIFICACIÓN

Las enzimas pueden clasificarse en varios grupos, según el tipo de reacciones que catalicen
(Tabla 8-1).

 Oxidorreductasas: catalizan reacciones de oxidación y reducción. Los electrones

que resultan eliminados de la sustancia que se oxida son aceptados por el agente
que causa la oxidación (agente oxidante), que sufre así un proceso de reducción.
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 Transferasas: transfieren un grupo químico de una molécula a la otra. Las quinasas

son un tipo especial de transferasas, que catalizan la transferencia de un grupo
fosfato a otra molécula desde un nucleosido trifosfato.

 Hidrolasas: son un tipo especial de transferasas que transfieren un grupo –OH

desde el agua a otro sustrato. Se segregan del anterior grupo de enzimas por su
carácter irreversible.

 Liasas: generalmente catalizan la escisión reversible de enlaces carbono-carbono y

generan nuevos dobles enlaces o anillos. Forman y rompen enlaces C-N o liberan
CO2 (descarboxilación). En el caso de formación de enlaces, estas enzimas no
requieren energía de nucleósidos trifosfato y se denominan sintasas.

 Isomerasas: catalizan reacciones que suponen un movimiento de un grupo o un

doble enlace dentro de la molécula, lo que hace que se obtenga un nuevo isómero.
Si se cambia la posición de un grupo fosfato la enzima se llama mutasa.

 Ligasas: catalizan la formación de enlaces carbono-carbono, pero, a diferencia de las

liasas, requieren energía que obtienen de la hidrólisis de ATP y se denominan
sintetasas.

Enzimas constitutivas: cuando la síntesis y degradación de la enzima se mantiene más o

menos constante a lo largo de la vida de la celular, la cantidad de enzima permaneces
estable.

Enzimas inducibles: la síntesis se activa o deprime de acuerdo con los requerimientos de la

célula en un momento dado. La inducción comprende síntesis de novo de la enzima y
puede ser activada por hormonas.

Numerosas enzimas tienen un componente no proteico, denominado cofactor (cationes

metálicos) o coenzimas (moléculas orgánicas) que es necesario para su correcto
funcionamiento.

Numerosas enzimas utilizan cationes metálicos como cofactores, estos cationes tienen
diferentes funciones dependiendo de la enzima concreta. Los iones metálicos contribuyen
al proceso catalítico por su capacidad para atraer o donar electrones. Algunos metales fijan
ligandos a su esfera de coordinación, lo cual los habilita para unir sustratos.

Las coenzimas son necesarias para transportar de forma transitoria grupos funcionales
durante la reacción catalizada por la enzima. Muchas son productos derivados de vitaminas
y su unión a la porción proteica puede ser covalente o no covalentes.

En este tipo de enzimas que requieren un componente adicional, la porción proteica se

denomina apoenzima y la molécula completa holoenzima.
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ESI = enzima-sustrato-inhibidor
HOLOENZIMA = APOENZIMA + COENZIMA
Enzima total Proteína No proteica
Termolábil Termoestable
No dializa

 Grupo prostético: pueden estar fuertemente unidas a la enzima por uniones

covalentes u otro tipo de enlace fuerte, formando complejos difíciles de separar.
Cofactores de fe .magnesio

 Coenzima: aquellas cuya asociación a la proteína es más laxa. Una coenzima puede
unirse a distintas apoenzimas y actuar frente a diferentes sustratos.

No es la coenzima sino la apoenzima, la responsable de reconocer con precisión al sustrato.

La especificidad de la holoenzima depende de la porción proteica.

Muchas de las reacciones de oxidorreducción que se dan en la célula son catalizadas por
deshidrogenasas que utilizan dos coenzimas que son derivados de la molécula de niacina: el
NAD+ y el NADP+. La alternancia de estos compuestos entre su forma oxidada y reducida
permite que actúen como aceptores o dadores de electrones según la reacción.

MECANISMO DE ACCIÓN

Las enzimas (E) tienen un papel fundamental: acelerar las reacciones biológicas actuando
sobre sustratos (S) específicos que se van a transformar en el producto (P) de la reacción
(E + S  E + P).

Esta función la consiguen gracias a que poseen una estructura tridimensional característica,
el centro activo, sitio activo, sitio catalítico o lugar de sustrato con un entorno químico
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adecuado que permite la interacción entre la enzima y el sustrato mediante la formación de
un complejo binario denominado complejo Enzima-Sustrato (ES).

Este proceso se puede considerar un caso específico de una interacción molecular entre
macromoléculas y moléculas de menor peso molecular denominada ligandos, y se realiza
mediante la creación de interacciones no covalentes entre ambas moléculas.

En enzimas o proteínas no enzimáticas, especialmente de proteínas reguladoras o

transportadoras, se denomina ligando a aquella molécula que se une al centro activo
de la proteína para que ésta pueda realizar su función (transportar, o inhibir una
reacción metabólica).

Una vez que el sustrato adecuado interacciona con el centro activo se van a producir
modificaciones que lo convierten en un estado de transición que se transformara en el
producto final de la reacción. Este, resulta estabilizado por los residuos del centro activo
con lo que se consigue acelerar la reacción.

 Residuos de unión: son ciertos aminoácidos que intervienen en la unión del sustrato
a la enzima.

 Residuos catalíticos: los que participan de forma activa en la transformación

química del sustrato.

En una reacción química espontanea (exergónica) la energía basal del sustrato es mayor
que la del producto, por lo que el G tiene un valor negativo.

Las enzimas no alteran el equilibrio entre productos y sustratos pero, al acelerar la

velocidad de reacción consiguen que se alcance de forma más rápida este equilibrio. De
esta forma, si existe suficiente cantidad de sustrato se podrán conseguir mayores
concentraciones de producto por unidad de tiempo en presencia de enzima que en su
ausencia.
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Aunque la reacción es favorable (el sustrato tiene mayor energía libre de Gibbs que el
producto), para que se inicie debe formarse un estado transitorio inestable de mayor
energía libre de G. que el estado basal en el que se encuentra el sustrato. Esa barrera
energética se denomina energía de activación.

La catálisis enzimática se consigue relajando esta barrera mediante la ventaja energética

que se supone creación del complejo enzima-sustrato.

Las enzimas aceleran las reacciones químicas creando vías alternativas de menor energía de
activación y lo hacen fundamentalmente por dos mecanismos:

1. La formación de enlaces covalentes o la transferencia de grupos funcionales entre

determinados GF de la enzima y del sustrato.

2. La creación de interacciones no covalentes entre la enzima y el sustrato que van

acompañadas de una liberación de energía libre (G-), llamada energía de unión o
fijación, que rebaja la energía de activación.

Constante de velocidad (k): está relacionada con la energía de activación de forma inversa y
exponencial esto indica que un pequeño descenso en la energía de activación supone un
aumento considerable en la velocidad de la reacción.

La molécula de sustrato fijada a la enzima sufre una deformación en los enlaces que han de
ser afectados por la reacción y adquiere un estado “tenso”, desde el cual pasa fácilmente a
formar el o los productos. Este estado de tensión o “activación” es el llamado
intermediario de transición y explica porque la encima reduce la energía de activación.

MODELOS DE COMPLEJO ENZIMA-SUSTRATO

Llave y cerradura, Fischer: las enzimas se consideraban estructuras rígidas

complementarias a sus sustratos a los que se acoplaban de igual forma que lo hace una
llave a una cerradura. Este modelo explica la especificidad entre enzima y sustrato, pero no
permite explicar cómo se produce la reacción de una forma eficiente.

La formación del complejo ES es tan estable que cualquier transformación posterior haría
que se perdieran interacciones dando lugar a una situación menos estable que es el
complejo ES y, por tanto, no tendría lugar la formación del producto.
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Pauling: propuso que el verdadero encaje llave-cerradura no ocurría entre el sustrato y la
enzima, sino entre el estado de transición y la enzima.

Ajuste inducido, Koshland: la interacción entre ambas moléculas hace que la proteína sufra
un cambio de conformación que permite la formación de interacciones
adicionales entre la enzima y el estado de transición.

Las interacciones entre ES son de naturaleza no covalente, de forma que una

porción polar del sustrato interacciona con una porción polar del centro activo y
una región apolar interacciona con las cadenas laterales de residuos apolares
que se suele denominar bolsa hidrofóbica.

Sustrato no es homólogo con el centro activo (la enzima puede adoptar

modificaciones muy accidentales, que no alteren su química, pero que pueda
adaptarse a la estructura de este sustrato).

ESTABILIZACION DEL ESTADO DE TRANCISION

La formación del complejo ES mantiene al sustrato en la orientación correcta y facilita las

interacciones entre los grupos funcionales que van a reaccionar.

Las interacciones débiles que se forman entre enzima y sustrato sustituyen las
interacciones que existían entre las moléculas y el agua. De esta forma, si se elimina la capa
de solvatación del sustrato, se facilita su transformación en producto.

Las interacciones débiles creadas entre la enzima y el estado de transición compensan

situaciones termodinámicas inestables.

GRUPOS CATALITICOS ESPECIFICOS

Los mecanismos por los que la enzima consigue rebajar la energía de activación mediante la
unión en ciertos residuos se pueden clasificar en cuatro grupos principales:

 Catálisis acido-base general: una forma de estabilizar las cargas que aparecen en un
estado de transición es la transferencia de protones desde o hacia el sustrato. En los
casos en los que el protón transferido proviene del agua la catálisis se denomina
catálisis ácido-base específica, mientras que cuando el protón proviene de otro tipo
de molécula se lo nombra como catálisis ácido-base general.
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 Catálisis covalente: se crea un enlace covalente transitorio entre la enzima y el

sustrato, que produce catálisis siempre que esa nueva vía para alcanzar el producto
final, tenga menor energía de activación que la que se desarrolla en ausencia del
catalizador. En muchas de estas reacciones intervienen reactivos nucleófilos
(grupos funcionales con electrones sin compartir o bien aniones) y electrófilos (son
especies deficientes en electrones que tienen orbitales vacios y pueden tener carga
positiva).

 Catálisis por iones metálicos:

 Orientando el sustrato de la forma adecuada para que reaccione

 Estabilizando cargas en un estado de transición inestable
 Facilitando reacciones de REDOX gracias al paso reversible de su estado
de oxidación.
 Cambiando la polaridad de ciertos enlaces para hacerlos más
susceptibles a ciertos reactivos.

Las enzimas combinan diferentes mecanismos químicos para disminuir la energía de

activación y aumentar la velocidad de reacción.

CINETICA ENZIMÁTICA

DE UN SOLO SUSTRATO

La ecuación de Michaelis-Menten explica el comportamiento de las reacciones en las que la

concentración del complejo ES permanece constante y la concentración de sustrato es muy
superior a la enzima.

 Una primera etapa lineal, a bajas concentraciones del sustrato, en la que la reacción
se comporta como si fuera de primer orden.

 Una segunda etapa curvilínea, a concentraciones de sustrato intermedias en la que

hay un descenso en la respuesta al aumento de la concentración de sustrato.

 Una última etapa, a elevadas concentraciones de sustrato en la que la velocidad no

varía al aumentar la concentración de sustrato. La reacción sigue una cinética de
orden cero.

A bajas concentraciones de sustrato, la velocidad será proporcional a la concentración de

sustrato; pero a concentraciones elevadas de sustrato, toda la enzima estará saturada
formando el complejo ES, por lo que la velocidad dependerá de su concentración. Es decir,
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dependerá de la velocidad de transformación química de ES a EP y de la liberación de
producto y enzima libre.

Se puede explicar el comportamiento de numerosas reacciones enzimáticas suponiendo

que la primera etapa es rápida y reversible y la velocidad está condicionada por la
transformación mucho más lenta del sustrato a producto.

Vmax: es la tasa máxima teórica que se obtiene en unas condiciones determinadas para
alcanzarla sería necesario que todas las moléculas de enzima estuvieran estrechamente
unidas con el sustrato.

Ks: permite estimar el grado de disociación del complejo ES y estimar la afinidad de la

enzima por el sustrato.

Km: equivale a la concentración de sustrato que se requiere para alcanzar la mitad de la

velocidad máxima. Ese Km constante de equilibrio depende de todos los factores que
afecten a la acción enzimática pero es independiente de la concentración de enzima.

El cociente entre el Kcat y la Km permite estimar la eficiencia de una enzima.

Importancia del modelo:

 Distinguir unas enzimas de otras

 Conocer las diferencias entre la actividad enzimática en un tejido o en otro
 Permite conocer su afinidad con el sustrato.

REACCIONES MULTISUSTRATO

En este tipo de reacciones los sustratos pueden unirse a la enzima de forma simultánea o
sucesiva, existen dos mecanismos que explican este comportamiento:

Mecanismo secuencial: en algunas reacciones en las que intervienen dos sustratos se forma
en algún momento un complejo ternario no covalente ES 1 y ES2. Los sustratos pueden fijarse
al azar o hacerlo en un orden específico.

Mecanismo de doble desplazamiento o “Ping Pong”: el primer sustrato se libera como

producto antes de la unión del segundo sustrato a la enzima que ya ha sido modificada en la
reacción anterior.

En estos casos, el sitio activo ofrece un nicho en el cual cada sustrato es ubicado en la
posición y orientación más favorable para reaccionar; se promueve así la formación del
estado de transición, la reducción de la energía de activación y el incremento de la
velocidad de reacción.
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SISTEMAS MULTIENZIMATICOS

Complejos organizados constituidos por varias enzimas diferentes cuyas acciones de

complementan. Ordenadas de tal modo (generalmente en membranas), que el producto de
la reacción catalizada por la primera enzima es recibido como sustrato por la segunda y así
sucesivamente.

Las transformaciones de producen según la secuencia fijada por la disposición espacial de

los catalizadores.

FACTORES EXTERNOS QUE ALTERAN LA ACTIVIDAD ENZIMÁTICA

Concentración de enzima: cuando se determina la velocidad inicial de una reacción

catalizada por una enzima distintas concentraciones de esta, en presencia de cantidades
saturantes de sustrato y manteniendo constantes todos los otros factores en el medio de
reacción, se procede a establecer la relación entre la cantidad de enzima y velocidad
(equivalente a actividad enzimática). La velocidad es directamente proporcional a la
concentración de enzima.

Temperatura: el aumento de la temperatura conduce a un aumento en la velocidad de la

reacción, que tiene un límite cuando se sobrepasa la temperatura de desnaturalización de la
enzima, lo que conlleva a una pérdida de su función.

pH: cambios en el pH del medio pueden alterar el estado de ionización de las cadenas
laterales de los aminoácidos ácidos y básicos. Estos cambios pueden afectar a la afinidad de
la enzima por el sustrato. También se puede alterar la etapa de transformación del sustrato
en producto si se modifican los residuos catalíticos.

INHIBIDORES

Cierto tipo de moléculas que ralentizan o detienen las reacciones enzimáticas. Resultan muy
eficaces en la búsqueda y elaboración de fármacos.

REVERSIBLES

Son moléculas que se unen a la enzima mediante interacciones no covalentes, más o menos
estables, de forma reversible.

 Inhibición competitiva: el inhibidor se une al mismo sitio que el sustrato,

impidiendo, por tanto, la formación del complejo ES y la formación de producto.
Suele ser una molécula semejante al sustrato de la reacción de forma que los
ligandos compiten para unirse al centro activo, aunque algunos tienen una
estructura diferente. Como la unión es reversible, cuando la concentración de
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sustrato es elevada es muy poco probable que el inhibidor se una a la enzima, por lo
que la reacción muestra una Vmax normal.

 Inhibición no competitiva: el inhibidor muestra afinidad tanto por la enzima libre

como por el complejo ES y la unión se realiza en un lugar distinto del centro. Por
tanto, su efecto no se puede evitar aumentando la concentración de sustrato y
produce una disminución de la Vmax ya que el complejo ternario ESI no genera
producto.

 Inhibición incompetitiva: se unen exclusivamente al complejo ES en un lugar

diferente del centro activo. El efecto aparte sobre los parámetros cinéticos en
presencia de inhibidor es la disminución de V maxi y Kmi.

IRREVERSIBLES

Son moléculas que se suelen unir a la enzima mediante enlaces covalentes o interacciones
no covalente muy estables, con los residuos imprescindibles para la catálisis, impidiendo su
función.

REGULACIÓN ENZIMÁTICA

Enzimas reguladoras o alostéricas: estas enzimas pueden cambiar su actividad como

respuesta a ciertas modificaciones y suelen ser las que catalizan las primeras de las
reacciones de la secuencia. Puesto que la regulación de la ruta en las últimas etapas
supondría un gasto innecesario. Se unen de forma reversible no covalente a pequeñas
moléculas, que regulan su actividad.

La actividad de algunas enzimas se modula mediante la unión de uno o más ligandos

denominados moduladores, modificadores o efectores alostéricos que se unen en otro
lugar diferente al centro activo pero que es específico para cada modulador. Estos ligandos
inducen un cambio de conformación que puede aumentar (moduladores positivos) o
disminuir (moduladores negativos) la afinidad de la enzima por el sustrato.

 Interacciones homotrópicas:

 El mismo sustrato tiene un efecto modulador.

 Casi siempre regulaciones positivas.
 El centro activo y el sitio regulador son el mismo.
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 Interacciones heterotrópicas:

 El ligando es una sustancia diferente

 Pueden ser positivas o negativas

Retroalimentación (feed-back): el producto final de la ruta es la molécula que actúa como

modulador negativo de la enzima que cataliza la primera etapa de la ruta.

Principio de máxima abundancia: si se tiene, por ejemplo, exceso energético, el ATP satura
el sitio alostérico y lo que sucede es que la enzima catalizadora de glucosa, va a trabajar a
menor velocidad ya que no es necesaria la degradación en ese momento. De lo contrario,
de haber una gran concentración de ADP, se acelerará su acción.

Falencia energética: concentración determinada de ADP.

Exceso o equilibrio energético: concentración determinada de ATP

MODIFICACIONES COVALENTES DE LA ESTRUCTURA DE LA ENZIMA

Fosforilación, modificación reversible: puede dar lugar a una forma más activa o a una
forma menos activa. Estas reacciones están catalizadas por sus correspondientes enzimas
específicas que, en el caso de la fosforilación, se denominan quinasas. Es reversible porque
los grupos fosfato pueden eliminarse por la acción de otras enzimas: las fosfatasas.

Ruptura de un precursor enzimático: la forma activa de una enzima surge tras la escisión
por hidrólisis de un fragmento de la cadena polipeptídica de un precursor inactivo
denominado zimógeno, proenzima o preenzimas. La pérdida de un fragmento de la cadena
produce cambios morfológicos en estas enzimas que hacen accesible su centro activo.