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LA MOLINA
PRÁCTICA 7 DE LABORATORIO
INTEGRANTES:
CICLO: 2020-I
La Molina
Lima-Perú
DISEÑO DE PRIMERS O CEBADORES
1. INTRODUCCIÓN
(Contreras-Moreira. B, 2018) nos dice que para poder diseñar los primers o
cebadores es necesario el uso de softwares o programas tales como : Primer 3,
Primer Selection, NetPrimer, Primer 2, Perl Primer, etc.
Es por ello que los objetivos de la presente práctica fueron identificar los diferentes
programas bioinformáticos para el diseño de primers, diseñar primers y adquirir
habilidades y destrezas en el diseño de oligonucleótidos (primers) utilizando
programas informáticos.
2. MATERIALES Y MÉTODOS
2.1. MATERIALES
➢ Computadora de escritorio o portátil con acceso a internet.
➢ Videos
➢ Programa Primer3plus.
2.2. MÉTODOS
3. RESULTADOS
Figura 17. Principales primers para el gen Danio rerio Gen Bcl2 (bcl2) mRNA,
complete cds.
Figura 18. Primers adicionales para el gen Danio rerio Gen Bcl2 (bcl2)
mRNA, complete cds.
4. DISCUSIONES
Se diseñaron en total dos parejas de cebadores, una más externa (Pr Ext Fw
y Rev) y otra más interna (Pr Int Fw y Rev). Debido a que la secuencia no
presentaba un 100% de consenso en todas las bases de las zonas elegidas
para el diseño de los oligos, se optó por incluir degeneraciones en aquellas
bases puntuales que presentaban mayor grado de variabilidad.
➢ En el caso 4.1 el Tm se encontró entre 56°C y 60°C, por otro lado en el caso
4.2 se encontraba en 57°C finalmente en la prueba realizada en clase el Tm
no figuraba.
➢ En el trabajo 4.1 el % de CG fue de 60%, en el caso 4.2 fue de 50% mientras
que en el diseño de “primer” realizado en clase fue de 45% - 60%. Según
Contreras-Moreira. B en el 2018, el % de CG óptimo para el diseño de un
cebador debe fluctuar entre los 50 - 60 %, esto nos indica que en los tres
procedimientos realizados para el diseño del primer se mantuvo un
porcentaje de CG óptimo.
➢ Los programas utilizados para el diseño del cebador en los casos 4.1, 4.2 y el
diseño realizado en clase fueron Clustal W.2 elaborado por la European
Molecular Biology laboratory, Geneious y el Primer 3 plus respectivamente.
Según Onodera. K, 2007 los programas más eficientes para el uso de diseño
de primers son: Primer 3, Primer Selection, NetPrimer, Primer 2, Perl Primer,
Geneious. Observamos que el software Clustal W.2 no se encuentra dentro
de la lista, esto se puede deber a que es un programa nuevo creado en el
2015.
➢ Por último, uno de los factores que indican que el diseño de un primer se
realizó de manera correcta es la longitud de amplicón; obtuvimos los
siguientes resultados para el caso 4.1, 4.2 y el elaborado en clase: 60-100
pb, 472-529 pb y 154-240 pb respectivamente. Estos valores se ven
influenciados por el tipo de PCR utilizado previamente, el caso más inusual
es el visto en el caso 4.1 con 60-100 pb, esto se debe a que se realizó un
PCR cuantitativa en lugar de una PCR convencional.
Diseño de Serrano, et al. (2016) manifiesta que para el diseño cebadores del
gen ribosomal 18S de Dawestrema cycloancistrum se ubicaron las
secuencias presentes en la plataforma GenBank, lo cual coincide con la
ubicación de secuencias utilizado en el presente informe; en el caso dicho
estudio, ubicaron la secuencia presente en el gen ribosomal 18S de los
monogeneos de la familia Ancyrocephalidae; sin embargo, se diferencia
porque dichos autores lo llevaron al formato FASTA utilizando el programa
Clustalw2 con el objetivo de alinearlos.
➢ DAW182F: CAGTCTCCGGGAAACCTGTA
➢ DAW182R: CAGACAGCTCGTACCACGAA
➢ DAW183F: CCGTTTGTTGCCTGAAGATT
➢ DAW183R: GGCAGATGCTTTCGCTTTAG
➢ DAW184F: CCGTTTGTTGCCTGAAGATT
➢ DAW184R: GCAGATGCTTTCGCTTTAGG
5. CUESTIONARIO
6. REFERENCIAS BIBLIOGRÁFICAS