FACULTAD DE TECNOLOGA MDICA

ESCUELA PROFESIONAL DE LABORATORIO

ANATOMA PATOLGICA

BIOLOGA MOLECULAR
DISE Y ANLISIS DE PRIMER

ALUMNA: BUITRN LLANTOY MARA ELENA

PROFESOR: MSC. ALARCON BALDEON JHONATAN

-2017-
INTRODUCCIN

Los procesos biolgicos y genticos se desarrolan de una manera incontrolable, al punto

que se han llegado a crear blancos que albergan genes y secuencia de proteinas e
incluso desarrolar sofware encargados de organizar, analizar y distribuir grandes
cantidades de informacin biolgica y gentica complejas codificadas en las molculas
del ADN. Esto es lo que se conoce como la bioinformtica. La bioinformtica es un
amplio campo que est revolucionando la comprensin en las ciencias biolgicas, donde
se emplea la computadora como herramienta experimental con el fin de crear indicios, a
travs de experimentos y simulaciones de nueva informacin biolgica que permite
entender mejor a los organismos vivos.
La bioinformtica ha tenido un gran desarrollo en el rea de la medicina en donde se ha
buscado la obtencin de curas para enfermedades como el cncer, enfermedades que
son de caracter hereditario, enfermedades derivadas de mutaciones, entre otras.
Los ultimos avances de hacer ciencia biolgica, gentica y biologia molecular han
producido un crecimiento en volumen y complejidad de la informacin biolgica
disponible ya sea informacin en secuencias de ADN, ARN, proteinas . Las herramientas
de comunicacin y telecomunicaciones nos van a posibilitar
herramientas para almacenar, interpretar todos estos datos en centros de investigacion
como NCBI de EEUU, entre otros.
En el campo de biologa molecular el uso ms cotidiano de la bioinformtica se aplica en
la PCR. La PCR es un mtodo para amplificar un segmento particular de ADN, amplificar
significa hacer mltiples copias de un determinado segmento de ADN. El fundamento de
la PCR son los cambios de temperatura y el efecto que estos gradientes producen en el
ADN. La reaccin de PCR amplificar la seccin de ADN entre los dos primers y si
finalmente la secuencia de ADN es conocida, los primer pueden ser desarrollados para
amplificar cualquier pieza de ADN de un organismo. En una reaccin de PCR, la
siguiente serie de pasos es repetida en un rango de 20-40 ciclos
Paso 1: Denaturacin de ADN
Consiste en separar las dobles hebras de ADN a cadenas sencillas
Paso 2: Hibridazacin de los cebadores o primers
Los cebadores primer reaccionan con la cadena sencilla de ADN y se pegan en lugares
especficos por complementariedad de bases.
Paso 3: La ADN polimerasa extiende la cadena de ADN
El tamao del fragmento de ADN producido en la PCR depender de los cebadores, por
ende, el diseo de primers es uno de los aspectos ms importantes para realizar la
reaccin en cadena polimerasa (PCR) siendo un factor clave para el xito del mismo y
se apoya en la bioinformtica para disearlos. Los primers mal diseados pueden
amplificar otros fragmentos de ADN distintos a los buscados (amplificacin inespecfica)
en cambio disear unos buenos primer nos permitir obtener la mejor calidad y cantidad
del producto de amplificacin para ello se han establecido una serie de parmetros,
puntos crticos y modos de seleccin del mejor juego de primer que vamos a analizar
ms delante del presente informe.
OBJETIVOS:

1. Disear un par de primer para amplificar la secuencia de inters, analizarlos y

verificar su especificidad.
2. Analizar las estructuras secundarias de la secuencia blanco del primer.
MARCO TERICO

Para realizar esta prctica, en primer lugar debemos conocer la pgina que vamos a
utilizar para ayudarnos a realizar el diseo de primer, mencionaremos lo bsico para
realizar la prctica.
NCBI Entrez
Es un portal y un buscador que permite acceder a la base de datos del National Center
for Biotechnology information (NCBI). NCI es una parte de la National Library of Medicine
(NLM), asi como un departamente de National Institutes of Health (NIH) del gobierno de
los Estados Unidos.
Cada icono es una base fundamental y diferente. Permite encontrar:
PubMed: Rene todos los articulos cientificos de las ciencias de la vida y medicina
PubMed Central: Parte de los articulos de PubMed que estan disponibles
SiteSearch: Buscar en todo el sitio
Books: Buscar en los libros del portal
Nucleotide: Secuencias del ADN y ARN
Protein: Todas las secuencias de las proteinas
Genome: Buscar secuencias de genomas completos (Genoma Humano)
Structure: Tiene todas las estructuras.
Taxonomy: Clasificacin de las especies
FASTA
Fasta es un programa para alineamiento de secuencias de ADN y de protenas. El
paquete actual de FASTA incluye programas para busquedas del tipo proteina/proteina,
ADN/ADN, protena/ADN traducido, es decir, con cambios del marco de lectura, y
busqueda ordenada y desordenadas de pptidos. Las versiones recientes incluyen un
algoritmo para manejar errores de desplazamiento del marco de lectura,
FORMATO FASTA
Es el formato ms comun de secuencias de ADN, ARN y proteinas (solo texto), Hay
unas lneas de descripcin y unas lineas donde esta nuestra secuencia.
En este caso, en la practica encontraremos en el formato FASTA, secuencias de
nucleotidos con los siguientes smbolos:
A= adenina U= uracilo
C= citosina R= purina
T= timina Y= pirimidina
G= guanina k= GoT
N= A,C,G, o T.
NCBI BLAST - Hueco
Es usado para encontrar probables genes homlogos, es decir, con funciones similares.
Es bastante rpido pero no garantiza el mejor resultado d solo el mejor alineamiento.
Este programa tiene varias familias, nosotros usamos "BlastN": con el fin de buscar una
secuencia ADN/ARN en la base de datos de Nucleotidos (ADN/ARN)

CONCEPTOS PREVIOS
Qu es un primer?
Los primers o cebadores son molculas cortas de secuencias especificas que proviene
de una sola hebra de ADN (18 - 24 bp) que sirve como punto de partida para la
replicacin del ADN. Contiene un grupo 3'hidroxilo libre que forma pares de bases
complementarios a una hebra molde y acta como punto de inicio para la adicin de
nucletidos con el fin de copiar la hebra molde. Los primers son manufacturados
comercialmente pueden disearse para complementarse con cualquier secuencia de
ADN. Mientras ms largos sean los primers, mayor su especificidad y selectividad.

CARACTERSTICAS DE UN BUEN PRIMER

De acuerdo a Innis y Gelfand( 5, computer program for PCR) las reglas generales para
el diseo de primer son:
1) El primer debe tener una longitud de 17-28 pares de bases
2) La composicin de G+C debe estar entre los 50 a 60%
3) Los primer deben terminar (3) en GC,GG o CC
4) Las temperaturas de melting(Tm) deben estar entre los 55-80C
5) Impedir la formacin de dmeros de primer
6) Evitar la formacin de estrucuras secundarias en los primers
7) Evitar ms de tres C o G en 3- OH del primer
La temperatura de fusion (Tm): es la temperatura a la cual la mitad de las hebras de
DNA estn denaturalizadas y la otra mitad formando duplexes.
Temperatura de hibridacin: se calcula usando la temperatura de fusion de los
oligonucletotidos.
th= Tm primer - 4 C
Energia libre de gibbs o delta G: Nos indica cual es la probabilidad que se de la
reaccin de la formacin de la estructura secundaria.
Teoricamente:
Si el delta g es ms negativo que -10 la probabilidad que se de reaccion de formacin
de estructura secundaria es mayor.
Si el delta G es ms positivo a -10 la prababilidad que se de la formacin de la
estructura secundaria la reaccin es menor
Si el delta G es igual a cero la reaccion esta en equilibrio y es dificil que no se la
reaccion de la formacin de la estructura secundaria.
Por lo tanto nosotros queremos que la reaccion de formacin de estructuras secundarias
no se de, entonces debemos procurar que el valor del delta G sea ms positivos o
cercanos a 0 para obtener un buen primer.
Si en caso la probabilidad de formacin de estructura es mayor debes tener en cuenta
para la evaluacin ya que al final se le puede aadir alguna soluciones para que no haya
interferencias.
Recuerda:
El delta G es solo un indicio de cmo est tu primer, lo importante a rescatar es observar
si tu primer hibrida o no en una regin que forme una estructura secundaria en tu ADN
target.
Se cacula
Delta G= Diferencia de entalpia - la temperatura * la diferencia de la entrolpia
PROCESO:

A. OBTENCIN DE LA SECUENCIA DE BLANCO:

1. Ingresar a la pgina web de NCBI: http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/

Despues de ingresar a la pgina de NCBI, el siguiente paso fue elegir un gen

relacionado con el diagnstico ya sea de una enf. infecciosa, cncer, enf. mendeliana,
etc. con el fin de buscar la secuencia de ADN del gen elegido, luego descargaremos la
secuencia y disearemos primer con esa secuencia.

a. Busqu el gen en la pgina de Genetic home refence en la seccin de genes y

encontre al COL2A1 o tambien llamado collagen type II e investigue en que
consistia
Seleccione el gen COL2A1 por que los defectos de este gen esta relacionado con
varias enfermedades como la osteoarthritis tipo 1, displasia espondiloepisaria congnit.a.
Ms me intero la enfermedad de osteorarthritis tipo 1 . El motivo bsicamente es para el
diagnstico, saber ms informacin de estas enfermedad como por ejemplo saber que
codifican, como se relacionan con otras especies, y como regulan la expresin de los
distintos productos genticos , tambien porque desde que tome la desicicn de elegir
esta carrera me ha dado mucha curiosidad las enfermedades que afectac a los huevos y
articulaciones, como las ya mencionadas, saber cual es la causa, etc. An no me
explico que habiendo tanta tecnologa an no se haya encontrado una cura para esta
enfermedad de OA que es comn en todo el mundo. Por ejemplo, en estudios
realizados se menciona que la OA de la rodilla ocurre en hombres en un 10% y el 13%
en mujeres de 60 aos o ms y uno de los factores que aumente el porcentaje es por el
envejecimiento de la poblacin y la epidemia de la obesidad. La OA tiene una etiologa
multifactorial que tiene tendencia en el sexo femenido, edad avanzada, sobrepeso y
obesidad, una lesin en la rodilla, la debilidad muscular, etc. y hasta el momento solo
est disponible tratamientos farmacuticos y fisioteraputicos que se basa en reducir el
riesgo, prevenir el dolor y la discapacidades posteriores.

2. Regres a la pgina de NCBI y coloqu la opcin nucleotide en search

3. Colocaqu el nombre de la secuencia blanco de inters y el organismo en la
ventana y presion search
4. Dar click en el cdigo de la secuencia deseada.
Eleg el primero

5. Luego le di click en la opcin FASTA

 6. Copiar la secuencia y lo pegu en bloc de notas- Guardar el archivo

B. DISEO DE PRIMERS
1. Ingresar a la pgina web de primers: http://frodo.wi.mit.edu/primer3/input.htm
 2. Copiar la secuencia y pegarla en el espacio rectangular superior
3. Dar clic en pick primers para que salga un resultado

DAR
CLICK

4. Revisar los parmetros del diseo de primers

5. Verificar que el tamao de producto no sea mayor de 500 pb
6. Se abrir la ventana Primer3 Output

TAMAO DEL PRODUCTO=218PB

7. Seleccionar los primers y copiarlos a un nuevo archivo de Bloc de notas. Guardar el
archivo

C. ANLISIS DE PARMETROS DE LOS PRIMER

1. Ingresar a la pgina web de IDT: https://www.idtdna.com/calc/analyzer
 2. Copiar el primer Forward (left primer) y pegarlo en el espacio vaco superior.
Hacer clic en Analyse
Para el primer prime left: ATGACAATCTGGCTCCCAAC

DAR
CLICK

3. Apuntar los parmetros observados (%GC yTm)

% GC = 50

TM = 55,1

4. Hacer click en Hairpin orquilla

 DAR
CLICK

5. Observar las posibles estructuras formadas y apuntar el valor de dG

6. El valor de dG indicar la probabilidad de formacin de dicha estructuras
secundarias.
Evaluando los parmetros del dG puedo indicar que tienen valores optimos ya
que los valores se encuentran cercanos a 0, Es decir que es menos probable que
se de la formacin de estructura secundaria( bucle, horquilla) en el primer.

Las estructuras son las siguientes:

Primera estructura Segunda estructura
Tercera estructura Cuarta estructura

Quinta estructura Sexta estructura

 7. Hacer click en Self-Dimer
Nos indicar si nuestro primer forma Homodmeros, es decir dmeros con el mismo,

8. Observar si se forman dmeros y apuntar el valor de dG

En este caso se puede indicar que mi primer elegido si forma dmeros.Segn los
resultados son las siguientes:
En el primer cuadro Tenemos el dimero que tiene como valor mximo dG -37.61,
en este caso este valor tenemos que evaluarlo ms adelante con el resultado final
ya que se podra necesitar agregar algn solvente o modificar con los parmetros
del ciclado.
 9. El valor de Dg indicar la probabilidad de formacin de dicha estructura
En este caso mi primer en la evaluacin de la estructura de la secundaria los valores
son optimos, es decir cercana a 0 pero en la evaluacin selft primer se puede observar
que hay un valor muy negativo que da indicios que se forme estructuras secundarias y
los restantes de dimeros son negativos cercanas a cero .
10. Hacer click en Hetero-Dimer
Nos indicar si mi primer forma hetero dimers

HACER
CLICK

Al hacer click hetero dimer nos pide la segunda secuencia, se copia la segunda
secuencia del block de notas.
Luego, se dio click en creat complement y finalmente hacer click en calculate

HACER
CLICK

El complemento que result fue: GTT GGG AGC CAG ATT GTC AT
11. Observar si se forman hetero- dimeros (dimeros cruzados) y apuntar el valor
de Dg
Se puede observar que entre el primer forward y el primer reverse si forman
heterodimeros, es decir, se hibridan entre si.
12. El valor de dG indicar la probabilidad de formacin de dicha estructura.
Para cada porcion de nucletotido el dG te va a dar la probabilidad que se forme el hetero
dimer del primer.
En este caso la evaluacin del hetero primer seria:
En el primer recuadro el dG es ms negativo a compracin de los dems pero esto
ocurre ya que esta evaluacin es cuando se refiere a todo el primer, es decir a todas las
secuencias y siempre la probabilidad de formar es ms alta que en la teoria no se da
solo se va a a dar si se da en porciones, en este caso las porciones las probabilides
estan bajas ya que se encuentran cercanas a 0.
 13. Repetir desde el paso 2 hasta el paso 9 para el primer Reverse (Right)
REVERSE PRIMER : CTTCAGGGCAGTGTACGTGA

HACER
CLICK

Al hacer click en Analizer observamos los resultados de los parmetros observados

(%GC yTm)

Hacemos click en hairpin HACER

CLICK
Estos son los dG para el reverse primer

Las estructuras formadas son las siguientes:

Primera estructura: Segunda estructura
 Tercera estrucura Cuarta estructura

Hacemos click en selft dimer

Observamos si se forman dimeros y apuntar el valor Dg
 D. Anlisis de especificidad de los primers
1. Ingresar a la pgina de NCBI blast desde la pgina de IDT o desde la pgina
de NCBI
Blast nos permite hacer alineamiento local de secuencias de nuecletidos, de protenas,
de protena a protena, de protenia a nucletido, nucletotido a proteinanucletido a
nucletido.

2. Verificar que la secuencia de nucleotides de primer forward (left) se encuentre

en el espacio superior

En este caso nosotros tenemos secuencia de nucletidos, vamos a ingresar en el primer

cuadro para que nos brinde informacin comparando la secuencia con toda la secuecia
en su base de datos y va a encontral cual de todas las secuencias es aquella que es
ms similar.
 3. Verificar que en la seccin Choose Search Set este sealada la opcin
others.
4. Verificar que en la seccin Program Selection este sealada la opcin
Somewthat similar sequences (blastn).
5. Hacer click en el cuadro celeste que dice BLAST.EL El resultado puede
demorar algunos segundos

DAR
CLICK

6. Observar a que organismos se parece la secuencia y cual es el grado de

similitud verificando el nmero de bases de similitud y la manera en que se
une.
Esta grfica nos brindar informacin de cuales son las secuencias scores que tienen
mayor probabilidad de similtud para el alineamiento de secuencia forward que hemos
ingresado. Adems se puede observar que el tamao es de 20 nucleotidos, en este caso
hay secuencias en un score 40-50 es cuando se alinean todos a 20 nucleotidos y otras
secuencias en un score menor de 40 porque que se unen a menos de 20 nucleotidos,
Tambien tiene lneas azules y negras, las lneas azules significa que tienen similiridad
alta, es decir las lneas azules son ms probables que sean compatibles a mi secuencia
elegido pero si es negro son secuencias de cierto grado similitud (baja) con mi gen.

Seguimos analizando los resultados y vemos estos datos que nos indica cuales son a
que otros organismos se asemeja
Entonces, podemos observar que la secuencia se asemeja a los siguientes especies:
Gorila, pan troglodytes, pongo abelii, cyprinus carpio, etc
Seguimos revisando y encontramos lo siguiente:

Aqu podemos observar que el mximo score es de 40, este varlor significa que por cada
nucletido que se alinea y es igual a la secuencia que queremos. En este caso nos da el
score de 40 , esto quiere decir que el primer que utilizamos es muy similar a la
secuencias que se encuentra en la base de datos, por ende el primer que yo he utilizado
es especfico.

Tambien encontramos otro resulta que el score es 38.2 , tambien el blast nos da % de
indentidad, en este caso es de 100% quiere decir que la secuencia fordward se hibrida
por completo o es similar a la secuencia que se encuentra en la base de datos en este
caso con el organismo del Pongo abelii.
Seguimos observando y encontramos lo siguiente:

En expect nos da como resultado es 0.26, quiere decir que la probabilidad que se haya
dado el alineamiento por azar es nula. Es decir esta secuencia el fordward es especfica
al homo sapiens.

En cambio los que son ms positivos como el siguiente recuadro quiere decir que el
alineamiento se ha dado por azar por ende el primer no es especifico a la secuencia
elegida.

Por ultimo tenemos una imagen que se encuentra en la parte inferior nos indicar cmo
se da el alineamiento de la secuencia de primer con la secuencia sbjet que se encuentra
en la secuencia de datos.
En el primer cuadro podemos observar que todos los nucletidos se alinean (todos los
nucletidos se corresponden), es decir hay una identidad del 100%.
 En este caso podemos ver que en la imagen del alineamiento de la secuencia del
primer con la secuencia sbjt no todos los nucletidos se complementan y la identidad es
menor 95%.

7. Repetir los anteriores pasos para el primer reverse (right), pero primero sacar
el reverso complementario.
8. Para obtener el reverso complementario de un primer ingresar a la pgina:
http://www.bioinformatics.org/sms/rev_comp.html

9. Copiar la secuencia del primer reverse (right) y hacer click en submit

DAR
CLICK
 El reverso complementario del primer primer fue: TCACGTACACTGCCCTGAAG

Ripitiendo los pasos para el Primer reverse right

10. Copiar la secuencia obtenida y pegarla en el espacio vacio del Blastn o en
el espacio vacio de ITD y hacer click en la opcin NCBI Blast.
11. Observar a que organismos se parece la secuencia
Regresamos al inicio de la pgina BLAST verificamos que en el cuadro superior se
encuentre la secuencia del primer reverse (right).

Verificamos que en el siguiente cuadro se encuentre en la opcin others y en el tercer

cuadro que este seleccionado somewhat similar sequences (blastn)

DAR
CICK
Y tenemos lo siguiente:

Esta grfica nos brindar informacin de cuales son las secuencias scores que tienen
mayor probabilidad de similtud para el alineamiento de secuencia reverse que hemos
ingresado. Adems se puede observar que el tamao es de 20 nucleotidos, en este caso
todas las secuencias con un score 40-50 se alinean con todos los 20 nucleotidos . El
color de las lneas azules significa que tienen similiridad alta, es decir las lneas azules
son ms probables que sean compatibles a mi secuencia elegido.

En el siguiente recuadro veremos que organismos se asemejan a mi secuencia reverse

En primer lugar, tenemos que la secuencia reverse se asemeja a la especie al papio
anubis, luego a diferencia de la secuencia forward, la secuencia reverse se asemeja a la
especie ictidomys tridecemlineatus, carlito syruchta , entre otros.
En el siguiente recuadro vamos a analizar varias cosas por ejemplo:

Podemos observar que el mximo score es de 40.1, este valor significa que por cada
nucletido que se alinea es igual a la secuencia que queremos,esto quiere decir que el
primer que utilizamos es muy similar a la secuencias que se encuentra en la base de
datos, por ende el primer que yo he utilizado es especfico y el porcentaje de identidad
es al 100% en la especie de papio anubis.
En expect nos da como resultado es 0.26, quiere decir que la probabilidad que se haya
dado el alineamiento por azar es nula. Es decir esta secuencia el reverse es especfica
al papio anubis.

Por ultimo tenemos una imagen que se encuentra en la parte inferior que nos indicar
cmo se da el alineamiento de la secuencia de primer con la secuencia sbjet que se
encuentra en la secuencia de datos se puede observar que todos los nucletidos se
alinean (todos los nucletidos se corresponden), es decir hay una identidad del 100%,
pero para a la especie de papio anubis.

Por otro lado, en esta recuadro podemos encontrar algunas diferencias al cuadro
anterior aparte de la especie que en este caso es del pongo pygmaeus

El score es 32.2 este valor esta disminuido ya que el valor mximo es de 40.1, entonces
significa que el primer que utilizamos no es especfico con la especie.Tambien blast nos
da % de indentidad, en este caso es de 100% pero solo en 16 nucletotidos. Adems,
vemos que espect es de 63 quiere decir que el alineamiento se ha dado por azar ya que
es ms positivo.(lejano a 0).
E. Analisis de las estructuras secundarias del ADN blanco (Target)

1. Ingresar a la pgina de mfold: http://unafold.rna.albany.edu/?q=mfold/DNA-

Folding-Form
2. Copiar la secuencia blanco obtenida a partir de NCBI y pegarla en el espacio
vaci inferior.

3. En la opcin Folding temperatura colocar la temperatura de hibridacin

terica ( Tm menor 4C).
4. Hacer clic en la opcin Fold DNA. Si la secuencia es menor a 800 pb el
anlisis tardar algunos segundos. Si la secuencia fuera mayor, es necesario
colocar una direccin de correo electrnica donde se mandar el resultado del
folding
Escoger la menor temperatura y restarle menos 4

Y carga el siguiente resultado:

5. Identificar la seccin View individual Structure y en la opcin circular

structure plots
 En la opcin circular structure plots, hacer clic en donde dice PDF de la estructura 1.

En este cuadro podemos ver las diferentes estructuras y lo veremos en PDF, En esas
estructuras podremos observar target, bucles y tambien vamos a poder ver la regin
donde se hibrida el primer forward y reverse ya que sabemos en qu nucleotido hibrida.
Comienza en
421 AGCTATGGAGATGACAATCTGGCTCCCAACACTGCCAACGTCCAGATGACCTTCCTACGC
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
Y termina en
601 GAGATCCGGGCAGAGGGCAATAGCAGGTTCACGTACACTGCCCTGAAGGATGGCTGCACG
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<

6. Una vez obtenida la imagen en pdf, analizarla tratando de ubicar la regin

donde se hibridan los dos primers.

7. Si existieran grandes estructuras secundarias, estas afectaran la eficiencia

delos primer durante el PCR.
Entonces tenemos los siguientes resultados:
Estructura 1

Extremo 3en la estructura 1

Se analiza las otras estructuras y forma lo siguiente
Estructura 2 en el extremo 3

Estructura 4 en el extremo 3
RESULTADOS Y DISCUCIONES

En la estructura nmero 1 se puede observar que se form estructuras en el extremo 3,

y nos fuimos al extremo foward y reverse y se verifica que se encuentran diferentes
estructuras y va interrumpir la hibridacin de las secuencia que queremos (forward y
river). Tambien se evalu las otras estructuras y se puede observar que los extremos 3
se hibridan, por lo tanto significa que el primer no es tan bueno porque el extremo 3se
ve impedido para porque la region que deberia hibridarse las secuencias que queremos,
se esta formando un tallo de orqudea o hibridacin.
Entonces la probabilidad que el primer no de una buena eficiencia en el PCR.
Luego de la evaluacin podramos optar como opcin agregar una solucin o solvente
para mejorar la eficiencia o solamente ajustando la Tm y as amplificar la secuencia
querida en el PCR.
CONCLUSIONES

1. Para tener una buena eficiencia en el mtodo de PCR necesitamos disear un

buen primer.
2. El tamao del fragmento de ADN producido en la PCR depende de los cebadores
que diseamos.
3. Pudimos reforzar y profundizar el analisis para realizar un diseo de primers.
4. Los primer que diseamos son secuencias especficas que se ligarn a una
secuencia deseada de ADN.
5. Las caracteristicas de un buen diseo de primer es que no se forme dimeros,
horquillas y que no se liguen a sitios secundarios en el extremo 3.
6. En la region 3 es recomendable que este libre ya que si forma orquilla va
interrumpir la hibridacion de la secuencia que queremos.
BIBLIOGRAFIA

1. Revista genetic home reference [en linea] disponible en:

https://ghr.nlm.nih.gov/gene/col2a1#conditions
2. Diseo de primer [en linea] disponible en:
https://es.slideshare.net/sottam/diseo-primers

3. Introduccin a la bioinformtica [en lnea] disponible en:

http://www.marcoregalia.com/STUFF/UDISTRITAL/Bioinformatica/Activi
dades/Libro%20Clases/Libro%20Bioinformatica.pdf