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SEGUNDA PRUEBA DE

EVALUACIÓN CONTINUA

BIOLOGÍA
GRADO EN FÍSICA

Mónica Morales Camarzana, Raquel Martín Folgar


20198-2020
Nombre: José
Miguel........................................................................................................................................

Apellidos:
Cayuela......................................................................................................................................

E-mail:
jose.m.cayuela@gmail.com....................................................................................................................
.......................

Teléfono:
608889105.......................................................................................................................................

Centro Asociado: Barcelona Nou


Barris..........................................................................................................................

PRUEBA DE EVALUACIÓN CONTINUA 2

En esta práctica se proponen una serie de ejercicios para aplicar los contenidos estudiados en el
temario de la asignatura relacionados con la estructura del DNA, la expresión génica, técnicas de
DNA recombinante y Ecología. Usted debe contestar a las cuestiones planteadas en cada uno de los
ejercicios.

Ejercicio 1. El gen: su estructura básica en los eucariotas (2,5 puntos)


Ejercicio 2. Del gen a la proteína: obtención de una secuencia proteica (2,5 puntos)
Ejercicio 3. Digestión de DNA con enzimas de restricción (2,5 puntos)
Ejercicio 4. Tecnología del DNA recombinante (2,5 puntos)

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EJERCICIO 1. EL GEN: SU ESTRUCTURA BÁSICA EN LOS EUCARIOTAS (2,5 puntos)

El gen es la unidad de transcripción básica. Consta de varios elementos que a lo largo del tiempo se
han identificado e incorporado a la definición del mismo. A pesar de que en un principio se definió un
gen como el fragmento de DNA que contiene información para codificar una proteína, hoy en día se
admite que un gen es aquel fragmento de DNA que contiene información para transcribir un RNA
funcional, es decir que no necesariamente se traduce en una proteína pero tiene una función celular.
En este ejercicio nos centraremos en un gen tipo que codifica para una proteína, pero el alumno ha de
tener presente que existen muchas variaciones sobre este esquema básico y que además de
productos proteicos los genes también codifican para RNAs con diversas funciones celulares.

1. En la figura se muestra el esquema general de un gen eucariota. Se representan varios


elementos, unos estructurales y otros implicados en la transcripción. Identifique cada uno de
los elementos señalados. (1,5 puntos)

1 2

3 4

DNA

5 6 7 8 9

Respuesta:

1. Secuencia reguladora
2. Secuencia de codificación
3. Exones
4. Finalizador
5. Intensificador
6. Elemento proximal del promotor
7. Promotor
8. Sitio de inicio
9. Intrones

2. Describa brevemente el proceso de transcripción en los eucariotas. (1 punto)

Respuesta:

La transcripción es el primer paso de la expresión génica. En este proceso, una región de


ADN se abre y una cadena, la cadena molde, sirve como plantilla para la síntesis de un
transcrito complementario de ARN.
Las ARN polimerasas son enzimas que transcriben el ADN en ARN. Mediante un molde de

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ADN, la ARN polimerasa construye una nueva molécula de ARN a través del apareamiento
de bases y en dirección 5’ - 3’.
Para comenzar la transcripción, la ARN polimerasa se une al ADN en una región llamada
promotor, que le indica dónde comenzar a transcribir. En eucariontes, proteínas auxiliares
llamadas factores basales de la transcripción se unen primero al promotor. Una vez
colocada la ARN polimerasa sobre el promotor, puede comenzar el siguiente paso de la
trascripción: la elongación, etapa en la que la hebra de ARN se alarga al agregar nuevos
nucleótidos. La ARN polimerasa seguirá transcribiendo hasta que reciba la señal para
parar. El proceso de finalizar la transcripción se conoce como terminación, y sucede una
vez que la polimerasa transcribe una secuencia de ADN llamada terminador.
En eucariontes, las moléculas de ARN deben ser procesadas después de la transcripción:
se empalman y se les añade un cap 5' y una cola de poli-A en sus extremos. Además,
muchos pre-ARNm eucariontes sufren empalme. En este proceso, partes del pre-ARNm
(intrones) se cortan y se eliminan, y las piezas restantes (exones) se vuelven a unir

EJERCICIO 2. DEL GEN A LA PROTEÍNA (2,5 puntos)


OBTENCIÓN DE UNA SECUENCIA PROTEICA

1. Dada la secuencia:

5´…CCUCAUAUGCGCCAUUAUAAGUGACACACA…3´

a) ¿A qué tipo de ácido nucleico pertenece? ¿Por qué? (0,5 puntos)


b) Señale los tripletes de iniciación y/o terminación de esta secuencia, si es que existen. (0,5
puntos)
c) ¿Qué péptido se obtendrá tras la traducción? (0,5 puntos)
d) ¿Cuál sería la secuencia de DNA a partir de la cual se transcribe esta secuencia? (0,5 puntos)
e) Proponga mutaciones que afecten al 12º nucleótido de la secuencia dada y que den como
resultado lo siguiente: mutación sinónima (0,5 puntos)

TABLA DEL CÓDIGO GENÉTICO

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Respuesta:

a) La secuencia pertenece a una molécula de ARN, ya que contiene uracilo entre sus bases.
b) 5 ́...CCU CAU AUG CGC CAU UAU AAG UGA CAC ACA... 3’. Iniciación: triplete AUG (codifica
la metionina). Terminación: triplete UGA (al no codificar ningún aminoácido, ocasiona el cese de la
síntesis)
c) Met - Arg - His - Tyr - Lys
d) 5’ ...GGA GTA TAC GCG GTA ATA TTC ACT GTG TGT... 3’
e) Las mutaciones sinónimas son las mutaciones que cambian una base por otra, dando como
resultado un codón diferente pero que sintetiza el mismo aminoácido.
El 12o nucleótido es C, que pertenece al triplete CGC, codificador del aminoácido arginina. En la
tabla, observamos que los tripletes GCU, GGA y CGG también lo codifican. Cualquier base errónea
que diera como resultado uno de estos tres codones produciría una mutación sinónima.
Por ejemplo, podríamos cambiar la citosina (CGC) por una guanina (CGG) y tendríamos una
mutación sinónima.

EJERCICIO 3. DIGESTIÓN DE DNA CON ENZIMAS DE RESTRICCIÓN (2,5 puntos)

Las enzimas de restricción son una herramienta habitual en los laboratorios que se dedican a la
investigación en biología molecular, así como en el diagnóstico de numerosas patologías. A menudo,
se combinan con otras herramientas, como pueden ser los plásmidos, dando lugar a potentes
métodos que, hoy en día, hacen que sean imprescindibles para el análisis del DNA. El objetivo de
este ejercicio es familiarizar al alumno con las enzimas de restricción y proporcionar un primer
contacto en relación a su uso para que aprecie su utilidad a la hora de realizar el mapa de un

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fragmento de DNA. Gracias a estas enzimas, podemos conocer la localización y orientación del
fragmento dado dentro del genoma y realizar posteriormente la clonación del mismo en plásmidos,
que se emplean para secuenciar el DNA, realizar estudios funcionales de ese DNA y/o de la proteína
que codifica.

Puede visitar la siguiente página web para aprender a interpretar geles de DNA cortados con enzimas
de restricción, y a continuación responda a las cuestiones planteadas en este ejercicio:
http://biomodel.uah.es/an/plasmido/3/index.htm.

1. En la figura 1 se muestra un plásmido (DNA circular de origen procariota) con un tamaño de 20.000
pares de bases (20kb). Contiene varios sitios de restricción, que corresponden a dos endonucleasas o
enzimas de restricción, BamHI y EcoRI. La presencia de 4 sitios de corte y sólo 2 enzimas indica que
una o las dos enzimas pueden tener más de un sitio de corte.

Bam HI
(1)

pX
Bam HI (20000pb)
(14000)

(12000)
Bam HI (8000)
EcoRI
Figura 1. Mapa del plásmido pX y puntos de referencia de la secuencia.

a) Analice el mapa representado y deduzca el tamaño de los fragmentos esperados si este


plásmido fuese digerido con la endonucleasa Bam HI, con EcoRI o con ambas enzimas a la
vez. (0,5 puntos)

En la figura 2 se muestra el resultado de una electroforesis en un gel de agarosa de los productos de


las digestiones del plásmido anterior con las enzimas de restricción. En la electroforesis se separan
los fragmentos de DNA generados, como consecuencia del corte con las enzimas, en función de su
tamaño. El tamaño, como se ha comentado antes, se expresa en pares de bases. El gel tiene cuatro
carriles que corresponden a:

 Marcador (I) - consiste en una serie de fragmentos de DNA con un tamaño conocido que
se emplean como referencia para conocer el tamaño de los fragmentos obtenidos en la
digestión con las enzimas de restricción.
 II, III y IV - Corresponden a los fragmentos de DNA obtenidos al digerir el plásmido con
una enzima o con las dos enzimas.
b) Analice los resultados del gel y deduzca con qué enzimas ha sido digerido el DNA cargado
en los carriles II, III y IV. (0,5 puntos)

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Figura 2

Respuesta:

a.
Digestión con la endonucleasa Tamaños de los fragmentos esperados:
BamHI 12kb - 2kb - 6kb
EcoRI 20kb
BamHI/EcoRI 8kb - 4kb - 2kb- 6kb

b.
Carriles Enzimas utilizadas:
Carril II BamHI
Carril III BamHI/EcoRI
Carril IV EcoRI

2. Dada la secuencia de DNA siguiente:

5´- ATGCGAATTCCCGCCAGGTTATGCAATTCATG-3´
3´- TACGCTTAAGGGCGCTCCAATACGTTAAGTAC-5´

a) ¿Cuántos y cuáles serían los fragmentos que se originarían si se corta con la enzima de
restricción EcoRI? (0,25 puntos)
b) ¿Cuántos y cuáles serían los fragmentos que se originarían si se corta con la enzima de
restricción EcoRII? (0,25 puntos)
c) ¿Cuántos fragmentos se obtendrían si se cortara la secuencia de DNA con las dos enzimas
anteriores de forma simultánea? (0,25 puntos)
d) ¿Qué tipos de extremos en el DNA cortado generan estas enzimas de restricción? (0,25
puntos)

En el siguiente cuadro se incluyen las secuencias de reconocimiento de las enzimas de restricción


utilizadas en este ejercicio:

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Respuesta:

a) 5’ - ATGCG AATTCCCGCCAGGTTATGC AATTCATG - 3’


Se forman estos tres fragmentos.
b) 5’ - ATGCGAATTCCCG CCAGGTTATGCAATTCATG - 3’
Se forman estos dos fragmentos
c) 5’-ATGCG AATTCCCG CCAGGTTATGC AATTCATG - 3’
Se forman estos cuatro fragmentos
d) Extremos de tipo cohesivo.

3. La Ingeniería genética es un conjunto de técnicas que permiten la manipulación y la transferencia


de genes de un organismo a otro. De este modo obtenemos organismos genéticamente modificados.
El DNA formado por la unión de fragmentos de DNA procedentes de organismos diferentes se
denomina DNA recombinante. Además, cuando introducimos el fragmento de DNA que se quiere
multiplicar en una bacteria, la bacteria multiplicará el DNA (clonación o replicación), esto nos permite
obtener grandes cantidades de un gen o de un DNA de interés.

a) Ordene la siguiente secuencia de hechos que se emplean en ingeniería genética: (0,25


puntos)

1)
1) Transferencia del vector que contiene el DNA de interés (vector recombinante) a
una célula en donde se replique, proceso llamado “transformación” de la célula
huésped.

2)
2) Obtención de un fragmento o fragmentos de DNA que han de utilizarse o
manipularse.

3)
3) Selección de aquellas células que llevan las moléculas de DNA recombinante
deseado, y su replicación como clones.

3)
4) Unión de los fragmentos de DNA formando una molécula compuesta, DNA
recombinante, que puede actuar como vector, o ser incorporado en un vector para
su posterior transmisión.

b) A continuación se presenta un esquema general para construir un clon de moléculas de


DNA recombinante utilizando plásmidos y endonucleasas de restricción. Observe y complete
los recuadros del esquema utilizando las siguientes referencias: (0,25 puntos)

a) Transferencia del vector a una célula huésped


b) Selección de las células con el DNA recombinante
c) Replicación del vector
d) Cortes realizados por la enzima de restricción
e) Apareamiento y unión (ligasa) del vector y el DNA de interés
f) Cromosoma célula huésped

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g) Vector recombinante
h) Secuencias de corte
de la enzima de
restricción

Respuesta:

1. Cortes realizados por la enzima de restricción.


2. Secuencias de corte de la enzima de restricción.
3. Apareamiento y unión (ligasa) del vector y el ADN de interés.
4. Vector recombinante.
5. Transferencia del vector a una célula huésped.
6. Cromosoma célula huesped.
7. Selección de las células con el ADN recombinante.
8. Replicación del vector.

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EJERCICIO 4. TECNOLOGIA DEL DNA RECOMBINANTE (2,5 puntos)
(Fuente:
http://biomodel.uah.es/epb/molecular_bio/problem_sets/Recombinant_DNA_Technology/
recombinant_dna.html)

El rápido avance de las técnicas en el campo de la biología molecular está revolucionando la práctica
de la medicina. Son muchos los usos de estas técnicas para el diagnóstico y el tratamiento de
enfermedades.

El término del DNA recombinante hace referencia a la generación de nuevas secuencias de DNA en
combinaciones nuevas (DNA recombinante) de segmentos o de moléculas de DNA que no se
encuentran juntas de manera natural.

La tecnología del DNA recombinante utiliza técnicas que provienen de la bioquímica de los ácidos
nucleicos unidas a metodologías genéticas desarrolladas originalmente para la investigación de
bacterias y de virus. La utilización del DNA recombinante es una herramienta muy poderosa para
explorar y manipular los genes, y actualmente son utilizadas para identificar genes defectuosos
asociados con enfermedades y para corregir defectos genéticos.

Con el conjunto de problemas que se proponen a continuación, se revisan algunas técnicas básicas
de DNA recombinante y su aplicación en la mejora de la salud humana.

Una de las aplicaciones de la huella genética o huella de DNA en la ciencia forense, es la


identificación de los culpables en casos de violación, mediante la comparación de los sospechosos
con muestras de sangre, cabello, saliva o semen encontradas en las víctimas. Se obtuvieron muestras
de DNA de 4 sospechosos en el caso de una violación y las muestras fueron comparadas con el
semen encontrado en la víctima utilizando la “huella de DNA”. Las muestras de DNA se amplificaron
por PCR para amplificar las regiones que contienen un número variable de repeticiones en tándem
(VNRT). Los resultados, utilizando una sonda para una de las secuencias repetidas en el DNA
humano, se muestran en la imagen: (0.5 puntos)

1. Si fuera Ud. el analista de DNA, sacaría como conclusión (subraye la respuesta correcta):

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a. Los sospechosos 2 y 3 quedan excluidos como origen de la prueba del delito.
b. El sospechoso 4 tiene un patrón similar al del semen encontrado en la víctima y no se puede
descartar como culpable del delito.
c. El sospechoso 3 queda excluido como origen de la prueba del delito, pero no se puede descartar al
sospechoso 1.
d. El sospechoso 3 tiene un patrón idéntico al del semen encontrado en la víctima y se confirma como
culpable del delito.

2. Explique brevemente en qué consiste la reacción en cadena de la polimerasa (PCR). (0.5


puntos)

Respuesta:

La PCR es una técnica de laboratorio que permite obtener una gran cantidad de copias de una
región de ADN in vitro. Consiste en colocar la enzima Polimerasa Taq, cebadores, ADN molde y
nucleótidos junto a los cofactores que necesite la enzima en un tubo y someter la mezcla a
repetidos ciclos de calentamiento-enfriamiento.
Primero el ADN se desnaturaliza a 96o, proporcionando un molde de cadena sencilla. A
continuación se baja la temperatura para que puedan actuar los cebadores, y finalmente la
temperatura vuelve a elevarse unos grados para que se sinteticen las nuevas cadenas.

3. La organización del gen rhoS en Enterobacter es variable. En algunas estirpes aparece un


inserto entre el promotor y la secuencia codificante del gen. Se analizó la presencia de dicho
inserto en varias estirpes. El análisis se basó en una amplificación mediante PCR utilizando los
oligonucleótidos que se indican en la figura. Se muestran los resultados obtenidos.
¿Qué estirpes presentan el inserto? (0.5 puntos)

210pb 523pb 98pb 917pb

Inserto rhoS

Oligo 1 Oligo 2 Oligo 3

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EcIUCM01
EcIFJD23
EcIMJ44
EcIMK
1748pb

1225pb

917pb

Respuesta:

Lo presentan las estirpes 2 y 4 (EclMJ44 y EclMJD23) porque contienen los 1225 pares de bases
junto a los 523 pares de bases del inserto (Lo cual da los 1748pb de esas dos estirpes)

4. Laboratorio Virtual. (1 punto)

En la presente práctica el alumno deberá hacer uso del Laboratorio Virtual de Ingeniería Genética, al
cual puede acceder de las siguientes formas:

 A través de la dirección http://www.biouned.com/. En el lateral derecho de la página se


encuentra una imagen que da acceso al Laboratorio con las credenciales:
o Usuario: alumno
o Contraseña: alumno
 Descargando el archivo comprimido LaboratorioVirtual.zip y abriendo el archivo Index.html
que encontrará dentro.

Mediante las herramientas que este Laboratorio proporciona, deberá responder a las siguientes
preguntas:

Tras llevar a cabo de manera virtual la identificación de transgénicos, responda a las siguientes
preguntas (subraye la respuesta correcta en cada caso):

a. ¿Cuál es la correspondencia correcta entre las fases de la PCR llevada a cabo en el


experimento y las temperaturas del termociclador utilizado?: (0,2 puntos)

Fases Temperaturas
A. Desnaturalización del DNA I. 95 ºC 30’’
B. Hibridación con los cebadores II. 72 ºC 45’’
C. Extensión III. 55 ºC 30’’

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a. I-A, II-B, III-C
b. I-A, II-C, III-B
c. I-B, II-C, III-A
d. I-C, II-A, III-B

b. ¿Cuáles de los siguientes compuestos ha empleado para amplificar un fragmento de


DNA mediante la técnica de PCR? (0,2 puntos)

a. nucleótidos, primers, Taq polimerasa


b. enzimas de restricción, ligasa, Taq polimerasa
c. ligasa, RNA polimerasa, nucleótidos
d. primers, nucleasas, RNA polimerasa

c. En el protocolo de extracción de DNA de una muestra, el isopropanol se utiliza para:


(0,2 puntos)

a. resuspender el DNA puro


b. precipitar proteínas
c. precipitar el DNA aislado
d. disolver los lípidos

d. ¿Tenía la muestra del alimento analizado maíz transgénico? (0,2 puntos)

a. no, porque sólo amplifica un fragmento correspondiente al


gen de la ceína (azaína), como en el control positivo
b. sí, porque amplifica dos fragmentos que corresponden a
un gen desconocido
c. no, porque amplifica el gen de la ceína (azaína), que está
presente en el control negativo y no en el control positivo
d. sí, porque amplifica dos fragmentos, uno del gen de la
ceína (azaína) y otro del promotor PS35

e. La solución de extracción del DNA de una muestra contiene proteinasa K, cuya


función es: (0,2 puntos)

a. hidrolizar las proteínas


b. disolver los lípidos de las membranas celulares
c. romper el RNA
d. solubilizar los hidratos de carbono

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