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CONCEPTUALIZACIÓN DE LA REPLICACIÓN
Durante la replicación o duplicación del ADN cada una de las dos cadenas de ADN actúa de molde o templado
para la síntesis de una cadena complementaria. Los nucleótidos de la hebra que se sintetiza son incorporados
por una ADN polimerasa que requiere de la existencia de un segmento de RNA corto denominado primer o
cebador que expone un terminal 3-OH libre requerido por la enzima para la incorporación de los nucleótidos y la
Formación del enlace nucleotídico de los nucleótidos de la hebra creciente. La síntesis ocurre en dirección 5---3.
REPLICACION (CONCEPTUALIZACION)
HORQUILLA DE REPLICACION
Adición de dNTPs al extremo 3-OH
REPLICACION SEMICONSERVATIVA
Equilibrio en gradiente de densidad
Existen tanto en procariotas como eucariotas DNA polimerasas con funciones específicas
ya sea en replicación o reparación. Todas las polimerasas conocidas hasta el momento
sintetizan DNA sólo en dirección 5′ a 3′ mediante la adición de dNTPs a un cebador.
El cultivo fue tratado con un mutágeno que produce una tasa alta de mutaciones, luego se hicieron ensayos
para identificar aquellas colonias que carecían de ADN polimerasa I y para sorpresa se observó que las
mutantes de ADN pol I crecían normalmente, lo cual implicaba que la ADN pol I no se requería en la
replicación sin embargo también se observó que dichas mutantes eran muy sensibles a agentes que
dañaban el ADN. Posteriores experimentos demostraron la existencia de dos ADN polimerasas adicionales:
ADN polimerasa II y III. Cepas de E. coli mutantes en la II crecieron normalmente por lo que el rol de esta
polimerasa no pudo ser entonces determinado. Hoy día se acepta que su función es la de reparación del
ADN. También se acepta hoy día que la principal polimerasa de la replicación es la III pero que la I
desempeña un papel importante en este proceso. En los experimentos inciales las mutantes de la I no eran
completamente defectuosos. En eucariotas se reportan cinco tipos diferentes de polimerasas: α, β, γ, δ, y
ε.
CARACTERÍSTICAS DE VARIAS DNA POLIMERASAS
EXONUCLEASA ACTIVITY
núcleo
600 kDa
Núcleo o “core”
TOPOISOMERASAS Y DNA HELICASAS
La DnaB helicasa es la principal helicasa en la replicación de E. coli pero esto no significa que esta es la única helicasa que
que tiene esta bacteria, de hecho hasta 2000 se habian reportado 11 helicasas diferentes. Se cree que el mdo de acción es
que la enzima se une a una hebra en lugar de a la región de doble hebra y migra a través de la cadena polinucleotídica ya sea
en dirección 5′→3′ o 3′→5′ dependiendo de la especificidad de la helicasa. La ruptura de los puentes de hidrógeno que
mantienen las hebras unidas requieren de energía la cual es suministrada como consecuencia de la hidrólisis de ATP. A
medida que las hebras se van separando como consecuencia de la acción de la helicasa se va creando una tensión de torsión
que es
liberada por acción de otro tipo de enzima denominada DNA topoisomerasa.
MODELO DE ACTIVIDAD CATALITICA DE TOPOISOMERASA II (GIRASA)
TOPOISOMERASA I
/primasa complex
Una vez se ha sintetizado de 1000-2000 nucleótidos en la hebra de crecimiento adelantado ( leading strand) se inicia la primera
ronda de síntesis discontinua. La primasa la cual está asociada a la DnaB en el primosoma sintetiza un primer (cebador) el
cual es extendido por la DNA polimerasa III. Este es el mismo complejo de DNA polimerasa III que sintetiza la hebra leading, el
complejo de hecho esta formado por dos copias de la polimerasa.
SSB Y RPA: EVITAN RENATURALIZACIÓN DE LAS HEBRAS
El DNA de cadena sencilla tiende de manera natural a formar casi inmediatamente puentes de hidrógeno con los nucleótidos de la
otra cadena. Además las hebras sencillas son muy susceptibles al ataque con nucleasas si no son protegidas. Con el propósito de
evitar estos efectos intervienen en el proceso de replicación de E. coli un tipo de proteínas denominadas SSB. En eucariotas existen
proteínas análogas denominadas RPA (Replication Protein A). Es de esperar que ambos tipos de proteínas deben desprenderse de
el DNA de cadena sencilla para el complejo de replicación pueda accesar el DNA e iniciar la síntesis.El desprendimiento de las SSB
ocurre como consecuencia de la participación de otro tipo de proteína denominada RMPs (Replication Mediator Protein)
REPLICACION BIDIRECCIONAL
Adenovirus
Plásmidos (some)
Generalizada
CRECIMIENTO BIDIRECCIONAL
REPLICACION DE ADENOVIRUS
E. coli REPLICACION
VARIACIONES EN LA REPLICACIÓN SEMICONSERVATIVA
DNA mitocondrial
Bacteriófago λ
No se conocen excepciones al modo de replicación semiconservativa pero existen muchas variaciones con relación a este
esquema básico. La replicación semiconservativa vía horquilla de replicación es el modo predominante tanto en eucariotas
como en procariotas. Sin embargo en algunas moléculas pequeñas como el ADN mitocondrial en humanos utiliza un
mecanismo diferente denominado replicación por desplazamiento en la cual se copia de manera continua una hebra con el
consecuente desplazamiento de la otra la cual será posteriormente utilizada como templado para la síntesis de la hebra
complementaria. Otro tipo especial de replicación de desplazamiento es el círculo rodante en la cual se produce un corte
en
una de las dos hebras dejando expuesto un termina 3-OH a partir del cual se inicia la síntesis con el consecuente
desplazamiento de una de las hebras parentales. Este mecanismo es utilizado por el bacteriofago lambda( λ) y otros
ORIGENES DE REPLICACION
La replicación del DNA se inicia en cualquier tipo de célula en regiones específicas de la (s) molécula (s).
Esta (s) región o regiones tienen secuencias específicas que son reconocidas por proteínas que se requieren
para iniciar el proceso. Esta regiones reciben el nombre de origen de replicación. En procariotas existe por
Molécula un solo origen de replicación mientras que en eucariotas hay múltiples orígenes en una misma
molécula. En ambos tipos de células a partir del origen la replicación procede en ambas direcciones como
se observa como lo indican las flechas.
HORQUILLAS DE REPLICACION EN E.COLI
DUPLICACION Y DIVISION CELULAR EN PROCARIOTAS
ORIGEN DE REPLICACION EN E. coli
El origen de replicación en E. coli se denomina oriC y es de approximadamente 245 bp de longitud. En esta región hay
tres copias de una secuencia o motivo de 13-nucleotidos, cuyo concenso es 5′-GATCTNTTNTTTT-3′ en donde ‘N’ es
cualquier nucleotido, y cinco copias de una repetición de nueve nucleótidos. En la etapa de inciación de la replicación en
E. coli, varias moléculas de la proteína DnaA recococen la secuencia 9 mer y se unen a ella de manera cooperativa
REPLICACION EN E. coli
(DELIVER)
DNA POLIMERASA III: ACTUA COMO DÍMERO (sub-unidad catalítica)
TENEDOR DE REPLICACION EN PROCARIOTAS
En el primer modelo (A) se sugiere que una helicasa rompa el puente de hidrógeno que une el cebador a el templado provocando
que el mismo se desplace hacia fuera, luego la DNA polimerasa sustituye el cebador y otros nucleótidos de DNA. Luego la FEN1
(endonucleasa) produce un corte removiendo el cebador y algo de DNA. Finalmente la DNA ligasa une los dos framentos mediante
un enlace fosfodiéster. En el segundo modelo (B) la Rnasa H remueve casi todos los ribonucleótidos del cebador excepto el
Último el cual puede ser removido por la FEN1 junto con algo de DNA. Finalmente la ligasa une los dos frgmentos.
Replicación de Hebras
Replication Point of Origin
Fork
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ORIGEN DE REPLICACIÓN EN Saccharomyces cerevisiae
Structure of ARS1, a typical autonomously replicating sequence (ARS)(200 bp) that acts as an origin of replication in
Saccharomyces cerevisiae. The relative positions of the functional sequences A, B1, B2 and B3 are shown. Melting of the
helix occurs within subdomain B2, induced by attachment of the ARS binding protein 1 (ABF1) to subdomain B3. The
proteins of the origin replication complex (ORC) are permanently attached to subdomains A and B1.
INTERACCIONES DE LAS SUBUNIDADES DE LAS DNA POLIMERASAS
Los adenovirus son virus de DNA responsables de muchos de las infecciones de la parte superior del tracto respiratorio. Un ejemplo
es la gripe. Este tipo de virus solventa el problema de replicación de los extremos de su molécula de DNA mediante un mecanismo
diferente al de la telomerasa. El genoma del virus tiene una proeína terminal (TP) que posee un residuo se serina unido a un
nucleótido de CTP que proporciona un terminal 3-OH que utiliza la DNA polimerasa viral. No se producen aquí fragmentos de
Okazaki y la replicación no es bidireccional ya que se inicia en un extremo (cualquier de dos) en dirección 5-3.
DAÑO AL DNA Y REPARACION
MUTAGENOS
FISICOS
•Radiación ionizante (Rayos X)
•Radiación no ionizante (Luz UV)
QUIMICOS
•Bases análogas( 5-BU)
•Agentes que reaccionan con el ADN (EMS, Acido nitroso, nitrosamina)
•Agentes intercalantes (EtBr, acridina naranja)
BIOLÓGICOS
•Virus (HPV, Virus de la hepatitis)
DNA Lesion Example/Cause
Missing base Removal of purines by acid and heat (under
physiological conditions ≈104 purines/day/cell in a
mammalian genome); removal of altered bases (e.g.,
uracil) by DNA glycosylases
Altered base Ionizing radiation; alkylating agents (e.g.,
ethylmethane sulfonate)
Incorrect base Mutations affecting 3′ → 5′ exonuclease
proofreading of incorrectly incorporated bases
Bulge due to deletion or insertion of a nucleotide Intercalating agents (e.g., acridines) that cause
addition or loss of a nucleotide during
recombination or replication
Linked pyrimidines Cyclotubyl dimers (usually thymine dimers) resulting
from UV irradiation
Single- or double-strand breaks Breakage of phosphodiester bonds by ionizing
radiation or chemical agents (e.g., bleomycin)
Cross-linked strands Covalent linkage of two strands by bifunctional
alkylating agents (e.g., mitomycin C)
3′-deoxyribose fragments Disruption of deoxyribose structure by free radicals
leading to strand breaks
RAYOS X
La citosina y timina son bases que absorben especialmente las longitudes de onda UV. El mecanismo por el
que se produce la mutación inserta una molécula de agua en el doble enlace C-C. También se rompen los
dobles enlaces de timina por lo que las bases de timina pueden conectarse para formar un dímero. Estudios in
vitro indican que la formación de dímeros de timina puede ser el principal efecto mutagénico producido por los
rayos UV. Tales dímeros distorsionan la hélice de DNA e impiden su replicación, como resultado la célula no
se divide y puede morir.
Bases Análogas
AMINA
EMS
NITROSAMINA
NUCLEOTIDOS DAÑADOS
Xenoderma pigmentosum
Síndrome de Cockayne
3.
En E. coli MutS reconoce el desemparejamiento y
se une a él. Luego un componente MutH (una
endonucleasa) corta la secuencia GATC mas
cercana al mismatch en la cadena no metilada. La
activación de MutH requiere de la interacción con
MutS la cual es promovida por MutL. La helicasa
tipo II desenrolla la hélice desde el sito del corte
hasta donde se encuentra el desemparejameinto.
Luego que se produce el corte una exonucleasa
(ExoI/ ExoX (exonucleasas 3′→5′) o ExoVII/RecJ
(exonucleasas 5′→3′) remueve los nucleótidos
incluyendo la región del desemparejamiento. La
DNA polimerasa III rellena el hueco y una DNA
ligasa cataliza la formación del enlace fosfodiester.
1.REVERSION DIRECTA
En procariotas existe una enzima fotoreactivadora (fotoliasa)
que repara el DNA de manera directa. Esta enzima tiene dos
cromóforos que absorben fotones que se utilizan para romper
el enlace entre las Timinas. En humanos la única enzima presente
que puede reparar el DNA directamente es la Metil-guanina-metil-
Transferasa (MGMT) que puede eliminar el metilo introducido por
agentes alquilantes en la guanina generando la O 6-metilguanina la
cual aparea con T en lugar de C.
4. POLIMERASAS CAPACES DE SALTAR LA LESION
DNA polimerasa eta (Pol η)
DNA polimerasa zeta (Pol )
MECANISMOS DE REPARACIÓN EN LAS MITOCONDRIAS
• RECOMBINACIÓN HOMÓLOGA
• RECOMBINACIÓN SITIO ESPECIFICA
RECOMBINACIÓN HOMÓLOGA
1
2
3
4
• Sinapsis
• RecA
• Holliday
4
RECOMBINACIÓN ENTRE SITIOS ESPECIFICOS
RECOMBINACIÓN SITIO ESPECÍFICA
CONSERVATIVA
Fago lambda
DNA de bacteria
• Fago
• Integrasa
5
RECOMBINACIÓN TRANSPOSICIONAL