Metabolismo en el deporte

Lectura
Genómica nutricional: Martínez-López, E., García-García, M.
R., Campos-Pérez, W. Y. y González-
Becerra, K. (2013). Genómica
conceptos y expectativas nutricional: conceptos y expectativas.
Revista de Endocrinología y Nutrición,
21 (1), 22-34. shorturl.at/ipDQZ
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Revista de Endocrinología y Nutrición

Vol. 21, No. 1 • Enero-Marzo 2013 • pp 22-34

Artículo de revisión

Genómica nutricional: Conceptos y expectativas

Erika Martínez-López,* Maritza Roxana García-García,*
Wendy Yareni Campos-Pérez,* Karina González-Becerra*

Resumen

En los últimos años ha tomado importancia estudiar los componentes de la dieta que son biológicamente activos y saber cuáles
impulsan el desarrollo de la genómica nutricional basada en la aplicación de tecnologías de alto rendimiento de la genómica
funcional en investigación en nutrición. La aplicación de dichas tecnologías facilitará que los nutriólogos conozcan y utilicen
los componentes bioactivos en los alimentos para diseñar dietas personalizadas, pudiendo prevenir y controlar enfermedades. La
genómica nutricional se divide en: nutrigenómica, que estudia el efecto de los nutrimentos en la regulación de la expresión de
los genes y nutrigenética, que estudia la manera en que los individuos responden a los nutrimentos de acuerdo a su conformación
genética. Las sustancias bioactivas en los alimentos pueden afectar la expresión de genes, directa o indirectamente, al actuar
como ligandos para receptores de factores transcripcionales y al ser metabolizados en rutas metabólicas primarias y secundarias,
afectando así las vías de señalización. La epigenética es un área de la genómica nutricional que estudia los cambios fenotípicos
heredables que resultan de los cambios en la cromatina sin alterar la secuencia del DNA. Los mecanismos epigenéticos son mo-
dificaciones postraduccionales de las histonas (acetilación y desacetilación), metilación del DNA y los complejos de remodelaje
ATP-dependientes. La alimentación se propone como uno de los mecanismos responsables de cambios epigenéticos. En conclusión,
la investigación en genómica nutricional permitirá contribuir a desarrollar dietas personalizadas hechas con base en el genotipo,
así como identificar biomarcadores moleculares y nuevos componentes bioactivos en los alimentos y validar su efectividad como
alimentos funcionales o nutracéuticos.

Palabras clave: Genómica nutricional, nutrigenómica, nutrigenética, epigenética.

Abstract

In the last years, novel research has been launched to identify and understand which dietary components are biologically ac-
tive and which of the components and drive the development of nutritional genomics. Nutritional genomics is the application
of high throughput functional genomics technologies in nutrition research. The application of these technologies will provide
knowledge and the usefulness of bioactive food components to design personalized diets for the prevention and management of
several complex diseases. Nutritional genomics has two faces: nutrigenomics that studies how nutrients regulate gene expres-
sion, and nutrigenetics that studies how people respond to nutrients according their genetic conformation. Bioactive substances
in food can affect expression of genes directly or indirectly. Nutrients may: 1) act as ligands for receptors of transcriptional

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factors, 2) be metabolized by primary or secondary metabolic pathways or 3) affecting signaling pathways. Epigenetics is a
field of nutritional genomics that studies the heritable phenotype that result from changes in the chromatin without altering
DNA sequence. The epigenetic mechanisms consist post-transciptional modifications of histones (acetylation and deacety-

* Servicio de Biología Molecular, Hospital Civil «Fray Antonio Alcalde»

y Departamento de Biología Molecular y Genómica, Centro Universitario de Ciencias de la Salud, Universidad de Guadalajara, Guadalajara, Jalisco, México

Recibido: 19-Agosto-2013 Aceptado: 23-Agosto-2013

Este artículo puede ser consultado en versión completa en http://www.medigraphic.com/endocrinologia


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lation), DNA methylations and ATP-dependent remodeling complexes. Epigenetic modifications can be provoked by dietary
components. In conclusion, research in nutritional genomics will contribute in the development of personalized diets based on
individual genotypes, also identifying molecular biomarkers, new bioactive food components and validating the effectiveness
of functional food or nutraceuticals.
Key words: Nutritional genomics, nutrigenomics, nutrigenetics, epigenetics.
Abreviaturas:
CH3: Grupo metilo
COCH3: Grupo acetilo
CpG: Dinucleótidos citocina-guanina
DNA: Ácido desoxirribonucleico
DNMTs: DNA metiltransferasas
ECNT: Enfermedades crónicas no transmisibles
ECV: Enfermedad cardiovascular
EGCG: Epigalocatecina 3-galato
HDAC: Desacetilasas de histonas
HAT: Acetiltransferasas
H2A: Histona H2A
INTRODUCCIÓN
Actualmente existen evidencias que demuestran la
fuerte interacción entre la dieta y la salud; sin em-
bargo, en los últimos años ha cobrado gran interés
estudiar cuáles componentes de la dieta son bioló-
gicamente activos y cuáles ejercen un efecto que
impulsa el desarrollo de la genómica nutricional. La
genómica nutricional es la aplicación de las tecno-
logías de alto rendimiento de la genómica funcional
en investigación en nutrición.1,2 Estas tecnologías de
alto rendimiento han permitido realizar e integrar
una gran acumulación de datos biológicos con una
base de datos de secuencias genómicas completas
y variabilidad genética interindividual, permitiendo
estudiar el proceso de expresión de cientos de
genes de manera paralela hasta lograr obtener
perfiles de genómica, transcriptoma, proteómica
y metabolómica, además de obtener los primeros
mapas de interacciones proteínas-proteínas.3-6 A
todo esto se le conoce como la tecnología o cien-
cias «omics». La genómica se encarga de estudiar
todas las secuencias de nucleótidos, incluyendo
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genes estructurales, secuencias reguladoras y se-
cuencias de ácido desoxirribonucleico (DNA) no
codificante en los cromosomas de un organismo. El
transcriptoma determina el nivel de transcripción o
subclases de los genes que se están expresando a
partir de un genoma específico en un determinado
momento en la célula. Sin embargo, el transcripto-
ma no da idea exacta del nivel de expresión de un
conjunto de proteínas y surge la proteómica que
se encarga de medir o cuantificar la expresión a
M etabolismo en el deporte bloque dos
23
H2B: Histona H2B
H3: Histona H3
H4: Histona H4
IHDAC: Inhibidores de desacetilasas de histonas
LXR: Receptor X hepático
NH3: Grupo amino terminal
PPAR: Receptor activador de proliferación de
peroxisomas
PPRE: Elemento de respuesta a PPAR
PUFA: Ácidos grasos poliinsaturados de cadena larga
RXR: Receptor X de retinoides
SNP’s: Polimorfismo de un solo nucleótido
VNTR: Repeticiones en tándem de número variable
nivel de proteínas en un contexto global. Así mismo,
surge otra área de las ciencias «omics» con base
en aspectos muy específicos de las proteínas; la
metabolómica es el conjunto de ciencias y téc-
nicas dedicadas al estudio y comparación de los
metabolomas, es decir, la colección de todos los
metabolitos (moléculas de bajo peso molecular)
presentes en una célula, tejido u organismo en
un momento dado. Estos metabolitos incluyen a
intermediarios del metabolismo, hormonas y otras
moléculas de señalización y a metabolitos secun-
darios.7 En la figura 1 se resume el papel que tienen
los nutrimentos de los alimentos, dieta y estilo de
vida que pueden afectar cada uno de los pasos del
flujo de la información genética; desde el control
de la expresión de los genes hasta la síntesis de
proteínas, degradación proteíca, control alostérico
y en consecuencia alterar funciones metabólicas
en rutas metabólicas principales.
Dichas técnicas o metodologías pueden con-
tribuir a facilitar la definición de nutrición óptima
a nivel de poblaciones y de grupos de personas
específicas e individuales. Debido a la relevancia
de la interacción del genoma del humano y la
respuesta que tiene un organismo a estímulos
ambientales como la alimentación, surge la visión
holística conocida como genómica nutricional. Por
lo tanto, la genómica nutricional es definida como
el área de la nutrición que se encarga de identificar
y estudiar la interacción existente entre los genes
y los nutrimentos.1,8,9 Esto último, con la finalidad
de dirigir a los nutriólogos para conocer y utilizar
los componentes bioactivos de los alimentos con
 M etabolismo en el deporte

24 Erika Martínez-López y cols. Genómica nutricional

el propósito de diseñar dietas personalizadas y 4) El grado en que la dieta puede influir en el

con el objetivo de prevenir y/o controlar enfer-
medades. La genómica nutricional tiene un gran
potencial debido a los cambios que contribuirán
en el futuro a la mejora de las guías y recomenda-
ciones dietéticas personalizadas, así como poder
desarrollar tratamientos con potencial beneficio
para la salud (alimentos funcionales).
Las bases conceptuales de esta nueva área de
investigación genómica pueden ser resumidas en
cinco apartados:10-12
1) Las sustancias químicas comunes presentes en
la dieta pueden afectar el genoma del huma-
no, de manera directa e indirecta, al alterar la
expresión o estructura de los genes.
2) En algunas circunstancias, y en ciertos indi-
viduos, la dieta puede ser un factor de riesgo
serio para determinadas enfermedades.
3) Algunos genes son regulados por la dieta
(forma normal y variantes comunes) y es
probable que jueguen un papel en el inicio,
progresión y/o severidad de las enfermeda-
des crónicas.
balance entre el estado de salud y las enfer-
medades depende de la composición genética
individual.
5) La intervención nutricional basada en el cono-
cimiento de los requerimientos nutricionales,
estado nutricio y genotipo (ej. nutrición per-
sonalizada) podría ser utilizada para prevenir,
mitigar o curar enfermedades crónicas dege-
nerativas.
En consecuencia, de estas bases conceptuales
se ha establecido que la genómica nutricional
se divide en dos áreas de estudio, las cuales se
conocen como nutrigenómica y nutrigenética. La
nutrigenómica estudia el efecto de los nutrimen-
tos en la regulación de la expresión de los genes,
así como el efecto que tienen estos nutrimentos
a nivel molecular, celular y sistémico.10-12 Por otra
parte, la nutrigenética se encarga de estudiar las
diferentes maneras de responder de los individuos
a diferentes nutrimentos de acuerdo a su confor-
mación genética, es decir, estudia la interacción
nutrimento-genotipo; esto último es debido a la

Dieta, estilo de vida, nutrimentos

Genoma/Genes Procesamieto del Modificación Metabolitos

RNA y regulación post-traduccional

Modificaciones RNAm 1
Proteína 1
DNA estructura epigenéticas
tridimensional
Pre-RNA RNAm 2 Proteína
madura 2

Proteína
RNAm 3
madura 3

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Proteína
madura 4
Interacciones Interacciones
RNA-DNA RNA pequeños funcionales Proteína
proteína-DNA
(miRNA, siRNA) madura 5

A GENÓMICA B TRANSCRIPTOMA C PROTEÓMICA D METABOLÓMICA

Figura 1. Genómica nutricional estudia las interacciones genoma-nutrimento. Factores nutricionales que pueden afectar cada paso del flujo de la
información genética. A. Genómica: Cambios a nivel del DNA, niveles de empaquetamiento, unión de factores transcripcionales, metilaciones
del DNA; B. Transcriptoma: cambios a nivel de la expresión de los diferentes RNA; C. Proteómica: Nivel de expresión y cuantificación de
proteínas y D. Metabolómica: Efecto que tienen los metabolitos en una célula, tejido u organismo completo.
 M etabolismo en el deporte bloque dos

Revista de Endocrinología y Nutrición 2013;21(1):22-34 25

individualidad genética que tienen los humanos representan un reto importante en la genómica
como lo representan las variaciones en la secuen- nutricional. Así, de los diversos estudios realizados
cia del DNA.10-13 En la figura 2 se esquematiza el en el campo de la genómica nutricional, una gran
campo de estudio de la genómica nutricional. población podría verse beneficiada; sin embargo,
esto dependerá de cómo sea usada la información
Impacto de la dieta en la salud por los científicos, la industria de los alimentos y
las políticas gubernamentales.
Numerosos estudios demuestran que la dieta es
un factor ambiental clave que está afectando la
incidencia de diversas enfermedades crónicas no Cuadro I. Componentes del ajo.
transmisibles (ECNT).14,15 Entre las principales en- Nutricionales (en 100 g) Vitaminas
fermedades crónicas degenerativas que afectan a
Kcal 119 Vitamina B1 0.16 mg
la población mexicana se encuentran la obesidad,
la enfermedad cardiovascular (ECV), diabetes y Agua 70 ml Vitamina B2 0.02 mg
cáncer, entre otras. Las ECNT son consideradas Proteínas 4.3 g Vitamina B3 1.02 mg
enfermedades complejas, es decir, existe la par- Grasa 0.23 g Vitamina B5 0.60 ug
ticipación de factores genéticos y ambientales Grasa saturada 0.05 g Vitamina B9 4.8 ug
que interactúan a través de la vida, desde la
Grasa 0.03 g Vitamina C 14 mg
etapa fetal hasta la edad adulta.16,17 Por lo tanto,
monoinsaturada
en este contexto el ambiente incluye factores de
Grasa 0.10 g Vitamina E 0.01 mg
protección y de riesgo asociados al desarrollo
poliinsaturada
de enfermedades. Dentro de estos factores am-
bientales, tales como la alimentación, el tabaco, Hidratos de 24.3 g Vitamina K 1.40 ug
carbono
la contaminación ambiental y el sedentarismo
juegan un papel central. Fibra 1.2 g Alfatocoferol 0.01 mg
En esta revisión nos enfocaremos al efecto Fibra insoluble 0.26 g Deltatocoferol 0.09 mg
importante que tiene la alimentación como un Fibra soluble 0.94 g Folatos alimentarios 4.80 mg
determinante clave en la salud y en el desarrollo de Azúcares 2.21 g Niacina performada 0.27 mg
las ECNT. Es necesario comprender las complejas
Tocoferoles totales 0.10 mg
respuestas metabólicas y patofisiológicas. La pér-
dida de la biodiversidad en los organismos causa Minerales Aminoácidos
deficiencia en micronutrimentos y vitaminas; esto Aluminio 1.80 ug Ácido aspártico 330 mg
se relaciona con el desarrollo de ECNT, las cuales
Calcio 17.80 mg Ácido glutámico 544 mg
Zinc 1.10 mg Alanina 89 mg
Genómica Nutricional: Interacción Genes-Nutrimento Cloro 30 mg Arginina 428 mg
Cobre 0.15 mg Cistina 44 mg
Nutrigenética Fósforo 134 mg Fenilalanina 124 mg
SNPs Hierro 1.20 mg Glicina 135 mg
Yodo 4.70 mg Histidina 76 mg
FENOTIPO Magnesio 24.1 mg Isoleucina 147 mg
GENES INDIVIDUAL NUTRIMIENTO
Manganeso 0.46 mg Leucina 208 mg

Nutrigenómica
www.medigraphic.org.mx Níquel
Potasio
0.01 ug
446 mg
Lisina
Metionina
184 mg
51 mg
Expresión de genes Selenio 2 ug Prolina 67 mg
Sodio 19 mg Serina 128 mg
Figura 2. Genómica Nutricional. Los fenotipos específicos de cada
Tirosina 55 mg
individuo pueden deberse a la interacción entre un gen-nutrimento.
Nutrigenómica: el nutrimento regula la expresión de los genes. Treonina 106 mg
Nutrigenética: un individuo responderá de una manera específica Triptófano 45 mg
a un nutrimento de acuerdo a su conformación genética particular
Valina 197 mg
(presencia de SNPs).
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26 Erika Martínez-López y cols. Genómica nutricional

Componentes bioactivos de los alimentos a través de diferentes sitios de acción: 1) pueden

Estudios epidemiológicos y preclínicos destacan la
importancia de los componentes dietéticos de los
macro y micronutrimentos, tales como los modifi-
cadores de los procesos fisiológicos. Es decir, estos
estudios han mostrado asociación entre el consumo
de ciertos alimentos y la incidencia y severidad de
ECNT.14,15 Por lo tanto, es importante destacar que un
alimento contiene una gran variedad de sustancias
químicas bioactivas que pueden afectar la expresión
de genes directa o indirectamente. Como ejemplo
de la complejidad de un alimento podemos mostrar
en el cuadro I todos los componentes bioactivos
que constituyen al ajo.18 Los nutrimentos de los
alimentos pueden tener un efecto a nivel celular
actuar como ligandos para receptores de factores
de transcripción; 2) pueden ser metabolizados por
rutas metabólicas primarias y secundarias, y en
consecuencia alterar concentraciones de sustratos
e intermediarios y 3) pueden afectar positiva o ne-
gativamente las vías de señalización.19-22 Sin lugar
a duda los genes pueden influir en la absorción,
metabolismo y transporte de un componente bio-
activo de un alimento y alterar la expresión génica
de una serie de eventos celulares influyendo así en
el resultado y desarrollo de diversas ECNT. Desde
hace tiempo se ha reconocido que los nutrimentos
pueden modificar proteínas una vez formadas a
través de una variedad de procesos incluyendo
modificaciones postraduccionales. En la figura 3 se

Regulación por la Dieta Proceso de expresión de Genes Herramientas de

Genómica Funcional

Genómica
DNA (genes, promotores
Transcripción, y SNPs)
Procesamiento del
RNA y estabilidad
Nutrimentos Transcriptoma
RNA
(Matrices de DNA)
Traducción,
modificación y
estabilidad
Proteómica
Proteína (Análisis proteómico)

A
Célula Metabolismo Metabolómica
(Transducción de señales) B (Metabolitos) (Bioensayos)
C B

A Expresión de
Genes

Crecimiento
www.medigraphic.org.mx Celular Normal

Salud

Figura 3. Representación esquemática de los pasos involucrados en la expresión de genes (recuadros gris claro), etapas en las cuales la dieta
puede modular estos procesos (recuadros negros) y técnicas de la genómica funcional utilizadas para su análisis (recuadros gris más intenso).
Ruta A: Los nutrimentos pueden actuar directamente como ligandos para la transcripción. Ruta B: Se metabolizan por rutas primarias o secun-
darias, y esto altera las concentraciones de sustratos o intermediarios y Ruta C: Involucrado en la regulación de genes o señalización celular o
transducción de señales.

Revista de Endocrinología y Nutrición 2013;21(1):22-34
esquematizan los múltiples pasos en los cuales los
componentes bioactivos de los alimentos pueden
interactuar con los genes y modificar su expresión,
alterando o condicionando un fenotipo específico.
Nutrigenómica
El término nutrigenómica fue acuñado en 1999 por
Nancy Fogg-Johnson y Alex Meroli. El objetivo de la
nutrigenómica es estudiar el efecto de los nutrimen-
tos de la dieta y analizar cómo estos nutrimentos
afectan la expresión de genes específicos. Los co-
nocimientos derivados de la nutrigenómica permi-
tirán proporcionar las herramientas para entender
y controlar la epidemia mundial de enfermedades
crónicas específicas, particularmente la obesidad,
el cáncer, la enfermedad cardiovascular, la diabetes,
las enfermedades neurodegenerativas, entre otras.23
Por ejemplo, un solo platillo contiene docenas
de nutrimentos que interactúan directa o indirec-
tamente con ciertos genes regulando su expre-
sión. Para entender y simplificar este concepto,
se describirá como grupo de factores dietéticos
a los ácidos grasos poliinsaturados de cadena
larga (PUFA, de sus siglas en inglés long-chain
Polyunsaturated Fatty Acids).
Los PUFA regulan la síntesis y oxidación de los
ácidos grasos a través de la interacción con fac-
tores transcripcionales específicos para generar
un efecto o respuesta biológica. Los PUFA o sus
metabolitos provenientes de la dieta se unen y
regulan la actividad de un factor transcripcional;
estos factores transcripcionales pertenecen a la su-
perfamilia de receptores nucleares que regulan los
procesos de desarrollo, inflamación y metabolismo
(Figura 4).24-26 Dos subclases de esta familia de re-
ceptores nucleares son los receptores activados de
proliferación de peroxisomas (PPAR, de sus siglas
en inglés Peroxisome Proliferator-Activated Recep-
tors) y receptores X hepáticos (LXR, de sus siglas
en inglés Liver X Receptors); estos receptores son
sensores de lípidos que tienen un papel en el meta-
bolismo lipídico y de la glucosa.27,28 Los receptores
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nucleares más conocidos son los PPAR, los cuales
regulan las rutas metabólicas de la siguiente mane-
ra: los ácidos grasos después de entrar a las células
son transportados al núcleo en asociación con las
proteínas de unión con ácidos grasos; esto último
facilita su interacción con los PPAR. Se han descrito
distintos tipos de PPAR: el PPARα participa en la
oxidación de ácidos grasos e inflamación, mientras
que el PPAR� es involucrado en la diferenciación de
adipocitos, almacenamiento de glucosa y lípidos
M etabolismo en el deporte bloque dos
27
y el PPARσ (o también conocido como PPAR�)
participa en el desarrollo, metabolismo de lípidos
e inflamación.29,30 Además de los ácidos grasos, los
PPAR son el blanco terapéutico de varios agentes
farmacológicos. Los PPAR se unen directamente
a secuencias del DNA conocidas como elementos
de respuesta a PPAR (PPRE); estas secuencias se
encuentran en la región promotora de cientos de
genes. Los PPAR actúan en conjunto con el recep-
tor X de retinoides (RXR, de sus siglas en inglés
Retinoid X Receptor) formando un heterodímero,
la unión del ligando (PUFA o metabolitos de los
ácidos grasos) estimula el reclutamiento de mo-
léculas correguladoras a la región promotora; en
consecuencia, se produce la transcripción de los
genes bajo control de los PPAR (Figura 4).
Nutrigenética
La nutrigenética es el área de la genómica nutri-
cional que se encarga de estudiar las diferentes
maneras que tienen los individuos de responder
a diferentes alimentos con base en su constitu-
ción genética, es decir, respecto a un genotipo
específico y/o a la presencia de polimorfismos de
un solo nucleótido (SNPs de sus siglas en inglés
polymorphism nucleotide single).1,31,32 La nutri-
genética proporcionará las bases para realizar
recomendaciones dietéticas personalizadas con
base en su perfil genético. La nutrigenética ha sido
utilizada por décadas en ciertas enfermedades
monogénicas raras, tales como la fenilcetonuria,
galactosemia, entre otras; ahora el reto estriba en
llevarla a la práctica para prevenir enfermedades
multifactoriales antes de que aparezcan las mani-
festaciones clínicas.
La genética humana revela la existencia de un
estado de salud y susceptibilidad a enfermedades;
esto puede ayudar a encontrar diferencias entre
los sujetos respondedores y no respondedores a
intervenciones dietéticas.33-35
Otra área de la genética y de importancia en la
nutrición lo representa la epigenética, la cual abarca
alteraciones del material genético que no afectan
la secuencia nucleotídica del DNA; éstas incluyen
patrones de metilación del DNA, estructura de la cro-
matina, acetilaciones de histonas y RNA –pequeños
no codificantes–; de esto se hablará más adelante.36
Variabilidad genética
La variación genética interindividual es un deter-
minante importante que establece diferencias en
 M etabolismo en el deporte

28 Erika Martínez-López y cols. Genómica nutricional

los requerimientos de los diferentes nutrimentos. regulación de la expresión pueden traducirse, en

La particularidad genética de un individuo es de-
terminada principalmente con base en la existen-
cia de polimorfismos genéticos. Un polimorfismo
genético es la existencia en una población de
múltiples alelos de un gen. Es decir, un polimorfis-
mo es una variación en el DNA; estas variaciones
se pueden dar como resultado de cambios en la
secuencia del DNA o por cambios en el número
de repeticiones del DNA. Aquellos polimorfismos
que afectan a la secuencia codificante o regula-
dora y que producen cambios importantes en la
estructura de la proteína o en el mecanismo de
consecuencia, en diferentes fenotipos.37
Para que verdaderamente pueda considerarse
un polimorfismo, la variación debe presentarse
al menos en el 1% de la población. Todas aquellas
variaciones existentes en el DNA que son poco
frecuentes (menor al 1% en una población) se les
conoce como mutaciones.
Las variaciones genéticas más comunes las repre-
sentan los SNP’s que consisten en la sustitución de
un solo nucleótido por otro dentro de la secuencia
del DNA. Estos SNP’s ocurren cada 1,000-2,000
nucleótidos en el genoma del humano. Por lo tanto,

AG Lipólisis (LPL)
Metabolitos de AG
Cetogénesis (HMGCS2)

Lipogénesis (FADS, ME)

Activación de AG (FCAL2)

Metabolismo de aminoácidos (GPT)

Biotransformación (ADH3-UGT1A9)
Complejo Complejo
correpresor HDAC activador HTA Catabolismo del colesterol (LXRA, CYP7A1)
PPAR RXR RXRL PPAR RXR RXRL
Inflamación (IL-1B, TNFα, IL-6, IL-12A, MCP1)
AGGTCANAGGTCA AGGTCANAGGTCA
TCCAGTNTCCAGT TCCAGTNTCCAGT
PPRE PPRE Oxidación (CPT-1, CPT-2, MCAD, ACOX, SCP-X)

Transporte y unión de ácidos grasos (FABP1, FATP1, ACBP)

Metabolismo de lipoproteínas (Apo-A1, Apo-A2, Apo-A4, Apo-A5, Apo-C3, PLTP, PPARα)

Figura 4. Regulación de la expresión de genes dependientes del receptor activado de proliferación de peroxisomas. El factor trancripcional
PPARα se une a la región promotora de los genes que regula a través de formar un heterodímero con el receptor X de retinoide; la región del
DNA a la cual se une se conoce como elementos de respuesta a PPAR (PPRE). En el estado inactivo o no ligado, el heterodímero PPAR-RXR
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se encuentra unido a proteínas correpresoras. En el estado activo y/o ligado, el complejo correpresor es remplazado por un complejo activador.
Por lo tanto, se generan cambios conformacionales que provocan exista un intercambio de proteínas con receptores nucleares y promueva la
transcripción de genes específicos involucrados en rutas metabólicas determinadas como las mostradas en la figura. AG: ácidos grasos; HDAC:
desacetilasa de histonas; HAT: acetilasa de histonas; FADS: desaturasa de ácidos grasos; ME: enzima málica; FCAL2: coenzima A ligasa de
ácidos grasos; GPT: transaminasa piruvato glutamato; ADH3: alcohol deshidrogenasa; UGT1A9: UDP-glicosiltransferasa; LXRA: receptor X
hepático alfa; CYP7A1: subfamilia VIIA del polipéptido 1 de citocromos P450; IL-1B: interleucina 1-beta; TNFα: factor de necrosis tumoral
alfa; IL-6: interleucina 6; IL-12A: interleucina 12A; MCP1: proteína quimitáctica de monocitos 1; CPT-1: carnitina palmitoil transferasa 1;
CPT-2: carnitina palmitoiltransferasa 2; MCAD: acil coenzima A deshidrogenasa; ACOX: acil coenzima A oxidasa; SCP-X: proteína X porta-
dora de esteroles; FABP1: proteína de unión a ácidos grasos 1; FATP1: Proteína transportadora de ácidos grasos 1; ACBP: proteína de unión
a acil coenzima A; Apo-A1: apolipoproteína A1; Apo-A2: apolipoproteína A2; Apo-A4: apolipoproteína A4; Apo-A5: apolipoproteína A5;
Apo-C3: apolipoproteína C3; PLTP: proteína de transferencia de fosfolípidos; PPARα: receptor activado de proliferación de peroxisomas alfa.

Revista de Endocrinología y Nutrición 2013;21(1):22-34
debido a que el genoma del humano está constituido
por aproximadamente 3 mil millones de nucleótidos,
se estima que en el genoma del humano existen
aproximadamente 10 millones de SNP’s.23,37 Estos
SNP’s pueden causar enfermedades o estar afec-
tando la forma en que una persona reacciona ante
las bacterias, virus, medicamentos y nutrimentos
(nutrigenética). Existen ocasiones, en que los SNP’s
se heredan en grupos o bloques cuando éstos se en-
cuentran estrechamente relacionados en el DNA. En
ocasiones, los SNP’s pueden tener efectos aditivos o
sustractivos para un rasgo particular o una enferme-
dad específica. Debido a esta capacidad que tienen
los SNP’s de heredarse ocasionalmente en bloques
(haplotipos y/o haplogrupos) se ha podido realizar el
monitoreo de ciertos SNP’s detectando un solo SNP
específico. Otra clase de polimorfismos que confie-
ren individualidad genética son las repeticiones en
tándem de número variable (VNTR, de sus siglas en
inglés Variable Number Tandem Repeat).22,23,38
En la actualidad existen herramientas sofistica-
Este documento
das es molecular,
de biología elaborado portalMedigraphic
como la técnica de
microarreglos que permite identificar los SNPs´;
sin embargo, debido a que difícilmente se solicita-
ría un estudio para cientos de miles de SNP’s, ac-
tualmente se empiezan a generar paneles especí-
ficos (chips) de identificación de SNP’s que facilita
y minimiza los costos; por ejemplo, actualmente
existen paneles de SNP’s para: 1) destoxificación/
antioxidantes, 2) inflamación, 3) metabolismo de
lípidos, 4) sensibilidad a la insulina, 5) cáncer, 6)
sistema cardiovascular, 7) patrones de metilación
del DNA, 8) Sistema óseo, entre otros.39
Epigenética y factores dietéticos
El DNA genómico de eucariotas se encuentra alta-
mente compactado en una estructura de empaque-
tamiento de orden superior. Por ello, la complejidad
del genoma en células eucariotas ha requerido el
desarrollo de múltiples niveles de regulación para
poder llevar a cabo la expresión génica. La regula-
ción de la expresión transcripcional de un gen se
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consigue principalmente por tres niveles. El primero
se encuentra a nivel de la secuencia de nucleótidos
que se codifican y forman parte de la molécula de
DNA, el segundo involucra la estructura de la cro-
matina, donde la regulación de la expresión de un
gen no sólo depende de la información codificada
en la secuencia del DNA, sino también de su orga-
nización y regulación epigenética asociada a ésta,
y el tercer nivel involucra la organización espacial
del genoma al interior del núcleo.36
M etabolismo en el deporte bloque dos
29
Debido al elevado nivel de compactación del
genoma, la estructura de la cromatina se vuelve
un obstáculo para la actividad transcripcional y la
expresión génica. Por lo anterior, es necesario un
cambio conformacional en dicha estructura represo-
ra para permitir la expresión regulada de los genes.
Así, la expresión de un gen depende en gran medida
de la capacidad de remodelamiento de la cromatina,
tanto al nivel de las regiones reguladoras como de
sus secuencias codificantes y no codificantes.
Se ha definido como epigenética a los cambios
fenotípicos heredables que resultan de cambios en
la cromatina sin alterar la secuencia del DNA.36, 40-42
Los mecanismos epigenéticos son esenciales
para mantener el funcionamiento adecuado de la
expresión génica específica en cada célula según su
diferenciación.43 La regulación epigenética gira en
torno a la compactación del genoma en la cromatina
y al efecto regulador de ésta sobre la expresión de los
genes. Los principales mecanismos que participan en
la regulación epigenética a nivel de la cromatina que
permiten la expresión, son básicamente tres: 1) mo-
dificaciones postraduccionales de las histonas (ace-
tilación y desacetilación), 2) metilación del DNA y 3)
los complejos de remodelaje ATP-dependientes.44
A pesar de que aún no se conoce con exactitud el
mecanismo específico de los cambios epigenéticos,
se propone que los responsables de éstos son los
factores ambientales, entre ellos la alimentación.45
En esta sección se abordarán algunos factores
dietéticos de los cuales se ha mostrado evidencia
de que intervienen en la regulación epigenética
a través de metilación del DNA y modificaciones
postraduccionales de histonas. La metilación del
DNA juega un papel importante en la regulación
de la expresión de los genes y es de vital impor-
tancia para mantener el silenciamiento genético
con el fin de regular la expresión de los mismos.
La metilación del DNA se refiere a la inserción
de un grupo metilo (CH3) en la posición 5 de la
base nitrogenada dioxicitosina (dC) para formar
5-metilcitosina. Es una reacción enzimática ca-
talizada por la DNA metiltransferasa (DNMTs)
en presencia de un sustrato donador de grupos
metilo (S-adenosilmetionina).46
La 5-metilcitosina se encuentra en los dinucleó-
tidoscitosina-guanina (CpG), que no están dis-
tribuidos uniformemente en el genoma humano.
En el 98% del genoma, los CpG están presentes
en promedio una vez por cada 80 dinucleótidos;
existen regiones de 200 pares de bases en donde
la frecuencia de dinucleótidos CpG es 5 veces
mayor y se les denominada islas CpG.37
 M etabolismo en el deporte
30 Erika Martínez-López y cols. Genómica nutricional
Aproximadamente, del 60 al 90% de las secuen-
cias CpG dispersas en el genoma están metiladas,
mientras que las correspondientes a las islas CpG,
localizadas en la mayoría de los genes de man-
tenimiento celular, no lo están. En general, las
islas CpG se localizan entre la región central del
promotor y el sitio de inicio de la transcripción,
observándose represión en la expresión del gen
cuando se encuentran metiladas.47,48
Dentro de los procesos fisiológicos regulados
por mecanismos epigenéticos se encuentran: la
regulación transcripcional, el mantenimiento de
la estabilidad cromosómica, la modulación de la
estructura de la cromatina, la inactivación de uno
de los cromosomas X en mujeres, la impronta ge-
nómica y el silenciamiento de retrotransposones.49
Por ejemplo, en el caso de la impronta, la metilación
de DNA como patrón hereditario puede determinar
cuál de los alelos (el proveniente de la madre o el del
padre) se expresa, o si finalmente lo hacen ambos.50
La expresión de un solo alelo supondría una me-
nor actividad de la proteína relacionada, mientras
que la expresión de ambos, una actividad aumen-
tada, lo que lleva a manifestaciones fenotípicas
diferentes que podrían ser patológicas.
Estas variaciones en la impronta podrían explicar
las características fenotípicas que desaparecen y
reaparecen al cabo de varias generaciones; también
aclararía las diferencias registradas en algunas en-
fermedades como la diabetes mellitus tipo 2, que se
manifiesta en diferentes edades en los miembros de
una misma familia; e igualmente explicaría enferme-
dades en gemelos idénticos, como la esquizofrenia,
que puede afectar a sólo uno de ellos.51
A pesar de que se ha enfocado una atención
considerable al silenciamiento de genes mediante
cambios en los patrones de metilación del DNA,
tales modificaciones epigenéticas, a menudo re-
quieren alteraciones previas a nivel de histonas, las
cuales también son esenciales para la regulación
de la expresión génica.52
Las histonas son proteínas básicas presentes en
el núcleo de la célula y se encargan de empaque-
www.medigraphic.org.mx
tar el DNA formando el nucleosoma compuesto
por aproximadamente 200 pb de DNA envueltas
en un octámero de histonas: H2A, H2B, H3 y H4
(dos de cada una de ellas); estos nucleosomas a su
vez forman la cromatina y le brindan estabilidad al
cromosoma. Las histonas poseen una carga básica
positiva, lo que les facilita unirse al DNA para ejercer
su función de empaquetarlo y formar parte de la cro-
matina. Tales proteínas pueden sufrir modificaciones
postraduccionales de acetilación y desacetilación,
lo cual puede alterar sus propiedades de unión al
DNA. Así mismo, existe una correlación entre la
acetilación de histonas (principalmente de histonas
H3y H4) y aumento de la transcripción génica que
parece sustentarse en el hecho de que tras sufrir
esta modificación la histona posee menor afinidad
hacia el DNA, debido a un cambio en la carga elec-
trostática de esta proteína, lo que a su vez, genera
menor atracción al DNA y por lo tanto, un menor
nivel de compactación de la cromatina. Mientras
que, por el contrario, la desacetilación de histonas
da como resultado una configuración compacta de
la cromatina que reprime la expresión génica dado
que la histona recupera nuevamente su carga básica
positiva y con ello, la propiedad de unirse al DNA.37,53
La acetilación y desacetilación de las histonas
es un proceso mediante el cual se cambia el grupo
amino terminal (NH3) de los residuos de lisina en
las regiones amino terminales de las histonas H3 y
H4 por un grupo acetilo (COCH3) para neutralizar la
carga positiva de las histonas y permitir que el DNA
se exponga a factores transcripcionales; este pro-
ceso enzimático es catalizado por las acetiltrans-
ferasas (HAT, de sus siglas en inglés Histone Acetil
Tranferase); al terminar este proceso por el cual se
lleva a cabo la transcripción de genes, es necesario
que el DNA y las histonas vuelvan a empaquetarse.
Este proceso se lleva a cabo por la acción de las
enzimas desacetilasas de histonas (HDAC, de sus
siglas en inglés Histonedeacetylase).44,46,54
Se han identificado tres grupos distintos de
HDAC; la clase I, II y III dependiendo de si se lo-
calizan exclusivamente en el núcleo o citoplasma
celular y si se expresan en la mayoría de tipos
celulares o si tienen una distribución tisular res-
tringida. En los últimos años, las HDAC han sido
objeto de estudio como blanco terapéutico contra
el cáncer. En células tumorales, los inhibidores
de HDAC (IHDAC, de sus siglas en ingles Inhibi-
tors of Histonedeacetylase) las inhiben de forma
específica, lo cual conduce a la hiperacetilación
de histonas favoreciendo la expresión de genes
implicados en suprimir la tumorogénesis. Por otra
parte, algunos estudios han mostrado que las
células tumorales muestran una alta sensibilidad
a IHDAC respecto a las células normales a través
de mecanismos aún no identificados.55
Debido a esto, actualmente tiene un gran inte-
rés conocer y caracterizar qué alimentos tienen
efectos en la regulación epigenética. Reciente-
mente se han descrito que algunos alimentos
contienen sustancias que actúan como IHDAC. Por
lo tanto, aquellos alimentos que tienen sustancias

Revista de Endocrinología y Nutrición 2013;21(1):22-34
que funcionan como IHDAC han adquirido gran
importancia en diferentes neoplasias como cán-
cer de mama, colon, estómago y próstata como
alternativa preventiva y terapéutica, debido a sus
propiedades para permitir la expresión de genes
silenciados epigenéticamente que están involu-
crados en la regulación del ciclo celular, apoptosis
y/o mecanismos de destoxificación.
Los polifenoles presentes en frutas y vegetales,
son una parte vital de la dieta. Los polifenoles de las
plantas pueden ser divididos al menos en 7 clases
diferentes basadas en su estructura química; estas
clases son: flavonoides, estilbenos, ácidos fenólicos,
benzoquinonas, acetofenonas, ligninas y xantonas.
Algunos estudios estiman que existen hasta 8,000
polifenoles diferentes en la dieta, entre ellos la
epigalotocatecina-3-galato (EGCG) encontrado
abundantemente en el té verde, la curcumina en
el curry y el resveratrol, presente en las uvas y el
vino tinto; así como la genisteína en la soya y el
selenio en las nueces brasileñas. Estos compuestos
tienen una participación e impacto significativo
en la prevención del cáncer por su habilidad de
alterar mecanismos epigenéticos mediante la
remodelación de la cromatina y reactivación de
genes silenciados por su capacidad de modificar
la acetilación y desacetilación de histonas e inhibir
DNMTs. (Figuras 5 y 6). Estas propiedades de los
polifenoles podrían cambiar el epigenoma de las
células con cáncer, aunque actualmente son consi-
deradas como una alternativa de prevención.45,56,57
Además, diversos estudios han demostrado
que otras sustancias como el sulforafano, alil-
mercaptano, dialil-disulfuro y butirato contenidas
en distintos alimentos a través de mecanismos aún
desconocidos pueden regular la metilación del
DNA, acetilación y desacetilación de histonas.45
El sulforafano (1-isotiocianato-4-[metilsulfinil]-
butano; CH3-SO-(CH2)4-N = C = S) es un miembro
de la familia de isotiocianatos presente principal-
mente en vegetales crucíferos como brócoli y col,
ha atraído una gran atención debido a sus propie-
dades anticancerígenas, además de sus efectos
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antimicrobianos; éste ha mostrado una protección
significativa contra el cáncer de mama inducido
químicamente con el agente 9,10 dimetil-1,2 ben-
zantraceno en ratas y contra el cáncer de estómago
inducido con benzo[a]pireno en ratones.57-59
El mecanismo sugerido por el cual el sulforafano
protege contra el cáncer es a través de la inducción
de la expresión de enzimas destoxificantes como
la glutatión transferasa. Además, estudios más
recientes han propuesto que el sulforafano puede
M etabolismo en el deporte bloque dos
31
suprimir la proliferación de células tumorales en
cultivos celulares y en modelos in vivo porque inhibe
la progresión del ciclo celular y/o induce apoptosis
de células cancerígenas. Por otra parte, en el año
2000, Gamet-Payrastre y colaboradores fueron los
primeros en mostrar que el tratamiento con sulfora-
fano de la línea celular de cáncer de colon humano
(células HT29) genera la detención del ciclo celular
en la fase G2-M e induce la apoptosis. El mecanismo
a través del cual el sulforafano tuvo tales efectos fue
asociado a su propiedad para actuar como IHDAC
y permitir la expresión del gen BAX, el cual codifica
para una proteína proapoptótica.60
El dialil-disulfuro y el alil-mercaptano (un metabo-
lito de la S-alil-mercaptocisteina) son sustancias or-
ganosulfuradas presentes en ajos y cebollas; a estos
vegetales se les ha conferido una amplia gama de
efectos benéficos para la salud. Interesantemente,
estudios en líneas celulares de cáncer han mostrado
que tales compuestos organosulfurados tienen efec-
tos antiproliferativos e inducen apoptosis a través
de una asociación con hiperacetilación de histonas,
lo cual sugiere que tales sustancias pueden actuar
como IHDAC. Basados en tales hallazgos, diversos
estudios han analizado estos componentes organo-
sulfurados in vitro e in vivo y han identificado que
el alil-mercaptano es el inhibidor competitivo más
potente de la actividad de las HDACs entre todos
los compuestos organosulfurados estudiados.61 Por
ejemplo, en células humanas de cáncer de colon, el
alil-mercaptano induce la acumulación de histonas
acetiladas y promueve la unión del factor transcrip-
cional Sp3 a la región promotora del gen P21WAF1,
lo cual resulta en un incremento en la expresión a
nivel del RNAm y de la proteína de P21WAF1, con-
tribuyendo de tal manera a bloquear el ciclo celular
e inhibir la proliferación de células tumorales.62,63
Se concluye que los inhibidores dietéticos de las
HDAC representan una alternativa de prevención
y posible tratamiento, además de los agentes far-
macológicos que se utilizan actualmente durante
intervenciones terapéuticas en cáncer. Sin embar-
go, dado que los IHDAC dietéticos son ligandos
débiles, es importante elucidar las concentracio-
nes requeridas de estos compuestos dietéticos
para la inhibición de la actividad de las HDAC en
células tumorales, así como también el tiempo
de vida de exposición requerido de un individuo
a los mismos, para que estas sustancias puedan
tener un impacto significativo en la prevención y
tratamiento de la carcinogénesis.64 De la misma
manera, se propone un estilo de vida saludable
en donde los factores ambientales mantengan un
 M etabolismo en el deporte

32 Erika Martínez-López y cols. Genómica nutricional

equilibrio entre los mecanismos epigenéticos, con Expectativas de la genómica nutricional

actividades tales como una dieta equilibrada, ac-
tividad física regular, emociones positivas y evitar
la exposición a agentes químicos dañinos como la
nicotina presente en el cigarro y otras sustancias
que alteren el estado de salud del individuo.
Actualmente existen muchas expectativas acerca
de la genómica nutricional, pero el avance ha sido
lento. Por ejemplo, un experimento de nutrigené-
tica puede generar una gran cantidad de datos;

Genisteína
(Soya)

Resveratol
EGCG (uvas, vino tinto)
(té verde)

Figura 5. Las DNMTs catalizan la

Sulforafano Selenio (nueces
DNMTs metilación del DNA agregando un
(Brócoli) brasileñas)
grupo metilo (CH3 indicado con una
M), a las citocinas de los dinucleótidos
CpG. La hipermetilación de éstos por
DNMTs usualmente da como resulta-
do el silenciamento o inactivación de
M M M genes. Algunos compuestos bioactivos
encontrados en alimentos (EGCG en té
verde) actuán como inhibidores dieté-
ticos de las metiltrasferasas del DNA
alterando la expresión de genes a través
de mecanismos epigenéticos.

Resveratol
(uvas, vino tinto)

Sulforafano
(Brócoli)

Cromatina relajada (abierta) Genisteína

Selenio (Soya)
(nueces
brasileñas)

HDACs HATs EGCG

www.medigraphic.org.mx
ww
ww.m
mediggraphic.oorg.m
(té verde)
Curcumina Figura 6. Compuestos bioactivos
(curry)
incluido el resveratrol, sulforafano y
Curcumina curcumina tienen la habilidad de alterar
(curry) HATs y HDACs. Estas modificaciones
Genisteína en las histonas causan cambios en la
(Soya) estructura de la cromatina permitiendo
la accesibilidad de factores trascripcio-
nales a regiones específicas del DNA.
Cromatina cerrada
Alil Mercaptano Compuestos de la dieta que pueden
(ajo) inhibir o incrementar HATs y HDACs
alterando así la expresión de genes.

Revista de Endocrinología y Nutrición 2013;21(1):22-34
sin embargo, es necesario aprender a extraer la
información de utilidad biológica.65,66 Actualmente
existen agrupaciones internacionales de investi-
gación en el área de genómica nutricional con la
finalidad de emprender y formar de manera con-
junta estos cambios; por esta razón, el esfuerzo
colaborativo para tener éxito requiere la comuni-
cación entre científicos de diferentes disciplinas,
tales como nutrición, biología molecular, medicina,
genómica y bioinformática.67 Asimismo, algunas
de estas agrupaciones involucran la participación
del área de ciencia de los alimentos y reconocen la
importancia de realizar investigación en genómica
nutricional con el objetivo de desarrollar dietas
personalizadas, identificar biomarcadores mole-
culares, nuevos componentes bioactivos de los
alimentos y validar la efectividad de éstos como
alimentos funcionales o nutraceúticos y la dosis
efectiva. Todo esto en conjunto ayudará a que se
pueda realizar una nutrición P4, lo cual involucra
la transición a efectuar una nutrición capaz de
ser predictiva, preventiva, personalizada y parti-
cipativa con la finalidad de modular la expresión
de los genes a través de factores ambientales
como la alimentación y la actividad física que son
fundamentales para poder prevenir y/o controlar
enfermedades crónicas no transmisibles.
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Correspondencia:
Dra. en C. Erika Martínez López
Servicio de Biología Molecular.
Hospital Civil de Guadalajara
«Fray Antonio Alcalde».
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Guadalajara, Jalisco, México.
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