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Química Biológica

AMINOÁCIDOS Y PROTEÍNAS

Bioq. Ana María Romero

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Química Biológica
PROPIEDADES FÍSICO-QUÍMICAS DE LOS AMINOÁCIDOS
Propiedades generales
Los α-aminoácidos son las unidades estructurales de las proteínas.

Las proteínas naturales contienen hasta 20 diferentes α-aminoácidos primarios que

se diferencian sólo en la naturaleza química de la cadena lateral o grupo R. Y de ella
dependen: las propiedades físico-químicas, la carga neta, la solubilidad, la
reactividad química, y las posibilidades de establecer enlaces puentes de hidrógeno
de los aminoácidos.
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Química Biológica
Propiedades y convenciones asociadas con los aminoácidos comunes encontrados en las proteínas
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Química Biológica
Los aminoácidos se pueden clasificar basándose en la interacción de los
grupos R con el agua:
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Química Biológica
Además de los aminoácidos primarios (que están genéticamente codificados)
algunas proteínas contienen otros aminoácidos derivados de los primarios:
 Productos de enlaces cruzados entre 2 o más aminoácidos comunes
 Derivados simples de un aminoácido primario

Cistina

Desmosina

β-Fosfoserina
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Química Biológica
Estereoquímica de los aminoácidos

Con la excepción de la gly, el átomo de carbono α de todos los

aminoácidos es asimétrico. También son asimétricos los átomos de
carbono β de la Ile y Thr, y los carbonos hidroxilados γ y δ de los
aminoácidos derivados hidroxiprolina e hidroxilisina.
Todas las proteínas naturales están formadas por L aminoácidos. La
configuración L no significa levorrotación (la mayor parte de los L-
aminoácidos son dextrorrotatorios).
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Química Biológica
Propiedades ácido base de los aminoácidos

Como tienen un grupo carboxílico y un grupo amino se pueden comportar

como ácidos o como bases (son anfolitos).
Como ácido: Como base:

A pHs próximos a la neutralidad la molécula es un ión dipolar o zwitterion

K1 K2

Ácido Neutro Base

El pH al que el ión dipolar es eléctricamente neutro se denomina punto

isoeléctrico (pI)
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Química Biológica
El pH al que las concentraciones de COO- y COOH son iguales pKa1
El pH al que las concentraciones de NH3+ y NH2 son iguales pKa2

Además de los grupos α-carboxilo y α-amino, las cadenas laterales de Lys,

Arg, His, Asp, Glu, Cys y Tyr tambien tienen grupos ionizables. Los puntos
isoeléctricos de los aminoácidos pueden calcularse a partir de sus pKa:

Donde los subíndices 1, 2, 3 se

refieren a los grupos ionizables
de los grupos α-carboxilo, α-
amino y de la cadena lateral

Curva de titulación de 0,1 M de glicina a 25 ºC

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Química Biológica
Valores de pKa y de pI de los grupos ionizables de los aminoácidos
libres de los que están formande pare de las proteínas a 25 °C

El pKa de los grupos

ionizables es distinto en las
proteínas con respecto a los
aminoácidos libres.
El grado de ionización de un
grupo puede calcularse por
la ecuación de Henderson-
Hasselbach:

pH= pKa + log [base conjugada]

[ácido conjugado]

Y se puede determinar la
carga neta de una proteìna a
un pH dado.
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Química Biológica
Cuantificación de aminoácidos

Para la cuantificación de los aminoácidos se usan las reacciones de los

mismos con la ninhidrina, el o-ftaldialdehído o la fluorescamina.

Reacción con la ninhidrina:

Se producen productos coloreados con máximos de absorbancia a 570 nm par la

mayoría de los aminoácidos y 440 nm (prolina e hidroxiprolina)

Se utiliza también para la determinación de la composición aminoacídica de

las proteínas
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Química Biológica
Reacción con el o-ftaldialdehído

Productos fluorescentes
con máximos de exitación
a 380 nm y de emisión
fluorescente a 450 nm

Reacción con la fluorescamina

Productos fluorescentes
con máximos de exitación
a 390 nm y de emisión
fluorescente a 475 nm

También se usa para cuantificar aminoácidos, péptidos y proteínas

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Química Biológica PEPTIDOS

Formación de un dipéptido por

una reacción de condensación
(pérdida de agua) para formar
un enlace peptídico o unión
amida.

Enlace peptídico
Ejemplo:
El pentapéptido serylglycyltyrosylalanylleucine, o Ser–Gly–Tyr–Ala–Leu.
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Química Biológica
PROTEINAS
Proteínas deriva de la palabra griega Proteois que significa de primera clase.

Hidrógeno
(6-7 %) Oxígeno
Carbono
(20-23 %)
(50-55 %)
Proteínas
Nitrógeno Azufre
(12-19%) (0,2-3 %)

CLASIFICACIÓN

De acuerdo a su composición De acuerdo a su organización estructural

Homoproteínas Globulares
Proteínas conjugadas Fibrosas
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Química Biológica
De acuerdo a su función biológica
Catalizadores enzimáticos: amilasas, pepsina, ureasa, ribonucleasa, etc.
Proteínas estructurales: colágeno queratina, elastina, etc.
Proteínas contráctiles: miosina, actina, tubulina
Hormonas: insulina, hormona de crecimiento
Proteínas transportadoras: seroalbúmina, transferrina, hemoglobina
Anticuerpos: Inmunoglobulinas
Proteínas de reserva: ovoalbúmina, proteínas de las semillas
Proteínas protectoras: toxinas, alergenos
Estructura del colágeno

Todas las proteínas sintetizadas biológicamente pueden usarse

como proteínas alimentarias:
Fácilmente digestibles
No toxicas
Nutricionalmente adecuadas
Estructura de la
ovoalbúmina
Funcionalmente útiles y abundantes
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Química Biológica
Tamaño de algunas proteínas
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Química Biológica
Propiedades ácido-base de algunas proteínas
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Química Biológica
ESTRUCTURA DE LAS PROTEÍNAS

Jerarquía estructural:
Estructura primaria
Estructura secundaria
Estructura terciaria
Estructura cuaternaria
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Química Biológica
Estructura primaria

Por estructura primaria se entiende la secuencia lineal en que los

aminoácidos se unen de forma covalente.
La masa molecular de las proteínas varía entre
10000 y más de un millón.
La longitud de la cadena (n) y la secuencia en que
se unen los restos determina las propiedades físico-
químicas, estructurales, biológicas y funcionales de
una proteína
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Química Biológica

El esqueleto polipeptídico
puede considerarse como
un serie de planos de -Cα-
CO-NH-Cα- conectados
mediante los Cα
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Química Biológica
La estructura resonante impide la
protonación de los grupos NH del
enlace peptídico, y el carácter
parcial de doble enlace limita la
rotación del enlace CO-NH y de ω a
un máximo de 6º. Se establecen
cargas parciales negativas sobre el
O y positivas sobre el N.
Casi todos los enlaces peptídicos de
las proteínas se hallan en
configuración trans.
Los ángulos diedros Φ y Ψ y por lo
tanto los enlaces NCα y CαC en
teoría podrían rotar 360º.

Isomerización trans cis: 34,8kJ/mol

Isomerización trans cis: 7,8kJ/mol cuando participa la prolina
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Química Biológica
Estructura secundaria
Es la disposición espacial periódica de los restos de aminoácidos en ciertos
segmentos de las cadenas polipeptídicas, en las que los restos aminoacídicos
consecutivos asumen idénticos valores de Φ y Ψ.
Características geométricas de las estructuras secundarias regulares de las proteínas

n: número de restos por vuelta; r: número de átomos del esqueleto que forman un bucle de la hélice
(por puente hidrógeno); h: avance de la hélice por resto aminoacídico; t: 360º/n ángulo de rotación de
la hélice por resto
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Química Biológica
Estructuras helicoidales

De las tres estructuras helicoidales que

se encuentran en las proteínas (la
hélice α, la hélice 310 y la hélice π) la
Hélice α más abundante es la hélice α, que es
también la más estable. Están
estabilizadas por puentes de hidrógeno
intrasegmentos (N-H del esqueleto al
C=O del resto situado 4 restos más
atrás). Los átomos N, H, O del puente
forman un ángulo que que vale casi
cero y la energía del puente de H es de
18,8 kJ/mol.
Las hélices α más comunes son
dextrógiras
Hélice 3 10 Hélice π
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Química Biológica

La mayor parte de las α-hélices son anfifílicas,

uno de los lados de la superficie helicoidal
está ocupada por grupos laterales hidrófobos
y el resto por hidrófilos

Corte transversal de la estructura helicoidal

de los restos 110-127 de la hormona de
crecimiento bovino
La prolina se la considera disruptiva de la
hélice α (Φ tiene un valor fijo de 70º). Las
proteínas ricas en prolina tiende a asumir
estructuras aperiódicas (β caseina y
caseina αs1), sin embargo la poliprolina es
capaz de formar 2 estructuras helicoidales:
la poliprolina I (donde los enlaces
peptídicos se encuentran en configuración
cis) y la poliprolina II (donde los enlaces
peptídicos se encuentran en configuración
Poliprolina I Poliprolina II
trans)
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Química Biológica
Estructuras en lámina u hoja β
En este tipo de estructuras los grupos C=O y N-H están ubicados
perpendicularmente a la dirección de las cadenas, así que sólo se pueden
establecer puentes de hidrógeno entre segmentos (interacciones
intersegmentos). Los grupos laterales se disponen por encima y por debajo de
la lámina.
Hay 2 tipos de láminas plegadas β: paralelas y antiparalelas.
En las antiparalelas el ángulo
del puente de hidrógeno vale
cero, por lo tanto son más
estables que las paralelas ( el
puente de hidrógeno presenta
un ángulo).

Además las láminas β son más

estables que las hélices α. Las
proteínas con mayor proporción
de láminas β tienen
temperaturas más elevadas de
desnaturalización.
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Química Biológica
Giros beta

Suponen un giro de 180° de la cadena

polipeptídica .

Estructuras secundarias
de algunas proteínas
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Química Biológica
Estructura terciaria

Es la disposición espacial lograda cuando una cadena polipeptídica lineal (con

segmentos de diversas estructuras secundarias), se pliega sobre sí misma para
adquirir una forma tridimensional compacta. Se reduce la energía libre de la
molécula.

 Desde el punto de vista termodinámico el plegamiento supone la reducción

del área interfacial:
At: área interfacial accesible total
de un polipéptido (extendido)
As: área interfacial accesible de una
proteína globular nativa

 Desde el punto de vista químico la distribución de los restos hidrófobos e

hidrófilos determina la forma que adoptará la proteína en el espacio:

> restos hidrófilos: Área superficial/V elevada (varilla)

> restos hidrófobos: Área superficial/V mínima (globular)
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Química Biológica
β-lactoglobulina

Faseolina

También se distinguen dominios. Son regiones de la secuencia polipeptídica

que adoptan formas terciarias independientes (Faseolina).

Estructura cuaternaria

Hace referencia a la disposición espacial adoptada por una proteína que

contiene más de una cadena polipeptídica (oligoméroca).
Homogéneas: β-lactoglobulina a pH 5-8 (dímero), a pH 3-5 (octómero)
Heterogéneas: hemoglobina (tetrámero)

Contenido en aminoácidos hidrofóbicos es > 30% > tendencia a formar

estructuras oligoméricas
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Química Biológica

Representación esquemática de la
formación de oligómeros

Ejemplos de oligómeros en proteínas alimentarias son las proteínas de los

cereales: β-conglicinina (trímero heterogéneo), glicinina (12 subunidades).

El área superficial accesible está relacionada con el peso molecular del

oligómero:

Glucógeno fosforilasa
Aldolasa
Hemoglobina
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Química Biológica
FUERZAS IMPLICADAS EN LA ESTABILIDAD DE LAS
ESTRUCTURAS DE LAS PROTEÍNAS
La conformación nativa de una proteína está codificada en la secuencia de sus
aminoácidos. Es un estado termodinámico en el que se maximizan las
interacciones favorables y se minimizan las desfavorables.

 Interacciones intramoleculares de la molécula de proteína: interacciones de

Van der Waals y estéricas

 Interacciones intramoleculares afectadas por el disolvente del entorno:

enlaces de hidrógeno, interacciones electrostáticas e hidrofóbicas

Deformaciones estéricas

El plegamiento sólo tiene

lugar si evita la alteración
de la longitud o los ángulos
de enlace
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Química Biológica
Interacciones de Van der Wals
Son interacciones dipolo-dipolo inducido y
dipolo-inducido dipolo entre átomos neutros.
A una distancia r, la energía de interacción
entre dos átomos viene dada por:

A y B son constantes para un par de átomos y Ea y Er son Interacciones de van der Waals
las energías de interacción atractivas y repulsivas

La energía de interacción de oscila entre -0,17 y -0,8 Kj/mol

Puentes (o enlaces) de hidrógeno

Consiste en la interacción de un átomo de hidrógeno

covalentemente unido a un átomo electronegativo (N, O,
S) con otro átomo electronegativo
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Química Biológica
Formación de puentes de
hidrógeno en las proteínas

Puede considerarse como una

interacción fuerte dipolo-dipolo:

La energía del enlace de hidrógeno

viene expresada por:
Donde μ1 y μ2 son los momentos dipolares, ε
la constante dieléctrica , r la distancia entre
los átomos electronegativos y θ el ángulo de
enlace del hidrógeno
La energía de los enlaces de hidrógeno
oscila entre 8,4 y 33 Kj/mol. La que
forman N-H ……..O=C es típicamente -18,8
Kj/mol y su formación no puede ser
espontánea, y son estables si se hallan
protegidas del agua (ε baja) .
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Química Biológica
Interacciones electrostáticas

pH neutro

Cargados negativamente: Cys, Tyr pH alcalino

Casi todos los grupos cargados de las proteínas están distribuidos sobre la
superficie de las moléculas. La intensidad de estas fuerzas repulsivas y
atractivas disminuye en las disoluciones acuosas por la alta permitividad del
agua.
La energía de interacción electrostática entre dos cargas q1 y q2 separadas por
una distancia r y bajo una permitividad ε:

La energía de interacción electrostática en el agua oscila entre ±3,5 y ±5,8

Kj/mol, mientras que en el interior de la proteína oscila entre ±3,5 y ±460 Kj
/mol (dependiendo de la distancia y la permitividad local)
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Química Biológica
Interacciones hidrofóbicas
En las disoluciones acuosas, los grupos apolares tienden a agregarse de
manera de minimizar el contacto directo con el agua. Esta interacción
inducida por el agua, entre grupos apolares, se conoce como interacción
hidrofóbica.
La energía de interacción hidrofóbica entre 2 moléculas apolares de radios R1
y R2 (distancia D entre las moléculas y longitud de extinción Do) es:

Como las proteínas tienen

muchos grupos apolares, la
energía libre hidrofóbica (ΔGHΦ)
se calcula por correlaciones
empíricas. ΔGHΦ es directamente
proporcional al área superficial
accesible.

Relaciones entre hidrofobia y área superficial

accesible de aminoácidos (o) y de hidrocarburos (•).
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Química Biológica
Enlaces disulfuro
Son los únicos enlaces covalentes de las cadenas laterales naturalmente
presentes en las proteínas por oxidación de los grupos sulfihidrilo.
Las mezclas próticas que contienen cistina y restos de Cys pueden sufrir
reacciones de intercambio sulfhidrilo-disulfuro que suele disminuir la
estabilidad de la molécula de proteína

ESTABILIDAD CONFORMACIONAL Y ADAPTABILIDAD DE LAS

PROTEÍNAS
La estabilidad de la estructura nativa se define como la diferencia entre los
estados desnaturalizado y nativo. Las interacciones no covalentes estabilizan
la estructura nativa , mientras que la entropía conformacional (TΔSconf) es la
principal fuerza desestabilizadora.
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Química Biológica

ΔGD representa la diferencia

entre las energías libres de los
estados desplegados y nativos de
las proteínas

Proteína normal y Prión de la

enfermedad EET
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Química Biológica
DESNATURALIZACIÓN PROTEICA
El estado nativo de una proteína es
termodinámicamente el más estable, con
la mínima energía libre posible en las
condiciones fisiológicas. Cualquier
cambio de este ambiente forzará a la
molécula a adoptar una nueva estructura.
La desnaturalización implica una pérdida
de la estructura nativa.

Aspectos deseables
Aspectos negativos
 Desnaturalización térmica de los
 Pérdida de la actividad biológica inhibidores de tripsina en las
 Insolubilización leguminosas
 Pérdida de algunas propiedades  Mayor digestibilidad
funcionales  Mejora en las propiedades
emulgentes y espumantes
 Requisito previo para la
gelificación
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Química Biológica
DESNATURALIZACIÓN PROTEICA
El estado nativo de una proteína es
termodinámicamente el más estable, con
la mínima energía libre posible en las
condiciones fisiológicas. Cualquier
cambio de este ambiente forzará a la
molécula a adoptar una nueva estructura.
La desnaturalización implica una pérdida
de la estructura nativa.

Aspectos deseables
Aspectos negativos
 Desnaturalización térmica de los
 Pérdida de la actividad biológica inhibidores de tripsina en las
 Insolubilización leguminosas
 Pérdida de algunas propiedades  Mayor digestibilidad
funcionales  Mejora en las propiedades
emulgentes y espumantes
 Requisito previo para la
gelificación
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Química Biológica
AGENTES DESNATURALIZANTES

 AGENTES FÍSICOS:  AGENTES QUÍMICOS:

Temperatura
Presión hidrostática
Fuerza de cizalla
pH
Disolventes orgánicos
Solutos orgánicos
Detergentes
Sales Caotrópicas

Temperatura y desnaturalización

El calor es el agente más usado en la conservación y procesado de los

alimentos.
La temperatura en el punto medio de la transición del estado nativo al
desnaturalizado (N/D=1) se conoce como Tm (temperatura de fusión) o Td
(temperatura de desnaturalización)
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Química Biológica
pH y desnaturalización
o A pH isoeléctrico las proteínas son
más estables que a ningún otro pH
o A pH neutro la mayoría de las
proteínas son estables
o A pHs extremos ácidos y alcalinos se
desnaturalizan
o A pHs extremos alcalinos el grado de
desplegamiento es mayor

Disolventes orgánicos y desnaturalización

A concentraciones bajas:
 Disminuyen la permitividad del medio
 Debilitan las interacciones hidrofóbicas
 Refuerzan o promueven los puentes de H
 Refuerzan las interacciones electrostáticas
A concentraciones altas desnaturalizan las proteínas
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Química Biológica
Desnaturalización y plegamiento
de la Ribonucleasa A
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Química Biológica

Especificidad de especie de las proteínas

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Química Biológica

Especificidad de
especie de las
proteínas

Àrbol filogenètico citocromo c

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Química Biológica

Separación y purificación de proteínas

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Química Biológica Métodos cromatográficos
a) de Intercambio Iónico b) de exclusión por tamaño c) de afinidad
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Química Biológica
Electroforesis

Electroforesis vertical
Corrida electroforética
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Química Biológica

Determinación de
pesos moleculares
relativos por
eletroforesis vertical
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Química Biológica

Estudio de la
secuencia de
aminoácidos de
un péptido
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Química Biológica Estudio de la secuencia de
aminoácidos de una proteína
Ruptura de los puentes disulfuro
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Química Biológica
Ruptura de la cadena polipeptídica en fragmentos menores
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Química Biológica

Procedimiento completo
de análisis:
a) Hidrólisis y análisis de
los aminoácidos
b) Fragmentación de la
cadena polipeptídica
por al menos dos
métodos distintos
c) Análisis de los
fragmentos
d) Solapamiento y
ordenamiento de los
fragmentos
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Química Biológica
Se puede determinar la secuencia de la proteína secuenciando el
gen que la codifica (ADN)
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Química Biológica
Cambios mutacionales en la
secuencia. Hemoglobina S

Valina

Ácido glutámico

GR normales GR con Hb S
 Para el ángulo diedro sólo se necesitan 4
puntos

C
D

B
Si sustituimos estos 4 puntos por 4
átomos…
Ángulo
diedro