Aruca Díaz Serrano

Bioquímica

Tema 2 – Proteínas
INTRODUCCION

DEFINICION Y FUNCION

Componentes orgánicos mas abundantes de la celula (50% del peso seco).

Localizadas en toda la celula.

Gran variabilidad y especialización (estructurales, de defensa, reguladoras).

Transmisores de la información génica.

COMPOSICION

Las proteínas son biomoléculas orgánicas formadas por C, H, O, N y en menor medida P y S y otros elementos (Fe, Cu, Mg…).

Son polímeros no ramificados de aminoácidos (aa) que se unen mediante enlaces peptídicos.

Son las moléculas orgánicas mas abundantes en los seres vivos.

Su importancia radica en la variedad de funciones diferentes que pueden desempeñar.

Largas cadenas lineales de alfa-aminoácidos unidos por enlace peptídico (amida).

Una o mas cadenas polipeptídicas (oligómeros).

CLASIFICACION
Oligopéptidos: 2-10 aminoácidos
Péptidos (2-100 aminoácidos)
Polipéptidos: 10-100 aminoácidos
Holoproteínas (solo contienen Globulares
aminoácidos) Fibrosas
Glucoproteínas
Proteínas (+ 100 aminoácidos o PM:
Fosfoproteínas
+5000) Heteroproteínas (aminoácidos + otro
Lipoproteínas
componente no proteico)
Nucleoproteínas
Cromoproteínas

CARACTERISTICAS

Composición química especifica.

Masa (peso) molecular característica. PM/100 = nº aminoácidos.

Secuencia ordenada de aminoácidos (información).

TIPOS

Proteínas simples: hidrolisis (rotura química utilizando agentes químicos o rotura enzimática usando una enzima que actúe como una proteasa
rompiendo los enlaces peptídicos)  aa.
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Conjugadas: aa + moléculas (in)orgánicas.

Grupo prostético: núcleo-, lipo-, glico-, metalo-.

TAMAÑO

1. Aminoácidos.
2. Péptidos (en torno a 10 aminoácidos).
3. Proteínas.

Ultracentrifugación.

Las proteínas son el grupo más importante de biomoléculas en el peso seco de la celula (15%).

AMINOACIDOS
Unidades estructurales de las proteínas.

La fórmula general de un aminoácido es: un átomo de carbono (carbono alfa) cuyos cuatro enlaces contienen diferentes grupos funcionales
unidos:

- Grupo amino.
- Grupo carboxilo.
- Un átomo de hidrogeno.
- El cuarto enlace es variable: radical, cadena lateral, que puede tener distinta naturaleza.

Se conocen 20 aminoácidos primarios distintos en la naturaleza y hay 8 que no pueden ser sintetizados por la especie humana: se llaman
aminoácidos esenciales. Son: valina, leucina, isoleucina, metionina, fenilalanina, treonina, triptófano, lisina.

Nomenclatura: Tyr, Ala, Met…

- Nombre propio: tirosina.

- Acrónimo: Tyr.
- Una única letra: W (triptófano).

El primer aminoácido que se nombra en una cadena es el extremo N terminal (grupo NH2 amino libre) y el ultimo que se nombra es el C
terminal (grupo COOH carboxilo libre).

Son solubles en agua y en ácidos o bases diluidas.

Son compuestos sencillos estables que presentan un grupo carboxilo (-COOH) y un grupo amino (-NH2). Los que tienen el grupo amino en el
carbono siguiente al carboxilo se denominan alfa-aminoácidos, si lo tienen en el segundo beta-aminoácidos… Los aminoácidos presentes en los
seres vivos son todos alfa-aminoácidos.

CLASIFICACION

Los aminoácidos se clasifican según la naturaleza de R:

- Aminoácidos no polares (apolares) hidrófobos: R = cadenas carbonadas. La cadena lateral tiene una naturaleza no polar (cadena
hidrocarbonada en la cual no hay grupos en estado de ionización). Completamente apolares.
- Aminoácidos con grupos R polares no cargados: R = cadenas C, N, O (más hidrofílicas). Forman puentes de hidrogeno. No solamente
hay átomos C-H, sino que hay átomos que por su electronegatividad pueden atraer nubes de electrones que va a implicar que se
desarrollen puentes de hidrogeno por atracciones de distintos grupos.
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- Aminoácidos con grupos R polares cargados: R = cadenas cargadas a pH fisiológico 7,4. Van a poder ceder o ganas protones del
medio y, por lo tanto, van a tener una carga neta que será positiva o negativa mientras que todos los demás no pueden llegar a tener
una verdadera carga Susceptibles de ganar o perder su carga, pero también pueden llegar a tener carga neta cero.
 Con carga +: His, Arg, Lys (grupo amino).
 Con carga -: Glu, Asp (grupo carboxilo).

Aminoácidos básicos: lisina, arginina e histidina.

AMINOACIDOS ESENCIALES
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El hombre no es capaz de sintetizar 10 de los aminoácidos:

- En adultos: valina, leucina, isoleucina, metionina, triptófano, fenilalanina, treonina e histidina.

- En la 1ª infancia: lisina y arginina.

Los debe ingerir en la dieta.

Alimentos que contienen todos lo aminoácidos son: carne, huevos, lácteos y algunos vegetales como la espelta, la soja y la quinoa.

PROPIEDADES ACIDO-BASICAS DE LOS AMINOACIDOS

A pH fisiológico se encuentran disociados.

- Punto de fusión alto (>200ºC).

- Solubilidad: al ser dipolares son solubles en agua y su punto de fusión es elevado, por lo que son sólidos.
- Son anfóteros: propiedades acido-base. El grupo carboxilo les da un carácter acido y el grupo amino básico por lo que en disolución
pueden comportarse como ácidos o como bases, por ello se dice que son anfóteros.
 Acido: protonado, capaz de ceder H+.
 Base: capaz de aceptar H+.

CONCEPTO DE PH

pK. Valor en el cual se produce la ganancia o cesión de un protón al medio.

A un pH de condiciones fisiológicas los aminoácidos se hallan ionizados, adquiriendo una forma dipolar, que es la que tiene propiedades
anfóteras.

PUNTO ISOELECTRICO

pI  pH; Q = 0. Punto isoeléctrico: valor de pH cuando la carga neta es cero. Es el pH en el que el aminoácido tiene tantas cargas positivas
como negativas. Cada aminoácido tiene su punto isoeléctrico característico.

Si el pH del medio es mayor que el punto isoeléctrico, entonces el medio es básico y el aminoácido cede H+.

pI = ½ (pK1 + pK2)

A pH > pI  Q negativa.

A pH < pI  Q positiva.

Para cada aminoácido vamos a tener equilibrios de ionización. El estado de ionización siempre va a depender del medio en que se encuentren.

A pH = 0 habrá alta concentración de protones y a pH = 14 habrá baja concentración de protones.

PROPIEDADES ELECTROSCÓCPICAS
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ESTEREOQUIMICA DE AA- ISOMERIA ESPACIAL O ESTEREOISOMERIA

Todos los aminoácidos son ópticamente activos (excepto la Gly).

El carbono alfa es asimétrico (excepto la glicina) por lo que si tienen el grupo amino a la derecha serán D- aminoácidos y si lo tienen a la
izquierda L- aminoácidos. Todos los aminoácidos proteicos son L-aminoácidos.

ISOMERIA OPTICA

Si desvían el plano de luz polarizada a la derecha son dextrógiros (+) y si lo desvían a la izquierda son levógiros (-).

Isómeros: igual formula química, distinta estructura molecular.

Carbono asimétrico (C*)  isomería óptica.

Nº de isómeros = 2^n; n = nºC*

Los isómeros ópticos rotan la luz polarizada diferente ángulo.

Enantiómeros:

- Son imágenes especulares.

- Rotan la luz polarizada en sentido opuesto:

FORMAS D Y L (CONFIGURACION)

Monosacáridos con un solo C*.

- D: -OH a la derecha (Fischer).

- L: -OH a la izquierda (Fischer).

Para los monosacáridos con mas de un C* D y L se refieren al C* mas alejado del carbonilo.

- D-aldosas: derivan del D-gliceraldehido.

- D-cetosas: derivan de la D-dihidroxicetona.

Las formas D- son más abundantes.

PEPTIDOS
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Unión de 2 o mas aminoácidos (<100) mediante enlace covalente: enlace peptídico.

PROPIEDADES DEL ENLACE PEPTIDICO

Los aminoácidos se unen entre si mediante el enlace peptídico que se establece por la unión del grupo carboxilo de un aminoácido y el grupo
amino del siguiente liberándose una molécula de agua.

El enlace peptídico presenta las siguientes características que son las que van a determinar la estructura de la proteína:

- Los átomos que forman el enlace se disponen en el mismo plano (CO y NH).
- La unión entre C y N es mas corta que en un enlace normal pero mas larga que en uno doble por lo que se dice que el enlace peptídico
tiene cierto carácter de doble enlace, lo que hace que presente cierta rigidez inmovilizando a los átomos en un plano.
- Los enlaces que hay a lo largo del peptídico si pueden girar.

Derivadas de la estructura resonante:

- Mas polar (generación de un dipolo por separación de cargas).

- Enlace más corto (C – N  C = N, C = O  C – O).
- Mas estable (propiedad de moléculas resonantes).
- Sin libertad de giro (40% en forma C = N).
- En el mismo plano: carbono alfa- NH- CO- carbono alfa.
- Los carbonos alfa están en trans respecto a doble enlace C = N.
- Existen giros carbono alfa-C: psi, carbono alfa-N: fi.

El grupo amino se considera el inicio de la cadena peptídica.

Según el numero de aminoácidos que se unan se llamaran: dipéptidos, si se unen dos, tripéptidos si son tres…

Son oligopéptidos si tienen menos de 10 y polipéptidos si tienen entre 10 y 100 o si el peso molecular no supera los 5000, entonces se habla de
proteína.

PROPIEDADES DE LOS PEPTIDOS

Semejantes a los aminoácidos: redes cristalinas, alta solubilidad, alto punto de fusión.

Reacciones químicas de los péptidos:

- R de Biuret: (no aminoácidos) péptido + Cu2+  complejo azul (Abs 595 nm).
- R de Lowry: R de Biuret + R reconoce grupo fenólico  color (Abs 750nm).

Cálculo de pI.

PROTEINAS
Cadenas peptídicas de mayor tamaño.
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La función de las proteínas esta basada en su estructura tridimensional (orientación en el espacio de las cadenas polipeptídicas).

Existen 4 niveles de complejidad creciente y cada uno se construye a partir del anterior.

Estructura: depende del orden y naturaleza de los aminoácidos. Primaria, secundaria, terciaria y cuaternaria.

Grado de organización Nivel estructural Posibilidades y características Enlaces implicados

Estructura primaria
Estructura secundaria
Conformación
Estructura terciaria
Asociaciones Estructura cuaternaria
Ilimitadas Peptídico
Al azar, alfa-hélice. Hoja
plegada, giro beta, hélice de Puentes de H
colágeno
- Fibrosa: enrollada Fuerzas electrostáticas, enlaces
- Globular: en ovillo hidrofóbicos
- Fibrosa: varias hebras
superenrolladas
Fuerzas en general no covalentes
- Globular: monómeros
iguales o diferentes

ESTRUCTURA PRIMARIA DE PROTEINAS

Está constituida por la secuencia de aminoácidos de la cadena polipeptídica.

Las distintas proteínas se diferencian por el número, tipo y orden en que se encuentran los aminoácidos (cadenas carbonadas 100-300
aminoácidos), lo cual es consecuencia del mensaje genético.

Cualquier alteración en el orden de los aminoácidos determina otra proteína.

Esta estructura se mantiene por la rigidez de los enlaces peptídicos. Pero el resto de los enlaces pueden girar libremente.

La secuencia de aminoácidos determina los demás niveles estructurales al establecer un plegamiento tridimensional especifico y se utiliza para
estudios evolutivos. Ejemplo:

Similitud de secuencia  cambios conservados.

Extremos N y C- terminal.

Secuenciación de proteínas:

1. Elaboración y resolución de mapas peptídicos.

2. Secuenciación química:
Acido diluido: rompe enlaces peptídicos al azar.
Bromuro de cianógeno: rompe enlaces peptídicos C = O aportado por Met (-M-X-).
Separación de oligómeros, rotura de puentes S – S:
 Determinación de la composición aminoácidos.
 Determinación del extremo N-terminal (F Dinitrobenceno- FDNB).
 Degradación secuencial de Edman (fenilisotiocianato- PITC).
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MAPAS PEPTIDICOS
Digestión enzimática (con proteasas).

- Endopeptidasas: rompen en el interior de la cadena.

 Tripsina: -Lys, -Arg.
 Quimiotripsina: -Phe, Trp, Tyr.
- Exopeptidasas: rompen extremos de la cadena.
 Carboxipeptidasa A: extremos -COOH, excepto Arg, Lys, Pro.
 Carboxipeptidasa B: extremos -COOH, si son Arg, Lys, Pro.

CONFORMACION
Estructura tridimensional característica de una proteína.

A pH y Tª concretos  configuración única (menor energía libre, máxima estabilidad)  conformación nativa.

La conformación nativa esta determinada por la estructura primaria.

Conformación nativa  actividad biológica.

DESNATURALIZACION
Perdida de conformación nativa (Tª, pH, fi).

Solo prevalece la estructura 1ª (información para conformación).

Desnaturalización:

Renaturalización:

ESTRUCTURA SECUNDARIA DE PROTEINAS

Es la disposición espacial que adopta la secuencia de aminoácidos debido a la capacidad de giro de los enlaces. De los posibles plegamientos hay
algunos que dan lugar a estructuras estables y son los que se mantienen. La estructura secundaria puede ser de dos tipos:

- Hélice alfa.
- Estructura beta o en lamina plegada.

La proteína se pliega para:

- Minimizar la exposición hidrofóbica de las cadenas laterales.

- Maximizar la exposición hidrofílica al agua.
- Facilitar la formación de puentes de hidrogeno.

HELICE ALFA
Esta formada por el enrollamiento de la cadena polipeptídica sobre si misma en forma de espiral.
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Características:

- Hélice levógira o dextrógira.

- Los grupos R se disponen siempre hacia fuera de la hélice y como no participan en los enlaces estabilizadores de la estructura,
diferentes secuencias primarias pueden originar esta secundaria.
- La hélice se mantiene estabilizada por puentes de hidrogeno paralelos al eje (intracatenarios) que se establecen entre el O de un -CO- y
el H de un -NH del cuarto aminoácido que le sigue.
- Existen hélices de aminoácidos L o D (pero no mezcladas).
- Periodicidad, 3,6 aminoácidos/vuelta de hélice.
- El espesor de una vuelta es de 5,4ºA.
- Capacidad de formación determinada por las características de los aminoácidos:
 Grandes, cargados  desestabilizan.
 Prolina  desestabiliza. No tiene giro. No posee alfa-amino libre.

LAMINA BETA (LAMINA PLEGADA)

Características:

- Mas extendida que la alfa-hélice.

- Espaciado regular 7A = 2 aminoácidos.
- Grupos R orientados al exterior.
- Cadenas peptídicas paralelas o antiparalelas unidas por puentes de hidrogeno intercatenarios.
- Formación favorecida por los aminoácidos:
 Con grupos R pequeños.
 No cargados a pH fisiológico.
 Gly abundante (fibroína de seda).

Variación de los ángulos psi y fi en las distintas estructuras.

CLASIFICACION DE PROTEINAS (ESTRUCTURA TERCIARIA)

Según su conformación:

- Fibrosas: disposición a lo largo de un eje.

 Insolubles en agua.
 Ordenación paralela de cadenas peptídicas.
 Función estructural o protectora (tejido conjuntivo de animales).
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 Queratinas (alfa-pelo, uñas, piel y beta-seda, tela de araña) y colágeno.

 Alfa-queratina: rica en aminoácidos hidrofóbicos (cabellos, lana, plumas, escamas, cuernos).
 Estructura típica de una queratina: proteínas que adoptan una conformación de alfa hélice.
 COLAGENO - TROPOCOLÁGENO:
 Es la unidad estructural del colágeno, la proteína mas abundante en humanos (1/3 de la proteína total de vertebrados
superiores).
 Tejido conjuntivo (piel, tendones, cartílago).
 Tres cadenas peptídicas paralelas: aproximadamente de 1000 residuos, enrolladas a izquierda y superenrolladas a derechas.
 Abundancia de aminoácidos pequeños (Gly, Ala), (Pro, hyPro), (Lys, hyLys).
 Colágeno: glicoproteína unida hyPro.
 Enlaces: puentes de hidrogeno intercatenarios Gly-Pro o enlaces covalentes Lys-Lys.
 Fibra de colágeno (asociación de tropocolágeno): alta resistencia y carece de elasticidad.
- Globulares: punto central de simetría, no tiene un eje (estructura aproximada a una esfera)
 Mayor complejidad que las proteínas fibrosas (solo 1 eje).
 Estructuras tridimensionales complejas y compactas.
 Relacionadas con funcionalidades: actividades enzimáticas, de señalización, comunicación…
 Suelen tener propiedades más funcionales que estructurales.
 Mas solubles que las fibrosas (entornos hidrofóbicos).
 MIOGLOBINA:
 Alfa-hélice plegada sobre sí misma.
 Tramos con distinta estructura secundaria.
 Grupo prostético Hemo (anillos que están coordinados por un átomo de hierro en el centro).
 Participa en la reserva de O2 en el musculo (el oxigeno pasa a la sangre y se distribuye a los órganos, entre ellos los
músculos).
 Interacciones estabilizadoras de estructuras:
 Homología de secuencia (estructura primaria)  estructura terciaria semejante.
 Estructuras supersecundarias: asociaciones de estructuras secundarias.
 Dominios (relacionado con la función): segmento de una proteína que integra más de un monómero pero que lo definimos en
función de su función biológica. Estructuras subterciarias.
- Intermedias.

ESTRUCTURA TERCIARIA

Plegamiento global de una cadena polipeptídica.

Determinado por la secuencia de aminoácidos:

- Relaciones estructurales a larga distancia.

- La formación de varios tipos de enlaces (débiles y covalentes).

Se determina por difracción de rayos X.

ESTRUCTURA CUATERNARIA

Asociación de varias cadenas polipeptídicas.

Cada una de estas cadenas sería un monómero  oligómero (ej.: piruvato deshidrogenasa, 73 cadenas distintas).

Subunidad: una porción final de una proteína (puede englobar 1 o más cadenas).

Puede existir tanto en proteínas de estructura fibrosa como de estructura globular.

Estabilidad:

- Estabilizadas por uniones generalmente débiles.

- Es muy importante el mantenimiento de la estructura cuaternaria: perdida de estructura  perdida de actividad.

Proteínas complejas:
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- Funciones reguladoras (se unen a ligandos).

- Presentan fenómenos de alosterismo (la interacción con un ligando provoca un cambio conformacional) y cooperatividad.

TRANSPORTE DE OXIGENO POR MIOGLOBINA Y HEMOGLOBINA

ANEMIA FALCIFORME

Causada por una mutación puntual en la cadena beta de la hemoglobina (la alfa no esta afectada).

Solamente un aminoácido está cambiado en la proteína.