Unidad IV.

Proteínas
Objetivos

• Analizar y describir los tipos de enlaces y estructuras que

comprenden los niveles de organización de las proteínas.
• Comprender métodos de identificación, de purificación y
cuantificación de proteínas.
Introducción. Importancia Biomédica

· Las proteínas son macromoléculas complejas desde los puntos

de vista físico y funcional, que desempeñan múltiples funciones
de importancia crucial.
· Una red de proteína interna, el citoesqueleto, mantiene la forma y
la integridad física celulares.
· Filamentos de actina y miosina forman la maquinaria contráctil
del músculo.
· La hemoglobina transporta oxígeno.
· Los anticuerpos circulantes defienden contra invasores extraños.
· Las enzimas catalizan reacciones que generan energía, sintetizan
biomoléculas y las degradan, replican genes y los transcriben,
procesan mRNA (ácido ribonucleico mensajero), entre otras
funciones.
· Los receptores permiten a las células detectar hormonas y otros
indicios ambientales, así como mostrar respuesta a los mismos.
(Harper, 2016)
· Las proteínas están sujetas a cambios físicos y funcionales que
reflejan el ciclo de vida de los organismos en los cuales residen.
· Una proteína típica “nace” en el momento de la traducción,
madura a través de eventos de procesamiento postraduccional,
alterna entre estados de trabajo y de reposo por medio de la
intervención de factores reguladores, envejece por oxidación,
desaminación, etc., y muere cuando se degrada hacia los
aminoácidos que la componen
(Harper, 2016)
Composición y estructura

· Las proteínas son las macromoléculas más versátiles de los seres

vivos y desempeñan funciones cruciales en prácticamente todos
los procesos biológicos.
· Funciones como catalizadores, transportan y almacenan otras
moléculas como el oxígeno, proporcionan apoyo mecánico y
protección inmunológica, genera movimiento, transmiten impulsos
nerviosos y controlan el crecimiento y las diferenciación.
→ Las proteínas son polímeros lineales constituidos a partir de
monómeros llamados aminoácidos empalmados uno tras otro.

→ Las proteínas contienen un amplio surtido de grupos funcionales.

→ Alcoholes, tioles, tioéteres, ácidos carboxílicos y carboxiamidas.

→ Las proteínas pueden interaccionar entre sí y con otras

macromoléculas biológicas para formar asociaciones complejas.
→Maquinaria macromoleculares, transmisión de señales

→ Algunas proteínas son muy rígidas, mientras que otras

manifiestan una considerable flexibilidad.
Colección de aminoácidos

· Los α-aminoácidos son los constituyentes de las proteínas.

· Un α-aminoácido consiste en un átomo de carbono central,
llamado carbono α, unido a un grupo amino, un grupo
carboxílico, un átomo de hidrógeno y un grupo R (cadena
lateral).
· Tienen formas especulares
· Solamente los L-aminoácidos constituyen las proteínas.
· Para casi todos los aminoácidos, el isómero L tiene configuración
absoluta S (y no R).
Nomenclatura de estereoisómeros

· Convención Cahn-Ingold-Prelog → Los enantiómeros pueden tener un

nombre único.
· A cada átomo de carbono asimétrico se le asigna una letra (R) o (S), de
acuerdo con su configuración tridimensional. Para determinar el nombre,
seguimos un procedimiento de dos pasos que asigna “prioridades” a los cuatro
sustituyentes, y luego asigna el descriptor (nombre) según las posiciones
relativas de estos sustituyentes.
1. Asigne una “prioridad” a cada grupo enlazado al carbono
asimétrico. Hablamos de que el grupo 1 tiene la prioridad
más alta, el grupo 2 la segunda, el grupo 3 la tercera, y el
grupo 4 la prioridad más baja.
a) Los átomos con números atómicos más altos reciben
prioridades más altas.
2. Si utiliza un dibujo tridimensional o un modelo, aleje al grupo
con la prioridad más baja y vea la molécula a lo largo del
enlace que va del carbono asimétrico hacia el grupo de menor
prioridad. Dibuje una flecha desde el grupo con la prioridad
más alta, a través del segundo, hasta el tercero.
Si la flecha apunta en el sentido de las manecillas del reloj, al
átomo de carbono asimétrico se le llama (R) (del latín, rectus,
“derecho”). Si la flecha apunta en sentido contrario a las
manecillas del reloj, al átomo de carbono quiral se le llama (S)
(del latín, sinister, “izquierdo”). (Wade, 2017)
 Estructura primaria

· Las proteínas son polímeros lineales

formados por la unión del grupo α-
carboxilo de un aminoácido al grupo
α-amino de otro aminoácido.
· Este tipo de unión se llama enlace
peptídico.
· La formación de un dipéptido a partir
de dos aminoácidos se acompaña
por la pérdida de una molécula de
agua.
· Una cadena polipeptídica tiene polaridad.
· Sus extremos son diferentes, con un grupo α-amino en un
extremo y un grupo α-carboxilo en el otro.
· El extremo amino terminal se considera que es el comienzo de
la cadena polipeptídica.
· Los péptidos consistentes en un pequeño número de
aminoácidos se llaman oligopéptidos.
· En algunas proteínas la cadena polipeptídica lineal posee
enlaces transversales.
· Los entrecruzamientos más habituales son los puentes disulfuro,
que se forman por la oxidación de un par de residuos de cisteína.
Cada proteína tiene una secuencia de aminoácidos única y
definida con precisión. (Berg y col., 2007)
· A la secuencia de aminoácidos de una proteína se conoce a
menudo como su estructura primaria.
Estructura secundaria

Hélice α
· Esta estructura secundaria fue propuesta por
Linus Pauling y Roben Corey
· Se trata de una estructura helicoidal con un
enrollamiento dextrógiro.
· Cada giro incluye 3,6 residuos por vuelta.
La hélice se encuentra estabilizada por la formación de puentes
de hidrógeno que se forman entre un grupo carbonilo de un
enlace peptídico y el - NH del enlace peptídico.
Laminas β

· Pauling y Corey descubrieron otra estructura con un patrón

periódico a la que denominaron lámina β.
· Esta estructura surge de la interacción de algunas regiones de la
cadena polipeptídica, las hebras β, que suelen tener una longitud
que varía entre cinco y diez residuos. Estas porciones de la
cadena se disponen paralelas unas a otras de forma que se
puedan establecer enlaces de puente de hidrógeno entre los
grupos – C=O y – NH.
· Hay dos tipos de láminas β, dependiendo de la orientación que
presenten las hebras que la componen.
· Si todas las hebras se disponen con la misma orientación de
sus grupos amino y carboxilo terminales, se denominan
láminas β paralelas. Si, por el contrario, se disponen de forma
alternada, se trata de láminas β antiparalelas.
Giros β

· Los giros β son un tercer tipo de estructura secundaria que

aparece de forma bastante frecuente en las proteínas. Está
compuesta por cuatro residuos que se disponen de tal forma
que permiten que se produzca un cambio de dirección de la
cadena polipeptídica de 180°. La estructura queda estabilizada
por la existencia de un enlace de puente de hidrógeno que se
establece entre el grupo -C= o del primer aminoácido y el grupo
amino del cuarto.
Agrupación de la estructura secundaria

Formación de motivos y dominios

· Los elementos denominados motivos o estructuras supersecundarias

son combinaciones de varios elementos con estructura secundaria
definida con una disposición geométrica característica.
· Algunos motivos tienen funciones biológicas específicas.
· Existe un motivo específico para la unión de calcio que se encuentra en
varias proteínas, que se compone de dos zonas con estructura de a
hélice, unidas por una zona de giro o lazo en la que se encuentran
residuos de Asp y Glu que permiten su interacción con este catión.
· En algunas proteínas se encuentran estructuras globulares bien
definidas formadas por la combinación de varios motivos que se
denominan dominios.
· Estas estructuras también se definen como la parte de la cadena
que se puede plegar de forma independiente formando una
estructura terciaria estable, y son unidades estructurales que suelen
ser también unidades de función.
· Estructuralmente, los dominios están formados por diferentes
combinaciones de elementos con una estructura secundaria
concreta (α hélice, lámina β, etc.) o de diferentes motivos.
 Algunas proteínas pequeñas están formadas por un único dominio;
sin embargo otras presentan varios.
Las proteínas de membrana que son receptores de señales suelen
tener un dominio extracelular en el que se une el ligando que
desencadena la señal, un dominio transmembrana para la
fijación de la proteína y un dominio intracelular que suele ser un
lugar de interacción con otras proteínas citoplasmáticas

(Feduchi y col., 2011)

Estructura terciaria

· El plegamiento de las proteínas, además de suponer una

ventaja energética, permite que se aproximen las cadenas
laterales de residuos distantes y que se puedan crear estructuras
tridimensionales adecuadas para la interacción con otras
moléculas.
· Estas zonas tendrán también la naturaleza (polar o apolar)
adecuada para que se establezcan las interacciones necesarias.
Esta situación tiene especial importancia en el caso de las
enzimas en las que los centros activos presentan la forma y
naturaleza necesaria para que se una el sustrato.
· En la célula, el proceso de plegamiento ocurre durante y después
de que las proteínas son sintetizadas en los ribosomas. En
algunos es facilitado por unas proteínas denominadas chaperonas,
que interaccionan con las cadenas parcialmente plegadas o plegadas
de forma defectuosa facilitando que lo hagan de la forma correcta.
 Desnaturalización

· Como la estructura tridimensional se mantiene mediante interacciones

débiles, si se alteran las condiciones que mantienen estas fuerzas de
atracción se produce desnaturalización de la proteína: modificación
estructural que conduce a la pérdida de su función.
· El calor afecta principalmente a los enlaces de puente de hidrógeno y
produce una desnaturalización de las proteínas que suele ocurrir de
forma brusca al alcanzar una determinada temperatura.
· Cambio de pH
· Concentraciones de sales
· Disolventes apolares o detergentes (experimental)
Estructura cuaternaria

· En algunas ocasiones se asocian varias cadenas proteícas

para formar una proteína multimérica.
· En ella las cadenas individuales se denominan subunidades
y pueden ser iguales (homomultímeros) o distintas
(heteromultímeros). En· ambos casos las cadenas tienen su
estructura tridimensional característica.
· Cuando las cadenas son diferentes, el grupo de subunidades
que se repite se denomina protómero. Por ejemplo, en la
hemoglobina, compuesta por dos subunidades a y dos β.
Bibliografía

• Berg J., Tymoczko J. Y Stryer L. (2007). Bioquímica, ed. 06, Barcelona,

Reverté.
• Feduchi E., Blasco I., Romero C. y Yáñez E. (2011). Bioquímica. Conceptos
esenciales, ed. 02, México, Editorial medica Panamericana.
• Rodwell V., Bender D., Botham K., Kennelly P. y Weil P. (2016). Harper.
Bioquímica ilustrada, ed. 30, México, McGraw-Hill Interamericana Editores.