“PROTEINAS”

Concepto a manera de introducción:

Las proteínas son macromoléculas complejas desde los puntos de vista físico y funcional, que
desempeñan múltiples funciones de importancia crucial. Por ejemplo, una red de proteína
interna, el cito esqueleto, mantiene la forma y la integridad física celulares. Filamentos de actina y
miosina forman la maquinaria contráctil del músculo. La hemoglobina transporta oxígeno,
mientras que los anticuerpos circulantes defienden contra invasores extraños. Las enzimas
catalizan reacciones que generan energía, sintetizan biomoléculas y las degradan, replican genes y
los transcriben, procesan mRNA (ácido ribonucleico mensajero), entre otras funciones.

Estructura de las proteínas en sus cuatro niveles:

Al analizar la información contenida en la estructura de las proteínas, es posible distinguir
cuatro niveles de organización:
• La estructura primaria o covalente de la molécula es determinada por la secuencia
de aminoácidos de la cadena polipeptídica y la posición de los puentes disulfuro.
• La estructura secundaria especifica la conformación local de segmentos de la
proteína, en los que la cadena adopta conformaciones regulares repetitivas, como
las hélices α y las hebras β; o no repetitivas, como vueltas y giros de conformación
definida.
• La estructura terciaria determina el arreglo espacial de la estructura secundaria en
dominios compactos. En las proteínas monoméricas, la estructura terciaria contiene
la posición relativa de todos los átomos de la molécula. En las proteínas formadas
por varias cadenas polipeptídicas,
 la descripción de toda la molécula requiere de la estructura cuaternaria, que
especifica la estequiometría y la orientación espacial relativa de las diferentes
cadenas
La estructura primaria
El primer paso en la determinación de la secuencia de aminoácidos de una proteína es su
purificación. Si la proteína está formada por más de un polipéptido, las cadenas deben
separarse y los puentes disulfuro reducidos de manera irreversible. Después, la proteína se
fragmenta por la acción de proteinasas o utilizando métodos químicos. Los fragmentos
peptídicos se separan por cromatografía para determinar su secuencia, la cual se obtiene
mediante la degradación de Edman o por espectrometría de masas. La secuencia de
aminoácidos de la proteína puede obtenerse a partir de la secuencia de nucleótidos del gen
que la codifica. En la actualidad es más fácil secuenciar un gen que una proteína; sin
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embargo, algunas características como la localización de puentes disulfuro y el número de

cadenas presentes en la estructura funcional se obtienen sólo a partir de la proteína.

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La estructura secundaria
La conformación local o estructura secundaria está definida por el patrón de puentes de
hidrógeno de la estructura polipeptídica y el valor de los ángulos ϕ y Ψ.

 Hélice α
El esqueleto polipeptídico de una hélice α está torcido una cantidad igual alrededor
de cada carbono α con un ángulo fi de aproximadamente –57o y un ángulo psi de
alrededor de –47o. Un giro completo de la hélice contiene un promedio de 3.6
residuos aminoacilo y la distancia ascendente por cada giro (su pendiente) es de
0.54 nm.
La estabilidad de una hélice α proviene sobre todo de enlaces (puentes) de
hidrógeno formados entre el oxígeno del enlace peptídico del grupo carbonilo y el
átomo de hidrógeno del grupo amino (que contiene nitrógeno) del enlace peptídico
del cuarto residuo en dirección descendente por la cadena de polipéptido.
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 Hoja β
Es la segunda (de ahí su denominación “β”) estructura secundaria regular
reconocible en las proteínas. Los residuos aminoácidos de una hoja β, cuando se
observan de canto, forman un modelo en zigzag o plisado en el cual los grupos R de
residuos adyacentes apuntan en direcciones opuestas. A diferencia del esqueleto
compacto de la hélice α, el esqueleto peptídico de la hoja β está muy extendido; sin
embargo, al igual que la hélice α, gran parte de la estabilidad de las hojas β se deriva
de enlaces de hidrógeno entre los oxígenos carbonilo y los hidrógenos amida de
enlaces peptídicos. En contraste con la hélice α, estos enlaces se forman con
segmentos adyacentes de hoja β.

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  Asas y flexiones
A grandes rasgos, la mitad de los residuos en una proteína globular “típica” reside
en hélices α u hojas β, y la otra mitad en asas, giros, flexiones y otras características
conformacionales extendidas. “Giros y flexiones” alude a segmentos cortos de
aminoácidos que unen dos unidades de estructura secundaria, como dos hebras
adyacentes de una hoja β antiparalela
La estructura terciaria
El término “estructura terciaria” se refiere a toda la conformación tridimensional de un
polipéptido. Indica, en espacio tridimensional, de qué modo las características estructurales
secundarias —hélices, hojas, flexiones, giros y asas— se ensamblan para formar dominios,
y estos últimos se relacionan desde el punto de vista espacial entre sí. Un dominio es una
sección de estructura proteínica suficiente para desempeñar una tarea química o física
particular, como la unión de un sustrato u otro ligando. Casi todos los dominios son de
naturaleza modular, contiguos tanto en secuencia primaria como en espacio tridimensional.

La estructura terciaria
La estructura cuaternaria define la composición polipeptídica de una proteína y, para una
proteína oligomérica, las relaciones espaciales entre sus protómeros o subunidades. Las
proteínas monoméricas constan de una cadena polipeptídica única; las proteínas diméricas
contienen dos cadenas polipeptídicas. Los homodímeros contienen dos copias de la misma
cadena polipeptídica, mientras que en un heterodímero los polipéptidos difieren. Se usan
letras griegas (α, β, γ y demás) para distinguir diferentes subunidades de una proteína
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heterooligomérica, en tanto que los números en subíndice indican el número de cada tipo
de subunidad. Por ejemplo, α4 designa una proteína homotetramérica, y α2 β2 γ una
proteína con cinco subunidades de tres tipos diferentes.

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En Forma General:

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Referencias:
 Smith C, Marks AD, Lieberman M: Bioquímica básica de Marks. Un enfoque clínico, 2 a ed.
Madrid: McGraw-Hill Interamericana, 2006.
 Melo RV, Cuamatzi TO: Bioquímica de los procesos metabólicos. Barcelona: Editorial
Reverté, 2004.
 Ganong WF: Fisiología médica, 20 a ed. México: Editorial El Manual Moderno, 2007.
 Alcance RK: purificación de proteínas. Principios y práctica, 3ª ed.
 Springer, 1994.

 Sharon M, Robinson CV: El papel de la espectrometría de masas en la estructura.

 Aclaración de complejos proteicos dinámicos. Annu Rev. Biochem
 2007; 76: 167.

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 “Enzimas”
Concepto, a manera de introducción:
Las enzimas son biomoléculas de naturaleza proteica que aceleran la velocidad de reacción
hasta alcanzar un equilibrio. Constituyen el tipo de proteínas más numeroso y especializado
y, actúan como catalizadores de reacciones químicas específicas en los seres vivos o
sistemas biológicos. Muchas de las enzimas no trabajan solas, se organizan en secuencias,
también llamadas rutas metabólicas, y muchas de ellas tienen la capacidad de regular su
actividad enzimática.
Estructura de las enzimas
Para comprender cómo funcionan las enzimas, es necesario saber qué son y conocer la
importancia de su estructura. Las enzimas son proteínas globulares formadas por una o más
cadenas polipeptídicas plegadas, creando una “hondonada” donde encaja el sustrato y
tiene lugar la reacción. Esta zona de la enzima se denomina centro activo y sólo unos pocos
aminoácidos están implicados en él. La proximidad de los aminoácidos en el centro activo
está determinada por la estructura terciaria, aunque también pueden ocupar posiciones
adyacentes en la estructura primaria. En una enzima con estructura cuaternaria, los
aminoácidos del centro activo pueden encontrarse incluso en diferentes cadenas. La
configuración tridimensional del centro activo es complementaria a la del sustrato y posee
una distribución complementaria de sus cargas sobre la superficie de unión. Es decir, si una
región del sustrato tiene una carga negativa, la zona correspondiente del centro activo
tendrá una carga positiva y viceversa. En 1894, Emil Fischer, un químico alemán, comparó
la especificidad de la enzima con una llave y su cerradura. Pero, estudios posteriores
sugirieron que el centro activo es más flexible que el ojo de una cerradura: la unión entre la
enzima y el sustrato altera la conformación de la enzima, ajustando el centro activo al
sustrato. Se piensa que este cambio inducido puede crear cierta tensión en las moléculas
reactivas y facilitar de esta manera la reacción.

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Referencias:
 Fotografía del libro Principios de bioquímica. Muchos de los datos mencionados en este
capítulo están extraídos de este libro. LEHNINGER, NELSON, COX, Principios de Bioquímica,
2º Edición, Ed. Omega, Barcelona, 1995, p. 191
 ALDABE, J., HUETO, A., JUNI, J., LÓPEZ, P., Biología, Ed. Erein, 1998, p. 125.
 LEHNINGER, A., NELSON, D., COX, M., Principios de Bioquímica 4º Edición, Ed. Omega,
Barcelona, 2006, p. 194. 78

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