1. A.

Cuáles son los programas de BLAST disponibles en la página del NCBI

BLAST. Describa brevemente las características de cada uno de ellos.

Blastp: Base compara secuencias de proteína a proteína

Blastn: Base compara secuencias de nucleótido a nucleótido
Blastx: Base compara secuencias nucleótido a proteína
Tblastn: Base compara secuencias de proteína a nucleótido

B. Si necesito comparar secuencias proteínas de Arabidopsis thaliana y de Ricinus

communis, que programa de blast debo usar?

Ya que lo que se esta pidiendo es comparar 2 proteinas, debemos usar Blastp.

Para poder comparar estas 2 proteinas debo:
1.

2.
3.

4.
 5.

C. Usar la siguiente secuencia en la página NCBI BLAST y describir el

resultado. ¿Que significa cada columna? ¿Puedo decir con precisión que es
esta secuencia en particular? Revise la salida alterna que será estándar a
partir de agosto de este año.

MDYNFDTSVLDEDVAGRGGREGSCPPAWARACDGCRAAPSVVYCHADTAYLCASCDSRVHAANRV
ASRHERVRVCEACECAPAVLACRADAAALCAACDAQVHSANPLAGRHQRVPVLPLPAAAVPAASVL
AEATATAASVAGDKDEEVDSWLLLTKDPDDDDKNHNCSSNNNNNNISSNTSTFYADVDEYFDLVGYS
SYCDNHINSNTKQYGMQEQQLLLHKEFGDKEGSEYVVPSQVGQQQSGYHRVIGTEQAASMTPGVSAY
TDSISNSISYSSSMEVGIVPDNMATTDMPSSGILLTPAGAISLFSSGPPLQMPLHLASMDREARVLRYRE
KKKSRKFEKTIRYATRKTYAEARPRIKGRFAKRSSDMDDEVDQMFSAAALSSDGSYGTVPWF

A.

- Cubierta de consulta: Que tanto de la molécula que está en la base de datos cubre la molécula
que esta en la base de datos.
- Valor E: Probabilidad que por azar se de una coincidencia en una secuencia.
 B. Claro que sí, con respecto a la busqueda de la anterior secuencia de proteinas nos arroja:

2. Para cada una de las secuencias nucleotídicas encontradas al final del

documento, realizar el siguiente análisis:

SECUENCIA 1

A. Cuál es el organismo al que corresponde dicha secuencia.

La secuencia número uno corresponde a Beauveria bassiana ARSEF

2860

SECUENCIA 2
La secuencia número dos corresponde al microorganismo

Gluconacetobacter diazotrophicus strain ATCC 49037

SECUENCIA 3

a. La secuencia 3 corresponde al microorganismo Escherichia coli y

sus especies.

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

B. Si es necesario obtenga la cadena complementaria reversa del ADN

 http://www.bioinformatics.org/sms2/rev_comp.html

C. Cual es la secuencia del mRNA en Deoxynucleótidos?

Bacteria:

http://www.softberry.com/berry.phtml?

topic=fgenesb&group=programs&subgroup=gfindb

Eucariota:

http://www.softberry.com/berry.phtml?

topic=fgenesh&group=programs&subgroup=gfind

D. De la secuencia de la proteína que es sintetizada a partir de las

secuencias de ADN (Punto 2) especifique.

a. Región 5’-UTR

b. Región 3’-UTR

c. ORF (Open Reading Frame = Marco abierto de Lectura)

E.Cuales dominios están presentes es la proteína y cual es su función?

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE=Proteins
> Secuencia_1

GACTCTCGCAATCATCCACCAACAACTTCCAATTAAGAAACACTCGAAAGCAACCATGTTGAGAACCG
CC
GCTACCAACCTCTTGGGAATCAAGCATCCCGTCATACTAGCTGGCATGGATGCAGTCGCATCGCCAAA
GC
TAGCGGCAGCGGTTACAAACGCTGGAGGGCTTGGTGTCTTTGGTGGTGTAAATTACACGCCAGAGGCC
AT
GCGCGAGGCCTTGGCGGAACTAAAAAGCAATCTACACGATAAAAGCGCACCATTCGGGGTAGATCTC
CTC
ATACCTCAGATCGGGGGTAGCGCCCGGAAAACAAACCACGACTACTCACATGGCAATCTCGACGAGC
TAA
TCACTATCATTATCGAAAGTGGCGCAAAACTCTTCGTCAGTGCGGTCGGCTTGCCACCCAAACGAATC
GT
GGACCGTCTACATGATGCAGGAATCCTCTACATGAACATGATAGGTCATCCGCGCCACGCACAAAAGG
CC
ATTGACAATGGGGCGGATCTCCTCTGTGCTCAGGGCGGCGAGGGGGGCGGCCATACAGGGGATATCG
CCA
CTGTGATCCTGGTCCCCGCGGTGGCCAAGTTGATTAAAGGACAGAAGAGTGCTTTCACCGGCCGGGAG
GT
TGTCCTGGTTGCAGCTGGAGGTCTATTCA

>Secuencia_2

ATGACCTATACCGTTGGACGCTATCTCGCGGATCGGCTGGCCCAGATCGGGCTGAAGCACCATTTCGC
GG
TGGCCGGCGACTACAACCTGGTGCTGCTGGACCAGCTTCTGCTCAACACCGACATGCAGCAGATCTAT
TG
CAGCAACGAGCTGAATTGCGGGTTCAGCGCCGAGGGCTATGCCCGCGCCAACGGGGCCGCCGCCGCG
ATC
GTGACCTTCAGCGTCGGCGCCCTGTCGGCCTTCAACGCGCTGGGCGGCGCCTATGCCGAAAACCTGCC
CG
TGATCCTGATTTCCGGCGCACCGAACGCGAACGACCACGGGACCGGTCACATCCTGCATCACACGCTG
GG
CACCACCGATTACGGCTATCAGCTTGAGATGGCGCGGCATATCACCTGCGCCGCCGAATCCATCGTGG
CG
GCCGAGGACGCGCCCGCCAAGATCGACCACGTGATCCGCACCGCCCTGCGCGAGAAGAAGCCCGCCT
ATC
TGGAAATCGCCTGCAACGTCGCGGGGGCGCCCTGCGTGCGTCCGGGCGGGATCGACGCGCTGCTGAGC
CC
GCCGGCCCCGGACGAGGCCAGCCTGAAGGCGGCGGTGGATGCGGCGCTTGCCTTCATCGAACAGCGC
GGC
AGCGTGACGATGCTGGTCGGCAGCCGCATCCGCGCGGCGGGCGCGCAGGCCCAGGCCGTGGCCCTGG
CCG
ACGCGCTGGGCTGCGCCGTCACCACCATGGCCGCCGCCAAGAGCTTCTTCCCCGAAGACCATCCCGGC
TA
TCGCGGCCATTACTGGGGCGAGGTCAGCAGCCCGGGCGCGCAGCAGGCGGTCGAAGGCGCGGACGGC
GTG
ATCTGCCTGGCGCCGGTCTTCAACGACTACGCGACCGTCGGCTGGTCGGCCTGGCCCAAGGGCGACAA
TG
TGATGCTGGTGGAACGCCACGCGGTCACGGTGGGCGGCGTTGCCTATGCGGGCATCGACATGCGCGAC
TT
CCTGACCCGGCTGGCCGCGCATACCGTGCGGCGCGACGCCACCGCCCGGGGCGGCGCCTACGTGACGC
CG
CAGACGCCAGCCGCAGCCCCGACCGCGCCGCTGAACAATGCCGAAATGGCCCGCCAGATCGGCGCCC
TGC
TGACGCCACGGACCACCCTGACCGCCGAAACCGGCGATTCCTGGTTCAACGCCGTGCGCATGAAGCTG
CC
GCACGGCGCGCGGGTGGAACTGGAAATGCAGTGGGGGCATATCGGCTGGTCGGTTCCCGCCGCGTTCG
GC
AATGCCCTGGCCGCCCCCGAGCGGCAGCATGTACTGATGGTGGGCGACGGGTCGTTCCAGCTGACGGC
GC
AGGAAGTCGCGCAGATGATCCGCCACGACCTGCCGGTGATCATCTTCCTGATCAACAATCATGGCTAC
AC
GATCGAAGTCATGATTCATGACGGCCCGTACAACAACGTCAAGAACTGGGATTATGCGGGCCTGATGG
AG
GTCTTCAACGCCGGCGAGGGCAACGGGCTGGGCCTGCGCGCCCGCACCGGGGGGGAACTGGTCGCCG
CCA
TCGAGCAGGCGCGCGCCAACCGCAACGGCCCGACGCTGACCGAATGCACGCTGGACCGCGACGACTG
CAC
GCAGGAGCTGGTCACGTGGGGCAAGCGCGTGGCCGCCGCCAACGCCCGCCAGCCGCGCGCGGGCTGA

>Secuencia_3
AAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACG
GT
AACAGGAAGAAGCTTGCTCTTTGCTGACGAGTGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGAAACTGCCTGA
TG
GAGGGGGATAACTACTGGAAACGGTAGCTAATACCGCATAACGTCGCAAGACCAAAGAGGGGGACCT
TCG
GGCCTCTTGCCATCGGATGTGCCCAGATGGGATTAGCTAGTAGGTGGGGTAACGGCTCACCTAGGCGA
CG
ATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGA
GG
CAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTATGAAGAAGGC
CTT
CGGGTTGTAAAGTACTTTCAGCGGGGAGGAAGGGAGTAAAGTTAATACCTTTGCTCATTGACGTTACC
CG
CAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGG
AAT
TACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTCAGATGTGAAATCCCCGGGCTCAACCTGGGA
AC
TGCATCTGATACTGGCAAGCTTGAGTCTCGTAGAGGGGGGTAGAATTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGC
GT
AGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAGACTGACGCTCAGGTGCGAAA
GCG
TGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCGACTTGGAGGTTGTGC
CC
TTGAGGCGTGGCTTCCGGAGCTAACGCGTTAAGTCGACCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTAAAA
CT
CAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA
CCT
TACCTGGTCTTGACATCCACGGAAGTTTTCAGAGATGAGAATGTGCCTTCGGGAACCGTGAGACAGGT
GC
TGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCC
T
TTGTTGCCAGCGGTCCGGCCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACTGGAGGAAGGTGGGGA
TGA
CGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGCATACAAAGAGAAGC
GA
CCTCGCGAGAGCAAGCGGACCTCATAAAGTGCGTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCA
TG
AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGGATCAGAATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACAC
CG
CCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCAAAAGAAGTAGGTAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCAC
TT
TGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGTTGGATCACCTCC
TT
A