Nombres: Carlos Guevara, Juan Sebastián Sierra

UNIVERSIDAD DEL ROSARIO - ESCUELA COLOMBIANA DE INGENIERÍA JULIO GARAVITO

PROGRAMA DE INGENIERÍA BIOMÉDICA

BIOINFORMÁTICA

Taller No. 1

PARTE I
Carlos guevara

PARTE II
1) La mayoría de secuencias de ADN en el genoma de las bacterias es codificado como
proteínas. Sin embargo, en la mayoría de la secuencia en el genoma humano no pasa lo
mismo.
es verdad: ya que las bacterias usan la mayor parte de su genoma y secuencias de esta en
la traducción de proteínas, las cuales le dan las características de supervivencia, por la
eficiencia de estas mismas. Haciéndola apta para vivir en ecosistemas extremos por la
cantidad de proteínas a codificar, además de la capacidad de transferencia genómica.
Mientras que el genoma humano solo codifica un 1.5-2% de sus secuencias en proteínas,
en las cuales el resto es usado en otras tareas como: genes que especifican ARN
funcionales por sí mismos, miscelania, pseudogenes, entre otras funciones.
[1]Betancor L, Gadea p, Flores k, genética bacteriana
http://higiene.edu.uy/cefa/Libro2002/Cap%2012.pdf
[2] Yero D, De la secuencia de un genoma bacteriano a la identificación de candidatos
vacúnales, ciudad de la habana, Instituto Finlay. Centro de Investigación-Producción de
Vacunas.
http://scielo.sld.cu/pdf/vac/v15n1/vac04106.pdf
[3] Benito M, Estructura del genoma humano y mecanismos de expresión génica
https://genotipia.com/wp-content/uploads/2019/04/1.1-1.2-Estructura-del-Genoma-
Humano-y-Mecanismos-de-Expresi%C3%B3n-G%C3%A9nica-2019.pdf
2) Dado que los intrones son en gran medida “basura (junk)” genética, no tienen que ser
eliminados durante la transcripción primaria durante el empalme (splicing) del ARN.
Sí, ya que hay otro tipo de splicing como el alternativo que usan estos intrones como
codón de parada o para cambiar la pauta de lectura. A pesar de que comúnmente se
eliminan siempre, también pueden ser utilizados durante el proceso de transcripción y
traducción.1
[1]https://www.uaz.edu.mx/histo/Biologia/Wiki/Splicing_alternativo.pdf
[2]https://www.sebbm.es/BioROM/contenido/av_bma/apuntes/T13/t13.htm#:~:text=La
%20eliminaci%C3%B3n%20de%20los%20intrones,los%20intrones%2C%20se%20llaman
%20exones.

3) El codon AUG únicamente determina el inicio del proceso de traducción del ARN a
cadenas polipeptídicas.
Sí, se ha demostrado en estudios que el codón AUG determina el inicio de la traducción de
ARN a proteínas. Al principio, para descifrar el código genético, los investigadores
necesitaban averiguar cómo las secuencias de nucleótidos de una molécula de ADN o ARN
podían codificar la secuencia de aminoácidos de un polipéptido. Esto derivó en varias
teorías que terminaron por comprobar que este codón era el responsable del inicio de la
traducción.2
[1]https://es.khanacademy.org/science/biology/gene-expression-central-dogma/central-dogma-
transcription/a/the-genetic-code-discovery-and-properties

PARTE III
¿Qué es una prueba RT-PCR (Reverse Transcription – Polymerase Chain Reaction) y cómo
la enlazarían a la bioinformática?
Reacción en Cadena de la Polimerasa con Transcriptasa Inversa, el cual es una prueba
“rápida” para la detección de anticuerpos o antígenos, como en el caso de algunos virus o
enfermedades, usado actualmente en la detección del SARS-COV-2.
Una técnica la cual a sido utiliza desde finales del siglo pasado. La prueba es capaz de
detectar el material genético viral para determinar su presencia y tiene una fiabilidad
superior al 90%, por lo que fue inicialmente el método de detección recomendado por la
Organización Mundial de Salud (OMS).
Esta prueba consta de varias partes: tomando
Aislamiento de materia genético, dada de la muestra del paciente, el cual se toma del
lugar con mayor probabilidad de encontrar el virus, en el cual se identifica el material
genético del virus
Transcripción inversa, en esta se toma una hebra de ARN de la muestra, la cual pasa por
una serie de procesos para transformarse en una hebra de ADN y replicarse
exponencialmente
PCR cuantitativo: el cual por medio de una sustancia fluorescente al material genético del
virus, identificando la presencia del virus.
Esto se relaciona con la bioinformática, debido a que es necesaria una identificación del
virus de manera eficaz, y la necesidad de automatizar ciertos procesos para que se
necesite una menor mano de obra y sea más rápida la salida de resultados. Sea
codificando nuevos algoritmos para su identificación o creando nuevos métodos para
esta.
[1] https://www.youtube.com/watch?v=1d7fdGs9LBA
[2] https://rgtconsultores.mx/blog/pruebas-rt-pcr-y-pruebas-rapidas-anticuerpos-y-
antigenos
[3] https://espanol.cdc.gov/flu/professionals/diagnosis/molecular-assays.htm
¿Qué es una prueba rápida de anticuerpos y como la enlazaría a la bioinformática?
Una prueba que mide de manera indirecta la presencia de anticuerpos o antígenos.
Este se determina mediante la presencia de anticuerpos en la sangre, que se
“demostraron” que atacan este tipo de antígeno, o son especializados para contrarrestar
este.
Esta prueba tiene un rango amplio en lo que es la estadía del anticuerpo, haciendo que la
presencia del anticuerpo se pueda detectar aun después de que este ya dejo el cuerpo,
pero que tiene un índice de efectividad muy bajo, entre el 40-80% el cual no nos asegura
que en la prueba se pueda detectar la estadía del virus.
Este se relaciona con la bioinformática, por la detección de que antígenos son los que
reaccionan a este anticuerpo, por su estructura o los genes que fueron codificados para la
detección de estos mismos, que se pueden analizar comparando el gen de el anticuerpo y
el antígeno, como las diferentes enzimas o proteínas .
[1] https://www.youtube.com/watch?v=DJGjyE06Ibg
[2] Lorena I. Tapia F, LABORATORIO DE VIROLOGÍA EN LA PRÁCTICA CLÍNICA, Revista
Médica Clínica Las Condes, Volume 26, November 2015.
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0716864015001509

PARTE IV
1.)
las secuencias de ADN que se encuentren en la carpeta del taller, realice un estudio de
los nucléotidos encontrados:
La secuencia de ADN estudiada es la de “Thermotoga petrophila”, la cual es una
bacteria hipertermofilica, la cual posee una estructura de membrana externa en forma
de vaina llamada toga y vive en un entorno entre los 47-88 °C, una de sus
características son sus enzimas termoestables que actúan para degradar materiales
orgánicos.
su genoma está compuesto por 1823511 bases de ADN que componen un total de
1865 genes, siendo la mayoría de los genes (1810) proteínas.
A. Obtenga porcentajes de presencia de cada una de las bases (A, C, G,T)
por medio del análisis hecho en colab se pudo determinar la cantidad de bases en la
bacteria, lo cual nos ayuda a determinar su porcentaje de presencia:
tamaño:1823511
A:491488 porcentaje:26,95%
c:427419 porcentaje:23,43%
g:413241 porcentaje:22,66%
t:491363 porcentaje:26,94%

B. Analice y justifique si corresponde al ADN de una bacteria. Recuerde que el par

GC es más fuerte (más frecuente) para estos organismos. Para esto es necesario
 documentarse acerca de los organismos estudiados (vibrio cholerae y Wuhan
seafood market pneumonia virus isolate Wuhan-Hu-1)
si, ya que la presencia de GC en el ADN están conectados por tres enlaces de hidrógeno.
Esto hace el enlace GC más fuerte y más resistente a la desnaturalización por efecto de la
temperatura por lo que el contenido GC tiende así a ser mayor en los hipertermófilos.
En el cual el porcentaje GC es del 45.32%, el cual lo ayuda a clasificarse en las bacterias
hipertermófilas, el porcentaje de GC ayuda a clasificar a los organismos en su taxonomía, y
también le da ciertas características y propiedades, tales como su resistencia a la
temperatura.
2.) Suponga que se realizó una transcripción de ADN a ARN:
A. Reemplace el nucleótido Timina (T) por Uracilo (U).
B. Determine el número de posibles cadenas de polipéptidos en dicho “ARN”. Recuerde
que el codón AUG determina el comienzo de cada una de ellas.
El número de posibles cadenas de polipéptidos es de (12967), lo cual nos muestra la
cantidad de “expresiones” que puede hacer el gen. Y características que este puede tener,
mostrando también el tipo de organismo que es y su comparación con el resto.
ARCHIVO COLAB

archivo = open("/content/drive/My Drive/bioinformatica/Thermotoga-
petrophila.txt")
secuencia = archivo.read()
secuencia
Seq=str(secuencia)
Tamano = len(Seq)
Tamaño bases
A = Seq.count('A')
C = Seq.count('C')
G = Seq.count('G')
T = Seq.count('T')

Tamano, A, C, G, T

Pares GC
Seq=str(secuencia)
Tamano = len(Seq)
pares_GC = G + C
print(pares_GC) 
porcentajes
Porcentajes = [A/Tamano, C/Tamano, G/Tamano, T/Tamano]
Porcentajes

Transcripción y determinación de cadenas

archivo = open("/content/drive/My Drive/bioinformatica/Thermotoga-
petrophila.txt")
secuencia = archivo.read()
secuencia = secuencia.replace("T", "U")
secuencia
co = 0
i=0
while i <= len(secuencia)-2:
  if secuencia[i] == "A" and secuencia[i+1] == "U" and secuencia[i+2] 
== "G":
    for j in range(i+2,len(secuencia)-2):
      if secuencia[j] == "U" and secuencia[j+1] == "A" and secuencia[j
+2] == "A":
        co += 1
        i = j+2
  i += 1
print(co)