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Aminoácidos, péptidos y

proteínas

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Aminoácidos, Péptidos y Proteínas

Los Aminoácidos
Definición Biológica:
Los aminoácidos son las unidades estructurales para la formación de las
proteínas. Las características estructurales de los aminoácidos permite la unión
entre ellos por medio de los enlaces peptídicos para formar grandes cadenas que
constituyen las proteínas. Las proteínas son las moléculas más abundantes y de
muy diversas funciones que existen en los seres vivos. Virtualmente, cada proceso
de vida depende de esta clase de moléculas. Por ejemplo, las enzimas y las
hormonas polipeptídicas dirigen y regulan el metabolismo en el cuerpo.
Las proteínas contráctiles permiten el
movimiento de los músculos. En los
huesos, las proteínas de colágeno
forman la estructura y el soporte sobre
la cual se depositan los cristales de
fosfato de calcio. En la sangre, las
proteínas tales como la hemoglobina y
la albúmina transportan las moléculas
esenciales para la vida y en donde las
inmunoglobulinas combaten todo tipo
de infección por bacterias o virus. 2
Aminoácidos, Péptidos y Proteínas

Los Aminoácidos
Definición Química:
Los aminoácidos o también llamados -aminoácidos son estructuras
bifuncionales que están constituidas por un átomo de carbono central llamado
carbono-alfa () unido a un grupo amino, un ácido carboxílico, un hidrógeno y un
grupo R que es característico de cada aminoácido. El grupo R generalmente es
llamado la cadena lateral o resto aminoacídico. El carbono  es quiral ya
que está unido a cuatro grupos diferentes y los dos enantiómeros que presenta son
llamados isómeros L y D.
Los aminoácidos son generalmente
estructuras polares y tienen un alto
momento dipolar, son solubles en
agua pero insolubles en solventes
orgánicos, son sustancias
cristalinas con un relativo alto
punto de fusión y además son
anfipróticos, es decir, pueden
reaccionar como ácidos o como Isómero - L Isómero - D
bases dependiendo de las
circunstancias. 3
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Configuración de los Aminoácidos


Casi todos los aminoácidos naturales tienen configuración absoluta (S), con
estereoquímica parecida a la del L-(-)-gliceraldehído, por lo que también se
denominan L-aminoácidos. La notación (D,L) utilizada para los monosacáridos
también se usa para los aminoácidos y se definen de la misma manera. Es decir, un
aminoácido dibujado en la proyección Fischer con el grupo carboxilo superior y el
grupo R inferior será el D-aminoácido si el grupo amino está a la derecha y será el L-
aminoácido si el grupo amino está a la izquierda.
A diferencia de los monosacáridos, en donde
el isómero D es el único encontrado en la
naturaleza, en la mayoría de los seres vivos
sólo los L-aminoácidos forman parte de las
proteínas. Como dato, algunos D-
aminoácidos han sido encontrados en la
estructura de unos pocos antibióticos
peptídicos y en algunos pequeños péptidos
enlazados a las paredes celulares de algunas
bacterias. Excepto la glicina, todos
los aminoácidos son quirales.
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(R) (S)
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Actividad Óptica de los Aminoácidos


Los aminoácidos como moléculas quirales que son presentan actividad óptica (la
propiedad física que consiste en hacer que rote el plano de la luz polarizada) por lo
que algunas serán dextrorrotatorias y otras levorrotatorias.

La notación (D,L) utilizada


para los aminoácidos
definen solamente la
configuración absoluta
pero no la actividad óptica.

Existen L-aminoácidos
dextrorrotatorios y otros L-
aminoácidos que son
levorrotatorios.

El pH de la solución puede
afectar la actividad óptica
de un aminoácido.
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Clasificación de los Aminoácidos


En las proteínas encontramos 20 tipos de cadenas laterales que varían en tamaño,
forma, carga, capacidad para formar puentes de hidrógeno, carácter hidrofóbico y
reactividad química. De hecho, las proteínas están construidas por el mismo grupo de
20 aminoácidos.
Hay varias formas de clasificar a los aminoácidos, la forma más utilizada de estas
clasificaciones está basada en la polaridad de la cadena lateral. De acuerdo a esto,
los 20 aminoácidos se pueden clasificar de la siguiente manera:

1. Aminoácidos no polares o hidrofóbicos.


2. Aminoácidos neutros (sin carga) pero polares.
3. Aminoácidos ácidos (que tienen una carga neta negativa a pH 7.0)
4. Aminoácidos básicos (que tienen una carga neta positiva a pH 7.0)

Aminoácidos Esenciales:
Llamados así porque los seres humanos no podemos biosintetizarlos y debemos
obtenerlos como parte de nuestra dieta. Las proteínas que aportan todos los
aminoácidos esenciales en las proporciones correctas para la nutrición humana se
llaman proteínas completas, por ejemplo la carne de res, el pescado, la leche y los
huevos.
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1. Aminoácidos no polares o hidrofóbicos:

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2. Aminoácidos neutros (sin carga) pero polares:

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3. Aminoácidos Ácidos y Básicos:

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Propiedades Ácido-Base de los Aminoácidos


• En una solución ácida, el grupo amino está protonado y el grupo
carboxilo no está disociado. En una solución básica, el grupo amino se
desprotona y el grupo carboxilo se encuentra disociado.
• Cuando se pasa de un medio ácido a un medio básico, el pH aumenta y
el grupo carboxilo es el primero en perder su protón ya que su pKa está
cerca a 2 y se forma el ión dipolar o Zwitterión. La forma dipolar existe
hasta que el pH alcanza un valor aproximado de 9 en donde el grupo
amino protonado pierde un protón.

En soluciones ácidas:

En soluciones básicas:

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Propiedades Ácido-Base de los Aminoácidos


• Es decir, los aminoácidos en una solución de pH neutro existen
predominantemente como un ión dipolar llamado Zwitterión. En la
forma, dipolar el grupo amino está protonado y el grupo carboxilo está
desprotonado.
• El estado de ionización de un aminoácido varia con el valor de pH.

El punto isoeléctrico
(pI) es el pH al que
el aminoácido se
encuentra en
equilibrio entre las Forma Zwitterión Ambos grupos
desprotonados
dos formas, como el
Concentración

zwitterión dipolar
Ambos grupos
con una carga neta protonados
de cero.

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Curva de valoración de la glicina

El pH controla la carga
de la glicina: catiónica
por debajo de pH = 2.3;
aniónica por encima de
pH = 9.6 y zwitteriónica
entre pH = 2.3 y 9.6. El
pH isoeléctrico es 6.0.

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Cálculo del Punto Isoeléctrico, pI


• El pI de un aminoácido que no tiene una cadena lateral ionizable – como
la alanina – es el promedio de los dos valores de pKa.
• Esto debido a que a pH 2.34 la mitad de los grupos carboxilo tienen carga
negativa y la otra mitad de los grupos carboxilo no tienen carga.
• En cambio, a pH 9.69 la mitad de las moléculas tienen una carga positiva en
el grupo amino y la otra mitad tiene el grupo amino sin carga.
• Si incrementamos el pH desde 2.34 mayor cantidad de grupos carboxilo en
las moléculas se van a cargar negativamente y si bajamos el pH desde 9.69
mayor cantidad de grupos amino en las moléculas se van a cargar
positivamente.
• Por lo tanto, en un valor promedio
de los dos valores de pKa el
número de grupos con carga
negativa será igual al número de
grupos con carga positiva.

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Aminoácidos, Péptidos y Proteínas

Cálculo del Punto Isoeléctrico, pI


• El pI de un aminoácido con una cadena lateral ionizable será el promedio
de los dos valores de pKa de los grupos que se ionizan similarmente.
• Por ejemplo, para el caso de la lisina y el ácido glutámico:
pH < pKa pH > pKa
Grupo
(forma ácida) (forma básica)
Ácido 0 -1
Básico +1 0
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Electroforesis de Aminoácidos
• Una mezcla de aminoácidos se puede separar por medio de la
electroforesis en base a sus valores de pI. En general, la electroforesis es
un método de laboratorio en el que se utiliza una corriente eléctrica
controlada con la finalidad de separar biomoleculas según su tamaño y
carga eléctrica a través de un papel o una matriz gelatinosa.
• Cuando una mezcla de aminoácidos que a un determinado pH están
ionizados y con carga neta son colocados en un campo eléctrico,
experimentan una fuerza de atracción hacia el polo que posee carga
opuesta, dejando transcurrir cierto tiempo las moléculas cargadas
positivamente se desplazaran hacia el cátodo (el polo negativo) y aquellas
cargadas negativamente se desplazaran hacia el ánodo (el polo positivo).

Separación de tres aminoácidos a pH 5 15


Aminoácidos, Péptidos y Proteínas

Electroforesis de Aminoácidos
Representación
simplificada de la
separación
electroforética de
la alanina, lisina y
ácido aspártico a
pH = 6.

La lisina catiónica
es atraída hacia el
cátodo, el ácido
aspártico aniónico
es atraído hacia el
ánodo y la alanina
se encuentra en su
punto isoeléctrico,
por lo que no se
mueve
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Aminoácidos, Péptidos y Proteínas

Cálculo del Punto Isoeléctrico, pI


pKa = 12.5
A pH = 5: pKa = 2.2

Carga +1
pH < pKa pH > pKa
Grupo
(forma ácida) (forma básica) pKa = 9.1
Ácido 0 -1
Básico +1 0 pKa = 2.3

Carga 0
pKa = 9.7

Cátodo Anodo

pKa = 3.6 pKa = 1.9

Carga -1 pKa = 9.6

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El Enlace Peptídico
Los aminoácidos se unen mediante “enlaces amida secundaria”, entre las
funciones α-carboxilo y α -amino de los aminoácidos adyacentes. Estos enlaces
se llaman enlaces peptídicos

Reacción de
formación del
Aminoácido 1 Aminoácido 2
enlace peptídico

Dipéptido
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Estabilización por resonancia


La estabilización por resonancia de una amida da lugar a su gran estabilidad, a la
disminución de basicidad del átomo de nitrógeno y a la rotación restringida
(carácter de doble enlace parcial) del enlace C-N.
En un péptido, el enlace amida se
denomina enlace peptídico.
Tiene seis átomos en un plano: el
C y el O del carbonilo, el N y su
H, y los dos átomos de carbono
asociados.

El enlace peptídico es un
enlace muy fuerte que tiene
carácter de un doble enlace y
no permite el giro
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Propiedades del enlace peptídico


• Los átomos de Cα son trans con respecto a C-N.
• Hay unas distancias y ángulos de enlace que son constantes

• Péptido: unión de un bajo número de aminoácidos.


• Oligopéptido: menor a 10 aminoácidos.
• Polipéptido: mayor a 10 aminoácidos.
• Proteína: más de 50 aminoácidos.

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Péptidos:
Los péptidos se estructuran
siempre con el grupo amino
terminal a la izquierda y el
grupo carboxilo terminal a
la derecha.

Se nombran desde el
extremo N-terminal al C-
terminal, usando la
terminación il, excepto para
el último aminoácido.

Para su representación se Grupo Grupo


pueden utilizar los nombres amino terminal carboxilo terminal
completos, las abreviaturas Tirosil-glicil-glicil-fenilalanil-leucina
o los símbolos de los
aminoácidos en la secuencia Nterm-Tyrosine-Glycine-Glycine-Phenylalanine-Leucine-Cterm
en la que se encuentran Nterm-Tyr-Gly-Gly-Phe-Leu-Cterm
Nterm-YGGFL-Cterm
unidos. 21
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Péptidos:
Por ejemplo, la hormona humana bradiquinina (inhibe la inflamación de los
tejidos) es un nonapéptido con un grupo -NH3+ en el extremo N terminal y un
grupo -COO- libre en el extremo C terminal.

Nterm-Arginine-Proline-Proline-Glycine-Phenylalanine-Serine-Proline-Phenylalanine-Arginine-Cterm
Nterm-Arg-Pro-Pro-Gly-Phe-Ser-Pro-Phe-Arg-Cterm
Nterm-RPPGFSPFR-Cterm

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Péptidos: Cálculo del punto Isoeléctrico (pI)


Ejemplo: Hallar el punto Isoeléctrico (pI) del siguiente tetrapéptido:
Glu–Lys–Tyr–Phe
pI = 6.95 10.1

1.8 4.2 9.7 10.5

OH
pKa = 4.2
pKa = 10.1
pH Carga en los Grupos Funcionales Carga total
COOH
< 1.8 +1+0+1+0+0 +2
H O H 1.8 - 4.2 +1+0+1+0–1 +1
-
N N COO 4.2 - 9.7 +1–1+1+0–1 0
+
H3N N pKa = 1.8
9.7 - 10.1 0–1+1+0–1 -1
pKa = 9.7 H O
O 10.1 - 10.5 0–1+1 -1–1 -2
> 10.5 0–1+0–1–1 -3

H2N pKa = 10.5 pI = (4.2 + 9.7)/2

Nterm – Glu – Lys – Tyr – Phe – Cterm pI = 6.95


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Péptidos: Cálculo del punto Isoeléctrico (pI)


Ejemplo: Hallar el punto Isoeléctrico (pI) del siguiente tetrapéptido:
Val–Cys–Asp–Arg
pI = 5.9 9.6

2.2 3.6 8.2 12.5

pKa = 3.6

CH3 COOH
H3C pH Carga en los Grupos Funcionales Carga total
H O H < 2.2 +1+0+0+1+0 +2
-
+ N N COO 2.2 – 3.6 +1+0+0+1–1 +1
H3N N
pKa = 2.2 3.6 – 8.2 + 1 +0 – 1 + 1 – 1 0
pKa = 9.6 H O
O 8.2 – 9.6 +1–1–1+1–1 -1
9.6 - 12.5 0–1–1+1 –1 -2
SH HN
> 12.5 0–1–1+0–1 -3
pKa = 8.2
NH
H2N
pKa = 12.5
pI = (3.6 + 8.2)/2
Nterm – Val – Cys – Asp – Arg – Cterm
pI = 5.9
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Electroforesis de Péptidos
El proceso de separación La mezcla de los
de una mezcla de péptidos se coloca
a lo largo del papel
péptidos se puede
realizar con
electroforesis.

La muestra se coloca a lo
largo del borde de un
Ánodo
papel en contacto con
una solución buffer. Al Cátodo
aplicar una diferencia de
potencial se logrará
separar a los péptidos de
acuerdo a la carga que Migración de los péptidos
cada uno de ellos tenga al
valor de pH de trabajo.

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Determinación de la composición de los péptidos

En el analizador de
aminoácidos, el
hidrolizado pasa a través
de una columna de
intercambio iónico. La
solución que emerge de la
columna se trata con
ninhidrina y su
absorbancia se registra en
función del tiempo. Cada
aminoácido se identifica
por el tiempo de retención
necesario para pasar a
través de la columna.

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Composición de la bradiquinina
Utilización de un analizador de aminoácidos para determinar la composición de
la bradiquinina humana. Los picos de la bradiquinina para la Pro, Arg y Phe son
más grandes que los de la mezcla equimolecular estándar, ya que la bradiquinina
tiene tres residuos Pro, dos residuos Arg y dos residuos Phe

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Enlaces o puentes disulfuro


La cistina es un dímero de la cisteína, se obtiene cuando dos residuos de cisteína
se oxidan y forman un puente disulfuro.

La oxidación suave enlaza dos moléculas de un tiol para formar un puente


disulfuro.
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Enlaces o puentes disulfuro


La insulina está formada por dos cadenas peptídicas separadas, la cadena A
contiene 21 residuos de aminoácidos y la cadena B que contiene 30.

Las cadenas A y B de la insulina se unen mediante enlaces de puentes


disulfuro.

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Enlaces o puentes disulfuro


La hormona oxitocina es un
nonapéptido con dos
residuos de cisteína (en las
posiciones 1 y 6) que unen
parte de la molécula
formando un gran anillo

La oxitocina induce la labor


de parto en las mujeres
gestantes y estimula la
producción de leche.

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Estructura de una proteína


Estructura Primaria:
La estructura primaria de una proteína queda definida por la secuencia, identidad y
cantidad de aminoácidos que forman la cadena polipeptídica.

Basta que se cambie a un aminoácido en la cadena polipeptídica para que las


propiedades de la proteína también cambien. Las propiedades físicas y químicas de
las proteínas se determinan a partir de los aminoácidos que las forman. 31
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Estructura Secundaria: α-hélice


a) Los grupos C=O de una
espira se enfrentan a los
grupos N-H de la espira
siguiente. Es decir que un
C carbonílico se enfrenta a
un N amídico distante a
tres aminoácidos en la
cadena.

b) Las cadenas laterales de


los restos de aminoácido
se orientan hacia fuera y
perpendiculares al eje
imaginario

c) Que la traslación a lo largo


del eje, por cada vuelta,
sea de 5,4 A. La rotación
será de 100º por resto (lo
que supone 3,6 restos por
vuelta

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Estructura Secundaria: hoja plegada o β-laminar


Cada grupo carbonilo peptídico está unido mediante un puente de hidrógeno al
grupo N-H de una cadena peptídica adyacente. Los grupos R se orientan hacia
arriba y abajo alternativamente.

Este ordenamiento puede hacer que se alineen muchas moléculas de péptidos unas
al lado de las otras, dando lugar a una lámina bidimensional.
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Estructura Secundaria: α-hélice o β-laminar

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Estructura Secundaria: ejemplo de β-laminar

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Estructura Secundaria: ejemplo de β-laminar

Estructura de la seda: las fibras utilizadas para fabricar un tejido de cera o una tela de
araña están constituidas por la proteína fibroína. (a) la fibroína consiste en capas de
hojas β antiparalelas ricas en residuos de Ala (color púrpura) y Gly (color amarillo).
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Estructura Terciaria de las proteínas


Las interacciones entre las cadenas laterales de los aminoácidos (situados en
sitios alejados de la cadena polipeptídica) también son posibles con lo que la
estructura secundaria se pliega aun más para originar una conformación
sumamente compleja
Estas interacciones pueden ser de tipo
puentes disulfuro, puentes de hidrógeno,
fuerzas de atracción electrostática y fuerzas
de Van der Waals.

Las proteínas globulares se pliegan como


un ovillo, en cambio, las proteínas fibrosas
tienen aspecto alargado.

En la estructura terciaria de una proteína globular típica se mezclan segmentos


de hélice α con segmentos de enrollamiento al azar en los puntos donde se
dobla la hélice.

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Estructura Terciaria de las proteínas

α-hélice

β-laminar

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Aminoácidos, Péptidos y Proteínas

Estructura Terciaria de las proteínas

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Aminoácidos, Péptidos y Proteínas

Estructura Cuaternaria
En la estructura cuaternaria se
incluye la asociación de dos o más
cadenas polipeptídicas de la proteína
activa.

Cada una de las cadenas que forman


la proteína se llama protómero.

Los protómeros son cadenas


polipeptídicas independientes y no se
encuentran covalentemente ligadas.

Las proteínas que tienen estructura


cuaternaria son aquellas que están
formadas por dos o más protómeros.

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Estructura Cuaternaria
Estructura Cuaternaria de la
desoxihemoglobina.

El análisis de Difracción de Rayos X de la


desoxihemoglobina (hemoglobina sin
moléculas de oxígeno unidas a los grupos
hemo) muestra cómo se empaquetan
juntas las cuatro subunidades
polipeptídicas.

(a) Representación de cintas.


(b) Modelo espacial.

Las subunidades α se muestran en gris y


azul claro. Las subunidades β en rosa y
azul oscuro. Obsérvese que los grupos
hemo (rojo) están relativamente alejados.

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Aminoácidos, Péptidos y Proteínas

Estructura de una proteína


La estructura primaria es la
estructura enlazada
covalentemente, es decir, la
secuencia de aminoácidos.
La estructura secundaria
incluye las áreas de hélices α
y láminas plegadas. En la
estructura terciaria se
incluye la conformación total
de la molécula. En la
estructura cuaternaria se
incluye la asociación de dos o
más cadenas polipeptídicas
de la proteína activa.

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Aminoácidos, Péptidos y Proteínas

Estructura de una proteína


Comparación esquemática de
los niveles de estructuras de
las proteinas. La estructura
primaria es la estructura
enlazada covalentemente,
incluyendo la secuencia de Estructura primaria Estructura secundaria
aminoácidos y los puentes
disulfuro. La estructura
secundaria incluye las áreas de
hélices α, láminas plegadas o
enrollamiento al azar. En la
estructura terciaria se incluye la
conformación total de la
molécula. En la estructura
cuaternaria se incluye la
asociación de dos o más
Estructura terciaria
cadenas peptídicas de la Estructura cuaternaria
proteína activa.
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Clasificación de las proteínas


SIMPLES
Por su naturaleza
CONJUGADAS
química

CLASIFICACIÓN FIBROSA
Por la forma que
DE LAS GLOBULAR
PROTEINAS adopta

ENZIMAS

PROTEÍNAS DE
TRANSPORTE
CONTRÁCTILES Y
Por su función MOTORAS
Biológica DE DEFENSA

REGULADORAS

NUTRIENTES

HORMONAS
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Desnaturalización de proteínas
“Proceso generalmente irreversible mediante el cuál la proteína pierde
su estructura 2º, 3º y 4º, careciendo de importancia biológica”

• Agentes:

Físicos: Químicos:
Calor solventes orgánicos
Radiaciones soluciones ácidas
Grandes presiones soluciones básicas
soluciones salinas

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Desnaturalización y Renaturalización

Estado nativo,
catalíticamente
Renaturalización de la
activo. ribonucleasa desplegada y
desnaturalizada:
Adición de úrea y
mercaptoetanol
Se añade úrea para desnaturalizar
la nucleasa y mercaptoetanol
(HO-CH2CH2-SH) para reducirla y
Estado desplegado;
romper así los enlaces disulfuro,
inactivo. Enlaces
disulfuro reducidos
lo que da lugar a ocho residuos
para dar residuos de
Cys.
de cisteína.
La renaturalización implica la
Eliminación de la
úrea y del
restauración de los enlaces
mercaptoetanol disulfuro correctos.

Estado nativo,
catalíticamente
activo. Enlaces
disulfuro reformados
correctamente
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