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Son

Aminocidos

Son

Quirales

Tienen

Unidos por

Zwitterions

Tienen

Estructura

Enlaces peptidicos

Tienen

Estereoisomeros

Incluye pK pl

D Capacidad buffer

Entre

Varias formas

Tiene

Polipptidos

Carcter parcial de doble enlace

Es

cido carboxlico

Por ejemplo

Forma biolgica comn

Cadena lateral

Amina

Aspartame Glutatin

Hay

Es

20 tipos

Grupo funcional

Clasificados como

No polar

Polar

cido

Bsico

OBJETIVOS a. Clasificar los aminocidos de acuerdo a: el lado del grupo aromtico, si es polar o no polar, si tiene carga negativa o positiva, el grupo funcional que tiene y si participa en interacciones de puente de hidrgeno. b. Explicar la electroforesis y como esta tcnica puede ser usada para separar una mezcla de aminocidos. c. Dibujar la estructura de un tripeptido indicando el N-terminal y el C-terminal, los enlaces del pptido. d. Hacer una lista de los pptidos cclicos e indicar su funcin fisiolgica.

PROBLEMAS 1. En la frmula del siguiente aminocido (aa) indique los grupos carboxilo, amino y el radical ( -R ).

2. Un criterio para clasificar los aminocidos permite establecer tres grupos: neutros, cidos y bsicos. Abajo aparecen las frmulas de aminocidos que pertenecen a las 3 diferentes categoras. a. Reconozca a los aminocidos neutros, cidos y bsicos. Qu caracterstica le permiti identificarlos? b. Identifique aminocidos neutros azufrados, alcohlicos, aromticos y alifticos.

3. Otro criterio de clasificacin de los aminocidos atiende a la polaridad del grupo -R. El carcter polar o apolar de los grupos -R es clave en los arreglos espaciales de las protenas. Identifique entre los aminocidos de la pregunta 2 los que presentan -R polar con carga negativa, -R polar con carga positiva, -R polar sin carga y - R apolar.

Un grupo -R polar es hidroflico. La polaridad se debe a la presencia de carga positiva o negativa de un -R ionizado (caso de AA polares con carga), o a cargas parciales de enlaces dipolo permanentes que tenga el -R no ionizable (caso de AA polares sin carga). Los grupos -R apolares son hidrofbicos, por tener muchos enlaces C-C y C-H. 4. Especifique el (los ) aminocido (s) cuya cadena lateral (-R) tiene las siguientes caractersticas: a. b. c. d. e. f. g. Esta cargado positivamente a pH neutro Tiene un grupo funcional alcohol ( o fenlico) Contiene un tiol Tiene carcter aromtico Contiene un grupo funcional amida Puede participar en enlaces por puente de hidrgeno Contiene cuatro carbonos en su grupo R

5. Enliste los aminocidos que exhiben las siguientes caractersticas: Esta cargado positivamente a PH de 7
a. b. c. d. Esta cargado negativamente a pH de 7 Puede formar enlaces disulfuro No es quiral Tiene mas de un carbono quiral

4. Cuales aminocidos son capaces de formar enlaces por puentes de hidrgeno? Cuales podran promover interacciones hidrofbicas? qu aminocidos cumplen con ambas categoras ? 5. La capacidad de algunos aminocidos para absorber la luz ultavioleta se traduce en una tcnica para la deteccin de todas las protenas por qu si o por que no? 4. a. A partir del aminocido que aparece abajo en su forma no disociada formule el dipolo.

b. Cmo se comporta el grupo carboxilo y el grupo amino segn la tendencia a ceder y ganar protones? 5. Segn el pH de la solucin, el aminocido puede estar como dipolo, in positivo o in negativo. a. Formule el aminocido en sus distintas formas inicas a partir del dipolo representado abajo. Observe que el pH del medio define la forma en que se encuentra el aminocido.

b. Cmo se llama el valor de pH en el cual un aminocido se encuentra 100% como dipolo? 6. Si un compuesto con carga (in) se somete a un campo elctrico las molculas se movern hacia el polo contrario a su carga. En este principio se basa una tcnica ampliamente usada en estudios bioqumicos y genticos: la electroforesis. a. Haga un esquema de un equipo de electroforesis y reconozca la fuente de poder, la cuba, los electrodos y el soporte de la corrida. Hacia dnde migrar el aminocido alanina en las tres situaciones de pH presentadas en la pregunta 5.a.

b.

7. Dibuje la estructura del Zwitterion de alanina y lisina e indique el pH al cual pueden formarse. Los valores de pK para alanina son 2.34 y 9.69, mientras que los de lisina son 2.18 , 8.95 ( NH 3 ) y 10.53 (cadena lateral) Campbell 8. Tres aminocidos, gly(g) , ser(S) y trp(W), reaccionan para producir un tripptido. Indique todos los posibles productos en la reaccin. Especifque los residuos amino y carboxilo terminal en los productos. Campbell 10. Dibuje el par cido-base conjugados del cido asprtico que existen a los siguientes valores de pH: a) pH= 2.09; b) pH = 3.86 : y c) pH = 9.82. Campbell Nota. Estos tres valores de pH corresponden a tres valores de pKa para el cido asprtico. Existen diferentes pares cido base conjugados en cada uno de estos puntos.

11. La electroforesis puede ser usada para separar molculas de diferente carga. Un campo elctrico puede ser generado { (+) -------- (-) } en una matriz de material estacionario. Si los aminocidos fueran colocados en medio del material , las especies neutras no podran migrar de esta posicin. Sin embargo las especies cargadas positivamente podran migrar hacia el electrodo negativo, mientras que las especies cargadas negativamente podrn viajar en direccin opuesta hacia el electrodo positivo. Si se coloca una gota de una solucin a pH 5 , conteniendo asp,his,ala y lys en medio del material, indique como el campo elctrico podra afectar la posicin de cada aminocido. Campbell 13. Usando los datos de valores de pKa para la alanina, determine la carga neta de la alanina a pH 1.0, 7.0 y 13.0 Raw

14. Escriba la estructura ionica prodominante de los siguientes aminocidos a pH 3.0, 7.0, y 13.0 : a) Gly , b) Glu, c) His, d) Asn, e)Ser y f) Pro Raw 7. Busque en un texto la curva de titulacin de un aminocido neutro, es decir, que no tiene un grupo adicional ionizable en el -R. Recuerde que una curva de titulacin relaciona el pH de una solucin, medida con un pHmetro, con la cantidad de cido o base que se le adiciona. a. Conteste Qu entiende por poder amortiguador? b. Identifique en la curva el pK1, pK2 y pI e indique los porcentajes de las formas inicas y/o dipolo en cada caso. c. Si observa la curva de titulacin podra pensar que los aminocidos son eficientes amortiguadores a pH fisiolgico, lo que no es cierto. Indique en torno a qu pH los AA neutros son eficientes amortiguadores. d. Comprende por qu estos AA son malos amortiguadores a pH fisiolgico?. En los polipptidos, los aminocidos se encuentran unidos entre si por enlaces covalentes, establecidos entre el grupo carboxilo de un AA y el grupo amino de otro. 8. Que se pierde de los aminocidos en la formacin del enlace peptdico? (Osgood) 9. Cul es la secuencia de aminocidos del pptido abreviado como : a) KQNY y b) RLWEQ(Osgood) 8. Formule un dipptido a partir de los aminocidos cido asprtico y fenilalanina. El dipptido que formul, (aspartil fenilalanina) que se comercializa con el nombre de Nutrasweet, tiene un poder edulcorante 200 veces superior a la sacarosa. 9. El glutatin es quiz el pptido mas abundante en los sistemas vivientes. Sin embargo, este tripptido tiene una estructura muy inusual. El nombre descriptivo para el glutatin es, glutamil-L-cisteinil glicina. Dibuje la estructura del tripptido. Campbell 12. La estructura de la morfina se muestra a continuacin , junto con la frmula del pentapptido, metionina encefalina. La morfina tiene una potente actividad fisiolgica la cual mimetiza a la presentada por la encefalina. Sugiera una posible razn para esta propiedad. Campbell MORFINA falta figura Metionina encefalina es : Tyr-gly-gly-phe-met

9. A continuacin se enumeran las funciones de algunos pptidos y encontrar preguntas sobre estas molculas.

Dipptidos: la anserina y carnosina son dipptidos presentes en los msculos de los vertebrados. Una hiptesis respecto a su funcin es la capacidad de amortiguar eficientemente el pH, dado que ambos presentan una histidina y el grupo imidazol tiene un pKa prximo a 6. Por qu pueden ser amortiguadores eficientes estos pptidos?. b. Tripptidos: la glutationa, formada por los aminocidos L-glu, L-cis y L-gli, est presente en bacterias animales y plantas. Entre sus funciones, participa en el transporte de aminocidos a travs de la membrana celular y sus grupos -SH pueden oxidarse de manera que la molcula acta como protectora frente a la accin especies reactivas del oxgeno (radicales libres). Cmo se denomina este tipo de defensa antioxidante? (vea al final del captulo Lpidos). c. Hormonas peptdicas: un nmero importante de hormonas son pptidos y protenas. Entre las hormonas peptdicas se encuentan la oxitocina y vasopresina (nanopptidos). La angiotensina, octapptido relacionado con la regulacin de la presin arterial es una hormona peptdica. Qu entiende por hormona? (Tome como ejemplo a la vasopresina). d. Pptidos neurotransmisores: descubiertos en 1975 y denominados inicialmente encefalinas, tienen efectos analgsicos y estaran relacionados con los estados de nimo. Extensa bibliografa puede encontrar al respecto. El neurotransmisor ms conocido, la acetilcolina, no es de naturaleza peptdica. e. Antibiticos peptdicos: muchos antibiticos naturales son pptidos, o tienen un componente peptdico en su molcula. La penicilina, gramicidina y bacitracina son antibiticos de este tipo. La ciclosporina A, con 11 residuos aminoacdicos, es un inmunosupresor usado en la terapia de transplantes porque inhibe la activacin de los linfocitos T.

a.

10. Con la informacin que cuenta, resuma las funciones biolgicas de los pptidos. 11. Un pptido tiene la siguiente composicin de aminocidos : Ala, Arg,Asp2, Glu2, Gly3, Leu, Val3 . Los siguientes pptidos fueron aislados despus de una hidrolisis parcial y sus secuencias fueron determinadas. 1. 2. 3. 4. 5. 6. Asp-Glu-Val-Gly-Gly-Glu-Ala Val-Asp-Val-Asp-Glu Val-Asp-Val Glu-Ala-Leu-Gly-Arg Val-Gly-Gly-Glu-Ala-Leu-Gly-Arg Leu-Gly-Arg.

cul es la secuencia de aminocidos del pptido original? Raw 12. Un estudiante de Bioqumica aisl un hormona peptdica del monstruo de Gila. Encontr que su composicin de aminocidos es Ala, Asp2, Gln2, Ile, Lys, Met3, Phe2, Trp. La ruptura de una muestra del pptido con quimotripsina y llevando a cabo el procedimiento de degradacin de Edman en los fragmentos resultantes , produce los soiguientes peptidos: Phe, Asp-Met-Gln-Phe, Lys-Gln-Met-Asp, Ile-Ala-Met-Trp. Tratando otra muestra del pptido con BrCN, el estudiante obtuvo los siguientes pptidos: Asp-HSL, Gln-Phe-Ile-Ala-HSL, Trp-Phe-Lys-Gln-HSL. Use esta informacin para deducir la secuencia de la hormona del monstruo de Gila

Determina

Estructura de protenas

Tiene

Funciones Tiene Por ejemplo Jerarqua Catlisis Transporte Determina Desnaturalizacin Cambiar Mtodos experimentales Estudiado por Tiene unica Conformacin nativa

Desplegada por

Estabilizada por

Puede

Primaria

Es

Secuencia de aminocidos

Forma

Puentes de hidrogeno Interaccin hidrofobica y electrosttica Van der Waals

Da lugar a

Rayos X, NMR

Por

De

Por

Por ejemplo Secundaria Es Arreglos de cadena en el espacio Ligaduras

Da lugar a Por ejemplo

Terciaria Calor, oxidacin, detergentes, sal, pH Es Llamadas

Helice Lamina Giro Vueltas

Control alosterico Puede ser Estructura de cadena plegada

Da lugar a

Cuaternaria Fibrosa Globular Puede ser

Son

Arreglos de subunidades

Homogenea o heterogenea

OBJETIVOS a. Dibujar la estructura de un dipptido y sealar los enlaces del peptido, el carbono terminal y el nitrgeno terminal.

b. Investigar los mtodos por los cuales se puede obtener la composicin de un aminocido a partir de una protena. c. Nombrar y describir los cuatro niveles de la estructura de una protena, indicando los tipos de fuerzas que pueden ser asociados con cada nivel de estructura. d. Enlistar las cuatro interacciones de enlace fundamentales en todas las proteinas y la energa asociada con cada una. e. Explicar especficamente como en exceso el pH, los detergentes, el calor, altas concentraciones de sal, o la adicin de reactivos como urea desnaturalizan a las proteinas.

PROBLEMAS Podr encontrar diferentes criterios para clasificar a las protenas. Segn la funcin biolgica que cumplen podra elaborarse una lista extensa, abajo aparecern algunas funciones a las que se vinculan. 1. Busque ejemplos para protenas con las siguientes funciones: catlisis, hormonal, estructurales, transporte, defensa, receptores, movimiento, almacenamiento. 2. Realice un esquema que represente en forma sencilla el mecanismo de biosntesis de protenas. a. Plantee en el esquema la secuencia de bases del ADN y mRNA correspondiente. b. Los AA unidos a los tARN (tRNA-AA) se ordenarn respecto a la secuencia de bases del mARN. Plantee la secuencia de tARN segn el mARN. c. Defina ahora estructura primaria. 3. Si cambia la secuencia de bases del DNA (mutacin), pueden ocurrir cambios en la secuencia aminoacdica de la protena que a su vez podr traer cambios funcionales. Observe que una secuencia de bases determina una secuencia de AA. Comprende por qu el "axioma gentico" dice un gen, una protena?. Explique. (La sntesis de protenas puede revisarla en un texto bsico). 4. a. Haga un esquema de la estructura secundaria bajo forma de hoja plegada y alfa hlice.

b. Caracterice la estructura secundaria, considere fuerzas estabilizadoras. c. Busque ejemplos de este tipo de protenas y atienda funciones biolgicas que cumplen. 5. Realice un esquema de una protena con estructura terciaria donde figuren: interacciones hidrofbicas, inicas, disulfuro, y puentes de hidrgeno en alfa hlice y hoja plegada.

6. a. Caracterice la estructura cuaternaria qu fuerzas que la estabilizan?. b. Tome como ejemplo la molcula de hemoglobina y responda qu entiende por oligmero?

7. Una protena se desnaturaliza por diferentes agentes, entre otros, por el agregado de cidos o bases. a. Qu entiende por desnaturalizacin? b. Cmo explica la prdida de interacciones en una protena globular por el agregado de un cido? c. Bajo ciertas condiciones una protena desnaturalizada parcial o totalmente puede volver a su conformacin original. Cmo explica el restablecimiento de la conformacin nativa? 8. Represente la forma inica del cido glutmico que existira a pH=12 9. Determine el peso molecular aproximado de aminocidos de cada una de las siguientes protenas: a. citocromo c; 104 residuos de aminocidos b. ferritina; 4100 residuos de aminocidos 10. Cada una de las siguientes protenas se trata con SDS y se separa por electroforesis en un gel de poliacrilamida. Cada protena se corre individualmente en un gel. Dibuje los resultados finales.

a. mioglobina b. hemoglobina (dos subunidades peso molecular = 16000)

, peso molecular = 15500; dos subunidades

11. Cul es el nmero aproximado de aminocidos que habra en una helice de longitud?

de 20 A

12. Una cadena polipeptdica de polilisina se enrolla en forma de helice en una solucin de pH 13; sin embargo, forma un plegado aleatorio a pH 7. Explique esto. 13. Dibuje las siguientes combinaciones de estructura secundaria, utilizando una lnea para representar una cadena de polipptido a. b. , antiparalela c. superbarril d. e. , antiparalela 14. El siguiente diagrama muestra los resultados de una electroforesis en gel de poliacrilamida con SDS (SDS-PAGE). Identifique la protena de cada carril utilizando la siguiente lista: a. b. c. d. Hemoglobina Mioglobina Glucosa oxidasa Bacteriorrodopsina

15. Prediga cul de los polipptidos enumerados en seguida se plegarn en una hlice en las condiciones dadas a. polialanina, pH 7 b. cido poliasprtico pH 7 c. acido poliaspartico pH 3 d. poliprolina, pH 7 e. polilisina, pH 7 16. La bacteriorrodopsina, una protena que se encuentra en la membrana de una bacteria que habita en un medio con mucha sal, contiene siete regiones distintas de hlices . Estas regiones atraviesan la membrana celular del organismo. Puede sacar alguna conclusin acerca de la composicin de aminocidos en estas regiones helicoidales de la bacteriorrodopsina?

17. Dado el pptido siguiente: Ser-Glu-Pro-Ile-Met-Ala-Pro-Val-Glu-Tyr-Pro-Lys a) estimar la carga neta a pH 7 y a pH 12 b) Cuntos pptidos se produciran si este pptido de tratase con: 1) bromuro de ciangeno, 2)tripsina y 3) quimiotripsina? c) Sugerir un mtodo para separar los pptidos producidos por el tratamiento con quimiotripsina 18. Una protena en condiciones de composicin de tampn, pH y temperatura prximas a las condiciones fisiolgicas, presenta un peso molecular, mediante medidas de equilibrio de sedimentacin de 140000 g/mol. Cuando la misma protena se estudia por electroforesis en gel con SDS en ausencia o presencia del agente reductor mercaptoetanol (BME), se observan los patrones de las calles A y B respectivamente. La calle C contiene estndares del peso molecular indicado. A partir de estos datos, describa la protena nativa en lo relativo a tipos de subunidades presentes, estequiometria de las subunidades y tipos de enlace (covalente, no covalente) que existen entre las subunidades. 19. Los datos para la -globulina humana a 20 C son: S=7.12 *10-13 s D= 4.00 *10-7 cm2s-1

v=0.718ml/g =1g/cm3 Cual es el peso molecular de la -globulina?

20. Las medidas de la unin del oxgeno por la sangre humana total, a 37 C, a pH 7.4, en presencia de 40mm de CO2, y con unas concentraciones fisiolgicas normales de BPG (5 mmol/L de clulas), dan los siguientes resultados: PO2(mmHg) 10.6 19.5 27.4 37.5 50.4 77.3 92.3 %saturacin (=100* ) 10 30 50 70 85 96 98

a. a partir de estos datos, elabore una curva de unin y estime el porcentaje de saturacin de oxigeno de la sangre a: 1) 100mm Hg, la presin parcial aproximada de O2 en los pulmones y 2) 30 mmHg, la presin parcial aproximada de O2 en la sangre venosa b. en estas condiciones, Qu porcentaje del oxigeno unido en los pulmones se libera en los tejidos?