PROTEÍNAS: ORDENES DE ESTRUCTURAS SUPERIORES

Contents
Importancia biomédica ........................................................................................................................................................... 2
Conformación en contraste con configuración....................................................................................................................... 2
En un inicio las proteínas fueron clasificadas por sus características macroscópicas ............................................................ 2
Las proteínas se construyen usando principios modulares .................................................................................................... 2
Los cuatro órdenes de la estructura de proteínas .................................................................................................................. 3
Estructura secundaria ............................................................................................................................................................. 3
HÉLICE Α .............................................................................................................................................................................. 3
LA HOJA Β O LÁMINA Β PLEGADA ....................................................................................................................................... 4
ASAS Y FLEXIONES ............................................................................................................................................................... 4
ESTRUCTURAS TERCIARIA Y CUATERNARIA ........................................................................................................................ 4
Factores estabilizadores.......................................................................................................................................................... 5
Plegamiento de las proteínas.................................................................................................................................................. 5
PLEGADO MODULAR ........................................................................................................................................................... 5
PROTEÍNAS AUXILIARES ...................................................................................................................................................... 5
Técnicas para el estudio de órdenes superiores de estructura de proteína .......................................................................... 5
Trastornos en el plegamiento ................................................................................................................................................. 5
ENFERMEDADES POR PRIÓN............................................................................................................................................... 5
ALZHEIMER .......................................................................................................................................................................... 6
TALASEMIAS Β ..................................................................................................................................................................... 6
Colágeno ................................................................................................................................................................................. 6
Importancia biomédica
En la Naturaleza, la forma sigue a la función. Para que un polipéptido recién sintetizado madure hacia una
proteína que sea funcional, capaz de catalizar una reacción metabólica, impulsar el movimiento celular, o
formar las varillas y los cables macromoleculares que proporcionan integridad estructural, debe plegarse hacia
una disposición tridimensional específica, conocida como CONFORMACIÓN.
Durante la maduración, las MODIFICACIONES POSTRADUCCIONALES pueden añadir nuevos grupos
químicos o eliminar segmentos peptídicos transitoriamente necesarios.
Las deficiencias genéticas o nutricionales que obstaculizan la maduración de proteínas son nocivas para la
salud. ENFERMEDAD DE CREUTZFELDT JACOB, ENCEFALOPATÍA ESPONGIFORME OVINA Y BOVINA
y ALZHEIMER.
ESCORBUTO  Deficiencia nutricional que altera la maduración de proteínas.

Conformación en contraste con configuración

CONFIGURACIÓN: alude a la relación geométrica entre un grupo dado de átomos, por ejemplo, los que
distinguen entre laminoácidos y daminoácidos. La interconversión de alternativas configuracionales requiere el
rompimiento de enlaces covalentes.
CONFORMACIÓN: Se refiere a la relación espacial de cada átomo en una molécula. La interconversión entre
conformadores ocurre sin rotura de enlace covalente, con retención de la configuración y, de manera típica,
por medio de rotación alrededor de enlaces únicos.

En un inicio las proteínas fueron clasificadas por sus características macroscópicas

En un inicio, los científicos abordaron las relaciones entre estructura y función en proteínas separándolas en
clases con base en propiedades como solubilidad, forma o la presencia de grupos no proteínicos.
SOLUBLES  Pueden ser extraídas de las células usando soluciones acuosas a pH fisiológico y fuerza
iónica. La extracción de proteínas de membrana integrales requiere disolución de la membrana con
DETERGENTES.
PROTEÍNAS GLOBULARES  Moléculas compactas, de forma más o menos esférica, con proporciones
axiales (la proporción entre sus dimensiones más corta y más larga) de no más de 3. Casi todas las enzimas
son proteínas globulares.
PROTEÍNAS FIBROSAS  Proteínas estructurales que adoptan conformaciones muy extendidas, poseen
proporciones axiales de 10 o más.
LIPOPROTEÍNAS y GLUCOPROTEÍNAS  contienen lípidos y carbohidrato unido de manera covalente,
respectivamente.
METALOPROTEÍNAS  Contienen iones metálicos estrechamente asociados. Ejemplos, mioglobina,
hemoglobina y citocromos.
Hay métodos de clasificación más precisos con base en la secuencia y la estructura tridimensional de
aminoácidos, sin embargo, aún se usan muchos términos de clasificación antiguos.

Las proteínas se construyen usando principios modulares

Las proteínas desempeñan complejas funciones físicas y catalíticas al colocar grupos químicos específicos en
una disposición tridimensional precisa. El andamio polipeptídico que contiene estos grupos debe adoptar una
conformación tanto eficiente desde el punto de vista funcional como fuerte en el aspecto físico.
En la síntesis de los esqueletos polipeptídicos de proteínas se emplea un pequeño grupo de bloques de
construcción comunes o módulos, los aminoácidos, unidos por una conexión común, el enlace peptídico. Una
vía modular por pasos simplifica el plegado y el procesamiento de polipéptidos recién sintetizados hacia
proteínas maduras.

Los cuatro órdenes de la estructura de proteínas

1. ESTRUCTURA PRIMARIA: Secuencia de los aminoácidos en una cadena polipeptídica.
2. ESTRUCTURA SECUNDARIA: Plegado de segmentos de polipéptidos cortos (3-30 residuos)
contiguos hacia unidades ordenadas geométricamente con enlaces de hidrógeno, como la hélice α, la
hoja plegada β, flexiones β y asas. Las combinaciones de estos motivos pueden formar
ESTRUCTURAS SUPERSECUNDARIAS.
3. ESTRUCTURA TERCIARIA: El montaje de unidades estructurales secundarias hacia unidades
funcionales de mayor tamaño como el polipéptido maduro y los dominios que lo componen.
4. ESTRUCTURA CUATERNARIA: El número y los tipos de unidades polipeptídicas de proteínas
oligoméricas y su disposición espacial.

Estructura secundaria
Los enlaces peptídicos restringen posibles conformaciones secundarias. La ROTACIÓN LIBRE sólo es
posible alrededor de 2 de los 3 enlaces covalentes del esqueleto polipeptídico:

 Carbono α (C)
 Carbono carbonilo (Co)
 Cα del enlace de N.
El carácter de doble enlace parcial del enlace peptídico que une el Co al nitrógeno α requiere que el carbono
carbonilo, el oxígeno carbonilo y el nitrógeno α permanezcan coplanares, lo que evita la rotación.
El ÁNGULO FI (Ф) de un polipéptido es el ángulo alrededor del enlace Cα —N; el ÁNGULO PSI (ψ) es el que
hay alrededor del enlace Cα —Co.
Para aminoácidos que no son glicina, casi ninguna combinación de ángulos fi y psi se permite debido a
OBSTACULIZACIÓN ESTÉRICA.
Las regiones de estructura secundaria ordenada surgen cuando una serie de residuos aminoacilo adoptan
ángulos fi y psi similares.
Los ángulos fi-psi que forman la hélice α y la hoja β caen dentro de los cuadrantes inferior y superior
izquierdos de un gráfico de Ramachandran respectivamente.

HÉLICE Α
El esqueleto polipeptídico de una hélice α está torcido por una cantidad igual alrededor de cada carbono α con un
ángulo fi de -57° y un ángulo psi de –47°.

Un giro suyo contiene un promedio de 3.6 residuos aminoacilo y la pendiente es de 0.54 nm. Los grupos R de cada
residuo aminoacilo en una hélice α miran hacia afuera. Las proteínas sólo contienen l-aminoácidos, y sólo tienen hélices
α diestras.

Su estabilidad proviene sobre todo de enlaces puentes de H formados entre el O2 del enlace peptídico del grupo
carbonilo y el átomo de H del grupo amino (contiene N) del enlace peptídico del cuarto residuo en dirección
descendente por la cadena de polipéptido.

“Es necesario que exista un grupo N-H para formar los enlaces de hidrogeno intracadena”

La capacidad para formar el número máximo de enlaces de H, más las interacciones de van der Waals en el
centro de esta estructura brinda la fuerza impulsora termodinámica para la formación de una hélice α.
LA HOJA Β O LÁMINA Β PLEGADA
Formadas cuando se alinean de lado 2 o más segmentos de cadenas polipeptídicas, forman un modelo en zigzag donde
los grupos R de residuos adyacentes apuntan en direcciones opuestas.

A diferencia del esqueleto compacto de la hélice α, el esqueleto peptídico de la hoja β está muy extendido; sin
embargo, gran parte de la estabilidad de las hojas β se deriva de enlaces de hidrógeno entre los oxígenos
carbonilo y los hidrógenos amida de enlaces peptídicos.
Hay 2 tipos:

 PARALELA: Segmentos adyacentes de la cadena polipeptídica proceden en la misma dirección

amino hacia carbonilo.
 ANTIPARALELA: Cadenas en dirección opuesta, más estables debido a que el enlace de H
está colineal.
 Estas configuraciones indican el n° máximo de puentes de H entre segmentos o hebras de la
hoja.

ASAS Y FLEXIONES
La mitad de los residuos en una proteína globular “típica” reside en hélices α y hojas β, y la otra mitad en asas, giros,
flexiones y otras características conformacionales extendidas.

“GIROS Y FLEXIONES” Segmentos cortos de aminoácidos que unen dos unidades de estructura secundaria, como dos
hebras adyacentes de una hoja β antiparalela.

GIRO β: Con 4 residuos, el 1-2 en ángulo de 180° (Prolina y glicina).

ASAS  Regiones más allá del número mínimo necesario para conectar regiones adyacentes de estructura secundaria,
tienen conformación irregular, desempeñan funciones biológicas clave.

MOTIVOS DE HÉLICE-ASA-HÉLICE  Proporcionan la porción de unión a oligonucleótido de proteínas de unión a DNA

como represores y factores de transcripción. Los motivos estructurales, como el motivo de hélice-asa-hélice que son
intermedios entre estructuras secundarias y terciarias, a menudo se denominan ESTRUCTURAS SUPERSECUNDARIAS.

Estas asas y flexiones residen en la superficie de la proteína, por ello son fácilmente accesibles o EPÍTOPOS para
reconocimiento y unión de anticuerpos.

ESTRUCTURAS TERCIARIA Y CUATERNARIA

ESTRUCTURA TERCIARIA Es toda la conformación tridimensional de un polipéptido. Abarca cómo las características
estructurales secundarias —hélices, hojas, flexiones, giros y asas— se montan para formar DOMINIOS, y cómo estos se
relacionan entre sí en el espacio.

DOMINIO: Sección de estructura proteica suficiente para desempeñar una tarea química o física particular, como la
unión de un sustrato u otro ligando. No todos los dominios unen sustratos. Los dominios de membrana hidrofóbicos
fijan proteínas a membranas.

Los dominios reguladores desencadenan cambios de la función de proteína en respuesta a la unión de efectores
alostéricos o modificaciones covalentes. Combinar módulos de dominio proporciona una ruta fácil para generar
proteínas de gran complejidad estructural y funcional.

Las proteínas que contienen múltiples dominios también pueden montarse por medio de la asociación de múltiples
POLIPÉPTIDOS o PROTÓMEROS.

ESTRUCTURA CUATERNARIA  Composición polipeptídica de una proteína. Para una PROTEÍNA OLIGOMÉRICA
(proteínas que tienen dos o más polipéptidos), son las relaciones espaciales entre sus PROTÓMEROS/SUBUNIDADES.

PROTEÍNAS MONOMÉRICAS: Constan de una cadena polipeptídica única.

PROTEÍNAS DIMÉRICAS: 2 cadenas polipeptídicas.

HOMODÍMEROS: Contienen dos copias de la misma cadena polipeptídica, mientras que, en un HETERODÍMERO, los
polipéptidos difieren.

Factores estabilizadores
Las estructuras primarias se estabilizan por medio de enlaces peptídicos covalentes.
Los órdenes de estructura superiores se estabilizan mediante fuerzas débiles: Enlaces de hidrógeno múltiples,
enlaces salinos (electrostáticos) y asociación de grupos R hidrofóbicos.

Plegamiento de las proteínas

PLEGADO MODULAR
Etapas:
1. Segmentos cortos se pliegan hacia las unidades estructurales secundarias.
2. Regiones hidrofóbicas se dirigen hacia el interior de las proteínas.

PROTEÍNAS AUXILIARES
Muchas se pliegan (en lab a condiciones óptimas) espontáneamente al DESNATURALIZARSE (desdoblarlas).
Las células usan proteínas para acelerar el plegado, son:
 CHAPERONES  Se unen a secuencias cortas de aminoácidos recién sintetizados protegiéndolos contra un
solvente.
 PROTEÍNA DISULFURO ISOMERASA  Entre polipéptidos dan estabilidad a la terciaria y cuaternaria, pero se
forman enlaces random con cualquier otro grupo con sulfuro. Esta enzima facilita estas uniones y estabiliza su
conformación.
 PROLINA-CIS, TRANS-ISOMERASA

Técnicas para el estudio de órdenes superiores de estructura de proteína

 Cristalografía con rayos X
 Espectroscopia con NMR
 Ultracentrifugación analítica
 Filtración en gel
 Electroforesis en gel.

Trastornos en el plegamiento
ENFERMEDADES POR PRIÓN
Comprenden una estructura secundaria-terciaria alterada de una proteína natural, la PrPc. Cuando esta última
interactúa con su isoforma patológica, PrPSc, su conformación se transforma desde una estructura
predominantemente helicoidal α hacia la estructura con hoja β de la PrPSc.
PRIONES  Partículas de proteína que carecen de ácido nucleico.
ENCEFALOPATÍAS ESPONGIFORMES TRANSMISIBLES Enfermedades neurodegenerativas mortales
caracterizadas por cambios espongiformes, gliomas astrocíticos y pérdida neuronal originada por el depósito
de agregados proteínicos insolubles en células neurales.

 Enfermedad de Creutzfeldt– Jakob en SH

 Encefalopatía espongiforme en ovejas
 Encefalopatía espongiforme en el ganado vacuno (enfermedad de las vacas locas).
ALZHEIMER
La reaparición del plegado o el plegado erróneo de otra proteína endógena al tejido cerebral de seres
humanos, el amiloide β, es una característica notoria de la enfermedad de Alzheimer. En pacientes con
enfermedad de Alzheimer, las cifras de amiloide β aumentan.

TALASEMIAS Β
Se producen por defectos genéticos que alteran la síntesis de una de las subunidades polipeptídicas de la
hemoglobina.

Colágeno
Los colágenos son una familia de proteínas más abundantes en los mamíferos. Es la más abundante de las
proteínas fibrosas. Es más del 25% de la masa proteica del ser humano.
Son componentes del tejido conectivo como el cartílago los tendones, la matriz orgánica de los huesos y la
córnea.
Las moléculas de tropocolágeno se autoensamblan formando fibras de colágeno.
El colágeno es una estructura repetida de un tripéptido de glicina (35%), alanina (11%), prolina e hidroxiprolina
(21%). Las tres cadenas lineales forman un filamento por individual se enrollan en hélice levógira y las tres en
una triple hélice dextrógira llamado TROPOCOLÁGENO.
Se han observado alteraciones genéticas y metabólicas en el ensamblaje
• SX DE MENKES Pelo rizado y retraso del crecimiento, refleja una deficiencia en la dieta del cobre
requerido en la formación de enlaces covalentes que fortalecen las fibras de colágeno.
• Enfermedades de la maduración del colágeno son: SX DE EHLERS-DANLOS (dan por resultado
articulaciones inmóviles y anormalidades de la piel) y el ESORBUTO causado por deficiencia de vitamina
C.