SÍNTESIS DE ÁCIDOS

NUCLÉICOS Y
PROTEINAS
METABOLISMO
ADN como material genético
■ En eucariontes, como plantas y animales, el ADN se encuentra en el núcleo, una cámara
especializada rodeada de membrana dentro de la célula, así como en ciertos tipos
distintos de organelos (como las mitocondrias y los cloroplastos de las plantas).
■ En procariontes, como las bacterias, el ADN no está encerrado en una envoltura
membranosa, aunque sí se encuentra en una región especializada de la célula llamada
nucleoide
Estructura de los ácidos nucleicos

ADN ARN
Estructura del ADN
■ Formado por dos cadenas o hebras de polinucleótidos enrolladas entre sí para formar una doble
hélice de 2.0 nm de diámetro
■ Dos azúcares desoxirribosa adyacentes se conectan mediante una molécula de ácido fosfórico
unida por enlaces éster al grupo 3'-hidroxilo de un azúcar y al 5'-hidroxílo del otro.
■ Las bases púricas y pirimidínicas están unidas al carbono 1' de los azúcares desoxirribosa y
orientadas hacia la región central del cilindro formado por las dos cadenas.
■ La purina adenina (A) siempre se aparea con la pirimidina timina (T) mediante dos enlaces de
hidrógeno. La purina guanina (G) se aparea con la citosina (C) por tres enlaces de hidrógeno.
■ Las dos cadenas de polinucleótidos encajan de forma muy similar a las piezas de un
rompecabezas, debido al apareamiento de bases, las dos cadenas no están situadas exactamente
una enfrente de la otra en el cilindro helicoidal. Por consiguiente, cuando las cadenas se
retuercen entre sí, el esqueleto forma un surco mayor ancho y otro surco menor más estrecho.
■ La hélice es dextrógira, es decir, las cadenas giran en sentido al de las agujas del reloj. Los dos
ejes son antiparalelos o discurren en direcciones opuestas con respecto a la orientación de sus
azúcares. En una dirección dada, una cadena está orientada de 5' a 3' y la otra de 3' a 5'
Estructura del ARN
■ Tiene una única cadena en lugar de las dos que presenta en la mayoría de los casos el DNA.
■ Las bases púricas y pirimidínicas están unidas al carbono 1' de los azúcares ribosa
■ Las bases púricas son la adenina (A) y la guanina (G). Las bases pirimidínicas son uracilo (U)
y la citosina (C).
■ Una cadena de RNA puede enrollarse sobre sí misma para formar una estructura con forma de
horquilla con apareamiento de bases complementarias y organización helicoidal.
■ Las células contienen tres tipos diferentes de RNA:
– RNA mensajero
– RNA ribosómico
– RNA de transferencia
La organización del DNA en las células
■ Aunque el DNA se encuentra en forma de doble hélice tanto en las células procariotas
como en las eucariotas, su organización es diferente en los dos tipos de células
■ El DNA está organizado en forma de un círculo cerrado en casi todos los procariotas.
Esta doble hélice circular se enrolla aún más en una estructura de DNA superenrollada y
se asocia a proteínas básicas distintas de las histonas que se encuentran asociadas con
casi todo el DNA eucariótico. Estas proteínas de tipo histona parecen ayudar a organizar
el DNA bacteriano en una estructura enrollada similar a la cromatina.
■ El DNA parece mucho más organizado en la cromatina eucariótica y se asocia a
diversas proteínas, entre las cuales las más destacadas son las histonas. Éstas son
proteínas básicas, de pequeño tamaño, ricas en los aminoácidos Usina, arginina, o
ambos. El DNA se enrolla alrededor de la superficie del elipsoide formando un
complejo de histonas y DNA se le denomina nucleosoma.
■ Cuando el plegamiento alcanza un máximo, la cromatina adquiere la forma de los
cromosomas visibles que se aprecian en las células eucariotas durante la mitosis y la
meiosis
 La replicación del DNA
■ Copia del material genético
■ Las propiedades de la replicación son básicamente iguales en todos los seres vivos:
– La replicación es un proceso semiconservador
– La replicación comienza en un punto del ADN.
– La replicación es bidireccional
– La síntesis de ADN se desarrolla en dirección 5' → 3’
– La síntesis de ADN es semidiscontinua.
Modelos de síntesis del DNA
■ Watson y Crick
– Formularon la hipótesis de que las dos cadenas de la doble hélice se desenrollan y
se separan una de la otra.
– Los nucleótidos libres se alinean entonces a lo largo de las dos cadenas parentales
mediante el apareamiento de las bases complementarias: A con T, G con C .
– La unión de estos nucleótidos por acción de una o más enzimas origina dos
réplicas, cada una de las cuales contiene una cadena de DNA parental y una
cadena de nueva formación.
– La investigación posterior ha demostrado que la hipótesis de Watson y Crick era
correcta.
https://www.youtube.com/watch?v=uEwyWgSvLc0
Mecanismo de replicación del DNA
■ Bidireccional
– Replicación de un genoma bacteriano circular. Dos horquillas de replicación se
mueven alrededor del DNA y forman estructuras intermedias con forma de la letra
griega theta. La doble hélice de DNA recién replicada se ha representado en color
rojo.
■ Circulo rodante
– Modelo de replicación del círculo rodante. Se produce un corte de una cadena,
generando una cola de cadena sencilla, a menudo presente en más de una copia
por genoma, que puede convertirse en cadena doble (bicatenaria) mediante la
síntesis de una cadena complementaria. El «extremo libre» de la cadena del
círculo rodante probablemente está unido al primosoma.
https://www.youtube.com/watch?v=Xfn8EKJmmVQ
Transcripción del DNA o síntesis del RNA
■ La síntesis de RNA bajo la dirección del DNA se denomina transcripción. El RNA
producido tiene una secuencia complementaria al DNA molde que dirige su síntesis.
■ La timina no se suele encontrar en el mRNA ni en el rRNA. Aunque la adenina dirige la
incorporación de timina durante la replicación del DNA, suele codificar uracilo durante
la síntesis de RNA.
■ La transcripción origina tres clases de RNA:
– El RNA mensajero lleva el mensaje para la síntesis de proteínas.
– El RNA de transferencia (tRNA)-transporta los aminoácidos durante la síntesis
proteica
– El RNA ribosómico (rRNA) que son componentes de los ribosomas.
Transcripción en procariotas
■ El mRNA procariótico es un RNA de cadena simple (RNA monocatenario) de una longitud
variable, que contiene instrucciones para la síntesis de uno a muchos polipéptidos.
■ El RNA mensajero se sintetiza bajo la dirección del DNA mediante la enzima RNA
polimerasa.
■ La síntesis de RNA, se produce en dirección 5' a 3', de forma que se añaden nuevos
nucleótidos al extremo 3' de la cadena en crecimiento a una tasa de aproximadamente 40
nucleótidos por segundo a 37 °C.
■ La RNA polimerasa abre o desenrolla la doble hélice para formar una burbuja de
transcripción, de unos 12 a 20 pares de bases de longitud, y transcribe la cadena codificante
para producir un transcrito de RNA que es complementario y antiparalelo al DNA
codificante. La subunidad a parece participar en el ensamblaje del núcleo de la enzima, en el
reconocimiento de los promotores y en la interacción con algunos factores reguladores.
■ La región del DNA a la que se une la RNA polimerasa con la ayuda del factor sigma se
denomina promotor. La secuencia del promotor procariótico no se transcribe.
■ Una secuencia TATAAT o caja de Pribnow se sitúa unos 10 pares de bases antes del
punto de inicio de la transcripción. La RNA polimerasa reconoce estas secuencias, se
une al promotor y desenrolla un segmento corto de DNA comenzando alrededor de la
caja de Pribnow. La transcripción comienza a 6 ó 7 pares de bases del extremo 3' del
promotor.
■ La RNA polimerasa permanece en el promotor mientras sintetiza una cadena de unos 9
nucleótidos de longitud; a continuación comienza a desplazarse a lo largo de la cadena
codificante.
■ La primera base utilizada en la síntesis de RNA suele ser una purina, ATP o GTP.
También deben existir señales de terminación que identifiquen el final de un gen o de
una secuencia de genes para detener la transcripción por la RNA polimerasa. Los
terminadores procarióticos contienen a menudo una secuencia que codifica un segmento
de RNA que puede unir hidrógeno para formar una estructura de tronco y lazo con
forma de horquilla. Esta estructura parece provocar la detención o interrupción de la
transcripción de DNA por la RNA polimerasa.
Transcripción en eucariotas
■ Existen tres RNA polimerasas principales, no sólo una como ocurre en los procariotas:
– La RNA polimerasa II, asociada a la cromatina en la matriz nuclear, es responsable de la síntesis del
mRNA.
– Las polimerasas I y III sintetizan rRNA y tRNA, respectivamente
■ La polimerasa se une cerca del punto de inicio; los factores de transcripción se unen al resto del promotor.
■ El mRNA eucariótico se produce por la modificación postranscripcional de grandes precursores de RNA,
denominados moléculas de RNA nuclear heterogéneo (hnRNA). Éstas son los productos de la actividad de
la RNA polimerasa II. Tras la síntesis del hnRNA una endonucleasa separa el RNA precursor para producir
el grupo 3'-OH apropiado.
■ A continuación, la enzima poliadenilato polimerasa cataliza la adición de ácido adenílico al extremo 3' del
hnRNA para producir una secuencia poli-A de unos 200 nucleótidos de longitud. Finalmente, el hnRNA se
separa para originar el mRNA funcional.
■ La secuencia o cola poli-A protege al mRNA de la degradación enzimática rápida. La cola poli-A también
parece ayudar a la traducción del mRNA. El 5' cap en los mensajeros eucarióticos puede promover la unión
inicial de los ribosomas al mensajero. El cap también puede proteger al mensajero del ataque enzimático.
■ Muchos genes eucarióticos están «salteados» o interrumpidos, lo que da lugar a otro tipo de
procesamiento postranscripcional. Los genes «salteados» o interrumpidos tienen exones
(secuencias expresadas), que son regiones que codifican RNA que está presente en el RNA final.
Los exones están separados entre sí por intrones (secuencias intercaladas), que son secuencias que
codifican un RNA que falta en el producto final.
■ El transcrito inicial de RNA contiene las secuencias intrónicas presentes en el gen interrumpido.
Los genes que codifican rRNA y tRNA también pueden estar interrumpidos. Los intrones se
eliminan del transcrito inicial de RNA mediante un proceso denominado procesamiento o
maduración por corte y empalme del RNA.
■ Los límites del intrón deben estar claramente definidos para que su eliminación sea precisa, y así
ocurre en realidad. Las uniones exón-intrón tienen una secuencia GU en su extremo 5' y, una de
corte y empalme y garantizan la precisión del proceso de maduración del RNA. secuencia AG en
su extremo 3'. Estos dos extremos definen las uniones de corte y empalme, y son reconocidas por
moléculas de RNA especiales.
■ La maduración del pre-mRNA se produce en un complejo de gran tamaño denominado partícula
procesadora que contiene el pre-mRNA, snRNP (RNA nuclear pequeño) de al menos cinco clases
y factores de maduración distintos a snRNP.
■ El propio RNA cataliza la reacción de maduración, denominándose ahora ribozima.
https://www.youtube.com/watch?v=LAKfn2aRDuA
Síntesis de las proteínas
■ El paso final de la expresión génica lo constituye la síntesis de las proteínas o
traducción.
■ La secuencia de nucleótidos del mRNA se traduce en la secuencia de aminoácidos de
una cadena polipeptidíca.
■ Los polipéptidos se sintetizan mediante la adición de aminoácidos al extremo de la
cadena que tiene el grupo oc-carboxilo libre. Por lo tanto, la síntesis de polipéptidos
comienza en el aminoácido del extremo de la cadena que tiene el grupo amino libre (el
N-terminal) y se dirige en la dirección del C-terminal.
■ Los ribosomas son el lugar donde se produce la síntesis de proteínas. La síntesis de las
proteínas no sólo es muy exacta, sino que también es muy rápida.
RNA de transferencia y activación de los aminoácidos
■ La primera etapa de la síntesis de
las proteínas es la activación de
los aminoácidos, un proceso en
el cual las moléculas de RNA de
transferencia se unen a los
aminoácidos.
■ La estructura del tRNA queda
más clara cuando su cadena se
pliega de forma tal que se
obtiene el máximo número de
bases apareadas, lo que da lugar
a una conformación en hoja de
trébol de cinco brazos o lazos.
■ El tronco del brazo aceptor o brazo del
aminoácido se une al aminoácido
activado en el extremo 3' del tRNA. El
extremo 3' de todos los tRNA tiene la
misma secuencia —C—C—A; el
aminoácido se une al ácido adenílico
terminal.
■ En el otro extremo de la hoja de trébol
se encuentra el denominado brazo
anticodón, que contiene el triplete
complementario (anticodón) del triplete
del mRNA (codón).
■ Existen otros dos brazos grandes: el
brazo D tiene una pirimidina
infrecuente, la dihidrouridina, y el
brazo T tiene ribotimidina (T) y
pseudouridina (4*), ambas exclusivas
del tRNA
■ La reacción concluye cuando el
producto pirofosfato se hidroliza en dos
ortofosfatos.
El ribosoma
■ El proceso de síntesis proteica en sí tiene lugar en los ribosomas, que sirven de cadenas de
trabajo
■ El ribosoma procariótico es un orgánulo extraordinariamente complejo compuesto de una
subunidad 30S y de una subunidad 50S, Cada subunidad está formada por una o dos
moléculas de rRNA y muchos polipéptidos.

■ La región del ribosoma directamente responsable de la traducción se denomina dominio

■ La cadena peptídica en crecimiento surge de la subunidad grande en el dominio de
salida. Éste se localiza en la cara de la subunidad situada frente a la protuberancia
central, tanto en los procariotas como en los eucariotas.
Iniciación de la síntesis proteica
■ La células bacterias inician la síntesis proteica con un aminoacil-tRNA modificado de
forma especial, el V-formilmetionil-tRNA
■ Cuando la metionina es la que va a añadirse a la cadena polipeptídica en crecimiento, se
emplea metionil-tRNAMel normal
■ El iniciador A'-formilmetioniltRNAtMet (fMet-tRNA) se une a la subunidad 30S libre.
Inmediatamente después, el mRNA se une a la subunidad 30S y se coloca adecuadamente
mediante interacciones con el extremo 3' del rRNA 16S y con el anticodón del fMettRNA
■ Los mensajeros tienen un codón de iniciación especial (AUG o en ocasiones GUG) que se
une de forma específica al anticodón del fMet-tRNA. Finalmente, la subunidad 50S se une
al complejo subunidad 30S-mRNA, formando un complejo ribosoma-mRNA activo.
■ El fMet-tRNA se coloca en el sitio peptidil o sitio P.
■ La iniciación en eucariotas parece comenzar con la unión de un iniciador especial Met-
tRNA a la subunidad pequeña, seguida de la unión del mRNA.
■ En los procariotas son necesarios tres factores de iniciación de las proteínas:
– El factor de iniciación 3 (IF-3) evita que la subunidad 30S se una a la subunidad
50S y favorece la unión del mRNA apropiado a la subunidad 30S.
– El IF-2. el factor de iniciación, se une a GTP y a fMet-tRNA y dirige la unión de
fMet-tRNA a la subunidad 30S. El GTP se hidroliza durante la asociación de las
subunidades 50S y 30S.
– El tercer factor de iniciación, el IF-1, parece ser necesario para liberar el IF-2 y
GDP del ribosoma 70S completado. El IF-1 también puede ayudar en la unión de
la subunidad 50S a la subunidad 30S.
■ Los eucariotas requieren más factores de iniciación; por lo demás, el proceso es bastante
similar al de los procariotas.
Elongación de la cadena polipeptídica
■ Cada aminoácido que se añade a una cadena polipeptídica en crecimiento es el resultado
de un ciclo de elongación formado por tres fases:
– La unión del aminoacil-tRNA,
– La reacción de transpeptidación
– La traslocación
■ El ribosoma tiene tres sitios para unir tRNA:
– 1) el sitio peptidil o donador (el sitio P)
– 2) el sitio aminoacil o aceptor (el sitio A),
– 3) el sitio de salida (el sitio E).
■ Al inicio de un ciclo de elongación, el sitio donador está ocupado por Nformilmetionil-
tRNA™" o por peptidil-tRNA, mientras que el sitio aceptor y el de salida están vacíos.
■ La primera fase del ciclo de elongación es la fase de unión del aminoacil-tRNA. El
aminoacil-tRNA correspondiente al codón se inserta en el sitio A. Para que esta
inserción se lleve a cabo se necesitan GTP y el factor de elongación EF-Tu, que dona el
aminoacil-tRNA al ribosoma. Cuando el GTP está unido al EF-Tu, la proteína se
encuentra en su estado activo y lleva el aminoacil-tRNA al sitio A.
■ A esto le sigue la hidrólisis del GTP, y el complejo EF-Tu-GDP abandona el ribosoma.
EF-Tu-GDP se convierte en EF-TuGTP con la ayuda de un segundo factor de
elongación, el EF-Ts. Posteriormente, otro aminoacil-tRNA se une al EF-TuGTP
■ El aminoacil-tRNA que se une
al sitio A inicia la segunda fase
del ciclo de elongación, la
reacción de transpeptidación.
Este proceso está catalizado por
la peptidil transferasa, que se
localiza en la subunidad 50S. En
esta reacción, el grupo a-amino
del aminoácido del sitio A
realiza un ataque nucleofílico al
grupo oc-carboxilo del
aminoácido C-terminal del
tRNA del sitio P La cadena
peptídica crece en un
aminoácido y es transferida al
tRNA del sitio A.
■ La fase final en el ciclo de elongación es la translocación. Ocurren de forma simultánea
tres procesos:
– 1) el peptidil-tRNA se desplaza del sitio A al sitio P
– 2) el ribosoma desplaza un codón a lo largo del mRNA para que un nuevo codón
se sitúe en el sitio A
– 3) el tRNA vacío abandona el sitio P. En lugar de ser expulsado inmediatamente
del ribosoma, el tRNA vacío se desplaza del sitio P al sitio E y a continuación
abandona el ribosoma.
Terminación de la síntesis proteica
■ La síntesis proteica se detiene cuando el ribosoma alcanza uno de los tres codones sin
sentido: UAA, UAG y UGA
■ Tres factores de liberación (RF-1, RF-2 y RF-3) ayudan al ribosoma a reconocer estos
codones. Una vez que el ribosoma se detiene, la peptidil transferasa hidroliza el péptido
libre de su tRNA y se libera el tRNA vacío. La hidrólisis de GTP parece ser necesaria
durante esta secuencia, aunque es posible que no lo sea para la terminación en los
procariotas.
■ A continuación, el ribosoma se disocia de su mRNA y se separa en las subunidades 30S
y 50S. El IF-3 se une a la subunidad 30S y evita que vuelva a asociarse con la
subunidad 50S hasta que se alcance la etapa apropiada de la iniciación. Así, las
subunidades ribosómicas se asocian durante la síntesis proteica y se separan después.
■ La terminación de la síntesis de proteínas en eucariotas es similar, excepto en que sólo
parece ser activo un factor de liberación. La síntesis de proteínas es un proceso muy
caro. Probablemente se utilizan 3 moléculas de GTP durante el ciclo de elongación y
para la activación de los aminoácidos se requieren dos enlaces ATP de alta energía.
https://www.youtube.com/watch?v=kkpHy7nH3Dk
https://www.youtube.com/watch?v=7Hk9jct2ozY