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Las dos cadenas de la doble hélice, cada una de las cuales posee una polaridad, son
antiparalelas, es decir, una cadena va en dirección 5´a 3´y la otra va en dirección 3´a 5
´.
En las bacterias y virus animales, que carecen de segmentos de DNA basura o sea sin
función, el DNA o cromosoma se halla retorcido sobre su propio eje, formando una
estructura superenrrollada o en superespiral, lo que se debe a la acción de enzimas
bacterianas denominadas topoisomerasas, que se encargan de los cambios
topológicos del DNA utilizando energía proveniente de ATP, como la girasa bacteriana.
También se ha descrito, las repeticiones invertidas o DNA plegado hacia atrás que
contiene 100 a 1000 pares de bases de función desconocida.
La forma B tiene una doble hélice a la derecha con 10 pares de bases (pb) en cada
vuelta de la hélice. Cada par de bases se extiende 0.34 nm a lo largo del eje, de modo
que para calcular el largo del DNA se multiplica el número de bases por 0.34 nm. El
genoma humano haploide humano contiene consiste en 2.9 miles de millones de pares
de bases, y el núcleo de cada célula contiene alrededor de 2 m de DNA diploide.
Proteinas y DNA.-
Por otra parte por estudios con Microscopía electrónica, se ha determinado que la
cromatina presenta regiones de condensación esférica densa llamada nucleosomas
que se conectan por filamentos de DNA. En estos nucleosoma, se encuentran
aproximadamente cada 200 pares de bases, de los cuales alrededor de 160 se
encuentran enrollados alrededor de 8 moléculas de proteína llamada histona (H1).
Las histonas H2A, H2B, H3, H4 son proteínas de carácter básico fuertemente
catiónico. Son ligeramente ricas en lisina las dos primeras y ricas en arginina las dos
segundas, y se conectan por enlaces covalentes. H2A y H2B forman dímeros
mientras que H3-H4 forman un tetrámero, que como hemos señalado se enrollan al
DNA. Esta unión histona- DNA, se lo hace por medio de enlaces salinos y por
atracción, ya que las histonas son catiónicas y el DNA fuertemente aniónico. Se han
descrito varias funciones de las histonas:
Las histonas acetiladas se asocian con el proceso de activación y
desactivación de la transcripción de genes.
Como se mencionó antes, cada gen representa un segmento de DNA, por lo que la
suma de todos los segmentos de DNA presentes en el huevo fertilizado, representa la
información genética trasmitida del progenitor a sus descendientes. Aunque todos los
individuos comparten el mismo número de genes, poseen también versiones un tanto
diferentes (alelos) de muchos genes, que determinan las características de cada ser
humano.
Hay que advertir que el DNA se interrumpe en el genoma, por regiones intermedias
que no codifican y a los que se llaman intrones, mientras que las regiones continúas
de codificación se denomina exones. Es lógico que durante la replicación del DNA los
intrones deban ser eliminados.
Los segmentos del DNA clonado se los incluye en un mapa físico por la secuencia de
nucleótidos. En 1999 se secuencio el cromosoma 22, encontrándose que está
constituido por 33,4 x 106 pares de bases, y que este cromosoma contiene al menos
545 genes.
El azúcar es la ribosa
Contiene la base uracilo en lugar de la timidina del DNA
El RNA existe como una sola cadena, pero que es capaza de doblarse sobre sí
mismo
Su contenido de guanina no necesariamente es igual al de citocina. Ni de
adenina al de uracilo.
Es una estructura altamente sensible a los álcalis
Las moléculas de RNA sonde una sola cadena excepto en algunos virus
Un rasgos característico y singular del RNA, es que todas sus formas no solo tienen
funciones estructurales, sino que también participan en la síntesis de proteínas., e
incluso algunas de ellas tienen actividad catalítica llamadas ribozimas. Se ha descrito
la presencia de un RNA pequeño (sn RNA) constituido por 90 a 300 nucleótidos, que
no tiene actividad en la síntesis proteica, pero que participa en el procesamiento del
RNA. Algunas moléculas de RNA son portadoras intermediarias de la información en
la síntesis de proteína, mientras que otras moléculas de RNA son parte de la
maquinaria de dicha síntesis.
Tipos de RNA.-
Se han descrito tres formas de RNA: RNA mensajero (m RNA), RNA de transferencia
(t RNA), RNA ribosomal (r RNA); todos ellos se sintetizan sobre un molde de DNA
mediado por la RNA polimerasa, de modo que en realidad son secuencias
complementarias de ella.
RNA pequeño estable: sus formas llamadas U1, U2, U4, U5 intervienen en la
remoción de los intrones y para el procesamiento del Poli A. Se halla formado
por cerca de 100 a 300 pares de bases.
Semejanzas:
Diferencias:
o DNA duplicación y transcripción. RNA solo por transcripción
o DNA tiene como producto una parte de la doble cadena (duplex), mientras el
RNA es de cadena simple
o DNA puede estar sujeto a corrección. EL RNA carece de este mecanismo
o DNA requiere de proteínas para iniciar la duplicación. El RNA no requiere de
igual cantidad
o RNA polimerasa puede iniciar la transcripción. La DNA polimerasa es incapaz
de hacerlo.
o El iniciador de RNA para la duplicación es la primasa. EL DNA carece de esta
enzima
o Se utilizan 2 ATP para la incorporación de cada nucleótido al RNA, mientras
que la síntesis de DNA por lo menos 3 enlaces de energía por nucleótido
incorporado
o La frecuencia de errores para la síntesis de DNA es de 1 x 10 9 en el DNA
mientras que los errores en el RNA son de 1 x 104-5.
o LA RNA polimerasa carece de actividad exonucleasa ( restrictora o correctora),
mientras que las DNA polimerasa si tienen actividad correctora
o Las DNA polimerasas son múltiples, mientras que las RNA polimerasas son de
tres tipos.
Las células humanas contienen por lo menos cinco DNA polimerasas designadas
como alfa, beta, gamma, delta, elipson, que se localizan en el núcleo excepto la
fracción gamma de origen mitocondrial. Todas ellas designadas como metaloenzimas
por contener zinc en su molécula, catalizan una sola reacción el alargamiento de la
cadena de DNA, pero de igual modo, todas ellas carecen de actividad reparadora de
exonucleasas 5`3`. Las fracciones gamma, delta y elipson tiene función de
exonucleasa 5`3`, es decir, detectan, interrumpen y escinden un nucleótido mal
emparejado en dirección 3´,5´.
Las DNA Ligasas son un grupo de enzimas que catalizan la formación de un enlace
fosfodiéster, entre el 3ÓH libre y el grupo 5 fosfato. El duplex o doble cadena de DNA,
adquiere una muesca o corte durante el proceso de replicación, sea por acción de
endonucleasas o por hidrólisis no enzimàtica. Entonces el DNA cortado se une al ATP
por transferencia del grupo adenilo al 5`fosfato, formado un fosfato activado, que
reacciona con el 3`OH libre para formar el enlace fosfodiéster. En este proceso
mediado por DNA ligasa se necesitan:
2 enlaces de alta energía para convertir el AMP en ATP
2 enlaces de alta energía para la reacción de la DNA ligada
1 enlace de alta energía para la activación del fosfato
Las DNA topoisomerasas son un grupo de enzimas que catalizan la ínter conversión
de isómeros de DNA. Durante la duplicación se añaden 10 nucleótidos, lo que hace
que el DNA que sirve de molde para formar una nueva hebra de DNA gire una vuelta
completa y se superenrrolle, pero gracias a la DNA topoisomerasa no lo hace
(superenrrollamiento negativo). Blanco del ataque por parte de ciertos antibióticos y de
agentes anticancerígenos cumple con las siguientes funciones:
Altera la estructura superhelicoidal del DNA (topología)
Participa del fenómeno de la transcripción (DNA---RNA)
Regula la condensación y descondensación el DNA
Replicación.-
Durante el proceso, la molécula madre tiene que desenrollarse o sea relajarse para
lograr la apertura de la doble hélice, lo que se logra por acción de las topoisomerasas.
La topoisomerasa I corta una de las dos hebras y las de tipo II cortan ambas hebras.
La separación de ambas hélices la realizan las helicasas, de las cuales se une una
molécula a cada hebra y van avanzando en dirección 5´3´ y la otra en dirección 3´5´
separando las dos hebras. Una vez que las hebras se han separado unas proteínas
denominadas SSB une a la hebras impidiendo que se vuelvan a formar puentes de
hidrógeno entre las bases complementarias.
Las DNA polimerasas, polimerizan el DNA añadiendo nucleótidos al extremo OH de
una hebra preexistente en sentido 5´-3´. Los precursores son los
trifosforribonucléotidos dATP, dGTP, dCTP y dTTP, de los cuales la DNA polimerasa
escoge el nucleótido complementario al que corresponde en la hebra molde o madre,
lo une al nucleótido de hebra hija y realiza el enlace fosfodiéster con liberación de PP.
En forma esquemática
la replicación siguen los
siguientes pasos:
Desenrrollamiento
por
topoisomerasas
Apertura de
horquilla por
helicasas
Iniciación con
un cebador de
RNA
Replicación de DNA a partir del cebador por DNA polimerasas, mientras se
sigue abriendo la doble hélice
Se inicia un nuevo fragmento de Okazaki con un nuevo cebador
Conformación de dos fragmentos de Okazaki con sus cebadores
Continúa la elongación por polimerización y apareamiento de bases
Se elimina el primer cebador
El hueco dejado por el cebador se rellena con DNA
Los enlaces 5´3´ fosfodiéster se sellan con DNA ligasa
La replicación continúa hasta su término.
Un dato de interés médico es el caso del los retrovirus, a cuya familia pertenece el
Virus de inmunodeficiencia adquirida (SIDA), en los cuales su genoma está constituido
por RNA, pero para replicarse se transforma primero en DNA mediante la enzima la
transcriptasa inversa. De modo que cuando el virus infecta a una célula, la enzima
sintetiza primero DNA de una sola hebra tomando como molde el RNA, con lo que se
forma un intermediario híbrido DNA-RNA, y luego da paso al DNA de doble cadena
Esta molécula de DNA puede replicarse libremente o puede integrarse dentro del DNA
del huésped, desencadenando sus efectos mortales.
Por otra parte el DNA está sujeto a cambios, es decir a mutaciones. Las sustituciones
de nucleótidos cambian un par de bases por otro par de bases. A su vez se clasifican
en transiciones, cuando se sustituye una purina por otra purina y una pirimidina por
otra pirimidina, y transversiones cuando se cambia una pirimidina por una purina y una
purina por una pirimidina. Hay por tanto cuatro transaciones posibles y ocho
trasnversiones:
Las radiaciones como los rayos x, alfa, beta, gamma son agentes mutagénicos, en los
que el desplazamiento de electrones determina la formación de átomos excitados o
ionizados que pueden inducir la formación de radicales libres que afectan al DNA. El
efecto de la radiación que es de carácter acumulativo, está relación directa con la
dosis de radiación. La luz ultravioleta es una radiación no ionizante que también
produce mutaciones, puesto que las bases nitrogenadas absorben la radiación,
formando dímeros entre dos pirimidinas adyacentes en la misma hebra, casi siempre
dos timiditas, lo que impide la replicación cromosómica completa.
Un tercer grupo capaz de producir mutaciones, son los agentes intercalantes, llamados
sí por introducirse en la apila de bases nitrogenadas del DNA provocando dobleces en
las hebras y por tanto adiciones o deleciones cuando se repliquen.
Traduccion de la Información.-
En el primer paso el ATP se utiliza para activar al aminoácido. El PPi formado se utiliza
en la segunda reacción para forzar la producción de productos. Se inicia entonces, la
síntesis de una cadena de polipéptidos en varios pasos: inicio, alargamiento y
terminación.
Por su parte el ribosoma posee dos sitios especiales, uno denominado sitio A
(aminoacilo) en el que entra el aminoacil RNAt al complejo RNAm ribosómico y un sitio
P (peptidilo) donde el RNAt dona aminoácidos a la cadena en crecimiento.
De los 64 posibles codones, tres son codones de paro o terminación del ensamble:
UAA, UAG y UGA que detienen la elongación y liberan el polipéptido formado, en una
acción sinérgica con los factores de liberación (FLe en las eucariotas).Una forma de
terminación temprana, ocurren por cambios en una sola base en la fase final, como
ocurre con las mutaciones sin sentido, lo que ocasiona la formación de proteínas
terminadas parcialmente y que ocasionan enfermedad.
Replicación DNA.-
Es un proceso en el cual se copia el DNA, de manera semiconservativa y bidireccional.
Es un mecanismo igual para procariotas y eucariotas con una diferencia en las
proteínas que participan.
En toda célula que va a dividirse, la cromatina debe duplicarse por igual entre las
células hijas. Cada cromátida tiene solo una doble hélice de DNA (teoría del
monofilamento) y en cada cromática de un cromosoma la doble hélice presenta una
cadena vieja una cadena nueva.
Reparación DNA
У En mitocondria. Replicación mitocondrial
б
ε
Las formas Delta y elipson funcionan en la replicación del DNA.
Las RNA polimerasas difieren de las DNA polimerasas, porque pueden iniciar la
síntesis en ausencia de cebador.
Estudios con timidina marcada indican que en el DNA tiene dos sitios donde la síntesis
de DNA es activa y a los cuales se les denomina punto de origen ORI, que es un lugar
del cromosoma con gran contenido en A y T. A este sitio más comúnmente se le
denomina horquilla de replicación siendo un punto en el cual las hebras de la doble
cadena se separan.
Abierta la doble cadena, la hebra con sentido 5´-3´ sirve de molde para la replicación
de la hebra complementaria y se denomina hebra conductora. La DNA polimerasa
sintetiza las cadenas complementarias a la hebra molde formando dos copias, una
continua que se forma por agregación de los nucleótidos correspondientes a partir de
la terminación 3´ formando la cadena antiparalela de 3´a 5´. Sin embargo nótese que
queda otra hebra madre con sentido 3´a 5´ y la célula es incapaz de seguir con este
sentido.
Lo que hace la célula, es utilizar un corto RNA específico de 10 pb denominado RNA
cebador y solo así activar la acción de la DNA polimerasa. El RNA cebador de 3 a 10
nucleótidos, es generado por la RNA primasa (sintetizadora de RNA), por la
polimerasa alfa y un conjunto de proteínas de enganche de carga o RFC o factor de
replicación C (reconoce y se une al DNA del molde y el cebador) y las proteínas de
enganche deslizante o PCNA o antígeno de cadena de proliferación celular que une a
las proteínas formando un cuello alrededor de la hebra molde para lograr sostener la
síntesis ininterrumpida de nucleótidos. Esta enzima se une directamente a la DNA
helicasa formando un complejo denominado primosoma que se va desplazando con la
cadena en formación.
Una vez que se forman los fragmentos de Okazaki, los fragmentos cortos de RNA son
eliminados por acción de una RNAasa.
Queda entonces un espacio que es rellenado con DNA por la polimerasa delta. Este
DNA de relleno finalmente se une a la hebra retrazada o tardía por acción de la DNA
ligasa.
En el final de la hebra antigua queda una zona denominada telómero, que no tiene su
dupla en la hebra discontinua y que es eliminada por las topoisomerasa 4.
Transcripción.-
La reacción general es: ATP, GTP, CTP, UTP RNA polimerasa+ Mg++ RNA
+ PPi
La biosíntesis de RNA involucra 4 pasos:
- Iniciación
- Elongación
- Terminación
- Liberación
Una vez liberado el factor sigma, continúa la elongación de la cadena nueva gracias a
los factores de elongación que son proteínas auxiliares de la polimerasa II. Para ello el
promotor ubica entre las bases 24 y 32 hacia arriba a partir del sitio en el cual se inicia
la transcripción.
Esta región contiene una secuencia de bases única, conocida como el compartimento
TATA BOX (5´TATAAA-) que no es otra cosa que el sitio donde se ensambla un
complejo preinicial que contiene los factores generales de transcripción, la polimerasa
y es rico en timina adenosina. La Caja TATA se sitúa 25 nucleótidos por arriba o
delante del sitio de iniciación
Para la terminación al RNA nuevo se añade una cola de unos 200 nucleótidos de
adenina, la cola de POLI A, agregada por la enzima poli A polimerasa, que sirve para
que el RNA no sea destruido por las nucleasas celulares. Este paso es reconocido por
el factor p, el cual identifica el extremo del gen y provoca la disociación del complejo
en la fase 4. De lo indicado se deduce que todos los RNA nuevos tiene dos
características en común a) un grupo fosfato termina y b) una adenina o guanina 5´
terminal.
El transcrito primario producido por una RNA polimerasa II, cumple con tres funciones:
A. Interviene en la exportación del RNAm al citoplasma
B. Contribuye a la estabilidad del RNAm en el citoplasma
C. Sirve de señal de reconocimiento al ribosoma
Finalmente las moléculas de RNA maduras pasan al citoplasma por los poros
nucleares, cuyas proteínas lo reconocen y lo llevan citoplasma por un proceso de
transporte activo. Una vez en el citosol el RNA m se une a los ribosomas para la
traducción a proteínas.
Todos los RNAt poseen una secuencia CCA en su extremo 3´ al cual los aminoácidos
se unen a la ribosa de la adenosina terminal en forma covalente. De modo que la
secuencia del RNAm es reconocida por el ANTICODON del RNAt. La unión de un
aminoácido a su RNAt específico es mediado por un grupo de enzimas denominado
AMINOACIL RNAt sintetasa, cada una de las cuales reconoce un aminoácido
específico y al RNAt que debe unirse. Para ello el aminoácido es activado por el ATP
(ATP---AMP), formándose un intermediario AMINOACIL AMP. Este aminoácido
activado se une posteriormente al extremo 3´ del RNAt. Por la complementariedad de
las bases entre el codón del UNAM y el anticodón del RNAt.
La traducción no empieza en el extremo 5´ del UNAM, sino que tiene lugar en un lugar
específico de iniciación. De modo general, los extremos 5´ de eucariotas y procariotas
tienen secuencias no codificadoras a las que se conoce como REGIONES 5´ NO
CODIFICANTES. Sin embargo, los RNAmde eucariotas normalmente CODIFICAN
UNA SOLA CADENA POLIPEPTIDICA, mientras que las procariotas codifican
múltiples polipéptidos por tener distit6nos sitios de iniciación. A estos RNAm que
codifican varios polipéptidos se denominan POLICISTRONICOS, mientras que a los
que codifican un solo polipéptidos se les llama MONOCISTRONICOS. Finalmente el
extremo 3´ de eucariotas como de procariotas terminan en regiones no codificantes.
Mecanismo de la Traducción.-
2. Elongación: para ello es necesario indicar que el ribosoma tiene tres sitios
para la unión del RNAt, denominados lugar P (peptidil), A (aminoacil) y E
(liberación). El metionil RNAt iniciador se une al sitio P. El siguiente aminoacil
RNAt se une al sitio A por emparejamiento con el segundo codón del
mensajero requiriéndose para ello la presencia de un factor de elongación
conocido como EF1α El momento en el cual se acopla al sitio correcto el
aminoacil, el GTP es hidrolizado, con el objetivo de proveer energía y chequear
una correcta unión codón anticodón antes que se forme el primer enlace
peptídico, entre los dos primeros aminoácidos. Es decir, el enlace peptídico se
establece entre, el metionil RNAt iniciador en el sitio P y el segundo aminoacil
RNAt en el sitio A.
Uno de los descubrimientos importantes acerca de los genes, fue que pueden experimentar
cambios, llamados mutaciones. Ahora se sabe que las mutaciones son causadas por cambios
en la secuencia de los nucléotidos del DNA. Sin embargo, la tasa global de mutaciones
observadas es mucho menor que la frecuencia de daños al DNA, porque todos los organismos
tienen sistemas especiales de enzimas que pueden reparar determibnados tipos de alteraiones
en el ácido desoxirribonucleico DNA.
Una vez que la secuencia del DNA se modifica, la duplicación del DNA copia, se lee la
secuencia alterada como si se tratara de la secuencia normal, y estabiliza la mutación por una
cantidad indefinida de generaciones. En la mayor parte de los casos el gen mutante no
presenta mayor tendencia que el gen original a mutar de nuevo.
Las mutaciones suministran la diversidad de material genético que permite estudiar la herencia
y la naturaleza molecular de los genes, las mutaciones también causan la variación necesaria
para que ocurra la evolución en una especie dad.
Tipos de Mutaciones.-
Las mutaciones pueden modificar los genes de diversas maneras, el tipo más sencillo de
mutación es la mutación puntual ó mutación por sustitución de bases y la otra forma más
conocida son las mutaciones por corrimiento del marco de lectura.
La sustitución de bases que dan por resultado la sustitución de un aminoácido por otro algunas
veces se denomina mutaciones de sentido falso, tales mutaciones pueden tener una amplia
variedad de efectos, si la sustitución de aminoácidos ocurre en el sitio activo de una enzima ó
cerce de él, la actividad de la proteina alterada puede disminuir ó incluso desaparecer. Algunas
mutaciones de este tipo pueden ser silenciosas o no detectables, cundo menos si solo se
examinan los efectos sobre el organismo en conjunto.
Las mutaciones sin sentido son sustituciones de bases que convierten un codón que especifica
un aminoácido en un codón de terminación. Una mutación de este tipo suele inutilizar el
producto génico; en el caso de un gen que especifica una proteína, la prte de la cadena
polipéptidica posterior al codón de teminación está ausente.