Biología Molecular

Dra. Nydia Córdova Pérez

Ciudad de México a 15 de Marzo del 2019
Alumna de Doctorado en Ciencias químico-biológicas, ENCB, IPN.
 Biología Molecular

Es el estudio de la biología a nivel celular y sus

componentes. Este campo se entrelaza con otras áreas
de biología y química, particularmente con genética y
bioquímica.
El ADN: molécula que conforma a los
cromosomas

1869 (Friedrich Meischer): Identifica el ADN

(nucleína).

1928 (Fred Griffith): El ADN de bacterias

virulentas transmite el carácter a bacterias no
virulentas.

1952 (Hershey y Chase): Confirman al ADN

como la molécula de la herencia.

1953 (Watson y Crick): Modelo de la doble

hélice del ADN.
 Estructura del ADN
El Ácido Desoxirribo Nucléico (ADN) contiene toda la
información genética de un organismo.

Composición:
• Dos cadenas exteriores formadas por residuos de
azúcar (desoxirribosa, 5 carbonos) y fosfato
alternados.
• Cada residuo de azúcar, en el carbono 1', se
encuentra unido a una de las siguientes cuatro
bases: adenina (A), citosina (C), guanina (G) y
timina (T).
• Ambas cadenas se mantienen unidas por medio de
enlaces entre las bases; la adenina se enlaza con la
timina, y la citosina se enlaza con la guanina.
• Las cadenas funcionan en dirección opuesta y son
antiparalelas entre sí.
 Bases Nitrogenadas
Anillos heterocíclicos de átomos de carbono y nitrógeno.
 Estructura del ADN
El ADN es un polímero nucleotídico, los cuales son la unidad de repetición básica
de los ácidos nucleicos. Está formado por un azúcar, una base nitrogenada y un
grupo fosfato.
 Código genético
• Es la forma en que se lee la información guardada en el ADN.
• La información guardada en el ADN se copia en un segmento de ARN
mensajero. Un triplete de bases o codón representa un aminoácido del
polipéptido que se va a sintetizar.
• El conjunto de todos los codones se conoce como código genético.
 Código genético

El código genético está en el ADN y es la

combinación de 4 letras:
 Características del código genético
• Es universal: Todos los seres vivos procariotas y eucariotas, usan el mismo
código para especificar los mismos aminoácidos.
• Es degenerado: Hay varios aminoácidos que son especificados por varios
codones.

Sólo Triptófano y Metionina son codificados por un solo codón.

 Mutaciones silenciosas
• Los codones que codifican un mismo aminoácido en muchos casos
comparten los dos primeros nucleótidos para minimizar el efecto de las
mutaciones.
• Una mutación en la tercera posición del codón no cambiaría el aminoácido
codificado: mutación silenciosa.
De los 64 codones…

• 61 especifican algún
aminoácido.
• 3 son codones de paro
(UAA, UAG,UGA).
• Existe un codón de inicio:
AUG, es del aminoácido
metionina.
No es ambiguo
• Un triplete significa siempre
el mismo aminoácido.
Mensaje:
Algunos genes codifican proteínas; otros genes especifican ARN
(ARNt, ARNr, ARNsi) como producto final.
• Luego, un gen es una región de DNA que codifica ARN.
Dogma central de la biología
molecular
Dogma central de la biología
molecular
Dogma central de la biología molecular
Dogma central de la biología molecular
Dogma central de la biología molecular
La capacidad de las células para mantener un alto grado de orden surge de
cómo la información genética es expresada, mantenida y replicada. Esos
procesos son:
 Replicación

Es el proceso por el cual las células sintetizan una copia idéntica de

una molécula de ADN, usando el ADN existente como molde de
nuevas hebras de ADN.
Replicación del ADN
 ¿Cómo es la replicación del DNA?

Semiconservativa
Cada una de las dos hebras de ADN sirve como molde
para sintetizar una nueva cadena antiparalela y
complementaria.

• Al final se forman dos moléculas de ADN dúplex, cada

una de las cuales tiene una cadena nueva y una vieja.

• Las cadenas hijas son estructuralmente idénticas a las

parentales.
 ¿Cómo es la replicación del ADN?
Bidireccional
• La replicación del ADN se inicia en sitios específicos (orígenes
de replicación). El inicio de la replicación tiene como resultado
una horquilla de replicación en forma de "Y".
• Se deduce que el crecimiento de las dos cadenas hijas deben
ser opuestos : 5' -> 3' en una cadena (cadena rápida), 3‘->5' en
la otra (cadena lenta).
• A partir del origen de la replicación el proceso se realiza en
ambas direcciones.
 ¿Cómo es la replicación del ADN?
Semidiscontinua
• Dado que la enzima que cataliza la síntesis de ADN necesita un
extremo 3'OH libre de la cadena DNA en crecimiento, se introduce
una asimetría en el proceso: sólo la cadena rápida posee un extremo
3'OH libre en el punto de bifurcación.
• En la cadena lenta el proceso se lleva a cabo en pasos de síntesis de
fragmentos pequeños (fragmentos de Okazaki) de aproximadamente
100 a 1000 nucleótidos. Es por esto que se dice que la replicación es
semidiscontinua.
 Replisoma
El replisoma es la maquinaria y el mecanismo molecular que lleva a
cabo la replicación del ADN.
 Enzimas que intervienen en la
replicación del ADN

Como la apertura de la hélice genera una tensión por delante de la

horquilla, esta tensión es aliviada por la enzima topoisomerasa I,
que corta una de las hebras, permitiendo que gire y luego vuelva a
unirla.
La primasa sintetiza un segmento corto de ARN (primer o cebador) para
proporcionar el grupo 3'-OH.
La cadena adelantada es la que avanza siempre y sólo necesita un
«primer o cebador».
A partir del «primer» o «cebador», la ADN polimerasa comienza a
agregar nucleótidos: «lee» la cadena en el sentido 3’- 5’, y «escribe» la
nueva cadena en sentido 5’-3’.
Como la polimerasa sólo puede sintetizar en sentido 5’-3’, la cadena
retrasada se va sintetizando en fragmentos.

A medida que la molécula se abre, la primasa va agregando

«cebadores» para que la ADN polimerasa pueda actuar.
 Fragmentos de Okazaki
Fragmentos de ADN que se van formando en dirección 5’ -> 3’
• Son complementarios a la cadena molde en retraso, formando
secciones de ADN de doble cadena cortos.
• Están separados por «cebadores» de ARN y no son ligados hasta
que se eliminan.
• La enzima ligasa conecta los dos fragmentos de Okazaki en una
cadena complementaria recién sintetizada y continua.
La polimerasa reemplaza los nucleótidos del «primer» con
desoxirribonucleótidos pero no une los fragmentos; esto lo hace la
ligasa.
 ADN - ARN - ADN
• ARN tiene el trabajo de llevar el mensaje desde el ADN al
núcleo de los ribosomas.
• Transcripción – ARN está hecho a partir de ADN.
• Traducción – Las proteínas están formadas a partir del mensaje
establecido en el ARN.
 ARN

Ácido ribonucleico, polímero de ribonucleótidos. Existen

tres principales tipos de ARN en la célula: ARN mensajero
que participa en la síntesis de las proteínas y realiza la
función de mensajero de la información genética, varios
ARN ribosomales y ARN de transferencia.
Composición:
• Es una molécula de cadena sencilla formada por enlaces
3,5-fosfodiéster entre azúcares (ribosa: 5 átomos de
carbono) contiguos.
• Unidas a cada residuo de azúcar se encuentra una de las
siguientes bases: adenina (A), uracilo (U), guanina (G),
citosina (C).
Diferencias estructurales
Tipos de ARN
Propiedades del ARN
 Transcripción

Formación del transcrito de ARN (ARNm) mediante la catálisis de la

unión de nucleótidos libres a la cadena molde del DNA formando una
hebra sencilla de ARN.
 Orientación y nomenclatura de las
cadenas en relación a la transcripción.
 ¿Qué cadena de la doble hélice es
la codificadora?
Depende de cada gen, no es una propiedad del cromosoma. Incluso hay
regiones génicas que la cadena sentido codifica para un gen y la anti-sentido
para otro.
 ARN polimerasa
Enzima compleja.
• No requiere «primer» o cebador
• No funciona la corrección de errores.

Procariotas.
• Sólo un tipo con múltiples subunidades.
• E. Coli: factor sigma iniciación + CORE
(holoenzima)

Eucariotas
•RNA polimerasa I: 13 subunidades. Se localiza en el núcleo y en
el nucléolo. Síntesis de ARNr 45S.
•RNA polimerasa II: 12 subunidades. Se localiza en el
nucleoplasma. Síntesis de los ARNhn (transcrito primario), los
precursores de los ARNm.
•RNA polimerasa III: 17 subunidades. Se localiza en el
nucleoplasma. Síntesis ARNr 5S, ARNsn y ARNt.
 Etapas de la transcripción
Iniciación
Unión de los factores de transcripción (acción trans) a las secuencias
promotoras (acción cis). Estas secuencias son cortas se encuentran
corriente arriba (Upstream, extremo 5’) de la secuencia de codificante de
un gen y conforman al promotor.

La ARN polimerasa se une al complejo de factor de transcripción y ésta se

activa.
Promotores: elementos de acción cis: Regulan la transcripción, están en
el ADN de doble cadena y su acción se limita al sitio en el que se
encuentran.
Eucariotas:

• Caja TATTA (TATA box): su secuencia consenso es TATAAA, se

encuentra generalmente 25 pb corriente arriba del sitio
transcripcional (-25). Se encuentra en genes transcritos por la
polimerasa II de ARN.
• Caja GC (GC box): su secuencia consenso es GGGCGG, se halla
en genes que regularmente no cuentan con TATA box tal como
los genes «que cuidan la casa» (housekeeping genes) o de
mantenimiento.
• Caja CAAT (CAAT box): localizada en la posición -80 , es
determinante de la eficiencia del promotor.
 Etapas de la transcripción
Elongación:

• Adición de ribonucléotidos en el sentido 5’->3' por medio de la catálisis

de la formación del enlace fosfodiéster correspondiente.
• Enrollamiento río arriba (5’) y desenrollamiento río abajo (3’) del ADN.
Terminación:
Se reconoce la secuencia de paro de
la trascripción

Existen 3 codones de terminación:

• UAA , UAG,UGA
•Secuencias palindrómicas que
cuando el ARN se transcribe se
enrollan en forma de horquilla y
pierde estabilidad con lo que la
cadena se disocia. Después de la
horquilla viene una región de poli(U)
que parece actuar como señal para
que se suelte la polimerasa de ARN y
termine la transcripción.

Región 3’ no traducida de ~ 40 bases (3’UTR)

 Modificaciones postranscripcionales

El ARNm puede ser degradado antes de ser traducido en cadenas

polipetídicas; es por esto que el precursor de ARN (pre-ARNm)
necesita ser modificado para ser funcional y también para ser
transportado hacia el citoplasma.

Funciones de las modificaciones postranscripcionales: Capping y

poliadenilación

• Proteger de ataque de exonuclasas

• Facilitar el transporte al citoplasma
• Estabilización en el citoplasma
• Promover splicing
• Promoción de la traducción: reconocimiento y fijación a la
subunidad 40s de los ribosomas.
 Modificación en el extremo 5’ (Capping)
El inicio de este proceso es inmediato al inicio de
la transcripción.
• Se añade una guanina por medio de la acción
de la guanil- transferasa, formando un enlace 5’-
5’.
• Posteriormente la 7-guaninametiltransferasa
añade un primer grupo metilo en la posición 7
de la guanina.
• El grupo metilo es domado por la Sadenosil-
metionina (SAM).
Poliadenilación del extremo 3’

• Está modificación consiste en la

adición de 50-250 adeninas a la
cadena de ARNm.
• Debe haber un corte de la
secuencia «sobrante» antes de la
adición de adenina.
• Las secuencia consenso AAUAAA
se encuentra entre 11 y 30
nucleótidos en la dirección 5’ del
sitio de corte.
• La adición de poli(A) está
catalizada por la enzima poli(A)
polimerasa, la cual añade residuos
de A al extremo 3'-OH libre del
ARNm.
 Eliminación de intrones por corte y
empalme (Splicing)
Remoción de los intervalos de ARN no codificante (intrones) y a la unión de las
regiones codificantes (exones) del precursor de RNA.
Empalmosoma (Spliceosome)

• El empalmosoma o splicieosome está

formado por 5 moléculas de ARN y casi
300 proteínas.
• Los ARN componentes son snRNA
(small nuclear RNA) cuya longitud va de
107 a 210 nucleótidos; estos snRNA se
asocian a proteínas para formar partículas
ribonucleoproteicas (snRNP).
• El empalmosoma está compuesto por 5
snRPN : U1, U2,U4,U3,U6 y algunas
proteínas que no están asociadas con
snRNAs.
Diferencias de la transcripción en
eucariotas vs. procariotas
Transcripción inversa/reversa
Organismos con transcripción inversa
 Traducción
Proceso por el que la secuencia de nucleótidos de un ARNm
determina la estructura primaria de una proteína.
 Elementos para la traducción

Aparato decodificador
• Ribosomas (ARNr + proteínas): lugar de síntesis
• ARNt: Portador de aminoácidos 95%
• ARNm: Portador del mensaje cifrado ARN total
• Factores adicionales: IF, EF, RF, enlaces fosfatos.
 Ribosoma
Agregado macromolecular proteínas y ARNr (70S en procariotas y 80S en
eucariotas). Son sintetizados en el nucléolo y posteriormente exportados al
retículo endoplásmico.
 ARN de transferencia (ARNt)
• Región específica (anticodón) que se une a mRNA (codón)
• Los ARNts son muy semejantes
• Formados aproximadamente por 80 nucleótidos
• Durante la síntesis se reconoce el ARNt (su anticodón) y no el aminoácido
Carga del aminoácido:
El enlace aminoacil –ARNt lo cataliza la
aminoacil tRNA sintetasa que es específica
para cada aminoácido (aa) (20).
• Enlace ATP
• Unión de aa al extremo 3’OH del ARNt
• Algunos ARNt reconocen más de 1 codón:
tambaleo
Partes
• Lazo T
• L azo anticodón
• Lazo dihidro U.
 Traducción: síntesis de proteínas
Iniciación:
• N-formil metionina aminoácido inicial.
2 ARNt para metionina.
- ARNt met, f -> reconoce AUG como codón inicial.
- - ARNt met, m-> reconoce codones AUG excepto
inicial.
• El Complejo de iniciación requiere un GTP.
Subunidad 30S + mRNA + ARNt Metf + 3 factores de
iniciación IF1, IF2, IF3.
• Secuencia de Shine-Dalgarno: 16S rRNA (3’)
complementario mRNA (5’).

• Subunidad 50S se une al complejo

•Sitio A (aminoacil): entra nuevo tRNA
•Sitio P (peptidil): crecimiento cadena
polipeptídica
•Sitio E (salida): salida tRNA desacilado
 Traducción
Elongación
•Segundo tRNA
•Reconocimiento mediante el enlace de hidrógeno codón
anticodón •Requiere GTP + 2 factores de elongación (EF-Ts y EF-
Tu)
Formación enlace peptídico
•Peptidil transferasa: centro activo en 50S
•Extremo carboxil (enlace rico en energía) del aa en sitio P con
extremo amino aa sitio A
•El tRNA vacío (sin aa) es el del sito P
Translocación: Movimiento del ribosoma respecto mRNA de modo
tRNA con cadena polipeptídica pasa sitio P, y sitio A quede vacío
•Requiere GTP, y factor EF-G (Translocasa)
 Traducción
Terminación

•Reconocimiento del codón sin sentido

•No codifica ningún aminoácido
•UAG, UAA, UGA
• Unión del factor de liberación o terminación (RF) y un GTP.
• Liberación del polipéptido del ribosoma.
• Disociación del ribosoma