Acidos Nucleicos (bioquímica y biofísica)

IBt/UNAM

• Nomenclatura.
• Reactividad del esqueleto.
• Desnaturalización.
• Daño y reparación.
• Enzimología básica de Acidos
Nucleicos.
• Secuenciación y síntesis de Acidos
Nucleicos.
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Acidos Nucléicos (estructuras)

• Papel moderno de DNA y RNA.

• Fuerzas que intervienen.
• Flexibilidad y polimorfismo del
DNA.
• Topología.
• Acidos Nucléicos y Genomas.
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Acidos Nucleicos

Bioquímica y Biofísica
 Acidos Nucleicos (bioquímica y biofísica)
IBt/UNAM

Nomenclatura.
Notación. Tipos de
bases. RNA vs. DNA

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

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Tautomería
Bases Raras

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

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Reactividad del esqueleto.

H+, OH- (RNA vs. DNA).

Fragilidad mecánica y sus

implicaciones.

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

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Reactividad del
esqueleto.
Despurinación.
Metilación.
Desaminación.
Implicaciones de
sustitución en anillo
en la reactividad del
esqueleto.

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

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Desnaturalización. Tm (Composición de bases, efecto de sal).

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

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Desnaturalización. UV. Hipercromicidad

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

 Acidos Nucleicos (bioquímica y biofísica)
IBt/UNAM •Hibridación. Fenómeno notable. Utilización.

•PNA

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Hibridación multiple en chips

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

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– Secuenciación y síntesis de Acidos Nucleicos.

• Síntesis: Problema básico resuelto (fase sólida,
grupos protectores, automatización. Dinámica de la
síntesis comercial). DNA vs. RNA.
• Secuenciación: Métodos originales. Método actual.
Métodos futuros.

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Síntesis Química de DNA

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Secuenciación
Enzimática

Estado del arte:

electroforesis capilar

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

IBt/UNAM Desarrollos futuros
• Degradación enzimática (procesiva) de moleculas
individuales. Depende de la detección de una sola
molécula

• Detección electroquímica (canales en membranas)

del paso de una sola molécula.

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

 – Daño y reparación. Enzimología
IBt/UNAM importante. Motor de la evolución.

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

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– Enzimología básica de Acidos Nucleicos.

• Nucleasas (inespecíficas, restricción, dependientes de
estructura o estado). Nick. Gap.
• Fosfatasas, cinasas.
• Ligasas
• Metilasas.

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

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• Papel moderno de DNA y RNA. (Papel primitivo.

¿Por qué la pregunta?)
• Estructura clásica del DNA. (¿Cómo sabemos que
es así? Watson y Crick fué un modelo satisfactorio.)
– Medidas.
– Complementaria.
– Antiparalela.
– Implicaciones de la estructura propuesta.

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

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Libertad Conformacional

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

 Estructura de Acidos Nucléicos:
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Fuerzas que intervienen.
• (¿Serán las mismas que en proteínas?).
• Hidrofobicidad y apilamiento (stacking).
• Puentes de hidrógeno (complementaridad estérica
y dirección). Implicaciones que perfilan
estructuras alternativas.
• Fuerzas electrostáticas. Realmente desestabilizan.
(Pensar consecuencias)

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

 Stacking
IBt/UNAM

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

 Apareamiento de Bases
IBt/UNAM

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

 Flexibilidad y polimorfismo del
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DNA.
• DNA A.
• DNA Z.
• DNA H.
• Bending y kinking.
• Polimorfismo e interacción proteína-DNA.
(Contenido informacional de los surcos).

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DNA B DNA A

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

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DNA B

DNA A

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

 DNA Z
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Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

IBt/UNAM Telómeros

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

 Interacción Proteína-DNA
IBt/UNAM

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

 Topología.
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• Loops. Cruciformes.

• Lineal vs. circular (círculos efectivos).

• Superenrrollamiento.

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

 Superenrrollamiento
IBt/UNAM

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

 Superenrrollamiento
IBt/UNAM

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

 Superenrrollamiento
IBt/UNAM

Al disminuir L, se facilitan
los procesos de replicación
y transcripción.

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

 Superenrrollamiento
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Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

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Estructura de RNAs (tRNA y rRNA)

 RNA de transferencia
IBt/UNAM

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

 RNA ribosomal
IBt/UNAM

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

 Acidos Nucléicos y Genomas
IBt/UNAM • Diversidad de tipos y tamaños.
• Avance sostenido de la ciencia genómica

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