Parte I: Repaso.

Composición química del ADN

Esta formado por cuatro 2’ desoxirribonucleótidos diferentes
Esos 2’ desoxirribonucleótidos están formados por tres componentes:
• Bases nitrogenadas
• Pentosa
• Una molécula de ácido fosfórico (grupo fosfato)
Estructura general

El tipo de azúcar determina si es ADN o ARN.

RECORDAR: Nucleótidos: Unidades o
monómeros utilizados para construir
largas cadenas de polinucleótidos
Nucleósidos= Pentosa+base nitrogenada
Nucleótido=Pentosa+base
nitrogenada+Ácido fosfórico

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 Parte II:Niveles estructurales de ADN

Estructura primaria
Corresponde al orden de sucesión de los desoxirribonucleótidos en una
molécula de ADN monocatenaria (una sola hebra)
Características:
• Nivel en el que se almacena la información genética.
• Cadenas poseen individualidad (por la secuencia de bases)
• Cadenas poseen polaridad
• Nucleótidos se unen mediante enlaces fosfodiéster.
• El esqueleto covalente esta formado por grupos
alternantes de fosfato y pentosas (no codifican
información)
Estructura primaria clásica:
Se forma una sola hebra. Se lee del extremo 5’ (fosfato)
hasta el extremo 3’ donde se encuentra el OH de la ultima
base nitrogenada.

Representaciones de la estructura primaria

Cadena simple que se escribe de 5’ (izquierda) 3’ (derecha)

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 Estructura secundaria
Corresponde al plegado regular que adopta en el espacio la cadena
monocatenaria de ADN

Grupos fosfato hacia la parte externa de la estructura.

Características:
• Dos cadenas antiparalelas enrolladas en un mismo eje
• Las dos cadenas forman una doble hélice dextrógira.
• El esqueleto formado por fosfatos y pentosas se localizan en el exterior y en
contacto con el agua.
• Las bases de ambas cadenas están apiladas en el interior de la doble hélice,
situadas a poca distancia unas de las otras.
• Bases situadas en posición perpendicular al eje longitudinal de la doble hélice
• Se origina un surco mayor y otro menor sobre la doble hélice gracias a la
interacción de las dos cadenas.
• Cada base de una cadena esta apareada en el mismo plano con una base de la
otra cadena (unidas por puentes de H)
Los pares de bases son los siguientes
A-T (2 puentes de H)
G-C (3 puentes de H)
• Las cadenas de la doble hélice no son idénticas, son complementarias
• Cada vuelta de la doble hélice mide 36 A GRADO y contiene 10.4 pb
• La distancia entre los pares de bases adyacentes es de 3,4 A GRADO

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En configuraciones levógiras se producen distorsiones sobre todo en la transcripción

Mayor distancia entre A-T que entre G-C.

Fuerzas que estabilizan la estructura secundaria:
• Puentes de hidrogeno (Watson-Crick)
• Apilamiento de bases (Van Der Waals)
• Interacciones hidrofóbicas
• Interacciones electrostáticas.
Otras estructuras secundarias:
Horquillas, cruciformes, triple hélice o ADN H, tetraplex de guanosina.

Nota: Pueden cumplir funciones reguladoras durante la replicación,

transcripción, reparación y recombinación.

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Por otro lado ubicamos secuencias palindómicas en las estructuras secundarias:

Estructura terciaria
Consiste en el plegado que adopta en el espacio
una molécula de ADN en su forma de doble hélice.
SUPERENROLLADO.
Superenrollamiento: Corresponde a la forma 3D
global. Es el estado natural del ADN.
Conformación B, A y Z
Conformación (forma) B Es la que usualmente
encontramos en la naturaleza.
Forma A es transitoria durante la transcripción.
Características de las conformaciones:
• La forma B es la que predomina en condiciones fisiológicas
• La forma A se presenta en ARN-ADN y ARN-ARN
• La existencia in vivo de la forma Z esta en discusión. Pude tener función en la
regulación de la expresión de genes.
¿Cómo se superenrolla el ADN?

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 Hay que llegar al superenrollamiento (4to nivel de organización) habiendo una
asociación del ADN con las histonas. De esa manera se compacta hasta formar
cromosomas

Cromatina: ADN, histonas y no histonas.

Cromosoma mitótico: ADN superenrollado.
Secuencias teloméricas: En la parte distal de los brazos de los cromosomas. Definen el
tiempo, el envejecimiento celular. Se ven involucradas en el tema del cancer ya que las
células cancerosas tienden a prolongarse. A medida que se envejece, los telomeros se
acortan

Hay grados de superenrollamientos

Se debe al grado de superenrollamiento:
(-) menos compacto. Permite que el ADN se compacte,
lo que observamos en el cariotipo. Es menos
empaquetado y hay que ejercer fuerzas que ayuden a
separar a las cadenas.
(+) más compacto
No esta restringido al ARN circular pequeño.

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Alternativas para la absorción de la tensión causada por el infraenrollamiento del
ADN.

Características del superenrollamiento:

Es el estado natural del ADN en la célula
Es de tipo negativo (ADN infraenrollado: con superhélices levógiras)
• Facilita la compactación del ADN
en el núcleo eucariota y en el
nucleoide procariota.
• Favorece zonas desnaturalizadas
en el ADN que facilitan:
• Replicación del ADN
• Transcripción del ADN
• Recombinación
• Reparación

Regulación de los niveles de superenrollamiento del ADN

-Enzimas ADN topoisomerasas:
a) Enzima ADN topoisomerasa tipo I (Topo I)
• Monómero
• Presente en eucariotas y procariotas
• Elimina superenrollamiento negativo
• En el corte solo rompe una hebra de ADN
• No requiere ATP (favorecido termodinámicamente)
1) En amarillo está representada la enzima.
2) Primero corta una hebra de ADN que gira alrededor del enlace fosfodiéster en la
cadena intacta.
3) La cadena que se corta, a la larga vuelve a ser sellada al momento de replicar el
ADN. Nota: Representa a la topo I B ya que la I A trabaja en bacterias.
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b) Enzima ADN topoisomerasa tipo II (Tipo II)
Son dímeros y tetrámeros
Paso 1: Tenemos unos segmentos de G, son
sectores donde se una subunidad de la
topoisomerasa II. El segmento T será colocado
allí para ser cortado.
Paso 2: Requiere ATP. La enzima dimérica
hidroliza 2 moleculas de ATP y experimenta
cambios de conformación ya que los dos
dominios de ATPasa se cierran.
Paso 3: Segmento G se divide y segmento
T pasa a través de la puerta abierta. Se
cortan ambas cadenas (extremos)
Paso 4: Se vuelven a unir los extremos G y
el segmento T pasa por la puerta C.
G, T, C=Dominios ricos en guanina, timina y
citosina.
Características:
• Introduce superenrollamientos
negativos en el ADN.
• Requiere ATP (no favorecido
termodinámicamente)
• Está presente en eucariotas y
procariotas
• Es un tetrámero (A2B2)
• En procariotas se denomina ADN girasa.
• Es inhibida por las quinolonas, agentes quimioterapéuticos sintéticos con
actividad antimicrobiana.

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 Propiedades físicas y químicas del ADN
• Es una sustancia acida.
• Posee elevada viscosidad
• Tiene la capacidad de formar tautomeros.
• Absorbe luz UV
• Sufre desnaturalización y renaturalización.
• Posee temperaturas de fusión ™ variables dependientes de:
• Longitud
• Composición de bases
1-Acidez
Son ácidos fuertes por la presencia de grupos fosfato. Los pK3 de los fosfatos son
ONDITA 1. A pH ONDITA 7 el ADN tiene una carga neta (-)
2-Viscosidad
Es la resistencia que presenta un fluido al moverse cuando se le aplica fuerza. Es alta
debido a su gran longitud de cadenas y rigidez.
3-Tautomería
Es una propiedad que poseen compuestos químicos en cuanto a existir como isómeros
estructurales interconvertibles en cuanto al movimiento molecular de sus átomos.

Forma amino e imino. Se da por la sustitución de; hidrógeno en uno de los nitrógenos
de los dos anillos típicos de la adenina y en el caso de la citosina, en su único anillo.

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 3-Espectro electromagnético
El ADN absorbe luz UV a 260 nm.

Estas graficas representan la absorción de la luz UV en donde podemos identificar y

cuantificar moléculas de ADN en cuanto a su contenido de purinas y pirimidinas.
AMP=Máximo pico de absorción en 260 nm (Purinas)
UMP=Máximo pico de absorción en 260 nm (Pirimidinas)

4-Desnaturalizacion del ADN

Consiste en la perdida de la estructura secundaria de la molécula.
Factores que lo desnaturalizan:
• Altas temperaturas
• Valores de pH extremos.
• Solventes orgánicos como cetonas, alcoholes
• Sustancias caotrópicas como la urea, la tiourea, cloruro de guanidinio, amidas
NOTA: La desnaturalización NO rompe enlaces covalentes, por ello, no se pierde la
estructura primaria.

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Hay un ADN lineal. Lo desnaturalizamos de
arriba hacia abajo abriendo la cadena. Hay
cadenas sencillas, podemos separar las
hebras por electroforesis o centrifugación
diferencial.

¿Qué pasa con la absorción de luz UV a

260 nm?
Grafica típica de lo que sucede en este caso:
• Se ve un efecto hipercrómico en
donde se incrementa la absorción de la luz UV.
• Se ve un efecto hipocrómico, más allá de los 260 nm, donde la molécula ya tiene
otra conformación terciaria.

5-Temperatura de fusión del ADN Tm

Temperatura en la cual se ha desnaturalizado en un 50%.
Variables que afectan la Tm del ADN:
• Composición de bases: % de (G+C) y (A+T)
• Longitud de cadena.
• Valores de pH.

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En esta gráfica hay una curva de fusión (absorción contra temperatura)
Muestra A: Tm 83 grados
Muestra B: Tm 85
¿A que se debe la diferencia? Las dos muestras tienen igual numero de pares de base.
Pero tal vez no el mismo contenido de A-T y G-C

Relación que existe entre la Tm y el % de G+C del ADN

Curva recta en la que a mayor concentración de % G-C se necesitará mas calor para
llegar al punto medio de fusión. Eso se debe a que contienen mayor cantidad de
puentes de hidrógeno y por ello es más difícil separarlas.
Así se observa una micrografía de un ADN parcialmente desnaturalizado:

Las burbujas están relacionadas con el contenido de G-C

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 La reasociación es el proceso reverso de la desnaturalización.
Se dieron cuenta de que si se enfriaba lentamente las moléculas recuperaban las
propiedades de doble hélice.

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