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TEMA 4:
HIBRIDACIÓN
DE ÁCIDOS
NUCLEICOS
Las técnicas de hibridación permiten detectar secuencias concretas de ácidos nucleicos o dianas (ADN o
ARN) mediante el empleo de sondas marcadas.
Para entender esto, es necesario conocer los conceptos de “sonda” y “secuencia diana”.
Tras un proceso de hibridación adecuado se formará una estructura bicatenaria híbrida, constituida por
la sonda y la secuencia diana, que podrá ser detectada gracias al marcaje que se habrá incorporado a la
sonda.
2.1. DESNATURALIZACIÓN
o Primera zona (zona A): es un tramo recto sin pendiente debido a que la absorbancia a
260 nm tiene un valor constante aunque aumente la temperatura. Este valor
corresponde al valor basal de absorbancia de la molécula bicatenaria y depende
únicamente de la concentración de la molécula de ADN en solución. La temperatura
en esta zona no alcanza un valor suficiente para romper puentes de hidrógeno y, por
tanto, el porcentaje de desnaturalización es 0%, es decir, todo el ADN está en forma
de doble hélice bicatenaria.
o Tercera zona (zona C): la gráfica en esta zona corresponde a una recta de pendiente
prácticamente nula, debido a que la absorbancia se mantiene en el valor máximo
aunque la temperatura siga aumentando. En esta fase, el ADN se mantiene
desnaturalizado al 100%.
Temperatura de fusión
La temperatura de fusión (Tm) de una molécula bicatenaria de ADN es la temperatura a la cual la
desnaturalización es del 50%.
Para moléculas pequeñas, de menos de 500pb, la Tm aumenta con la longitud. Pero para moléculas
de más de 500 pb, el factor que más influye en la Tm es la proporción de pares GC (bases unidas por
tres puentes de hidrógeno). En consecuencia, cuanto mayor sea la proporción de pares GC en una
molécula, mayor será el número de puentes de hidrógeno que hay que romper para
desnaturalizarla, y, por lo tanto, mayor cantidad de energía habrá que suministrar (en forma de
calor) para separar las dos cadenas.
La Tm de las moléculas de gran tamaño está directamente relacionada con el contenido en pares GC:
a mayor porcentaje de pares GC, mayor Tm.
2.2. RENATURALIZACIÓN
La renaturalización es el proceso por el cual las dos cadenas de una molécula de ADN
completamente separadas mediante desnaturalización térmica vuelven a reasociarse, al bajar
lentamente la temperatura, hasta formar la doble hélice original.
Cinética de renaturalización
En una solución que contiene ADN totalmente desnaturalizado, para que dos cadenas
complementarias se reasocien tiene que producirse un choque aleatorio entre ambas.
Cuanto mayor sea el número de cadenas en la solución, es decir, cuanto mayor sea la
concentración, mayor será la probabilidad de que dos cadenas complementarias se encuentren y,
por lo tanto, mayor será la velocidad de renaturalización.
Una vez que las dos cadenas complementarias de una molécula se encuentran, la reasociación se
produce en dos fases:
II. Fase de “cierre en cremallera”: es una fase rápida en la que se produce el cierre de las
secuencias vecinas originando la doble hélice.
Curvas de renaturalización
2.3. HIBRIDACIÓN
El híbrido sonda/ secuencia diana tiene las mismas propiedades que una molécula bicatenaria de ADN
en cuanto a desnaturalización y renaturalización.
Las sondas usadas en las técnicas de hibridación suelen reconocer regiones de ADN o ARN de secuencia
única, por lo que la formación del híbrido sonda/ secuencia diana sigue una cinética de hibridación
similar a la cinética de renaturalización de moléculas bicatenarias de ADN de secuencias únicas.
Fuerza iónica en la solución: las moléculas de ácidos nucleicos y, en este caso, los híbridos
tienen una carga eléctrica neta negativa por los fosfatos dispuestos en la periferia de la
doble hélice.
Los cationes monovalentes presentes en la solución se disponen rodeando los híbridos y
neutralizando carga negativa. Este fenómeno estabiliza la doble hélice, ya que disminuye la
repulsión electrostática entre las dos cadenas cadenas negativamente.
En consecuencia, cuanto mayor es la concentración de cationes monovalentes en la
solución, más energía en forma de calor hay que aportar al híbrido para desnaturalizarlo.
Esto se refleja en la curva de fusión, que se desplaza hacia la derecha cuando se aumenta
la concentración de cationes monovalentes, aumentando la Tm.
3. LAS SONDAS
Dado que las sondas son un elemento clave en la realización de técnicas de hibridación,
conviene profundizar en su conocimiento.
Sondas de ADN: las sondas de ADN son las más utilizadas porque son fáciles de obtener en
grandes cantidades y presentan una gran versatilidad en cuanto a tamaño y métodos de
marcaje. Además, sus cinéticas de desnaturalización y renaturalización son las más estudiadas y
mejor comprendidas.
Según el proceso de obtención, las sondas de ADN pueden ser de:
o PCR: consiste en amplificar el fragmento que nos interesa como sonda mediante la
reacción en cadena de la polimerasa. Este método implica conocer las secuencias que
flanquean el fragmento que queremos amplificar.
Las sondas de PCR se caracterizan por ser bicatenarias y tener un tamaño intermedio
(cientos de bases).
Sondas de ARN
Conocidas también como ribosondas, son menos utilizadas que las sondas de ADN. Son
monocatenarias, por lo que no requieren el paso de desnaturalización antes de la hibridación.
Tienen como ventaja que los híbridos ADN/ ARN son ligeramente más estables que los híbridos
ADN/ ADN, y como inconveniente, que son muy sensibles a cualquier contaminación dada la
omnipresencia de las ARNasas, que las degradan rápidamente.
Según el proceso de obtención, las sondas de ARN pueden ser de síntesis química o de
transcripción.
Tipos de marcadores
Podemos clasificar los marcadores según:
o Marcadores que posibilitan la detección directa del híbrido: isótopos radiactivos y
fluorocromos.
o Marcadores que requieren métodos indirectos de revelado en varios pasos: haptenos
(digoxigenina y biotina).
- Isótopos radiactivos: son elementos químicos con capacidad de emitir radiaciones.
- Fluorocromos: son compuestos químicos que emiten luz al ser excitados por la luz
ultravioleta.
- Haptenos: son moléculas de pequeño tamaño que, al igual que los fluorocromos,
se pueden acoplar a los nucleótidos y no alteran la especificidad de la sonda,
aunque no pueden ser detectados directamente.
Métodos de marcaje
La mayoría de los métodos de marcaje utilizan reacciones enzimáticas y se basan en la
incorporación a la sonda de nucleótidos marcados. Los más habituales son: desplazamiento de mella,
cebado al azar o cebado aleatorio, marcaje terminal, marcaje por PCR y marcaje de sondas de ARN.
o Desplazamiento de malla (Nick translation): se utiliza para marcar sondas de ADN bicatenario
de gran tamaño, obtenidas normalmente por tecnología de ADN recombinante, pero también
para marcar genomas enteros. Se procede incubando una determinada cantidad de sonda con
una mezcla de reacción que contiene los siguientes elementos:
- ADNasa I
- ADN polimerasa I bacteriana
- Una mezcla de desoxirribonucleótidos trifosfato. De los cuatro tipos posibles de
desoxirribonucleótidos, uno de ellos está marcado, normalmente con un isótopo
radiactivo o con un hapteno.
Durante la incubación, normalmente a baja temperatura (15ºC), tienen lugar los siguientes
procesos:
1. La ADNasa I a bajas concentraciones y en presencia de cationes magnesio rompe enlaces
fosfodiéster entre dos nucleótidos consecutivos al azar en ambas cadenas de la sonda. Es
decir, produce mellas en sitios al azar en ambas cadenas.
2. La ADN polimerasa I intenta reparar las mellas. Para ello, gracias a su actividad exonucleasa
5´ 3´, va eliminando nucleótidos, uno a uno, desde la mella hacia el extremo 3´de la
cadena. Simultáneamente, gracias a su actividad polimerasa 5´ 3´, va incorporando en el
extremo 3´- OH libre de la mella, sintetizando ADN complementario a la hebra intacta. Los
nucleótidos que incorpora los toma del medio de reacción y uno de ellos está marcado. De
esta manera, la ADN polimerasa I desplaza la mella a lo largo de la cadena de ADN,
sustituyendo ADN sin marcar por ADN marcado.
o Cebado al azar o cebado aleatorio (random priming): Se suele usar para marcar sondas de ADN
bicatenario de gran tamaño o genomas completos con isótopos radiactivos o haptenos.
La sonda se incuba con los siguientes reactivos:
- Una mezcla de todos los oligonucleótidos posibles de 6 bases (hexámeros).
- Fragmento Klenow de la ADN polimerasa I. Este fragmento conserva la actividad
polimerasa 5´ 3´, pero carece de la actividad exonucleasa 5´ 3´.
- Mezcla de desoxirribonucleótidos trifosfato, uno de ellos marcado.
La reacción de marcaje se produce en varias fases:
1. Desnaturalizaicón de la sonda
2. Unión de los hexámeros a las cadenas de la sonda al azar. La concentración de hexámeros,
las condiciones en las que se trabaja y la presencia en la mezcla de todas las posibles
combinaciones de hexámeros garantizan la unión al azar de hexámeros por
complementariedad de bases en múltiples zonas de las cadenas de la sonda.
3. Los hexámeros unidos a la sonda actúan como cebadores para que la ADN polimerasa I
(fragmento Klenow) sintetice cadenas de ADN complementarias a la cadena que actúa de
molde, incorporando los desoxirribonucleótidos que hay en el medio de reacción, uno de
los cuales está marcado.
Algunos kits comerciales de marcaje, basados en este método, utilizan como cebadores
oligonucleótidos de mayor tamaño, hasta 10 bases.
o Marcaje por PCR: el marcaje de sondas PCR se realiza en el mismo proceso de obtención de
sondas por PCR, con marcadores radiactivos o con haptenos, utilizando desoxinucleótidos
marcados en la mezcla de PCR.
4. FASES DE LA HIBRIDACIÓN
Todas las técnicas de hibridación se pueden dividir en cuatro fases genéricas: preparación de la
muestra y soporte (prehibridación), hibridación, lavado de poshibridación y detección del híbrido.
Cuanto menor sea X, mayor será la rigurosidad del lavado y, por lo tanto, se conseguirá mayor
especificidad. Como inconveniente, para valores de X inferiores a 15 empieza a disminuir la
sensibilidad, puesto que se trabaja en zonas de curva de eficiencia de hibridación fuera de la
zona de máximos.
A veces interesa mantener cierto grado de mismatch en la detección de secuencias. En este
caso, el lavado de poshibridación se realiza en condiciones de rigurosidad relajada. Pero lo
habitual es fijar condiciones de elevada rigurosidad en el lavado de poshibridación, permitiendo
que se mantengan estables solo híbridos con bajo o ningún porcentaje de mismatch.