GENÓMICA ANIMAL

ARQUITECTURA DEL GENOMA

¿QUE ES LA GENÓMICA¿
Caracterización molecular de los genomas en su totalidad.

Genómica estructural: incluye la construcción de

los datos de la secuencia del genoma, el descubrimiento de los
genes y su localización y la construcción de mapas genéticos

Genómica funcional: estudia la función biológica

de los genes, su regulación y sus productos.
Genómica Comparativa: compara secuencias de
genes y proteínas de diferentes genomas para elucidar las
relaciones funcionales y evolutivas.
 OMA - OMICA

GENOMA ADN GENÓMICA

Transcripción
TRANSCRIPTOMA Splicing de ARN TRANSCRIPTÓMICA
Edición de ARN

tARN rARN mARN

TRADUCCIÓN
Enzimas
Proteínas estructurales
PROTEOMA Factores de transcripción PROTEÓMICA
Canales iónicos

METABOLOMA Catálisis, transporte, síntesis, transformación; AZÚCARES,METABOLÓMICA

LÍPIDOS,AMINOÁCIDOS, HROMONAS
ARQUITECTURA DEL GENOMA
Genoma mitocondrial y genoma nuclear

Genoma haploide
Humano
23 Cromosomas
3.000 Mb

Brown, 1999 Lewin, 2000

Arquitectura del genoma
Características de los genes humanos

El mayor gen: Distrofina (DMD): 2,4 Mb

Modificado de Nature 2001, 409: 860-921
Arquitectura del Genoma: Regiones no codificantes

Regiones no codificantes:
Bacterias ~ 15%
Sacharomyces cerevisiae ~ 30%
Caenorhabditis elegans ~ 70%
Homo sapiens ~ 95%

Las regiones no codificantes intergénicas ortólogas entre humano y ratón contienen islas de
nucleótidos conservados por la selección:
✓HITs: Homologous Intergenic Tracts
HITs entre humano y ratón constituyen un tercio de las regiones intergénicas e intrónicas. Similitud
media ~ 70%. Con el cerdo ~ 90%
?Función de los HITs?
¿Qué es la
genómica?
La genómica como ciencia
•La genómica es la rama de la biología que se encarga del estudio de los
genomas.

•Se considera a un genoma como el conjunto de información genética de un

organismo

•La genómica estudia la estructura, función y evolución del genoma de los seres
vivos

•Nace en el momento que la tecnología molecular permite la secuenciación de

los genomas de los organismos superiores: animales
 El genoma animal: Breve
recordatorio
El genoma (haploide) típico de los mamíferos contiene aproximadamente 3 x
109pares de bases
•En longitud: 2 (diploide) x 3 x 109bpx 0,34 nm= 2 metros de DNA/célula (1
metro en los gametos)
•En peso: 2 x 3 x 109bpx 660 g (peso molecular medio de cada bp) / 6 x
1023(número Avogadro) = 6,6 pgde DNA/célula
•El genoma(serie completa de moléculas de DNA de un organismo determinado)
esta compuesto por:
•Genes
•Pseudogenesy fragmentos génicos
•Secuencias repetidas
•Elementos transponibles
Organización
del genoma
nuclear
 ¿Cómo se secuencia un genoma?
Un genoma puede representarse como un libro escrito en un alfabeto de únicamente cuatro letras
(nucleótidos): ATGC
El genoma de un mamífero contiene 3 x 109bpdividido en “n” volúmenes.
...CTGATGATGGACTACGCTACTACTGCTAGCTGTATTACGATCAGCTACCACATCGTAGCTACGATGCATTAGCAAGCTAT
CGATCGATCGATCGATTATCTACGATCGATCGATCGATCACTATACGAGCTACTACGTACGTACGATCGCGGGACTATTAT
CGACTACAGATAAAACATGCTAGTACAACAGTATACATAGCTGCGGGATACGATTAGCTAATAGCTGACGATATATAGCC
GAGCGGCTACGATGATGCTAGCTGTACAGCTGATGATCTAGCTATCGATGCGATCGATGCGCGAGTGCGATCGATCACTT
CGAGCTAGCTGATCGATCGATGCTAGCTAGCTGACTGATCATGGCGTTAGCTAGCTAGCTGATCGTCGATCGTACGTAGC
TGATTACGATCGTCCGATCGTGCTATGACGTACGAGGCGGCTACGTAGCATGCTAGCTGACTGATGTAGCTAGCTATACG
ATACTATATATTCGATCGATTTATTACCATGACTGACGCGCATCGCTGTACACGTACTAGCTGATCGATGCTAGTCGATCG
ATCGATCATGTTATATATCGCGGCGCATCGATCGACTGCTCGATTATCGATACGTCGATCGCTGTATATACGTCTTTATAG
CTAGGAGCATAGCGACGCGCTATCGATCGATCGTCTAGTCGACTGATCGTACTAGCTGACGCTGACGACTAGCTAGCTAT
CGACGATCGTAGTGCGATTACTAGCTAGGATCCTACTGTACGTCAGTCAGTCTGATCGATAGCGAGGAAAGCGAGACTG
ATCGTTCTCTAGATGTAGCTGATGTGACTACTATACTACTGGCAGCGATCGGGA…

En el proceso de secuenciación del genoma se establece la serie o sucesión de nucleótidos que componen las
instrucciones para que un organismo superior “funcione”
El proceso de secuenciación costa de dos etapas:
Determinación de la secuencia y alineamiento
Anotación
 Secuenciación Clásica o
“Sanger sequencing”

•Técnicas de Secuenciación
Técnicas para la masiva paralela o NGS “Next
determinación Generation Sequencing”

de la secuencia
Sanger Sequencing Procedimiento jerárquico(Hierarchical
Shotgun Procedure)
Se produce una genoteca de BACs (~150kbp).
Se realiza la localización “física” de los clones de BAC en el genoma de
la especie a secuenciar. Cada clon de BAC se localizará en una región
del genoma.

Cada uno de los clones se secuencia en un laboratorio.

-Siguiendo un procedimiento de fragmentación aleatoria y
secuenciación de los fragmentos para realizar u alineamiento (shotgun
sequencing).
-Proceso muy largo (15 años en humanos).
Reads
Contigs

Secuencia consenso resultado del solapamiento de varias lecturas (reads)

de DNA que dan como resultado la secuencia continua solapada
•La unión de varios contigs puede dar lugar a un super contig
Resultado
final
Next generation sequencing

El método de Sanger se •Las técnicas de •Todas las técnicas de •Existen diferentes •El mayor avance
considera como una secuenciación de NGS utilizan la técnicas basadas en ofrecido por NGS es que
tecnología de “primera segunda y tercera miniaturizacióny la diversas estrategias de al realizar millones de
generación” generación (también paralelizacióny así son preparación, la secuencias de forma
referidos como NGS, capaces de secuenciar secuenciación y simultánea van a
NextGenerationSequenci un genoma en una única formación de imágenes, producir un enorme
ng) han revolucionado la manipulación y la alineación de las volumen de datos a bajo
secuenciación de laboratorial secuencias obtenidas costo
genomas.
Precios de secuenciación
Tecnologías de nueva generación
Anotación funcional

Tenemos la secuencia, pero

necesitamos tener un sentido
estructural y biológico:
THEBIGCATEATTHEFATRAT

THE BIG CAT EAT THE FAT RAT

Anotación funcional del genoma
El proceso de identificar las ubicaciones de los
genes, los elementos funcionales, como las
regiones codificantes en un genoma para
determinar qué hacen esos genes.
Genomas de referencia publicados
Variantes genéticas en vacunos
 SNP1
SNP2
…
SNPx

Herramientas genómicas
CHIPs de SNP
¿Cómo
usamos la Aplicaciones de la Genómica:

información
genómica en
la gestión 1.Control de
enfermedades
hereditarias
2.Conocimiento de
los caracteres
complejos

genética de mediante la
detección y
eliminación de
3.Optimización de
la mejora genética:
Selección

los animales? mutaciones letales genómica

Selección genómica
Selección genómica
Proceso de predicción del Valor genético (EBV)
de un individuo a partir de la información de
los genotipos de un gran número de
marcadores genéticos.
Se basa en la utilización de un chip de
marcadores muy denso para poder
identificar las asociaciones con la
mayoría (todos) de los QTL que
controlan el carácter objeto de
selección.
 Desde el punto de vista teórico podemos detectar TODOS
los QTL que controlan un determinado carácter mediante la
detección del desequilibrio de ligamiento con marcadores
(SNPs) que saturan el mapa genético.

En este caso el valor genético de un individuo puede ser

inferido a partir del genotipado de dichos SNPs.

La detección de estos efectos se determinan en una

población de animales que se han genotipado para un Chip
y en la que se miden los fenotipos en cuestión (población
de referencia o training population).

Procedimiento Una vez estimados los efectos podemos predecir en

animales de la nueva población los valores genéticos que
serán GEBV.
Genomas Secuenciados
 Genomas Secuenciados
Oryza sativa (rice)
Rice is one of the most important
food crops in the world and feeds
more people than any other crop.
430 Mb
12 Chromosomes Assembly WGS
6X 21/10/2004 Beijing Genomics
Institute
Populus trichocarpa (black
cottonwood)
Trees provide several benefits to all
living organisms and are ecologically
important for terrestrial ecosystems.
480 Mb
19 Chromosomes Assembly WGS 7.5X
14/09/2006
 Genomas Secuenciados
Pan troglodytes (chimpanzee)
The chimpanzee genome sequence is an
important tool in understanding primate
evolution
3100 Mb; 24 Chromosomes Assembly
WGS 05/12/2003 Chimpanzee Sequencing
Consortium
Macaca mulatta
Rhesus macaque is an important animal
model for many human diseases including
AIDS
Assembly WGS & Clone-based 6X
08/02/2006
Macaque Genome Sequencing Consortium
Genomas Secuenciados

Apis mellifera (Honey bee)

The honey bee is important in the agricultural community as a
producer of honey and as a facilitator of pollination. In addition,
biologists are interested in the honey bee's social instincts and
behavioral traits
Assembly WGS 7,5 X
March 2006
Published: October 2006
National Human Genome Research Institute (NHGRI) and the
Department of Agriculture (USDA)

he Honeybee Genome Sequencing Consortium, 2006 Nature 443: 931-949

Genomas antiguos
Nature 464, 838-839 (8 April 2010)
104 | NATURE | VOL 525 | 3 SEPTEMBER 2015
Secuenciación del genoma del perro
 Secuenciación del genoma del perro

2N=78Cromosomas
➢ 38 parejas de autosomas.
➢ 1 pareja de cromosomas sexuales.
Cromosomas con bastantes cambios en comparación con el ancestro común de los carnívoros.
Unas 300 razas de perros con características morfológicas y de comportamiento diferentes se mantienen
genéticamente aisladas.
Muchas razas actuales derivan de unos pocos fundadores y han sido seleccionadas para algunas características.
Homogeneidad dentro de la raza y gran diversidad fenotípica de la especie.
Se han descrito unas 360 enfermedades hereditarias similares a enfermedades humanas.
Existe una extensa literatura clínica.
 Secuenciación del genoma del perro

Celera Genomics
Septiembre 2003: Publicación en Science borrador del genoma del perro.
Raza: caniche (standard poodle).
Redundancia 1,5 X (~ 78 % del genoma), 6,22 millones de lecturas, 1,9 millones de contigs.
Tamaño del genoma (2.400 Mb) menor que el humano (2.900 Mb) debido a un menor contenido en DNA
repetitivo.
Identificación de 18.473 genes con ortólogos en humano (de 24.567 genes humanos descritos).
Identificación de secuencias únicas con elevada similitud entre humano, perro y ratón: CSBs (Conserved
Sequence Blocks).
Un 45 % de los CSBs de las tres especies no están asociados a los genes.
 Secuenciación del genoma del perro

Tasha, el boxer secuenciado

Proyecto Público
Julio2004:Depositado en bases de datos pú́blicos un borrador del genoma del perro
Redundancia 7 X
Secuenciación de un animal de la raza Boxer.
Secuenciación parcial de animales de otras 9 razas, 4 lobos y 1 coyote. Generación de 600.000 SNPs para
su utilización en estudios de asociación de enfermedades
Diciembre 2005: Publicación de la secuencia y análisis del genoma del perro.
 Secuenciación del genoma del perro

Secuenciación por WGS (Whole Genome Shotgun) con 31,5 millones de

reacciones de secuenciación.
Redundancia 7,5 X.
Ensamblaje de 2,41Gb.
Anclaje de la secuencia en los cromosomas caninos utilizando datos de
mapas RH y citogenéticos.

Lindblad-Toh et al., 2005 Nature, 438:803-819

 Secuenciación del genoma del perro
Identificados 391puntos de rotura de la sinténia (Presencia en el mismo cromosoma de dos o más
genes que pueden ser transmitidos o no como grupo de enlace, pero que parecen ser capaces de
experimentar variaciones independientes durante la meiosis) entre los genomas del perro, humano,
ratón y rata.

Comparación de los cromosomas caninos 15, 16 y 31 con

Lindblad-Toh et al., 2005 Nature, 438:803-819 los humanos (H), de ratón (M) y de rata (R)
 Secuenciación del genoma del perro

El número total de roturas es menor en el genoma humano que en el del perro, aunque en
humano hay más roturas intracromosómicas

Lindblad-Toh et al., 2005 Nature, 438:803-819

 Secuenciación del genoma del perro

La región eucromática del genoma del perro es 500 Mb menor que la humana.
Este menor tamaño es debido a un menor número de secuencias repetidas específicas del perro.
􏰀 Menor actividad de retrovirus endógenos y de transposones de DNA
􏰀 Menor tamaño del elemento SINE de perro (SINEC_Cf)
Proporción total de elementos repetitivos: Perro: 34%, Ratón: 40%, Humano: 46%
Elelemento SINEC_Cf es muy activo en el perro: muchos lugares de inserción están todavía segregando.
La variabilidad generada por los elementos SINE podría haber sido importante para producir la gran
variación fenotípica observada entre las razas caninas modernas

Lindblad-Toh et al., 2005 Nature, 438:803-819

 Secuenciación del genoma del perro

Comparación genoma perro, humano y ratón: 5,2%del genoma (~ 150 Mb) muestra una conservación
mayor de la esperada sometido a selección purificadora.
➢2 % puede ser explicado por regiones codificantes.
➢ El resto: Conserved Non-Coding Elements (CNEs). Elementos reguladores, elementos estructurales y
genes de RNA ?
Highly Conserved Non-Coding Elements (HCNEs):Regiones muy conservadas de más de 50 pb con gran
probabilidad de estar sometidas a selección purificadora.
HCNEs:
➢ ∼ 5% de los CNEs de mamífero.
➢Pobres en genes.
➢ Se encuentran genes relacionados con diferenciación celular y desarrollo.
Lindblad-Toh et al., 2005 Nature, 438:803-819
 Secuenciación del genoma del perro
Distribución de HCNEs y distribución de genes en ventanas de 1 Mb a lo largo del cromosoma 3
humano.

HD: Human-Dog comparison

HM: Human-Mouse comparison
HMD: Human-Mouse-Dog comparison
Lindblad-Toh et al., 2005 Nature, 438:803-819
 Secuenciación del genoma del perro

Generación de un mapa con > 2,5 millones de SNPs por:

➢ Polimorfismos encontrados en la propia secuencia del genoma del Boxer.
➢Comparación con la secuencia del Caniche (borrador 1,5 X publicado en
Science).
➢Resecuenciación a 0,02 X de 9 razas, 4 lobos y 1 coyote.
▪ Tasa de SNPs:
➢1/900 pb entre razas

➢1/1600 pb dentro de raza (Boxer).

Lindblad-Toh et al., 2005 Nature, 438:803-819

 Secuenciación del genoma del perro

Se analiza la distribución de 770.000 SNPs en el Boxer y 9 razas:

➢ Distribución bastante uniforme entre razas.
➢ Distribución no uniforme dentro de razas (Boxer): el genoma es un mosaico
de grandes regiones prácticamente homocigotas y regiones con elevada
heterocigosidad.
Distribución de SNPs en el cromosoma 3
Entre razas
En el boxer

Lindblad-Toh et al., 2005 Nature, 438:803-819

 Secuenciación del genoma del perro

Distribución de SNPs en la secuencia del genoma del Boxer: grandes bloques (N50: 6,9 Mb; 62% del genoma)
homocigotos y bloques heterocigotos (N50: 1,1 Mb, 38% del genoma)

Lindblad-Toh et al., 2005 Nature, 438:803-819

 Secuenciación del genoma del perro

Las razas caninas actuales son el producto de al menos dos cuellos de botella poblacionales:
1) Asociado con la domesticación del perro a partir del lobo (hace 7.000 – 50.000 generaciones).
2) Asociado con la intensa selección utilizada para crear la raza (hace 50 – 100 generaciones).
Esta historia poblacional ha moldeado la estructura de haplotipos y el desequilibrio de ligamiento de
las razas caninas:
➢ La población ancestral canina tenía bloques de haplotipos pequeños: ∼ 10 kb. En el hombre
son de ∼ 20 kb.
➢ La creación de razas generó bloques de haplotipos mucho más largos: > 100 kb
 Secuenciación del genoma del perro

Historia de la domesticación y creación de las razas caninas y su efecto sobre la estructura de los
haplotipos
Los investigadores han identificado más de 360 trastornos genéticos que
ocurren tanto en humanos como en perros, con aproximadamente el 46% de
los que ocurren en una o pocas razas.
 Secuenciación del Genoma de la Gallina

Febrero 2004: Obtención de un borrador del genoma de la gallina en Washington University

School of Medicine, St. Louis (EUA).
➢ Secuencia depositada en GenBank.

➢ Secuencia obtenida a partir de la Gallina Roja de la Jungla (Gallus gallus), ancestro

de las gallinas domésticas

➢ Redundancia 6,63 X

➢ Tamaño del genoma: 1,1 x 10 9 pb. Estima de 20.000 – 23.000 genes

Marzo 2004: Secuenciación 1 X del genoma de la gallina tres razas domésticas (White
Leghorn, Broiler y Silkie) en Beijing Genomics Institute (China) para generar ~ 2 millones de
SNPs.
9 Diciembre 2004: Publicación de la secuencia y análisis del genoma de la gallina.
Secuenciación del Genoma
de la Gallina

Las aves pertenecen al grupo de los arcosauromorfos que

incluye también a los cocodrilos y a los dinosaurios. Por
tanto, nos encontramos ante la secuencia genómica
analizada que más nos acerca a los dinosaurios.
La gallina ha sido un modelo animal importante en
embriología y en el estudio del desarrollo de los
vertebrados.
la gallina ha jugado un papel importante en el estudio
de los virus y del cáncer: el primer virus oncogénico se
identificó en la gallina.
Secuenciación del
Genoma Bovino
Octubre 2004: Depositado en bases de datos públicas un
borrador del genoma bovino.
➢Redundancia 3,3 X
➢Secuenciación de un animal de la raza Hereford de
producción de carne.

Junio 2005: Depositada en GenBank una secuencia 6,2X

del genoma bovino.
Se secuenciará parcialmente el genoma de diferentes
razas: Holstein, Angus, Jersey, Limousin, Noruega roja y
Brahman.
 Secuenciación del Genoma Bovino

En bovinos existe una importante variabilidad genética, representada por más de 783 razas distribuidas en
todo el mundo, en las cuales una amplia diversidad de fenotipos es debida a características genéticas, lo
que permite la posibilidad de realizar mejoramiento con el fin de obtener rendimientos superiores en
características específicas altamente deseables para la producción, tales como incremento en el
crecimiento, composición de los productos (e.g. leche, carne, etc.), fertilidad, capacidad de adaptación a
múltiples ambientes y resistencia a diferentes patologías, entre otras.
La comparación bovino-humano, muestra que estos dos grupos son más similares entre sí, que humano-
roedor, como se pensaba anteriormente. En general, la mayoría de los cromosomas bovinos contienen
secuencias humanas, con o sin re arreglos internos. Cuatro cromosomas bovinos muestran una sintenia
completa respecto a sus homólogos humanos: BTA12 (cromosoma 12 de B. taurus 12) con HSA13
(cromosoma 13 de H. sapiens), BTA19 con HSA17, BTA24 con HSA18, y BTAX con HSAX. Los únicos
cromosomas bovinos que no muestran rearreglos internos son los cromosomas BTA9, BTA23 y BTA3. Los
cromosomas bovinos BTA23 y BTA9 pudieron haber surgido a partir de una fisión céntrica de un
cromosoma ancestral HSA6 del cromosoma humano, HSA6 pudo haber surgido de una fusión céntrica de
los cromosomas bovino BTA23 y BTA9 (20).
 Secuenciación del Genoma Porcino

Proyecto de colaboración China y Dinamarca (iniciado 2001).

➢Generación de 3,84 millones de secuencias de alta calidad en 5 razas de cerdos:

Hampshire, Yorkshire, Landrace, Duroc y ErHuaLian
➢Redundancia 0,66 X
➢ ~ 48 % del genoma secuenciado

Wernersson et al., 2005 BMC Genomics, 6:70

Secuenciación del Genoma
Porcino

Se comparó el genoma del cerdo doméstico con el del

jabalí y otros ancestros de distintas partes de Europa y
Asia.
Los resultados mostraron que el tamaño total del
genoma del cerdo es de 2,8 billones de pares de bases y
contiene 21.640 genes codificadores de proteínas. Esto es
parecido a lo que sucede en otros mamíferos, incluyendo
los humanos. Es interesante que la variación en el
genoma del cerdo, incluso en las razas comerciales, es
más del doble que en los seres humanos.
 Secuenciación del Genoma Porcino

En total hay 112 posiciones de ADN en que la proteína porcina tiene el mismo
aminoácido que la implicada en enfermedades humanas como Alzheimer, diabetes,
obesidad y Parkinson. Además los datos indican que los cerdos tienen el doble de
genes relacionados con el interferón que nosotros lo que posiblemente les proporciona
una mayor respuesta inmune frente a las infecciones virales. Finalmente tienen menos
retrovirus endógenos que la mayoría de animales, lo que refuerza la idoneidad del
cerdo para los estudios sobre transplantes de órganos.

Analyses of pig genomes provide insight into porcine demography and evolution
Nature 491, 393–398 (15 November 2012)
 Mapa genético Ovino
Dos equipos diferentes:
- Australia- Nueva Zelanda y
- USDA (con marcadores bovinos)

Se han utilizado diseños F2

Razas Iniciales:
– Copwool*Romney
– Romney*Ramnsey
Se han utilizado alrededor de 2000 marcadores, la mayoría microsatélites
 Secuenciación del
genoma ovino
Fue secuenciada una oveja de la raza Texel.

Se obtuvo un tamaño de 2619.05 Mb.

Se han analizado la actividad de los genes en 94

muestras de 40 tejidos distintos (como tejido

muscular, nervioso, hepático y demás). La comparación de este

genoma ovino con el de cabra, vaca, yak, cerdo, camello, caballo,

ratón, humano y un marsupial (el didélfido, u opossum) ha

definido

4.850 genes ortólogos.

 Un único equipo coordinado por el INRA (Francia):
Se han utilizado diseños F2
Mapa Razas Iniciales:
genético – Alpina*Saanen

caprino Se han utilizado unos 650 marcadores la mayoría de

ellos de origen bovino y ovino
Genoma caprino
Secuenciado gracias a International Goat
Genome Consortium.
Tamaño total de 2635.85 Mb
Publicado en Diciembre del 2012. Dong Y et al.
Sequencing and automated whole-genome
optical mapping of the genome of a domestic
goat (Capra hircus). Nat Biotechnol, 2012 Dec
23;31(2):135-41
Se tiene un BeadChip Caprino SNP50 - mas de
53,000 marcadores SNP
Genoma de la
alpaca
Secuenciado por Washington University
Genome Sequencing Center y Broad Institute .
Publicado en Noviembre del 2008.
Tamaño de 2,172.19 Mb.
La cobertura fue solo de ~ 2X.
Una nueva publicación sobre un genoma con
cobertura de 22X fue publicado en Agosto del
2014 por Warren,W., Wilson,R.K. y
Merriwether,A.
El tamaño que se publicó fue de 2,057 Mb.
Acseso en GenBank: ABRR00000000.2
Otras especies:
búfalo

Un único equipo coordinado por el INRA

(Francia).
Se han utilizado Diseños F2
Se han utilizado unos 150 marcadores, la
mayoría de ellos de origen bovino.
 Publicado el 2014.

Se obtuvo un tamaño de 2836.17 Mb.

Epigenómicos: 2

Proyectos para esta Exomas:

Mapa:
1
1
especie: Otros: 6
Transcriptoma o

Genoma
del búfalo expresión de genes 4
Especies secuenciadas
 1111

http://www.broadinstitute.org/scientific-
community/science/projects/mammals-models/data-release-
mammalian-genome-project
 Epigenética: cambios heredables en la expresión génica que
ocurren sin cambio en la secuencia de ADN.

Las células somáticas tienen básicamente el mismo genoma,

pero diferente estructura y función.

Epigenética como sistema para activar o inactivar genes de

forma selectiva.
Epigenética
Mecanismos de acción epigenéticos:

• Metilación de las citocinas.

Fosforilación, acetilación y metilación de las histonas.

Modificación y ensamblaje de los complejos de proteínas

reguladoras en el ADN.
 Metilación de las citocinas
Metilación (transferencia de grupos metilos a algunas de las bases citosinas (C) del ADN situadas
previa y contiguamente a una guanina (G))de la C del dinucleótido 5´ CpG3´ en vertebrados.
Entre el 60-90% de las secuencias CpG del genoma están metiladas.
Los CpG no metilados se encuentran principalmente en las islas CpG (en el promotor de muchos
genes).
CpGs hipermetiladas en genes con imprinting (genes expresados dependiendo del sexo de los
progenitores), pseudogenes silenciados y repeticiones.

Metilación ADN Regulación génica

 La metilación es clave en el desarrollo embrionario incluyendo la desmetilación y
metilación de novo (reprogramación) de las células germinales. Ratones sin DNMT
mueren muy temprano en el desarrollo.

La metilación de DNA es clave en la impronta génica (mantenimiento de la expresión

especifica de un alelo) y en la desactivación del cromosoma X • Los grados de
metilación de la región promotor de un gen y en el cuerpo génico influye en los
niveles de expresión.
Funciones e
impacto de la Metilación de DNA, estado de cromatina y expresión génica.

metilación
Hay proteínas que se unen específicamente al DNA metilado (MECP2, MBD1, MBD2,
MBD3, and MBD4) que contienen un dominio MBD (methyl-CpG-binding domain).

Hay proteínas que se unen específicamente a islas CpG no-metilados (la metilación
bloquea la unión)
HapMap Project

Proyecto internacional:Japón,U.K.,Canada, China,Nigeriay USA.

Inicio:Octubre2002.
Objetivo: desarrollar un mapa de haplotipos del genoma humano (HapMap) que
describirá los patrones comunes de variación en la secuencia de DNA.
El HapMap es de gran utilidad para la identificación de genes (salud humana,
enfermedades, respuesta a fármacos y a factores ambientales).
 Haplotipo
Haplotipo: combinación de alelos de diferentes loci que se transmiten
conjuntamente de una generación a la siguiente

The International HapMap Consortium , 2003.Nature, 426:789

 HapMap Project

En humanos, ~90% de la variación nucleotídica entre individuos es común.

Dos copias del genoma humano difierenen ~ 0,1% de las posiciones nucleotídicas.
Se estima en la población humana mundial existen unos 10 millones de posiciones
polimórficas.
Asociación entre alelos de SNPs próximos (desequilibrio de ligamiento).
En una región concreta, el genotipado de unos pocos tagSNPs aporta suficiente
información para predecir el genotipo del resto de SNPs.
El genotipo de los10 millones de SNPs se podrá estimar en gran medida con el
genotipado de 200.000 – 1.000.000 tag SNPs.
 Epigenómica

➢ Human Epigenome Project (HEP): Proyecto internacional que tiene como

objetivo descifrar el código epigenético humano.
➢
➢ Código epigenético: modificaciones químicas de la cromatina como son la
metilación del DNA y las modificaciones de las histonas.
 Epigenómica
Diciembre 2006: Eckhardt et al. publicación del primer análisis detallado de los patrones de
metilación de los cromosomas humanos 6, 20 y 22 en 12 tejidos sanos diferentes.
El método utilizado (conversión con bisulfito y secuenciación) permite cuantificar la metilación en
cada citosina.
Análisis de 2524 amplicones y 1,9 millones de CpGs.

1.Eckhardt et al., 2006 Nature Genetics, 38: 1378

 Epigenómica
Ejemplo de amplicones analizados
Isla CpG hipermetilada

Eckhardt et al., 2006 Nature Genetics, 38: 1378

 Epigenómica
Ejemplo de amplicones analizados

Isla CpG no metilada

Eckhardt et al., 2006 Nature Genetics, 38: 1378

 Epigenómica

27,4% de los loci No metilados (<20% metilació́n).

42,4% de los loci Hipermetilados (>80% metilación).
30,2% de los loci Metilación heterogénea (20-80% metilación).
La mayoría de las islas CpG están metiladas (sólo un 9% hipermetiladas).
No se observan diferencias en el patrón de metilación entre sexos o entre individuos de
diferente edad
Se cree que la expresión diferencial entre tejidos esta regulada parcialmente por regiones
metiladas diferencialmente entre tejidos. Sin embargo, sólo un 17% de las regiones 5’UTR
analizadas están diferencialmente metiladas y en un tercio de estas se observa una correlación
negativa entre el grado de metilación y la transcripción

Eckhardt et al., 2006 Nature Genetics, 38: 1378

 Representación de los niveles de metilación en regiones diferencialmente metiladas CG (a) y C-DMR (b) con
cobertura en los 152 adhesiones. Las etiquetas de las filas de colores de la izquierda del mapa de calor indican lo
que cuentan con un DMR cae en (azul, gen; oro, transposón; rojo, gen con un transposón insertado en un intrón,
gris, sin función). Las filas indican locus genómico de DMR y columnas indican adhesiones. C,

Nature 495, 193–198 (14 March 2013

 CNV (Copy Number Variation): fragmento de ADN de >50
pb que presenta un número variable de copias en
comparación con la secuencia de referencia del genoma.
Pueden ser deleciones, inserciones, duplicaciones y
Mapa variaciones complejas

Genómico de la
Variación en el Los CNVs pueden influenciar la expresión génica y la
variación fenotípica mediante la disrupción de genes o
Número de alterando la dosis génica
Copias

Noviembre 2006: Redon et al. publicación del primer mapa

de CNVs del genoma humano
 Copy number
variation (CNV)
Reordenaciones estructurales que
implican ganancias o pérdidas en el
número de copias.
 Métodos de
detección de CNV
• Hibridación de array con oligos.
• Secuenciación masiva.
• Chips de SNP.
Copy number variation (CNV)
Detección de regiones genómicas que contienen CNV (CNVR) en distintas
especies domésticas
Nº Nº Tamaño
Especie Rango (kb) Método detección Referencia
muestras CNVR medio (kb)
556 42 960,6 22,9 - 11.050 BovineSNP50 BeadChip Matukumalli et al. (2009)
265 368 171,5 50 - 200 BovineSNP50 BeadChip Bae et al. (2010)
Vacuno 20 304 72,3 1,7 - 2.000 Bovine 2.1 M aCGH arrays Fadista et al. (2010)
90 177 159 18 -1.260 Bovine 385k aCGH arrays Liu et al. (2010)
539 682 204,9 32,5 - 5.569 BovineSNP50 BeadChip Hou et al. (2011)
Ovino 11 135 77,6 24,6 - 505 Bovine 385k aCGH arrays Fontanesi et al. (2011)
Caprino 10 127 90,3 24,6 -1.070 Bovine 385k aCGH arrays Fontanesi et al. (2010)
12 37 9,32 1,7 - 61,9 Porcine 385k aCGH arrays Fadista et al. (2008)
Porcino 55 49 754,6 4,7 -10.700 Porcine SNP60 Beadchip Ramayo-Caldas et al. (2010)
474 382 250,7 5.03 - 2702 Porcine SNP60 Beadchip Wang et al. (2012)

Fuente: Clop et al. 2012

 Copy number variation (CNV)
Representación gráfica de los 49 CNVRs detectados en el trabajo de Ramayo-Caldas
et al. 2010
Identificación de regiones con variación en el número de copias
en una población porcina Duroc
Tabla 13. CNVR detectados por cromosoma
Cromosoma Número de CNV
1 8
2 2
4 4
5 1
6 1
7 1
8 2
9 1
11 3
13 1
14 5
15 1
18 2
Total 31
 Tamaño de los CNVRs
• Tamaño total de CNV: 6 Mb 0.2% del genoma
• Ramayo et al. 2010: 1.26%

• Tamaño de CNVRs: 24.25 Kb – 908.55Kb .

Ramayo et al. 2010: 754 Kb.
• Tamaño medio: 206.8 Kb Wang et al. 2012: 250 Kb.
Fadista
• et al. 2008: 9.32 Kb.

1000
900
800
700
600
500
400
300
200
100
0
 Descripción de los 31 CNVR detectados
nº Tamaño del CNV
SSC Inicio Final SNP_inicio SNP_final nº Anim Estado CNVR
SNP (Kb)

24.238338 24.505651 DRGA0000258 DRGA0000268 8 36 267,313 P/G 1

46.547554 46.594633 ALGA0002996 ALGA0002999 3 10 47,079 P/G 2

65.386239 65.873816 SIRI0000966 INRA0002667 17 10 487,577 G 3

1 71.896044 728.04600 INRA0002818 ALGA0004177 25 15 908,556 G 4

96.675543 96.769318 ALGA0004959 H3GA0002281 4 11 93,775 P/G 5

129.640999 130.085466 DRGA0001495 DRGA0001500 11 4 444,467 G 6

181.518754 181.583553 DRGA0001667 DRGA0001681 3 99 64,799 G 7

237.394874 237.672218 DRGA0002060 DRGA0002076 11 22 277,344 G 8

33.792013 338.99970 ALGA0013030 H3GA0006519 5 9 107,957 P/G 9

2
41.107184 41.155215 ALGA0013578 MARC0026693 3 88 48,031 P 10

24.971805 25.077329 MARC0007208 ALGA0024142 3 65 105,524 P/G 11

27.244122 27.308037 H3GA0012404 MARC0069424 4 9 63,915 G 12

4
51.102240 51.283046 ALGA0025026 ALGA0025029 6 63 180,806 G 13

57.335519 57.657349 ALGA0025162 ALGA0025180 8 8 321,83 G 14

5 35.897351 36.114676 DRGA0005696 ASGA0025454 7 32 217,325 G 15

6 108.644070 108.713299 ALGA0037340 ALGA0037327 3 9 69,229 P 16

 nº Tamaño del CNV
SSC Inicio Final SNP_inicio SNP_final nº Anim Estado CNVR
SNP (Kb)

7 37.071962 37.096217 ALGA0040386 M1GA0010028 3 12 24,255 P/G 17

21.944795 22.051483 ALGA0047075 INRA0029439 4 7 106,688 P/G 18

8
91.894224 91.925556 ALGA0049082 DRGA0008737 3 12 31,332 P/G 19

9 105.390518 105.510362 MARC0042257 DRGA0009743 4 19 119,844 G 20

42.766305 43.050946 ALGA0062084 INRA0036273 9 8 284,641 P/G 21

11 52.159212 52.607849 ALGA0062426 ALGA0062443 12 9 448,637 P/G 22
56.475864 56.844443 ALGA0062522 ALGA0062535 8 18 368,579 P/G 23

13 144.322587 144.382945 ASGA0060198 ALGA0074022 3 6 60,358 P/G 24

50.930105 51.060226 ALGA0077581 ALGA0077583 4 23 130,121 P 25

63.858599 63.882223 DRGA0013927 ALGA0078243 3 21 23,624 P/G 26

14
69.107838 69.487162 ASGA0064190 ASGA0064204 15 10 379,324 P/G 27
71.193204 71.398822 INRA0044709 DRGA0014036 8 4 205,618 G 28

111.363926 111.425317 ALGA0080738 MARC0079553 3 49 61,391 P/G 29

15 10.144722 10.183728 ALGA0083897 ASGA0068627 3 18 39,006 P 30

18 1.668268 2.091739 ASGA0078593 ASGA0078633 18 4 423,471 P/G 31

SSC: Cromosoma, P: Pérdida, G: Ganancia, las posiciones cromosómicas inicial y final

de los SNP se expresan en pares de bases (p.e. 24.238338 pb = 24.2 megabases)
 Genes anotados mediante el
programa Biomart
Cromosoma CNVR Genes (acrónimo) Genes (nombre completo)
1 CNVR1 NMBR neuromedin B receptor
CNVR3 RNU6-1 U6 spliceosomal RNA
CNVR4 GRIK2 glutamate receptor, ionotropic, kainate 2

2 CNVR10 INSC inscuteable homolog (Drosophila)

4 CNVR14 ZNF704 zinc finger protein 704
5 CNVR15 TRHDE thyrotropin-releasing hormone
degrading enzyme
RNU6-4 U4 spliceosomal RNA
7 CNVR17 CPNE5 copine V
13 CNVR24 TMPRSS2 transmembrane protease, serine 2
MX1 myxovirus (influenza virus) resistance 1, interferon-inducible protein p78

MX2 myxovirus (influenza virus) resistance 2, interferon-inducible protein p78

14 CNVR25 ZNF70 zinc finger protein 70

MMP11 matrix metallopeptidase 11 (stromelysin 3)

CHCHD10 coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain containing 10

C22ORF15 chromosome 22 open reading frame 15

VPREB3 pre-B lymphocyte 3

TOP3B topoisomerase (DNA) III beta
PPM1F protein phosphatase, Mg2+/Mn2+ dependent, 1F

CNVR26 RASGEF1A RasGEF domain family, member 1A

CNVR27 NRBF2 nuclear receptor binding factor 2

JMJD1C jumonji domain containing 1C
18 CNVR31 SHH sonic hedgehog
RBM33 RNA binding motif protein 33
 Copy number variation (CNV)

Capa blanca en porcino

(duplicación del gen KIT) Displasia ectodérmica
anhidrótica bovina
(deleción en el gen EDA)

Abortos y malformaciones Cresta en forma de guisante

(deleción en el gen MIMT1) (duplicación en el gen SOX5)
 Copy number variation (CNV)

Efectos de los CNV a nivel fenotípico

Especie Fenotipo Tipo de mutación
Displasia anhidrótica Deleción del exón 3 del gen EDA.
ectodermal
Displasia tubular renal Deleción de 37 kb (exones 1-4) o 56 kb (exones 1-4 y 21 pb
Vaca Osteopetrosis de exón 5) en el gen CLDN36.
Aborto y parálisis al Deleción de 2.8 kb en el gen SCL4A2 (pérdida del exón 2).
nacimiento Deleción de 110 kb que implica la pérdida de los exones 3 y
4 del gen MIMT1.
Oveja Color blanco Una duplicación de 190 kb incluyendo el gen ASIP.
Duplicación de un fragmento de 450 kb que incluye al gen
Cerdo Color blanco
KIT.
Color blanco y
Caballo Duplicación de 4.6 kb en el intrón 6 del gen STX17.
susceptibilidad a melanoma
Crecimiento de las plumas Duplicación de 176 kb conteniendo los genes PRLR y SPEF2.
Pollo
Cresta en forma de guisante Duplicación que altera la expresión del gen SOX5.
 CNV en distintas especies

. Detección de regiones genómicas que contienen CNV (CNVR) en distintas especies domésticas. Tomado
de Clop et al. (2012)