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Y CITOGENÉTICA
UNIDAD DIDÁCTICA 4
Hibridación de Ácidos Nucléicos
Daniel Brell Martín
Ldo. Biología y Bioquímica
Ciclo Formativo de Grado Superior en Anatomía Patológica y Citodiagnóstico
EL CONCEPTO DE HIBRIDACIÓN Y SU APLICACIÓN
EN BIOLOGÍA MOLECULAR
INTRODUCCIÓN
Hibridación → unión de dos moléculas monocatenarias de ácidos nucleicos por complementaridad
de bases dando lugar a una molécula híbrida bicatenaria.
Permite la construcción artificial de ácidos nucleicos bicatenarios del tipo:
ADN – ADN.
ARN – ARN.
ADN – ARN.
En Biología Molecular, se utiliza para detectar secuencias concretas de ácidos nucleicos en base de
ADN o ARN (secuencias diana) mediante el empleo de sondas o fragmentos complementarios con los
que se marcan para poder visualizarlos posteriormente.
EL CONCEPTO DE HIBRIDACIÓN Y SU APLICACIÓN
EN BIOLOGÍA MOLECULAR
INTRODUCCIÓN
Secuencia diana → secuencia concreta de bases nitrogenadas que se pretende detectar en un estudio
molecular concreto.
Sonda → cadena de nucleótidos cuya secuencia de bases nitrogenadas es complementaria a la secuencia
diana.
Técnicas de hibridación → metodología de laboratorio consistente en la creación de sondas artificiales y
complementarias a un ácido nucleico o secuencia diana que se desea marcar.
Existen distintas técnicas de hibridación en función de:
El tipo de ácido nucleico que se pretende detectar.
El tipo de sonda que se va a utilizar.
El tipo de marcaje de la sonda.
El medio o soporte en el que se realiza la hibridación.
BASES TEÓRICAS DE LA HIBRIDACIÓN
Fundamento → la hibridación sonda – secuncia diana se basa en los fenómenos de desnaturalización /
renaturalización de las moléculas bicatenarias de ADN.
DESNATURALIZACIÓN
Es una de las propiedades del ADN consistente en la separación de las dos cadenas que conforman la
molécula bicatenaria por ruptura de los puentes de H entre las bases nitrogenadas complementarias.
Tiene lugar cuando la tª o el pH aumentan.
Curva de fusión del ADN → permite la representación del fenómeno de desnaturalización de la
molécula bicatenaria en solución a través de su absorbancia a 260 nm y en
función de la tª. Se distinguen 3 zonas en la curva de fusión del ADN:
Primera zona (A): tramo recto sin pendiente, con valor cte. aunque se eleve la tª. Corresponde al valor basal de
absorbancia de la molécula bicatenaria y depende únicamente de la [ADN] en solución. Se caracteriza por
presentar un porcentaje de desnaturalización del 0%.
Segunda zona (B): aumenta la absorbancia a medida que aumenta la tª, en forma de curva sigmoidea, hasta
alcanzar un valor de absorbancia máximo con una desnaturalización del 100%.
Efecto hipercrómico → fenómeno por el cual aumenta la absorbancia del ADN a medida que éste se desnaturaliza.
Tercera zona (C): recta de pendiente prácticamente nula, con una absrobancia máxima cte aunque la tª aumente,
y en la que el ADN se mantiene desnaturalizado al 100%
BASES TEÓRICAS DE LA HIBRIDACIÓN
Donde:
C = concentración de ADN monocatenario en un tiempo t determinado.
C0 = concentración inicial a t=0.
k = constante de reasociación.
BASES TEÓRICAS DE LA HIBRIDACIÓN
RENATURALIZACIÓN
Curvas de renaturalización (Curva Cot) → se obtienen al representar el porcentaje de ADN
renaturalizado frente al logaritmo de C0t.
El comportamiento de la curva estará determinado por la complejidad del ADN (Procariota Vs Eucariota).
Desplazamiento de la curva de
fusión de un híbrido por aumento de
la concentración de cationes
monovalentes o de agentes
desnaturalizantes en el medio en que
está disuelto.
TIPOS Y CARACTERÍSTICAS DE LAS SONDAS
CARACTERÍSTICAS
Pueden ser monocatenarias o bicatenarias, con un tamaño variable (desde 50 pb a +1000 pb).
La elección de las sondas se llevará a cabo en función de la especificidad y sensibilidad que se pretenda
conseguir en relación al ensayo realizado.
Especificidad → capacidad de la sonda para discriminar la secuencia diana con la que debe hibridar.
Tamaño mínimo de la sonda para ser específica → 16 pb.
Sensibilidad → probabilidad de detectar cantidades mínimas de secuencia sonda hibridada con secuencia
diana
Está en relación con el nº de moléculas marcadoras que admite la sonda.
Inconvenientes:
Menor solubilidad que las sondas ADN o ARN, la cual disminuye enormemente con el tamaño
de la molécula (≠ más de 30 bases).
Solo pueden obtenerse por síntesis química.
TIPOS Y CARACTERÍSTICAS DE LAS SONDAS
SONDAS QUÍMICAS SINTÉTICAS DE ÁCIDOS NUCLEICOS
(a) Unidad de aminoetil-glicina. (b) Unidad de aminoetil-glicina con una base nitrogenada acoplada a través de
un radical acetilo. (c) Apareamiento de una cadena de PNA y otra de ADN mediante puentes de hidrógeno entre
bases nitrogenadas complementarias.
TIPOS Y CARACTERÍSTICAS DE LAS SONDAS
SONDAS QUÍMICAS SINTÉTICAS DE ÁCIDOS NUCLEICOS
Sondas de ácidos nucleicos bloqueados (LNA) → oligómeros sintéticos de ribonucleótidos en
los que algunas de las ribosas del esqueleto azúcar-fosfato se han modificado químicamente por
la formación de un puente de oxígeno entre el C 2’ y el C 4’.
Se utilizan principalmente en técnicas de hibridación in situ.
Ventajas:
Mayor sensibilidad y especificidad que las sondas de ARN sin modificar.
Inconvenientes:
Solo pueden obtenerse por síntesis química.
EL MARCAJE DE LAS SONDAS
Las sondas utilizadas en Biología Molecular para llevar a cabo técnicas de hibridación deben estar marcadas
para poder detectar el híbrido formado una vez unida a la secuencia diana.
Marcaje → procedimiento de marcar la sonda utilizada en un determinado ensayo de hibridación para
poder visualizar los resultados obtenidos.
TIPOS DE MARCADORES → condicionan el método de detección usado con el híbrido.
Marcadores que posibilitan la detección directa del híbrido resultante.
Isótopos radiactivos → elementos químicos capaces de emitir radiaciones.
Los más comunes son el 32P y el 3H.
El marcaje de la sonda se lleva a cabo utilizando nucleótidos radiactivos que portan alguno de estos
isótopos.
Este tipo de marcaje se utiliza principalmente en técnicas de hibridación en filtro (Southern blot,
Northern blot y dot blot).
La detección del híbrido resultante se realiza por revelado mediante autorradiografía con película de
rayos X.
Ventajas:
Gran sensibilidad.
Inconvenientes:
El uso de este tipo de sondas requiere unas instalaciones especiales y personal cualificado.
El uso de material radiactivo supone un riesgo a tener en cuenta respecto a la manipulación.
EL MARCAJE DE LAS SONDAS
Marcadores que posibilitan la detección directa del híbrido resultante.
Fluorocromos → compuestos químicos que emiten luz al ser excitados por luz ultravioleta.
Este tipo de marcaje se utiliza principalmente en la técnica FISH (hibridación in situ
fluorescente).
Ventajas:
El uso de varias sondas marcadas con distintos fluorocromos permite la detección
simultánea de varias secuencias diana.
Inconvenientes:
El uso de este tipo de sondas requiere un microscopio de fluorecencia.
Marcadores que requieren métodos indirectos de revelado en varios pasos.
Haptenos → moléculas de pequeño tamaño que, una vez unidos a los nucleótidos, requieren métodos
indirectos de revelado basados en la afinidad química de las moléculas o mediante
ensayos inmunológicos.
Los haptenos más utilizados son la digoxigenina y la biotina.
Este tipo de marcaje puede utilizarse en cualquier técnica de hibridación.
La sensibilidad de las sondas marcadas por haptenos es menor que las sondas marcadas por
isótopos radiactivos.
EL MARCAJE DE LAS SONDAS
MÉTODOS DE MARCAJE → La mayoría de los métodos de marcaje se basan en reacciones
enzimáticas que favorecen la incorporación de nucleótidos
marcados a la sonda.
Algunos de los métodos de marcaje más habituales son:
Desplazamiento de mella → permite el marcaje de sondas de ADN bicatenario de gran tamaño e incluso
genomas completos.
Se comienza incubando (a baja tª ≈ 15 ºC) una determinada
cantidad de sonda (≈ 1 g) con una mezcla de reacción
[ADNasa I + ADNpol I bacteriana + mezcla de
desoxirribonucleótidos trifosfato (de los cuales, uno estará
normal/ marcado con un isótopo radiactivo o con un
hapteno)].
Distinguimos los siguientes eventos:
1. La ADNasa I rompe enlaces fosfodiéster entre dos
nucleótidos consecutivos al azar en ambas cadenas de
la sonda (nick = mellas).
2. La ADNpol I elimina nucleótidos uno a uno gracias a
su actividad exonucleasa 5’ → 3’, sintetizando
simultáneamente ADN complementario a la hebra Esquema del marcaje de sondas mediante el
intacta gracias a su actividad polimerasa 5’ → 3’. método de desplazamiento de mella.
EL MARCAJE DE LAS SONDAS
MÉTODOS DE MARCAJE
Algunos de los métodos de marcaje más habituales son:
Cebado al azar o cebado aleatorio (randompriming) →
permiten también el marcaje con isótopos radiactivos o
haptenos de sondas de ADN bicatenario de gran tamaño o
genomas completos.
La sonda se incuba con una mezcla de reacción
[Fragmento Klenow de una ADNasa I (con actividad
polimerasa 5’ → 3’ pero no exonucleasa) + mezcla de
desoxirribonucleótidos trifosfato (de los cuales, uno
estará normal/ marcado con un isótopo radiactivo o con
un hapteno)].
Distinguimos los siguientes eventos:
1. Desnaturalización de la sonda.
2. Unión de los hexámeros a las cadenas de la sonda
al azar.
3. Los hexámeros unidos a la sonda actúan como
cebadores para que la ADNpol. I sintetice cadenas
de ADN complementarias a la cadena que actúa de
molde, incorporando desoxirribonucleótidos del Esquema del marcaje de sondas mediante el
medio de reacción, uno de los cuales está
marcado. método de cebado aleatorio (random priming).
EL MARCAJE DE LAS SONDAS
MÉTODOS DE MARCAJE
Algunos de los métodos de marcaje más habituales son:
Marcaje terminal → se utiliza para marcar ADN de pequeño o mediano tamaño, monocatenario o
bicatenario, de forma radiactiva o mediante fluorocromos o haptenos.
Marcaje por PCR → el marcaje se lleva a cabo en el mismo proceso de obtención de las sondas por
PCR, utilizando desoxinucleótidos marcados radiactivamente o con haptenos en la mezcla de
reacción.
Marcaje de sondas de ARN → el marcaje se realiza en el mismo proceso de obtención de la sonda
ARN por transcripción mediante una ARN pol. añadiendo ribonucleótidos marcados a la mezcla de
reacción.
EL MARCAJE DE LAS SONDAS
PURIFICACIÓN DE LA SONDA → eliminación de los nucleótidos libres marcados
presentes en el medio de reacción.
Los dos métodos más usados para la purificación de sondas son cromatográficos:
Cromatografía de exclusión por tamaño → emplea geles empaquetados en microcolumnas
acopladas a tubos colectores tipo eppendorf.
Una vez cargada la mezcla de reacción en la columna y realizada una centrifugación, los
nucleótidos libres quedarán retenidos en el gel y la sonda marcada purificada se recogerá en el
tubo colector.
Cromatografía de adsorción → emplea matrices de vidrio o sílice empaquetadas en
microcolumnas acopladas a tubos colectores tipo eppendorf.
FASES DE LA HIBRIDACIÓN
Generalmente, las técnicas de hibridación pueden dividirse en 4 fases:
Fase de prehibridación → fase de preparación de la muestra y soporte.
Fase de detección del híbrido → el método de detección variará en función del marcaje:
Marcaje radiactivo → autorradiografía.
Fluorocromos → emisión fluorescente emitida a cierta λ observada en microscopio de fluorescencia.
Haptenos → métodos inmunohistoquímicos con uso de inmunohaptenos marcado con un fluorocromo
(visualización en microscopio de fluorescencia) o con una enzima que cataliza una reacción
que produce color (visualización con microscopio óptico convencional).