Proteínas

CHON P, Fe, Zn, Cu y Mg

• No hay depósito corporal de

proteínas, sino pool de aa

• Constituyen el 50% del peso seco de

los tejidos

• No existe proceso biológico alguno

que no dependa de la participación de
las proteínas

• El orden y disposición de los aa

depende del código genético
Unidades monoméricas de las proteínas
“Todas las proteínas están constituidas por aminoácidos (aa) unidos en una
secuencia lineal mediante un tipo específico de enlace covalente”.

AMINOÁCIDO
Es una molécula orgánica que contiene
en uno de sus extremos un grupo
carboxilo (-COOH) y en el otro un
grupo amino (-NH2).

Todos los aa que se hallan en las

proteínas son alfaaminoácidos.

“Las cadenas laterales

Mediante la combinación de 20 aa se confieren a cada uno de los
generan una gran diversidad de aa sus propiedades”.
proteínas
Enlace peptídico
Enlace covalente peptídico
• Unión covalente

• Muy resistente a la hidrólisis

• Formación entre el grupo amino y el grupo carboxilo con la eliminación de

una molécula de agua

• Se forman por condensación de aa en los ribosomas

• Los compuestos formados por una reacción entre un grupo amino y un

grupo carboxilo también se llaman amidas
Disposiciones diferentes en el espacio
Los cuatro grupos pueden ocupar dos
disposiciones diferentes en el espacio:
enantiómeros o estereoisómeros.

Levógiros Dextrógiros

Todos los aa de las

proteínas tienen
configuración L y
difieren entre sí
por sus grupos R
 Estructura y propiedades individuales
* * * En la síntesis de proteínas se
utilizan 20 aa diferentes
APOLARES SIN
CARGA

* *

Nuestras células sólo pueden

fabricar 11 de los 20 aa

* POLARES SIN CARGA

ÁCIDOS BÁSICOS Los nueve restantes:

* * Aminoácidos esenciales
*

La carga de una molécula influye en el tipo de interacción con otras moléculas, esta propiedad
es útil para el aislamiento y purificación de los aa y proteínas.
 > Formación de estructuras complejas:

a) “Los aa se representan con dos

símbolos para cada aa”.
b)

c)
1. Consta de las tres primeras
letras de cada aa.
d)
1. Se compone de una sola
e) 10 a 20 aa Oligopéptidos letra.

f) 21 a 50 aa Polipéptidos

g) > 50 aa Proteínas “Facilitar la comunicación y

escribir secuencias de proteínas
grandes en espacios pequeños”
El peso promedio de un residuo de aa es de
alrededor de 110 daltones (un dalton es igual a una
unidad de masa atómica).
Nombres y abreviaturas

Q
A M
M I
M
P K
P D
I W V

K
S
F Q A W

V
L D V
Función
Arginina, participa en el
Tirosina y triptófano son precursores ciclo de la urea
clave de muchas hormonas y
neurotransmisores

La Glicina al ser el aminoácido más simple

es uno de los más solubles en agua y es
común que se una a otras moléculas para
hacerlas más solubles y puedan
excretarse por la orina
Un derivado de la Metionina
aporta grupos metilo en las
reacciones de metilación
Ácido glutámico, se utiliza
como intensificador de sabores
Histidina. Vasodilatador, se halla en
los sitios activos de las enzimas
 Linus Pauling: Conformación
tridimensional
Ø Predijo que aminoácidos enlazados
podian formar una α hélice

Ø Conformaciones nativas

Ø Mioglobina

ØDesarrollo del concepto de

complementariedad en las reacciones
antigeno-anticuerpo

Ø 4 Niveles de estructura
 Estructura primaria
• Es el orden en que se enlazan covalentemente los aminoácidos

Ø Es el primer paso
unidimensional para especificar la
estructura tridimensional de una
proteína

Ø Se incluyen las interacciones

por enlace covalente peptídico

“Las proteínas tienen

dirección”
 Importancia funcional de la estructura
primaria de las proteínas
La sucesión de aminoácidos de una proteína determina su estructura tridimensional, que
a su vez determina sus propiedades.

Anemia Drepanocítica

1. Mecanismo de acción

2. Enfermedades crónicas y
letales

3. Historia evolutiva

Común en personas con ascendencia africana o mediterránea, así como en personas de Centro y Suramérica,
el Caribe y Medio Oriente.
Segundo nivel: estructura secundaria

Ø Es el acomodo en el espacio
de los átomos del esqueleto
peptídico

Ø Formación de ángulos

Ø Estructuras regulares: α y β

Ø Tienen interacciones
repetitivas que son resultado de
la formación de puentes de
hidrógeno
Segundo nivel: estructura secundaria
hélice alfa
• Es una estructura secundaria encontrada de manera común en las proteínas globulares.

• Formación espontánea

ØEstabilidad (carboxilo-4 amino)

ØCada vuelta de un α hélice contiene 3.6 aa 0.54nm

Ø R expuestas hacia afuera

Ø Dominios o estructuras supersecundarias

Los aa A, D, I, L y M favorecen su
formación, mientras que G y P actúan
de manera contraria.
 Segundo nivel: estructura secundaria
lámina-beta
• La estructura se halla siempre completamente extendida

Paralela

β-plegada

Antiparalela

• Las cadenas laterales se encuentran

alternadas.
Tipos de conformaciones proteínicas de
acuerdo a su estructura secundaria
Fibrosas Globulares

Alargadas e insolubles Esféricas y solubles

 Estructuras supersecundarias
Las estructuras secundarias forman distintos dominios proteicos. Contienen entre 40 a
350 aa.

Quinasa Src

Meandro beta

Las proteínas pequeñas pueden

contener un solo dominio,
mientras que las mayores pueden
contener varias docenas de
dominios.
El núcleo central de un dominio puede estar formado por
hélices alfa, láminas beta o por varias combinaciones de estos.
 Tercer nivel: estructura terciaria
Es la relación espacial entre las diferentes estructuras secundarias y como éstas se pliegan
sobre sí mismas para la formación de la estructura tridimensional.

• Es el acomodo tridimensional de todos los átomos de la

molécula, incluyendo la relación entre diferentes dominios

• Interacciones entre cadenas R

• Estructura peglada final: Conformación

Cuatro maneras de representar a una
proteína…
A B

Esqueleto Cinta
C D

Cable Modelo espacial compacto

Cuarto nivel: estructura cuaternaria
Contienen mas de una cadena polipeptídica. Cada cadena polipeptídica en este
nivel recibe el nombre de subunidad.

Lugar de unión
“Estructuras No
covalentes”

Modificaciones postraduccionales

-Acetilación: menos susceptibilidad a degradación

-Hidroxilación: en residuos de prolina estabilizan las fibras de colágeno
-Fosforilación: activación/inactivación

Holoproteínas Heteroproteínas
(grupo adicional)
Principales modificaciones
MODIFICACIÓN aa MODIFICADO
Fosforilación Ser, Thr y Tyr
Hidroxilación Lys y Pro
Acetilación Lys y Ser
Metilación Lys, His y Arg
Sulfatación Tyr
Carboxilación Glu
Selenización Ser
Ubiquitinación Lys
Glicosilación Variado
 Cuarto nivel: estructura cuaternaria

• Interacciones entre diferentes cadenas

proteicas

• El numero de cadenas puede variar desde dos

hasta mas de una docena y las cadenas pueden
ser idénticas o distintas
Proteosoma Chaperonas

Las chaperonas moleculares

son vitales en las
superpobladas condiciones del
citoplasma.
Fuerzas que mantienen la estructura terciaria y
cuaternaria:

ØPuentes de hidrógeno

ØPuentes disulfuro

ØInteracciones hidrofóbicas

ØInteracciones iónicas

ØFuerza catión TT
 Estructura Nativa-Desnaturalización
Cuando cambian las condiciones ambientales hay pérdida de la conformación nativa o
tridimensional de la proteína.

• Se mantiene la estructura primaria

• Pérdida de la estructura secundaria,

terciaria y cuaternaria

• Cambios en las propiedades físicas,

químicas y biológicas
Threading
Adapta una secuencia de aminoácidos a un plegamiento proteico particular. El
ordenador busca el mejor ajuste de la secuencia de aa a la estructura.
Funciones esenciales
Funciones

• Enzimáticas
• Toxinas
• Receptoras
• Factores tróficos
• Factores de transcripción
• Luminiscencia
Estructura y función del DNA
¿Cómo sabemos que el DNA es el
material genético?
Estructura y función del DNA
R. Franklin M. Wilkins

1920-1958 1916-2004
 Estructura del DNA

Grupo fosfato

Bases nitrogenadas

Ribosa Desoxirribosa
 Nucleótido

5’

3’
> N9 de las purinas
> N1 de las pirimidinas
 Precursores del DNA

Nucleótido: grupo fostato + azúcar + base nitrogenada

Desoxirribonucleótidos trifosfatados

Desoxitimidín trifosfato (dTTP)

Desoxiadenosín trifosfato (dATP)
Desoxiguanosín trifosfato (dGTP)
Desoxicitidín trifosfato (dCTP)
 Enlaces por
puentes de H
5’ 3’

Enlace
fosfodiéster Enlace N-
glucosídico
3’ 5’

Puentes de H: enlace químico débil Cadenas antiparalelas

entre el H y un O o un N
 DNA
5´ 3´

Surco menor

Surco mayor

ØCada vuelta 10.4 pb

Ø 3.4 nm de separación entre los

centros de pares de nucleótidos

Casi todo el DNA de una célula eucariota se halla recluido en el núcleo, que ocupa
alrededor del 10% del volumen celular.
 Conformaciones del DNA
Bajo ciertas condiciones la
molécula adopta otras
conformaciones.
Conformaciones del DNA

P-DNA

G-DNA
H-DNA
 Niveles de estructura del
DNA

Primaria

Secundaria

Terciaria
Dos conceptos que no hay que olvidar…

Compactación plectonémica

Compactación toroidal
Cromatina
Cromatina: es la estructura en la que el DNA se organiza y empaca en el núcleo de
la célula eucarionte.

Las histonas son proteínas básicas con un alto contenido de lisina y arginina (aa
básicos)
Epigenética y epigenómica

Las influencias del medio ambiente incluyendo la nutrición, el estrés, las sustancias
tóxicas y las emociones pueden modificar los genes sin cambiar la secuencia básica del
DNA y pueden pasar a nuevas generaciones.
Epigenética y epigenómica
Epigenética: todos los cambios heredables en la expresión génica que ocurren sin
que se presenten modificaciones en la secuencia del ADN.

Epigenómica: se aplica al estudio de las

complejas modificaciones que experimenta
la cromatina tanto en su modificación
química como en los cambios topológicos
condicionados por efectos internos y
ambientales.
 Regulación epigenética: modificación
de histonas

Acetilación Metilación Fosforilación Ubiquitinación ADP-ribosilación

HATS: Acetil-transferasas La acetilación de residuos de lisina reduce el numero

HDACS: Desacetilasas de histonas de cargas positivas, reduciendo la afinidad entre las
histonas y el DNA, produciendo una ”relajación” del
nucleosoma.
Metilación y código de histonas

La metilación de histonas
puede ocurrir en diferentes
niveles:
> Lisina y arginina

ØMonometilación
ØDimetilación
ØTrimetilación

Y cada una de ellas puede

causar efectos diferentes.
Organización de los cromosomas
Genoma: la totalidad del ADN contenido en una célula, que incluye tanto los cromosomas
dentro del núcleo, como el ADNm (ADN mitocondrial).

ØCromosomas homólogos Cariotipo: Es el numero y apariencia de

los cromosomas en el núcleo de una
ØCromosomas sexuales célula eucariota.

Es el conjunto de cromosomas de una

especie o un organismo
Fluoresence In Situ Hybridization
Tres tipos de
secuencias de DNA
especializadas para
la segregación
cromosómica.
Estructura del cromosoma
Cromosomas plumulados
ØCromosomas ØCromómeros
interfásicos

ØPresentan bucles
de cromatina
descondensada

ØLa mayor parte

del DNA del bucle
esta expresado.
Cromosomas politénicos
• Cromosomas de larvas de insectos.
• Múltiples ciclos de síntesis de DNA sin división celular
• Los cromosomas homólogos se mantienen unidos lateralmente
• Gran tamaño

Bandas
Conjunto de 1024 secuencias
Interbandas

Ø30 a 300 kb

ØInterbandas: 5% del genoma

ØDistribución aleatoria en el contenido de genes

en bandas e interbandas
Puffs
Replicación del DNA
Replicación del DNA
En cada ciclo celular las hebras de las moléculas de DNA se separan y se copian con
la mas alta fidelidad.

Ø Ciclo celular
4-6 hrs
Ø Interfase

Ø Etapas
8-10 hrs

6-8 hrs

ØCélulas hepáticas
ØNeuronas
Cinasas dependientes de ciclinas como proteínas
responsables en el control del ciclo celular

(punto R)

(Activador de varios genes

asociados en la síntesis de DNA)
Cinasas/ciclinas como proteínas responsables en el
control del ciclo celular
Maquinaria de replicación
Ø Templado
Ø Secuencias o sitios de origen de replicación (ORI)
Ø Secuencias ricas en A-T
Ø Proteínas que reconozcan el ORI
Ø Helicasas
Ø Proteínas que impidan que se vuelva a cerrar la cadena
Ø DNA polimerasas y DNA primasas
Ø RNAsa H
Ø DNA ligasa
ØTopoisomerasas
Regulación de la replicación
Orc 1-6
ORC

(6)

Pre-RC

bf4
Mcm10 D
Cdc45 c 7 Pre-IC
Cd
(Desestabilización de la
doble hebra)
 • Helicasas
• Topoisomerasas
• SSB

E. Coli OriC 330 orígenes de replicación en el

4: 5´-TGTGGATAA-3´ genoma de la levadura y mas de 10,000
3: 5´-GATCTTTTATTT-3 en metazoarios.

ARS (autonomous replicate sequence): ATTTTATGATTTAT

Composición de la DNA polimerasa: 600 KDa
c) Ubicar a la subunidad β y descargarla

a) polimerización y exonucleasa b) homodímero: abrirse y

cerrarse alrededor del DNA

d) mantener unidos los dos

núcleos en una sola molécula
 Replicación del DNA y control de la
replicación
Cadena lider
SSB
(clase I y clase II)

Cadena
rezagada Primasa
> DNA Pol. I y II: reparación
>DNA pol. III: elongación

> Replication terminator

protein (RTP): inhibir helicasas

Cuando la horquilla de replicación llega al final de un cromosoma lineal no hay lugar para
producir el cebador del RNA necesario para iniciar el último fragmento de Okazaki. Telomerasa:
En humanos GGGTTA - 10,000 nucleótidos
https://www.youtube.com/watch?v=DMbjI-uj6G8
Lazo t
Mutabilidad del genoma
 Mutabilidad del genoma
El mantenimiento de la Mutación
estabilidad genética es esencial > Cambio estable en la secuencia
para el éxito reproductivo de las del ADN y se hereda a la siguiente
generación. (inmegen.gob.mx)
especies, y la conservación del
potencial evolutivo. Esto requiere > Es un cambio en la secuencia
no sólo de un cuidadoso proceso de DNA. Sólo las mutaciones en
de replicación del DNA, sino la línea germinal pasan a la
también de descendencia. (National Human Genome
Research Institute)
mecanismos
eficaces para
reparar las
lesiones
que ocurren
continuamente en él.
 Mutabilidad
Las mutaciones pueden ocurrir en forma espontánea o ser inducidas por mutágenos

Mutaciones

Somática Gamética Cromosómica Genómica Molecular

Deleción Euploidias Espontáneas

Duplicación
Aneuploidias Inducida
Inversión s
•Puntuales
•Transiciones
(estructura y numero) •Transversiones
Translocación •Inserciones
(Transposones)
Lesiones espontáneas e inducidas
Algunas lesiones son consecuencia de
factores ambientales, como la
radiación y los mutágenos.

Por acción del agua---Daño

hidrolítico.

Pérdida de grupos amino en la

citosina.
Hotspots

“Son sitios donde la tasa de

mutaciones supera el rango de
distribución, estos tienen de
10 o hasta 100 veces más
mutaciones que lo previsto”.
El DNA se daña por alquilación, oxidación y
radiación
a) b)

La oxidación de la guanina
genera 7,8 dihidro-8-
oxoguanina (oxoG) formando
un aducto con A

G:C a T:A

Aducto: corresponde a bases de DNA con un grupo químico adicional, no asociado

con la fisiología normal.
Depurinaciones
Transición y transversión
Sustitución de una Sustitución de una
pirimidina por otra o de una pirimidina por una purina o
purina por otra. viceversa.