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PROTEÍNAS Y ENZIMOLOGÍA
PROTEÍNAS Y ENZIMOLOGÍA
4.1AMINOÁCIDOS
FÓRMULA GENERAL Y ESTEREOQUÍMICA
• Todos los aminoácidos son polares con carga.
• Fórmula general:
• El isómero que en la proyección de Fischer tiene el grupo amino a la derecha se denomina forma D (del
griego Dextro), y el que tiene el grupo amino a la izquierda forma L (del griego Levo).
• Los aminoácidos proteicos son L-α-aminoácidos. Existen 20 especificados en el código genético.
AMINOÁCIDOS APOLARES
ALIFÁTICOS
Glicina Alanina Valina Leucina Isoleucina
AROMÁTICOS CON AZUFRE IMINOÁCIDOS
Fenilalanina Triptófano Metionina Cisteína Prolina
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TEMA4. PROTEÍNAS Y ENZIMOLOGÍA
PROPIEDADES ÁCIDO-BASE
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TEMA4. PROTEÍNAS Y ENZIMOLOGÍA
PUNTO ISOELÉCTRICO
• Los aminoácidos neutros tienen un valor de pI próximo a 6
CONCEPTOS CLAVE
• Todos los aminoácidos constan de un átomo de C tetraédrico central unido a: un grupo amino, un grupo
ácido carboxílico, una cadena lateral característica y un átomo de hidrógeno. Estos C tetraédricos, a
excepción de en la glicina, son asimétricos (centros quirales) y, por tanto, presentan isomería óptica.
• Todas las proteínas naturales están constituidas por un conjunto de 20 L-aminoácidos.
• Los aminoácidos se clasifican en distintos grupos según la naturaleza de su cadena lateral: apolares (cadena
hidrofóbica); polares sin carga; polares con carga negativa a pH fisiológico (ácidos); polares con carga
positiva a pH fisiológico (básicos).
• Los aminoácidos son sustancias anfóteras ya que pueden actuar como ácidos y como bases.
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TEMA4. PROTEÍNAS Y ENZIMOLOGÍA
• El pKa de un grupo funcional concreto está muy influido por las características químicas de los grupos
funcionales próximos presentes en la molécula.
• El punto isoeléctrico (pI) es el valor de pH en el que la carga neta del aminoácido es cero.
• A valores de pH por debajo de su pI los aminoácidos tienen carga neta positiva; y a valores de pH superiores
a su pI, presentan carga neta negativa.
• Al pH correspondiente al pKa de los grupos funcionales ionizables, los aminoácidos tienen poder
tamponante.
4.1. PÉPTIDOS
ENLACE PEPTÍDICO
• Los α-aminoácidos pueden unirse por medio de enlaces amida (tipo de enlace a nivel químico)para dar
lugar a cadenas de aminoácidos denominadas péptidos o proteínas.
• El enlace se produce entre el grupo carboxilo de un aminoácido y el grupo amino de otro y se conoce como
enlace peptídico (nombre del enlace).
• Dirección de las secuencias de aminoácidos.
o Se leen desde el extremo amino hasta el extremo carboxilo.
• Péptido: resultado de la unión de 2 o más aminoácidos mediante enlace peptídico (en cadena lineal).
• Los más pequeños (en general, oligopéptidos) se nombran según el número de residuos que lo componen:
dipéptido, tripéptido, tetrapéptido, etc. Para números altos, polipéptidos.
• Residuo: cada unidad de aminoácido de un péptido (con respecto al aminoácido del que proviene, ha
perdido un átomo de H de su grupo amino y la porción hidroxilo, OH, del grupo carboxilo).
• Todos los péptidos presentan dos extremos o términos distintos: uno con un grupo NH3 + libre (residuo N-
terminal o aminoterminal); y otro con un grupo COOlibre (residuo C-terminal o carboxiloterminal).
• El enlace peptídico es una mezcla entre enlace sencillo y doble enlace; los valores de rigidez y las distancias
de enlace son intermedios. Los asociados con el enlace peptídico son coplanares (están en el mismo plano);
por tanto, existe resonancia o deslocalización electrónica.
• La cadena polipeptídica no es flexible sino que está constituida por una serie de planos rígidos que
sólo pueden girar a nivel del C-alfa. Estos planos están definidos por la rigidez del enlace peptídico N-
C.
• La rotación es posible alrededor de los enlaces N-C y C-C
• Los péptidos son cadenas lineales NO ramificadas de aminoácidos porque no implican a los radicales
(que quedan fuera de los planos).
o Son cadenas lineales, no se ramifican.
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PUENTES DISULFURO
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HÉLICE ALFA
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LÁMINA BETA
• La lámina β está constituida por varias cadenas polipeptídicas dispuestas en zigzag y unidas entre sí por
puentes de hidrógeno.
• Las cadenas están bastante estiradas (no hélice sino plegamiento).
• Los puentes de H son intercatenarios y se forman entre los O de los carbonilos y los H de los grupos amino
(de los enlaces peptídicos) pero de distintas cadenas polipeptídicas que están adyacentes.
• Los grupos R de los aminoácidos adyacentes sobresalen de la estructura en zigzag en direcciones opuestas
(alternancia).
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GIRO BETA
• Es bastante frecuente en las proteínas.
• Compuesto por 4 residuos dispuestos de tal forma que permiten un giro de 180⁰ en la cadena polipeptídica.
Hay varios tipos (el I el más frecuente).
• Se estabiliza por un puente de hidrógeno entre el grupo C=O del primer residuo y el grupo amino del cuarto
residuo.
• Necesarios para que se pueda formar una lámina
antiparalela dentro de un segmento contiguo de la misma
cadena (horquillas).
• Funcionan como conexiones entre diferentes elementos
de estructura secundaria.
• Participan frecuentemente en la formación de sitios de
unión de ligandos y de centros activos de las enzimas.
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PROTEÍNAS FIBROSAS
QUERATINAS
ALFA-QUERATINAS
• Las α-queratinas son proteínas estructurales relativamente duras que forman los anejos de la piel: pelo,
uñas, plumas, etc.
• Varias hélices- α se asocian entre sí para formar una superhélice.
• Y varias superhélices se asocian entre sí para dar lugar a una nueva estructura helicoidal.
• Las superhélices son levógiras, lo que concede una gran resistencia y estabilidad a la estructura (ya que las
hélices- α son dextrógiras).
• Las fuerzas que unen las hélices- α entre sí para formar superhélices son los puentes disulfuro. Por tanto,
en las α -queratinas habrá un alto porcentaje de aminoácidos cisteína.
• Las hélices-α no son exclusivas de las α-queratinas. En las proteínas globulares existen tramos de
estructura secundaria de hélice α, eso sí, con menor porcentaje de cys
BETA-QUERATINAS
• Las β-queratinas están formadas por muchas láminas β unidas de forma compacta (como en un “milhojas”).
Por la disposición de la lámina, los grupos R quedan dispuestos hacia arriba y hacia abajo de la lámina
plegada.
• Esta estructura compacta hace que haya aminoácidos pequeños en el plegamiento β, ya que los grupos R
grandes interferirían entre las láminas, lo que provocaría que la estructura se desestabilizase.
• Por lo anterior, las β-queratinas tienen un porcentaje muy alto de glicinas y alaninas.
• El plegamiento β es característico de las β-queratinas, pero no exclusivo de ellas. En las proteínas
globulares, la lámina β se forma entre 2 tramos de una misma cadena polipeptídica que se asocian en zigzag
porque gira sobre sí misma mediante un giro β.
COLÁGENO
• El colágeno es la proteína más abundante en mamíferos y su principal función es estructural. Abunda en
el tejido conectivo: tendones, membranas basales, córnea y, en general, en la matriz extracelular.
o La estructura del colágeno tiene una estructura secundaria repetitiva que sólo se encuentra en esta
proteína. El tripéptido repetitivo G-X-P o G-X-HP adopta una estructura helicoidal levógira con tres
residuos por vuelta.
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• Composición: alto porcentaje de glicinas (un tercio del total) y de prolinas (hasta otro tercio). También se
encuentran hidroxiprolinas (Hyp) e hidroxilisinas (Hyl), formas modificadas de Lys y Pro, respectivamente,
poco frecuentes en otras proteínas. Se ha observado que, con bastante frecuencia, se dan secuencias
repetidas de 3 residuos (tripletes) del tipo (Gly-X-Y)n, donde X e Y suelen ser Hyp y Pro.
o HIDROXIAMINOÁCIDOS (importantes)
• Se pueden distinguir 2 niveles de helicoidización : 1º) cada una de las 3 cadenas α; y 2º) la triple hélice.
• Estructura de la cadena α: hélice levógira; n=3 residuos, p=9,36 Å y d=3,12 Å. Muy cerrada sobre sí misma
(más cerrada y más estirada que la hélice α). Por esto, uno de cada 3 residuos tiene un R hacia el interior, y
como el R más pequeño es el de Gly, 1/3 de residuos es Gly. Los impedimentos estéricos (dificultad de
movimiento por choques de grupos) estabilizan la hélice de colágeno. No está estabilizada por puentes de
H sino por la presencia de prolinas, que impiden el giro libre (gran R).
• El tropocolágeno es el monómero del colágeno y está constituido por una triple hélice de 3 cadenas
polipeptídicas dispuestas de forma paralela (misma orientación), cada una de las cuales tiene unos mil
residuos de longitud.
• Estructura del tropocolágeno: hélice dextrógira paralela. Es muy resistente a la tracción porque el primer
nivel de helicoidización (cadena α) es hélice levógira. Estabilización por puentes de H intercatenarios
formados por 2/3 de los enlaces peptídicos. Las 3 cadenas se encuentran apiladas de forma que los residuos
G, P e HP de las distintas cadenas se encuentran al mismo nivel y establecen puentes de H intercatenarios.
La presencia de grupos OH de Hyp e Hyl colabora a la estabilidad por facilitar los puentes de H. Este
empaquetamiento más íntimo de las cadenas α proporciona una gran fuerza de tensión sin capacidad de
estiramiento.
• Los monómeros de tropocolágeno se disponen en filas paralelas para dar la fibrilla de colágeno, con la
peculiaridad de que cada fila está desplazada con respecto a la contigua (disposición diagonal).
• Entre los tropocolágenos quedan brechas o estrías, pero la estriación de la fibrilla es perpendicular a las
cadenas.
• Los monómeros están unidos entre sí por enlaces covalentes. Son típicos del colágeno y se forman (por
acción de enzimas) entre las R de las lys (que, por esta razón, son bastante abundantes en el colágeno).
Estos enlaces también se pueden dar entre una lys y una hyl, pero NO entre dos hidrolisinas (hyl).
• La rigidez y fragilidad del tejido conjuntivo en las personas de mayor edad son el resultado de la
acumulación de entrecruzamientos covalentes en el colágeno a medida que se envejece.
PROTEÍNAS GLOBULARES
ESTRUCTURA TERCIARIA
• Cada proteína globular posee una estructura terciaria característica, íntimamente ligada con su función
biológica.
• Para la realización de sus funciones muchas proteínas requieren componentes no proteicos (cofactores).
Se distinguen así dos formas de la proteína:
o Apoproteína, que no incluye el cofactor y por tanto carece de actividad
o Holoproteína, que incluye el cofactor y es por tanto la forma funcional
• Cuando el cofactor está unido a la proteína de modo fuerte se denomina grupo prostético.
• Un grupo prostético es una molécula de naturaleza no proteica que se encuentra asociada a una proteína
y es necesaria para su función. La unión del grupo prostético a la proteína puede ser o no covalente, pero
es estable (fuerte).
• La gran funcionalidad de las proteínas globulares está relacionada con su estructura terciaria.
• Todas las proteínas globulares tienen una estructura con:
o un interior y exterior bien definidos.
o plegado compacto, con poco o ningún espacio vacío en su interior.
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TEMA4. PROTEÍNAS Y ENZIMOLOGÍA
o interior hidrófobo.
• La comparación de las estructuras terciarias de numerosas proteínas ha permitido comprobar que:
o Las proteínas que realizan funciones semejantes tienen regiones de estructura primaria
conservadas.
o Las secuencias conservadas se pliegan de la misma manera. Por el contrario, las secuencias que no
están conservadas entre sí presentan plegamientos distintos y se emplean para funciones
diferentes.
• Cada proteína globular tiene una conformación terciaria propia, que es característica y común a todas las
proteínas de ese tipo.
• Cada secuencia de aminoácidos posee una estructura característica.
• El dominio de una proteína es una zona que tiene entre 50 y 150 residuos y que presenta una unidad
estructural y funcional. Existen dominios, por ejemplo, de actividad quinasa, de unión a membrana, etc.
• Las variaciones en el medio (aumento de temperatura, modificaciones de pH, presencia de detergentes o
sales) alteran las interacciones no covalentes que mantienen la conformación nativa de la proteína
produciendo su desnaturalización o pérdida de estructura.
• Los procesos de desnaturalización y renaturalización de una proteína conducen siempre a la misma
conformación.
MIOGLOBINA
• La mioglobina (Mb) fue la primera proteína globular cuya estructura terciaria pudo resolverse por
completo, ya que es pequeña (17.200 Da), estable, fácil de purificar y fácil de cristalizar.
• Formada por una única cadena polipeptídica de 153 aminoácidos y un grupo prostético: el grupo hemo.
El grupo hemo está formado por una parte orgánica (protoporfirina) y un átomo de hierro, que puede
aparecer en dos estados de oxidación: Fe2+ y Fe3+ .
• La mioglobina es una proteína que se encuentra en el músculo, donde actúa como reserva de oxígeno al
captar el oxígeno liberado por la hemoglobina. El oxígeno se une sobre el grupo hemo.
• El grupo hemo sin unir a la cadena proteica tiene gran afinidad por el O2 y lo enlazaría de forma irreversible
formando grupos hemo-O2 -hemo.
ESTRUCTURA CUATERNARIA
• La estructura cuaternaria es propia de proteínas con varias subunidades y se refiere a la disposición de
éstas entre sí.
• Se pueden dividir en:
o proteínas homoméricas: las subunidades son idénticas entre sí
o proteínas heteroméricas: las subunidades son distintas.
• Se pueden nombrar según el número de cadenas polipeptídicas o subunidades que las componen como:
diméricas, triméricas, tetraméricas, etc.
• Una capacidad que proporciona la estructura cuaternaria frente a la terciaria es la posibilidad de
regulación: en determinadas condiciones externas, la función de la proteína se puede modificar (es la
ventaja de tener varias subunidades). Ejemplo: la función de la mioglobina (terciaria) es el almacenamiento
de O2 ; la de la hemoglobina (cuaternaria), el transporte de O 2 desde los pulmones hasta los tejidos, lo que
exige que ésta sea regulable
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TEMA4. PROTEÍNAS Y ENZIMOLOGÍA
HEMOGLOBINA
• La estructura de la hemoglobina (Hb) fue descrita por primera vez en 1959 por Perutz, que la resolvió por
cristalografía de rayos X.
• La hemoglobina es un tetrámero formado por 4 cadenas peptídicas, iguales 2 a 2, cada una de las cuales
lleva unido un grupo hemo, por lo que la Hb puede enlazar de forma reversible 4 moléculas de O2 .
• La Hb tiene una masa molecular de unos 65.000 Da. Es casi esférica (64 x 55 x 50 Å) y en ella las cuatro
cadenas se disponen de forma tetraédrica. Las 4 cadenas están unidas entre sí por enlaces no covalentes.
• Cada una de las subunidades del tetrámero tiene una forma virtualmente idéntica a la de la mioglobina, que
se denomina pliegue globina.
• En los mamíferos hay distintos tipos de hemoglobina que se distinguen entre sí por el tipo de cadenas
peptídicas que las forman. En la Hb A1 (α2β2 ):
o la cadena β tiene 146 aminoácidos.
o la cadena α tiene 141 aminoácidos
COOPERATIVIDAD Y ALOSTERISMO
• Cooperatividad y alosterismo son dos fenómenos que aparecen en muchas proteínas con estructura
cuaternaria y que están relacionados con la variación en la afinidad de una proteína por su sustrato.
o Cooperatividad: variación en la afinidad como consecuencia de la unión sobre la proteína del
propio sustrato y es consecuencia de un cambio conformacional inducido por la unión del sustrato
en el centro activo.
o Alosterismo: variación en la afinidad como consecuencia de la unión sobre la proteína de otra
sustancia distinta del sustrato, denominada regulador o modulador alostérico. Es consecuencia de
un cambio conformacional inducido por la unión del modulador en un sitio distinto del centro
activo, que se denomina centro regulador o centro alostérico.
• La sustancia reguladora o modulador alostérico puede tener un efecto:
o positivo, si aumenta la afinidad, y entonces se denomina activador
o negativo, si disminuye la afinidad, y entonces se denomina inhibidor.
COOPERATIVIDAD Y ALOSTERISMO EN LA H B
• La hemoglobina presenta el fenómeno de cooperatividad en su unión a las moléculas de oxígeno. Que la
unión de oxígeno se produce de forma cooperativa quiere decir que la unión de la primera moléculas de
oxígeno facilita la unión de las moléculas de oxígeno siguientes, es decir, que la unión del oxígeno sobre la
hemoglobina aumenta la afinidad de la hemoglobina por el propio oxígeno.
• El cambio conformacional que provoca la oxigenación de la Hb modifica el pK del grupo amino terminal de
las cadenas α y del grupo radical de la histidina 146 de las cadenas β, por lo que durante la oxigenación se
liberan H+ . El equilibrio de disociación hemoglobina/oxígeno puede por escribirse:
o HbH2 + 4 O2 ↔ Hb(O2 )4 + 2 H+
• Al descender el pH, la hemoglobina libera oxígeno. El H + es por tanto un modulador alostérico de la
hemoglobina, ya que modifica la afinidad de la hemoglobina por el oxígeno.
• El H+ es un modulador alostérico negativo o inhibidor de la hemoglobina, ya que reduce la afinidad de la
hemoglobina por el oxígeno.
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4.3 ENZIMAS
DEFINICIÓN Y CONCEPTOS
• Las enzimas son proteínas especializadas en la catálisis de las reacciones biológicas, cuya función
principal es disminuir la energía de activación de la reacción catalizada y así aumentar la velocidad de
la reacción.
• El mecanismo de actuación de las enzimas implica la necesidad de mantener su estructura tridimensional
y, en aquellas proteínas oligoméricas, su estructura cuaternaria.
• La principal ventaja de las enzimas frente a los catalizadores inorgánicos es que actúan en condiciones
suaves de pH y temperatura, con una gran eficiencia y selectividad (son muy específicas).
• Numerosas enzimas tienen un componente no proteico que es necesario para su correcto funcionamiento:
o Apoenzima: porción proteica
o Holoenzima: molécula completa; apoenzima
▪ Cofactor: catión metálico
▪ Coenzima: molécula orgánica
• Las enzimas (E) aceleran las reacciones biológicas actuando sobre sustratos (S) específicos que se van a
transformar en el producto (P) de la reacción, lo que consiguen gracias a una estructura tridimensional
característica, el centro activo, con un entorno químico adecuado que permite la interacción entre la E y
el S mediante la formación de un complejo binario denominado complejo enzima-sustrato (ES)
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TEMA4. PROTEÍNAS Y ENZIMOLOGÍA
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NOMENCLATURA
• Para nombrar las enzimas, se puede utilizar el nombre tradicional, que suele obtenerse añadiendo el sufijo
“-asa” al nombre del sustrato o al tipo de reacción que catalizan.
• Existe un nombre sistemático que indica más detalles sobre la reacción. Cada enzima se designa con las
letras E.C., con un subíndice de cuatro números que indican los siguientes aspectos:
o Primer dígito: nombre de la clase de enzima; del 1 al 6, siguiendo la clasificación de la IUBMB.
o Segundo dígito: subclase; normalmente el tipo de sustrato, el donador de electrones o el enlace
afectado
o Tercer dígito: aspectos específicos de la reacción como sustrato, grupo funcional que participa en
la reacción, etc.
o Cuarto dígito: número concreto que ocupa la enzima dentro de la subclase.
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REACCIONES MONOSUSTRATO
• Los estudios de velocidad de reacciones enzimáticas
aportan información sobre la afinidad de la enzima por
el sustrato y su eficiencia catalítica. También pueden
proporcionar información sobre el mecanismo de
reacción.
• Los estudios de velocidad de reacciones enzimáticas
monosustrato (las más comunes) se realizan
mezclando una cantidad conocida de enzima con una
concentración concreta de sustrato y midiendo la
velocidad de desaparición del sustrato o la de aparición
del producto.
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ECUACIÓN DE MICHAELIS-MENTEN
• El comportamiento de la reacción fue formulado matemáticamente por Leonor Michaelis y Maud Menten
en 1913. Estas dos bioquímicas asumieron que en las reacciones enzimáticas
monosustrato hay dos etapas.
1) Primero una etapa rápida y reversible de formación del complejo ES
2) Luego otra más lenta de disociación del producto
• Es decir, habría una fase de unión del sustrato y otra catalítica (ya que k1>>>>k2 ).
• De acuerdo con esta idea, la velocidad de la reacción (v0 ) depende de la concentración del complejo ES y
de la constante de velocidad de la etapa más lenta (k2 ), también denominada constante catalítica (kcat).
• Para la primera etapa, rápida y reversible, se define la constante de disociación del complejo ES, Ks . Se
utiliza la constante de disociación en lugar de la de asociación o formación del complejo ES porque Ks tiene
unidades de concentración y esto permite comparar su valor con el de la concentración de sustrato: cuanto
más fuerte sea la unión de la E al S, menor será el valor de la Ks .
• En un equilibrio químico, por definición, la velocidad de reacción en un sentido es igual a la velocidad de
reacción en sentido contrario. En este caso, la velocidad de formación del complejo es igual a la velocidad
de disociación del mismo:
o Velocidad de formación de ES: vf = k1 [Elibre] [S] → vf = vs = k1 [Elibre] [S] = k–1 [ES]
o Velocidad de disociación de ES: vs = k–1 [ES]
• Si se sustituye en la ecuación de Ks :
• Y despejando [ES]:
• Y puesto que cuando la enzima está saturada por sustrato ([Etotal] = [ES]), la velocidad que se alcanza es
la máxima posible (v0 = vmáx).
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• El estado estacionario se alcanza siempre que las velocidades de formación y desaparición del complejo
ES son iguales:
o Velocidad de formación de ES: vf = k1 [Elibre] [S]
o Velocidad de disociación de ES: vs = k–1 [ES] + kcat [ES]
• Por tanto:
• En esta ecuación se define una nueva constante que surge de la combinación de las constantes de velocidad
de la reacción; se conoce como la constante de Michaelis-Menten y se denomina KM.
• Teniendo en cuenta que la disminución de sustrato en la fase estacionaria es prácticamente insignificante,
se puede sustituir [Slibre] por [S]:
• Calculando la velocidad en función de la [ES] y teniendo en cuenta que cuando [S] tiende a infinito la
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PARÁMETROS CINÉTICOS
• Constante de disociación, Ks : su valor puede servir de referencia para conocer la afinidad de la enzima
por el sustrato. Un valor elevado de Ks indica una baja afinidad y viceversa. Tiene unidades de
concentración.
• Constante de Michaelis-Menten, KM: como Ks , tiene unidades de concentración. No es una verdadera
constante de disociación, pero su valor se aproxima mucho al de Ks cuando kcat <<< k–1 . Su valor equivale
a la concentración de sustrato que se requiere para alcanzar la mitad de la velocidad máxima. El valor de
KM también representa la [S] a la cual la mitad de los centros activos de las moléculas de enzima del ensayo
están ocupados por moléculas de sustrato (en el estado estacionario). Puede considerarse, por tanto, como
una medida de la afinidad de la enzima por el sustrato: un valor bajo de KM se puede relacionar con una
gran estabilidad del complejo ES, que indica una elevada afinidad de la enzima por el sustrato y, también,
que necesita menos sustrato para unirse al 50% de la enzima.
• Velocidad máxima, vmáx: tasa máxima teórica que se obtiene en unas condiciones determinadas. El valor
exacto no se obtiene experimentalmente, sino que se obtiene un valor aproximado cuando la velocidad
comienza a ser independiente de la concentración de sustrato (cuando [S] tiende a ∞). Para alcanzar la
vmáx sería necesario que todas las moléculas de enzima estuvieran estrechamente unidas con el S
(condiciones de saturación). Depende de la [E] y se mide en unidades de concentración por unidad de
tiempo.
• Número de recambio, kcat: es la constante de velocidad de la etapa limitante (la más lenta) de la reacción
de transformación del sustrato en producto y liberación de la enzima (en el caso de que ésta transcurra en
más de una etapa). Al tratarse de una constante de velocidad de primer orden se expresa en unidades
recíprocas de tiempo.
Representa el número de moléculas de sustrato que son transformadas en
producto por unidad de tiempo en una sola molécula de enzima cuando la [S] es
elevada. Define, por tanto, la velocidad máxima a la que una reacción enzimática
puede suceder, a una [E] determinada y a una [S] muy elevada, muy diferente de
las condiciones in vivo.
• Eficiencia catalítica, kcat/KM: la proporción entre las constantes kcat y KM se utiliza para comparar la
eficiencia catalítica de:
o distintas enzimas para transformar un mismo sustrato
o una misma enzima para transformar distintos sustratos.
Esta proporción tiene unidades de constante de velocidad de segundo orden (recíprocas de concentración
por recíprocas de tiempo).
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Un valor alto indica elevada capacidad de transformación del sustrato en producto (elevado valor de kcat)
y una elevada afinidad aparente de la enzima por el sustrato (valor bajo de KM). Cuando se cumplan estas
dos condiciones se obtendrá la mayor eficacia ya que no sólo hay una gran afinidad de la enzima por el
sustrato sino que, además, la enzima muestra un gran poder de transformación del sustrato en producto.
En condiciones celulares, este valor es importante pero también hay que tener en cuenta la [E] disponible.
Uno de los niveles de regulación de las reacciones enzimáticas en el metabolismo se lleva a cabo por un
control de la [E], bien un control genético de su síntesis o por un aumento en su velocidad de degradación.
• Como la vmáx es la asíntota de una hipérbole, y por tanto debería calcularse como un límite, la ecuación de
Michaelis-Menten resulta poco práctica para el cálculo de los parámetros cinéticos.
• Aunque actualmente existen programas informáticos que permiten obtener datos cinéticos muy precisos a
partir de datos experimentales representados en curvas hiperbólicas, en algunas ocasiones resulta útil
transformar la ecuación de Michaelis-Menten en una expresión algebraica que aporte datos numéricos
concretos para los parámetros cinéticos vmáx y KM. Las utilizadas con mayor frecuencia son:
1) Ecuación de Lineweaver-Burk o dobles recíprocos: consiste en representar los inversos de v0
frente a los inversos de [S]. Es muy útil para representar el efecto producido por inhibidores
reversibles.
ECUACIONES Y REPRESENTACIONES
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o El complejo ESI (inhibidor unido al complejo ES) está definido por la reacción y constante
siguientes:
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TIPOS DE INHIBICIÓN
• Existen cierto tipo de moléculas, denominadas inhibidores, que ralentizan o detienen las reacciones
enzimáticas. Pueden resultar muy eficaces en la búsqueda y elaboración de fármacos.
• Según el tipo de unión del inhibidor (I) con la enzima se distinguen:
o Inhibidores irreversibles: se unen a la enzima mediante enlaces covalentes (o interacciones no
covalentes pero muy estables) con los residuos imprescindibles para la catálisis, impidiendo su
función. Este tipo de inhibidores no tienen un comportamiento cinético de Michaelis-Menten.
o Inhibidores reversibles: se unen a la enzima mediante interacciones no covalentes, más o menos
estables, de forma reversible. Existen 3 tipos de inhibición reversible; en todos los casos v0
disminuye:
▪ Inhibición competitiva
▪ Inhibición no competitiva
▪ Inhibición acompetitiva
INHIBICIÓN COMPETITIVA
• Se caracteriza porque el inhibidor se une al mismo sitio que el sustrato (centro activo), impidiendo,
por tanto, la formación del complejo ES y, por tanto, también la formación de producto.
• Como la unión es reversible, en condiciones en las que la [S] sea muy elevada, es decir, la [S] estará en
exceso en comparación con la [I], es muy poco probable que el inhibidor se una a la enzima, por lo que la
reacción muestra una vmáx normal: vmáx = vmaxi.
• En [S] próximas a la KM, el inhibidor competirá con el sustrato por entrar en el centro activo de la enzima,
por lo que se necesitará más sustrato para alcanzar la mitad de la vmáx y la KMi (la aparente) tendrá un
valor mayor a la KM sin inhibidor competitivo. El incremento de este valor está relacionado con la [I] y con
Ki.
• El factor mediante el que se relacionan los parámetros cinéticos sin inhibidor y los “aparentes” se denomina
α o grado de inhibición, y es mayor cuanto mayores sean la [I] y la afinidad de la enzima por el inhibidor.
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INHIBICIÓN ACOMPETITIVA
• Los inhibidores acompetitivos se unen exclusivamente al complejo ES en un lugar diferente al centro
activo. El efecto aparente sobre los parámetros cinéticos en presencia del inhibidor es la disminución de
vmaxi y Kmi.
• En este caso, el inhibidor tiene afinidad por el complejo ES, desplazando el equilibrio de su formación hacia
la derecha, por lo que aumenta la afinidad de la enzima por el sustrato, y se refleja en una disminución
del valor de KM. El valor de la vmáx aparente también disminuye en presencia del inhibidor (vmaxi), ya
que el sustrato no compite con el inhibidor y no podrá desplazarlo de su centro de unión, ni siquiera a [S]
donde la enzima se encuentre saturada.
• Los parámetros cinéticos aparentes, vmaxi y Kmi, disminuyen en presencia del inhibidor acompetitivo:
• Los parámetros cinéticos aparentes, vmaxi y Kmi, disminuyen en presencia del inhibidor acompetitivo:
INHIBICIÓN NO COMPETITIVA
• Los inhibidores no competitivos muestran afinidad tanto por la enzima libre como por el complejo ES,
y la unión se realiza en un lugar distinto del centro activo.
• Su efecto NO se puede evitar aumentando la [S] y el efecto del inhibidor produce una disminución de la
vmáx ya que el complejo ternario ESI no genera producto. En cambio, en este caso, al no unirse el inhibidor
al centro activo, la KM no cambia en presencia del inhibidor.
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TEMA4. PROTEÍNAS Y ENZIMOLOGÍA
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MODIFICACIÓN COVALENTE
ALOSTERISMO
Una enzima alostérica heterotrópica muestra un sitio de unión para el modulador diferente del centro activo. La
unión del modulador produce un cambio de conformación que hace que la enzima tenga mayor afinidad por el
sustrato (modulador positivo). El cambio de conformación de la primera subunidad se transmite a la segunda, que
también presentará mayor afinidad por el sustrato.
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