UNIVERSIDAD DE CHILE

Pedagogía en Educación Media en Biología y Química 2022

Laboratorio de Bioquímica y Biología Molecular
Profesores Víctor Castro Fernández y Ricardo Cabrera

Informe de Laboratorio N°2:

PDB, INTERACCIÓN PROTEÍNA-LIGANDO Y COMPARACIÓN
DE ESTRUCTURAS DE PROTEÍNAS

Catalina Castillo

Katya Gajardo
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Introducción
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Resultados y Discusión
PDB-101 como herramienta pedagógica

Para el informe, utilice alguna molécula del mes de las publicadas entre los años 2020-
2021 y describa en no más de 10 líneas cómo y en qué contenido mínimo obligatorio
(CMO) de biología o química la utilizaría para reforzar el contenido especificado.

Molécula del mes: Marzo 2020 (https://pdb101.rcsb.org/motm/243)

Canales de sodio controlados por voltaje

Unidad asimétrica y ensamble biológico - herramientas de www.rcsb.org

Discuta la importancia de analizar el ensamble biológico y no la unidad asimétrica al

momento de analizar la función de las proteínas.

Visualización de proteínas y ligando con herramientas de www.rcsb.org

Identifique todos los residuos que realizan puentes de hidrogeno con la molécula de
NAD, registrando el tipo de aminoácido y su número de acuerdo al archivo PDB. ¿Qué
mutaciones afectarán la unión del ligando? Elija 2 y justifique su proposición.

1. Ala96
2. Tyr99
3. Val149
4. Lys118
5. Asp113
6. Leu92
7. Arg91
8. Ala95
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Cambio conformacional inducido por unión de ligando

En la sección “cambio conformacional inducido por unión a ligando”, responder, ¿cuál es la

estructura cristalizada con ligando?

Comparación de estructuras de proteínas homólogas

En la sección “comparación de estructuras de proteínas homólogas”, responder, ¿cuál es

la estructura diferente y cuáles son más parecidas? ¿Cómo los valores obtenidos le
permitirían determinar qué estructuras son más cercanas evolutivamente? y ¿qué
proteínas son más cercanas?

Predicción de estructuras 3D de proteínas mediante inteligencia artificial: Alphafold

En la sección “predicción de estructuras 3D de proteínas mediante inteligencia artificial:

Alphafold”, responder, ¿cuál se cree que es el motivo por el cual no se puede determinar la
estructura completa de la proteína (desde el residuo 1 al 722)?

Adicionalmente, defina: homología, proteínas ortólogas, proteínas parálogas, residuos

idénticos y residuos similares. ¿Qué criterios definen que dos residuos se asignen como
similares en un alineamiento?
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Conclusiones
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Bibliografía