UNIVERSIDAD NACIONAL DEL SANTA

FACULTAD DE CIENCIAS
ESCUELA PROFESIONAL DE BIOTECNOLOGÍA

PRÁCTICA SEMANA 10 (ANÁLISIS

FILOGENÉTICO DE SECUENCIAS NUCLEOTÍDICAS)

ASIGNATURA:

Bioinformática

INTEGRANTES:

 Cancan Broncano Yanely

 Carbajo Cayo Mayrely
 Tapia Chavez Pamela
 Tapia Ventura Juan
 Zafra Medina Guillermo

DOCENTE:

Sandoval Peña Gustavo

CICLO:

Nuevo Chimbote, 2023

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 ÍNDICE
I. INTRODUCCIÓN ................................................................................................... 3
II. METODOLOGÍA................................................................................................ 5
2.1. Obtención de secuencia partir de secuencias R y F ...................................... 5
2.2. Construcción de tabla de especies emparentadas ....................................... 10
2.3. Alineamiento de secuencias COI .................................................................. 11
2.4. Obtención de árbol filogenético .................................................................... 13
III. RESULTADOS .................................................................................................. 16
3.1. Tabla de especies emparentadas con E. japonicus + grupo externo ......... 16
3.2. Árbol filogenético ........................................................................................... 17
3.2.1. Usando Maximun Likehood .................................................................... 17
3.2.2. Usando Neighbor-joining ........................................................................ 17
3.2.3. Usando Minimum Evolution ................................................................... 18
IV. DISCUSIONES .................................................................................................. 18
V. CONCLUSIONES ................................................................................................. 19
VI. BIBLIOGRAFÍA ............................................................................................... 19

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 I. INTRODUCCIÓN
“El análisis filogenético utiliza datos moleculares, como la secuencia de ADN de
los genes y la secuencia de aminoácidos de las proteínas, es muy común no solo en el
campo de la biología evolutiva sino también en los amplios campos de la biología
molecular, en el análisis filogenético, la característica más importante es la interpretación
del árbol filogenético” (Horiike, 2016).

“El árbol filogenético es una forma de representar la relación entre especies de un

mismo género y familia, conocer las relaciones filogenéticas entre especies es
fundamental para muchos estudios en biología. Un árbol filogenético preciso sustenta
nuestra comprensión de las principales transiciones en la evolución, como la aparición de
nuevos planes corporales o el metabolismo, y es clave para inferir el origen de nuevos
genes, detectar la adaptación molecular, comprender la evolución de los caracteres
morfológicos y reconstruir los cambios demográficos en los últimos años” (Kapli, Yang
& Telford, 2020).

“Es natural codificar esta información en un árbol, con vértices que representan
eventos de divergencia y longitudes de rama que indican el tiempo entre eventos de
divergencia. Tanto el orden de los eventos de divergencia (estructura del árbol y etiquetas
de hojas) como las longitudes de las ramas (tiempos de interdivergencia) son parámetros
desconocidos que deben estimarse. El enfoque paramétrico frecuente para la estimación,
en particular es la máxima verosimilitud, es un clásico en estadística, la estimación de
máxima verosimilitud tiene propiedades de optimización asintótica bien conocidas”.

“Especies crípticas es un término común y cada vez más utilizado que se refiere a
taxones que no se pueden distinguir fácilmente morfológicamente, pero la evidencia
indica que se encuentran en diferentes trayectorias evolutivas” (Struck et al., 2018).

El ADN mitocondrial, Cuando hablamos del genoma humano, solemos pensar en

la secuencia de ADN contenida en los 23 pares de cromosomas dentro del núcleo de cada
célula humana diploide. No estamos del todo equivocados, pues es esta información
genética la que nos define tanto como especie como entes individuales (Albert & Bray,
2016). La mitocondria es el orgánulo encargado de generar la mayor parte de la energía
química necesaria para activar las reacciones bioquímicas de la célula, por lo que, sin ella
la vida tal y como la conocemos a día de hoy sería totalmente imposible (Montoya &
Atterdi, 2019).

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 El genoma mitocondrial es una herramienta que se presta para la caracterización
taxonómica, la realización de estudios filogenéticos y la identificación de cepas a nivel
molecular, ya que es una molécula haploide, de rápida evolución, y con similitud
funcional en diferentes niveles taxonómicos (Chávez, 2016).

Las moléculas de ADN mitocondrial (ADN mt) son genomas relativamente

pequeños que evolucionan a su propia taza evolutiva en relación con genoma nuclear de
los organismos en los cuales ellos están alojados. Particularmente en animales y hongos
dichos genomas evolucionan más rápidamente que su contraparte de ADN nuclear,
secuencia COI o gen COI, los cuales sirven como un código de barras para la
identificación de especies animales. Aunque se han presentado escepticismo entre la
comunidad científica, poco a poco los científicos se han ido uniendo a esta iniciativa
demostrando que el gen COI del mtADN puede utilizarse con éxito para la identificación
de especies animales de la mayoría de los grupos existentes (Alfonsin & Bucetto, 2019).

El dinucleótido de nicotinamida y adenina (NAD(H)) es una coenzima intracelular

que participa en numerosos procesos en las células. Es conocido principalmente por su
papel en el metabolismo energético como transportador de electrones/protones, mediando
el glucólisis en el citoplasma y, en las mitocondrias, actuando como un factor en el ciclo
del ácido tricarboxílico (TCA) (Schaefer, 2018).

En microbiología clínica la identificación molecular basada en el ADNr 16S se

utiliza principalmente para bacterias cuya identificación mediante otro tipo de técnicas
resulta imposible, difícil o requiere mucho tiempo, esto ha tenido una enorme repercusión
en la taxonomía bacteriana. (Rosario, 2016). El ARN ribosomal 23S, constituyente de la
subunidad 50S de los ribosomas procarióticos que contienen alrededor de 3200
nucleótidos. Bioquímicamente, se trata de una cadena de ácido ribonucleico. El rARN
23S participa en la iniciación de la síntesis de polipéptidos. (Guzmán, 2019).

El objetivo de este trabajo es realizar un árbol filogenético de acuerdo a la especie

que encontramos después de alinear las secuencias F y R con ayuda de Chromas y
BioEdit, el cual resultó ser Engraulis Japonicus. Luego buscar el FASTA de las
secuencias COI de organismos emparentados con engraulis supervisando que tengan de
600 a 700 pb, además de un organismo no emparentado que es el Danio Rerio; sumando
en total 20 secuencias para realizar un árbol filogenético en MEGA.

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II. METODOLOGÍA
2.1. Obtención de secuencia partir de secuencias R y F
 Abrimos la secuencia F con Chromas:

 Extraemos su secuencia en FASTA:

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 Abrimos la secuencia R1, le agregamos reverso + complemento, y copiamos su
secuencia en FAST:

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 Abrimos BioEdit y abrirmos el bloc de notas con las secuencias R1 y F1:

 Alineamos las secuencias con Clustal W Multiple alignement:

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 Se edita la secuencia usando edit y overwrite, y se copia la secuencia usando edit,
copy sequence to clipboard y se guarda en un bloc de notas:

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 Se usó BLASTn para identificar al organismo posee una secuencia similar a la
secuencia 1:

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 2.2. Construcción de tabla de especies emparentadas
 Se busca primero el FASTA de las secuencias COI de organismos emparentados
con engraulis:

Este es el método el cual se usó para buscar las secuencias COI de los organismos en
NCBI usando COI AND “genero especie” marcando búsqueda para nucleótidos, en total
se hizo con numero de 18 organismos emparentados con la familia Engraulidae. Además
de un organismo no emparentado (Danio rerio).

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2.3. Alineamiento de secuencias COI
 Abrimos las secuencias COI con BioEdit:

 Se alinean las secuencias con ClustalW Multiple alignement:

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 Se exporta las secuencias alineadas usando file, export, sequence alignement, con
formato de archivo ClustalW(*aln), y se verifica con un blog de notas:

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2.4. Obtención de árbol filogenético
 Se abrió MEGA, se pulso file, convert file a mega, para transformar el archivo
clustal a mega, y usando un blog de notas para verificar las alineaciones:

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 Se arma el árbol presionando filogenia, eligiendo entre maximun likehood,
Neighbor joining y mínimum evolution, en el caso de Maximum likehood, se debe
elegir el código genético de la secuencia COI en este caso vertebral mitochondrial,
verificando que usa el método de distancias Tamura-Nei:

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 III. RESULTADOS
3.1. Tabla de especies emparentadas con E. japonicus + grupo externo
N° de
Descripción Longitud
accesión

JF952724 Engraulis japonicus 652 pb

EF609349 Engraulis australis 655 pb
JF493424 Engraulis encrasicolus 652 pb
KY572866 Engraulis ringens 651 pb
HQ167624 Engraulis anchoita 627 pb
GU440312 Engraulis mordax 652 pb
MZ421525 Encrasicholina heteroloba 633 pb
GU674115 Thryssa baelama 648 pb
MZ422333 Encrasicholina pseudoheteroloba 633 pb
OQ387693 Encrasicholina punctifer 648 pb
JX124803 Lycengraulis grossidens 652 pb
MW498808 Stolephorus commersonnii 655 pb
MW498815 Stolephorus dubiosus 655 pb
JF494600 Stolephorus holodon 652 pb
MW498816 Stolephorus indicus 654 pb
KU894601 Stolephorus insularis 627 pb
MW498817 Stolephorus tri 654 pb
MW379716 Stolephorus waitei 654 pb
JX983289 Thryssa dussumieri 606 pb
MK714084 Danio rerio 651 pb

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3.2. Árbol filogenético
3.2.1. Usando Maximun Likehood

3.2.2. Usando Neighbor-joining

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 3.2.3. Usando Minimum Evolution

IV. DISCUSIONES
Bloom & Lovejoy (2012), mencionan en su estudio titulado “La filogenética molecular
revela un patrón de conservación de biomasa en las anchovetas del Nuevo Mundo
(familia Engraulidae)”, que los análisis filogenéticos basados en los datos de los cuatro
genes respaldaron la monofilia de la familia Engraulidae y proporcionaron información
sobre la separación en clados de las subfamilias Coilinae y Engraulinae. En general, los
análisis MP, ML y BI produjeron resultados consistentes y respaldaron la monofilia de la familia
de las anchovetas (Engraulidae) y la separación en dos grandes clados correspondientes a las
subfamilias Coilinae y Engraulinae. Sin embargo, hubo algunas diferencias entre los
métodos y particiones en cuanto a los nodos internos dentro de Engraulini.

A comparación de nuestro estudio, los análisis filogenéticos realizados mediante los

métodos de Maximum Likelihood (ML), Neighbor-joining (NJ) y Minimum Evolution
(ME) mostraron una consistencia en los resultados. Se observó una clara separación en
tres clados en el árbol filogenético, en las cuales se agruparon las diferentes especies de
anchovetas. Esta estructura del árbol filogenético respaldó la monofilia de la familia
Engraulidae y proporcionó información sobre las relaciones entre las subfamilias y el
grupo externo.

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 V. CONCLUSIONES
 Se realizó el árbol filogenético usando Maximun Likehood, Neighbor-joining
y Minimum Evolution y en los tres métodos de análisis se observa que hay tres
ramas principales, un grupo de once, otro grupo de ocho y otro de uno en el
cual se encuentra el Danio Rerio. En general, los análisis ML, NJ y ME
produjeron resultados consistentes y respaldaron la monofilia de la familia de
las anchovetas (Engraulidae) y la separación en tres grandes clados
correspondientes a las subfamilias y al grupo externo.
 Se logró realizar el árbol filogenético de las especies emparentadas con
Engraulis Japonicus (Secuencia1) más un grupo externo (Danio Rerio) con
ayuda de los programas Chromas, BioEdit y MEGA.
 Para buscar el FASTA de las secuencias COI de organismos emparentados
con engraulis tuvimosque tener en cuenta que los organismos deben de tener
de 600 a 700 pb, buscando en total 18 organismos emparentados; más la
Secuencia1 y el grupo externo sumaron un total de 20.

VI. BIBLIOGRAFÍA

Alberts, B. & Bray, D. (2016). Introduction to cell biology. ed. Pan American Medical.

Alfonsin M., Bucetto M. 2019. Species in danger of extinction and the mechanisms for

recovery and reserve with biodiversity. LEX Magazine. Peruvian Wings

University.

Bloom, D., & Lovejoy, N. (2015). Molecular phylogenetics reveals a pattern of biome

conservatism in New World anchovies (family Engraulidae). JOURNAL OF

EVOLUTIONARY BIOLOGY. Recuperado 2 de julio de 2023, de

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/22300535/

Chávez, J., 2016. population genomic and landscape genetics of the lberian honey be

(apisonadora mamíferos iberiensis).

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Guzmán, J. (2019). Scielo. Obtenido de Antimicrobial susceptibility and mutations in

the 23S rRNA gen of Helicobacter pylori in dyspeptic patients:

https://www.scielosp.org/article/rpmesp/2019.v36n2/270-274/

Horiike, T. (2016). An introduction to molecular phylogenetic analysis. Reviews in

Agricultural Science, 4, 36-45.

Kapli, P., Yang, Z., & Telford, M. J. (2020). Phylogenetic tree building in the genomic

age. Nature Reviews Genetics, 21(7), 428-444.

Montoya, J. and Attardi, G. (2019). human mitochondrial DNA. Research and Science.

Rosario, M. (2016). Sciencie Direct. Obtenido de Identification of bacteria through 16S

rRNA sequencing: Principles, methods and applications in clinical

microbiology:

https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0213005X04730736

RoyChoudhury, A., Willis, A., & Bunge, J. (2015). Consistency of a phylogenetic tree

maximum likelihood estimator. Journal of Statistical Planning and Inference,

161, 73-80.

Schaefer, P. (13 de september de 2018). Wiley Online Library. Obtenido de NADH

Autofluorescence-yA Marker on its Way to Boost Bioenergetic Research:

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/cyto.a.23597

Struck, T. H., Feder, J. L., Bendiksby, M., Birkeland, S., Cerca, J., Gusarov, V. I. &

Dimitrov, D. (2018). Finding evolutionary processes hidden in cryptic species.

Trends in Ecology & Evolution, 33(3), 153-163.

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