UNIVERSIDAD TÉCNICA DE AMBATO

FACULTAD DE CIENCIA INGENIERÍA EN ALIMENTOS Y BIOTECNOLOGÍA

CARRERA DE BIOTECNOLOGÍA
BIOINFORMÁTICA
Nivel: Sexto Paralelo: “A”
Ciclo académico: Abril 2023 – Septiembre 2023 Calificación:
Integrantes: • Córdova Alan
• Lucero Joel
• Peñafiel Joel

TEMA: “Docking Molecular”

INTRODUCCIÓN
Dentro de la biología molecular, el docking molecular se lo define como el método utilizado
para la predicción de la conformación preferida de una molécula, al estar unida a otra, siendo
el fin generar un complejo estable (Prieto-Martínez et al., 2019). El docking explora también
la interacción de un ligando en un determinado sitio de unión en una macromolécula diana,
esta interacción se califica por medio de un score, determinando de este modo por ejemplo el
cribado virtual de cientos de moléculas diferentes, siendo el objetivo identificar nuevos
complejos que tengas potencial en el ámbito de la actividad biológica o a su vez dentro de la
aplicación terapéutica (Ramírez-Contreras, 2022).
El docking molecular como herramienta computacional, utilizada en el campo de la
investigación y la industria para caracterizar interacción entre metabolitos y proteína o fármaco,
determinando la acción de este último y el diseño de nuevos compuestos inhibidores.
Imagen 1. Docking molecular.

Fuente: (Kitchen et al., 2004).

Nota: Diagrama que muestra el acoplamiento molecular entre un ligando (molécula más
pequeña) con una proteína aceptora (molécula más grande). Estos acoples no son siembre
inflexibles, ya que un acople comúnmente viene seguido de un cambio conformacional (Yu &
MacKerell, 2017).
El acoplamiento molecular tiene como objetivo determinar la conformación más favorable
desde el punto de vista energético del ligando dentro del sitio de unión del receptor, cabe
recalcar que proceso de acoplamiento molecular involucra tres pasos principales, los cuales
son:
1. Preparación: Donde las moléculas del receptor y del ligando se preparan eliminando los
átomos o moléculas no deseadas, optimizando su geometría y asignando cargas y
parámetros de campo de fuerza apropiados.
2. Búsqueda: Aquí, el ligando se posiciona y rota sistemáticamente dentro del sitio de
unión del receptor, generando muchas conformaciones posibles, es importante
mencionar que se utilizan algoritmos y técnicas de búsqueda para explorar el espacio
conformacional y encontrar las poses vinculantes más probables.
3. Puntuación y clasificación: Cada conformación generada se puntúa en función de su
energía de interacción, que cuantifica la fuerza de la interacción ligando – receptor. La
función de puntuación evalúa varios factores, como las interacciones de van de Waals.
(Becerra, 2021).
Software para docking molecular
Se pueden usar distintos tipos de programas ampliamente utilizados para realizar docking
molecular.
1. AutoDock: es el programa de docking molecular más popular. Utiliza un enfoque
basado en la búsqueda exhaustiva de conformaciones y utiliza el algoritmo de
Lamarckian Genetic Algorithm (LGA) para buscar las conformaciones de mayor
afinidad entre el ligando y el receptor (Ye & Hu, 2021).
2. AutoDock Vina: Es la versión mejorada y más rápida de AutoDock. Utiliza un
algoritmo de optimización más eficiente llamado algoritmo de búsqueda local y
utiliza funciones de energía empíricas y funciones de scoring para evaluar las
interacciones ligando-receptor (Eberhard & Forli,2021)
3. DOCK: es otro programa un enfoque basado en el método de muestreo de esfera del
espacio conformacional. Realiza una búsqueda exhaustiva de posibles
conformaciones y utiliza funciones de scoring para evaluar las interacciones (Yu et
al., 2023).
4. Glide: programa de docking molecular desarrollado por Schrödinger. Utiliza un
enfoque de muestreo de enlaces flexibles y combina un algoritmo de muestreo de
conformaciones con una función de scoring basada en el conocimiento (Kumar et al.,
2021).
 5. GOLD: es otro programa de docking molecular ampliamente utilizado. Utiliza un
enfoque basado en algoritmos genéticos para explorar el espacio conformacional y
evalúa las interacciones mediante funciones de scoring (Lohning et al., 2017).

Aplicaciones, diseño de fármacos asistido por computadora

En la actualidad el acoplamiento molecular presenta una alta gama de aplicaciones industriales
en la que destacan descubrimiento y optimización de fármacos, el estudio de interacciones
proteína-ligando y proteína-proteína en estudios de mutaciones y variantes genéticas
relacionadas con enfermedades mortales (Biswas & Bagchi, 2017). Además, según Zhang et
al., (2013) el acoplamiento molecular permite una evaluación rápida y eficiente de miles o
incluso millones alineamientos específicos para encontrar aquellos que se unan a una proteína
diana relacionada con la, por otro lado según Sun et al., (2013) en la optimización de fármacos
es útil para optimizar la eficacia y minimizar los efectos secundarios existentes, comprender
los mecanismos de reconocimiento molecular en las proteínas diana, y predecir cómo dos
proteínas pueden unirse y cómo se modula su actividad.

Un caso práctico del Docking Molecular según De Ruyck et al., (2016) es el exitoso
acoplamiento en el diseño compuestos de plomo como nuevos agentes antiinfecciosos
contra Plasmodium falciparum y Mycobacterium tuberculosis. Malaria y tuberculosis, dos
enfermedades que han causado una alta mortalidad en países en desarrollo. El estudio muestra
la identificación de la vía de biosíntesis de isoprenoides no mevalonato (vía MEP) como
objetivo, en el cual los patógenos dependen de esta vía para producir compuestos isoprenoides
necesarios para su supervivencia y uno de los pasos clave de esta vía es la reducción de 1-
desoxi-D-xilulosa-5-fosfato a MEP, la cual es catalizada por una enzima llamada 1-desoxi-D-
xilulosa-5-fosfato reductoisomerasa (DXR). Se utilizó la técnica de modelado molecular
basado en la estructura de la enzima DXR de Escherichia coli para estudiar la estructura y
función de DXR en P. falciparum y M tuberculosis en la cual, se crearon dos modelos de DXR
para ambos patógenos y se diseñaron inhibidores utilizando la estructura de la enzima.
Posteriormente, se validaron estos modelos y se crearon derivados de fosmidomicina más
potentes que la referencia en la inhibición de DXR como se muestra en la figura, 1 la cual
presenta resultados prometedores, en los que se puede concluir que se han hecho progresos
considerables en meta de obtener medicamentos antipalúdicos clínicamente efectivos.
Figura 1.

Interacciones ligando-proteína en la representación de un análogo de fosmidomicina más

potente en términos de inhibición de Plasmodium falciparum

Fuente: (De Ruyck at al., 2016)

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