UNIVERSIDAD DEL VALLE NORMA: VERSIÓN:

DEPARTAMENTO DE QUÍMICA

FECHA DE REVISIÓN: 02-2021

LABORATORIO DE BIOQUÍMICA

ESTRUCTURA DE PROTEÍNAS

ELABORADO POR: REVISADGO POR: APROBADO POR:

Godoy -Galindo Godoy Departamento de Química

1. OBJETIVOS
● Familiarizar al estudiante con la estructura de las proteínas mediante su visualización
en herramientas graficas: PyMOL (programa computacional) y la herramienta online
Bioinformatics (gráficas de Ramachandran).
● A partir del empleo de este programa, el estudiante podrá interactuar con proteínas
e identificar aspectos mencionados en la teoría.

2. INTRODUCCIÓN
Las proteínas son macromoléculas formadas por la unión covalente de aminoácidos
mediante enlaces peptídicos (ver Figura 1) con ángulos diédricos ψ y φ específicos
permitidos. Estas macromoléculas son muy importantes debido a la multitud de
funciones que puede cumplir dentro del organismo. De hecho, para realizar su función
biológica, las proteínas se pliegan en una o más conformaciones espaciales impulsadas
por un conjunto de interacciones no covalentes (enlace de hidrógeno, las interacciones
iónicas, las fuerzas de van der Waals, entre otras). Para comprender cómo las proteínas
actúan a nivel molecular, es necesario determinar su estructura tridimensional por
técnicas como Cristalografía de Rayos X y Espectroscopia de Resonancia Magnética
Nuclear (RMN); las gráficas de Ramachandran permiten el curado de las estructuras
obtenidas basándose en principios de combinaciones de ángulo diédricos permitidos
entre residuos que hacen parte del polipéptido.

Figure 1. Fragmento de una cadena polipeptídica (en los planos se encuentran los enlaces
peptídicos) y ángulos diédricos.
Una vez determinada la estructura terciaria de la proteína, es imperativo tener
herramientas graficas que permitan visualizarla. En este momento existe una gran
variedad de software diseñados para cumplir dicha función. En esta práctica se utilizará
el software PyMOL creado por Warren Lyford DeLano. PyMOL es un sistema de
visualización molecular de código abierto que puede producir imágenes 3D de alta
calidad de pequeñas moléculas y macromoléculas biológicas, como las proteínas. En la
Figura 2 se muestran dos representaciones de una proteína que pueden obtenerse por
este software.

Figura 2. Representación de ejemplo de la proteína 2w22. En la izquierda se ilustran las

estructuras secundarias de la proteína y en la derecha la proteína es vista como una superficie.

3. MATERIAL
Computador con las especificaciones mínimas necesarias para la instalación de PyMOL:
● Un mouse de tres botones.
● Una tarjeta gráfica que admita OpenGL (por ejemplo, GeForce, Radeon, Quadro
o FireGL).
● 512 MB de RAM (se recomienda 1 GB para uso rutinario).
● PyMOL puede ejecutarse en Windows Vista, Windows 7, 8 y 10. MacPyMOL
requiere MacOS X 10.9 o posterior.

4. PROCEDIMIENTO
TENGA EN CUENTA EL TRABAJO REALIZADO POR EL PROFESOR EN LA PRÁCTICA, LA ACTIVIDAD
FINAL IMPLICA UN ESTUDIO SIMILAR DE UNA ENZIMA MONOMÉRICA SELECCIONADA POR
CADA GRUPO.

4.1. Antes de la práctica

a. Instale el programa PyMOL 1.7.4 (August 2015) o uno compatible con su sistema
operativo (vea en https://pymol.org/ep/ usuario:jun2021 clave: betabarrel) y según
las especificaciones de su computador.
b. En el momento de la instalación, seleccione TODAS las herramientas que aparecen
para instalar.

4.2. Principio de Ramachandran

Vaya a http://bioinformatics.org/molvis/phipsi/ donde podrán interactuar con un
polipéptido, observando los ángulos del enlace peptídico permitidos y diferencia entre
ángulos phi y psi.

4.3. Estructura de una proteína vista desde PyMOL

a. Abra el programa "PYMOL + Tcl-Tk GUI" previamente instalado. En muchas
ocasiones el programa PyMOL puede provocar errores a la hora de ejecutarse, por
esta razón es recomendable abrirlo directamente desde Pymol-Win.exe.
 b. Para visualizar la proteína, vaya a la ventana de comandos, escoja PDB Loader
Service en Plugin y en la ventana emergente indique el código de la proteína. (En este
caso, el código es 2w22).
A veces es necesario consultar Protein Data Bank para obtener el código de la proteína.
https://www.rcsb.org/pdb/static.do?p=general_information/about_pdb/index.html
c. En la ventana de visualización, interactúe con la proteína. (El profesor le indicará
cómo hacer zoom y mover la proteína en la ventana).
RECUERDE GRABAR SESIÓN FRECUENTEMENTE EN LA VENTANA DE COMANDOS
(File -> Save Session As…).
d. Observe que en la ventana de visualización hay una lista de comandos. (Identifique
que significa cada letra A, S, H, L, C)
e. Siguiendo las instrucciones del profesor, cambie el estilo de presentación de la
proteína usando el comando S y esconda las moléculas de agua para que tenga una
mejor apreciación de la proteína. Puede cambiar la presentación (líneas, barras,
esferas) y color de esta.
Con la opción Present en el comando A también puede cambiar la presentación de la
proteína. (Indique qué tipo de estructuras secundarias presenta la proteína).
f. Vaya a la ventana de comandos y escoja Sequence en Display. Con ayuda del
profesor, encuentre en la secuencia residuos aminoacídicos específicos (como S114,
H359 y D318 para 2w22, N-terminal y C-terminal) y selecciónelos. En la lista de
comandos edite la presentación de lo seleccionado y dele un nombre en concordancia
con la identidad del residuo aminoacídico.
g. Teniendo una idea de cómo editar la presentación de cualquier elemento de la
proteína, resalte y nombre individualmente: cofactores, ligandos o sustratos, residuos
aminoacídicos responsables de la actividad catalítica, otras sustancias no proteicas.
h. Escoja la opción Surface del comando S y cambie el color. Diríjase a la ventana de
comandos e introduzca select resn __ (en el espacio ponga los códigos de tres letras
de los residuos aminoacídicos que son considerados positivos (arg +lys), negativos
(asp + glu), neutros polares, hidrofóbicos y cisteínas, respectivamente). Analice la
distribución de estos en el centro activo de la proteína elegida.
i. Para mejor entendimiento de la formación de las estructuras secundarias de la
proteína, en la opción Find del comando A, identifique distintas interacciones que se
dan entre: aminoácidos de la cadena, grupos laterales de las distintas estructuras
secundarias, el sustrato con la proteína, el solvente con la proteína, etc.
j. Interacciones polares con ligandos empleando el comando A --> Preset --> Ligand
sites. Para obtener distancia de unión, vaya a la ventana de comandos, dirija a la
opción Wizard --> Measurement, se le habilitará una interfase en la ventana de
visualización para que seleccione los dos átomos de interés.
k. Por último, explore el elemento Compute del comando A para identificar: el número
de átomos, la carga formal y parcial, el área superficial molecular y accesible al agua,
el peso molecular explícito o perdiendo hidrógenos.
5. TRABAJO GRUPAL
Busque una proteína monomérica catalítica y haga el mismo tratamiento realizado en la
práctica guiada por el profesor. Dentro del documento a entregar utilice imágenes que
evidencien cada aspecto mencionados a continuación:
● En la presentación con estructuras secundarias, resalte los residuos N-terminal y
C-terminal y muestre sus cadenas laterales.
● Diferencie la estructura proteica de las demás sustancias o cofactores presentes
y dentro de estos grupos prostéticos y coenzimas. Si hay inhibidores/sustratos
diferéncielos de los anteriores.
● Localice el dominio catalítico y resáltelo (en la presentación como superficie).
Muestre las interacciones entre los residuos “catalíticos” (en la presentación con
estructuras secundarias), para ello muestre las cadenas laterales.
● Escoja una estructura α-hélice y muestre las interacciones intracatenarias que la
estabilizan.
● En la presentación como superficie, resalte con distintos colores los residuos
aminoacídicos neutros polares, positivos y negativos (estos tres tipos en color
azul claro) e hidrófobos (en color amarillo claro) y en un color que resalte los que
hacen parte del sitio activo pero mostrados como “sticks”.

6. PREGUNTAS
6.1. Respondan antes de la práctica
a. Clasifique los aminoácidos como neutros, positivos y negativos a partir de ver su
estructura.
b. Diferencie las jerarquías estructurales de una proteína.
c. ¿Cuáles son las estructuras secundarias más comunes?
d. Busque los tipos de interacciones que favorecen las estructuras secundarias más
comunes.
6.2. Respondan en el informe: en adición a seguir los lineamientos generales para
elaborar informes, deberán responder a lo largo del que resulte de esta práctica, lo
siguiente:
a. Indique cuáles son los rangos de ángulos diédricos ψ y φ para una α-hélice.
b. Sobre la proteína visualizada en la práctica (2w22): ¿posee estructura cuaternaria?
¿Que posea más α-hélices la hace una proteína de qué tipo? ¿por qué no aparece el
residuo aminoacídico #1? ¿Cuántos residuos posee? ¿según la carga formal de la
proteína, está se podría retener en un soporte con grupos amonio cuaternario?
c. De la práctica seleccionada para su trabajo grupal: ¿qué técnica utilizaron los
investigadores para obtener la estructura de la proteína? ¿cuál es la función de la
proteína? ¿cuántas aguas hacen parte de la estructura cristalina? ¿si usaron co-
cristalizadores, cuáles son? señálelos dentro de la estructura cristalizada.
d. Mencione otros programas que podrían usarse para visualizar estructura de
macromoléculas (sección de sugerencias).
e. Midan ángulos de Ramachandran en algunos enlaces peptídicos (al menos dos) dentro
de estructuras secundarias de la proteína que escojan usando PyMOL (semi-tutorial en
https://www.youtube.com/watch?v=TDKJ5BE1JYQ&t=5s). Contraste los valores
hallados, con los del plot de Ramachandran generado usando el recurso virtual
http://molprobity.biochem.duke.edu/.
f. Anexen la sesión de Pymol (archivo tipo PSE) que resultó de llevar a cabo su informe.
7. BIBLIOGRAFÍA

1. McKee, T and McKee J. Bioquímica: las bases moleculares de la vida. 5ta edición.
2014. McGrall Hill Education.

2. The PyMOL Molecular Graphics System, Version 2.0 Schrödinger, LLC.

3. O’Donoghue, S y compañeros. Visualization of macromolecuar structures. Nature

Methods (2010), 7, S42-S55.

4. https://pymol.org/dokuwiki/?id=installation#microsoft_windows. (consultada el 19
de agosto de 2020).

5. http://bioinformatics.org/molvis/phipsi/. (consultada el 19 de agosto de 2020).