FUNDAMENTOS DE BIOLOGÍA CELULAR Y MOLECULAR

TALLER BIOINFORMÁTICA
Grupo#8
Integrantes:
Anamaria Pulido 202211364
Laura Sofia Sosa 202215969 
Diana Carolina Parada 202224558 

1. En la página de NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/) realice un Blastn e indique lo siguiente:

Describa la taxonomía de la especie, nombre de la especie, nombre del gen al cual corresponde la
secuencia. Adicionalmente, consulte a qué corresponden los valores de: e-value, Max Score, Total
Score, Query Cover, Per. Ident en un blast e indique los valores anteriormente mencionados para el
alineamiento que usted realizó. (1.00)
ATGGCTATTGTTGAAACTGTCATTGATGGCATTAATTATTTTTTGTCCCTTAGTGTTACACAACAGATCAGTATATTA
TTAGGGGTTCCATTTGTTTACAACTTAGTATGGCAATATTTATATTCATTAAGAAAAGATAGAGCTCCATTAGTGTTT
TATTGGATTCCTTGGTTTGGTTCTGCAGCTTCATATGGTCAACAACCTTATGAATTTTTCGAATCATGTCGTCAAAA
GTATGGTGATGTATTTCATTTATGTTATTAGGGAAAATTATGACGGTTTATTTAGGTCCAAAAGGTCATGAATTTGT
TTTTAATGCTAAATTATCTGATGTTTCTGCTGAAGATGCTTATAAACATTTAACTACTCCAGTTTTCGGTAAAGGGG
TTATTTATGATTGTCCAAATTCCAGATTAATGGAACAAAAAAAATTTGCTAAATTTGCTTTGACTACTGATTCATTTA
AAAGATATGTTCCTAAGATTAGAGAAGAAATTTTGAATTATTTTGTTACTGATGAAAGTTTCAAATTGAAAGAAAAAA
CTCATGGGGTTGCCAATGTTATGAAAACTCAACCAGAAATTACTATTTTCACTGCTTCAAGATCTTTATTTGGTGAT
GAAATGAGAAGAATTTTTGACCGTTCATTTGCTCAACTATATTCTGATTTAGATAAAGGTTTTACCCCTATTAATTTT
GTTTTCCCTAATTTACCTTTACCTCATTATTGGAGACGTGATGCTGCTCAAAAGAAAATCTCTGCTACTTATATGAA
AGAAATTAAACTGAGAAGAGAACGTGGTGATATTGATCCAAATCGTGATTTAATTGATTCCTTATTGATTCATTCAA
CTTATAAAGATGGTGTGAAAATGACTGATCAAGAAATTGCTAATCTTTTAATTGGTATTCTTATGGGTGGTCAACAT
ACTTCTGCTTCTACTTCTGCTTGGTTCTTGTTACATTTAGGTGAAAAACCTCATTTACAAGATGTTATTTATCAAGAA
GTTGTTGAATTATTGAAAGAAAAAGGTGGTGATTTGAATGATTTGACTTATGAAGATTTACAAAAATTACCATCAGT
CAATAACACTATTAAGGAAACTCTCAGAATGCATATGCCATTACATTCTATTTTTAGAAAAGTTACTAACCCATTAA
GAATCCCTGAAACCAATTATATTGTTCCAAAAGGTCATTATGTTTTAGTTTCTCCAGGTTATGCTCATACTAGTGAA
AGATATTTTGATAACCCTGAAGATTTTGATCCAACTAGATGGGATACTGCTGCTGCCAAAGCTAATTCTGTTTCATT
TAACTCTTCTGATGAAGTTGATTATGGGTTTGGGAAAGTTTCTAAAGGGGTTTCTTCACCTTATTTACCATTTGGTG
GTGGTAGACATAGATGTATTGGGGAACAATTTGCTTATGTTCAATTAGGAACCATTTTAACTACTTTTGTTTATAATT
TAAGATGGACTATGATGGTTATAAAGTGCCTGACCCTGATTATAGTTCAATGGTGGTTTTACCTACTGAACCAGCA
GAAATCATTTGGGAAAAAAGAGAAACTTGTATGTTTTAA

Taxonomía: Eukaryota; Fungi; Dikarya; Ascomycota; Saccharomycotina; Saccharomycetes;

Saccharomycetales; Debaryomycetaceae; Candida/Lodderomyces clade; Candida.

Nombre de la Especie: Candida Albicans

Nombre del Gen: Erg11

e-value: 0.0
Max Score: 2918
Total Sxore: 2918
Query Cover: 100%
Per. Ident: 99.87%
Definiciones
El e-value (Expect) es el número de alineamientos que esperamos para una puntuación (score) X (o
superior) en la búsqueda que estamos realizando si la base de datos fuese una colección de letras al azar.
Para calcular esta probabilidad se pueden generar secuencias al azar de la misma longitud y composición
que la query y se alinean.1
Max Score se refiere a la puntuación de alineación más alta de un conjunto de segmentos alineados de la
misma secuencia de sujeto (base de datos). Es decir, es la puntuación de alineación de la mejor
coincidencia entre el Query y la Referencia.2
Total Score se refiere a la suma de las puntuaciones de alineación de todos los segmentos de la misma
secuencia de sujetos. Este orden de clasificación puede ayudar a promover la posición de coincidencias
de ARNm con secuencias genómicas donde hay múltiples exones.2
Query Cover se refiere a el porcentaje de la secuencia de consulta (muestra) que se superpone a la
secuencia de referencia. Los resultados de BLAST normalmente no intentan coincidir con la longitud total
de una secuencia. Un valor alto de Query Cover para la clasificación inicial está en el rango de más del
70%.3
El porcentaje de identidad (per ident) es un número que describe cuan similar es la secuencia Query a
la secuencia blanco (cuantos caracteres en cada secuencia son identicos). Cuanto mayor es el porcentaje
de identidad, más significativo es el match.4
2. De los resultados obtenidos en el blastn seleccione la secuencia que corresponde al código de
acceso XM_711668.2 y diseñe la pareja primers en la página de Primer blast. Adjunte la secuencia
de las 3 primeras parejas de primers (indique la región 3´y 5´de cada uno y mencione cuál sería el
primer forward y cual el reverse), mencione el porcentaje de Guanina - Citosina (%GC), la Tm
(Temperatura melting), el porcentaje de complementariedad y el tamaño de la banda que amplifica.
(1.00)

1° Pareja de Primers

Primer Forward: CTCATGGGGTTGCCAATGTT (5’ -> 3’)

%GC Tm % Complementariedad
50 58.73 5

Primer Reverse: GCAGCAGCAGTATCCCATCT (5’ -> 3’)

%GC Tm % Complementariedad
55 59.89 4

Tamaño de la banda que amplifica: 751

2° Pareja de Primers

Primer Forward: CTTGGTTTGGTTCTGCAGCTT (5’ -> 3’)

%GC Tm % Complementariedad
47.62 59.59 6

Primer Reverse: ACATTGGCAACCCCATGAGT (5’ -> 3’)

%GC Tm % Complementariedad
50 59.89 5

Tamaño de la banda que amplifica: 397

3° Pareja de Primers

Primer Forward: ACTCATGGGGTTGCCAATGTT (5’ -> 3’)

%GC Tm % Complementariedad
 47.62 60.48 5

Primer Reverse: AGCAGCATCACGTCTCCAAT (5’ -> 3’)

%GC Tm % Complementariedad
50 59.75 4

Tamaño de la banda que amplifica: 204

3. Realice una búsqueda de la proteína resultante del gen ACTN3, busque dicha proteína en la
página de Uniprot (https://www.uniprot.org/) y mencione el nombre de la proteína, su función y la
ubicación de la proteína celularmente. (1.00)

Proteína ID: NP_001095.2

Proteína: Alpha-actinin-3
Gen: ACTN3
Función: El gen ACTN3 codifica la síntesis de la proteína intramuscular α-actinina-3. Esta proteína,
ubicada en la línea Z del sarcómero muscular, tiene una función estructural que confiere a los elementos
contráctiles de la fibra muscular una mayor estabilidad, que justificaría una mayor capacidad de
transmisión de fuerzas. La proteína de entrelazamiento de actina F se cree que ancla la actina a una
variedad de estructuras intracelulares. Esta es una proteína empaquetadora.5
Ubicación de la proteína celularmente:

- Citoesqueleto cortical
- Citosol
- Exosoma extracelular
- Membrana celular
- Disco Z

4. Obtenga la secuencia en formato FASTA en Uniprot y realice un modelamiento de nuevo de la

proteína en swiss-model (https://swissmodel.expasy.org/). Busquen cual es el template y
mencionen el nombre de la proteína que se utilizó como molde para modelar su proteína en swiss-
model. Finalmente, adjunte una imagen de dicha proteína. (1.00)

Proteína que se usó como molde: 4d1e.1.A ALPHA-ACTININ-2

THE CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN MUSCLE ALPHA-ACTININ-2
5. Realice un alineamiento global (Needleman-Wunsch Global Align Nucleotide Sequences ) entre la
secuencia de la proteína Alpha-actinin-3 humana y la correspondiente al siguiente código de
acceso: Q0III9. Una vez realizado el alineamiento indique y discuta el porcentaje de identidad entre
las dos secuencias. Además, basándose en los resultados del alineamiento y el dotplot generado
indique a qué corresponden los espacios (si llegara a haber) que no se alinean entre las
secuencias. Para lo anterior, realice una búsqueda en NCBI de la secuencia estudiada y lea la
información que arroja la página. (1.00)

El porcentaje de identidad entre las dos secuencias fue de 90.00% y se obtuvo un score de 4182. En este
caso, podemos ver que existe un alto Query en las secuencias al igual que un valor de alignment mayor o
igual a 200. La diferencia principal radica en que, a pesar de que se considera la misma proteína, su
secuencia varía en algunos aminoácidos debido a que se cuentan con dos especies diferentes: humanos y
ganado vacuno.

Por otra parte, respecto a los espacios de las secuencias, al analizar el gráfico se evidencia que no hay
espacios debido a que, al ser secuencias con una alta similitud, poseen en la mayoría de los casos los
mismos aminoácidos en las mismas ubicaciones de la secuencia. En otro caso, si existieran espacios que
no se alinearan, corresponderían a aminoácidos que no coinciden entre las secuencias.
Referencias

(1) Universidad Politécnica de Valencia. Búsqueda de secuencias en bases de datos. Bioinformatics at

COMAV. https://bioinf.comav.upv.es/courses/intro_bioinf/blast.html (accessed 2022-11-25).
(2) Centro Nacional para la Información Biotecnológica. New Database and View Options for Nucleotide
BLAST Services. 2007. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Web/Newsltr/V15N2/BLView.html (accessed
2022-11-25).
(3) Fungal Diversity Survey. Examining Your BLAST Results.
https://fundis.org/component/sppagebuilder/41-examining-your-blast-results (accessed 2022-11-25).
(4) Suárez, C. Bioinformática, 2019. https://www.fbioyf.unr.edu.ar (accessed 2022-11-25).
(5) Díez Vega, I. Estudio de Las Características Contráctiles de La Musculatura Del Tren Inferior y de Las
Distribuciones Genotípicas Del Gen ACTN3 En Voleibol de Élite. Kronos Rev. Univ. Act. Física El
Deporte 2013, 12 (2), 100.