INTRODUCCIÓN A LA BIOENERGÉTICA, LA CATÁLISIS Y LA CINÉTICA

Trevor Palmer y Philip L. Bonner (2007) ENZYMES: Biochemistry, Biotechnology and Clinical Chemistry

Recuento de microorganismos aerobios mesófilos | | UPV

Técnica para el conteo de UFC
Métodos de conteo bacteriano
Recuento celular en cámara de Neubauer
Camára de Neubauer parte 1(Contaje de leucocitos)

4.1 ALGUNOS CONCEPTOS DE BIOENERGÉTICA

4.1.1 La primera y segunda leyes de la termodinámica

La bioenergética, una rama de la termodinámica, se ocupa de los cambios en la energía y
factores similares a medida que se lleva a cabo un proceso bioquímico, y no con el mecanismo
o la velocidad del proceso.
La primera ley de la termodinámica establece que la energía no se puede crear ni destruir, sino
que puede convertirse en otras formas de energía o utilizarse para realizar un trabajo.
La segunda ley de la termodinámica establece que la entropía, o el grado de desorden, del
universo siempre está aumentando.
Sin embargo, no dice nada sobre un sistema en particular bajo estudio, ya sea un motor
mecánico, una célula viva o una reacción química. La vida, un estado de alta organización o
baja entropía, puede mantenerse durante un tiempo mediante el consumo de una forma
altamente organizada de energía química (alimento) y, en el caso de organismos fotosintéticos,
energía luminosa. Esta energía se convierte en una forma de energía menos organizada (calor)
o se utiliza para realizar un trabajo. Sin embargo, el acercamiento hacia el equilibrio
termodinámico final es seguro: la muerte y posterior descomposición de cada organismo. El
calor no se puede utilizar para realizar trabajo mediante sistemas que operan a temperatura y
presión constantes, como la célula viva. Por lo tanto, tenemos el concepto de dos formas de
energía: la que se puede usar para realizar trabajo (llamada energía libre) y la que no. Para
cualquier sistema en estudio, los procesos solo pueden tener lugar de manera espontánea, lo que
da como resultado una disminución de la energía libre del sistema, es decir, una transferencia
de energía libre al entorno, a menos que haya interferencias externas al sistema.

https://bioprinciples.biosci.gatech.edu/04-energy-and-enzymes/
Cómo trabajan las enzimas
3-4A-Thermodyamics.wmv
3-4B-Enzymes.wmv

https://www.youtube.com/watch?v=-slPtkO2d9g
Enzymes: Catalysis, Kinetics & Classification – Biochemistry | Lecturio
1:07:08 hs

4.1.2 Entalpía, entropía y energía libre

En la terminología de la termodinámica, un sistema cerrado es aquel que puede intercambiar
energía pero no materia con su entorno. El intercambio de energía debe implicar transferencia
térmica y/o ejecución de trabajo. Si, en un sistema cerrado a temperatura y presión constantes,
tiene lugar un proceso que implica una transferencia de calor hacia o desde el entorno y un
cambio en el volumen del sistema, entonces a partir de la primera ley de la termodinámica, ∆E
= ∆H - P∆V, donde ∆E es el aumento de energía intrínseca del sistema, ∆H es el aumento de
entalpía y P∆V es el trabajo realizado en el entorno al aumentar el volumen del sistema por
AV a presión constante P y temperatura T. El cambio de entalpía se define simplemente como
la cantidad de calor absorbido por el sistema en estas condiciones y se puede determinar
mediante experimentos calorimétricos.

En estas condiciones, el aumento de entropía del entorno es - ∆H/T. Si el proceso tuviera lugar
en condiciones de reversibilidad termodinámica, es decir, infinitamente lento, el aumento de
entropía del sistema, ∆S, sería ∆H/T. Para que el proceso se lleve a cabo espontáneamente en
condiciones termodinámicamente irreversibles, ∆S debe ser mayor que
∆H/T, dando un aumento general en la entropía del sistema más el entorno, como lo requiere
la segunda ley de la termodinámica.

Por tanto, ∆S - (∆H/T) > 0 y ∆H - T∆S < 0.

J. Willard Gibbs (1878) definió el aumento de energía libre del sistema, ∆G, como ∆G = ∆H -
T∆S. Entonces, para cualquier proceso espontáneo a temperatura y presión constantes, ∆G < 0.

4.1.3 Energía libre y reacciones químicas

Para una reacción química, el cambio en la función de energía libre de Gibbs (∆G) es la
energía que está disponible para realizar trabajo (por ejemplo, trabajo osmótico, trabajo
muscular o trabajo biosintético) a medida que la reacción procede de concentraciones dadas de
reactivos y productos. (las 'condiciones iniciales') al equilibrio químico. Considere un
reacción: A B
Si, a concentraciones dadas de A y B, el signo de AG es negativo, entonces el sistema perdería
energía libre en su entorno a medida que la reacción procediera al equilibrio en la dirección
escrita, es decir, sería energéticamente favorable que la reacción procediera en esa dirección.
Suponiendo que no haya interferencia con el sistema, la concentración de B aumentaría y la de
A disminuiría hasta que se alcanzara el equilibrio químico.
Si, por otro lado, a concentraciones dadas de A y B el signo de ∆G es positivo, entonces el
sistema solo podría hacer disponible energía libre a su entorno si la reacción procediera al
equilibrio en la dirección opuesta a la escrita, y esto es el único proceso que podría ocurrir de
forma espontánea. Nuevamente, suponiendo que no haya interferencia con el sistema desde el
exterior, la concentración de B disminuiría y la de A aumentaría hasta que se alcanzara el
equilibrio químico. Si, en determinadas condiciones, el valor de ∆G es cero, entonces se ha
alcanzado el equilibrio químico. Debe tenerse en cuenta que, en cada punto, ∆G para la reacción
directa tiene el mismo valor pero signo opuesto a ∆G para la reacción inversa. La relación entre
∆G y la concentración de reactivos y productos se puede ver considerando la reacción:

A+B C+D

A una temperatura particular (TK)

where R is the gas constant

[Ceq] is the equilibrium concentration of C (and similarly for [Deq] etc.)
[Co] is the initial concentration of C (and similarly for [Do] etc.)
Loge ( ) = ln ( ) = 2.303 log10( )
donde R es la constante de gas
[Ceq] es la concentración de equilibrio de C (y de manera similar para [Deq], etc.)
[Co] es la concentración inicial de C (y de manera similar para [Do], etc.)
loge ( ) = ln ( ) = 2.303 log10 ( )

Bajo condiciones especiales donde la concentración inicial de todos los reactivos y productos
es 1.0 mol I-1

4.1.4 Energía libre estándar

El cambio de energía libre estándar, AGo, es un concepto útil. Como hemos visto anteriormente,
se puede calcular si se conoce la constante de equilibrio de una reacción:

También es la diferencia entre la energía libre estándar de formación de los reactivos y la

energía libre estándar de formación de los productos, ajustándose cada término a la
estequiometría de la ecuación de reacción. Para una reacción en la que una molécula de A
reacciona con b moléculas de B: aA + bB ~ cC + dD

La energía libre estándar de formación es una medida de la cantidad total de energía libre que
un compuesto puede producir al completarse la descomposición. Se han calculado los valores
de muchos compuestos y grupos y están disponibles en la bibliografía. Las energías libres
estándar de formación son aditivas, al igual que los cambios de energía libre estándar.

Por lo tanto, si el cambio de energía libre estándar para A B es ∆G°1 y que para B C es
∆G°2, entonces el cambio de energía libre estándar para A C se puede determinar por adición
y es ∆G°1+∆G°2:

Las energías libres estándar para reacciones redox se pueden calcular a partir del potencial del
electrodo estándar, si se conoce:
 ∆G° = - nF∆Eo (6.8)
donde n es el número de electrones transferidos; F is el número de Faraday; y ∆Eo es el potencial
del electrodo estándar = Eo (par oxidante) – Eo (par reductor).

Entonces, ∆G se puede calcular mediante una variedad de métodos, de los cuales el de Keq es
particularmente útil. Estrictamente hablando, ∆G° se refiere al cambio de energía libre estándar
a pH 0. Por lo tanto, los bioquímicos prefieren utilizar en su lugar el término ∆G°’ calculado a
un pH fisiológico definido, generalmente pH 7. Aparte de la diferencia de pH, los significados
de ∆G° y ∆G°’, calculados son los mismos.

Si se calcula ∆G° a pH 7 para una reacción que involucra H+, el término [H+] ya se ha tenido
en cuenta si se usa ∆G°’ en el cálculo, pero debe incluirse si se usa ∆G° en su lugar.

Para reacciones en las que el agua es un reactivo o un producto, su concentración se establece

por convención en 1,0 mol 1-1 para eliminarla de los cálculos, ya que el agua siempre está
presente en exceso.

4.1.5 Bioenergética y célula viva

Aunque es ∆G° y no ∆G°’ lo que realmente determina cómo se desarrollará una reacción, la
relación entre los dos términos significa que el último dará una idea de si es probable que la
reacción vaya en gran parte hacia adelante o hacia atrás en la mayoría de las concentraciones
de reactivo y producto, o si será una reacción finamente equilibrada.

Sin embargo, debe entenderse que esto se basa en la suposición de que se permite que la
reacción continúe sin interferencia del exterior, lo que generalmente sería el caso en un
experimento de probeta.

En la célula viva, por el contrario, es poco probable que tal suposición sea válida, ya que la
energía libre disponible a partir de una reacción puede usarse para impulsar a otra en una
dirección energéticamente desfavorable, siempre que las dos reacciones tengan un intermedio
común (esto se denomina el principio de intermedios comunes).

Semejante reacciones acopladas a menudo involucran ATP, ya que este se puede sintetizar
fácilmente dentro de la célula mediante fosforilación a nivel de sustrato o fosforilación
oxidativa, pero se hidroliza fácilmente a ADP o AMP con la liberación de mucha energía libre.
Por ejemplo, para la reacción, ribulosa-5-fosfato + Pi ribulosa-1,5-bisfosfato,
∆G°’ es +13,4 kJ mol-1

Este es un valor positivo lo suficientemente grande como para sugerir que la reacción debería
ir en la dirección de la formación de ribulosa-5-fosfato en la mayoría de las concentraciones de
reactivo y producto, pero en la práctica va casi exclusivamente en la dirección opuesta, debido
al acoplamiento con desglose de ATP.

Otra consideración en la célula viva es que las concentraciones de reactivos y productos

cambian constantemente, debido a los efectos de otras reacciones y a la ingesta de alimentos.
Todo esto tiene el efecto de mantener la mayoría de las reacciones alejadas del equilibrio
químico. Si a todos se les permitiera proceder al equilibrio, no habría energía libre disponible
para realizar el trabajo y la vida sería imposible.

4.2 FACTORES QUE AFECTAN LAS TASAS DE REACCIONES QUÍMICAS

4.2.1 La teoría de la colisión

Las moléculas solo pueden reaccionar si entran en contacto entre sí. Por lo tanto, cualquier
factor que aumente la tasa de colisiones, p. Ej. el aumento de la concentración de los reactivos
o el aumento de la temperatura, aumentará la velocidad de reacción (de acuerdo con los
principios de Svante Arrhenius y Jacobus van't Hoft).

Sin embargo, no todas las moléculas en colisión reaccionan. Esto puede explicarse en parte por
razones estéricas, ya que no todas las colisiones darán como resultado que los grupos
apropiados de moléculas entren en contacto, particularmente si los reactivos son complejos.
Otra razón más importante es que no todas las moléculas en colisión poseen entre ellas
suficiente energía para experimentar una reacción.

6.2.2 Energía de activación y teoría del estado de transición

No todas las moléculas del mismo tipo poseerán la misma cantidad de energía, teniendo en
cuenta todas las formas de energía. La energía de una molécula individual dependerá, por
ejemplo, de las colisiones en las que haya estado involucrada recientemente esa molécula. Para
que se produzca una reacción, las moléculas en colisión deben tener energía suficiente para
superar una barrera de potencial conocida como energía de activación. Esto es cierto incluso
para las reacciones energéticamente favorables, es decir, aquellas que pueden proceder
espontáneamente con la liberación de energía libre.

El hecho de que una reacción pueda, en general, producirse espontáneamente no significa que
necesariamente lo hará en todas las circunstancias. A modo de analogía, considérese una pelota
en una ladera. La pelota tendería a rodar cuesta abajo; no rodaría cuesta arriba espontáneamente.
Sin embargo, si había una piedra en su camino, la bola se quedaría donde estaba. La piedra
sería la barrera de potencial que tendría que ser superada antes de que la pelota podría rodar
colina abajo. Es una barrera de potencial similar que detiene a los seres humanos estallando
espontáneamente en llamas, porque ardemos con una gran liberación de energía, si calentado a
una temperatura lo suficientemente alta para comenzar el proceso.

La mejor explicación para el requisito de energía de activación en una sustancia química.

La reacción es la teoría del estado de transición, desarrollada por Henry Eyring. Esto postula
que cada reacción química procede a través de la formación de un intermedio inestable
entre reactivos y productos. Considere la hidrólisis de un éster:

Se cree que el mecanismo de reacción implica la adición de agua al éster para formar un
compuesto en estado de transición que tiene regiones de carga positiva y negativa que no se
pueden estabilizar:
Un compuesto inestable, por definición, se descompondrá para dar uno más estable.
y por lo tanto debe poseer más energía libre que el compuesto estable. En la figura 6.1 se
muestra un perfil de energía libre de una reacción que implica un estado de transición inestable,
como el anterior.
La energía de activación es, por tanto, la energía necesaria para formar el estado de transición
a partir de los reactivos. El estado de transición es inestable y se descompondrá muy
rápidamente para formar los productos (o volver a los reactivos), pero no se pueden formar
productos a partir de los reactivos a menos que se haya formado el estado de transición. La
energía libre de activación actúa así como una barrera potencial para la reacción que tiene lugar.
Se puede obtener una estimación de la energía de activación a partir de la velocidad de reacción
a diferentes temperaturas, como se discutirá ahora.

La probabilidad de que una molécula en particular posea energía en exceso de un valor E

es e-EIRT (donde R es la constante del gas y T la temperatura absoluta).
Para que una molécula de energía E reaccione, debe chocar con una molécula de energía al
menos gt '- E, donde gt' es la energía de activación. (Para ser más precisos, la energía libre de
activación, 11G *, debe usarse en lugar de e, pero ignoraremos esa fina distinción). La
probabilidad de que un par en colisión tenga suficiente energía para reaccionar es:

This is consistent with the Arrhenius equation, first derived in experimentally in

1889:

(where k is the rate constant, a characteristic of the reaction at temperature T; the

other constants have been shown to be equal to PZ, where P is a steric factor and Z
the collision frequency). Taking logs,
Assuming that the rate of reaction is proportional to the rate constant,

(donde vr, es la velocidad de reacción a la temperatura T1 y vr es la velocidad de reacción a la

temperatura I2 T2).
Si la velocidad de reacción (o la velocidad constante) se ha determinado en más de dos
temperaturas, E1 se puede calcular trazando log10v) contra l! T. La pendiente de la gráfica es -
E1! 2.303R. k (o log10)
Es importante darse cuenta de que la energía de activación calculada depende de las
suposiciones realizadas y no se puede utilizar para decidir entre posibles mecanismos de
reacción.

4.2.3 Catálisis
Un catalizador acelera una reacción química sin cambiar su extensión y puede ser
eliminado sin cambios de entre los productos finales de la reacción. No tiene ningún efecto
termodinámico general: la cantidad de energía libre liberada o absorbida cuando se completa
una reacción será la misma tanto si hay un catalizador presente o no.

En la mayoría de los casos, un catalizador actúa reduciendo la energía de activación. El

catalizador, o parte de él, se combina con los reactivos para formar un estado de transición
diferente del involucrado en la reacción no catalizada; uno que sea más estable y, por tanto, de
menor energía (Fig. 6.2).

Tenga en cuenta que los estados inicial y final están en los mismos niveles de energía libre para
las reacciones catalizadas y no catalizadas, y el cambio total de energía libre a medida que
avanza la reacción también es el mismo.
Por lo tanto, como una generalización aproximada, una reacción no catalizada podría proceder
de la siguiente manera:

Debido a que el catalizador estabiliza el estado de transición, la descomposición del intermedio

en los productos podría ser más lenta que en la reacción no catalizada.
No obstante, la velocidad general está determinada por el paso más lento de la secuencia, por
lo que la velocidad general de la reacción catalizada será más rápida que la de la reacción no
catalizada.

Los catalizadores son a menudo ácidos o bases: los ácidos estabilizan el estado de transición
donando un protón; bases aceptando un protón. La hidrólisis de un éster, que consideramos
anteriormente, puede ser catalizada por una base (X-0-) de la siguiente manera:

Fig. 6.2 - Cambios de energía libre para una reacción energéticamente favorable, mostrando los
efectos de un catalizador.

Otras formas comunes de catálisis incluyen la catálisis covalente, donde el estado de transición
se estabiliza mediante cambios que involucran enlaces covalentes, y la catálisis de iones
metálicos, donde el estado de transición se estabiliza mediante interacciones electrostáticas con
un ión metálico.

En esta sección hemos analizado los perfiles de energía libre de reacciones energéticamente
favorables, considerando los cambios que tienen lugar cuando las moléculas del reactivo se
convierten en moléculas del producto. Por supuesto, la mayoría de las reacciones son
reversibles, pero tenga en cuenta que la energía de activación requerida para la reacción inversa,
energéticamente desfavorable, en las figuras 6.1 y 6.2 es la energía requerida para formar la
estado de transición de los productos y, por lo tanto, es mucho mayor que la energía de
activación en la dirección energéticamente favorable.

La proporción de moléculas de producto en colisión que poseen entre ellas suficiente energía
para superar la barrera potencial será incluso menor que para los reactivos. Sin embargo, cuanto
mayor sea la concentración de producto, mayor será el número de moléculas presentes capaces
de sufrir la reacción inversa.

Como hemos visto, la tendencia general, indicada por fl.G, hacia el equilibrio químico depende
de las concentraciones reales de reactivos y productos presentes. La posición del equilibrio
químico no se ve afectada por la presencia de un catalizador: el catalizador simplemente acelera
su consecución.
4.3 CINÉTICA DE REACCIONES QUÍMICAS NO CATALIZADAS

4.3.1 La ley de acción de masas y el orden de reacción

Todo el trabajo cinético se basa en la Ley de Acción de Masas propuesta por Cato
Maximilian Guldberg y Peter Waage en 1867. Esto establece que la velocidad de una reacción
es proporcional al producto de las actividades de cada reactivo, siendo cada actividad elevada
a la potencia del número de moléculas de ese reactivo que participan, como lo indica el ecuación
de reacción. Para una reacción:
( C)c (D)d
aA + bB  cC + dD ….. - Keq = ---------------- vo =
(A)a (B)b


aA + bB  productos
la tasa es proporcional a (actividad de A)a x (actividad de B)b.

A efectos prácticos, el término actividad suele sustituirse por concentración, aunque

estrictamente hablando sólo es igual a la concentración en gases ideales y en soluciones muy
diluidas.
La Ley de Acción de Masas condujo al concepto de orden de reacción.

Una reacción de primer orden es aquella que avanza a una velocidad proporcional a la
concentración de un reactivo. Por lo tanto, para una reacción de primer orden AP que tiene
lugar a temperatura y presión constantes en una solución diluida, la velocidad de reacción v en
cualquier momento t está dada por

La cinética es el estudio de las velocidades de reacción y los factores que las influyen. No se
preocupa por la naturaleza química de los cambios que se están produciendo.

Todo el trabajo cinético se basa en la Ley de Acción de Masas propuesta por Cato Maximilian
Guldberg y Peter Waage en 1867.

Esta establece que la velocidad de una reacción es proporcional al producto de las actividades
de cada reactivo, elevándose cada actividad a la potencia de el número de moléculas de ese
reactivo que participan, como indicado por la ecuación de reacción.

Para una reacción: aA + bB - productos

la tasa es proporcional a (actividad de At x (actividad de B) b. Para propósitos prácticos,
el término actividad suele sustituirse por concentración, aunque estrictamente hablando
es solo igual a la concentración en gases ideales y en soluciones muy diluidas.
La Ley de Acción de Masas condujo al concepto de orden de reacción.

Una reacción de primer orden es aquella que avanza a una velocidad proporcional a la
concentración de un reactivo. Por lo tanto, para una reacción de primer orden AP que tiene
lugar a una temperatura y presión constantes en una solución diluida, la velocidad de reacción
v en cualquier momento t está dada por Almidon
S (10 00 mg) P (Glucosa)(x
mg)

v = -d[S]/dt = + d[P]/dt = k [A] 6.17

donde c

v0 = velocidad de reacción en el tiempo t

k = constante de velocidad
[A] = concentración de reactivo A en el tiempo t t
[P] = concentración de producto en el momento t 1 ml H2O + 1000 mg  1000 mg/1000 ul 1
1 mg/ul = 1 ml (1000 mg) + 9 ml agua = 10 ml (1000 mg)
100 ul
v= - d [A]/dt = tasa de disminución de [A] 100 mg/1 ml
+ d [P] / dt = tasa de aumento de [P].

Una reacción de segundo orden es aquella que avanza a una velocidad proporcional a la
concentración de dos reactivos o a la segunda potencia de un solo reactivo. Entonces, para una
reacción de segundo orden A + B  P, que tiene lugar a una temperatura constante y
presión en una solución diluida,

v = -d [A) / dt = -d [B] / dt = + d [P] / dt = k [A] [B] (6,18)

los términos tienen el mismo significado general que el anterior. De manera similar, para una
reacción de segundo orden de la forma 2A  P,

v = -d [A] / dt = + d [P] / dt = k [A]2 (6.19)

Una reacción de dos reactivos puede, en determinadas circunstancias, considerarse como una
reacción de pseudo reactivo único. Por ejemplo, las reacciones que tienen lugar en un medio
acuoso y que involucran agua y otro reactivo generalmente se consideran pseudo reactivo único
ya que el agua estará en un gran exceso y su concentración no cambiará significativamente.
durante el curso de la reacción.

También debe tenerse en cuenta que es posible una reacción de orden cero. Éste es uno cuya
velocidad es independiente de la concentración de cualquiera de los reactivos.

https://www.youtube.com/watch?v=7AC3uYjDi9Q

En la célula viva, por el contrario, es poco probable que tal suposición sea válida, ya que la
energía libre disponible a partir de una reacción se puede utilizar para impulsar a otra en una
dirección energéticamente desfavorable, siempre que las dos reacciones tengan un intermedio
común (esto se denomina el principio de intermedios comunes). Tales reacciones acopladas a
menudo involucran ATP, ya que este se puede sintetizar fácilmente dentro de la célula mediante
fosforilación a nivel de sustrato o fosforilación oxidativa, pero se hidroliza fácilmente a ADP o
AMP con la liberación de mucha energía libre. Por ejemplo, para la reacción, ribulosa-5-fosfato
+ Pi ~ ribulosa-1,5-bisfosfato, t: .. G6 'es + 13,4 kJ mor 1
• Este es un valor positivo lo suficientemente grande como para sugerir que la reacción debería
ir en la dirección de la formación de ribulosa-5-fosfato en la mayoría de las concentraciones de
reactivo y producto, pero en la práctica va casi exclusivamente en la dirección opuesta, debido
al acoplamiento con ATP. desglose.
Reacción
ribulosa-5-P + Pi ~ ribulosa-1,5-bisP ATP
Cambio de energía libre estándar
ribulosa-5-P + ATP ribulosa-1,5-bisP + ADP -17,6 kJmo1- +13,4 kJmol- -31,0 kJ mo1-
Otra consideración en la célula viva es que las concentraciones de reactivos y productos
cambian constantemente, debido a los efectos de otras reacciones y a la ingesta de alimentos.
Todo esto tiene el efecto de mantener la mayoría de las reacciones alejadas del equilibrio
químico. Si a todos se les permitiera proceder al equilibrio, no habría energía libre disponible
para realizar el trabajo y la vida sería imposible.

4.2 FACTORES QUE AFECTAN LAS TASAS DE REACCIONES QUÍMICAS

4.2.1 La teoría de la colisión
Las moléculas solo pueden reaccionar si entran en contacto entre sí. Por lo tanto, cualquier
factor que aumente la tasa de colisiones, p. Ej. el aumento de la concentración de los reactivos
o el aumento de la temperatura, aumentará la velocidad de reacción (de acuerdo con los
principios de Svante Arrhenius y Jacobus van't Hoft). Sin embargo, no todas las moléculas en
colisión reaccionan. Esto puede explicarse en parte por razones estéricas, ya que no todas las
colisiones darán como resultado que los grupos apropiados de moléculas entren en contacto,
particularmente si los reactivos son complejos. Otra razón más importante es que no todas las
moléculas en colisión poseen entre ellas suficiente energía para experimentar una reacción.
6.2.2 Energía de activación y teoría del estado de transición
No todas las moléculas del mismo tipo poseerán la misma cantidad de energía, teniendo en
cuenta todas las formas de energía. La energía de una molécula individual dependerá, por
ejemplo, de las colisiones en las que haya estado involucrada recientemente esa molécula. Para
que se produzca una reacción, las moléculas en colisión deben tener energía suficiente para
superar una barrera de potencial conocida como energía de activación. . Esto es cierto incluso
para las reacciones energéticamente favorables, es decir, aquellas que pueden proceder
espontáneamente con la liberación de energía libre.
El hecho de que una reacción pueda, en general, producirse de forma espontánea no significa
que necesariamente lo hará en todas las circunstancias. A modo de analogía, considere una
pelota en la ladera de una colina. La pelota tendería a rodar cuesta abajo; no rodaría cuesta
arriba espontáneamente. Sin embargo, si había una piedra en su camino, la bola se quedaría
donde estaba. La piedra
sería la barrera de potencial que tendría que ser superada antes de que la bola pudiera rodar
colina abajo. Es una barrera de potencial similar que evita que los seres humanos estallen
espontáneamente en llamas, porque quemamos con una gran liberación de energía, si se calienta
a una temperatura lo suficientemente alta como para comenzar el proceso. La mejor explicación
para el requisito de energía de activación en una reacción química es la teoría del estado de
transición, desarrollada por Henry Eyring. Esto postula que toda reacción química procede a
través de la formación de un intermedio inestable.
entre reactivos y productos. Considere la hidrólisis de un éster:
R'C, .. + R * OH '-OH
Se cree que el mecanismo de reacción implica la adición de agua al éster para formar un
compuesto en estado de transición que tiene regiones de carga positiva y negativa que no se
pueden estabilizar:
Un compuesto inestable, por definición, se descompondrá para dar uno más estable y, por lo
tanto, debe poseer más energía libre que el compuesto estable. En la figura 6.1 se muestra un
perfil de energía libre de una reacción que implica un estado de transición inestable, como el
anterior.
La energía de activación es, por tanto, la energía necesaria para formar el estado de transición
a partir de los reactivos. El estado de transición es inestable y se descompondrá muy
rápidamente para formar los productos (o volver a los reactivos), pero no se pueden formar
productos a partir de los reactivos a menos que se haya formado el estado de transición. La
energía libre de activación actúa así como una barrera potencial para la reacción que tiene lugar.
Se puede obtener una estimación de la energía de activación a partir de la velocidad de reacción
a diferentes temperaturas, como se discutirá ahora. La probabilidad de que una molécula en
particular posea energía en exceso de un valor E es e-EIRT (donde R es la constante del gas y
T la temperatura absoluta). Para que una molécula de energía E reaccione, debe chocar con una
molécula de energía al menos gt '- E, donde gt' es la energía de activación. (Para ser más
precisos, la energía libre de activación, 11G *, debe usarse en lugar de e, pero ignoraremos esa
fina distinción). La probabilidad de que un par en colisión tenga suficiente energía para
reaccionar es:
Esto es consistente con la ecuación de Arrhenius, derivada por primera vez experimentalmente
en 1889:
k = constante x e-E ~ 1RT (donde k es la constante de velocidad, una característica de la
reacción a la temperatura T; el
se ha demostrado que otras constantes son iguales a PZ, donde P es un factor estérico y Z la
frecuencia de colisión). Tomando registros, asumiendo que la velocidad de reacción es
proporcional a la constante de velocidad, (donde vr, es la velocidad de reacción a la temperatura
T1 y vr es la velocidad de reacción a la temperatura T2).
Si la velocidad de reacción (o la velocidad constante) se ha determinado a más de dos
temperaturas, E1 se puede calcular trazando log10 v) contra l! T. La pendiente de la gráfica es
- E1! 2.303R. k (o log10
Es importante darse cuenta de que la energía de activación calculada depende de las
suposiciones realizadas y no se puede utilizar para decidir entre posibles mecanismos de
reacción.

4.2.3 Catálisis
Un catalizador acelera una reacción química sin cambiar su extensión y puede eliminarse sin
cambios entre los productos finales de la reacción. No tiene ningún efecto termodinámico
general: la cantidad de energía libre liberada o absorbida cuando se completa una reacción será
la misma tanto si hay un catalizador presente como si no. En la mayoría de los casos, un
catalizador actúa reduciendo la energía de activación. El catalizador, o parte de él, se combina
con los reactivos para formar un estado de transición diferente del involucrado en la reacción
no catalizada; uno que sea más estable y, por tanto, de menor energía (Fig. 6.2).
Tenga en cuenta que los estados inicial y final están en los mismos niveles de energía libre para
las reacciones catalizadas y no catalizadas, y el cambio total de energía libre a medida que
avanza la reacción también es el mismo.
Por lo tanto, como una generalización aproximada, una reacción no catalizada podría proceder
de la siguiente manera:
A + B muy lento A ··· B productos muy rápidos
La misma reacción, pero en presencia de un catalizador C, podría tener lugar así: A + B + C ~
A ··· B · ·· C ~ productos + C Debido a que el catalizador estabiliza el estado de transición, la
ruptura de el intermedio de los productos puede ser más lento que en la reacción no catalizada.
No obstante, la velocidad general está determinada por el paso más lento de la secuencia, por
lo que la velocidad general de la reacción catalizada será más rápida que la de la reacción no
catalizada.
Los catalizadores son a menudo ácidos o bases: los ácidos estabilizan el estado de transición
donando un protón; bases aceptando un protón. La hidrólisis de un éster, que consideramos
anteriormente, puede ser catalizada por una base (X-0-) de la siguiente manera:
Otras formas comunes de catálisis incluyen la catálisis covalente, donde el estado de transición
se estabiliza mediante cambios que involucran enlaces covalentes, y la catálisis de iones
metálicos, donde el estado de transición se estabiliza mediante interacciones electrostáticas con
un ión metálico.
En esta sección hemos analizado los perfiles de energía libre de reacciones energéticamente
favorables, considerando los cambios que tienen lugar cuando las moléculas del reactivo se
convierten en moléculas del producto. Por supuesto, la mayoría de las reacciones son
reversibles, pero tenga en cuenta que la energía de activación requerida para lo contrario,
energéticamente desfavorable, la reacción en las figuras 6.1 y 6.2 es la energía requerida para
formar el estado de transición a partir de los productos y, por lo tanto, es mucho mayor que la
energía de activación en la dirección energéticamente favorable. La proporción de moléculas
de producto en colisión que poseen entre ellas suficiente energía para superar la barrera
potencial será incluso menor que para los reactivos. Sin embargo, cuanto mayor sea la
concentración de producto, mayor será el número de moléculas presentes capaces de sufrir la
reacción inversa. Como hemos visto, la tendencia general, indicada por fl.G, hacia el equilibrio
químico depende de las concentraciones reales de reactivos y productos presentes. La posición
del equilibrio químico no se ve afectada por la presencia de un catalizador: el catalizador
simplemente acelera su consecución.

4.3 CINÉTICA DE REACCIONES QUÍMICAS NO CATALIZADAS

4.3.1 La ley de acción de masas y el orden de reacción

La cinética es el estudio de las velocidades de reacción y los factores que las influyen. No se
preocupa por la naturaleza química de los cambios que se están produciendo. Todo el trabajo
cinético se basa en la Ley de Acción de Masas propuesta por Cato Maximilian Guldberg y
Peter Waage en 1867. Esto establece que la velocidad de una reacción es proporcional al
producto de las actividades de cada reactivo, aumentando cada actividad a la potencia del
número de moléculas de ese reactivo que participan, como lo indica la ecuación de reacción.
Para una reacción: aA + bB  productos (A)a + B)b 
K1
A + B  C+ D k1= (A) (B)/(C) (D) K2= (C) (D)/(A)(B) K1=K2
K2

2NaOH + 2HCl  2NaCl + 2H2O

la tasa es proporcional a (actividad de A)a x (actividad de B)b. A efectos prácticos, el término

actividad suele sustituirse por concentración, aunque estrictamente hablando solo es igual a la
concentración en gases ideales y en soluciones muy diluidas.

La ley de Acción de las Masas llevó al concepto del orden de reacción.

Una reacción de primer orden es aquella que avanza a una velocidad proporcional a la
concentración de un reactivo. T = 25 °C P= 1 Atm
Por lo tanto, para una reacción de primer orden AP que tiene lugar a una temperatura y
presión constantes en una solución diluida, la velocidad de reacción v en cualquier momento t
viene dada por

v = -d[A]/dt = +d[P]/dt = k [A] (6.17)

Donde vo = velocidad de reacción en el tiempo t

k = constante de velocidad

[A]= concentración de reactivo A en el momento t

[P] = concentración de producto en el momento t
- d [A]/dt = tasa de disminución de [A]
+d [P]/dt = tasa de aumento de [P] .

Una reacción de segundo orden es aquella que avanza a una velocidad proporcional a la
concentración de dos reactivos o a la segunda potencia de un solo reactivo. Entonces, para una
reacción de segundo orden A + B  P, que tiene lugar a una temperatura y presión constantes
en una solución diluida,

v = -d [Almidon]/dt = -d [B]/dt = + d [Glucosa]/dt = k [A][B] (6,18)

los términos tienen el mismo significado general que el anterior. Del mismo modo, para un
segundo orden reacción de la forma 2A  P,
v = -d [A]/dt = +d[P]/dt = k [A]2 (6,19)

Una reacción de dos reactivos puede, en determinadas circunstancias, considerarse como una
reacción de pseudo reactivo único. Por ejemplo, las reacciones que tienen lugar en un medio
acuoso y que involucran agua y otro reactivo generalmente se consideran pseudo-reactivo único
ya que el agua estará en un gran exceso y su concentración no cambiará significativamente
durante el curso de la reacción.

También debe tenerse en cuenta que es posible una reacción de orden cero. Éste es uno cuya
velocidad es independiente de la concentración de cualquiera de los reactivos.

4.3.2 El uso de la velocidad inicial

Para cualquier reacción, comenzando solo con reactivos y midiendo la apariencia del producto
con el tiempo, se obtiene una gráfica de la forma representada en la figura 6.3.
Fig. 4.3 - Gráfico de concentración de producto frente al tiempo de una reacción química.

La velocidad de la reacción en cualquier momento t es la pendiente de la curva en ese punto.

Esto puede ser constante durante un corto tiempo al comienzo de la reacción y luego disminuye
con la concentración decreciente del reactivo (s) a medida que avanza la reacción, cayendo
finalmente a cero.

En este punto, todos los reactivos se han convertido en productos o, mucho más comúnmente,
se ha establecido un equilibrio químico, con la velocidad de la reacción directa ahora igual a la
velocidad de la reacción inversa.

La velocidad inicial (v0) de la reacción es la velocidad de reacción en t = 0 y puede determinarse

trazando una tangente a la gráfica, como se muestra en la figura 4.3. De esta tangente

Las unidades de v0 son las utilizadas para la concentración de producto, divididas por las
utilizadas para el tiempo. La importancia de la velocidad inicial es que es un parámetro cinético
determinado para la reacción en una situación que se puede especificar fácilmente.

Las concentraciones de cada reactivo se conocen a partir de las cantidades realmente añadidas.
Esto no sería cierto en ningún otro momento de la reacción. Además, dado que no hay productos
presentes en t = 0, no se producirá ninguna reacción inversa.

Será evidente que la velocidad inicial dependerá de las concentraciones iniciales de los
reactivos.

Para una reacción de un solo reactivo, se ha visto en la sección anterior que, para que la reacción
sea de primer orden, v = k[A]. Así, en el tiempo t = 0, v0 = k [Ao], donde [Ao] es la
concentración inicial de A.

De manera similar, para la reacción de un solo reactivo de segundo orden, v0 = k [Ao]2 y

para una reacción de un solo reactivo de orden cero, v0 = k [Ao]0 = k.
Los gráficos correspondientes a estas ecuaciones se muestran en la Fig. 6.4. Este enfoque
también se puede aplicar a reacciones que involucren más de un reactivo. Si todos los reactivos
menos uno se mantiene a concentraciones fijas, el orden de reacción con respecto al reactivo
variable puede ser determinado. El orden general de reacción será la suma de los órdenes con
respecto a cada uno de los reactivos individuales.

Fig. 4.4 - Gráficos de la velocidad inicial frente a la concentración inicial de reactivo para
una reacción de un solo reactivo.

4.4 CINÉTICA DE LAS REACCIONES CATALIZADAS POR ENZIMAS: UNA

INTRODUCCIÓN HISTÓRICA

Ludwig Wilhelmy, en 1850, demostró que la tasa de hidrólisis ácida de la sacarosa era
proporcional a la concentración de sacarosa, a una concentración ácida constante. De los
términos definidos en el apartado anterior, por tanto, diríamos que esta reacción fue de primer
orden con respecto a la sacarosa. Cuando se investigó de manera similar la reacción idéntica,
pero catalizada por la enzima invertasa, se obtuvieron resultados diferentes.

Adrian Brown (1902) demostró que, a bajas concentraciones de sacarosa, la reacción era de
nuevo de primer orden con respecto al sustrato, pero a concentraciones más altas se convertía
en de orden cero.

Se encontró que esto era generalmente cierto para todas las reacciones catalizadas por enzimas
de un solo sustrato y para las reacciones de múltiples sustratos donde las concentraciones de
todos los sustratos menos uno se mantuvieron constantes.

Se encontró que un gráfico de velocidad inicial (v concentración de sustrato ([S 0]) a una
concentración de enzima total constante ([E0]) era una hipérbola rectangular, como se muestra
en la figura 4.5.

Dicho gráfico tiene la ecuación general a

donde a y b son constantes. La constante a representa el valor máximo de v (llamado Vmax) y b

es el valor de [So] donde v0 = 1/2 Vmax

Aunque algunas enzimas no dan gráficos hiperbólicos (véanse los capítulos 12 y 13), el logro
de una velocidad inicial máxima con una concentración de sustrato creciente a una
concentración total constante de enzimas es característica de todas las enzimas.
Fig. 4.5 - Gráfico de la velocidad inicial frente a la concentración inicial de sustrato a una
concentración total constante de enzima para una reacción catalizada por enzima de un solo
sustrato. Tenga en cuenta que la curva está distorsionada para demostrar el acercamiento a V
max, que de hecho solo se logra a una concentración de sustrato infinita.

La explicación de esta característica fue dada por primera vez por Brown, con especial
referencia a la hidrólisis de sacarosa, pero posteriormente se encontró que era de aplicación
general. La enzima y el sustrato se combinan para formar un complejo enzima-sustrato, que
experimenta una reacción adicional para descomponerse en enzima y productos:

k1 k2
E+S ES E+P

La velocidad global de reacción (la velocidad de formación de P) debe estar limitada por la
cantidad de enzima disponible y por la velocidad de degradación del complejo enzima-sustrato.
Si la concentración de sustrato es suficientemente alta, "saturará" la enzima, es decir, forzará
una reacción inmediata con cada molécula de enzima disponible para formar un complejo
enzima-sustrato.

En estas condiciones, por lo tanto, no habrá enzima libre presente y la concentración de

complejo enzima-sustrato ([ES]) será la concentración total de enzima presente ([E0]), lo que
hace que la velocidad general de reacción sea k2 [E0] (de la Ley de Acción de Masas). Esto es
independiente del sustrato concentración y, por lo tanto, no puede aumentarse utilizando
concentraciones de sustrato aún más altas. Es, por tanto, la máxima velocidad inicial posible a
esta concentración de enzima. Por eso

Por el contrario, a concentraciones de sustrato muy bajas, la enzima estará lejos de estar
saturada y la velocidad global de reacción estará limitada por la velocidad a la que reaccionan
las moléculas de enzima y sustrato para formar un complejo enzima-sustrato. A una
concentración constante de enzima, esto será proporcional a la concentración de sustrato y,
por lo tanto, resultará una reacción de primer orden.

A concentraciones intermedias de sustrato, la enzima estará parcialmente saturada con sustrato

y el orden de reacción estará en algún lugar entre el orden cero y el primer orden.

Tenga en cuenta que los términos "saturado" y "parcialmente saturado" se refieren a la

población de moléculas enzimáticas y no a cada molécula individual. Una molécula de enzima
que se une a una sola molécula de sustrato no puede en sí misma estar parcialmente saturada en
un momento dado, pero una población de tales moléculas puede estarlo, algunas unidas al
sustrato y otras libres.

La existencia de un complejo enzima-sustrato se demostró por primera vez de forma

experimental en 1936 mediante estudios espectroscópicos sobre las enzimas peroxidasa y
catalasa. Desde entonces, la presencia de tales complejos ha sido ampliamente documentada
por cristalografía de rayos X, ESR, NMR, fluorimetría y otras técnicas.

4.5 MÉTODOS UTILIZADOS PARA INVESTIGAR LA CINÉTICA DE LAS

REACCIONES CATALIZADAS POR ENZIMAS

4.5.1 Estudios de velocidad inicial

Se ha encontrado que los estudios de velocidad inicial son particularmente útiles para investigar
la cinética de reacciones catalizadas por enzimas. Además de las ventajas generales de tales
estudios, mencionadas anteriormente, existe la razón adicional aquí de que las enzimas a
menudo son inestables en solución, por lo que la restricción de las investigaciones a las
determinaciones v0 brinda la mejor oportunidad de evitar errores causados por la pérdida de
actividad enzimática con el tiempo.

La velocidad inicial de una reacción generalmente se determina a partir de un gráfico de

concentración de producto en función del tiempo, como se muestra en la figura 6.3.
Alternativamente, una lectura instrumental directa que se sabe que es proporcional a la
concentración del producto (por ejemplo, unidades de absorbancia) se puede representar contra
el tiempo.

La velocidad de reacción también podría determinarse a partir de la desaparición del sustrato a

medida que avanza la reacción, pero en general se considera una mejor técnica para medir la
aparición de algo a partir de un valor inicial de nada en lugar de la desaparición de algo de un
valor inicial grande, particularmente cuando es la tasa inicial lo que es más importante.

Los experimentos se realizan a temperatura y pH constantes utilizando un método que permite

controlar el curso de la reacción de forma continua y, preferiblemente, de forma automática. La
técnica real utilizada dependerá de la reacción que se esté investigando.

Si hay una diferencia entre el sustrato y el producto en la absorbancia de la luz de una longitud
de onda particular, se pueden utilizar técnicas espectrofotométricas o colorimétricas
(preferiblemente la primera).

El coeficiente de absorción molar de una sustancia, si se conoce, permitirá calcular la

concentración real de esa sustancia a partir de una lectura de absorbancia, ya que absorbancia
= coeficiente de absorción molar x concentración (mol l-1) x trayectoria de luz celular (cm).

De particular idoneidad para la investigación mediante técnicas espectrofotométricas es la

amplia gama de reacciones de oxidación / reducción que implican la interconversión de NAD+
/ NADH o NADP+ / NADPH.
Las formas reducidas de estos dinucleótidos tienen un pico de absorbancia a 340 nm, mientras
que las formas oxidadas no lo tienen (Fig. 4.6), lo que facilita seguir el curso de su
interconversión mediante el control de la absorbancia a esta longitud de onda.
A600 = 0,000
A= 0.999
A= 1,000

Fig. 4.6 - Los espectros de absorbancia ultravioleta de NAD (Pt y NAD (P)H.

Esta interconversión de estas sustancias también puede ir seguida de técnicas fluorimétricas,

que dan mayor sensibilidad que las espectrofotométricas.

Las reacciones en las que se desprenden o absorben gases a medida que avanza la reacción
pueden investigarse mediante técnicas nanométricas. La reacción se realiza de forma
hermética recipiente acoplado a un manómetro, que registra cambios de volumen o presión.

Los electrodos selectivos de iones (por ejemplo, el electrodo de oxígeno) se pueden usar
cuando sea relevante para una reacción en particular. De manera más general, se pueden aplicar
otros métodos electroquímicos (por ejemplo, conductometría) siempre que existan diferencias
en las propiedades eléctricas entre el sustrato y el producto. Estas y otras técnicas se analizan
con más detalle en la sección 18.1.

No obstante, se pueden utilizar métodos que no son inmediatamente aplicables a la

investigación de una reacción particular si la reacción se acopla a una reacción indicadora
adecuada. El principio aquí es agregar un exceso de la enzima indicadora, por lo que la
velocidad de la reacción del indicador será una medida de la velocidad de la reacción bajo
investigación. Por ejemplo, catalizadores de glucosa oxidasa:

Esta reacción puede ir seguida de técnicas manométricas o de electrodos de oxígeno, pero no

es adecuada para la investigación mediante métodos espectrofotométricos. Sin embargo, si se
agrega un exceso de peroxidasa para descomponer el peróxido de hidrógeno a medida que se
forma, esta reacción puede estar ligada a la producción de un tinte de color a partir de un
cromógeno adecuado, p. guaiacum:

H2O2 + cromógeno H2O + ½ O2 + colorante (6.24)

La velocidad de aparición del tinte, determinada espectrofotométricamente, será un indicador

de la velocidad de reacción catalizada por la glucosa oxidasa. Una alternativa al uso de
reacciones acopladas es introducir un sustrato artificial que, al reaccionar, da como resultado
un cambio mensurable no proporcionado por el sustrato natural. Un ejemplo es el p-nitrofenil
fosfato, un compuesto incoloro, que se hidroliza al p-nitrofenol amarillo por la acción de la
fosfatasa alcalina. P-nitrofenol fosfato + fosfatasa alcalina  p-nitrofenol + fosfato + F.A.
Incoloro amarillo

4.5.2 Técnicas de reacción rápida

Para probar algunas de las hipótesis formuladas anteriormente, p. Ej. para investigar la
formación y descomposición del complejo o complejos enzima-sustrato, es necesario utilizar
técnicas capaces de detectar cambios que tienen lugar en escalas de tiempo del orden de
magnitud de 1 milisegundo.

De particular importancia es un estudio cinético detallado de los cambios que tienen lugar
durante la primera fracción de segundo de la reacción (denominada cinética transitoria). Esto
generalmente se realiza usando técnicas de mezcla rápida de la variedad de flujo continuo o de
flujo detenido, siendo monitoreada la reacción por algún detector adecuado acoplado a una
unidad de visualización y computadora.

Con los sistemas de flujo continuo, introducidos por Hamilton Hartridge y Francis (F. J. W.)
Roughton, las corrientes de enzima y sustrato convergen y se bombean juntas a una velocidad
fija por la tubería de orificio capilar para garantizar una mezcla rápida y la eliminación del
espacio muerto. A partir del conocimiento de las dimensiones del tubo y el caudal, se puede
calcular el tiempo que transcurre desde la mezcla hasta la llegada al detector.

Alterando el caudal, se puede cambiar este tiempo de reacción. Además, se pueden colocar
varios detectores en diferentes puntos a lo largo del tubo de flujo. La principal desventaja de
los métodos de flujo continuo es que tienden a desperdiciar reactivos.

Con técnicas de flujo detenido, desarrolladas por Britton Chance y por Quentin Gibson, las
soluciones de enzimas y sustrato se inyectan rápidamente juntas en una cámara de observación
y el curso de la reacción se monitorea continuamente.

La principal limitación de ambas técnicas es el tiempo necesario para mezclar enzima y sustrato
(s). Este problema no se aplica al enfoque alternativo, la investigación de la cinética de
relajación. Aquí se mezclan la enzima y el (los) sustrato (s) y se deja que el sistema llegue al
equilibrio; entonces la posición del equilibrio se altera rápidamente por un cambio repentino de
temperatura o presión, y el acercamiento a la nueva posición de equilibrio se monitorea
constantemente. Esta técnica, iniciada por Manfred Eigen (1963), es particularmente adecuada
para la investigación de reacciones que son fácilmente reversibles, p. los catalizados por
aminotransferasas.

4.6 LA NATURALEZA DE LA CATÁLISIS DE ENZIMAS

Las enzimas se comportan como cualquier otro catalizador al formar con los reactivos un estado
de transición de menor energía libre que el que se encontraría en la reacción no catalizada.
Como hemos visto, existe evidencia cinética y espectroscópica de la existencia de complejos
enzima-sustrato; sin embargo, estos no son sinónimos
con estados de transición. Para una reacción de un solo sustrato, la enzima se une inicialmente
al sustrato en un sitio de unión específico para formar un complejo enzima-sustrato
relativamente estable, este proceso tiene lugar mediante la formación de un estado de transición
inestable. En el complejo enzima-sustrato, los grupos reactivos se mantienen muy próximos
entre sí y al sitio catalítico de la enzima.
La reacción catalizada puede tener lugar ahora, mediante la formación de otro estado de
transición inestable, para dar el producto. Sin embargo, en este punto, es posible que el producto
todavía esté unido a la enzima, en cuyo caso otro intermedio de reacción relativamente estable,
el complejo enzima-producto, existiría antes que el producto libre fue liberado.

El perfil de energía libre de una reacción de este tipo se muestra en la figura 4.7. Para reacciones
que involucran varios sustratos y productos, el proceso sería aún más complicado, pero los
principios siguen siendo los mismos.

Fig. 4. 7 - The free energy profile of an enzyme-catalysed reaction involving the formation
of an enzyme-substrate and an enzyme-product complex.

La energía de activación para la etapa de limitación de la velocidad de las reacciones catalizadas

por enzimas puede estimarse como para las reacciones no catalizadas investigando la velocidad
de reacción a diferentes temperaturas.
Para una reacción de la forma:

la velocidad total de reacción viene dada por k2 [ES] y la mejor estimación de k2 proviene de
Vmax, ya que V max = k2 [Eo].

Para tal reacción investigada a temperaturas absolutas T1 y T2, a la misma concentración inicial
de enzima:

(los términos son los definidos en la sección 4.2.2).

Los cambios relativamente pequeños en la energía de activación pueden alterar en gran medida
la velocidad de reacción: una enzima que reduce la energía de activación de 100 kJ más a 60 kJ
más, cifras perfectamente razonables, aumenta la velocidad de reacción en unos 10 millones. 1

RESUMEN DEL CAPITULO 4

Los procesos bioquímicos solo pueden avanzar espontáneamente en una dirección tal que la
energía libre del sistema, es decir, la energía que se puede utilizar para realizar un trabajo,
disminuye. Sin embargo, incluso las reacciones químicas energéticamente favorables tienen
que superar una barrera de potencial, conocida como energía de activación, antes de que pueda
tener lugar la reacción. Esto se explica por la necesidad de formar estados de transición
inestables.

Los catalizadores, incluidas las enzimas, actúan permitiendo la formación de diferentes estados
de transición más estables y, por tanto, reducen la energía de activación. La posición de
equilibrio químico no cambia, pero se alcanza mucho más rápido que en la reacción equivalente
sin catalizar.

La velocidad inicial de las reacciones catalizadas por enzimas tiene un valor límite en cada
concentración total de enzima; esto ocurre cuando la enzima está saturada de sustrato. Las
enzimas reaccionan con los sustratos para formar complejos enzima-sustrato. Estos son bastante
distintos de los estados de transición que también ocurren como parte del proceso de catálisis
enzimática.

OTRAS LECTURAS
Comish-Bowden, A. (1995), Fundamentals of Enzyme Kinetics, 2ª ed., Portland Press
(Capítulos 1-3).
Lodish, H., Berk, A. et al (2004), Molecular Cell Biology, 5ª ed., Freeman (Capítulo 2).
Metiu, H. (2006), Química Física: Termodinámica y Química Física: Cinética, Garland.
Nelson, D. L. y Cox, M. M. (2004), Lehninger Principles of Biochemistry, 4ª ed., Worth
(Capítulos 6, 13).
Nichols, D. G. y Ferguson, S. J. (1992), Bioenergetics 2, Academic Press.
Voet, D. y Voet, J. G. (2004), Biochemistry, 3ª ed., Wiley (Capítulos 3, 14).
Wright, M. R. (1999), Cinética química fundamental, Horwood.

PROBLEMAS
(Suponga que R = 8.314 J K1 mol-1, F = 96487 J V-1, actividad = concentración).

6.1 (a) Se han demostrado las siguientes características de reacción a pH 7,5 y 310 K:
aspartato + citrulina ~ argininosuccinato + arginina H0 + fumarato ~ argininosuccinato
arginina + H2O ~ citrulina + NHi + aspartato + HiO ~ malato + NHi + 2 K'eq = 1,6 x 10-
K'eq = 93
K'eq = 1,4 x 10
K'eq = 7.5 x 10-6 5
Calcule AG6 'a 310 K y pH 7.5 para la reacción:
fumarato + H20 ~ malato
Si Mfe 'para esta reacción es - 16.6 kJ mor1, ¿cuál será el valor de ASe' en estas condiciones?
(b) Si la concentración de fumarato es 10-4 mol 1-1 y de malato 9 x 10, calcule AG para la
formación de malato a partir de fumarato a 310 K y pH 7.5. Si se permitió que un sistema con
estas concentraciones iniciales llegara al equilibrio, deduzca las concentraciones finales de
fumarato y malato.

6.2 Para la reacción: malato + NAD + ~ oxalacetato + NADH + W,

AG6 '= 27,96 kJ mor1 a pH 7,0 y 25 ° C.
(a) Calcule la diferencia en E'e entre el par oxalacetato / malato y el par NAD + / NADH + W
a pH 7.0 y 25 ° C.
(b) Calcule el valor de AG para la reacción a pH 7.0 y 25 ° C cuando tanto el malato como el
NAD + están presentes a 0.01 mo11- y el oxaloacetato y NADH están presentes a 0.02 mol 1-
1•1
(c) Calcule la concentración de oxaloacetato igual a la concentración de NADH presente en
equilibrio con 0.05 mol 1- de cada uno de malato y NAD + a pH 7.0 y 25 ° C.
6.3 Se encontró que una reacción, en presencia de una cierta cantidad de enzima, tenía una
Vmax de 61.7 nmol s-1 a 25 ° C. En presencia de la misma cantidad de enzima a 37 ° C, la
Vmax fue de 120,8 nmol s-1. Utilizando técnicas de detección sensibles, fue posible seguir el
curso de la reacción no catalizada, que tenía una velocidad de 30,2 x 10-3 nmol s-1 a 25 ° C y
88,4 x 10-3 nmol sa 37 ° C. Calcule la energía de activación para las reacciones catalizadas y
no catalizadas.

https://www.youtube.com/watch?v=lVwKiWSu8XE
Ron Vale (UCSF, HHMI) 2: Molecular Motor Proteins: The Mechanism of Dynein Motility

Energía y enzimas
Objetivos de aprendizaje
1. Explica cómo se aplica la segunda ley de la termodinámica a los
organismos vivos.
2. Predecir la dirección de las reacciones de los cambios de energía libre de
Gibbs y viceversa.
3. Distinguir entre estado estacionario (homeostasis) y equilibrio químico
4. Utilice diagramas de energía para explicar cómo los catalizadores
aumentan las velocidades de reacción.
5. Trazar la cinética de la enzima: velocidad inicial en función de la
concentración de sustrato
6. Distinguir entre inhibición competitiva y no competitiva
7. Distinguir entre la unión del sustrato y la unión de los reguladores
alostéricos a las enzimas.
¿Cómo se aplican las leyes de la termodinámica a los organismos vivos?
 La Primera Ley dice que la energía no se puede crear ni destruir.
  La Segunda Ley dice que en cualquier conversión de energía, algo de
energía se desperdicia en forma de calor; además, la entropía de
cualquier sistema cerrado siempre aumenta.
Una forma en que podemos ver la Segunda Ley en funcionamiento es en nuestra dieta
diaria. ¡Comemos alimentos todos los días, sin aumentar la misma cantidad de peso
corporal! Los alimentos que comemos se gastan en gran medida en forma de dióxido
de carbono y energía térmica, además de algo de trabajo realizado para reparar y
reconstruir las células y tejidos corporales, el movimiento físico y la actividad
neuronal.
Aunque los organismos vivos parecen reducir la entropía, al ensamblar moléculas
pequeñas en polímeros y estructuras de orden superior, este trabajo libera calor
residual que aumenta la entropía del medio ambiente.
Energía libre de Gibbs
La energía libre de Gibbs es una medida de la cantidad de trabajo que se puede
obtener potencialmente. En lugar de cantidades absolutas, lo que normalmente se
mide es el cambio de energía libre:
ΔG = ΔH - TΔS
donde H = entalpía (el contenido de energía térmica); T = temperatura absoluta
(Kelvin), y S = entropía (a veces llamado desorden, pero un concepto complicado y
sutil que tiene más que ver con grados de libertad; 6 moléculas de CO2 tienen mayor
entropía que una molécula de glucosa, donde los átomos de carbono están unidos por
enlaces covalentes).
Si ΔG <0, una reacción química es exergónica , libera energía libre y
progresará espontáneamente, sin entrada de energía adicional (aunque esto no
significa que la reacción ocurrirá rápidamente ; consulte la discusión sobre las
velocidades de reacción a continuación).
Si ΔG> 0, una reacción química es endergónica , requiere o absorbe una entrada de
energía libre y progresará solo si se pone energía libre en el sistema; de lo contrario,
la reacción irá al revés.
Energía libre y equilibrio químico
Si ΔG = 0, una reacción química está en equilibrio, lo que significa que las tasas de
reacciones directas e inversas son iguales, por lo que no hay cambio neto ni potencial
para realizar trabajo.
Esta figura de Wikipedia ilustra que las reacciones avanzarán espontáneamente hacia
el equilibrio, en cualquier dirección, y que el punto de equilibrio es el estado mínimo
de energía libre de la mezcla de reacción. El eje x (ξ) representa la relación de
productos / reactivos.
Las células acoplan reacciones exergónicas a reacciones endergónicas de
modo que el cambio neto de energía libre es negativo
El ATP es la moneda de energía primaria de la célula; las células logran reacciones
endergónicas como el transporte activo, el movimiento celular o la síntesis de
proteínas aprovechando la energía de la hidrólisis de ATP:
ATP -> ADP + Pi (Pi = PO4, fosfato inorgánico); ΔG = -7,3 kcal / mol
 Ciclo de hidrólisis de ATP a ADP y fosforilación de ADP a ATP. La mayoría de las reacciones
endergónicas en las células están acopladas a la hidrólisis exergónica de ATP a ADP. Imagen de
Muessig recuperada de Wikimedia Commons, con licencia CC-BY-SA 3.0

En las próximas páginas veremos las vías metabólicas celulares que fosforilan el ADP
para producir ATP.
Velocidades de reacción
Aunque el signo de ΔG (negativo o positivo) determina la dirección en la que la
reacción se desarrollará espontáneamente, la magnitud de ΔG no predice qué tan
rápido irá la reacción.
La velocidad de la reacción está determinada por la energía de activación (la
energía necesaria para alcanzar el estado de transición) barrera Ea:
 Diagrama de energía de reacciones catalizadas por enzimas y no catalizadas, de Wikipedia

El pico de este diagrama de energía representa el estado de transición: una etapa

intermedia en la reacción desde la cual la reacción puede ir en cualquier
dirección. Las reacciones con una alta energía de activación se desarrollarán muy
lentamente, porque solo unas pocas moléculas obtendrán suficiente energía para
alcanzar el estado de transición, incluso si son muy exergónicas. En la figura anterior,
la reacción de X-> Y tiene una energía de activación mucho mayor que la reacción
inversa Y-> X. Comenzando con cantidades iguales de X e Y, la reacción será a la
inversa.
La adición de un catalizador (definición: un agente que acelera la velocidad de una
reacción, pero no es consumido ni alterado por la reacción) proporciona un estado de
transición alternativo con menor energía de activación. Lo que esto significa es que el
catalizador 'mantiene' físicamente los sustratos en una conformación física que hace
que sea más probable que prosiga la reacción. Como resultado, en presencia del
catalizador, un porcentaje mucho mayor de moléculas (X o Y) pueden adquirir
suficiente energía para alcanzar el estado de transición, por lo que la reacción puede
ir más rápido, en cualquier dirección. Tenga en cuenta que el catalizador no afecta el
cambio total de energía libre de la reacción. Comenzando con cantidades iguales de X
e Y, la reacción que se muestra en el diagrama anterior seguirá en reversa, solo que
más rápido, en presencia del catalizador.
Las enzimas aceleran las reacciones al reducir la barrera de energía de
activación.
Las enzimas son catalizadores biológicos y , por lo tanto, no se consumen ni se
alteran por las reacciones que catalizan. Se unen repetidamente al sustrato,
convierten y liberan el producto, siempre que las moléculas de sustrato estén
disponibles y las condiciones termodinámicas sean favorables (ΔG es negativa; la
relación producto / sustrato es menor que la relación de equilibrio). La mayoría de las
enzimas son proteínas, pero varias enzimas clave son moléculas de ARN
(ribozimas). Las enzimas son muy específicas para sus sustratos. Solo las moléculas
con una forma particular y grupos químicos en las posiciones correctas pueden
interactuar con las cadenas laterales de aminoácidos en el sitio activo (el sitio de
unión al sustrato) de la enzima.
Las reacciones catalizadas por enzimas tienen cinética de saturación
La velocidad de las reacciones catalizadas por enzimas aumenta con la concentración
de sustrato. Sin embargo, a altas concentraciones de sustrato, la cantidad de
moléculas de enzima se vuelve limitante ya que cada molécula de enzima trabaja tan
rápido como puede. En saturación, los aumentos adicionales en las concentraciones
de sustrato no tienen ningún efecto; la única forma de aumentar las velocidades de
reacción es aumentar la cantidad de enzima.

Gráfico de cinética de enzimas de Thomas Shafee, CC-BY-SA 4.0 de Wikimedia Commons

Las propiedades cinéticas de las enzimas se definen por su Vmax y Km.

 La Vmax es la velocidad máxima a la que pueden trabajar las enzimas, a
concentraciones saturadas de sustrato.
 La Km (constante de Michaelis) se define como la concentración de
sustrato que produce 1/2 Vmax y es una medida de la afinidad de la
enzima por su sustrato.
Inhibidores de
enzimas Las enzimas están sujetas a regulación y son el objetivo de muchos fármacos,
como los analgésicos no esteroides. Muchas enzimas están reguladas por reguladores
alostéricos que se unen en un sitio distinto del sitio activo.
Los inhibidores no competitivos actúan de forma alostérica (se unen en un sitio
diferente del sitio activo). Cuando el inhibidor no competitivo se une alostéricamente,
a menudo cambia la forma general de la enzima, incluido el sitio activo, de modo que
los sustratos ya no pueden unirse al sitio activo.
Los inhibidores competitivos compiten con el sustrato por unirse al sitio
activo; la enzima no puede llevar a cabo su reacción normal con el inhibidor, porque
el inhibidor bloquea físicamente al sustrato para que no se una al sitio activo.
Mis videos de conferencias sobre termodinámica y enzimas (tienen retraso de audio,
planean volver a hacer en segmentos más cortos)
Archivo de Powerpoint utilizado en los
videos: B1510_module3_4A_free_energy_2011

1 Respuesta a la energía y las enzimas.

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